Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01016370.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig16403, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Found at i:1309 original size:318 final size:313
Alignment explanation
Indices: 231--2037 Score: 976
Period size: 317 Copynumber: 5.6 Consensus size: 313
221 CCCGGAATGC
** * * * * *
231 GTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATAATTATTACACGATTTCGGCTAGAATTTTGCAAAAATTGACT
1 GTTTTTAGCC-AAAAACC-TGATGGTTATTACACGAGTTCGGCGAAAATTTAGCAAAAAATGAC-
** * * * *
296 C-GAAAGTTATT-TCCTCAATTTTTATCCACAATACTCATAAAAATTATATGATTCAACGCCAAA
63 CAGAAAAATATTCT-CTCAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAA
* * * ** * * * *
359 AAGATTGAAGGGTTTTTCATGCTTCTAATATTGTTTTTCCAATTATTTTCCGAATTAATTTCTAA
127 AAAATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATA-TCATTTTCCTATTTTTTTCCTAATTAATTTTTAA
* * * *
424 TT-AAATCGAAACATGATTCAGATGCTTGTTTTACAAATCCTAAAATCCAATGTGGCTGAGATTT
191 TTAAAAT-GAAACATGATTCAAATG--T-TTGT----A----AAAAT--AA--TGGTTGGGATTT
* * *** * * *** * *
488 GATTAGATGAATGTAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCAAAAAATCATGCAACGCTGTACCGGGT
240 GAATAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCAATGCCAAAAATCATTCAAAATTGAACCTGG-
*
553 CCCCGAAACGC
304 -CCCGAAACGT
* ** * * * * * ** * *
564 GTTTTCAGCCAAAAATTGTGATTTCGACTAACGTACACGATTTCGGCTAATTTTTTGCAAAAATT
1 GTTTTTAGCCAAAAA-CCTGA--T-G-GTTA-TTACACGAGTTCGGCGAAAATTTAGCAAAAAAT
* * * * * * *
629 GACCAGAAATAT-TTTTCCTAAATTTTT-GTCTAAAATACTCATAATATATATATAATTCAACT-
60 GACCAGAAAAATATTCT-CTCAATTTTTAG-CCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAA-TG
* * * * * * * * **
691 CTAAAAAGATTGGAGGACTTTTCTCACTTTTAATATCATTTTTC-ATATTTTTT-AGAATTAATT
122 CCAAAAAAATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCCTAT-TTTTTTCCTAATTAATT
* * * * * * ** ** * **
754 TCTAATT-AAATCGAAACAAGATTCATATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTG
186 TTTAATTAAAAT-GAAACATGATTCAAATGTTTGTAAAAA-TAAT-GGT---TGGGATTTGAAT-
* * * * * * * * ** *
818 AGATTTAATATAGATATTTCGAGGAGTTTCGACGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGGCGGGACCC
244 AGA-TGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCAATGCCAAAAATCATTCAAAATTGAACCTGG--CC
**
883 CGAAACAC
306 CGAAACGT
* * * * * * ** *
891 GTTTTTAGCAAAAAACAGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAATTTTTTTCAAAAAATTACC
1 GTTTTTAGCCAAAAAC-CTGATGGTTATTACACGAGTTCGGCGAAA-ATTTAGCAAAAAATGACC
*
956 AGAAAAATATTCTCTCAATTTTTAGGCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAA
64 AGAAAAATATTCTCTCAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAA
* * * *
1021 AATTTAAGGGGTTTTCACGCTTCCAATATCGTTTTCCCTATTTTTTTCCTAATTAATTTTTAATT
129 AATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTT-CCTATTTTTTTCCTAATTAATTTTTAATT
* *
1086 AAAATGAAACATGATTCAAATGTTTGTAAAAATAATGGTTGGGATTTGATTAGATAAATATAGAT
193 AAAATGAAACATGATTCAAATGTTTGTAAAAATAATGGTTGGGATTTGAATAGATGAATATAGAT
* * *
1151 ATTTCAAGGATTCTCAATGCCAAAAATCATTCAAAATTGAACCTGACCCTGGAACGT
258 ATTTCAAGGAGTCTCAATGCCAAAAATCATTCAAAATTGAACCTGGCCC-GAAACGT
*
1208 GTTTTTAGCCAAAAATCCTGATGATTATTACACGAGTTCGGCGAAAATTTAGCAAAAAAATTGAC
1 GTTTTTAGCCAAAAA-CCTGATGGTTATTACACGAGTTCGGCGAAAATTTAGC-AAAAAA-TGAC
* * * *
1273 CCGAAAGAA-A-TCTTCTCAATTTTTAGTCATAATACTCATAAAAAACTATATAATTCAACGCCA
63 CAGAAA-AATATTC-TCTCAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAAAA-TATATAATTCAATGCCA
* * * * *
1336 AAAATATTGAAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCATATTTCATA-TTTTTT-CTGAATTAATTTC
125 AAAAAATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCAT-TTTCCTATTTTTTTCCT-AATTAATTTT
* * * * * **
1399 TAATT-TAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCATAAAAATAAATCGTTAAATGCAATGTGGCTATG
188 TAATTAAAAT-GAAACATGATTCAAATGTTTGTAAAAAT-AAT-G------G---T-TGG----G
* ** * * ** * * *
1463 ATTTTAATAGATGAATGCAGATATTTCAAAGG-GTGTCGACACAAAAAAACCATTCAAAACTGAG
236 ATTTGAATAGATGAATATAGATATTTC-AAGGAGTCTCAATGC-CAAAAATCATTCAAAATTGA-
* ** *
1527 GCGGGGCCACGAAACGC
298 ACCTGGCC-CGAAACGT
* * * * *
1544 GTTTTTAGCAAAAAAACAGTGATGGTT-TGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGAC
1 GTTTTTAGC-CAAAAAC-CTGATGGTTAT-TACACGAGTTCGGCGAAAATTTAGCAAAAAATGAC
*
1608 CAGAAAAATATTCTCTCAATTTTTAGCCACAATAATCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAA
63 CAGAAAAATATTCTCTCAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCC-AAA
* * **
1673 AAAATTGAATGGCTTTTCCCGCTTCTAATATCATTTTTCC--TTTTTTTCGGAATTAATTTCTT-
127 AAAATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCA-TTTTCCTATTTTTTTCCTAATTAATTT-TTA
* * * **
1735 ATTAATACGAAACATGATTCAAATGTTTGTAAAAATAATGGTTAGGATTTGGCTAGATGAATATA
190 ATTAAAATGAAACATGATTCAAATGTTTGTAAAAATAATGGTTGGGATTTGAATAGATGAATATA
*
1800 GATATTTCAAGGAGTCTCAGTGCCAAAAATCATTCAAAATTGAA-CTGGGGCCCCGAAACGT
255 GATATTTCAAGGAGTCTCAATGCCAAAAATCATTCAAAATTGAACCT--GG-CCCGAAACGT
* * * * *
1861 GTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAAACTGT-GCAAAAAATGAC
1 GTTTTTAGCCAAAAACC-TGATGGTTATTACACGAGTTCGGC-GAAAA-TTTAGCAAAAAATGAC
* * * * * * * ** * * *
1925 CTG-AAAATTTTTTCCCCTATTTCTGGATAAAATACTCATAAAATATATATAATTTAATGCCAAA
63 CAGAAAAATATTCT-CTCAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAA
* * ** ** * *
1989 AATATTGGAGAACTTTTCACTTTTTTTAATATCATTTTTCATATTTTTT
127 AAAATTGAAGGGCTTTTCAC-GCTTCTAATATCA-TTTTCCTATTTTTT
2038 AGAATGAATT
Statistics
Matches: 1149, Mismatches: 245, Indels: 174
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
316 59 0.05
317 165 0.14
318 158 0.14
319 62 0.05
320 11 0.01
321 1 0.00
322 21 0.02
323 94 0.08
324 19 0.02
325 47 0.04
326 9 0.01
327 74 0.06
328 1 0.00
329 1 0.00
330 3 0.00
332 11 0.01
333 12 0.01
334 86 0.07
335 135 0.12
336 45 0.04
337 135 0.12
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (313 bp):
GTTTTTAGCCAAAAACCTGATGGTTATTACACGAGTTCGGCGAAAATTTAGCAAAAAATGACCAG
AAAAATATTCTCTCAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAA
TTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCCTATTTTTTTCCTAATTAATTTTTAATTAAA
ATGAAACATGATTCAAATGTTTGTAAAAATAATGGTTGGGATTTGAATAGATGAATATAGATATT
TCAAGGAGTCTCAATGCCAAAAATCATTCAAAATTGAACCTGGCCCGAAACGT
Found at i:1632 original size:653 final size:641
Alignment explanation
Indices: 1--2117 Score: 2232
Period size: 652 Copynumber: 3.2 Consensus size: 641
* * ** *
1 ATAAAATATATACAATTTAACG-TTAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTT
1 ATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCATTTTT
* *
65 CATATTTTTCT-GAATTAATTTCTAGTTAAATCGAAACAAGATTCGGATGCTCGTAAAAACAAAT
66 CATATTTTT-TAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAA-
* * * * * * *
129 TCTTCAATCCAATGTAGCTGAGATTAGATTA-AATGATTATG-GATCTCTCAAAGAGTCTTGACG
129 TCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATT---TTATAATGA--ATGAGATATTTCAAAGGGTCTCGACG
* * * * * * **
192 CCAAAAATCATGCAAAACTTAGTCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATAAT
189 CAAAAAATCATGCAAAACTGAGGCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAG-CAAAAAACAGTGATGGT
* * **
257 TAT-TACACGATTTCGGCTAGAATTTTGCAAAAATTGACTC-GAAAGTTATT-TCCTCAATTTTT
253 T-TGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGAC-CAGAAAAATATTCT-CTCAATTTTT
* * * * * * *
319 ATCCACAATACTCATAAAAATTATATGATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCATGCTTC
315 AGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGAAGGGCTTTTCACGCTTC
* * * *
384 TAATATTGTTTTTCCAATTATTTTCCGAATTAATTTCTAATT-AAATCGAAACATGATTCAGATG
380 TAATATCGTTTTTCC-ATTTTTTTCCGAATTAATTTTTAATTAAAAT-GAAACATGATTCAAATG
* * * *
448 CTTGTTTTACAAATCCTAAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATGTAGATATTTCAA
443 --T-TTGT----A----AAAAT--AA--TGGTTGGGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAA
* * * * *** * * * * *
513 GGAGTCTCGGCGCAAAAAATCATGCAACGCTGTACCGGGTCCCCGAAACGCGTTTTCAGCCAAAA
493 GGAGTCTCAGTGCCAAAAATCATTCAAAATTGAACC-TGACCCCGAAACGTGTTTTTAGCCAAAA
** * *** *
578 ATTGTGATTTCGACTAACGTACACGATTTCGGCTAATTTTTTGC-AAAAATTGACCAGAAATATT
557 ATCCTGA--T-GA-TTA-GTACACGATTTCGGC-AAAAATTTGCAAAAAATTGACCAGAAAAATT
*
642 TTTCCTAAATTTTTGTCTAAAATACTC
616 TTTCCTCAATTTTTGTC-AAAATACTC
* * * * *
669 ATAATATATATATAATTCAACTCTAAAAAGATTGGAGGACTTTTCTCACTTTTAATATCATTTTT
1 ATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCATTTTT
*
734 CATATTTTTTAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCATATGCTCGTAAAAACAAATC
66 CATATTTTTTAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAAT-
* *
799 CTTAAATGCAATGTGGCTGAGA--TT-TAAT--AT-AGATATTTC-GAGGAGTTTCGACGCAAAA
130 CTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTTATAATGAATGAGATATTTCAAAGG-GTCTCGACGCAAAA
* * *
857 AATCATGCAAAACTGAGGCGGGACCCCGAAACACGTTTTTAGCAAAAAACAGTGATGGTTAGTAC
194 AATCATGCAAAACTGAGGCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACAGTGATGGTTTGTAC
* * * *
922 ACGATTTCGGCTAAATTTTTTTCAAAAAATTACCAGAAAAATATTCTCTCAATTTTTAGGCACAA
259 ACGATTTCGGCTAAA-ATTTTGCAAAAAATGACCAGAAAAATATTCTCTCAATTTTTAGCCACAA
* * *
987 TACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAATTTAAGGGGTTTTCACGCTTCCAATATCG
323 TACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCG
* *
1052 TTTTCCCTATTTTTTTCCTAATTAATTTTTAATTAAAATGAAACATGATTCAAATGTTTGTAAAA
388 TTTTTCC-ATTTTTTTCCGAATTAATTTTTAATTAAAATGAAACATGATTCAAATGTTTGTAAAA
* * *
1117 ATAATGGTTGGGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGATTCTCAATGCCAAAAATCATT
452 ATAATGGTTGGGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCAGTGCCAAAAATCATT
* * * *
1182 CAAAATTGAACCTGACCCTGGAACGTGTTTTTAGCCAAAAATCCTGATGATTATTACACGAGTTC
517 CAAAATTGAACCTGACCCCGAAACGTGTTTTTAGCCAAAAATCCTGATGATTAGTACACGATTTC
* * * * *
1247 GGCGAAAATTTAGCAAAAAAATTGACCCGAAAGAAATCTT-CTCAATTTTTAGTCATAATACTC
582 GGCAAAAATTT-GC-AAAAAATTGACCAGAAA-AATTTTTCCTCAATTTTT-GTCAAAATACTC
* * * *
1310 ATAAAAAACTATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCATATT
1 ATAAAATA-TATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCATTTT
* * * * *
1375 TCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTTAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCATAAAAATAAA
65 TCATATTTTTT-AGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAA
* *
1440 TCGTTAAATGCAATGTGGCT-ATGATTTTAATAGATGAATGCAGATATTTCAAAGGGTGTCGACA
129 TC-TTAAATGCAATGTGGCTGA-GATTTT-ATA-ATGAATG-AGATATTTCAAAGGGTCTCGACG
* * *
1504 CAAAAAAACCATTCAAAACTGAGGCGGGGCCACGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAACAGTGATGG
189 C-AAAAAATCATGCAAAACTGAGGCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGC-AAAAAACAGTGATGG
1569 TTTGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCAGAAAAATATTCTCTCAATTTTTAG
252 TTTGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCAGAAAAATATTCTCTCAATTTTTAG
* * *
1634 CCACAATAATCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAAATTGAATGGCTTTTCCCGCTTCT
317 CCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCC-AAAAAAATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCT
* * * *
1699 AATATCATTTTTCC-TTTTTTTCGGAATTAATTTCTT-ATTAATACGAAACATGATTCAAATGTT
381 AATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATTT-TTAATTAAAATGAAACATGATTCAAATGTT
* **
1762 TGTAAAAATAATGGTTAGGATTTGGCTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCAGTGCCAAA
445 TGTAAAAATAATGGTTGGGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCAGTGCCAAA
* *
1827 AATCATTCAAAATTGAA-CTGGGGCCCCGAAACGTGTTTTTAGCCAAAAA-CCGTGATGGTTAGT
510 AATCATTCAAAATTGAACCT--GACCCCGAAACGTGTTTTTAGCCAAAAATCC-TGATGATTAGT
* * * * * * *
1890 ACACGATTTTGGCTAAAAACTGTGCAAAAAA-TGACCTGAAAATTTTTTCCCCTATTTCTGGAT-
572 ACACGATTTCGGC-AAAAA-TTTGCAAAAAATTGACCAGAAAAATTTTTCCTCAATTT-TTG-TC
1953 AAAATACTC
633 AAAATACTC
* * * * **
1962 ATAAAATATATATAATTTAATGCCAAAAATATTGGAGAACTTTTCACTTTTTTTAATATCATTTT
1 ATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCAC-GCTTTTAATATCATTTT
* * * *
2027 TCATATTTTTTAGAATGAATTTCTAATTAAATCGAAA-TAGAATTCAGATACTTGTAAAAACAAA
65 TCATATTTTTTAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAG-ATTCAGATGCTCGTAAAAACAAA
* *
2091 TTCTTAAATCCAATGTGGTTGAGATTT
129 -TCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTT
2118 GATTAGATGA
Statistics
Matches: 1230, Mismatches: 173, Indels: 109
0.81 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
638 4 0.00
639 15 0.01
640 2 0.00
641 40 0.03
642 70 0.06
643 67 0.05
644 27 0.02
645 61 0.05
647 4 0.00
648 2 0.00
649 5 0.00
650 4 0.00
651 102 0.08
652 196 0.16
653 174 0.14
654 78 0.06
655 2 0.00
657 3 0.00
658 1 0.00
659 35 0.03
660 193 0.16
661 5 0.00
664 5 0.00
668 20 0.02
669 115 0.09
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (641 bp):
ATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCATTTTT
CATATTTTTTAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATC
TTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTTATAATGAATGAGATATTTCAAAGGGTCTCGACGCAAAAAA
TCATGCAAAACTGAGGCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACAGTGATGGTTTGTACAC
GATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCAGAAAAATATTCTCTCAATTTTTAGCCACAATAC
TCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTT
TTCCATTTTTTTCCGAATTAATTTTTAATTAAAATGAAACATGATTCAAATGTTTGTAAAAATAA
TGGTTGGGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCAGTGCCAAAAATCATTCAAA
ATTGAACCTGACCCCGAAACGTGTTTTTAGCCAAAAATCCTGATGATTAGTACACGATTTCGGCA
AAAATTTGCAAAAAATTGACCAGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGTCAAAATACTC
Found at i:2857 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 2839--2868 Score: 53
Period size: 15 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
2829 TATATTAATA
2839 ATATTATAAT-TAAAT
1 ATATTATAATCTAAAT
2854 ATATTATAATCTAAA
1 ATATTATAATCTAAA
2869 AATAATTATT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 1
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
15 10 0.71
16 4 0.29
ACGTcount: A:0.53, C:0.03, G:0.00, T:0.43
Consensus pattern (16 bp):
ATATTATAATCTAAAT
Found at i:2896 original size:209 final size:210
Alignment explanation
Indices: 2600--3027 Score: 734
Period size: 209 Copynumber: 2.0 Consensus size: 210
2590 ACATAATTAA
*
2600 AATAAAAAGTTTCATGACTATAAATTATAATATTATAATTAAATATATTATAATTTAAAAATAAT
1 AATAAAAAGTTTCATGACTATAAATTATAATATTATAATTAAATATATTATAATCTAAAAATAAT
*
2665 TATTAGAAGTAAATTATTAATTACAATTATAGTGGACAATTAATATTTTTCCATAATTTAAAAAA
66 TATTAGAAGTAAATTATTAATTACAATTATAGTGGACAATTAATATCTTTCCATAATTTAAAAAA
* * * *
2730 TTTAAGTATTGGATTTACAATATCTTTCTATAATTAATAAAAAATTGAATTAATCATCTAAAAAT
131 TTTAAATATTAGATTTACAATATCTTTCCATAATTAATAAAAAATTGAATTAATCATCTAAAAAA
2795 TAAAAAAGTTAAAT-
196 TAAAAAAGTTAAATG
*
2809 AATAAAAAGTTTCATGACTATATATTAATAATATTATAATTAAATATATTATAATCTAAAAATAA
1 AATAAAAAGTTTCATGACTATAAATT-ATAATATTATAATTAAATATATTATAATCTAAAAATAA
**
2874 TTATTAG-AGTAAATTATTAATTACAATTATAGTGGATTATTAATATCTTTCCATAATTTAAAAA
65 TTATTAGAAGTAAATTATTAATTACAATTATAGTGGACAATTAATATCTTTCCATAATTTAAAAA
*
2938 ATTTAAATATTAGATTTACAATATCTTTCCCTAATTAATAAAAAATTGAATTAATCATCTAAAAA
130 ATTTAAATATTAGATTTACAATATCTTTCCATAATTAATAAAAAATTGAATTAATCATCTAAAAA
3003 ATAAAAAAGTTAAATG
195 ATAAAAAAGTTAAATG
*
3019 ACTAAAAAG
1 AATAAAAAG
3028 AATACTTATT
Statistics
Matches: 206, Mismatches: 11, Indels: 3
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
209 154 0.75
210 52 0.25
ACGTcount: A:0.50, C:0.06, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (210 bp):
AATAAAAAGTTTCATGACTATAAATTATAATATTATAATTAAATATATTATAATCTAAAAATAAT
TATTAGAAGTAAATTATTAATTACAATTATAGTGGACAATTAATATCTTTCCATAATTTAAAAAA
TTTAAATATTAGATTTACAATATCTTTCCATAATTAATAAAAAATTGAATTAATCATCTAAAAAA
TAAAAAAGTTAAATG
Found at i:3497 original size:29 final size:30
Alignment explanation
Indices: 3465--3530 Score: 107
Period size: 31 Copynumber: 2.2 Consensus size: 30
3455 TGCAATTTGA
3465 GATATAACGTTAC-AAAACAAGCAATTAAG
1 GATATAACGTTACAAAAACAAGCAATTAAG
*
3494 GATATAACGTTACGAAAAACGAGCAATTAAG
1 GATATAACGTTAC-AAAAACAAGCAATTAAG
3525 GATATA
1 GATATA
3531 GTCTGTTAGG
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 1, Indels: 2
0.92 0.03 0.05
Matches are distributed among these distances:
29 13 0.38
31 21 0.62
ACGTcount: A:0.50, C:0.12, G:0.17, T:0.21
Consensus pattern (30 bp):
GATATAACGTTACAAAAACAAGCAATTAAG
Found at i:3696 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 3661--3727 Score: 116
Period size: 31 Copynumber: 2.2 Consensus size: 31
3651 CTAACTGATT
*
3661 ATATCCTTAATTGCTTGAAATCGAAAACGTC
1 ATATCCTTAATTGCTTGAAATAGAAAACGTC
*
3692 ATATCCTTAATTGCTTGAAATAGAAAACGTT
1 ATATCCTTAATTGCTTGAAATAGAAAACGTC
3723 ATATC
1 ATATC
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 34 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (31 bp):
ATATCCTTAATTGCTTGAAATAGAAAACGTC
Done.