Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01016242.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig16275, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 26235
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.16, T:0.32
Found at i:7 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 1--27 Score: 54
Period size: 2 Copynumber: 13.5 Consensus size: 2
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
28 CAACACCAAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 25 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:601 original size:328 final size:328
Alignment explanation
Indices: 113--1499 Score: 1377
Period size: 328 Copynumber: 4.2 Consensus size: 328
103 GATCCAAATT
* * * *
113 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAAATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCA
1 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCA
* * * * * * *
178 AGGAGTGTTGCCACCAAAAATCATGCAAAACTGA-CCCGGAACCCCAGAACGCATTTTTAGCTAA
66 AGGAGTCTTG-CGCCAAAAATCATGCAAAACTAATCCAGG-TCCCCAGAACGCGTTTTTAGC-CA
* * *
242 AAAACTGTGATG-G-TACACAATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCC
128 AAAACCGTGATGAGTTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCC
* * * *
305 TCAATTTTAAGCCACAATACTCAT-AGAATATATATAATTAAACGCCAAAAATATTGGAGGACTT
193 TCAATTTT-AGCCAAAATACTCATAAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTT
* * *
369 TTCAAGCTTTTAATATGGTTTTTCATATTTTTCTAAATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAAGAT
257 TTCAAGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAAT
*
434 TCATATG
322 TCAGATG
* * *
441 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTCATTGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATGTTTCA
1 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCA
** * ** * *
506 AGGAGTCTCTGCGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGGGGTTCTGA-AACGTGTTTTTAGCCTA
66 AGGAGTCT-TGCGCCAAAAATCATGCAAAACTAA-TCCAGGTCCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAA
* * * *
570 AAACCGTGATG-GTTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAAAATGACCTGAAAAAATTTTTC
129 AAACCGTGATGAGTTACACGATTTCAGCTAAAATTTTG-TAAAAATTGACCCG-AAATATTTTTC
* * * *
634 ATCAATTTTTGGCATAAATACTTA-AAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGACT
192 CTCAATTTTAGCCA-AAATACTCATAAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGACT
* * * *
698 TTTCACA-ATTTTAATATCGTTTTTCATACTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAA
256 TTTCA-AGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAA
762 ATT-AGATG
320 ATTCAGATG
** * * * *
770 CTCGT-AAAACAAATTTTTAAATCCAATGTAGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGACATGTCA
1 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCA
* * * * *** * *
834 AAGAGACTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTTAGTCGAGG-CCGTGGAATGCGTTTTTAGTCAA
66 AGGAGTCTT-GCGCCAAAAATCATGCAAAAC-TAATCCAGGTCCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAA
* * * * *
898 AAACCGTGATGATAATTATTTACACGATTTCGGCTAGAATTTTGTAAAAGTTGACTCGAAAGT-T
129 AAACCGTGATG------AGTTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAA-TAT
* * * * *
962 ATTTCCTCAATTTTTAGCCACAATAATCATAAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAA
187 TTTTCCTCAA-TTTTAGCCAAAATACTCATAAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGATTGGA
* * ** * * * * *
1027 GGGCTTTTCATGCTTCGAATATCGTTTTTCCTATTATTTTCCAAATTAATTTTTAATCAAACCGA
251 GGACTTTTCAAGCTTTTAATATCGTTTTTCATA-T-TTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGA
**
1092 AACATGATTCAGATG
314 AACAAAATTCAGATG
* * * * * * *
1107 CT--TATTATACAAATCCTCAAATCCAATGTGGATGAGATTTGGTTAGATTAATATAAATATTTC
1 CTCGTA-AAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTC
* * * *
1170 AAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAACACTGAA-CCAGGTCCCCAGAATGCGTTTTTAACCA
65 AAGGAGTCT-TGCGCCAAAAATCATGCAAAACT-AATCCAGGTCCCCAGAACGCGTTTTTAGCCA
* * * *
1234 AAAACCGTGATTTCGACTAACGTACACGATTTCAGCTAATATTTT-TCAAATATTGACCAGAAAT
128 AAAACCGTGA--T-GAGT----TACACGATTTCAGCTAAAATTTTGT-AAAAATTGACCCGAAAT
* * * * * *
1298 AGTTTTCCTCGATTTTTGTCTAAAATACTCATAAAAAATATATATAATTTAACTCCAAAAATATT
185 ATTTTTCCTCAATTTTAG-CCAAAATACTCAT-AAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGATT
* *
1363 GGAGGACTTTT-AACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTTGAATTAATTTCTAATTAAATC
248 GGAGGACTTTTCAA-GCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATC
1427 GAAACAAAATTCAGATG
312 GAAACAAAATTCAGATG
* * *
1444 CTCGTAAAAATAAATCCATAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATA
1 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATA
1500 TATTTAGTAC
Statistics
Matches: 852, Mismatches: 162, Indels: 80
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
327 14 0.02
328 226 0.27
329 29 0.03
330 122 0.14
331 1 0.00
333 18 0.02
334 77 0.09
335 24 0.03
336 35 0.04
337 152 0.18
338 93 0.11
339 60 0.07
340 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (328 bp):
CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCA
AGGAGTCTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACTAATCCAGGTCCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAA
ACCGTGATGAGTTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCA
ATTTTAGCCAAAATACTCATAAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCA
AGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAG
ATG
Found at i:1388 original size:673 final size:663
Alignment explanation
Indices: 255--1498 Score: 1622
Period size: 673 Copynumber: 1.9 Consensus size: 663
245 ACTGTGATGG
*
255 TACACAATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTAAGCCAC
1 TACACAATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAATATATTTCCTCAATTTTAAGCCAC
* * * * **
320 AATACTCATAGAATATATATAATTAAACGCCAAAAATATTGGAGGACTTTTCAAGCTTTTAATAT
66 AATAATCATAAAATATATATAATTAAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCAAGCTTCGAATAT
* * * * *
385 GGTTTTTCATATTTTTCTAAATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCATATGCTCGTAAAA
131 CGTTTTTCATATTTTTCCAAATTAAATTCTAATCAAACCGAAACAAGATTCAGATGCTC-TAAAA
* * * * * *
450 ACAAATCCTTAAATTCATTGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATGTTTCAAGGAGTCTC
195 ACAAATCCTCAAATCCAATGTGGATGAGATTTGATTAGATGAATATAAATATTTCAAGGAGTCTC
* ** * ** * * *
515 TGCGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGGGGTTCTGAAACGTGTTTTTAGCCTAAAACCGTGAT
260 GGCGCCAAAAATCATGCAAAACTAAG-CCAGGTCCCCAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGAT
* * *
580 GGTTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAAAATGACCTGAAAAAATTTTTCATCAATTTTTG
324 GCTTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAAAATGACCAGAAAAAAGTTTTCATCAATTTTTG
*
645 GCATAAATACTTAAAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACAATTTT
389 GCATAAATACTTAAAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTAACAATTTT
710 AATATCGTTTTTCATACTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAAATT-AGATGCTCG
454 AATATCGTTTTTCATACTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAAATTCAGATGCTCG
***
774 T-AAAACAAATTTTTAAATCCAATGTAGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGACATGTCAAAGA
519 TAAAAACAAATCCATAAATCCAATGTAGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGACATGTCAAAGA
838 GACTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTTAGTCGAGGCCGTGGAATGCGTTTTTAGTCAAAAACC
584 GACTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTTAGTCGAGGCCGTGGAATGCGTTTTTAGTCAAAAACC
903 GTGATGATAATTATT
649 GTGATGATAATTATT
* * * * *
918 TACACGATTTCGGCTAGAATTTTGTAAAAGTTGACTCGAAAGT-TATTTCCTCAATTTTTAGCCA
1 TACACAATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAA-TATATTTCCTCAATTTTAAGCCA
* * *
982 CAATAATCATAAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCATGCTTCGAAT
65 CAATAATCAT-AAAATATATATAATTAAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCAAGCTTCGAAT
* * * *
1047 ATCGTTTTTCCTATTATTTTCCAAATTAATTTTTAATCAAACCGAAACATGATTCAGATGCT-TA
129 ATCGTTTTTCATA-T-TTTTCCAAATTAAATTCTAATCAAACCGAAACAAGATTCAGATGCTCTA
* * * *
1111 TTATACAAATCCTCAAATCCAATGTGGATGAGATTTGGTTAGATTAATATAAATATTTCAAGGAG
192 -AAAACAAATCCTCAAATCCAATGTGGATGAGATTTGATTAGATGAATATAAATATTTCAAGGAG
* *
1176 TCTCGGCGCCAAAAATCATGCAACACTGAA-CCAGGTCCCCAGAATGCGTTTTTAACCAAAAACC
256 TCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACT-AAGCCAGGTCCCCA-AACGCGTTTTTAACCAAAAACC
* * * * *
1240 GTGATTTCGACTAACGTACACGATTTCAGCTAATATTTTTC-AAATATTGACCAG-AAATAGTTT
319 GTGA--T-G-CT----TACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAAAATGACCAGAAAAAAGTTT
* * * * *
1303 TCCTCGATTTTTGTC-TAAAATACTCATAAAAAATATATATAATTTAACTCCAAAAATATTGGAG
376 TCATCAATTTTTGGCAT-AAATACT--TAAAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAG
** * * *
1367 GACTTTTAACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAC
438 GACTTTTAACAATTTTAATATCGTTTTTCATACTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAAC
* * *
1432 AAAATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCATAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAAT
503 AAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCATAAATCCAATGTAGCTGAGATTTGATTAGATGAAT
1497 AT
568 AT
1499 ATATTTAGTA
Statistics
Matches: 491, Mismatches: 70, Indels: 28
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
663 65 0.13
664 66 0.13
665 102 0.21
666 41 0.08
667 1 0.00
668 1 0.00
669 1 0.00
670 1 0.00
671 26 0.05
672 10 0.02
673 124 0.25
674 10 0.02
675 43 0.09
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (663 bp):
TACACAATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAATATATTTCCTCAATTTTAAGCCAC
AATAATCATAAAATATATATAATTAAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCAAGCTTCGAATAT
CGTTTTTCATATTTTTCCAAATTAAATTCTAATCAAACCGAAACAAGATTCAGATGCTCTAAAAA
CAAATCCTCAAATCCAATGTGGATGAGATTTGATTAGATGAATATAAATATTTCAAGGAGTCTCG
GCGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGCCAGGTCCCCAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGC
TTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAAAATGACCAGAAAAAAGTTTTCATCAATTTTTGGC
ATAAATACTTAAAAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTAACAATTTTAA
TATCGTTTTTCATACTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAAATTCAGATGCTCGTA
AAAACAAATCCATAAATCCAATGTAGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGACATGTCAAAGAGA
CTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTTAGTCGAGGCCGTGGAATGCGTTTTTAGTCAAAAACCGT
GATGATAATTATT
Found at i:2778 original size:648 final size:655
Alignment explanation
Indices: 1788--3016 Score: 1589
Period size: 648 Copynumber: 1.9 Consensus size: 655
1778 CGGTTCCCGG
*
1788 AACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGATTATTGCACGATTTTGGCTAAAATTTTGCAAAAATT
1 AACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGATTATTGCACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATT
* * * *
1853 GACCCGGAAGATATTTCCTCAATTTTTAGTCATAATACTCATAAAAAATATGTAATTAATCGTCA
66 GACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTAGTCAAAATACTCATAAAAAATATATAATTAATCGCCA
**
1918 AAAGATTGAAGGGCTTTTGACACTTTTAATATCGTTTTTTCATATTCTTTCTGAATTAAATTCTA
131 AAAGATTGAAGGGCTTTTGACACTTTTAATATCGTTTTTTCATATTCTTTCCAAATTAAATTCTA
*
1983 ATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATGCAATGTGGCTAAGATT
196 ATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTAAGATT
* * * * * *
2048 TTATTAGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTGTCAGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTAGT
261 TAATTAGATGAATATAAATATTTCAAGGAGTGTCAGAGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCAGA
* * * *
2113 GCCTCGAAACTCGTTTTTAGCCAGAAAC-CG-T-G-A-T-G-GTTT-GGCT-AAAATTTTACAAA
326 CCCTCGAAACGCGTTTTTACCCAAAAACGCGATGGTATTAGAGTTTCGGCTAAAAATTTTAC--A
* * * *
2169 AAAAATGACCCGAAAAATTTTTCCTTAATTTTTAGATGAAATACTCATAAAATATATATAATTTA
389 AAAAATGACACGAAAAATTTCTCCTCAATTTTTAGATAAAATACTCATAAAA-ATATATAATTTA
* * * *
2234 ACGGCAAAAAGATTGGAG-GACTTTTCACGCTCTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAA
453 ACGCCAAAAAGATTGGAGAG-CTTTTCACGCTCTTAATATCGTATTTCATATTTTACTAAATTAA
*
2298 TTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGT-AAAA-AAATTCTTAAATCCACCGTGGCT
517 TTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCCACCGTGGCT
2361 GAGATTTGATTAGATGAATATAGTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGAAAAAAAAAAGCAG
582 GAGATTTGATTAGATGAATATAGTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGAAAAAAAAAAGCAG
2426 GGGCCCCAT
647 GGGCCCCAT
* * * * *
2435 AACGC-TTTTTATCCAAAAA-CTGTGATGGTTATTGCATACGATTTCGGTTAAAATTTTGTAAAG
1 AACGCGTTTTTAGCCAAAAATC-GTGATGATTATTGC--ACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAA
* * * * *
2498 ATTGAGCCGAAAGATATTTCCT-TATTTTTTGGCTAAAATGCTCATAAAAAATATAT-ATCTGAA
63 ATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTAGTC-AAAATACTCATAAAAAATATATAAT-T-AA
* * *
2561 -CGCCCAAAAGATTGAAGGGCTTTTGAC-GTTTCTAATATCG-TTTTTCCTATTTTTTCCAAATT
125 TCG-CCAAAAGATTGAAGGGCTTTTGACACTTT-TAATATCGTTTTTTCATATTCTTTCCAAATT
* * **
2623 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAGAAATCCTTAAATTTAATGTGG
188 AAATTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGG
* * * *
2688 GTGAGATTTAATTAGATGAATATAAATATTTCAAGTAGTGTCAGAGCCAAAAATCATGCAAAATT
253 CTAAGATTTAATTAGATGAATATAAATATTTCAAGGAGTGTCAGAGCCAAAAATCATGCAAAACT
*
2753 GAGCCAGAACCCT-GAAACGCGTTTTTACCCAAAAACTGTGATGGTTTATTAGTACACAGTTTCG
318 GAGCCAG-ACCCTCGAAACGCGTTTTTACCCAAAAAC-GCGATGG--TATTAG-----AGTTTCG
* * * * *
2817 GCTAAAAATTTTACAAAAATTGACATGAAAGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAA
374 GCTAAAAATTTTACAAAAAATGACACGAAAAATTTCTCCTCAATTTTTAGATAAAATACTCATAA
* * * * *
2882 AAATATATAATTTAATGCCAAAAAGATTGGAGAGCTTTTTACGCTTTTAATATTGTATTTCTTAT
439 AAATATATAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGAGCTTTTCACGCTCTTAATATCGTATTTCATAT
*
2947 TTTACTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAA
504 TTTACTAAATTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAA
3012 ATCCA
569 ATCCA
3017 ATGTTGATGA
Statistics
Matches: 493, Mismatches: 60, Indels: 41
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
645 1 0.00
646 26 0.05
647 15 0.03
648 228 0.46
649 36 0.07
650 1 0.00
651 1 0.00
652 1 0.00
655 1 0.00
656 1 0.00
657 1 0.00
662 99 0.20
663 53 0.11
664 19 0.04
665 10 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (655 bp):
AACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGATTATTGCACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATT
GACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTAGTCAAAATACTCATAAAAAATATATAATTAATCGCCA
AAAGATTGAAGGGCTTTTGACACTTTTAATATCGTTTTTTCATATTCTTTCCAAATTAAATTCTA
ATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTAAGATT
TAATTAGATGAATATAAATATTTCAAGGAGTGTCAGAGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCAGA
CCCTCGAAACGCGTTTTTACCCAAAAACGCGATGGTATTAGAGTTTCGGCTAAAAATTTTACAAA
AAATGACACGAAAAATTTCTCCTCAATTTTTAGATAAAATACTCATAAAAATATATAATTTAACG
CCAAAAAGATTGGAGAGCTTTTCACGCTCTTAATATCGTATTTCATATTTTACTAAATTAATTTA
TAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCCACCGTGGCTGAGA
TTTGATTAGATGAATATAGTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGAAAAAAAAAAGCAGGGGC
CCCAT
Found at i:2991 original size:335 final size:322
Alignment explanation
Indices: 1788--3031 Score: 1043
Period size: 326 Copynumber: 3.8 Consensus size: 322
1778 CGGTTCCCGG
* * * *
1788 AACGCGTTTTTAGCCAAAAA-TCGTGATGATTATTG--CACGATTTTGGCTAAAATTTTGCAAAA
1 AACGC-TTTTTACCCAAAAACT-GTGATGGTTATTGCACACG-TTTCGGCTAAAATTTTACAAAA
* * * * *
1850 ATTGACCCGGAAGATATTTCCTCAATTTTTAG-TCATAATACTCATAAAAAATATGTAA-TTAAT
63 ATTGA-CCGAAAGAT-TTTCCTTAATTTTTGGCT-AAAATACTCAT-AAAAATATATAATTTAA-
* * * * *
1913 CGTC-AAAAGATTGAAGGGCTTTTGACACTTTTAATATCGTTTTTTCATATTCTTTCTGAATTAA
123 CGCCAAAAAGATTGGA-GGCTTTTCACGCTTTTAATATCG-TTTTTCATATT-TTTCTAAATTAA
* * *
1977 ATTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATGCAATGTGGCT
185 TTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAA-AAATTCTTAAATCCAATGTGGAT
* * * * * * ***
2042 AAGATTTTATTAGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTGTCAGCGCCAAAAATCATG-CAAAACTG
249 GAGATTTAATTAGATGAATATAG-----TCAAGGAGTCTCAGAGCCAAAAATCATGAAAAAAAAA
*
2106 AGCTAGTG--CCTCGA-
309 AGC-AG-GAACC-CCAT
* * * *
2120 AACTCGTTTTTAGCCAGAAAC--CG-T-G--A-TG-----GTTT-GGCTAAAATTTTACAAAAAA
1 AACGC-TTTTTACCCAAAAACTGTGATGGTTATTGCACACGTTTCGGCTAAAATTTTAC--AAAA
* * * * *
2172 AATGACCCGAAAAATTTTTCCTTAATTTTTAGATGAAATACTCATAAAATATATATAATTTAACG
63 ATTGA-CCGAAAGA-TTTTCCTTAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAA-ATATATAATTTAACG
* * * *
2237 GCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTCTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTA
125 CCAAAAAGATTGGAGG-CTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTAAATTAATTTC
* ** *
2302 TAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGT-AAAAAAATTCTTAAATCCACCGTGGCTGAGAT
189 TAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAATTCTTAAATCCAATGTGGATGAGAT
* ** * **
2366 TTGATTAGATGAATATAGTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGAAAAAAAAAAGCAGGGGCC
254 TTAATTAGATGAATATAGTCAAGGAGTCTCAGAGCCAAAAATCATGAAAAAAAAAAGCAGGAACC
2431 CCAT
319 CCAT
* * * ** *
2435 AACGCTTTTTATCCAAAAACTGTGATGGTTATTGCATACGATTTCGGTTAAAATTTTGTAAAGAT
1 AACGCTTTTTACCCAAAAACTGTGATGGTTATTGCACACG-TTTCGGCTAAAATTTTACAAAAAT
* * *
2500 TGAGCCGAAAGATATTTCCTTATTTTTTGGCTAAAATGCTCATAAAAA-ATATATATCTGAACGC
65 TGA-CCGAAAGAT-TTTCCTTAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAATATATA-AT-TTAACGC
* * * * *
2564 CCAAAAGATTGAAGGGCTTTTGACG-TTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCAAATTAATTT
126 CAAAAAGATTGGA-GGCTTTTCACGCTTT-TAATATCGTTTTTCATA-TTTTTCTAAATTAATTT
* ** *
2628 CTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAGAAATCCTTAAATTTAATGTGGGTGAG
188 CTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAA-AAATTCTTAAATCCAATGTGGATGAG
* * * * ***
2693 ATTTAATTAGATGAATATAAATATTTCAAGTAGTGTCAGAGCCAAAAATCATG-CAAAATTGAGC
252 ATTTAATTAGATG-A-AT--ATA-GTCAAGGAGTCTCAGAGCCAAAAATCATGAAAAAAAAAAG-
*
2757 CA-GAACCCTGA-
311 CAGGAACCC-CAT
*
2768 AACGCGTTTTTACCCAAAAACTGTGATGGTTTATTAGTACACAGTTTCGGCTAAAAATTTTACAA
1 AACGC-TTTTTACCCAAAAACTGTGATGG-TTATT-GCACAC-GTTTCGGCT-AAAATTTTACAA
* * *
2833 AAATTGACATGAAAGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAATATATAATTTAAT
61 AAATTGAC-CGAAAGATTT-TCCTTAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAATATATAATTTAAC
* * * * *
2898 GCCAAAAAGATTGGAGAGCTTTTTACGCTTTTAATATTGTATTTCTTATTTTACTAAATTAATTT
124 GCCAAAAAGATTGGAG-GCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTAAATTAATTT
*
2963 CTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTTGATGAG
188 CTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAA-AAATTCTTAAATCCAATGTGGATGAG
3028 ATTT
252 ATTT
3032 GGTTTGATGA
Statistics
Matches: 752, Mismatches: 108, Indels: 101
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
313 1 0.00
314 41 0.05
315 13 0.02
316 1 0.00
317 1 0.00
318 1 0.00
319 41 0.05
320 18 0.02
321 54 0.07
322 63 0.08
323 34 0.05
324 5 0.01
325 8 0.01
326 84 0.11
327 51 0.07
328 15 0.02
329 33 0.04
330 2 0.00
331 2 0.00
332 18 0.02
333 18 0.02
334 48 0.06
335 84 0.11
336 53 0.07
337 58 0.08
338 5 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (322 bp):
AACGCTTTTTACCCAAAAACTGTGATGGTTATTGCACACGTTTCGGCTAAAATTTTACAAAAATT
GACCGAAAGATTTTCCTTAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAATATATAATTTAACGCCAAAA
AGATTGGAGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAA
ATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAATTCTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTAATTA
GATGAATATAGTCAAGGAGTCTCAGAGCCAAAAATCATGAAAAAAAAAAGCAGGAACCCCAT
Found at i:6553 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 6518--6579 Score: 63
Period size: 16 Copynumber: 3.9 Consensus size: 16
6508 GGAATTTTTT
*
6518 AAATTAAAAAA-TAAG
1 AAATTAAAAAATTTAG
* *
6533 TAATTAAAAAATTTCG
1 AAATTAAAAAATTTAG
* *
6549 GAATTAAAAAAATTAAG
1 AAATT-AAAAAATTTAG
6566 AAATTAAAAAATTT
1 AAATTAAAAAATTT
6580 TAAAAAATGG
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 8, Indels: 3
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
15 10 0.27
16 14 0.38
17 13 0.35
ACGTcount: A:0.63, C:0.02, G:0.06, T:0.29
Consensus pattern (16 bp):
AAATTAAAAAATTTAG
Found at i:6558 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 6518--6576 Score: 61
Period size: 17 Copynumber: 3.6 Consensus size: 17
6508 GGAATTTTTT
6518 AAATT-AAAAAA-TAAG
1 AAATTAAAAAAATTAAG
* **
6533 TAATT-AAAAAATTTCG
1 AAATTAAAAAAATTAAG
*
6549 GAATTAAAAAAATTAAG
1 AAATTAAAAAAATTAAG
6566 AAATTAAAAAA
1 AAATTAAAAAA
6577 TTTTAAAAAA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 7, Indels: 2
0.80 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
15 10 0.29
16 6 0.17
17 19 0.54
ACGTcount: A:0.66, C:0.02, G:0.07, T:0.25
Consensus pattern (17 bp):
AAATTAAAAAAATTAAG
Found at i:6571 original size:33 final size:31
Alignment explanation
Indices: 6519--6579 Score: 95
Period size: 33 Copynumber: 1.9 Consensus size: 31
6509 GAATTTTTTA
*
6519 AATTAAAAAATAAGTAATTAAAAAATTTCGG
1 AATTAAAAAATAAGAAATTAAAAAATTTCGG
6550 AATTAAAAAAATTAAGAAATTAAAAAATTT
1 AATT-AAAAAA-TAAGAAATTAAAAAATTT
6580 TAAAAAATGG
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 2
0.90 0.03 0.07
Matches are distributed among these distances:
31 4 0.15
32 6 0.22
33 17 0.63
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.07, T:0.30
Consensus pattern (31 bp):
AATTAAAAAATAAGAAATTAAAAAATTTCGG
Found at i:12625 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 12592--12667 Score: 100
Period size: 29 Copynumber: 2.6 Consensus size: 29
12582 ACTTGTAGCG
*
12592 TTTGGATGTTTTATCCCCTAAACTTCAAT
1 TTTGGACGTTTTATCCCCTAAACTTCAAT
* * *
12621 TTTGGACATTTTGTCCCCTAAATTTCAAT
1 TTTGGACGTTTTATCCCCTAAACTTCAAT
12650 TTTGGGACGTTTTA-CCCC
1 TTT-GGACGTTTTATCCCC
12668 ATCAGGCTAA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 6, Indels: 2
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
29 32 0.80
30 8 0.20
ACGTcount: A:0.21, C:0.22, G:0.13, T:0.43
Consensus pattern (29 bp):
TTTGGACGTTTTATCCCCTAAACTTCAAT
Found at i:12754 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 12703--12759 Score: 89
Period size: 29 Copynumber: 2.0 Consensus size: 29
12693 GTTGACGTGT
12703 AAAACGTCTCAAAATTGAAGTTCAAGAGGC
1 AAAACGTCTCAAAATTGAAGTTC-AGAGGC
*
12733 AAAATGTC-CAAAATTGAAGTTCAGAGG
1 AAAACGTCTCAAAATTGAAGTTCAGAGG
12760 GTACAAAACG
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 2
0.90 0.03 0.07
Matches are distributed among these distances:
28 5 0.19
29 14 0.54
30 7 0.27
ACGTcount: A:0.44, C:0.14, G:0.21, T:0.21
Consensus pattern (29 bp):
AAAACGTCTCAAAATTGAAGTTCAGAGGC
Found at i:13442 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 13434--13459 Score: 52
Period size: 3 Copynumber: 8.7 Consensus size: 3
13424 CTGTGGGAAG
13434 ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATC AT
1 ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATC AT
13460 GTGAACTCCA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 23 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.31, G:0.00, T:0.35
Consensus pattern (3 bp):
ATC
Done.