Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01016329.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig16362, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2160
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.18, T:0.35
Found at i:1982 original size:936 final size:935
Alignment explanation
Indices: 124--2160 Score: 3255
Period size: 936 Copynumber: 2.2 Consensus size: 935
114 CTGATACGAG
* * * *
124 AAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTT-TCAGATCCCGGCTCAAGTTT
1 AAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCT-GGAGCCCGACTCAATTTT
* ** * * * * *
188 GCATGATTTTGGACGCAAAGACTCTTAAAAATTTCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACAT
65 ACATGATTTTGGGTGCAAAGACCCTT-GAAATATCTATATTCATCTTACCAAATCTCAGCCACAT
* ** * *
253 TCGATACAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATATTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCA
129 TGGATTTAAGGATTTGTTTTTACTAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCA
* * *
318 GAAAATGGGAAAATGATATTTAGAAGCGTAAAAATCCCGTCACCCTTTTTGGCGTTAAATTATAT
194 AAAAATGGGAAAACGATATTTAGAAGCGTAAAAATCCCGTCAACCTTTTTGGCGTTAAATTATAT
* * *
383 ATTTTTATATGAGAATTGAGAAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGTCGTAAT
259 ATTTTTATATGAGAATTGAGAAAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGTAAT
*
448 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACACGTTCCGGAGCCCGGCTCAATTTTACATGA
324 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACACGTTCCGGAGCCCGGCTCAATTTTACATGA
* * *
513 TTTTGGGTGCAAAGACCTCTTGAAATATCTATATTCATCTTACCAAATCTCAGCCACATTGGTTT
389 TTTTGGGTGCAAAGACCCCTTGAAATATCTATATTCATCTTACCAAATCTCAACCACATTGGATT
* *
578 TAAGGATTTATTTTTACTAGAATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAA
454 TAAGGAATTATTTTTACTAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAA
* *
643 AGTTGGAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAAACCTTTAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTT
519 AGTTGGAAAATGATATTAGAAGCATGAAAAAACCTTTAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTT
* *
708 TTTCTGAGTAGTGTGGCAAAACAAATTAAGGAAAATTTTTCGGGTCAATTTTAGCAAAATATTAG
584 TTTCTGAATAGTGTGGCAAAACAAATTAAGGAAAATTTTTCGGGTAAATTTTAGCAAAATATTAG
* *
773 CCCGAAATAGTTTACTAACCTTCACGTTTTTTTGGCTAAAAATGCGAGATGCGTATGAAATAGAT
649 CCCGAAATAGTTTACTAACCTTCACGTTTTTTTGGCTAAAAATGCGAAATGCGGATGAAATAGAT
*
838 ATATCATATATGGATCGTATAGACCGTCAGAAGTCCGTTCGAAATGTCGTGTAACGTTTTGGATT
714 ATATCATATATGGATCGTATAGACCGTCAGAAGTCCGTTCGAAATGGCGTGTAACGTTTTGGATT
* * * *
903 TTGAGCCTGAAGTTCCTACAGGTGGGTCAACTTAAAAATGTCTTAGCTTTCAAACCGTATATCGG
779 TTGAGCCTGAAGTTCCTACAGGTGGGTCAACTTAAAAATGCCATAGCTTTCAAACCGTAAATCGA
* *
968 TTTTACTAATATAATAGCTTTCCGGACACTGATTTGAACCGACCACGCTGTGGTAAAAATTGAGT
844 TCTTACTAATATAATACCTTTCCGGACACTGATTTGAACCGACCACGCTGTGGTAAAAATTGAGT
*
1033 ATAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCC
909 ATAAACCTTTCGGGTCAGTTTTTAGCC
* * *
1060 AAAATCGTGTACTAACCAACACGATTTTTGGCGAAAAACACGTTCTGGAGCCCGACTCAATTTTA
1 AAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGAGCCCGACTCAATTTTA
1125 CATGATTTTGGGTGCAAAGATCCCTTGAAATATCTATATTCATCTTACCAAATCTCAGCCACATT
66 CATGATTTTGGGTGCAAAGA-CCCTTGAAATATCTATATTCATCTTACCAAATCTCAGCCACATT
1190 GGATTTAAGGATTTGTTTTTACTAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG-AATTCAATTCG
130 GGATTTAAGGATTTGTTTTTACTAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATT-AATTC-
* * *
1254 AAAAAATGGGAAAACGATATTTAGAAGCGTAAATATCCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATA
193 AAAAAATGGGAAAACGATATTTAGAAGCGTAAAAATCCCGTCAACCTTTTTGGCGTTAAATTATA
* * *
1319 TATCTTTTTTATGAGTATTGAG-AAAAAATTGTGAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGTA
258 TAT-TTTTATATGAGAATTGAGAAAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGTA
**
1383 ATCGTGTACTAATTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACACGTTCCGGAGCCCGGCTCAATTTTACAT
322 ATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACACGTTCCGGAGCCCGGCTCAATTTTACAT
1448 GATTTTGGGTGCAAAGACCCCTTGAAATATCTATATTCATCTTACCAAATCTCAACCACATTGGA
387 GATTTTGGGTGCAAAGACCCCTTGAAATATCTATATTCATCTTACCAAATCTCAACCACATTGGA
*
1513 TTTAAGGAATTGTTTTTACTAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAA
452 TTTAAGGAATTATTTTTACTAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAA
* *
1578 ACAGTTGGAAAAATGATATTAGCAGCATGAAAAAACCTTTAATCTTTTTGGCATTGAATTATATA
517 AAAGTTGG-AAAATGATATTAGAAGCATGAAAAAACCTTTAATCTTTTTGGCATTGAATTATATA
* * *
1643 -TTTTTCTGAATAGTGTGGCAAAAGAAATTGAGGAAAATTTTTCGGGTAAATTTTAGCAAAATTT
581 TTTTTTCTGAATAGTGTGGCAAAACAAATTAAGGAAAATTTTTCGGGTAAATTTTAGCAAAATAT
* **
1707 TAG-CCGAAATCGTTTACTAACCTTCACGTTTTTTTGGCTAAAAATGCGAAATGCGGATGGGATA
646 TAGCCCGAAATAGTTTACTAACCTTCACGTTTTTTTGGCTAAAAATGCGAAATGCGGATGAAATA
* * *
1771 GATATATCATATATGGATCGTATGGACCGTCAGAAGTTCGTTTGAAATGGCGTGTAACGTTTTGG
711 GATATATCATATATGGATCGTATAGACCGTCAGAAGTCCGTTCGAAATGGCGTGTAACGTTTTGG
*
1836 ATTTTGGGCCTGAAGTTCCTACAGGTGGGTCAACTTAAAAATGCCATAGCTTTCAAACCGTAAAT
776 ATTTTGAGCCTGAAGTTCCTACAGGTGGGTCAACTTAAAAATGCCATAGCTTTCAAACCGTAAAT
* * *
1901 CGATCTTACTAATATAATACCTTTCCGGAGACTTATTTGAACCGACCACGTTGTGGTAAAAATTG
841 CGATCTTACTAATATAATACCTTTCCGGACACTGATTTGAACCGACCACGCTGTGGTAAAAATTG
1966 AGTA-AAATCCTTTCGGGTCAGTTTTTAGCC
906 AGTATAAA-CCTTTCGGGTCAGTTTTTAGCC
* * *
1996 AAAATCGTGTACT-ACCCTCAC-AGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGTCCGACTCAATTTT
1 AAAATCGTGTACTAACCATCACGA-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGAGCCCGACTCAATTTT
2059 ACATGATTTTGGGTGCAAAGACCCCTTGAAATATCTATATTCATCTTACCAAATC-CAGCCACAT
65 ACATGATTTTGGGTGCAAAGA-CCCTTGAAATATCTATATTCATCTTACCAAATCTCAGCCACAT
*
2123 TGGATTTAAGGATTTTTTTTTACTAGTATCTGAATCTT
129 TGGATTTAAGGATTTGTTTTTACTAGTATCTGAATCTT
Statistics
Matches: 1015, Mismatches: 78, Indels: 18
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
934 47 0.05
935 103 0.10
936 436 0.43
937 360 0.35
938 69 0.07
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (935 bp):
AAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGAGCCCGACTCAATTTTA
CATGATTTTGGGTGCAAAGACCCTTGAAATATCTATATTCATCTTACCAAATCTCAGCCACATTG
GATTTAAGGATTTGTTTTTACTAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAAA
AAATGGGAAAACGATATTTAGAAGCGTAAAAATCCCGTCAACCTTTTTGGCGTTAAATTATATAT
TTTTATATGAGAATTGAGAAAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGTAATCG
TGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACACGTTCCGGAGCCCGGCTCAATTTTACATGATT
TTGGGTGCAAAGACCCCTTGAAATATCTATATTCATCTTACCAAATCTCAACCACATTGGATTTA
AGGAATTATTTTTACTAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAG
TTGGAAAATGATATTAGAAGCATGAAAAAACCTTTAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTT
TCTGAATAGTGTGGCAAAACAAATTAAGGAAAATTTTTCGGGTAAATTTTAGCAAAATATTAGCC
CGAAATAGTTTACTAACCTTCACGTTTTTTTGGCTAAAAATGCGAAATGCGGATGAAATAGATAT
ATCATATATGGATCGTATAGACCGTCAGAAGTCCGTTCGAAATGGCGTGTAACGTTTTGGATTTT
GAGCCTGAAGTTCCTACAGGTGGGTCAACTTAAAAATGCCATAGCTTTCAAACCGTAAATCGATC
TTACTAATATAATACCTTTCCGGACACTGATTTGAACCGACCACGCTGTGGTAAAAATTGAGTAT
AAACCTTTCGGGTCAGTTTTTAGCC
Done.