Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01016063.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig16096, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 25113
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.17, T:0.32
Found at i:524 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 511--552 Score: 75
Period size: 2 Copynumber: 21.0 Consensus size: 2
501 GAAAATTATT
*
511 TA TA TA TG TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
553 CATAAGAAAC
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 38 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.02, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:1379 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 1332--1379 Score: 57
Period size: 19 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
1322 GGGATTTTTG
1332 ATAA-TAATTATTCAATAAA
1 ATAATTAATTATTCAATAAA
* *
1351 ATAATT-ATTATTTAAT-TA
1 ATAATTAATTATTCAATAAA
1369 ATAATTAATTA
1 ATAATTAATTA
1380 ATTTCAGTCC
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 4
0.81 0.06 0.13
Matches are distributed among these distances:
18 7 0.28
19 17 0.68
20 1 0.04
ACGTcount: A:0.52, C:0.02, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (20 bp):
ATAATTAATTATTCAATAAA
Found at i:6031 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 6024--6059 Score: 72
Period size: 2 Copynumber: 18.0 Consensus size: 2
6014 AAGTTTCTTA
6024 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
6060 GATAAATCAA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 34 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:14112 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 14086--14152 Score: 58
Period size: 23 Copynumber: 3.2 Consensus size: 23
14076 TTATAATAAT
14086 CAAATGACATACACTATAGGAAG
1 CAAATGACATACACTATAGGAAG
* * *
14109 CAAAT-A-GTA-A-T-CA--AAT
1 CAAATGACATACACTATAGGAAG
14125 CAAATGACATACACTATAGGAAG
1 CAAATGACATACACTATAGGAAG
14148 CAAAT
1 CAAAT
14153 AGTAATCAAA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 6, Indels: 14
0.61 0.12 0.27
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.23
17 1 0.03
18 3 0.10
19 2 0.06
20 2 0.06
21 3 0.10
22 1 0.03
23 12 0.39
ACGTcount: A:0.51, C:0.16, G:0.13, T:0.19
Consensus pattern (23 bp):
CAAATGACATACACTATAGGAAG
Found at i:14165 original size:34 final size:35
Alignment explanation
Indices: 14081--14189 Score: 175
Period size: 34 Copynumber: 3.0 Consensus size: 35
14071 ATATATTATA
14081 ATAATCAAATGACATACACTATAGGAAGCAAATAG
1 ATAATCAAATGACATACACTATAGGAAGCAAATAG
14116 TAATCAAATCAAATGACATACACTATAGGAAGCAAATAG
1 --AT--AATCAAATGACATACACTATAGGAAGCAAATAG
14155 -TAATCAAATGACATACACTATAGGAAGCAAATAG
1 ATAATCAAATGACATACACTATAGGAAGCAAATAG
14189 A
1 A
14190 AGCAAAATAG
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 0, Indels: 8
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
34 33 0.48
36 1 0.01
37 2 0.03
39 33 0.48
ACGTcount: A:0.51, C:0.15, G:0.14, T:0.20
Consensus pattern (35 bp):
ATAATCAAATGACATACACTATAGGAAGCAAATAG
Found at i:14584 original size:68 final size:68
Alignment explanation
Indices: 14473--14608 Score: 227
Period size: 68 Copynumber: 2.0 Consensus size: 68
14463 GTAAAATAAC
* *
14473 TTCTAAAGATTAATCTCTTGTATGAGCACATACAGAATCTCACTAGCACCCTCAATCAAATTTAA
1 TTCTAAAGATTAATCTCTTGTATGAGCACATACAAAATCTCACTAGCACCCTCAATCAAATATAA
14538 GTT
66 GTT
* * *
14541 TTCTAAAGATTAATTTCTTGTATGAGCACATACAAAATTTCACTAGCACCCTCAATGAAATATAA
1 TTCTAAAGATTAATCTCTTGTATGAGCACATACAAAATCTCACTAGCACCCTCAATCAAATATAA
14606 GTT
66 GTT
14609 GACATCTATC
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 5, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
68 63 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.20, G:0.10, T:0.33
Consensus pattern (68 bp):
TTCTAAAGATTAATCTCTTGTATGAGCACATACAAAATCTCACTAGCACCCTCAATCAAATATAA
GTT
Found at i:15330 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 15313--15339 Score: 54
Period size: 12 Copynumber: 2.2 Consensus size: 12
15303 TCATAATACT
15313 AATGTAAACATC
1 AATGTAAACATC
15325 AATGTAAACATC
1 AATGTAAACATC
15337 AAT
1 AAT
15340 CAATCTAGAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 15 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.15, G:0.07, T:0.26
Consensus pattern (12 bp):
AATGTAAACATC
Found at i:16618 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 16600--16626 Score: 54
Period size: 13 Copynumber: 2.1 Consensus size: 13
16590 TGAAAGAAGA
16600 TGAAAAGATGGAT
1 TGAAAAGATGGAT
16613 TGAAAAGATGGAT
1 TGAAAAGATGGAT
16626 T
1 T
16627 TGGTTGAAGT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 14 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.30, T:0.26
Consensus pattern (13 bp):
TGAAAAGATGGAT
Found at i:20782 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 20478--20840 Score: 726
Period size: 181 Copynumber: 2.0 Consensus size: 181
20468 TTATCAATAT
20478 CCTTTAATTGGATTAAGTTTTTCTTGTTGAACTTTTGCTCTTTGGACCTTTAAGTGGACATTTGG
1 CCTTTAATTGGATTAAGTTTTTCTTGTTGAACTTTTGCTCTTTGGACCTTTAAGTGGACATTTGG
20543 GCACATTGGGCTACTTTTCGCCTTGCATCTGTATTTTCAAAACAGTTCATTATATTGTCACATTG
66 GCACATTGGGCTACTTTTCGCCTTGCATCTGTATTTTCAAAACAGTTCATTATATTGTCACATTG
20608 TATGAAATAAGTCCTTGAATGGAGTCCTTCACATTTAACACTTTCAATACA
131 TATGAAATAAGTCCTTGAATGGAGTCCTTCACATTTAACACTTTCAATACA
20659 CCTTTAATTGGATTAAGTTTTTCTTGTTGAACTTTTGCTCTTTGGACCTTTAAGTGGACATTTGG
1 CCTTTAATTGGATTAAGTTTTTCTTGTTGAACTTTTGCTCTTTGGACCTTTAAGTGGACATTTGG
20724 GCACATTGGGCTACTTTTCGCCTTGCATCTGTATTTTCAAAACAGTTCATTATATTGTCACATTG
66 GCACATTGGGCTACTTTTCGCCTTGCATCTGTATTTTCAAAACAGTTCATTATATTGTCACATTG
20789 TATGAAATAAGTCCTTGAATGGAGTCCTTCACATTTAACACTTTCAATACA
131 TATGAAATAAGTCCTTGAATGGAGTCCTTCACATTTAACACTTTCAATACA
20840 C
1 C
20841 AAGTTGGTAT
Statistics
Matches: 182, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
181 182 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.18, G:0.16, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
CCTTTAATTGGATTAAGTTTTTCTTGTTGAACTTTTGCTCTTTGGACCTTTAAGTGGACATTTGG
GCACATTGGGCTACTTTTCGCCTTGCATCTGTATTTTCAAAACAGTTCATTATATTGTCACATTG
TATGAAATAAGTCCTTGAATGGAGTCCTTCACATTTAACACTTTCAATACA
Found at i:23114 original size:58 final size:57
Alignment explanation
Indices: 23030--23385 Score: 157
Period size: 58 Copynumber: 5.9 Consensus size: 57
23020 TTACCTTCTT
* * * * *
23030 TTACTTCTTAAGT-AGCCTAATTAACTTACACTAAGCCCATTTTACTGATTACGTTA-G
1 TTACTTCTTAA-TCAACTTAATTAACTTA-ACTAAGCCAATTTTACTGATTACCTTACC
* * *
23087 TTCACTTCTTAATCAACTTAATCAACTTTAATTAAGTCAATTTTACTGATTACCTTACC
1 TT-ACTTCTTAATCAACTTAATTAAC-TTAACTAAGCCAATTTTACTGATTACCTTACC
*
23146 TTATTTCTTAATCAACTTAATTAACTTTTAATCAACTTTAATTAAGCCAATTTTACTGATTACCT
1 TTACTTCTTAATCAACTTAATTAAC---T--T-AAC------TAAGCCAATTTTACTGATTACCT
* *
23211 TTCT
54 TACC
* * * * * * * **
23215 TTA-TACCTTAATTAACTTAATCAACTTTAATTAAGTCAATTTTACTGGCTT-TCTTATT
1 TTACT-TCTTAATCAACTTAATTAAC-TTAACTAAGCCAATTTTACT-GATTACCTTACC
* * * * *
23273 TTACCTT-ATAATCAACTTAATTAACTTTAATTAAGCCAATTGTTACCGACTACCCCTT-CT
1 TTA-CTTCTTAATCAACTTAATTAAC-TTAACTAAGCCAATT-TTACTGATTA--CCTTACC
* * * * * *
23333 TTTCCTCTGAATTAACTTAATTAACTTTAAGTAAGCCAATTTTTACTAATTAC
1 TTACTTCTTAATCAACTTAATTAAC-TTAACTAAGCCAA-TTTTACTGATTAC
23386 TATTTTTATC
Statistics
Matches: 232, Mismatches: 42, Indels: 49
0.72 0.13 0.15
Matches are distributed among these distances:
57 3 0.01
58 116 0.50
59 14 0.06
60 41 0.18
61 5 0.02
62 1 0.00
63 2 0.01
64 2 0.01
65 1 0.00
67 2 0.01
68 1 0.00
69 44 0.19
ACGTcount: A:0.32, C:0.20, G:0.05, T:0.43
Consensus pattern (57 bp):
TTACTTCTTAATCAACTTAATTAACTTAACTAAGCCAATTTTACTGATTACCTTACC
Found at i:23183 original size:69 final size:69
Alignment explanation
Indices: 23094--23242 Score: 221
Period size: 69 Copynumber: 2.2 Consensus size: 69
23084 TAGTTCACTT
* **
23094 CTTAATCAAC--TTAATCAACTTTAATTAAGTCAATTTTACTGATTACCTTACCTTATTTCTTAA
1 CTTAATCAACTTTTAATCAACTTTAATTAAGCCAATTTTACTGATTACCTTACCTTATACCTTAA
23157 TCAA
66 TCAA
* * *
23161 CTTAATTAACTTTTAATCAACTTTAATTAAGCCAATTTTACTGATTACCTTTCTTTATACCTTAA
1 CTTAATCAACTTTTAATCAACTTTAATTAAGCCAATTTTACTGATTACCTTACCTTATACCTTAA
*
23226 TTAA
66 TCAA
23230 CTTAATCAACTTT
1 CTTAATCAACTTT
23243 AATTAAGTCA
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 8, Indels: 2
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
67 9 0.12
69 63 0.88
ACGTcount: A:0.34, C:0.19, G:0.03, T:0.45
Consensus pattern (69 bp):
CTTAATCAACTTTTAATCAACTTTAATTAAGCCAATTTTACTGATTACCTTACCTTATACCTTAA
TCAA
Found at i:23393 original size:118 final size:116
Alignment explanation
Indices: 23173--23470 Score: 283
Period size: 116 Copynumber: 2.6 Consensus size: 116
23163 TAATTAACTT
* * *
23173 TTAATCAACTTTAATTAAGCCAATTTTACTGATTACCTTTCTTTATACCTTAATTAACTTAATCA
1 TTAATCAACTTTAATTAAGCCAATTTTACCGACTACCCTTCTTTATACCTTAATTAACTTAATCA
* * ** *
23238 ACTTTAATTAAGTCAATTTTACTGGCTTTCTTATTTTACCTTATAATCAAC
66 ACTTTAAGTAAGCCAATTTTACTGAATTACTTATTTTACCTTATAATCAAC
*
23289 TTAATTAACTTTAATTAAGCCAATTGTTACCGACTACCCCTTCTTT-T-CCTCTGAATTAACTTA
1 TTAATCAACTTTAATTAAGCCAATT-TTACCGACTA-CCCTTCTTTATACCT-T-AATTAACTTA
* * * *
23352 ATTAACTTTAAGTAAGCCAATTTTTACT-AATTAC-TATTTTTATC-T-TAATTAGC
62 ATCAACTTTAAGTAAGCCAA-TTTTACTGAATTACTTA-TTTTACCTTATAATCAAC
* * * * * * * *
23405 TTACTCAACTTTGATTAAGCTAA-TTTACTGATTACCATT-TTTAT--CTTAATTAAGTTACTCA
1 TTAATCAACTTTAATTAAGCCAATTTTACCGACTACCCTTCTTTATACCTTAATTAACTTAATCA
23466 ACTTT
66 ACTTT
23471 GATTAAGTTA
Statistics
Matches: 152, Mismatches: 23, Indels: 20
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
110 16 0.11
111 1 0.01
112 5 0.03
113 5 0.03
114 8 0.05
115 1 0.01
116 52 0.34
117 13 0.09
118 44 0.29
119 7 0.05
ACGTcount: A:0.31, C:0.18, G:0.05, T:0.45
Consensus pattern (116 bp):
TTAATCAACTTTAATTAAGCCAATTTTACCGACTACCCTTCTTTATACCTTAATTAACTTAATCA
ACTTTAAGTAAGCCAATTTTACTGAATTACTTATTTTACCTTATAATCAAC
Found at i:23430 original size:56 final size:54
Alignment explanation
Indices: 23161--23733 Score: 504
Period size: 56 Copynumber: 10.1 Consensus size: 54
23151 TCTTAATCAA
* * * *
23161 CTTAATTAACTTTTAATCAACTTTAATTAAGCCAATTTTACTGATTACCTTTCTTTAT
1 CTTAATTAAC--TTACTCAACTTTGATTAAGCTAA-TTTACTGATTACCATT-TTTAT
* * * * * *
23219 ACCTTAATTAACTTAATCAACTTTAATTAAG-TCAATTTTACTGGCTT-TCTTATTTTAC
1 --CTTAATTAACTTACTCAACTTTGATTAAGCT-AA-TTTACT-GATTACCAT-TTTTAT
* * * * * * * *
23277 CTTATAATCAACTTAATTAACTTTAATTAAGCCAATTGTTACCGACTACCCCTTCTTT-T
1 C-T-TAATTAACTTACTCAACTTTGATTAAGCTAA-T-TTACTGATTA-CCATT-TTTAT
* * * * * * *
23336 CCTCTGAATTAACTTAATTAACTTTAAGTAAGCCAATTTTTACTAATTACTATTTTTAT
1 -CT-T-AATTAACTTACTCAACTTTGATTAAGCTAA--TTTACTGATTACCATTTTTAT
*
23395 CTTAATTAGCTTACTCAACTTTGATTAAGCTAATTTACTGATTACCATTTTTAT
1 CTTAATTAACTTACTCAACTTTGATTAAGCTAATTTACTGATTACCATTTTTAT
* *
23449 CTTAATTAAGTTACTCAACTTTGATTAAGTTAATTTACTGATTACCAACTTTTTAT
1 CTTAATTAACTTACTCAACTTTGATTAAGCTAATTTACTGATTACC-A-TTTTTAT
*
23505 CTTAATTAACTTACTCAACTTTGACTAAGCTAATTTACTGATTACCATCTTTTTTTAT
1 CTTAATTAACTTACTCAACTTTGATTAAGCTAATTTACTGATTACCA----TTTTTAT
* *
23563 CTTAATTAACTTACTCAACTTTGATTAAGTTAATTTACTGATCACCATCATTTTAT
1 CTTAATTAACTTACTCAACTTTGATTAAGCTAATTTACTGATTACCAT--TTTTAT
*
23619 CTTAATTAACTTACTCAACTTTGACTAAGCTAATTTACTGATTACCATCTTTTTTAT
1 CTTAATTAACTTACTCAACTTTGATTAAGCTAATTTACTGATTACCA---TTTTTAT
* * * *
23676 CTTAATTACCTTGCTCAACTTTGATTAAGTTAATTTACTTATTACCATCTTTTAT
1 CTTAATTAACTTACTCAACTTTGATTAAGCTAATTTACTGATTACCAT-TTTTAT
23731 CTT
1 CTT
23734 TGACTGACTT
Statistics
Matches: 441, Mismatches: 47, Indels: 55
0.81 0.09 0.10
Matches are distributed among these distances:
54 64 0.15
55 11 0.02
56 125 0.28
57 50 0.11
58 122 0.28
59 16 0.04
60 51 0.12
61 2 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.18, G:0.05, T:0.46
Consensus pattern (54 bp):
CTTAATTAACTTACTCAACTTTGATTAAGCTAATTTACTGATTACCATTTTTAT
Found at i:23617 original size:114 final size:112
Alignment explanation
Indices: 23374--23733 Score: 575
Period size: 114 Copynumber: 3.2 Consensus size: 112
23364 TAAGCCAATT
* * * *
23374 TTTACTAATTACTAT-TTTTATCTTAATTAGCTTACTCAACTTTGATTAAGCTAATTTACTGATT
1 TTTACTGATTACCATCTTTTATCTTAATTAACTTACTCAACTTTGACTAAGCTAATTTACTGATT
*
23438 ACCA---TTTTTATCTTAATTAAGTTACTCAACTTTGATTAAGTTAA
66 ACCATCTTTTTTATCTTAATTAACTTACTCAACTTTGATTAAGTTAA
*
23482 TTTACTGATTACCAACTTTTTATCTTAATTAACTTACTCAACTTTGACTAAGCTAATTTACTGAT
1 TTTACTGATTACCATC-TTTTATCTTAATTAACTTACTCAACTTTGACTAAGCTAATTTACTGAT
23547 TACCATCTTTTTTTATCTTAATTAACTTACTCAACTTTGATTAAGTTAA
65 TACCATC-TTTTTTATCTTAATTAACTTACTCAACTTTGATTAAGTTAA
*
23596 TTTACTGATCACCATCATTTTATCTTAATTAACTTACTCAACTTTGACTAAGCTAATTTACTGAT
1 TTTACTGATTACCATC-TTTTATCTTAATTAACTTACTCAACTTTGACTAAGCTAATTTACTGAT
* *
23661 TACCATCTTTTTTATCTTAATTACCTTGCTCAACTTTGATTAAGTTAA
65 TACCATCTTTTTTATCTTAATTAACTTACTCAACTTTGATTAAGTTAA
*
23709 TTTACTTATTACCATCTTTTATCTT
1 TTTACTGATTACCATCTTTTATCTT
23734 TGACTGACTT
Statistics
Matches: 233, Mismatches: 13, Indels: 8
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
108 12 0.05
110 51 0.22
112 9 0.04
113 53 0.23
114 108 0.46
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.06, T:0.47
Consensus pattern (112 bp):
TTTACTGATTACCATCTTTTATCTTAATTAACTTACTCAACTTTGACTAAGCTAATTTACTGATT
ACCATCTTTTTTATCTTAATTAACTTACTCAACTTTGATTAAGTTAA
Done.