Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01015990.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig16023, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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Found at i:1034 original size:330 final size:332
Alignment explanation
Indices: 15--1156 Score: 1609
Period size: 329 Copynumber: 3.5 Consensus size: 332
5 CCTGGAACGT
* *
15 GTTTTTAGCTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAGAATTTTGC-AAAAAATGACC
1 GTTTTTAGCTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTTGCAAAAAAATGACC
* * *
79 C---GAA------CTCAATTTTTGACCACAATTCTCATAAATATATATAATTTTCAAGGCCAAAA
66 CAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCATAAAAATATATAA-TTT-AACGCCAAAA
* * *
135 AGATTGAAGGGCTTTTCGAGCAGCTAATATCGTTTTCCCATTTTTTCCTAAATTAATTTCTAATT
129 AGATTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTCCCATTTTTTCCTGAATTAATTTCTAATT
* * * **
200 AAAACTAACCAAGATTCAAATACTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGCTATTTGG
194 AAATCGAACCAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGAGATTTGG
*
265 TTAGATAAATATATATGTTTCAAGGAATTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGCTGGGGCC
259 TTAGATAAATATATATGTTTCAAGGAGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGCTGGGGCC
**
330 CCATAATGC
324 CCGGAATGC
* * * *
339 GTTTTTAGGTAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGTCTAAAATTTTGCAAAAAAAAAATG
1 GTTTTTAGCTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTTGC---AAAAAAATG
* * *
404 ACCAAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCATAAAAATATATGCAATTCAA-TCCA
63 ACCCAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCATAAAAATATAT--AATTTAACGCCA
* * * * ** *
468 AAAAGATTGAAGGGATTTTCAAGTATATATTATCGTTTTTACATTTTTTTCTGAATTAATTTCTA
126 AAAAGATTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTCCCATTTTTTCCTGAATTAATTTCTA
*
533 ATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCG-AAAAGA-AAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGAGAT
191 ATTAAATCGAACCAAGATTCAAATGCTCGTAAAA-ACAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGAGAT
* * *
596 TTGGTTAGATAAATATATATGTTTGAAGGAGTTTGGGCGCC-AAAATCAGGTAAAACTGAGCTGG
255 TTGGTTAGATAAATATATATGTTTCAAGGAGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGCTGG
* *
660 GGCCCTGGAACGC
320 GGCCCCGGAATGC
* *
673 GTTTTTAGCTAAAAACCGTGATGGATAGTACACGATTTCAGCTAAAAATTTGC-AAAAAATGACC
1 GTTTTTAGCTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTTGCAAAAAAATGACC
* * * *
737 CAAAAAATTTTTCCTTAAATTTTGACCACAATTCTCATAAATATATATAATTTAACGACAAAAAG
66 CAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCATAAAAATATATAATTTAACGCCAAAAAG
**
802 ATTGAAGGGCTTTTCGTGCATCTAATATCG-TTTCCCATTTTTTCCTGAATTAATTTCTAATTAA
131 ATTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTCCCATTTTTTCCTGAATTAATTTCTAATTAA
866 ATCGAACCAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGAGATTTGGTT
196 ATCGAACCAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGAGATTTGGTT
*
931 AGATAAATATATATGTTTCAAGGAGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTTAGCTGGGGCCCC
261 AGATAAATATATATGTTTCAAGGAGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGCTGGGGCCCC
996 GGAATGC
326 GGAATGC
**
1003 GTTTTTAGCTAAAATTCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTTGCAAAAAAATGACC
1 GTTTTTAGCTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTTGCAAAAAAATGACC
* * * * * *
1068 CGAAAAATATTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACT--TAAAAAAATATAATTAAACGCCAAAAAG
66 CAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCATAAAAATATATAATTTAACGCCAAAAAG
1131 ATTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAAT
131 ATTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAAT
1157 TAGAAATAAA
Statistics
Matches: 719, Mismatches: 78, Indels: 37
0.86 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
324 49 0.07
328 72 0.10
329 151 0.21
330 135 0.19
331 42 0.06
334 77 0.11
335 69 0.10
336 84 0.12
337 36 0.05
338 2 0.00
339 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (332 bp):
GTTTTTAGCTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTTGCAAAAAAATGACC
CAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGACCACAATTCTCATAAAAATATATAATTTAACGCCAAAAAG
ATTGAAGGGCTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTCCCATTTTTTCCTGAATTAATTTCTAATTAA
ATCGAACCAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCAACGTGGCTGAGATTTGGTT
AGATAAATATATATGTTTCAAGGAGTTTGGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGCTGGGGCCCC
GGAATGC
Found at i:3183 original size:322 final size:320
Alignment explanation
Indices: 2242--4205 Score: 1977
Period size: 322 Copynumber: 6.1 Consensus size: 320
2232 CGAAATTGTG
* * * *
2242 TTGTTTCGATTTAAATAGAAATTAATTTGGAAAATAAATGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAA
1 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA-TTCGAAAA-ATATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAA
** * * ** *
2307 AGCAATTCGAAT-TTTATTGGCATTGAATTATAT-TTTTTTA--A-TAATGTGGTGAAAAATTAA
64 AGCCCTTC-AATCTTT-TTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGA
* * *
2367 GAAAAAAATTTTCGTGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTGGCTAAA
127 GAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAA
* * * * * *
2432 AACGCGATTCGGGGCCTCGACCCAGTTTTGCATGGTTTTTGGCATACAGACTCCTTGAAATATCT
192 AACGCGTTTC-GGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACAAAGACTCCTTGAAATATCT
* * *
2497 ATATTCATGTAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATC
256 ATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATC
* * * * * *
2562 TTGTTTCGATGTAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAATTGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAA
1 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAATATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAG
* * * * * *
2627 CCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTAGTGCGGCAAAGAATTAAGGAA
66 CCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAA
** * * *
2692 AACTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTGTAGCGAAATCGTTTACT---CATCACGGTTTTTGG
131 AAAATTTTCGGGTCAGTTTTT-----A--G--CCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGG
* * ** *
2754 CTAAAAACGCGTTCCAGGGCCCCGACTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAATACTCCTTGAAA
187 CTAAAAACGCGTTTC-GGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACAAAGACTCCTTGAAA
* * * * * * *
2819 TATCTATTTTCATCGAAGCAAATCCCAGCCACATTCGATTTAACGATTTGATTTTACGAGCATCT
251 TATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCT
2884 GAATC
316 GAATC
* * *
2889 TTATTTCGATTTAATTATAAATTAATTCGGGAAAATATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA
1 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GAAAAATATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA
* * * *
2954 ACCCTGT-AATCTTTTTGGTGTCGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGACAAAAAATTGAGA
65 GCCCT-TCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGA
* * * *
3018 AAAAAATTTTCGAGTAAGTTTTTAGCCGAAATCATGTACTAATCATCAGGGTTTTTGGCTAAAAA
129 AAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAA
* * *
3083 CGCGTTTCGGGACCTCGACTCAGTTTTGCATGGTTTTTGGCATAAAGACTCCTTGAAATATCTAT
194 CGCGTTTCGGG-CCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACAAAGACTCCTTGAAATATCTAT
* * * *
3148 ATTCATTTAATCAAATCTCAGTCACATTGGATTTAAGAATTTTTTTTTACGAGCATCTGAATC
258 ATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATC
* *
3211 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTTAGAAAAATATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA
1 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA-TTCGAAAAATATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA
* ** * *
3276 GCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATGATATATTTTTCCTGAGTATTGTGGGAAAAAATTGAGGA
65 GCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAA
* * * *
3341 AAAAATTTTTGGGTTAGTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCCTGTACTAACCATCACGGTTTTT
130 AAAAATTTTCGGGTCAG----T------TTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTT
* * * * * * *
3406 GGCCAAAAACGCGTTTTGGAGTCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGCCGCAAAGACTCCTTGA
185 GGCTAAAAACGCGTTTCGG-GCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACAAAGACTCCTTGA
* * * * * * * *
3471 AATGTCTATATTTATCGAACCAATTCTCAACCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACAA
249 AATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGC-A
3536 TCTGAATC
313 TCTGAATC
*
3544 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAA-ATGGAAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA
1 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAATATGG-AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA
* * * *
3608 GCCCGTCAAT-TTTTATTGCGTTGAATTATGTATATATTTTTTCTGACTATTGTGGCAAAAAATT
65 GCCCTTCAATCTTTT-TGGCGTTG-A--AT-TATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATT
** * ** *
3672 GAG--AAATTTTTTCGGGTCAGTTTTTAGTCGAAATTGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGACTA
125 GAGAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTA
* * * * * * * *
3735 AAAATGTGTTTCGGGGCCACGGCTCTA-TTTTGCATGATTTTTAGCGCCAAGACTCCTTCAAATA
190 AAAACGCGTTTC-GGGCCCCGACTC-AGTTTTGCATGATTTTTGGCACAAAGACTCCTTGAAATA
* *
3799 TCTTTATTCATCTAATCAAAGCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC-ATGCATCTG
253 TCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGA-GCATCTG
*
3863 AAGC
317 AATC
* * *
3867 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTTATTCGAAAAAAAATAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA
1 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCG-AAAAATATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA
* * * * * * * * * *
3932 GCCCGTCAATCTTTTTTGCGTTGAGTGATATATATTTTATGACTATTTTTGCAAGAAATTGAG-G
65 GCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAA
*
3996 AAAAATCTTTCGGGTCA-TTTTTA--C----T-A--T--T----AT---GGTTTTTCGCTAAAAA
130 AAAAAT-TTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAA
* * * * * *
4042 CGCG-CTCTGGGCCCCAACTCAGTTTTGCATGATTTTTGACACCAAGACTTCTTGAAATATTTAT
194 CGCGTTTC-GGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACAAAGACTCCTTGAAATATCTAT
* * * * *
4106 ATT-ATCTAATCAAATCTCAGGCATATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATTTAAATC
258 ATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATC
* *
4168 TTGTTTCGATTTAATTAGAATTTAATTCAAAAAATATG
1 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAATATG
4206 AAATAAAAAT
Statistics
Matches: 1387, Mismatches: 207, Indels: 120
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
300 7 0.01
301 77 0.06
302 50 0.04
303 16 0.01
306 2 0.00
310 1 0.00
312 1 0.00
315 1 0.00
317 19 0.01
318 42 0.03
319 20 0.01
320 54 0.04
321 51 0.04
322 263 0.19
323 41 0.03
324 180 0.13
325 10 0.01
326 2 0.00
327 154 0.11
328 105 0.08
329 1 0.00
330 14 0.01
331 8 0.01
332 185 0.13
333 35 0.03
334 13 0.01
335 2 0.00
336 33 0.02
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (320 bp):
TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAATATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAG
CCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAA
AAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACG
CGTTTCGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATT
CATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATC
Found at i:3862 original size:656 final size:643
Alignment explanation
Indices: 2242--4017 Score: 2173
Period size: 656 Copynumber: 2.7 Consensus size: 643
2232 CGAAATTGTG
* * *
2242 TTGTTTCGATTTAAATAGAAATTAATTTGGAAAATAAATGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAA
1 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG--AA-AAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAA
*** * * **
2307 AGCAATTCGAA-TTTTATTGGCATTGAA-T-TATATTTTTTT-AATAATGTGGTGAAAAATTAAG
63 AGCCCGTC-AATTTTTATT-GCGTTGAATTATATATTTTTTTGAATATTGTGGCAAAAAATT--G
* * *
2368 AAAAAAATTTTCGTGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTGGCTAAAA
124 AGAAAAATTTTCGAGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAA
* *
2433 ACGCGATTCGGGGCCTCGACCCAGTTTTGCATGGTTTTTG-GCATACAGACTCCTTGAAATATCT
189 ACGCGTTTCGGGGCCTCGACTCAGTTTTGCATGGTTTTTGCGCA-A-AGACTCCTTGAAATATCT
* * *
2497 ATATTCATGTAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATC
252 ATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATC
* * * *
2562 TTGTTTCGATGTAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAATTGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAA
317 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAATAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAG
* * * * * *
2627 CCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTAGTGCGGCAAAGAATTAAGG-A
382 CCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATGATATA-TTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAA
* * * *
2691 AAACTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTGTAGCGAAATCGTTTACTCATCACGGTTTTTGGCT
446 AAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTGTAGCGAAATCCTGTACTCATCACGGTTTTTGGCC
** * * *
2756 AAAAACGCGTTCCAGGGCCCCGACTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAATACTCCTTGAAATA
511 AAAAACGCGTTCCAGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGCCGCAAAGACTCCTTGAAATA
* * * *
2821 TCTATTTTCATCGAAGCAAATCCCAGCCACATTCGATTTAACGATTTGATTTTACGAGCATCTGA
576 TCTATTTTCATCGAACCAAATCCCAACCACAATCGATTTAACGATTTGATTTTACGAACATCTGA
2886 ATC
641 ATC
* *
2889 TTATTTCGATTTAATTATAAATTAATTCGGGAAAATATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA
1 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GGAAAA-ATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA
* * * *
2954 ACCCTGT-AATCTTT-TTG-GTGTCGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGACAAAAAATTGA
64 GCCC-GTCAATTTTTATTGCGT-T-GAATTATATATTTTTT-TGAATATTGTGGCAAAAAATTGA
* * * *
3016 GAAAAAAATTTTCGAGTAAGTTTTTAGCCGAAATCATGTACTAATCATCAGGGTTTTTGGCTAAA
125 G--AAAAATTTTCGAGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAA
*
3081 AACGCGTTTCGGGACCTCGACTCAGTTTTGCATGGTTTTTG-GCATAAAGACTCCTTGAAATATC
188 AACGCGTTTCGGGGCCTCGACTCAGTTTTGCATGGTTTTTGCGC--AAAGACTCCTTGAAATATC
* * * *
3145 TATATTCATTTAATCAAATCTCAGTCACATTGGATTTAAGAATTTTTTTTTACGAGCATCTGAAT
251 TATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAAT
* * *
3210 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTTAGAAAAATATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAA
316 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAA-TTCGAAAAAAATAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAA
* *
3275 AGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATGATATATTTTTCCTGAGTATTGTGGGAAAAAATTGAGG
380 AGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATGATATATTTTT-ATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGG
* *
3340 AAAAAATTTTT-GGGTTAGTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCCTGTACTAACCATCACGGTTT
444 AAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTGTAGC-GAAATCCTGTACT---CATCACGGTTT
** * *
3404 TTGGCCAAAAACGCGTT-TTGGAGTCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGCCGCAAAGACTCCT
505 TTGGCCAAAAACGCGTTCCAGG-GCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGCCGCAAAGACTCCT
* * * * * *
3468 TGAAATGTCTATATTT-ATCGAACCAATTCTCAACCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGA
569 TGAAATATCTAT-TTTCATCGAACCAAATCCCAACCACAATCGATTTAACGATTTGATTTTACGA
3532 ACAATCTGAATC
633 AC-ATCTGAATC
3544 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAATGGAAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAG
1 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAATGG-AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAG
*
3609 CCCGTCAATTTTTATTGCGTTGAATTATGTATATATTTTTTCTGACTATTGTGGCAAAAAATTGA
65 CCCGTCAATTTTTATTGCGTTG-A--AT-TATATATTTTTT-TGAATATTGTGGCAAAAAATTGA
** * * * *
3674 GAAATTTTTTCGGGTCAGTTTTTAGTCGAAATTGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGACTAAAAA
125 GAAAAATTTTCGAGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAA
* * * * * * * *
3739 TGTGTTTCGGGGCCACGGCTCTA-TTTTGCATGATTTTTAGCGCCAAGACTCCTTCAAATATCTT
190 CGCGTTTCGGGGCCTCGACTC-AGTTTTGCATGGTTTTT-GCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTA
* *
3803 TATTCATCTAATCAAAGCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC-ATGCATCTGAAGC
253 TATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGA-GCATCTGAATC
**
3867 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTTATTCGAAAAAAAATAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA
317 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCG-AAAAAAATAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA
* * * * * * *
3932 GCCCGTCAATCTTTTTTGCGTTGAGTGATATATATTTTATGACTATTTTTGCAAGAAATTGAGG-
381 GCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATGATATAT-TTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGA
*
3996 AAAAATCTTTCGGGTCA-TTTTT
445 AAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTT
4018 ACTATTATGG
Statistics
Matches: 971, Mismatches: 119, Indels: 70
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
643 1 0.00
644 2 0.00
645 9 0.01
646 35 0.04
647 37 0.04
648 3 0.00
649 216 0.22
650 108 0.11
651 21 0.02
653 8 0.01
654 155 0.16
655 61 0.06
656 271 0.28
657 8 0.01
658 36 0.04
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (643 bp):
TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGC
CCGTCAATTTTTATTGCGTTGAATTATATATTTTTTTGAATATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAA
TTTTCGAGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT
TCGGGGCCTCGACTCAGTTTTGCATGGTTTTTGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATC
TAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGA
TTTAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAATAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAAT
CTTTTTGGCGTTGAATGATATATTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAAATTTTTC
GGGTCAGTTTTTGCAAAATTGTAGCGAAATCCTGTACTCATCACGGTTTTTGGCCAAAAACGCGT
TCCAGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGCCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCA
TCGAACCAAATCCCAACCACAATCGATTTAACGATTTGATTTTACGAACATCTGAATC
Found at i:5738 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 5707--5741 Score: 52
Period size: 9 Copynumber: 3.7 Consensus size: 9
5697 TTGTAACTAA
5707 CAATTAAAT
1 CAATTAAAT
5716 CAAATTATAAT
1 C-AATTA-AAT
5727 CAATTAAAT
1 CAATTAAAT
5736 CAATTA
1 CAATTA
5742 GATCTAGATC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 4
0.86 0.00 0.14
Matches are distributed among these distances:
9 10 0.42
10 10 0.42
11 4 0.17
ACGTcount: A:0.54, C:0.11, G:0.00, T:0.34
Consensus pattern (9 bp):
CAATTAAAT
Found at i:7693 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 7688--7718 Score: 62
Period size: 2 Copynumber: 15.5 Consensus size: 2
7678 AAAAAAAAAT
7688 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
7719 GAATGGCAGA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 29 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:21033 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 21003--21049 Score: 94
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
20993 GAAACGAAAG
21003 CCTAGTAAAATGCACTACTACAA
1 CCTAGTAAAATGCACTACTACAA
21026 CCTAGTAAAATGCACTACTACAA
1 CCTAGTAAAATGCACTACTACAA
21049 C
1 C
21050 ACAATCAATT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 24 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.28, G:0.09, T:0.21
Consensus pattern (23 bp):
CCTAGTAAAATGCACTACTACAA
Done.