Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01016170.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig16203, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2314
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.16, T:0.35
Found at i:991 original size:93 final size:93
Alignment explanation
Indices: 877--1060 Score: 251
Period size: 93 Copynumber: 2.0 Consensus size: 93
867 AGTTTTGCAT
* * ** *
877 GATTTTTGGCACCAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAGTCAAATCTCAGTCAAATTGGA
1 GATTTTGGGCACCAAAACTCCTTGAAATATCTAAATTCATATAACCAAATCTCAGCCAAATTGGA
942 TTTAAGGATTTGGTTTTACAAGCATCAA
66 TTTAAGGATTTGGTTTTACAAGCATCAA
* * * * * *
970 GATTTTGGGCACCTAGACTCCTTGAAATATTTAAATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGA
1 GATTTTGGGCACCAAAACTCCTTGAAATATCTAAATTCATATAACCAAATCTCAGCCAAATTGGA
* *
1035 TTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATC
66 TTTAAGGATTTGGTTTTACAAGCATC
1061 TGAATCTTGC
Statistics
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0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
93 78 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (93 bp):
GATTTTGGGCACCAAAACTCCTTGAAATATCTAAATTCATATAACCAAATCTCAGCCAAATTGGA
TTTAAGGATTTGGTTTTACAAGCATCAA
Found at i:1729 original size:93 final size:93
Alignment explanation
Indices: 1632--1808 Score: 246
Period size: 93 Copynumber: 1.9 Consensus size: 93
1622 AGTTTTGCAT
* * ** *
1632 GATTTTTGGCACCAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAGTCAAATCTCAGTCAAATTGGA
1 GATTTTGGGCACCAAAACTCCTTGAAATATCTAAATTCATATAACCAAATCTCAGCCAAATTGGA
1697 TTTAAGGATTTGGTTTTACAAGCATCAA
66 TTTAAGGATTTGGTTTTACAAGCATCAA
* * * * * *
1725 GATTTTGGGCACCTAGACTCCTTGAAATATTTAAATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGA
1 GATTTTGGGCACCAAAACTCCTTGAAATATCTAAATTCATATAACCAAATCTCAGCCAAATTGGA
*
1790 TTTAAGGATTTGTTTTTAC
66 TTTAAGGATTTGGTTTTAC
1809 GATCATCTGA
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 12, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
93 72 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (93 bp):
GATTTTGGGCACCAAAACTCCTTGAAATATCTAAATTCATATAACCAAATCTCAGCCAAATTGGA
TTTAAGGATTTGGTTTTACAAGCATCAA
Found at i:2036 original size:755 final size:753
Alignment explanation
Indices: 1--2111 Score: 3924
Period size: 754 Copynumber: 2.8 Consensus size: 753
* * * *
1 GGACAAAAATTGAGGATATATCTTTTGGGTCAA-TTTGTTTTGTAAAATTTTAGCTTAAATCGTG
1 GGACAAAAATTGAGGACATATCTTTTGGGTCAATTTTTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTG
*
65 TAATAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAACCGCTTTCCAGGACCCCGGCTTAGTTTTGCATGA-TT
66 TAATAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAACCGCTTTCCGGGACCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTT
*
129 TTGGCAACAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAGTCAAATCTCAGTCAAATTGGATTTAA
131 TTGGCACCAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAGTCAAATCTCAGTCAAATTGGATTTAA
194 GGATTTGGTTTTACAAGCATCAAGATTTTGGGCACCTAGACTCCTTGAAATATTTAAATTTATCT
196 GGATTTGGTTTTACAAGCATCAAGATTTTGGGCACCTAGACTCCTTGAAATATTTAAATTTATCT
*
259 AACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTG-TTTTACGAGCATCTGAAACTTGCTTCGAT
261 AACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGCTTCGAT
323 TAATTTAAAATTAATTCATAAAAAAATAAGAAAAACGATATTAGAAGAGTAAAAATCCCTCGAAT
326 TAATTTAAAATTAATTCATAAAAAAATAAGAAAAACGATATTAGAAGAGTAAAAATCCCTCGAAT
388 ATTTTTTCCATTGAATTATATATTATCTATCAGCATTTTTGCGAAAAATTGAGGAATTATCTTTC
391 ATTTTTTCCATTGAATTATATATTATCTATCAGCATTTTTGCGAAAAATTGAGGAATTATCTTTC
*
453 GGGTCAGCTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACCATCACAATTTTTGGCTAAAAACACCA
456 GGGTCAGCTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACCATCACAATTTTTGGCTAAAAACGCCA
*
518 TGGCCCCGACTAAATTTTGCATGATTTTTGACACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTA
521 TGGCCCCGACT-AATTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTA
583 TTCAAATCTCAACCATATTGGATTTAAAGATTTGTTTATACTCCTTGAAATATCATGTTTCGATT
585 TTCAAATCTCAACCATATTGGATTTAAAGATTTGTTTATACTCCTTGAAATATCATGTTTCGATT
648 TAATGAGAAATTAATTTAGCAAACCATAGGAAAAACGATTTTAAAAGCATGAAAAGCCTTTCAAT
650 TAATGAGAAATTAATTTAGCAAACCATAGGAAAAACGATTTTAAAAGCATGAAAAGCCTTTCAAT
*
713 TGTTATGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGACTATTGT
715 TGTTATGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGACTATTAT
752 GGACAAAAATTGAGGACATATCTTTTGGGTCAATTTTTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTG
1 GGACAAAAATTGAGGACATATCTTTTGGGTCAATTTTTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTG
817 TAATAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAACCGCTTTCCGGGACCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTT
66 TAATAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAACCGCTTTCCGGGACCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTT
882 TTGGCACCAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAGTCAAATCTCAGTCAAATTGGATTTAA
131 TTGGCACCAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAGTCAAATCTCAGTCAAATTGGATTTAA
947 GGATTTGGTTTTACAAGCATCAAGATTTTGGGCACCTAGACTCCTTGAAATATTTAAATTTATCT
196 GGATTTGGTTTTACAAGCATCAAGATTTTGGGCACCTAGACTCCTTGAAATATTTAAATTTATCT
1012 AACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGCTTCGAT
261 AACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGCTTCGAT
1077 TAATTTAAAATTAATTCATAAAAAAATAAGAAAAACGATATTAGAAGAGTAAAAATCCCTCGAAT
326 TAATTTAAAATTAATTCATAAAAAAATAAGAAAAACGATATTAGAAGAGTAAAAATCCCTCGAAT
* * *
1142 ATTTTTTCCATTGAATTATATATTATCTATGAGCATTTTGGCGAAAAATTGAGGAAATATCTTTC
391 ATTTTTTCCATTGAATTATATATTATCTATCAGCATTTTTGCGAAAAATTGAGGAATTATCTTTC
* *
1207 AGGTCAGCTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACCATCACAATTTTTGGCTAAAAACGCCG
456 GGGTCAGCTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACCATCACAATTTTTGGCTAAAAACGCCA
1272 TGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTA
521 TGGCCCCGACT-AATTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTA
* *
1337 TTCAAATCTCAGCCATATTGGATTTAAGGATTTGTTTATACTCCTTGAAATATCATGTTTCGATT
585 TTCAAATCTCAACCATATTGGATTTAAAGATTTGTTTATACTCCTTGAAATATCATGTTTCGATT
1402 TAATGAGAAATTAATTTAGCAAACCATAGGAAAAACGATTTTAAAAGCATGAAAAGCCTTTCAAT
650 TAATGAGAAATTAATTTAGCAAACCATAGGAAAAACGATTTTAAAAGCATGAAAAGCCTTTCAAT
*
1467 TGTTATGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGCCTATTAT
715 TGTTATGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGACTATTAT
1506 GGACAAAAATTGAGGACATATCTTTTGGGTCAATTTTTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTG
1 GGACAAAAATTGAGGACATATCTTTTGGGTCAATTTTTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTG
* *
1571 TAATAATCATCACGGTTTTTTGGCTAAAACCGCTTTCCGGGACCCCGACTTAGTTTTGCATGATT
66 TAATAACCATCACGG-TTTTTGGCTAAAACCGCTTTCCGGGACCCCGGCTTAGTTTTGCATGATT
1636 TTTGGCACCAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAGTCAAATCTCAGTCAAATTGGATTTA
130 TTTGGCACCAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAGTCAAATCTCAGTCAAATTGGATTTA
1701 AGGATTTGGTTTTACAAGCATCAAGATTTTGGGCACCTAGACTCCTTGAAATATTTAAATTTATC
195 AGGATTTGGTTTTACAAGCATCAAGATTTTGGGCACCTAGACTCCTTGAAATATTTAAATTTATC
*
1766 TAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTGAATCTTGCTTCGA
260 TAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGCTTCGA
*
1831 TGAATTTAAAATTAATTCAT-AAAAAATAAGAAAAACGATATTAGAAGAGTAAAAATCCCTCGAA
325 TTAATTTAAAATTAATTCATAAAAAAATAAGAAAAACGATATTAGAAGAGTAAAAATCCCTCGAA
*
1895 TATTTTTTCCCTTGAATTATATATTATCTATCAGCAATTTTTGCGAAAAATTGAGGAATTATCTT
390 TATTTTTTCCATTGAATTATATATTATCTATCAGC-ATTTTTGCGAAAAATTGAGGAATTATCTT
*
1960 TTGGGTCAGCTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACCATCACAATTTTTGGCTAAAAACGC
454 TCGGGTCAGCTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACCATCACAATTTTTGGCTAAAAACGC
* *
2025 CATGGCCCCGACTAAATTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTTCTTGAAATATCTATATTCATCT
519 CATGGCCCCGACTAATTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCT
2090 ATTCAAATCTCAACCATATTGG
584 ATTCAAATCTCAACCATATTGG
2112 CGCTCACACT
Statistics
Matches: 1322, Mismatches: 33, Indels: 7
0.97 0.02 0.01
Matches are distributed among these distances:
751 32 0.02
752 89 0.07
753 166 0.13
754 672 0.51
755 363 0.27
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (753 bp):
GGACAAAAATTGAGGACATATCTTTTGGGTCAATTTTTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTG
TAATAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAACCGCTTTCCGGGACCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTT
TTGGCACCAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAGTCAAATCTCAGTCAAATTGGATTTAA
GGATTTGGTTTTACAAGCATCAAGATTTTGGGCACCTAGACTCCTTGAAATATTTAAATTTATCT
AACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGCTTCGAT
TAATTTAAAATTAATTCATAAAAAAATAAGAAAAACGATATTAGAAGAGTAAAAATCCCTCGAAT
ATTTTTTCCATTGAATTATATATTATCTATCAGCATTTTTGCGAAAAATTGAGGAATTATCTTTC
GGGTCAGCTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACCATCACAATTTTTGGCTAAAAACGCCA
TGGCCCCGACTAATTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAT
TCAAATCTCAACCATATTGGATTTAAAGATTTGTTTATACTCCTTGAAATATCATGTTTCGATTT
AATGAGAAATTAATTTAGCAAACCATAGGAAAAACGATTTTAAAAGCATGAAAAGCCTTTCAATT
GTTATGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGACTATTAT
Done.