Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01016351.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig16384, whole genome shotgun sequence
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*
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* *
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1781 TTGATTTATTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATT-AAG
129 TTGATTTATTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTAAAG
*
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CCAATTTA
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1959 CTACCTAAGA
*
1969 ATTTAATTAATGTAAGTATTTCAGTTATTATA-GTATTAC
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**
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2048 AT
1 AT
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Statistics
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6415 ATACCCGGAG
* * * *
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* * * * *
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64 CAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCC
* * * * * * * *
6553 AATGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGAAAT-TTTGCCACCAAAAATCGT
129 AATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTCGGCGCCAAAAATCAT
* * ** * * *
6617 GCAAAACTGACCCGGAGCCCCGAAACATGTTTTTAGCCAACAAA----ATG---A-TACGCAATT
194 GCAAAACTGA-CCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACGTGATGATTATTACACGATT
* * * * ** ** *
6674 TCGACTAAAA-TTTGCAAAAATTAACGC--AAAATATTTTCCTCAATTTTTAATCGCAATAATCA
258 TCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGCT-AAAATACTCA
* *
6736 TAGAATATA
322 TAAAAAATA
* * * **
6745 CATAATTAAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTTTTTATTTT
1 TATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGAC-TTTTCACGCTTTTAATATCG-TTTTTCATA-TTT
* * * * * * *
6810 TCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAAAAGATTCAGATGCTCGAAAAAAGAAATTCGTAAATT
63 TCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATC
****
6875 CAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTC-TCCAATCCAAAAATCA
128 CAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTCGGCGCCAAAAATCA
* * * * * * * *
6939 CGCAAAACTAAGTCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATTG-TTAGTACATGA
193 TGCAAAACTGA-CCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACGTGA-TGATTATTACACGA
* * * *
7003 TTTTGGCTAAAATTTTACAAAAAATGACCCAAAAAAAATTTTCCATCAAATTTTT-CTAAAGTAC
256 TTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAAAATTTTCC-TC-AATTTTTGCTAAAATAC
7067 TCATAAAAAATATA
319 TCAT-AAAAA-ATA
* * *
7081 TATAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTATTCATATTTTCA
1 TATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTCA
* * * * *
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66 GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAA
*** * * * *
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131 TGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTCGGCGCCAAAAATCATGC
* * * * *
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196 AAAA-CTGACCGGGGCCCCGGAACGCG-TTTTTAGCCAAAAAACGTGATGATTATTACACGATTT
** * * *** * * * *
7340 CGGCT-AAGGTTTGCAAAAATTGACTCGAAAGTTATTTAT--TTAATTTTTAGCCACAATATTCA
259 CGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAAAATTT-TCCTCAATTTTT-GCTAAAATACTCA
*
7402 TAAAAATTA
322 TAAAAAATA
* * * *
7411 TATAATTCTACGCCAAAAAGATTGAAAGG--TATTTCATGCTTATAATATTGTTTTTCCTATTAT
1 TATAATTCAACGCCAAAAAGATTG-AAGGACT-TTTCACGCTTTTAATATCGTTTTT-C-A-TAT
* * * ***
7474 TTTACA-AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTTAGATGCTTGT-TCTACAAATCCTTAA
61 TTT-CAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAA
* * *
7537 ATCCAATGTGGCAGAGA--TGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTT-GGTGCCAAAAA
125 ATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTCGGCGCCAAAAA
* * * * * * *
7599 TCATGCAACACTGAACCGGGGCCCCGGAACGCATTGTTAGCCAAAAATCATGATTTCGACTAACA
190 TCATGCAAAACTG-ACCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACGTGA--T-GA-TTA-T
* ** * *
7664 TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGA-CCAGTAAAATTTTTCCTTAATTTTTCGCTA
249 TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAAAATTTTCCTCAATTTTT-GCTA
* *
7728 AAATACTCATTAAATATA
313 AAATACTCATAAAAAATA
* * * *
7746 TATAATTTAATGCCAAAAAGATTTG-AGGACTTTTCACGCTTTTCATATCATTTTTCATAATTTT
1 TATAATTCAACGCCAAAAAGA-TTGAAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCAT-A-TTT
* * *
7810 TTATGAATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCGGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT
63 TCA-GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT
* * * * *
7875 GCTATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGGTATATCTCAAGGAGTC-TCAGCGCCAAAAA
127 CCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATAT-AG-ATATTTCAAGGAGTCTTCGGCGCCAAAAA
** * * *
7939 TCATGCAAAACTGACCTGGGATCCTGGAACGTGTTTTTAGCCAAAAAAAAACATGATGATTATT-
190 TCATGCAAAACTGACC-GGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCC---AAAAAACGTGATGATTATTA
** * *
8003 -AC-A---C-GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCGGAAAGATA-TTTCCTCAATTTTTGGCTAAA
251 CACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAAAATTTTCCTCAATTTTT-GCTAAA
*
8061 ATACTAAT-AAAAATA
315 ATACTCATAAAAAATA
* * ** * * *
8076 TATACTTCAACGCCAAAAATATTGAAGGGTTTTTTACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTACTTTTT
1 TATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA--TTTT
* * * * * *
8141 CCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTTAGATGGTTGT------AAATACTTAAATCC
64 CAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCC
* *
8200 AATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTC-TAGGTGCCAAAAATCAT
129 AATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTCGGCGCCAAAAATCAT
** *** **
8264 GCAAAACTGACCCGGGGCTTCGGAACGCGTTTTTTATAAAAAAAAAAC-TG-TGA-CGTTACACG
194 GCAAAACTGA-CCGGGGCCCCGGAACGCG--TTTT-TAGCCAAAAAACGTGATGATTATTACACG
* * * * * * *
8326 ATTTCGGTTAATATTTTGCAAAAATTGATCC-AAAATATTTTTCCTCAATTTTTAGCCACAATAC
255 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAAAATTTTCCTCAATTTTT-GCTAAAATAC
8390 TCATAAAAAATA
319 TCATAAAAAATA
* * * * *
8402 TATAATTCAACACCAAAAAAATTGAAGGGCGTTT--CG-----AATATCGTTTTTCCTATTTTTT
1 TATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTT-C-A-TATTT
* * * * * *
8460 TCCGAATTAATTTCTAATTAAAACGAAACATGATTGAAATGCT--T-----CTAA-----AAA--
63 TCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATC
** * **
8511 CAATG-GATTG-GATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTC-TCGGCGCCAAAAGCCA
128 CAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTCGGCGCCAAAAATCA
* *
8573 TTG-AAAACCGAACC-AGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCC-AAAAACTGTGATGATTATTACACG
193 -TGCAAAACTG-ACCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAC-GTGATGATTATTACACG
* * ** * * * * *
8635 ATTTTGGCTAAAATTTTACAAAAATTGACCTGAAAGATA-TTTCCTCAATTTTTATCCATAATAC
255 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAAAATTTTCCTCAATTTTT-GCTAAAATAC
8699 TCATAAAAAATA
319 TCATAAAAAATA
* * * ** *
8711 TATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTTACGCTTTT-A-AT--TTCAT-ATATTTTCT
1 TATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTCA
* **
8771 GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGAAA
66 GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAA
* * * * *
8836 TGTGGCTAAGATTTTATCAGATGAATATAGATATTTCAAGGA-T-TGTCGGCACAAAAAATCATG
131 TGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCT-TCGGCGCCAAAAATCATG
* * * *
8899 CAAAATTGAGTCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAG-CAAAAAACAGTGATG----GTACACGATT
195 CAAAACTGA-CCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAC-GTGATGATTATTACACGATT
* * * * * * * *
8959 TTGGCTAAAATTTTGCAAAAAAAATGACCC-GAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGATAAAATAAT
258 TCGGCTAAAATTTTGC--AAAAATTGACCCAAAAAAAATTTTCCTCAATTTTT-GCTAAAATACT
*
9023 CATAAAAAATT
320 CATAAAAAATA
* * * *
9034 TATAATTTAACACCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCATTTTTCATATTTTTC
1 TATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA-TTTTC
* * * *
9099 TGAATTAATTTCAAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATTCTTAAATCCA
65 AGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCA
* * *
9164 ATGTGGCTGAGATTGGATTAGATGAATATGGATATCTCAAGGAGTCTT-GGCGCCAAAAATCATG
130 ATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTCGGCGCCAAAAATCATG
* ** * *
9228 TAAAACTGAGCCGGGGCCCCAAAACGCTTTTTTATCC-AAAAACTGTGATGATTATTACACGATT
195 CAAAACTGA-CCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAC-GTGATGATTATTACACGATT
* * * *
9292 TCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGATCCAAAAGATATTTT-CTCAATTTTTGGCTAAAATACTCA
258 TCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAAAATTTTCCTCAATTTTT-GCTAAAATACTCA
9356 TAAAAAATA
322 TAAAAAATA
* * * * *
9365 TATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGCTTTTGAC-ATTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTT
1 TATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTT-TAATATCGTTTTT-C-ATATTT
* *
9429 TCTA-AATTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATACTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT
63 TC-AGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT
* * * * *
9493 CCAATGTGACTCAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGTAGTC-TCGGAGAC-AAAATC
127 CCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTCGGCGCCAAAAATC
* * * * * * * *
9556 ATGCAAAATTGAGCCGAGTCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCTAAAACCGTGATGGTTTTGTTAGTA
192 ATGCAAAACTGA-CCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACGTGAT-G----ATTATTA
* * ** *
9621 CACGGTTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAATTGA--CATGAAAGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAA
251 CACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAAAATTT-TCCTCAATTTTT-GCTAA
* *
9684 AATAATTAT-AAAAATA
314 AATACTCATAAAAAATA
** * * * * * * *
9700 TATAATTCAACGCTTAAAATATTGGAGGATTTTTTTACGCTTTTAATATCATATTTCTTATTTTT
1 TATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGA-CTTTTCACGCTTTTAATATCGT-TTT-TCATATTT
* * * *
9765 TCTA-AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAATAAAT-TTTTAAT
63 TC-AGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT
* *
9828 CCAATGTTGCTGAGATTTGGTTAGATGA
127 CCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGA
9856 TGTAAAGTAT
Statistics
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0.77 0.14 0.09
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TGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTCGGCGCCAAAAATCATGC
AAAACTGACCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACGTGATGATTATTACACGATTTCG
GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGCTAAAATACTCATAAA
AAATA
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* * * ** ** *
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* * * *
8585 CC-AGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTATTACACGATTTTGGCTAAAAT
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* * * * *
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127 TTT-GAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGAT--AAAATAATCATAAAAAATAT
* * *
8712 ATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTTACGC-TTT--TA--A--TTTCATATATTTTC
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* * * **
8770 TGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGAA
254 TAAATTAATTTCAAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCA
8835 ATGTGGCTAA
319 ATGTGGCTAA
* * * * *
8845 GATTTTATCAGATGAATATAGATATTTCAAGGATTGTCGGCACAAAAAATCATGCAAAATTGAGT
1 GATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACAAAAAATCATGCAAAATTGAGC
* * *
8910 CGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACAGTGATG-GTACACGATTTTGGCTAAAATTTTG
66 CGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGTGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTG
* * * *
8974 CAAAAAAAATGACCCGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGATAAAATAATCATAAAAAATTTATAA
131 ---AAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGATAAAATAATCATAAAAAATATATAA
* * * * *
9039 TTTAACACCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCATTTTTCATA-TTTTTCTGAA
193 TTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTTACGCTTTTAATATCATTTTTCATATTTTTTCTAAA
* *
9103 TTAATTTCAAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGT
258 TTAATTTCAAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGT
*
9168 GGCTGA
323 GGCTAA
* * * * * * * *
9174 GATTGGATTAGATGAATATGGATATCTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGTAAAACTGAGC
1 GATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACAAAAAATCATGCAAAATTGAGC
* * * *
9239 CGGGGCCCCAAAACGCTTTTTTATCCAAAAACTGTGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATT
66 CGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATG--T-GTACACGATTTCGGCTAAAATT
* * * *
9304 TTGTAAAAATTGATCCAAAAGATATTTT-CTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATAT
128 TTG-AAAAATTGACCCGAAAGAT-TTTTCCTCAATTTTTGGATAAAATAATCATAAAAAATATAT
* * * * * *
9368 AATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGCTTTTGAC-ATTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCT
191 AATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTTACGCTTT-TAATATCATTTTTCATATTTTTTCT
*
9432 AAATTAATTT-ATAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATACTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCA
255 AAATTAATTTCA-AATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCA
* *
9496 ATGTGACTCA
319 ATGTGGCTAA
* * *
9506 GATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGTAGTCTCGG-AGACAAAATCATGCAAAATTGAGC
1 GATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACAAAAAATCATGCAAAATTGAGC
* * * * * * * *
9570 CGAGTCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCTAAAACCGTGATGGTTTTGTTAGTACACGGTTTCGGTTA
66 CGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCC-AAAAAC-TG-T-G--ATG-T-GTACACGATTTCGGCTA
** * * *
9635 AAATTTTGCAAAAATTGACATGAAAGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAATAATTAT-AAAAAT
123 AAATTTTG-AAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGATAAAATAATCATAAAAAAT
** * * * * *
9699 ATATAATTCAACGCTTAAAATATTGGAGGATTTTTTTACGCTTTTAATATCATATTTCTTATTTT
187 ATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGA-CTTTTTACGCTTTTAATATCATTTTTCATATTTT
* * * * *
9764 TTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAATAAAT-TTTTAAT
251 TTCTAAATTAATTTCAAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT
* *
9828 CCAATGTTGCTGA
316 CCAATGTGGCTAA
*
9841 GATTTGGTTAGATGA
1 GATTTGATTAGATGA
9856 TGTAAAGTAT
Statistics
Matches: 842, Mismatches: 137, Indels: 53
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
321 23 0.03
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326 2 0.00
328 1 0.00
329 159 0.19
330 10 0.01
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334 1 0.00
335 64 0.08
336 139 0.17
337 5 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (328 bp):
GATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACAAAAAATCATGCAAAATTGAGC
CGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGTGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTG
AAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGATAAAATAATCATAAAAAATATATAATTC
AACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTTACGCTTTTAATATCATTTTTCATATTTTTTCTAAATTA
ATTTCAAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGC
TAA
Found at i:13049 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 13024--13061 Score: 67
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
13014 TTATCCTCTA
13024 ATGAGTAGTTTTTATTTAAG
1 ATGAGTAGTTTTTATTTAAG
*
13044 ATGAGTAGTTTTTTTTTA
1 ATGAGTAGTTTTTATTTA
13062 TTCTGAATTT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 17 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.00, G:0.18, T:0.55
Consensus pattern (20 bp):
ATGAGTAGTTTTTATTTAAG
Found at i:15181 original size:333 final size:331
Alignment explanation
Indices: 14460--15814 Score: 1831
Period size: 333 Copynumber: 4.1 Consensus size: 331
14450 GGTTGAACAA
* * * *
14460 GATTTTTGGCGCTGAGACTCCCTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAATCTTAACCACATTGCA
1 GATTTTTGGCGCCGAGACTCCCTGAAATATCTATATTAATCTAATAAAATCTTAGCAACATTGCA
* * * *
14525 TTTAAGAATTT-ATTTTACGAGCATCTAAATTTTGTTTCGATTTAATTAGATATTAATTCAGGAA
66 TTTAAGAATTTGATTTTACGAGCATCTAAATCTTGTATCAATTTAATTAGAAATTAATTCA--AA
* *
14589 AAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAGAAATCCTCCAATCTTTTTGGTGTTAATTTTTATA
129 AAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAATCCTCCAATCTTTTT-G-G--CA---TTA-A
** **
14654 TATATATATATATATTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGAAAAAAAAAATCGGTTCATTTTTT
186 -AT-TATATATATATTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGAAAAAAAATTTCGACTCATTTTTT
* * * *
14719 GTAAAATTTGAGTCAAAATCGTGTACTAATCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGAGC
249 GCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAATCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGC
* *
14784 TCCGCCTCAGTTTTACAT
314 TCCGGCTCAGTTTTGCAT
* * *
14802 GATTTTTGGCACCGAGACTCCCTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAATCTTAGCTACATTGCA
1 GATTTTTGGCGCCGAGACTCCCTGAAATATCTATATTAATCTAATAAAATCTTAGCAACATTGCA
* *
14867 TTTAAGAATTTAATTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCTAAAA
66 TTTAAGAATTTGATTTTACGAGCATCTAAATCTTGTATCAATTTAATTAGAAATTAATTC-AAAA
* * * ** *
14932 AAATATGAAAAACCATATTAAAAACGTGAAAAATCCTCCAATATTTTTGGTGTTAATTTATATAT
130 AAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAATCCTCCAATCTTTTTGGCATTAAATTATATAT
* * * *
14997 ATATTATTAGTATTTTGTCCAAAAATTGAGAAAAAAAATTTTCGAGTCATTTTTAGCAAAATTTT
195 ATATTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGAAAAAAAA-TTTCGACTCATTTTTTGCAAAATTTT
*
15062 AGCCAAAATCGTGTACTAATCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCTCCGACTCAG
259 AGCCAAAATCGTGTACTAATCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCTCCGGCTCAG
*
15127 TTTCGCAT
324 TTTTGCAT
** * * *
15135 GATTTTTGATGCCGAGACTCCCTGAAATATCTATATTAACCTAATAAAATCTTTGCGACATTGCA
1 GATTTTTGGCGCCGAGACTCCCTGAAATATCTATATTAATCTAATAAAATCTTAGCAACATTGCA
*
15200 TTTAAGAATTTGATTTTACGAGAATCTAAATCTTGTATCAATTTAATTAGAAATT-ATATCAAAA
66 TTTAAGAATTTGATTTTACGAGCATCTAAATCTTGTATCAATTTAATTAGAAATTAAT-TCAAAA
** *
15264 AAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAGAGGTCCTCCAATCTTTTTGGCATTAAATTATAAA
130 AAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAA-AAATCCTCCAATCTTTTTGGCATTAAATTATATA
* * * * **
15329 TTTTTTATGAGTATATTATCCAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGACTCATTTTTTGCAAAATTTT
194 TATATTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGAAAAAAAATTTCGACTCATTTTTTGCAAAATTTT
* **
15394 AGCCAAAA------AC-AATCA-CA--GTTTTTGGC-AAAAACGCGTTTTGGTTCTCCGGCTCAG
259 AGCCAAAATCGTGTACTAATCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCTCCGGCTCAG
15448 TTTTGCAT
324 TTTTGCAT
* * *
15456 GATTTTTGGCGTCGAGACTCCCTAAAATATCTACATTCAA-CTAATAAAATCTTAGCAACATTGC
1 GATTTTTGGCGCCGAGACTCCCTGAAATATCTATATT-AATCTAATAAAATCTTAGCAACATTGC
15520 ATTTAAGAATTTGATTTTACGAGCATCTAAATCTTGTATCAATTTAATTAGAAATTAATTCAAAA
65 ATTTAAGAATTTGATTTTACGAGCATCTAAATCTTGTATCAATTTAATTAGAAATTAATTCAAAA
** *
15585 AAATATGAAAAACGATATTAAAAGCAAGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGCATTAAATTATATAT
130 AAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAATCCTCCAATCTTTTTGGCATTAAATTATATAT
* * *
15650 TTTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTAAGAAAAAAAATTTCGACTCATTTTTTGCAAAATTTTA
195 ATATTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGAAAAAAAATTTCGACTCATTTTTTGCAAAATTTTA
*
15715 GCCAAAATCGTGTACTAA-CAATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGTGCTCCGGCTCAG
260 GCCAAAATCGTGTACTAATC-ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCTCCGGCTCAG
*
15779 CTTTGCAT
324 TTTTGCAT
*
15787 GATTTTTGGCGCCGACACTCCCTTGAAA
1 GATTTTTGGCGCCGAGACTCCC-TGAAA
15815 AGATGGCCTG
Statistics
Matches: 908, Mismatches: 85, Indels: 50
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
320 100 0.11
321 174 0.19
322 13 0.01
324 2 0.00
325 5 0.01
326 5 0.01
327 3 0.00
328 2 0.00
330 9 0.01
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335 3 0.00
340 1 0.00
341 1 0.00
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344 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (331 bp):
GATTTTTGGCGCCGAGACTCCCTGAAATATCTATATTAATCTAATAAAATCTTAGCAACATTGCA
TTTAAGAATTTGATTTTACGAGCATCTAAATCTTGTATCAATTTAATTAGAAATTAATTCAAAAA
AATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAATCCTCCAATCTTTTTGGCATTAAATTATATATA
TATTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGAAAAAAAATTTCGACTCATTTTTTGCAAAATTTTAG
CCAAAATCGTGTACTAATCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCTCCGGCTCAGTT
TTGCAT
Done.