Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01016325.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig16358, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Alignment explanation
Indices: 1020--6174 Score: 3672
Period size: 332 Copynumber: 15.5 Consensus size: 329
1010 ACGCATTCCA
* * * * *
1020 GGGCCCC-CGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGATACTCCTTGAAATAT-TCATATTTATC
1 GGGCCCCTGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCCTTGAAATATCT-ATATTCATC
* * * * * * * * * *
1083 TAATCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGGTTTTACAAGAATCTGAATCATGTTTCGG
65 TAACCAAATCTCAGCAACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAACCTGTTTCGA
* * * * ** *
1148 TTTAATCAAAAATTAATATGGAAAAAATAGGAAAAACAATATTGGAAATGTGAAAAGCCTTTCAA
130 TTTAATCAGAAATTAAT-TCGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA-CCCTTCAA
* * * * * * * *
1213 T-TTCATTGGCT-TTGAATTATATATTTGTTGTGAGAATTGTGGCCAAAAATTAAGGAAAAGTAT
193 TCTT-TTTGG-TGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGAAAAACT-T
** * * * * * * **** *
1276 TCCGCCTTAGTTTTTGCAAAATTTTGGTCGGAATCGTGTACTGGTTATCACAGTTTTTGGCTAAA
255 T-CGGGTCAATTTTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAA
* * *
1341 AAGGC-GTTTCA
319 AACGCGGTCT-G
* * * *
1352 GGG-CCCTGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTG-CACCTAGACTCCTTGAAATATCTATACTCATC
1 GGGCCCCTGGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTTGACGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATC
* * *
1415 TAACCAAATCTCAGCTACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAAAAATCTGTTTCGA
65 TAACCAAATCTCAGCAACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAACCTGTTTCGA
* ** * * * *
1480 TTTAATCATAAATTAATTCAGAAATAAAAATAGGAATTACGGTATTCGAAACGTGGAAAGCCCTT
130 TTTAATCAGAAATTAATTC-G--A-AAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGT-GAAAACCCTT
** * * *
1545 CAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATATTTTTTATAAGTATTTTGGCTAAAATTTGAAGGAAAA
190 CAATCTTTTTGGTGTTGAA-T-TATATATTTTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTG-A-G-AAA
* * * * *
1610 AACTTTCGAGGT-AAGTTTTACAAAATTTTAGTCGTAATCGTG---TAATCATCACGGTTTTTGG
250 AACTTTCG-GGTCAATTTTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGG
*
1671 CTAAAAACG-GTTTCCT-
314 CTAAAAACGCG-GT-CTG
* * * * * * * * *
1687 GGG-CCCTGGCTCAGTATTACATGATTTTTTG-CGCGAAAACTCATTAAAATATATATATTTATA
1 GGGCCCCTGGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTTGACGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATC
** * * * *
1750 TAACCAAATCTCAGGGACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTATGAGCAACAGAAAACCGGTTTCG
65 TAACCAAATCTCAGCAACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAG-AAACCTGTTTCG
* *
1815 ATTTAAGT-A-AAATTTAATTCGAAAAAAAAGG-AAATCGATATTAGAAGCGTGGAAAACCCTTC
129 ATTTAA-TCAGAAA-TTAATTCGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGT-GAAAACCCTTC
* * * * * *
1877 AATGTTTTTGGTATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTC
191 AATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTGA-GAAAAACT-
* * *
1942 TTCGGG-AAATTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACGTTA-CATCACGGTTTTTTTTTT
254 TTCGGGTCAATTTTTT-CAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC-TAACCATCACGG------TTTT
*
2005 TGGCTAAAAACGCGTTCTG
311 TGGCTAAAAACGCGGTCTG
* * * * ** *
2024 GGGCCGC-GGCTCAATTTTGCATGATTCTTT-ACACCGAGACTCCTTG-AATATCTGCAATCATC
1 GGGCCCCTGGCTCAGTTTTGCATGATT-TTTGACGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATC
* * * * * ** * * *
2086 TAATCAGATCTCAGCCACATTGAATTTAAAGATTTGTTTTTACGAGTGTCTA-AATCATGTATCG
65 TAACCAAATCTCAGCAACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATC-AGAAACCTGTTTCG
* * * * * * * *
2150 ATTTAATCTGAAATTAATTC-AGGAAAATAGGAAAAATGATAATAAAAACGTGTAAAGCTCTTCA
129 ATTTAATCAGAAATTAATTCGA-AAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTG-AAAACCCTTCA
* * *
2214 ATCTTTTTGGAGTTGAATTATATA-TTTTAATTAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAAACTT
192 ATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTGA-G-AAAAACTT
* * * *
2278 TCGTGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACCAACCATCACAAG-TTTTGGCTAAA
255 TCGGGTCAATTTTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAC-GGTTTTTGGCTAAA
*
2342 AACGCGTTAC-G
319 AACGCGGT-CTG
* * * * * * * * * *
2353 TGG-TCCAGGCTAAGTTTTGTATGATTTTT-AGCACCAAGAGTCCTTGAAATATCTTTATTTATG
1 GGGCCCCTGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGA-CGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATC
* * *** *
2416 TAACCAAATCTCAGCAACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACTAGCATCTGAATTATGTCTCGA
65 TAACCAAATCTCAGCAACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAACCTGTTTCGA
* * * ** *
2481 TTTAATTAGAACTTAATTTTGAAAAAAATAGGAAAAATTATATTAGACGCGTGAAAAGCCCTTCA
130 TTTAATCAGAAATTAA-TTCG-AAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA-CCCTTCA
** ** * * * ** * *
2546 AAATTTTTGGCATTAAATTATATATTTTCTATTAACATTTTAGCAAAAAATTGAG-AAAACTTTT
192 ATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGAAAAAC-TTT
* ** ** * * * *
2610 CCGGGTCAGTTTTAGCAAAATTTTAATCGAAATCATGTACTAACTATCACAGTTTTTAGCTAAAA
256 -CGGGTCAATTTTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAA
* *
2675 ACGC-GTTTCA
320 ACGCGGTCT-G
* ** *
2685 GGG-CCCTGGCTCAATTTTGCATGATTTTTTG-CTACAAGACTCCTTGAAATATCTATGTTCATC
1 GGGCCCCTGGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTTGACGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATC
* * * *
2748 TAACCAAATCTCAGTC-ACATTGGATCTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTAAAAACCAGTTTCG
65 TAACCAAATCTCAG-CAACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAACCTGTTTCG
* * ** * * * *
2812 ATTTAATTAGAAATGAATTCGGAAATAAAATAGGAATTACGATATTCGAAGCGTGGCAAGCCATT
129 ATTTAATCAGAAATTAATTC-G-AA-AAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGT-GAAAACCCTT
* ** *
2877 CAATATTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGTTTATTTTGGCCAAAATTTGAGGAAAATAC
190 CAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTGA-GAAAA-AC
* * * *
2942 TTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGTAATCGTGTACT---CATCACAGTTTTTGACTAA
253 TTTCGGGTCAATTTTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAA
** *
3004 AAACGCATTCCG
318 AAACGCGGTCTG
** * * * ** * *
3016 GGATCCC-GCCTCAGTTTTGTAAGATTTTTGGTGCCAAGACTCATTGAAATATATATATTCATCT
1 GGGCCCCTGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCT
* * * * * * * *
3080 AACTAAATGTCAGGC-ACATTGTATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGAAACAGAAATCGGTTTCGA
66 AACCAAATCTCA-GCAACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAACCTGTTTCGA
* **
3144 TTTAAGT-AGAAATTAATTCGGAAAAATAGGAAAATTGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAA
130 TTTAA-TCAGAAATTAATTCGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA-CCCTTCAA
** * * *
3208 TCTTTTTGGAT-TTGAATTATATATTTTTCCTGAGTGTATTGGCCAAAAATTGAGGCAAAATCTT
193 TCTTTTTGG-TGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTGA-G-AAAAACTT
* * * * *
3272 TTGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATTACGGTTTTTTGCTAAA
255 TCGGGTCAATTTTTT-CAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAA
* *
3337 AACGC-GTTTC
319 AACGCGGTCTG
** * * * *
3347 ACGACCCTGGCTCAGTTTTGCATTATTTATGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCT
1 GGGCCCCTGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCT
* * * * *
3412 AACCAAAACTCAGCCAA-ATTGTATTTAAGGATTTG-TTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCGA
66 AACCAAATCTCAG-CAACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAACCTGTTTCGA
*
3475 TTTAATCAGAAATTAAGTCAGAAAAGAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAACTCCTTCA
130 TTTAATCAGAAATTAATTC-GAAAA-AATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAC-CCTTCA
* * * * * * * ** *
3540 ACCTTCTTGGTGCTGATTTATATATTTTTTTATTAGTATTTTAGCTAAAAATTGATTAAAACTCT
192 ATCTTTTTGGTGTTGAATTATATA-TTTTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGAAAAACTTT
* * * * *
3605 CGGGTCAATTTTTGCAAAATTGTAGCCGTAATTGTGTACTAATCATCACGGGTTTTTGGCTAAAA
256 CGGGTCAATTTTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAC-GGTTTTTGGCTAAAA
*
3670 ACGCGGTATG
320 ACGCGGTCTG
* * * ** * * *
3680 GGGCCTC-GGCTCAGTTTTGCAAGATTTTTGACGTCAAGGGTCATTGAAACATCTATATTTATCT
1 GGGCCCCTGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCT
* * ** * *
3744 GACGAAATCTCAGCAACATTGGATTTAATCATTTGTTTTTAAGAGCATCAGAAACCGGTTTCGAT
66 AACCAAATCTCAGCAACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAACCTGTTTCGAT
* * * * * * * *
3809 TTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAATAGGTAAATCGATATAATAAGGGTCAAAAGTCCTTCAATC
131 TTAATCAGAAATTAATTCGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA-CCCTTCAATC
** * * *
3874 TTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGCGGCCAAAAATTTGGGAAAAATGTTTTT
195 TTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAA-TTGAGAAAAA--CTTTC
* * * **
3939 GGGTCATTTTTTTTGTAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCATAGTTTTTGGCTAAAA
257 GGGTCA-ATTTTTT-CAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAA
* * *
4004 ACGTGTTCCG
320 ACGCGGTCTG
* * * ** *
4014 GGG-TCCTGGCTCAGTTTTGCATTATTTTTGGCGCTGAGACTCCTTGAAATATCTATACTCATCT
1 GGGCCCCTGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCT
** * ** ** * *
4078 AATAAAAGCTCAGCCAA-ATTGGATTTAAAAATTTTGTTTCAAC-AGCATCTA-AATCATGTTTC
66 AACCAAATCTCAG-CAACATTGGATTTAAGGA-TTTGTTTTTACGAGCATC-AGAAACCTGTTTC
* * **
4140 GATTTAATCAAAAATTAATATCAGAAATTAATATGGAATAAATAGGAAAAACGATACTAGAAATG
128 GATTTAATCAGAAATTAAT-TC-G--------A---AA-AAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCG
* * ** * * *
4205 TGAAATGCCCTTCACTCTTTTTGACGTTGAATTTTATATATTTTTATGAGTATTGTGGCGAAAAA
179 TGAAA-ACCCTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATAT-TTTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAA
* * *
4270 TTGAGGAGAAATCTTTCAGGT--A-----T----ATTTTTG-C-ACAA---T-T--T-----TCA
242 TTGA-GA-AAAACTTTCGGGTCAATTTTTTCAAAATTTTAGCCGA-AATCGTGTACTAACCATCA
* * *
4311 CGGTTTTTGGCTAAAAACTCGTTCTA
304 CGGTTTTTGGCTAAAAACGCGGTCTG
* * * *
4337 GTGCCCC-AGCTCAGTTTTGCATGACTTTTTG-CGCCGAGACTCCTTGAAATATATATATTCATC
1 GGGCCCCTGGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTTGACGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATC
* * * * *
4400 TAATCAAATCTC-GTTTAA-ATTGGATTTAAGGATTTGTTTATACGAGTAT--GTAAATCATGTT
65 TAACCAAATCTCAG--CAACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAG-AAA-CCTGTT
* * * * * * *
4461 TCGATTTAAT-ATGACATTAAGTCTGAAAAAATAGG-AAAACGATATGAGACGCATGAAAAGGCT
126 TCGATTTAATCA-GAAATTAATTC-GAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA-CCC
* * * * *
4524 TTCAATATTTTTGG-GCATTAAATTATATA-TTTTAAAGAGTATTTTGGCTAAAAATTGAGGAAA
188 TTCAATCTTTTTGGTG--TTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTGA-G-AA
* * * * * * * * * *
4587 AAAATTTTGGATCCATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAGTTGTGTACTAACCGTCACGGTTTTTGC
249 AAACTTTCGGGTCAATTTTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGG
* * *
4652 CTAAAAACTCGTTCTT
314 CTAAAAACGCGGTCTG
* * * * * *
4668 AGGCCCC-GGCTCAGATTTGCATGATTTTCTG-CGCCGAGTCTCCTTGAAATATGTATATTCAGC
1 GGGCCCCTGGCTCAGTTTTGCATGATTTT-TGACGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATC
* * * * * * **
4731 TAATCAAATCTCACCCACATTGTATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAAAAATGTTTCGA
65 TAACCAAATCTCAGCAACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAACCTGTTTCGA
** * *
4796 TTTAATTTGAAATTAATTCGGAAAATTAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAAT
130 TTTAATCAGAAATTAATTCGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA-CCCTTCAAT
* * * * *
4861 CTTTTTGGAGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTGTTTTGGCCAAAATTTGAGGGAAAATCTTTC
194 CTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTGA--GAAAAACTTTC
* * * *
4926 GGGTC-ATTTTTTGCAAATTTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATTACGGTTTTTTGCTAAAAA
257 GGGTCAATTTTTT-CAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAA
* *
4990 CGC-GTTTC
321 CGCGGTCTG
* * * * * *
4998 GCGACCCTGGCTCAGTTTTGCATCATTTATGGCTCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCT
1 GGGCCCCTGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCT
* ** * ** *
5063 AACCAAAACTCAGTC-GTATTGTATTTAAGGATTTG-TTTTACGAGCATCTCAATA-ATGTTTCG
66 AACCAAATCTCAG-CAACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAA-ACCTGTTTCG
* *
5125 ATTTAATCAGAAATTAAGTCAGAAAAGAATAGGAAAAACGATATTTGAAGCGTGAAAACTCCTTC
129 ATTTAATCAGAAATTAATTC-GAAAA-AATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAC-CCTTC
* * * * * * * ** *
5190 AACCTTCTTGGTGCTG-ATTGATATATTTTTCATTAGTATTTTAGCTAAAAATTGATTAAAACAT
191 AATCTTTTTGGTGTTGAATT-ATATATTTTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGAAAAACTT
* * *
5254 TCGGGTCAATTTTTTCAAAATTGTAGCCGTAATTGTGTACTAACCATCACGGATTTTTGGCTAAA
255 TCGGGTCAATTTTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG-TTTTTGGCTAAA
* *
5319 AATGCGGTATG
319 AACGCGGTCTG
*** * * * * * * *
5330 GGGTGTC-GGCTAAGTTTTGCAAGATTTTTGACGTCAAGACTCATTGAAACATCTATATTTATGT
1 GGGCCCCTGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCT
* ** * *
5394 GACCAAATCTCAGCAACATTGGATTTAATCATTTGTTTTTAAGAGCATCAGAAACCGGTTTCGAT
66 AACCAAATCTCAGCAACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAACCTGTTTCGAT
* * * * * * *
5459 TTAATCAGAAATTAATTCGAAAAAATAGGTAAATCGATATAATAAGGGTCAAAAGTCCTTCAATC
131 TTAATCAGAAATTAATTCGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA-CCCTTCAATC
* ** *
5524 TTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGTATTGGGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTC
195 TTTTTGGTGTTGAATTATATAT-TTTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTGA-GAAAAA-CTTTC
* * **
5589 GGGTC-ATTTTTTGTAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCATAGTTTTTGGCTAAAAA
257 GGGTCAATTTTTT-CAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAA
* *
5653 CGCGTTCCG
321 CGCGGTCTG
* * * ** * *
5662 GGG-TCCTGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCTGAGACTCCTTGAAATATTTATACTCATCT
1 GGGCCCCTGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCT
* * * * * *
5726 AA-TAAGAGCTCAACCAA-ATTGGATTTAAGAATTTTGTTTTAAC-AGCATC-TAAACCATGTTT
66 AACCAA-ATCTC-AGCAACATTGGATTTAAGGA-TTTGTTTTTACGAGCATCAGAAACC-TGTTT
* *
5787 CGATTTAATCA-AAATTTAATATCAGAAATTAATATGGAATAAATAGGAAAAACGATACTAGAAA
127 CGATTTAATCAGAAA-TTAAT-TC-G--------A---AA-AAATAGGAAAAACGATATTAGAAG
* * * * * * * *
5851 CGTGAAATGCCCTTCAACCTATTAGGTGCTGAATTATATATTTTTTATTAGTATTTTAGCTAAAA
177 CGTGAAA-ACCCTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGCCAAAA
** * * * * * * * *
5916 ATTGATTAAAAGTCTCGGGTCAACTTTTGCAAAATTGTAGCCGTAATTGTGTACTAACCGTCACG
241 ATTGAGAAAAACTTTCGGGTCAATTTTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAC-
* *
5981 GGTTTTTGGCTAAAAACGCGGTATA
305 GGTTTTTGGCTAAAAACGCGGTCTG
* * * * * * * *
6006 GGGCCTC-GGCTCAGTTTTGCAAGATTTTTTACGTCAGGACTCATTGAAACATCTATATTTATCT
1 GGGCCCCTGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCT
* * ** ** *
6070 GACCAAATCTCTGCAACATTGGATTTAATCATTTGTTTTTAAAAGCATCAGAAACCGGTTTCGAT
66 AACCAAATCTCAGCAACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAACCTGTTTCGAT
* * * *
6135 ATAATCAGATATTAATTCGAAAAAATAGGTAAATCGATAT
131 TTAATCAGAAATTAATTCGAAAAAATAGGAAAAACGATAT
6175 AATAAGGGTC
Statistics
Matches: 3796, Mismatches: 803, Indels: 450
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
308 36 0.01
309 30 0.01
310 18 0.00
311 2 0.00
314 1 0.00
319 5 0.00
320 2 0.00
321 1 0.00
322 16 0.00
323 120 0.03
324 9 0.00
326 1 0.00
327 17 0.00
328 124 0.03
329 111 0.03
330 300 0.08
331 805 0.21
332 811 0.21
333 272 0.07
334 194 0.05
335 307 0.08
336 151 0.04
337 77 0.02
338 31 0.01
339 4 0.00
340 6 0.00
342 2 0.00
343 50 0.01
344 119 0.03
345 36 0.01
346 49 0.01
347 2 0.00
348 59 0.02
349 25 0.01
350 3 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (329 bp):
GGGCCCCTGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCT
AACCAAATCTCAGCAACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAACCTGTTTCGAT
TTAATCAGAAATTAATTCGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAACCCTTCAATCT
TTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGAAAAACTTTCGGGT
CAATTTTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGG
TCTG
Found at i:5959 original size:676 final size:662
Alignment explanation
Indices: 1329--6190 Score: 2048
Period size: 663 Copynumber: 7.3 Consensus size: 662
1319 GTTATCACAG
* * * * * *
1329 TTTTTGGCTAAAAAGGC-GTTTCAGGGCC-CTGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCAC--CTAG
1 TTTTTGGCTAAAAACGCGGTAT-AGGGCCTC-GGCTAAGTTTTGCAAGA-TTTTTG-ACGTCAAG
* * * * * * **
1390 ACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAACCAAATCTCAGCTACATTGGATTTAAGGATTTGTTTT
62 ACTCATTGAAACATCTATATTTATCTGACCAAATCTCAGCAACATTGGATTTAATCATTTGTTTT
* * * * * *
1455 TACGAGCATCAAAAATCTGTTTCGATTTAATCATAAATTAATTCAGAAATAAAAATAGG-AATTA
127 TAAGAGCATCAGAAACCGGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTC-G--A-AAAAATAGGTAAAT-
* *** ** ** *
1519 CGGTATTCGAAACGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCA-TTGAATTATATATATTTTTTATAA
187 CGATATAATAAGGGTCAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGG-AGTTGAA-T-TATATATTTTTTATGA
** * * * ** * * **
1583 GTATTTTGGCTAAAATTTGAAGGAAAAAACTTTCGAGGT-AAGTTTTACAAAATTTTAGTCGTAA
249 GTATTGGGGCCAAAAATTG-AGGAAAAATCTTTCG-GGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAA
* * * * * *
1647 TCG--T-GTAATCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACG-GTTTCCTG-GGCCCTGGCTCAGTATTAC
312 TCGTATACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCG-TTCC-GCGACCCTGGCTCAGTTTTGC
* * * * * * * * * * * * *** *
1707 ATGATTTTTTGCGCGAAAACTCATTAAAATATATATATTTATATAACCAAATCTCAGGGACATTG
375 ATCATTTATGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAACCAAAACTCAACCAAATTG
* * * * * *
1772 AATTTAAGGATTTGTTTTTATGAGCAAC-AGAA-AACCGGTTTCGATTTAAGT-A-AAATTTAAT
440 GATTTAAGAATTTG-TTTTACGAGCATCTA-AACAA--TGTTTCGATTTAA-TCAGAAA-TTAAA
* * * * ** * * **
1833 TC-GAAAA-AAAAGG-AAATCGATATTAGAAGCGTGGAAAAC-CCTTCAATGTTTTTGGTATTGA
499 TCAGAAAAGAATAGGAAAAACGATACTAGAAACGT-GAAAACTCCTTCAACCTTCTAGGTGCTG-
* * * * ** * *
1894 ATT-ATATATTTTTTC-TGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAA-ATTCTTCGGG-AAATTTT
562 ATTGATATA-TTTTTCATTAGTATTTTAGCTAAAAATTGATTAAAACA---TTCGGGTCAA-CTT
* * * * * *
1955 TTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACGTTA-CATCACGGTTTTTT
622 TTGCAAAATTGTAGCCGTAATTGTGTAC-TAACCATCACGG-----A
* * * * * ** *
2001 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGGCCGCGGCTCAA-TTTTGCATGATTCTTT-ACACCGAGAC
1 TTTTTGGCTAAAAACGCGGTATAGGGCCTCGGCT-AAGTTTTGCAAGATT-TTTGACGTCAAGAC
* * ** * * * * * * * **
2064 TCCTTG-AATATCTGCAATCATCTAATCAGATCTCAGCCACATTGAATTTAAAGATTTGTTTTTA
64 TCATTGAAACATCTATATTTATCTGACCAAATCTCAGCAACATTGGATTTAATCATTTGTTTTTA
* ** * ** * * * *
2128 CGAGTGTCTA-AATCATGTATCGATTTAATCTGAAATTAATTC-AGGAAAATAGGAAAAAT-GAT
129 AGAGCATC-AGAAACCGGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGA-AAAAATAGG-TAAATCGAT
* * * * *
2190 AATAAAAACGTGT--AAAGCTCTTCAATCTTTTTGGAGTTGAATTATATA-TTTTAATTAGTATT
191 -ATAATAA-GGGTCAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGAGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATT
** * * * * *
2252 TTGGCCAAAAATTGAGGAAAAAACTTTCGTGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
254 GGGGCCAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTATA
* * * ** * * * * *
2317 CCAACCATCACAAG-TTTTGGCTAAAAACGCGTTACGTGGTCCAGGCTAAGTTTTGTATGATTTT
319 CTAACCATCAC-AGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGCGACCCTGGCTCAGTTTTGCATCATTTA
* * * * * * * * *
2381 TAGCACCAAGAGTCCTTGAAATATCTTTATTTATGTAACCAAATCTC-AGCAACATTGGATTTAA
383 TGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAACCAAAACTCAACCAA-ATTGGATTTAA
* * * ** * * * * ** *
2445 GGATTTGTTTTTACTAGCATCTGAATTATGTCTCGATTTAATTAGAACTTAATTTTGAAAAAAAT
447 GAATTTG-TTTTACGAGCATCTAAACAATGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATCAGAAAAGAAT
** * ** ** * * *** *
2510 AGGAAAAATTATATTAGACGCGTGAAAAGC-CCTTCAAAATTTTTGGCATTAAATT-ATATA-TT
511 AGGAAAAACGATACTAGAAACGTGAAAA-CTCCTTCAACCTTCTAGGTGCT-GATTGATATATTT
** * * * * *
2572 TTCTATTAACATTTTAGCAAAAAATTGA-GAAAACTTTTCCGGGTC-AGTTTTAGCAAAATTTTA
574 TTC-ATTAGTATTTTAGCTAAAAATTGATTAAAAC-ATT-CGGGTCAACTTTT-GCAAAATTGTA
** * ** * *
2635 ATCGAAATCATGTACTAACTATCACAG-
635 GCCGTAATTGTGTACTAACCATCACGGA
* * *
2662 TTTTTAGCTAAAAACGC-GTTTCAGGGCC-CTGGCTCAA-TTTTGCATGATTTTTTG-C-TACAA
1 TTTTTGGCTAAAAACGCGGTAT-AGGGCCTC-GGCT-AAGTTTTGCAAGA-TTTTTGACGT-CAA
* * * * * * **
2722 GACTCCTTGAAATATCTATGTTCATCTAACCAAATCTCAGTC-ACATTGGATCTAAGGATTTGTT
61 GACTCATTGAAACATCTATATTTATCTGACCAAATCTCAG-CAACATTGGATTTAATCATTTGTT
* * * * * * *
2786 TTTACGAGCATTAAAAACCAGTTTCGATTTAATTAGAAATGAATTCGGAAATAAAATAGG-AATT
125 TTTAAGAGCATCAGAAACCGGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTC-G-AA-AAAATAGGTAAAT
*** * *** * * * **
2850 ACGATATTCGAAGCGTGGCAAGCCATTCAATATTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGTTT
187 -CGATATAATAAGGGTCAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGAGTTGAATTATATATTTTTTATGAGT
** * * * **
2915 ATTTTGGCCAAAATTTGAGG-AAAATACTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGTAATCG
251 ATTGGGGCCAAAAATTGAGGAAAAAT-CTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCG
* * * * * * **
2979 TGTACT---CATCACAGTTTTTGACTAAAAACGCATTCCGGGATCCC-GCCTCAGTTTTGTAAGA
315 TATACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGCGA-CCCTGGCTCAGTTTTGCATCA
* * * * * * ** ** * *
3040 TTTTTGGTGCCAAGACTCATTGAAATATATATATTCATCTAACTAAATGTCAGGCACATTGTATT
379 TTTATGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAACCAAAACTCAACCAAATTGGATT
* * * * *
3105 TAAGAATTTGTTTTTACGAGAAAC-AGA-AATCGGTTTCGATTTAAGT-AGAAATTAATTC-GGA
444 TAAGAATTTG-TTTTACGAGCATCTAAACAAT--GTTTCGATTTAA-TCAGAAATTAAATCAGAA
** * * * * * *
3166 AA-AATAGGAAAATTGATATTAGAAGCGTGAAAAGC-CCTTCAATCTTTTTGGAT-TTGAATT-A
505 AAGAATAGGAAAAACGATACTAGAAACGTGAAAA-CTCCTTCAACCTTCTAGG-TGCTG-ATTGA
* * * * * * ** * * **
3227 TATATTTTTCCTGAGTGTATTGGCCAAAAATTGAGGCAAAATCTTTTGGGTCATTTTTTTGCAAA
567 TATATTTTTCATTAGTATTTTAGCTAAAAATTGA-TTAAAA-CATTCGGGTCA-ACTTTTGCAAA
* * * * *
3292 ATTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATTACGG-
629 ATTGTAGCCGTAATTGTGTACTAACCATCACGGA
* * * * * ** * * *
3325 TTTTTTGCTAAAAACGC-GTTTCACGACC-CTGGCTCAGTTTTGCATTATTTATGGCGCCAAGAC
1 TTTTTGGCTAAAAACGCGGTAT-AGGGCCTC-GGCTAAGTTTTGCAAGATTTTTGACGTCAAGAC
* * * * * * **
3388 TCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAAACTCAGCCAA-ATTGTATTTAAGGATTTG-TTTT
64 TCATTGAAACATCTATATTTATCTGACCAAATCTCAG-CAACATTGGATTTAATCATTTGTTTTT
* * * ** * * *
3451 ACGAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAGTCAGAAAAGAATAGGAAAAACGAT
128 AAGAGCATCAGAAACCGGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTC-GAAAA-AATAGGTAAATCGAT
* * * * * * * * * *
3516 ATTAGAAGCGTGAAAA-CTCCTTCAACCTTCTTGGTGCTGATTTATATATTTTTTTATTAGTATT
191 ATAATAAGGGTCAAAAGC-CCTTCAATCTTTTTGGAGTTGAATTATATA-TTTTTTATGAGTATT
*** * ** * * * ** * *
3580 TTAGCTAAAAATTGA-TTAAAA-CTCTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTGTAGCCGTAATTGTGTA
254 GGGGCCAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTATA
* * * ** ** **
3643 CTAATCATCACGGGTTTTTGGCTAAAAACGCGGTATG-GGGCCTCGGCTCAGTTTTGCAAGATTT
319 CTAACCATCAC-AGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGCGACCCT-GGCTCAGTTTTGCATCATTT
* * * ** * * * * * * * *
3707 TTGACGTCAAGGGTCATTGAAACATCTATATTTATCTGACGAAATCTC-AGCAACATTGGATTTA
382 ATGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAACCAAAACTCAACCAA-ATTGGATTTA
** * * ** * *
3771 ATCATTTGTTTTTAAGAGCATCAGAAAC-CGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GAAAA-A
446 AGAATTTG-TTTTACGAGCATC-TAAACAATGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATCAGAAAAGA
* * * * * * * * *
3833 ATAGGTAAATCGATA-TA-ATAAGGGTCAAAAGTCCTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATT-ATATA
509 ATAGGAAAAACGATACTAGA-AA-CGTGAAAACTCCTTCAACCTTCTAGGTGCTG-ATTGATATA
* * *** * *** ** * ** *
3895 TTTTTTATGAGTATTGCGGCCAAAAATTTGGGAAAAATGTTTTTGGGTCATTTTTTTTGTAAAAT
571 TTTTTCATTAGTATTTTAGCTAAAAA-TTGATTAAAA--CATTCGGGTCA--ACTTTTGCAAAAT
* ** * **
3960 TTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCATAG-
631 TGTAGCCGTAATTGTGTACTAACCATCACGGA
* * *** * ** * *
3991 TTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGGGTCCT-GGCTCAGTTTTGCATTATTTTTGGCG-CTGAGAC
1 TTTTTGGCTAAAAACGCGGTATAGGG-CCTCGGCTAAGTTTTGCAAGATTTTTGACGTC-AAGAC
* * * * * ** * **
4054 TCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATAAAAGCTCAGCCAA-ATTGGATTTAAAAATTT-TGTTT
64 TCATTGAAACATCTATATTTATCTGACCAAATCTCAG-CAACATTGGATTTAATCATTTGT-TTT
* * * ** * *
4117 CAACAGCATCTA-AATCATGTTTCGATTTAATCAAAAATTAATATCAGAAATTAATATGGAATAA
127 TAAGAGCATC-AGAAACCGGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAT-TC-GAAA-AAATA-GG--TAA
* * * * * * * *
4181 ATAGGAAAAACGATACTAGAAATGTGAAATGCCCTTCACTCTTTTT-GACGTTGAATTTTATATA
185 AT-CGATATA--ATA--AG---GGTCAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGA-GTTGAATTATATAT-
* * * *
4245 TTTTTATGAGTATTGTGGCGAAAAATTGAGGAGAAATCTTTCAGGT-ATATTTTTGC--------
240 TTTTTATGAGTATTGGGGCCAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAT-TTTTTGCAAAATTTT
* * * * **
4301 A--C--AA---T-T--T-----TCACGGTTTTTGGCTAAAAACTCGTTCTAGTG-CCCCAGCTCA
304 AGCCAAAATCGTATACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTC-CGCGACCCTGGCTCA
* * ** * ** * * * *
4350 GTTTTGCATG-A-C-TTTTTGCGC-CGAGACTC-CTTGAAATATATATATTCATCTAATCAAATC
368 G-TTT---TGCATCATTTATG-GCGCCA-AGACTCCTTGAA-ATATCTA-T-A-CTCATCTAACC
**** * *** * * *
4410 -TCGTTTAAATT----GGATTTAAGGATTTGTTTATACGAGTATGTAAATC-ATGTTTCGATTTA
423 AAAACTCAACCAAATTGGATTTAAGAATTTGTTT-TACGAGCATCTAAA-CAATGTTTCGATTTA
* * * * ** *
4469 AT-ATGACATTAAGTCTGAAAA-AATAGG-AAAACGATA-T-GAGACGCATGAAAAGGCTTTCAA
486 ATCA-GAAATTAAATCAGAAAAGAATAGGAAAAACGATACTAGAAACG--TGAAAACTCCTTCAA
** * * * * ** * ** *
4529 TATTTTTGG-GC--ATTAAATTATATATTTTAAAGAGTATTTTGGCTAAAAATTGAGGAAAAAAA
548 CCTTCTAGGTGCTGATT-GA-TATAT-TTTTCATTAGTATTTTAGCTAAAAATTGA-TTAAAACA
* * * * * * *
4591 TTTTGGATCCATTTTTGCAAAATTTTAACCG-AAGTTGTGTACTAACCGTCACGG-
609 -TTCGGGTCAACTTTTGCAAAATTGTAGCCGTAA-TTGTGTACTAACCATCACGGA
* * * * * * * * * * *
4645 TTTTTGCCTAAAAACTCGTTCTTA-GGCCCCGGCTCAGATTTGCATGATTTTCTG-CGCCGAGTC
1 TTTTTGGCTAAAAACGCGGT-ATAGGGCCTCGGCTAAGTTTTGCAAGATTTT-TGACGTCAAGAC
* * * * * * * * * * **
4708 TCCTTGAAATATGTATATTCAGCTAATCAAATCTCACCCACATTGTATTTAAGAATTTGTTTTTA
64 TCATTGAAACATCTATATTTATCTGACCAAATCTCAGCAACATTGGATTTAATCATTTGTTTTTA
* * *** ** * * * * *
4773 CGAGCATCTGAAAAATGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCGGAAAATTAGGAAAAACGATATT
129 AGAGCATCAGAAACCGGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGAAAAAATAGGTAAATCGATATA
* * * * * **
4838 AGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGAGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTGTTTTGGC
194 ATAAGGGTCAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGAGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGGGGC
* * * *
4903 CAAAATTTGAGGGAAAATCTTTCGGGTCATTTTTTGCAAATTTTTAGCCGAAATCGTATACTAAC
259 CAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTATACTAAC
* * * * *
4968 CATTACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGCGACCCTGGCTCAGTTTTGCATCATTTATGGCTC
324 CATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGCGACCCTGGCTCAGTTTTGCATCATTTATGGCGC
* ** ** * *
5033 CAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAAACTCAGTCGTATTGTATTTAAGGATTTG
389 CAAGACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAACCAAAACTCAACCAAATTGGATTTAAGAATTTG
* * *
5098 TTTTACGAGCATCTCAATAATGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAGTCAGAAAAGAATAGGAAAAA
454 TTTTACGAGCATCTAAACAATGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATCAGAAAAGAATAGGAAAAA
* * * *
5163 CGATATTTGAAGCGTGAAAACTCCTTCAACCTTCTTGGTGCTGATTGATATATTTTTCATTAGTA
519 CGATACTAGAAACGTGAAAACTCCTTCAACCTTCTAGGTGCTGATTGATATATTTTTCATTAGTA
* *
5228 TTTTAGCTAAAAATTGATTAAAACATTCGGGTCAATTTTTTCAAAATTGTAGCCGTAATTGTGTA
584 TTTTAGCTAAAAATTGATTAAAACATTCGGGTCAACTTTTGCAAAATTGTAGCCGTAATTGTGTA
5293 CTAACCATCACGGA
649 CTAACCATCACGGA
* * **
5307 TTTTTGGCTAAAAATGCGGTATGGGGTGTCGGCTAAGTTTTGCAAGATTTTTGACGTCAAGACTC
1 TTTTTGGCTAAAAACGCGGTATAGGGCCTCGGCTAAGTTTTGCAAGATTTTTGACGTCAAGACTC
*
5372 ATTGAAACATCTATATTTATGTGACCAAATCTCAGCAACATTGGATTTAATCATTTGTTTTTAAG
66 ATTGAAACATCTATATTTATCTGACCAAATCTCAGCAACATTGGATTTAATCATTTGTTTTTAAG
5437 AGCATCAGAAACCGGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGAAAAAATAGGTAAATCGATATAAT
131 AGCATCAGAAACCGGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGAAAAAATAGGTAAATCGATATAAT
* *
5502 AAGGGTCAAAAGTCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGTATTGGGGCC
196 AAGGGTCAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGAGTTGAATTATATAT-TTTTTATGAGTATTGGGGCC
* * *
5567 AAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGTAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACC
260 AAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTATACTAACC
* * ** * * * *
5632 ATCATAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCTGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCT
325 ATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGCGACCCTGGCTCAGTTTTGCATCATTTATGGCGCC
* * * *
5697 GAGACTCCTTGAAATATTTATACTCATCTAA-TAAGAGCTCAACCAAATTGGATTTAAGAATTTT
390 AAGACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAACCAA-AACTCAACCAAATTGGATTTAAGAA-TTT
*
5761 GTTTTAAC-AGCATCTAAACCATGTTTCGATTTAATCA-AAATTTAATATCAGAAATTAATATGG
453 GTTTT-ACGAGCATCTAAACAATGTTTCGATTTAATCAGAAA-TTAA-ATCAG--A--AA-A--G
*
5824 AATAAATAGGAAAAACGATACTAGAAACGTGAAATGC-CCTTCAACCTAT-TAGGTGCTGAATT-
508 ----AATAGGAAAAACGATACTAGAAACGTGAAA-ACTCCTTCAACCT-TCTAGGTGCTG-ATTG
* *
5886 ATATATTTTTTATTAGTATTTTAGCTAAAAATTGATTAAAA-GTCTCGGGTCAACTTTTGCAAAA
566 ATATATTTTTCATTAGTATTTTAGCTAAAAATTGATTAAAACAT-TCGGGTCAACTTTTGCAAAA
* *
5950 TTGTAGCCGTAATTGTGTACTAACCGTCACGGG
630 TTGTAGCCGTAATTGTGTACTAACCATCACGGA
* * *
5983 TTTTTGGCTAAAAACGCGGTATAGGGCCTCGGCTCAGTTTTGCAAGATTTTTTACGTCAGGACTC
1 TTTTTGGCTAAAAACGCGGTATAGGGCCTCGGCTAAGTTTTGCAAGATTTTTGACGTCAAGACTC
* *
6048 ATTGAAACATCTATATTTATCTGACCAAATCTCTGCAACATTGGATTTAATCATTTGTTTTTAAA
66 ATTGAAACATCTATATTTATCTGACCAAATCTCAGCAACATTGGATTTAATCATTTGTTTTTAAG
* *
6113 AGCATCAGAAACCGGTTTCGATATAATCAGATATTAATTCGAAAAAATAGGTAAATCGATATAAT
131 AGCATCAGAAACCGGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGAAAAAATAGGTAAATCGATATAAT
6178 AAGGGTCAAAAGC
196 AAGGGTCAAAAGC
6191 AAGCTTTTTG
Statistics
Matches: 3325, Mismatches: 639, Indels: 448
0.75 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
639 45 0.01
640 36 0.01
641 2 0.00
643 2 0.00
645 2 0.00
647 4 0.00
648 3 0.00
649 1 0.00
650 2 0.00
651 5 0.00
652 3 0.00
653 11 0.00
654 159 0.05
655 7 0.00
656 24 0.01
657 133 0.04
658 37 0.01
659 10 0.00
660 59 0.02
661 282 0.08
662 436 0.13
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664 288 0.09
665 100 0.03
666 343 0.10
667 131 0.04
668 74 0.02
669 11 0.00
670 3 0.00
671 88 0.03
672 53 0.02
673 5 0.00
674 2 0.00
675 1 0.00
676 331 0.10
677 5 0.00
678 2 0.00
679 52 0.02
680 5 0.00
681 14 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (662 bp):
TTTTTGGCTAAAAACGCGGTATAGGGCCTCGGCTAAGTTTTGCAAGATTTTTGACGTCAAGACTC
ATTGAAACATCTATATTTATCTGACCAAATCTCAGCAACATTGGATTTAATCATTTGTTTTTAAG
AGCATCAGAAACCGGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGAAAAAATAGGTAAATCGATATAAT
AAGGGTCAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGAGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGGGGCCA
AAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTATACTAACCA
TCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGCGACCCTGGCTCAGTTTTGCATCATTTATGGCGCCA
AGACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAACCAAAACTCAACCAAATTGGATTTAAGAATTTGTT
TTACGAGCATCTAAACAATGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATCAGAAAAGAATAGGAAAAACG
ATACTAGAAACGTGAAAACTCCTTCAACCTTCTAGGTGCTGATTGATATATTTTTCATTAGTATT
TTAGCTAAAAATTGATTAAAACATTCGGGTCAACTTTTGCAAAATTGTAGCCGTAATTGTGTACT
AACCATCACGGA
Found at i:7673 original size:330 final size:326
Alignment explanation
Indices: 6660--9014 Score: 1771
Period size: 330 Copynumber: 7.1 Consensus size: 326
6650 TTTTTAGCGT
* *
6660 TGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTT
1 TGAATTATATATATTTTATGAGTATTGGGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTT
* *
6725 TGTAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCATAATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGG
66 TGTAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACT-A--AT--TAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGG
* * * *
6790 TCCTGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCTGAGACTCCTTGAAATATTTATACTCATCTAA-T
126 TCCTGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCTGAGACTCCTTGAAATATATATATTTATCTAACC
* * * * *
6854 AAGAGCTCAGCCAA-ATTGGATTTAAGAATTT-TGTTTTAACAGCATCCA-AACCATGTTTCGAT
191 AA-ATCTCAG-CAACATTGGATTTAAGCATTTGT-TTTTAAGAGCAT-CAGAAACAGGTTTCGAT
* * * *
6916 TTAATCAAAAATTAATATCAGAAATTAATATGGAATAAATAGGAAAAACAATACT-AGAAACGTG
252 TTAATCAGAAATTAAT-TC-G--------A---AA-AAATAGGAAAAACGATA-TAAGAAGCGTC
*
6980 AAATGCCCTTCAACCTATTAGGTGC
302 AAAAGCCCTTCAACCTATTAGGTGC
* * *** * ** * * **
7005 TGAATTATATATTTTTTATTAGTATTTTAGCTAAAAATTGA-TTAAAA-GTCTCGGGTCAACTTT
1 TGAATTATATATATTTTATGAGTATTGGGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTT
* * * ** * * * *
7068 TGCAAAATTGTAGTCGTAATTGTGTACTAACCATCACGGGTTTTTGGCTAAAAACGCGGTAT-AG
66 TGTAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACT-A--ATTA---GTTTTTGGCTAAAAACGC-GTTTCGG
* * *** * * * *
7132 GG-CCTCGGCTCAGTTTTGCAAGATTTTTTATG-TCAGGACTCATTGAAACATCTATATTTATCT
124 GGTCCT-GGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCTGA-GACTCCTTGAAATATATATATTTATCT
* * *
7195 GACCAAATCTCAGCAACATTGGATTTAATCATTTGTTTTTAAGAGCATCAGAAACCGGTTTCGAT
187 AACCAAATCTCAGCAACATTGGATTTAAGCATTTGTTTTTAAGAGCATCAGAAACAGGTTTCGAT
* * ** * * * *
7260 TTAATCAGAAATTAATTCGTAAAAATAGGTAAATTGATATAATAAGGGTCAAAAGTCCTTCAATC
252 TTAATCAGAAATTAATTCGAAAAAATAGGAAAAACGATATAAGAAGCGTCAAAAGCCCTTCAACC
* * * *
7325 TTTTTGGCGT
317 TATTAGGTGC
7335 TGAATTATATATATTTT-TGAGTATTGGGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTT
1 TGAATTATATATATTTTATGAGTATTGGGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTT
*
7399 TGTAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTA-T-GTTAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGTCCTG
66 TGTAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAATTAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGTCCTG
* *
7462 ACTTAGTTTTGCATGATTTTAGGCGCTGAGACTCCTTGAAATATTTATATATATATGCATCTAAC
131 GCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCTGAGACTCCTTGAAATA--TATATAT-T-T--ATCTAAC
* * *** * * * * * * * * * *
7527 CCAATTTCAGCCGTATTGTACTTAAGGACTTG-TTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTTGATTTT
190 CAAATCTCAGCAACATTGGATTTAAGCATTTGTTTTTAAGAGCATCAGAAACAGGTTTCGATTTA
* * * *
7591 ATCAGAATTTAATTCAGAAAAGAATAGGAAAAACGATCCT-AGAAGCGTGAAAAACCCTTCAACC
255 ATCAGAAATTAATTC-GAAAA-AATAGGAAAAACGAT-ATAAGAAGCGTCAAAAGCCCTTCAACC
7655 TATTAGGTGC
317 TATTAGGTGC
* * *** * * * ** * * **
7665 TGAATTATATATTTTTTATTAGTATTTTAGCTAAAACTAGA-TTAAAA-GTTTCAGGTCAACTTT
1 TGAATTATATATATTTTATGAGTATTGGGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTT
* * ** * * * *
7728 TGCAAAATTGTAGCCGTAATTGTGTACTAACCATCACGGGTTTTTGGCTAAAAACGCGGTAT-AG
66 TGTAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACT-A--ATTA---GTTTTTGGCTAAAAACGC-GTTTCGG
* ** * * * *
7792 GG-CCTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACG-TCAAGACTCATTGAAACATCTATATTTATCT
124 GGTCCT-GGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCT-GAGACTCCTTGAAATATATATATTTATCT
* * * *
7855 GACCAAATCTCTGCAACATTGGATTTAATCATTTGTTTTTAAGAGCATCAGAAACCGGTTTCGAT
187 AACCAAATCTCAGCAACATTGGATTTAAGCATTTGTTTTTAAGAGCATCAGAAACAGGTTTCGAT
* * * * * * *
7920 TTAATCAGAAATTAATTCG-AAAAATAGGTAAATCGATATAATAAGGGTCATAAGTCCTTCAATC
252 TTAATCAGAAATTAATTCGAAAAAATAGGAAAAACGATATAAGAAGCGTCAAAAGCCCTTCAACC
* * * *
7984 TTTTTGGCGT
317 TATTAGGTGC
7994 TGAATTATATATATTTTTATGAGTATTGGGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTT
1 TGAATTATATATA-TTTTATGAGTATTGGGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTT
*
8059 TTGTAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACATCATAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGG
65 TTGTAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACT-A-AT--TAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGG
* * * *
8124 TCCTGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCTGAGACTCCTTGAAATATTTATACTCATCTAA-T
126 TCCTGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCTGAGACTCCTTGAAATATATATATTTATCTAACC
* * * * * **
8188 AAGAGCTCAACCAA-ATTGGATTTAAGAATTT-TGTTTTAACAGCATCTA-AACCATTTTTCGAT
191 AA-ATCTC-AGCAACATTGGATTTAAGCATTTGT-TTTTAAGAGCATC-AGAAACAGGTTTCGAT
* * * * * *
8250 TTAATCAAAAATTAATATGGAATAAATAGGAAAAACGATACT-AGAAACGTGAAATGCCCTTCAA
252 TTAATCAGAAATTAAT-TCGAAAAAATAGGAAAAACGATA-TAAGAAGCGTCAAAAGCCCTTCAA
8314 CCTATTAGGTGC
315 CCTATTAGGTGC
* * *** * ** * * **
8326 TGAATTATATATTTTTTATTAGTATTTTAGCTAAAAATTGA-TTAAAA-GTCTCGGGTCAACTTT
1 TGAATTATATATATTTTATGAGTATTGGGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTT
* * ** * * * *
8389 TGCAAAATTGTAGCCGTAATTGTGTACTAACCATCACGGGTTTTTGGCTAAAAACGCGGTAT-AG
66 TGTAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACT-A--ATTA---GTTTTTGGCTAAAAACGC-GTTTCGG
* * *** * * * *
8453 GG-CCTCGGCTCAGTTTTGCAAGATTTTTTATG-TCAGGACTCATTGAAACATCTATATTTATCT
124 GGTCCT-GGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCTGA-GACTCCTTGAAATATATATATTTATCT
* * *
8516 GACCAAATCTCAGCAACATTGGATTTAATCATTTGTTTTTAAGAGCATCAGAAACCGGTTTCGAT
187 AACCAAATCTCAGCAACATTGGATTTAAGCATTTGTTTTTAAGAGCATCAGAAACAGGTTTCGAT
* * ** * * * *
8581 TTAATCAGAAATTAATTCGTAAAAATAGGTAAATTGATATAATAAGGGTCAAAAGTCCTTCAATC
252 TTAATCAGAAATTAATTCGAAAAAATAGGAAAAACGATATAAGAAGCGTCAAAAGCCCTTCAACC
* * *
8646 TTTTTGGTGT
317 TATTAGGTGC
* *
8656 TGAATTATATAT-TTTTATGAGTATTGCGGCCAAAAATTTG-GGAAAAATGTTTTTGGGTCATTT
1 TGAATTATATATATTTTATGAGTATTGGGGCCAAAAA-TTGAGGAAAAAT-TTTTCGGGTCA-TT
*
8719 TTTTGTAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCATAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCG
63 TTTTGTAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACT-A--AT--TAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCG
* * *
8784 GGGTCCTGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCTGAGACTCCTTGAAATATTTATACTCATCTA
123 GGGTCCTGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCTGAGACTCCTTGAAATATATATATTTATCTA
* * * * * * **
8849 A-TAAGAGCTCAACCAA-ATTGGATTTAAGAATTT-TGTTTTAACAGCATCTA-AACCATTTTTC
188 ACCAA-ATCTC-AGCAACATTGGATTTAAGCATTTGT-TTTTAAGAGCATC-AGAAACAGGTTTC
* * * * * *
8910 GATTTAATCAAAAATTAATATGGAATAAATAGGAAAAACGATACT-AGAAACGTGAAATGCCCTT
249 GATTTAATCAGAAATTAAT-TCGAAAAAATAGGAAAAACGATA-TAAGAAGCGTCAAAAGCCCTT
8974 CAACCTATTAGGTGC
312 CAACCTATTAGGTGC
* *
8989 TGAATTATATATTTTTTATTAGTATT
1 TGAATTATATATATTTTATGAGTATT
9015 TTAGCTAAAA
Statistics
Matches: 1554, Mismatches: 373, Indels: 177
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
322 3 0.00
323 52 0.03
324 5 0.00
325 6 0.00
326 3 0.00
327 1 0.00
328 41 0.03
329 194 0.12
330 339 0.22
331 245 0.16
332 260 0.17
333 98 0.06
334 16 0.01
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336 4 0.00
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338 3 0.00
341 1 0.00
342 1 0.00
343 52 0.03
344 126 0.08
345 42 0.03
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (326 bp):
TGAATTATATATATTTTATGAGTATTGGGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTT
TGTAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAATTAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGTCCTG
GCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCTGAGACTCCTTGAAATATATATATTTATCTAACCAAATC
TCAGCAACATTGGATTTAAGCATTTGTTTTTAAGAGCATCAGAAACAGGTTTCGATTTAATCAGA
AATTAATTCGAAAAAATAGGAAAAACGATATAAGAAGCGTCAAAAGCCCTTCAACCTATTAGGTG
C
Found at i:8400 original size:661 final size:663
Alignment explanation
Indices: 6631--9157 Score: 4216
Period size: 661 Copynumber: 3.8 Consensus size: 663
6621 TGAAAACAAT
* *
6631 GGTCAAAAGTCCTTCAATCTTTTTAGCGTTGAATTATATAT-TTTTTATGAGTATTGTGGCCAAA
1 GGTCAAAAGTCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGTATTGGGGCCAAA
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66 AATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGTAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATC
*
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*
6825 ACTCCTTGAAATATTTATACTCATCTAATAAGAGCTCAGCCAAATTGGATTTAAGAATTTTGTTT
196 ACTCCTTGAAATATTTATACTCATCTAATAAGAGCTCAACCAAATTGGATTTAAGAATTTTGTTT
* *
6890 TAACAGCATCCAAACCATGTTTCGATTTAATCAAAAATTAATATCAGAAATTAATATGGAATAAA
261 TAACAGCATCTAAACCATTTTTCGATTTAATC----------A--A-AAATTAATATGGAATAAA
*
6955 TAGGAAAAACAATACTAGAAACGTGAAATGCCCTTCAACCTATTAGGTGCTGAATTATATATTTT
313 TAGGAAAAACGATACTAGAAACGTGAAATGCCCTTCAACCTATTAGGTGCTGAATTATATATTTT
*
7020 TTATTAGTATTTTAGCTAAAAATTGATTAAAAGTCTCGGGTCAACTTTTGCAAAATTGTAGTCGT
378 TTATTAGTATTTTAGCTAAAAATTGATTAAAAGTCTCGGGTCAACTTTTGCAAAATTGTAGCCGT
7085 AATTGTGTACTAACCATCACGGGTTTTTGGCTAAAAACGCGGTATAGGGCCTCGGCTCAGTTTTG
443 AATTGTGTACTAACCATCACGGGTTTTTGGCTAAAAACGCGGTATAGGGCCTCGGCTCAGTTTTG
7150 CAAGATTTTTTATGTCAGGACTCATTGAAACATCTATATTTATCTGACCAAATCTCAGCAACATT
508 CAAGATTTTTTATGTCAGGACTCATTGAAACATCTATATTTATCTGACCAAATCTCAGCAACATT
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573 GGATTTAATCATTTGTTTTTAAGAGCATCAGAAACCGGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGT
7280 AAAAATAGGTAAATTGATATAATAAG
638 AAAAATAGGTAAATTGATATAATAAG
7306 GGTCAAAAGTCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATA-TTTT-TGAGTATTGGGGCCAAA
1 GGTCAAAAGTCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGTATTGGGGCCAAA
*
7369 AATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGTAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTA-T----GT-
66 AATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGTAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATC
* * *
7428 -TAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGTCCTGACTTAGTTTTGCATGATTTTAGGCGCTGAG
131 ATAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCTGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCTGAG
* ** ** * ** * * *
7492 ACTCCTTGAAATATTTATATATATATGCATCTAACCCA-ATTTCAGCCGTATTGTACTTAAGGA-
196 ACTCCTTGAAATA--T-T-TATA-CT-CATCTAA-TAAGAGCTCAACCAAATTGGATTTAAGAAT
* * * * * * * *
7555 CTTGTTTT-ACGAGCATCTGAATCATGTTTT-GATTTTATCAGAATTTAAT-TCAGAAAAGAATA
254 TTTGTTTTAAC-AGCATCTAAACCAT-TTTTCGATTTAATCAAAAATTAATAT-GGAATA-AATA
* * **
7617 GGAAAAACGATCCTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAACCTATTAGGTGCTGAATTATATATTTTTT
315 GGAAAAACGATACTAGAAACGTGAAATGCCCTTCAACCTATTAGGTGCTGAATTATATATTTTTT
* * * *
7682 ATTAGTATTTTAGCTAAAACTAGATTAAAAGTTTCAGGTCAACTTTTGCAAAATTGTAGCCGTAA
380 ATTAGTATTTTAGCTAAAAATTGATTAAAAGTCTCGGGTCAACTTTTGCAAAATTGTAGCCGTAA
7747 TTGTGTACTAACCATCACGGGTTTTTGGCTAAAAACGCGGTATAGGGCCTCGGCTCAGTTTTGCA
445 TTGTGTACTAACCATCACGGGTTTTTGGCTAAAAACGCGGTATAGGGCCTCGGCTCAGTTTTGCA
* * * *
7812 TGATTTTTTACGTCAAGACTCATTGAAACATCTATATTTATCTGACCAAATCTCTGCAACATTGG
510 AGATTTTTTATGTCAGGACTCATTGAAACATCTATATTTATCTGACCAAATCTCAGCAACATTGG
7877 ATTTAATCATTTGTTTTTAAGAGCATCAGAAACCGGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCG-AA
575 ATTTAATCATTTGTTTTTAAGAGCATCAGAAACCGGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGTAA
*
7941 AAATAGGTAAATCGATATAATAAG
640 AAATAGGTAAATTGATATAATAAG
*
7965 GGTCATAAGTCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGTATTGGGGCCAAA
1 GGTCAAAAGTCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGTATTGGGGCCAAA
8030 AATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGTAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAA-CATC
66 AATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGTAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATC
8094 ATAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCTGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCTGAG
131 ATAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCTGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCTGAG
8159 ACTCCTTGAAATATTTATACTCATCTAATAAGAGCTCAACCAAATTGGATTTAAGAATTTTGTTT
196 ACTCCTTGAAATATTTATACTCATCTAATAAGAGCTCAACCAAATTGGATTTAAGAATTTTGTTT
8224 TAACAGCATCTAAACCATTTTTCGATTTAATCAAAAATTAATATGGAATAAATAGGAAAAACGAT
261 TAACAGCATCTAAACCATTTTTCGATTTAATCAAAAATTAATATGGAATAAATAGGAAAAACGAT
8289 ACTAGAAACGTGAAATGCCCTTCAACCTATTAGGTGCTGAATTATATATTTTTTATTAGTATTTT
326 ACTAGAAACGTGAAATGCCCTTCAACCTATTAGGTGCTGAATTATATATTTTTTATTAGTATTTT
8354 AGCTAAAAATTGATTAAAAGTCTCGGGTCAACTTTTGCAAAATTGTAGCCGTAATTGTGTACTAA
391 AGCTAAAAATTGATTAAAAGTCTCGGGTCAACTTTTGCAAAATTGTAGCCGTAATTGTGTACTAA
8419 CCATCACGGGTTTTTGGCTAAAAACGCGGTATAGGGCCTCGGCTCAGTTTTGCAAGATTTTTTAT
456 CCATCACGGGTTTTTGGCTAAAAACGCGGTATAGGGCCTCGGCTCAGTTTTGCAAGATTTTTTAT
8484 GTCAGGACTCATTGAAACATCTATATTTATCTGACCAAATCTCAGCAACATTGGATTTAATCATT
521 GTCAGGACTCATTGAAACATCTATATTTATCTGACCAAATCTCAGCAACATTGGATTTAATCATT
8549 TGTTTTTAAGAGCATCAGAAACCGGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGTAAAAATAGGTAAA
586 TGTTTTTAAGAGCATCAGAAACCGGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGTAAAAATAGGTAAA
8614 TTGATATAATAAG
651 TTGATATAATAAG
* *
8627 GGTCAAAAGTCCTTCAATCTTTTTGGTGTTGAA-T-TATATATTTTTATGAGTATTGCGGCCAAA
1 GGTCAAAAGTCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGTATTGGGGCCAAA
*
8690 AATTTG-GGAAAAATGTTTTTGGGTCATTTTTTTGTAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACC
66 AA-TTGAGGAAAAAT-TTTTCGGGTCA-TTTTTTGTAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACC
8754 ATCATAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCTGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCT
128 ATCATAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCTGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCT
8819 GAGACTCCTTGAAATATTTATACTCATCTAATAAGAGCTCAACCAAATTGGATTTAAGAATTTTG
193 GAGACTCCTTGAAATATTTATACTCATCTAATAAGAGCTCAACCAAATTGGATTTAAGAATTTTG
8884 TTTTAACAGCATCTAAACCATTTTTCGATTTAATCAAAAATTAATATGGAATAAATAGGAAAAAC
258 TTTTAACAGCATCTAAACCATTTTTCGATTTAATCAAAAATTAATATGGAATAAATAGGAAAAAC
8949 GATACTAGAAACGTGAAATGCCCTTCAACCTATTAGGTGCTGAATTATATATTTTTTATTAGTAT
323 GATACTAGAAACGTGAAATGCCCTTCAACCTATTAGGTGCTGAATTATATATTTTTTATTAGTAT
*
9014 TTTAGCTAAAAATTGATTAAAAGTCTCGGGTCAACTTTTGCAAAATTGTAGTCGTAATTGTGTAC
388 TTTAGCTAAAAATTGATTAAAAGTCTCGGGTCAACTTTTGCAAAATTGTAGCCGTAATTGTGTAC
9079 TAACCATCACGGGTTTTTGGCT-AAAACGCGGTATAGGGCCTCGGCTCAGTTTTGCAAGA-TTTT
453 TAACCATCACGGGTTTTTGGCTAAAAACGCGGTATAGGGCCTCGGCTCAGTTTTGCAAGATTTTT
9142 TATGTCAGGACTCATT
518 TATGTCAGGACTCATT
Statistics
Matches: 1738, Mismatches: 84, Indels: 74
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
658 1 0.00
659 77 0.04
660 355 0.20
661 449 0.26
662 170 0.10
663 354 0.20
664 1 0.00
665 2 0.00
667 147 0.08
669 2 0.00
670 1 0.00
671 6 0.00
672 27 0.02
673 29 0.02
674 73 0.04
675 44 0.03
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (663 bp):
GGTCAAAAGTCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGTATTGGGGCCAAA
AATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGTAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATC
ATAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGTCCTGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCTGAG
ACTCCTTGAAATATTTATACTCATCTAATAAGAGCTCAACCAAATTGGATTTAAGAATTTTGTTT
TAACAGCATCTAAACCATTTTTCGATTTAATCAAAAATTAATATGGAATAAATAGGAAAAACGAT
ACTAGAAACGTGAAATGCCCTTCAACCTATTAGGTGCTGAATTATATATTTTTTATTAGTATTTT
AGCTAAAAATTGATTAAAAGTCTCGGGTCAACTTTTGCAAAATTGTAGCCGTAATTGTGTACTAA
CCATCACGGGTTTTTGGCTAAAAACGCGGTATAGGGCCTCGGCTCAGTTTTGCAAGATTTTTTAT
GTCAGGACTCATTGAAACATCTATATTTATCTGACCAAATCTCAGCAACATTGGATTTAATCATT
TGTTTTTAAGAGCATCAGAAACCGGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGTAAAAATAGGTAAA
TTGATATAATAAG
Done.