Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01016289.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig16322, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.15, T:0.37
Found at i:909 original size:333 final size:332
Alignment explanation
Indices: 5--2395 Score: 2982
Period size: 333 Copynumber: 7.2 Consensus size: 332
1 GGCC
* *
5 CCGACTCAGTTTTGCATGAATTTTT-GCACGAAGACTCCTTGAACTATCTATATTCATCTGACCA
1 CCGACTCAGTTTTGCATG-ATTTTTGGCACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTGACCA
*
69 AATCTCAACCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAAT
65 AATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAAT
*
134 TCGAAATTAATTCAGAAAAAACTTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTT
130 TCGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTT
* * *
199 TTGTCTTTGAATTATATTTTTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATCTTT-TGGAT
195 TTGTCTTTGAATTATATATTTTTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAAT-TTTCCGGAT
* * *
263 CAA-TTTAGCAAAATTTTAGCTGAAATGGTGTACTTTCCATCAC-AGTTTTAAGCTAAAAA-AGC
259 CAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTGTACTTTCCATCACGA-TTTTAAGCTAAAAACA-C
325 GTTTCGAGGGCA
322 GTTTCGA-GGCA
* * * * * * **
337 CCGACTCTGTTTTGCATGATATTTGGCA-AGAAGACTTCTTGAAATATTTATTTTTATCAAACCA
1 CCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACA-AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTGACCA
* * * * *
401 AATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGACCATCTGAATCATGTTTCGATTTTAT
65 AATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAAT
* * *
466 TTGAAATTAATTCAG-AAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATCTTT
130 TCGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTT
* * * *
530 TTGGCTTTAAATTATATATATTTTATGAGAGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCAGAT
195 TTGTCTTTGAATTATATAT-TTTTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGAT
* *
595 CAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTATACTTTCCATCACGACTTTAAGCTAAAAACACGT
259 CAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTGTACTTTCCATCACGATTTTAAGCTAAAAACACGT
660 TTCG-GGACA
324 TTCGAGG-CA
* * * * * * *
669 CCGACTTAATTTTGCATGCTTTTTTGCACAAAGACTCCATGAAATATTTATATTCATCCGACCAA
1 CCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTGACCAA
* * *
734 ATCTCAGTCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGTATCATGTTTCTATTTAATT
66 ATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAATT
* * * * * *
799 CAAAATTAATTAAGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAAAAGCCTGAAAAACCTTTCAAACTCTT
131 CGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTT
**
864 TGTCTTTGAATTATATATTTTCTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAAGTTTT-TAGAT
196 TGTCTTTGAATTATATATTTT-TATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAA-TTTTCCGGAT
* * * *
928 CAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGCACTATCCATCACGATTTTAAGCTAAAAACGCGT
259 CAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTGTACTTTCCATCACGATTTTAAGCTAAAAACACGT
*
993 TTCGAGGCC
324 TTCGAGGCA
* * * *
1002 CCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCACGAAGACACCTTGAACTATCTATATTCATCTGACCAA
1 CCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTGACCAA
* *
1067 ATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCCGAATCATGTTTCTATTTAATT
66 ATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAATT
* * *
1132 CGAAATTAATTCAGAAAAAAATTAGAAAAACAATACTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTT
131 CGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTT
* * *
1197 TGTTTTTGAATTATATATTTTTTTTGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATCTTT-TGGAT
196 TGTCTTTGAATTATATA-TTTTTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAAT-TTTCCGGAT
* *
1261 CAA-TTTAGCAAAATTTTAGCCA-AAAT-GTTGTACTTTCCATCA-TAGTTTTAAGCTAAAAA-A
259 CAATTTTTGCAAAATTTTAG-CAGAAATCG-TGTACTTTCCATCACGA-TTTTAAGCTAAAAACA
*
1321 GCGTTTCGGGGC-
321 -CGTTTCGAGGCA
* * * *
1333 CACGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCA-AGAAGACTTCTTGAAATATTTATATTTATCTAACC
1 C-CGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACA-AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTGACC
* * * * * * *
1397 AAACCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTTTTTTTACGA-CTATCTAAATCATGTTTCGATTTT
64 AAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGC-ATCTGAATCATGTTTCTATTTA
* *
1461 ATTTGAAATTAATT-A-AAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCT
128 ATTCGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCT
* * * * *
1524 TTTTGGCTTTAAATTATCTATATTTTATGAG-AGTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCTG
193 TTTTGTCTTTGAATTATATAT-TTTTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGG
* * * ** *
1588 TTCAATTTTTGTAAAATTTTTAGCAGAAATCGTATACTTTCCATCACGGCTTTAAGCTAAAACCA
257 ATCAATTTTTGCAAAA-TTTTAGCAGAAATCGTGTACTTTCCATCACGATTTTAAGCTAAAAACA
** *
1653 CGTTTCCTGACA
321 CGTTTCGAGGCA
* * * * * * *
1665 CCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTTGCACAAATATTCTTTGAAATATTTATGTTCATCTGACCAA
1 CCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTGACCAA
* * * * * *
1730 ATCTCAGCCATTTTGGACTTAAGGATTTATTTTTACGAGCATTTGTATCATGTTTCTACTTAATT
66 ATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAATT
* * * * * *
1795 CAAAATTAATTAAGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAAAAGTCTGAAAAACCTTTCAAGC---T
131 CGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTT
* * * * *
1857 TGTCTTTGAATTATATATTTTCGATGAGAATTGTGGCAAAAAATTAAGGATAAATTTTCCGGATA
196 TGTCTTTGAATTATATATTTT-TATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATC
* * * *
1922 AATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCAC-AGTTTTAAGTTAAAAACGCGT
260 AATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTGTACTTTCCATCACGA-TTTTAAGCTAAAAACACGT
1986 TTCGAGGC-
324 TTCGAGGCA
* * * * *
1994 CCTGACTCAATTTTTCATGATTTTTAGCTCGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTGACCA
1 CC-GACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTGACCA
* * * *
2059 AATTTAAGCCACTTTTGATTTAAGGATTTGTTTTTATGAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAAT
65 AATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAAT
* * *
2124 TCGAAATTAATTTAGAAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTTAAAAGCCCTTCAATCTT
130 TCGAAATTAATTCAG-AAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTT
* * * * * * *
2189 TTTGTCTTTAAATTATATAATGTTATGAGAATTTTGGCCAAAAAGTGAGGGAAAATTTTCCGAAT
194 TTTGTCTTTGAATTATATATTTTTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGAT
* * * * *
2254 CGATTTTTGCAAAATTTTGGTC-GAAATCGTGTACTTTTTCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGC
259 CAATTTTTGCAAAATTTTAG-CAGAAATCGTGTAC-TTTCCATCACGATTTTAAGCTAAAAACAC
*
2318 GTTTCGAGGCC
322 GTTTCGAGGCA
* *
2329 CCGATTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTGACCAA
1 CCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTGACCAA
2394 AT
66 AT
2396 TTTTTTGGCT
Statistics
Matches: 1763, Mismatches: 249, Indels: 92
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
328 3 0.00
329 36 0.02
330 265 0.15
331 315 0.18
332 465 0.26
333 551 0.31
334 126 0.07
335 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (332 bp):
CCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTGACCAA
ATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAATT
CGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTT
TGTCTTTGAATTATATATTTTTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCA
ATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTGTACTTTCCATCACGATTTTAAGCTAAAAACACGTTT
CGAGGCA
Found at i:2351 original size:664 final size:655
Alignment explanation
Indices: 4--2395 Score: 3001
Period size: 664 Copynumber: 3.6 Consensus size: 655
1 GGC
* *
4 CCCGACTCAGTTTTGCATGAATTTTTGCACGAAGACTCCTTGAACTATCTATATTCATCTGACCA
1 CCCGACTCAATTTTGCATG-ATTTTTGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTGACCA
69 AATCTCAACCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAAT
65 AAT-TCAACCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAAT
* *
134 TCGAAATTAATTCAGAAAAAACTTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTT
129 TCGAAATTAATTTAGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTT
* ** * **
199 TTGTCTTTGAATTATATTTTTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATCTTTTGGATC
194 TTGTCTTTAAATTATATAATTTTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAAT-TTTCCGATC
* * * * *
264 AA-TTTAGCAAAATTTTAGCTGAAATGGTGTACTTTCCATCACAGTTTTAAGCTAAAAAAGCGTT
258 AATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTGTACTTTCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTT
* * * * * *
328 TCGAGGGCACCGACTCTGTTTTGCATGATATTTGGCA-AGAAGACTTCTTGAAATATTTATTTTT
323 TCGA-GGCACCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACA-AAGACTCCTTGAAATATCTATATTC
** * * *
392 ATCAAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGACCATCTGAATCATGTTT
386 ATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTT
* * *
457 CGATTTTATTTGAAATTAATTCAG-AAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCT
451 CTATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGC-TGAAAAA-CCT
* * *
521 TCAATCTTTTTGGCTTTAAATTATATATATTTTATGAGAGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAAT
514 TCAATC--TTTGTCTTTGAATTATATAT-TTTTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAAT
* * * *
586 TTTCCAGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTATACTTTCCATCAC-GACTTTAAGCT
576 TTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTTTCCATCACAG-TTTTAAGCT
*
650 AAAAACACGTTTCGGG
640 AAAAACGCGTTTCGGG
* * * * * *
666 ACACCGACTTAATTTTGCATGCTTTTTTGCACAAAGACTCCATGAAATATTTATATTCATCCGAC
1 -C-CCGACTCAATTTTGCATG-ATTTTTGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTGAC
** * *
731 CAAATCTCAGTCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGTATCATGTTTCTATTTA
63 CAAAT-TCAACCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTA
* * * * *
796 ATTCAAAATTAATTAAGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAAAAGCCTGAAAAACCTTTCAAACT
127 ATTCGAAATTAATTTAGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCT
* * * **
861 CTTTGTCTTTGAATTATATATTTTCTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAAGTTTTTAG
192 TTTTGTCTTTAAATTATATAATTT-TATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAA-TTTTCCG
* * * *
926 ATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGCACTATCCATCACGATTTTAAGCTAAAAACGC
255 ATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTGTACTTTCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGC
* * * * *
991 GTTTCGAGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCACGAAGACACCTTGAACTATCTATATT
320 GTTTCGAGGCACCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATT
* *
1056 CATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCCGAATCATGTT
385 CATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTT
* * *
1121 TCTATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAAATTAGAAAAACAATACTAGAAGCCTGAAAAACCC
450 TCTATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAG-CTGAAAAA-CC
* *
1186 TTCAATCTTTTTGTTTTTGAATTATATATTTTTTTTGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAA
513 TTCAATC--TTTGTCTTTGAATTATATA-TTTTTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAA
* * * *
1251 TCTTT-TGGATCAA-TTTAGCAAAATTTTAGCCAAAAT-GTTGTACTTTCCATCATAGTTTTAAG
575 T-TTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCG-TGTACTTTCCATCACAGTTTTAAG
*
1313 CTAAAAAAGCGTTTCGGGG
638 CTAAAAACGCGTTTC-GGG
* * * * * *
1332 CCACGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAAGAAGACTTCTTGAAATATTTATATTTATCTAACC
1 CC-CGACTCAATTTTGCATGATTTTT-GCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTGACC
* * * * * *
1397 AAACCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTTTTTTTACGA-CTATCTAAATCATGTTTCGATTTT
64 AAA-TTCAACCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGC-ATCTGAATCATGTTTCTATTTA
* *
1461 ATTTGAAATTAA-TTA-AAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCT
127 ATTCGAAATTAATTTAGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCT
* * *
1524 TTTTGGCTTTAAATTATCTATATTTTATGAG-AGTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCTG
192 TTTTGTCTTTAAATTATATA-ATTTTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCC-G
* * * * * *
1588 TTCAATTTTTGTAAAATTTTTAGCAGAAATCGTATACTTTCCATCACGGCTTTAAGCTAAAACCA
255 ATCAATTTTTGCAAAA-TTTTAGCAGAAATCGTGTACTTTCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACG
** * * * * * * * *
1653 CGTTTCCTGACACCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTTGCACAAATATTCTTTGAAATATTTATGT
319 CGTTTCGAGGCACCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACAAAGACTCCTTGAAATATCTATAT
* * * * *
1718 TCATCTGACCAAATCTCAGCCATTTTGGACTTAAGGATTTATTTTTACGAGCATTTGTATCATGT
384 TCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGT
* * * *
1783 TTCTACTTAATTCAAAATTAATTAAGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAAAAGTCTGAAAAACC
449 TTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAG-CTGAAAAACC
* * * * *
1848 TTTCAAGC-TTGTCTTTGAATTATATATTTTCGATGAGAATTGTGGCAAAAAATTAAGGATAAAT
513 -TTCAATCTTTGTCTTTGAATTATATATTTT-TATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAAT
* * *
1912 TTTCCGGATAAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACAGTTTTAAGTTA
576 TTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTTTCCATCACAGTTTTAAGCTA
1977 AAAACGCGTTTCGAGG
641 AAAACGCGTTTCG-GG
* *
1993 CCCTGACTCAATTTTTCATGATTTTTAGCTCGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTGACC
1 CCC-GACTCAATTTTGCATGATTTTT-GCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTGACC
* * *
2058 AAATTTAAGCCACTTTTGATTTAAGGATTTGTTTTTATGAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAA
64 AAATTCAA-CCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAA
* *
2123 TTCGAAATTAATTTAGAAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTTAAAAGCCCTTCAATCT
128 TTCGAAATTAATTTAG-AAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCT
* * * *
2188 TTTTGTCTTTAAATTATATAATGTTATGAGAATTTTGGCCAAAAAGTGAGGGAAAATTTTCCGAA
192 TTTTGTCTTTAAATTATATAATTTTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCG-A
* * *
2253 TCGATTTTTGCAAAATTTTGGTC-GAAATCGTGTACTTTTTCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACG
256 TCAATTTTTGCAAAATTTTAG-CAGAAATCGTGTAC-TTTCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACG
* * *
2317 CGTTTCGAGGCCCCGATTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATAT
319 CGTTTCGAGGCACCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACAAAGACTCCTTGAAATATCTATAT
2382 TCATCTGACCAAAT
384 TCATCTGACCAAAT
2396 TTTTTTGGCT
Statistics
Matches: 1482, Mismatches: 212, Indels: 69
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
659 7 0.00
660 56 0.04
661 176 0.12
662 46 0.03
663 302 0.20
664 402 0.27
665 327 0.22
666 161 0.11
667 5 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (655 bp):
CCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGCACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTGACCAA
ATTCAACCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAATTC
GAAATTAATTTAGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTT
GTCTTTAAATTATATAATTTTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGATCAAT
TTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTGTACTTTCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCG
AGGCACCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTG
ACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTATT
TAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCTGAAAAACCTTCAATCT
TTGTCTTTGAATTATATATTTTTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATC
AATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTTTCCATCACAGTTTTAAGCTAAAAACGCGTT
TCGGG
Found at i:3730 original size:660 final size:661
Alignment explanation
Indices: 2450--3915 Score: 2224
Period size: 660 Copynumber: 2.2 Consensus size: 661
2440 AAAATTTTCC
* * * * * *
2450 GGATCAATTTTTGTAAAATGTTAGCCGAAATCGTATAATTTCCATCAAGACTTTAAGCTAAAAAC
1 GGATCAA-TTTAGCAAAATTTTAGCCGAAATCATATACTTTCCATCAAGGCTTTAAGCTAAAAAC
* * * * * *
2515 GCGTTTTGGGACACCGACTCAGTTTTGCATGATTTGTTGTACGAAGAATCCTTGAAATATTTATA
65 GCGTTTCGAGACACCGAGTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACAAAGAATCCTTGAAATATTTATA
* ** *
2580 TTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGTTTTGTTTTTACGAGCATTTGTATAATG
130 TTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATGTAAGAATTTGTTTTTACAAGCATTTGTATAATG
2645 TTTCTATTTAATTCAAAATTAATTCAAGAAAAAATTGGAAAAACGATATTAAAAGCCTGAAAAAC
195 TTTCTATTTAATTCAAAATTAATTCAAGAAAAAATTGGAAAAACGATATTAAAAGCCTGAAAAAC
*
2710 CCTTCAAACTTTTTTTCTTTGAATTATATATTGACTATGAGAATTGTGACAAAAATTGAGGAAAA
260 CCTTCAAACTTTTTGTCTTTGAATTATATATTGACTATGAGAATTGTGACAAAAATTGAGGAAAA
*
2775 ATTTTCCAGATCAATTTTGGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGCACTATCCATCACGATTTTAAGC
325 ATTTTCCAGATCAATTTTGGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGCACTATCCATCACGATTTTAAGC
* *
2840 TAAAAATGCATTTCGAGGCCCCGACTCAGTTTTGGATGATTTTTTGCACGAAGACTCCTTGAACT
390 TAAAAATGCATTTCGAGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAACT
* * * *
2905 ATCTAGATTCATCTGACCATATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGAATCTG
455 ATCTAGATTCATCTGACCAAATCACAGCCACTTTGGATTTAAGAATTTATTTTTAAGAGAATCTG
* * * *
2970 AATCATGTTTCTATTTAATTCTAAATTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGTCTT
520 AATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCCTT
3035 AAAACCCTTCAATCTTTTTGTATTTGAATTATA-TTTTTTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAG
585 AAAACCCTTCAATCTTTTTGTATTTGAATTATATTTTTTTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAG
*
3099 GAAAAATCTTTT
650 GAAAAATCCTTT
* **
3111 GGATCAATTTAGCAAAATTTTAGCCGAAATCATATACTTTCCATCACGGCTTTAAGCTAAAAATA
1 GGATCAATTTAGCAAAATTTTAGCCGAAATCATATACTTTCCATCAAGGCTTTAAGCTAAAAACG
* * * *
3176 CGTTTCGTGACACCGAGTTAGTTTTGCATGATTTTTTGCATAAAGAATCCATGAAATATTTATAT
66 CGTTTCGAGACACCGAGTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACAAAGAATCCTTGAAATATTTATAT
* * *
3241 TCATCTGACCAAATCTCAGTCAGTTTGGATGTAAGAATTTGTTTTTACAAGCATTTGTATCATGT
131 TCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATGTAAGAATTTGTTTTTACAAGCATTTGTATAATGT
* *
3306 TTCTATTTAATTCAAAATTAATT-AAGAAAAAATTGTAAAAACGATATTAAACGCCTGAAAAACC
196 TTCTATTTAATTCAAAATTAATTCAAGAAAAAATTGGAAAAACGATATTAAAAGCCTGAAAAACC
* * ** * *
3370 TTTCAAGCTTTTTGTCTTTGAATTATATATTTTCTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAA
261 CTTCAAACTTTTTGTCTTTGAATTATATATTGACTATGAGAATTGT-GACAAAAATTGAGGAAAA
* * *
3435 ATTTTTCAGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGATATCATGCACTATCCATCACGA-TTTAAGC
325 ATTTTCCAGATCAATTTTGGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGCACTATCCATCACGATTTTAAGC
* * **
3499 TAAAAATGCATTTTGAGGCCCCTACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTTTACT
390 TAAAAATGCATTTCGAGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAACT
* * *
3564 ATCTATATTCATCTGACCAAATCACAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTATTTTTAAGAGCATCTG
455 ATCTAGATTCATCTGACCAAATCACAGCCACTTTGGATTTAAGAATTTATTTTTAAGAGAATCTG
*
3629 AATCATGTTTCTATTTATTTCGAAATTAATTCAGATAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCCT
520 AATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAGA-AAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCCT
* *
3694 TTAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATTTTTTTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGA
584 TAAAACCCTTCAATCTTTTTGTATTTGAATTATATTTTTTTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGA
3759 GGAAAAATCCTTT
649 GGAAAAATCCTTT
* *
3772 GGATCAATTTAGCAAAATTTTAGCCGAAATCATATACCTTT-CATCATGGTTTTAAGCTAAAAAC
1 GGATCAATTTAGCAAAATTTTAGCCGAAATCATATA-CTTTCCATCAAGGCTTTAAGCTAAAAAC
* * * * **
3836 GCGTTTCGAGGCCCCG-GCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACGAAA-ACTCCTTGAAATATAGA
65 GCGTTTCGAGACACCGAG-TCAGTTTTGCATGATTTTTTGCAC-AAAGAATCCTTGAAATATTTA
3899 TATTCATCTGACCAAAT
128 TATTCATCTGACCAAAT
3916 TTTTTTTGGC
Statistics
Matches: 726, Mismatches: 73, Indels: 12
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
659 236 0.33
660 315 0.43
661 168 0.23
662 7 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (661 bp):
GGATCAATTTAGCAAAATTTTAGCCGAAATCATATACTTTCCATCAAGGCTTTAAGCTAAAAACG
CGTTTCGAGACACCGAGTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACAAAGAATCCTTGAAATATTTATAT
TCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATGTAAGAATTTGTTTTTACAAGCATTTGTATAATGT
TTCTATTTAATTCAAAATTAATTCAAGAAAAAATTGGAAAAACGATATTAAAAGCCTGAAAAACC
CTTCAAACTTTTTGTCTTTGAATTATATATTGACTATGAGAATTGTGACAAAAATTGAGGAAAAA
TTTTCCAGATCAATTTTGGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGCACTATCCATCACGATTTTAAGCT
AAAAATGCATTTCGAGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAACTA
TCTAGATTCATCTGACCAAATCACAGCCACTTTGGATTTAAGAATTTATTTTTAAGAGAATCTGA
ATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCCTTA
AAACCCTTCAATCTTTTTGTATTTGAATTATATTTTTTTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGG
AAAAATCCTTT
Found at i:4405 original size:973 final size:971
Alignment explanation
Indices: 2439--5875 Score: 3652
Period size: 973 Copynumber: 3.5 Consensus size: 971
2429 GAGTTGTGCC
* * * * * * * *
2439 AAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGTAAAATGTTAGCCGAAATCGTATAATTTCCATCAAGACTTT
1 AAAAATTTTTCAGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACGA-TTT
* * * * *
2504 AAGCTAAAAACGCGTTTTG-GGACACCGACTCAGTTTTGCATGATTTGTT-GTACGAAGAATCCT
65 AAGCTAAAAACGCGTTTCGAGG-CCCCTACTCAGTTTTGCATGATTT-TTGGCACGAAGACTCCT
* * * * *
2567 TGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGTTTTGTTTTTACGAG
128 TTAACTATCTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTA-AAG
* * * *
2632 CATTTGTATAATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATTCA-AGAAAAAATTGGAAAAACGATATTA
192 CATCTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAGA-AAAAAATTGGAAAAACGATATTA
* * * * *** *
2696 AAAGCCTGAAAAACCCTTCAAACTTTTTTTCTTTGAATTATATATTGACTATGAGAATTGT-GAC
256 GAAGCCT-TAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATAT-TTTTTTATGAGAATTGTGGCC
* * * *
2760 AAAAATTGAGGAAAAAT-TTTCCAGATCAATTTTGGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGCACTATC
319 AAAAATTGAGGAAAAATCTTT-CGGATCAATTTT-GCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACT-TT
* * * * *
2824 CATCAC-GATTTTAAGCTAAAAATGCATTTCGAGGCCCCGACTCAGTTTTGGATGATTTTTTGCA
381 CATCACAG-TTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTA
* * * * * * * *
2888 CGAAGACTCCTTGAACTATCTAGATTCATCTGACCATA-TCTCAGCCACTTTGGATTTAAGAATT
445 CGAAGACTCCTTGAAATATATATATTCATCTGACCAAATTTTCAGTCACTATGAATTTAAG-ATT
* * * * * * *
2952 TGTTTTTACGAGAATCTG-AATCATGTTTCTATTTAATTCTAAATTAATTCAGAAAAAATTGGAA
509 TGTTTTGACAAGTATGTGTAA-AATGTTTC----GAA-TC--AATTAA-T---AAAAAATTTGAA
* * * * * **** * * * ** *** *
3016 AAATGATATTAGAAGTC-TTAAAACCCT-TCAATCT-TTTTGTATTTGAATTATATTTTTTATGA
562 AAACGATATTA-ACG-CATGAAAAACCTCTCAAGCTAAAACG-CTTT--ATGAGACATCCGATCA
*
3078 GAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATCTTTTGGATCAATTTAGCAAAATTTTAGCCGAAATCA
622 G-ATTGTGGCCAAAAATTGA-GCAAAAT-TTTTGGATCAATTTAGCAAAATTTTAGCCGAAATCA
* *
3143 TATACTTTCCATCACGGCTTTAAGCTAAAAATACGTTTCGTGACACCGAGTTAGTTTTGCATGAT
684 TATACTTTCCATCACGGCTTTAAGCTAAAAACACGTTTCGTGACACCGACTTAGTTTTGCATGAT
* * * * *
3208 TTTTTGCATAAAGAATCCATGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGTCAGTTTGGATGT
749 TTTTGGCATAAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGTCACTTTGGATTT
* *
3273 AAGAATTTGTTTTTACAAGCATTTGTATCATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATTAAGAAAAAA
814 AAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGTATCATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATTAAGAAAAAA
*
3338 TTGTAAAAACGATATTAAACGCCTGAAAAACCTTTCAAGCTTTTTGTCTTTGAATTATATATTTT
879 TTGGAAAAACGATATTAAACGCCTGAAAAACCTTTCAAGCTTTTTGTCTTTGAATTATATATTTT
*
3403 CTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGG
944 CTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGG
* * *
3431 AAAAATTTTTCAGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGATATCATGCACTATCCATCACGATTTA
1 AAAAATTTTTCAGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACGATTTA
* * * *
3496 AGCTAAAAATGCATTTTGAGGCCCCTACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTTT
66 AGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCCTACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTTA
* *
3561 ACTATCTATATTCATCTGACCAAATCACAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTATTTTTAAGAGCAT
131 ACTATCTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAA-AGCAT
* * *
3626 CTGAATCATGTTTCTATTTATTTCGAAATTAATTCAGATAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAG
195 CTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAG
*
3691 CCTTTAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATTTTTTTATGAGAATTGTGGCCAAAAAT
260 CCTTAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATTTTTTTATGAGAATTGTGGCCAAAAAT
* * **
3756 TGAGGAAAAATCCTTT-GGATCAATTTAGCAAAATTTTAGCCGAAATCATATACCTTTCATCATG
325 TGAGGAAAAAT-CTTTCGGATCAATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTA-CTTTCATCACA
* * *
3820 GTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACGAAAACT
388 GTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTACGAAGACT
* *** **
3885 CCTTGAAATATAGATATTCATCTGACCAAATTTTTTTTGGCTATGAATTATATA-ATTT-TTTAT
453 CCTTGAAATATATATATTCATCTGACCAAATTTTCAGTCACTATGAATT-TA-AGATTTGTTT-T
* * ** ** * *
3948 GA-GAGT-TGTGCCATAAAAT-TTTCGGATCAATTTTTGTAAAATGTTAGCCGAAATCGTATACT
515 GACAAGTATGTG---TAAAATGTTTCGAATCAATTAATAAAAAAT-TT-G--AAAAACG-ATA-T
* * * * * *
4010 T-TC-CAT-CAAGA-CT-TTAAGCTAAAAACGCGTTT-TGGGACA-CCGACTCAG-TT-TTG-CA
571 TAACGCATGAAAAACCTCTCAAGCT-AAAACGC-TTTATGAGACATCCGA-TCAGATTGTGGCCA
**** ** * *
4065 TGTTTTTTTGCAAAA-TTTTGGATCAATGTAGCAAAATTTTAGCCGAAATCATATATTTTCCATC
633 -AAAATTGAGCAAAATTTTTGGATCAATTTAGCAAAATTTTAGCCGAAATCATATACTTTCCATC
4129 ACGGCTTTAAGCTAAAAACACGTTTCGTGACACCGACTTAGTTTTGCATG-TTTGTTGGCATAAA
697 ACGGCTTTAAGCTAAAAACACGTTTCGTGACACCGACTTAGTTTTGCATGATTT-TTGGCATAAA
* *
4193 GACTCCTTGAAATATTTATATTTATTTGACCAAATCTCAGTCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTT
761 GACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGTCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTT
*
4258 TTACGAGCATTTGTACCATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATTAAGAAAAAATTGGAAAAACGA
826 TTACGAGCATTTGTATCATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATTAAGAAAAAATTGGAAAAACGA
4323 TATTAAACGCCTGAAAAACCTTTCAAGCTTTTTGTCTTTGAATTATATATTTTCTATGAGAATTG
891 TATTAAACGCCTGAAAAACCTTTCAAGCTTTTTGTCTTTGAATTATATATTTTCTATGAGAATTG
*
4388 TAGCCAAAAATTGAGG
956 TGGCCAAAAATTGAGG
* * * * *
4404 AAAAATTTTCCATATCAATTTTTGTAAAATTTTACCCGAAATCGTGTACTATCCATCACGGTGTT
1 AAAAATTTTTCAGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACGAT-TT
* *
4469 AAGCTAAAAACGCGTTTCGAGG-CCCTGACTGAGTTTTGCATGATTTTTGGCACGAAGACACCTT
65 AAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCCT-ACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTT
* *
4533 GAACTATCTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACTAGC
129 TAACTATCTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTA-AAGC
4598 ATCTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGG-AAAACGATATTAGA
193 ATCTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGA
4662 AGCCTTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATA-TTTTTTATGAGAATTGTGGCCAA
258 AGCCTT--AAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATTTTTTTATGAGAATTGTGGCCAA
*
4726 AAATTGAGG-AAAATCTTTAGGATCAATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAA-CAGTGTACTTTCTAT
321 AAATTGAGGAAAAATCTTTCGGATCAATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCA-TGTACTTTC-AT
* *
4789 CACAGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGTCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTAAGAA
384 CACAGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTACGAA
* * ** * * * *
4854 GACTCCTTGAAATATTTATATTTATCT-AAGAAAATCTCAGTCACTTTGGATTTAAGGATTTGTT
449 GACTCCTTGAAATATATATATTCATCTGACCAAATTTTCAGTCACTATGAATTTAA-GATTTGTT
* * ** * *
4918 TTTACAAGTATTTGTATCATGTTTCTAATTAATTAATAAAAAATTTGAAAAACGATATTAAACGC
513 TTGACAAGTATGTGTAAAATGTTTCGAATCAATTAATAAAAAATTTGAAAAACGATATT-AACGC
* ****** * * * * * *
4983 CTGAAAAACCTCTCAAGCTTTTTTTCTTTGAATTATATATTTTCTATGAGAATTGTGGCCAAAAA
577 ATGAAAAACCTCTCAAGCTAAAACGCTTT--ATGAGACA--TCCGATCAG-ATTGTGGCCAAAAA
* * * * ** **
5048 TTGAGGAAAATTTTTTCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTGCACTACCCATCAC
637 TTGAGCAAAA-TTTTT-GGATCAA-TTTAGCAAAATTTTAGCCGAAATCATATACTTTCCATCAC
** * * * * * * *
5113 GATTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCCAACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACGAAA-A
699 GGCTTTAAGCTAAAAACACGTTTCGTGACACCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCA-TAAAGA
* * *
5177 CTCCTTGAACTATCTATATTCATCTGACCAAATCTCA-TCCACTTTGGATTTAAGGATTTTTTTT
763 CTCCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGT-CACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTT
* * *
5241 TACGAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATTCAGAAAAAAATTGGAAAAACGA
827 TACGAGCATTTGTATCATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATTAAG-AAAAAATTGGAAAAACGA
* * * * * *
5306 TATTAAAAGCCT-TAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATCATAT-TTTTTTATGAGAATTG
891 TATTAAACGCCTGAAAAACCTTTCAAGCTTTTTGTCTTTGAATTATATATTTTCTATGAGAATTG
5369 TGGCCAAAAATTGAGG
956 TGGCCAAAAATTGAGG
* * * * *
5385 AAAAATCTTTT-GGATCAA-TTTAGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTATACTTTCCATCACAGCTT
1 AAAAAT-TTTTCAGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCAC-GATT
* * * * * * * * **
5448 TAAGCTAAAAACACGTTTCGTGACACCGATTTAGTTTTGCATGATTTTTTGCATAAAGACT-CTT
64 TAAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCCTACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTT
* * * * *
5512 TGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGTCACTTTGGATTTAATGATCTGTTTTTACAAG
129 T-AACTATCTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTA-AAG
* * * *
5577 CATTTGTATCATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATTAAGAAAAAAAATTGGAAAAACGATATTA
192 CATCTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAG-AAAAAAATTGGAAAAACGATATTA
* * * * * *
5642 -AACGCCTGAAAAACCTTTCAAGCTTTTTGTCTTTGAATCATATATTTTATATGAGAATTGTGCC
256 GAA-GCCT-TAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATAT-TTTTTTATGAGAATTGTGGC
* *
5706 CAAAAATTGAGAAAAAAT-TTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAT
318 CAAAAATTGAGGAAAAATCTTT-CGGATCAA-TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACT-T
* *
5770 CCATCACAGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTTGAGGCCCTC-ACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGT
380 TCATCACAGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCC-CGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGT
*
5834 ACGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTGACCAAATTT
444 ACGAAGACTCCTTGAAATATATATATTCATCTGACCAAATTT
5876 AAGCCACTTT
Statistics
Matches: 2063, Mismatches: 297, Indels: 176
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
966 2 0.00
967 3 0.00
968 6 0.00
969 2 0.00
970 8 0.00
971 11 0.01
972 56 0.03
973 510 0.25
974 197 0.10
975 42 0.02
976 6 0.00
977 4 0.00
978 10 0.00
979 15 0.01
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984 15 0.01
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988 3 0.00
989 131 0.06
990 83 0.04
991 175 0.08
992 59 0.03
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (971 bp):
AAAAATTTTTCAGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACGATTTA
AGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCCTACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTTA
ACTATCTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAAAGCATC
TGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGC
CTTAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATTTTTTTATGAGAATTGTGGCCAAAAATT
GAGGAAAAATCTTTCGGATCAATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTTTCATCACAGTT
TTAAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTACGAAGACTCCT
TGAAATATATATATTCATCTGACCAAATTTTCAGTCACTATGAATTTAAGATTTGTTTTGACAAG
TATGTGTAAAATGTTTCGAATCAATTAATAAAAAATTTGAAAAACGATATTAACGCATGAAAAAC
CTCTCAAGCTAAAACGCTTTATGAGACATCCGATCAGATTGTGGCCAAAAATTGAGCAAAATTTT
TGGATCAATTTAGCAAAATTTTAGCCGAAATCATATACTTTCCATCACGGCTTTAAGCTAAAAAC
ACGTTTCGTGACACCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCATAAAGACTCCTTGAAATATTTATA
TTCATCTGACCAAATCTCAGTCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGTATCATG
TTTCTATTTAATTCAAAATTAATTAAGAAAAAATTGGAAAAACGATATTAAACGCCTGAAAAACC
TTTCAAGCTTTTTGTCTTTGAATTATATATTTTCTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGG
Found at i:5832 original size:664 final size:660
Alignment explanation
Indices: 4080--6090 Score: 3067
Period size: 650 Copynumber: 3.1 Consensus size: 660
4070 TTTTGCAAAA
* * * *
4080 TTTTGGATCAATGTAGCAAAATTTTAGCCGAAATCATATATTTTCCATCACGGCTTTAAGCTAAA
1 TTTTGGATCAATTTAGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTATACTTTCCATCACAGCTTTAAGCTAAA
4145 AACACGTTTCGTGACACCGACTTAGTTTTGCATG-TTTGTTGGCATAAAGACTCCTTGAAATATT
66 AACACGTTTCGTGACACCGACTTAGTTTTGCATGATTT-TTGGCATAAAGACTCCTTGAAATATT
* * *
4209 TATATTTATTTGACCAAATCTCAGTCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGTAC
130 TATATTTATCTGACCAAATCTCAGTCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATTTGTAT
4274 CATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATTAAGAAAAAATTGGAAAAACGATATTAAACGCCTGAAA
195 CATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATTAAGAAAAAATTGGAAAAACGATATTAAACGCCTGAAA
4339 AACCTTTCAAGCTTTTTGTCTTTGAATTATATATTTTCTATGAGAATTGTAGCCAAAAATTGAGG
260 AACCTTTCAAGCTTTTTGTCTTTGAATTATATATTTTCTATGAGAATTGT-GCCAAAAATTGAGG
** * * *
4404 AAAAATTTTCCATATCAATTTTTGTAAAATTTTACCCGAAATCGTGTACTATCCATCACGGTGTT
324 AAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCAC-GTTTT
* * *
4469 AAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCTGACTGAGTTTTGCATGATTTTTGGCACGAAGACACCTTG
388 AAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCTCACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTG
*
4534 AACTATCTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACTAGCA
453 AACTATCTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCA
4599 TCTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGG-AAAACGATATTAGAA
518 TCTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAA
4663 GCCTTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATA-TTTTTTATGAGAATTGTGGCCAAA
583 GCCTT--AAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATTTTTTTATGAGAATTGTGGCCAAA
4727 AATTGAGG-AAAATC
646 AATTGAGGAAAAATC
* * * * *
4741 TTTAGGATCAATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAA-CAGTGTACTTTCTATCACAGTTTTAAGCTAA
1 TTTTGGATCAATTTAGCAAAATTTTAGCCGAAATC-GTATACTTTCCATCACAGCTTTAAGCTAA
* * * * *
4805 AAACGCGTTTCGAGGTC-CCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTA-AGAAGACTCCTTGAAATA
65 AAACACGTTTCG-TGACACCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCATA-AAGACTCCTTGAAATA
* ** *
4868 TTTATATTTATCTAAGAAAATCTCAGTCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGTATTTGT
128 TTTATATTTATCTGACCAAATCTCAGTCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATTTGT
*
4933 ATCATGTTTC----TAATT---AATTAA-T---AAAAAATTTGAAAAACGATATTAAACGCCTGA
193 ATCATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATTAAGAAAAAATTGGAAAAACGATATTAAACGCCTGA
* *
4987 AAAACCTCTCAAGCTTTTTTTCTTTGAATTATATATTTTCTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGA
258 AAAACCTTTCAAGCTTTTTGTCTTTGAATTATATATTTTCTATGAGAATTGT-GCCAAAAATTGA
* * * * *
5052 GGAAAATTTTTTCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTGCACTACCCATCACGATT
322 GGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACG-TT
*
5117 TTAAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCC-CAACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACGAAAACTCC
386 TTAAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCTC-ACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACGAAGACTCC
* *
5181 TTGAACTATCTATATTCATCTGACCAAATCTCATCCACTTTGGATTTAAGGATTTTTTTTTACGA
450 TTGAACTATCTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGA
*
5246 GCATCTGAATCATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATTCAGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTA
515 GCATCTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTA
* *
5311 AAAGCCTTAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATCATATTTTTTTATGAGAATTGTGGCCAA
580 GAAGCCTTAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATTTTTTTATGAGAATTGTGGCCAA
5376 AAATTGAGGAAAAATC
645 AAATTGAGGAAAAATC
5392 TTTTGGATCAATTTAGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTATACTTTCCATCACAGCTTTAAGCTAAA
1 TTTTGGATCAATTTAGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTATACTTTCCATCACAGCTTTAAGCTAAA
* * *
5457 AACACGTTTCGTGACACCGATTTAGTTTTGCATGATTTTTTGCATAAAGACTCTTTGAAATATTT
66 AACACGTTTCGTGACACCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCATAAAGACTCCTTGAAATATTT
* * *
5522 ATATTCATCTGACCAAATCTCAGTCACTTTGGATTTAATGATCTGTTTTTACAAGCATTTGTATC
131 ATATTTATCTGACCAAATCTCAGTCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATTTGTATC
5587 ATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATTAAGAAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAAACGCCTGAA
196 ATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATTAAG--AAAAAATTGGAAAAACGATATTAAACGCCTGAA
* *
5652 AAACCTTTCAAGCTTTTTGTCTTTGAATCATATATTTTATATGAGAATTGTGCCCAAAAATTGAG
259 AAACCTTTCAAGCTTTTTGTCTTTGAATTATATATTTTCTATGAGAATTGTG-CCAAAAATTGAG
*
5717 AAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACAGTTT
323 GAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCAC-GTTT
* *
5782 TAAGCTAAAAACGCGTTTTGAGGCCCTCACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTACGAAGACTCCTT
387 TAAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCTCACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTT
* * * * *
5847 GAAATATCTATATTCATCTGACCAAATTTAAGCCACTTTTGTTTTAAGGATTTGTTTTTACGAGC
452 GAACTATCTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGC
* *
5912 ATCTGAATCATGTTTATATATAATTCGAAATTAATTCAG-AAAAAATTGGAAAAACGATATTAGA
517 ATCTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGA
* * **
5976 AGCCTTAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATATTTTTATGAGAATTTTGG-GGAA
582 AGCCTTAAAA-CCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATTTTTTTATGAGAATTGTGGCCAAA
*
6040 AAGTGAGGAAAAAT-
646 AATTGAGGAAAAATC
** * * * *
6054 TTCCGAATCAATTTTGCAAAATTTAAGTCGAAATCGT
1 TTTTGGATCAATTTAGCAAAATTTTAGCCGAAATCGT
6091 GTAATTTT
Statistics
Matches: 1219, Mismatches: 102, Indels: 57
0.88 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
649 33 0.03
650 352 0.29
651 200 0.16
652 2 0.00
653 1 0.00
654 6 0.00
655 5 0.00
657 5 0.00
658 6 0.00
659 1 0.00
660 2 0.00
661 170 0.14
662 36 0.03
663 50 0.04
664 348 0.29
665 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (660 bp):
TTTTGGATCAATTTAGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTATACTTTCCATCACAGCTTTAAGCTAAA
AACACGTTTCGTGACACCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCATAAAGACTCCTTGAAATATTT
ATATTTATCTGACCAAATCTCAGTCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATTTGTATC
ATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATTAAGAAAAAATTGGAAAAACGATATTAAACGCCTGAAAA
ACCTTTCAAGCTTTTTGTCTTTGAATTATATATTTTCTATGAGAATTGTGCCAAAAATTGAGGAA
AAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACGTTTTAAG
CTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCTCACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACGAAGACTCCTTGAAC
TATCTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCT
GAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCC
TTAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATTTTTTTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTG
AGGAAAAATC
Done.