Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01016079.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig16112, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 13816
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.17, T:0.34
Found at i:454 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 432--503 Score: 90
Period size: 25 Copynumber: 2.9 Consensus size: 25
422 GGTAAACGCT
* *
432 CATGTTCTTGTGTTTGGAAAACGAG
1 CATGTGCTTGCGTTTGGAAAACGAG
* *
457 CCTGTGCTTGCGTTTGGAAAACGAA
1 CATGTGCTTGCGTTTGGAAAACGAG
* *
482 CCTGTGCTTGCGTTTAGAAAAC
1 CATGTGCTTGCGTTTGGAAAAC
504 ACAGGCTATA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 5, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 42 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.18, G:0.26, T:0.32
Consensus pattern (25 bp):
CATGTGCTTGCGTTTGGAAAACGAG
Found at i:7874 original size:174 final size:175
Alignment explanation
Indices: 7572--7897 Score: 467
Period size: 174 Copynumber: 1.9 Consensus size: 175
7562 TTTATTTAGC
* * * * * *
7572 TAGCATGTTCAATCAATTTAGTTTTTTGTTAACGTAATTACTAATTGATTGATTTATTTATGGCA
1 TAGCATGTTCAATCAACTGAGTTTTTTGCTAACATAATTACTAACTAATTGATTTATTTATGGCA
* * * *
7637 AAATTAAATAATTATGAATAAATTATAACTTTGATTGGCAAAGTTAATTAAAAATTAACTTGATT
66 AAATTAAATAATCATCAATAAATTATAACTTTGATTGGCAAAGTTAACTAAAAACTAACTTGATT
*
7702 -GATTTATTTATTTAGCATGTTCTCTTTTTTTGGCATCAATTTATT
131 CG-TTTATCTATTTAGCATGTTCTCTTTTTTTGGCATCAATTTATT
* *
7747 TAGCATGTTCAATCAACTGATTTTTTTGCTAACATAATTACT-ACTAATTGATTTATTTATGGTA
1 TAGCATGTTCAATCAACTGAGTTTTTTGCTAACATAATTACTAACTAATTGATTTATTTATGGCA
* ** *
7811 AAATTAAATAATCATCAATCAATTATAACTTTGATTGGCAAAGTTAACTAATGACTCACTTGATT
66 AAATTAAATAATCATCAATAAATTATAACTTTGATTGGCAAAGTTAACTAAAAACTAACTTGATT
*
7876 CGTTTGTCTATTTAGCATGTTC
131 CGTTTATCTATTTAGCATGTTC
7898 AATAATTAAT
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 18, Indels: 3
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
174 94 0.71
175 38 0.29
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (175 bp):
TAGCATGTTCAATCAACTGAGTTTTTTGCTAACATAATTACTAACTAATTGATTTATTTATGGCA
AAATTAAATAATCATCAATAAATTATAACTTTGATTGGCAAAGTTAACTAAAAACTAACTTGATT
CGTTTATCTATTTAGCATGTTCTCTTTTTTTGGCATCAATTTATT
Found at i:8106 original size:167 final size:165
Alignment explanation
Indices: 7800--8282 Score: 689
Period size: 167 Copynumber: 2.9 Consensus size: 165
7790 CTAATTGATT
* * *
7800 TATTTATGGTAAAATTAAATAATCATCAATCAATTATAACTTTGATTGGCAAAGTTAACTAATGA
1 TATTTATGGTAAAATTAAATAATCATCAATCAATTAAAACTTTGATTGGCAAAATTAACTAACGA
* * * * *
7865 CTCACTTGATTCGTTTGTCTATTTAGCATGTTCAATAATTAATTTTTTTGGTAACATAATCACTA
66 CTAACTTGATTCATTTAT-TATTTAGCATGTTCAATAATTTATTTTTTTGGTAACATAATTACTA
7930 ATTGATTTATTTATTTATAGTAAC-TTTTTGGTAGC
130 ATTGATTTATTTATTTATAGTAACTTTTTTGGTAGC
* * *
7965 TATTTATGGTAAAATTAAAATAATTATCAATCAATAAAAACTTTGATTGACAAAATTAACTAACG
1 TATTTATGGTAAAATT-AAATAATCATCAATCAATTAAAACTTTGATTGGCAAAATTAACTAACG
* * *
8030 ACTAACTTGAATTCATTTATTAATTTACCATGTTTAATAATTTATTTTTTTGGTAACAAAATTAC
65 ACTAACTTG-ATTCATTTATT-ATTTAGCATGTTCAATAATTTATTTTTTTGGTAACATAATTAC
* *
8095 TAATTGATTTATTTGTTTATGGTAACTTTTTTGGTAGC
128 TAATTGATTTATTTATTTATAGTAACTTTTTTGGTAGC
* * *
8133 GATTTATGATAAAATTAAATAATCATCAATCAATTACAACTTTGATTGGCAAAATTAACTAACGA
1 TATTTATGGTAAAATTAAATAATCATCAATCAATTAAAACTTTGATTGGCAAAATTAACTAACGA
* *
8198 CTAACTTGATTCATTTATTTATTTAGCATGTTCAATCAATTTTATTTTTTTGCTAACGTAATTAC
66 CTAACTTGATTCATTTA-TTATTTAGCATGTTCAAT-AA-TTTATTTTTTTGGTAACATAATTAC
**
8263 TAATTGATTCGTTTATTTAT
128 TAATTGATTTATTTATTTAT
8283 GACAAAATTA
Statistics
Matches: 281, Mismatches: 30, Indels: 11
0.87 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
165 16 0.06
166 74 0.26
167 127 0.45
168 64 0.23
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (165 bp):
TATTTATGGTAAAATTAAATAATCATCAATCAATTAAAACTTTGATTGGCAAAATTAACTAACGA
CTAACTTGATTCATTTATTATTTAGCATGTTCAATAATTTATTTTTTTGGTAACATAATTACTAA
TTGATTTATTTATTTATAGTAACTTTTTTGGTAGC
Found at i:8415 original size:126 final size:129
Alignment explanation
Indices: 8170--8842 Score: 500
Period size: 142 Copynumber: 4.9 Consensus size: 129
8160 AATCAATTAC
8170 AACTTTGATTGGCAAAATTAACTAACGACTAACTTGATTCATTTATTTATTTAGCATGTTCAATC
1 AACTTTGATTGGCAAAATTAACTAACGACTAACTTGATTCATTTATTTATTTAGCATGTTCAATC
* * * *
8235 AATTTTATTTTTTTGCTAACGTAATTACTAATTGATTCGTTTATTTATGACAAAATTATAGGAGT
66 AAGTTTA-TTTTTTGCTAACATAATTACTAATTGATTCATTTATTCATGACAAAATTATAGGAGT
* * ** * * *
8300 AACTTTGATTGGCAAAGTTGACT-TGGACTAACTTGGTTCATTTGTTTATTTAGCATGTTGAATC
1 AACTTTGATTGGCAAAATTAACTAACGACTAACTTGATTCATTTATTTATTTAGCATGTTCAATC
*
8364 -AGTTTA-TTTTTGCTAACATAATTACTAATTGATTCATTTATTCATGGCAAAATTTAATAATCA
66 AAGTTTATTTTTTGCTAACATAATTACTAATTGATTCATTTATTCAT-G-ACAA---AAT--T-A
**
8427 TCAATTAGTTAT
123 T--AGGAG---T
* * * * *
8439 AACTTTGATTGGCAAAGTTAATTAACGACTAATTTAATTCATTTATTTATTTAGTATGTTCAATC
1 AACTTTGATTGGCAAAATTAACTAACGACTAACTTGATTCATTTATTTATTTAGCATGTTCAATC
* *
8504 AA-TTTATCTTTTTGCTAACATAATTACTAATTGATTCTTTTATTTAT-AGCAAAATCAAATCAC
66 AAGTTTAT-TTTTTGCTAACATAATTACTAATTGATTCATTTATTCATGA-CAAAAT----T---
** *
8567 CATCAATCAATTAT
122 -AT--A-GGA--GT
* * * * *
8581 AACTTTGATTGACAAAGTTGATTAACAACTAACTTGATTCATTTATTTATTTAGCATGTTCAATC
1 AACTTTGATTGGCAAAATTAACTAACGACTAACTTGATTCATTTATTTATTTAGCATGTTCAATC
* * * *
8646 AA-TTTACTTTTTTGAC-AACATAATTACTAATTTATTTATTTATTTATGGCAAAATTAAATAAT
66 AAGTTTA-TTTTTTG-CTAACATAATTACTAATTGATTCATTTATTCAT-G--ACA--AAAT--T
** *
8709 CATCCATCAATTAT
122 -AT--A-GGA--GT
* * * *
8723 AACTTTGATTAGCAAAGTTAACTAACGACTAACTTGATTAATTTATTTATTTTGCATGTTCAATC
1 AACTTTGATTGGCAAAATTAACTAACGACTAACTTGATTCATTTATTTATTTAGCATGTTCAATC
* * *
8788 AA-TTTATTTTTTTC-AACATAATTACTAATTGATTCATTTATTTATGGCAAAATTA
66 AAGTTTATTTTTTGCTAACATAATTACTAATTGATTCATTTATTCATGACAAAATTA
8843 AATAATCATT
Statistics
Matches: 456, Mismatches: 53, Indels: 66
0.79 0.09 0.11
Matches are distributed among these distances:
126 36 0.08
127 1 0.00
128 8 0.02
129 36 0.08
130 21 0.05
131 3 0.01
132 1 0.00
133 2 0.00
134 2 0.00
135 4 0.01
136 3 0.01
137 4 0.01
139 27 0.06
140 69 0.15
141 7 0.02
142 220 0.48
143 3 0.01
145 4 0.01
146 1 0.00
147 4 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (129 bp):
AACTTTGATTGGCAAAATTAACTAACGACTAACTTGATTCATTTATTTATTTAGCATGTTCAATC
AAGTTTATTTTTTGCTAACATAATTACTAATTGATTCATTTATTCATGACAAAATTATAGGAGT
Found at i:8556 original size:142 final size:139
Alignment explanation
Indices: 8299--8851 Score: 750
Period size: 142 Copynumber: 3.9 Consensus size: 139
8289 ATTATAGGAG
* * * * *
8299 TAACTTTGATTGGCAAAGTTGACTT--GGACTAACTTGGTTCATTTGTTTATTTAGCATGTTGAA
1 TAACTTTGATTGGCAAAGTT-AATTAACGACTAACTTGATTCATTTATTTATTTAGCATGTTCAA
* * *
8362 TCAGTTTATTTTTGCTAACATAATTACTAATTGATTCATTTATTCATGGCAAAATTTAATAATCA
65 TCAATTTATTTTTGC-AACATAATTACTAATTGATTCATTTATTTATGGCAAAATTAAATAATCA
* *
8427 TCAATTAGTTA
129 TCAATCAATTA
* * *
8438 TAACTTTGATTGGCAAAGTTAATTAACGACTAATTTAATTCATTTATTTATTTAGTATGTTCAAT
1 TAACTTTGATTGGCAAAGTTAATTAACGACTAACTTGATTCATTTATTTATTTAGCATGTTCAAT
* * * * *
8503 CAATTTATCTTTTTGCTAACATAATTACTAATTGATTCTTTTATTTATAGCAAAATCAAATCACC
66 CAATTTA--TTTTTGC-AACATAATTACTAATTGATTCATTTATTTATGGCAAAATTAAATAATC
8568 ATCAATCAATTA
128 ATCAATCAATTA
* * *
8580 TAACTTTGATTGACAAAGTTGATTAACAACTAACTTGATTCATTTATTTATTTAGCATGTTCAAT
1 TAACTTTGATTGGCAAAGTTAATTAACGACTAACTTGATTCATTTATTTATTTAGCATGTTCAAT
* *
8645 CAATTTACTTTTTTGACAACATAATTACTAATTTATTTATTTATTTATGGCAAAATTAAATAATC
66 CAATTTA--TTTTTG-CAACATAATTACTAATTGATTCATTTATTTATGGCAAAATTAAATAATC
*
8710 ATCCATCAATTA
128 ATCAATCAATTA
* * * *
8722 TAACTTTGATTAGCAAAGTTAACTAACGACTAACTTGATTAATTTATTTATTTTGCATGTTCAAT
1 TAACTTTGATTGGCAAAGTTAATTAACGACTAACTTGATTCATTTATTTATTTAGCATGTTCAAT
*
8787 CAATTTATTTTTTTCAACATAATTACTAATTGATTCATTTATTTATGGCAAAATTAAATAATCAT
66 CAATTTA-TTTTTGCAACATAATTACTAATTGATTCATTTATTTATGGCAAAATTAAATAATCAT
8852 TAGCTTTTGG
Statistics
Matches: 365, Mismatches: 44, Indels: 9
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
138 3 0.01
139 20 0.05
140 87 0.24
141 6 0.02
142 248 0.68
143 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (139 bp):
TAACTTTGATTGGCAAAGTTAATTAACGACTAACTTGATTCATTTATTTATTTAGCATGTTCAAT
CAATTTATTTTTGCAACATAATTACTAATTGATTCATTTATTTATGGCAAAATTAAATAATCATC
AATCAATTA
Done.