Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01016373.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig16406, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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4502 ATTTACCCTT
4512 AAATAACTACAA
1 AAATAACTACAA
4524 AAATAACTACAA
1 AAATAACTACAA
4536 AAA
1 AAA
4539 ATAGAAAAAA
Statistics
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1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 15 1.00
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Consensus pattern (12 bp):
AAATAACTACAA
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Indices: 4936--4995 Score: 84
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4926 ACAAGTTTTT
* **
4936 AATTACTTTTAATTAGTATTTTTTGGGTACA
1 AATTACTTTTAATTAATATTAGTTGGGTACA
*
4967 AATTATTTTTAATTAATATTAGTTGGGTA
1 AATTACTTTTAATTAATATTAGTTGGGTA
4996 AATTGCATTC
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 4, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 25 1.00
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Consensus pattern (31 bp):
AATTACTTTTAATTAATATTAGTTGGGTACA
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Indices: 12888--13117 Score: 424
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12878 ATTTTATTGA
*
12888 CGTTCCCATCATGAATGAAACTCTCTTCAATCTGAATTCTACCTCTTGGCTTAGTGGTAAGAGAC
1 CGTTCCCATCATGAATGAAACTCTCTTCAATCTGAACTCTACCTCTTGGCTTAGTGGTAAGAGAC
12953 TAGGGAGTTCAC
66 TAGGGAGTTCAC
*
12965 CGTTCCCATCATGAATGAAACTCTCTTCAATCTGAACTCTACCTCTTGACTTAGTGGTAAGAGAC
1 CGTTCCCATCATGAATGAAACTCTCTTCAATCTGAACTCTACCTCTTGGCTTAGTGGTAAGAGAC
13030 TAGGGAGTTCAC
66 TAGGGAGTTCAC
* *
13042 CGTTCCCATCATGAATGAAACTCCCTTCAATCTGACCTCTACCTCTTGGCTTAGTGGTAAGAGAC
1 CGTTCCCATCATGAATGAAACTCTCTTCAATCTGAACTCTACCTCTTGGCTTAGTGGTAAGAGAC
13107 TAGGGAGTTCA
66 TAGGGAGTTCA
13118 TCAAAAGAGT
Statistics
Matches: 148, Mismatches: 5, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
77 148 1.00
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CGTTCCCATCATGAATGAAACTCTCTTCAATCTGAACTCTACCTCTTGGCTTAGTGGTAAGAGAC
TAGGGAGTTCAC
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Indices: 29932--29958 Score: 54
Period size: 13 Copynumber: 2.1 Consensus size: 13
29922 TGTCAACTTG
29932 ACTTGTTCATACT
1 ACTTGTTCATACT
29945 ACTTGTTCATACT
1 ACTTGTTCATACT
29958 A
1 A
29959 ATAAGTAAAC
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 14 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.22, G:0.07, T:0.44
Consensus pattern (13 bp):
ACTTGTTCATACT
Found at i:31544 original size:324 final size:319
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Indices: 30816--31916 Score: 1244
Period size: 324 Copynumber: 3.4 Consensus size: 319
30806 TTCGGAGTTC
** * * *
30816 CGACATAA-TTTTGCATGATTTTTAACATAAA-AACTCCTTTAAATATCTACACTCATCGAACCA
1 CGAC-TAAGTTTTGCATGATTTTTGGCATAAAGAA-TCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCA
* * * *
30879 AATCTCATCCATATTTGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAAT
64 AATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT
* * * * *
30944 TAGAAATTAACTT-GGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGTGTGAAAATCTCATCAATCTTT
129 TAGAAATTAACTTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAAT-ATT
* * * * *
31008 TTTTGCCTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTAGAAAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCGGG
193 TTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG--AAAAATTTTCGGG
* *
31073 TCAGTTTTTAGCCGAAATCGTG---T-ACCATCATGGTTTTTGGCTAAAAACATGTTCCGGGGC-
256 TCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCA-GGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCGGGGCT
* * * * * *
31133 CCATGCTTAGTTTTGCAAGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATTTCTATATTCATCGAACCA
1 CGA--CTAAGTTTTGCATGATTTTTGGCATAAAGAATCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCA
* * * *
31198 AATCTCAGCCACATTGGATTTAAGAATTTATTTTTACGAGCATCTGAATATAGTTTCGATTTAAT
64 AATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT
* *
31263 TAGAAATTAA-TTCGGAAAAAAATGGAAAAACGTTATTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATATTT
129 TAGAAATTAACTTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATATTT
* *
31327 TTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAATTTTTGGGTTA
194 TTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAATTTTCGGGTCA
* * *
31392 GTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACACCATCACAGTTTTTGGCTAATAACGCGTTTCGGGGTCT
259 GTTTTTAGCCGAAATCGTGTACT-A-ACCATCA-GGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCGGGG-CT
* *
31457 CGACTAAGTTTTTTGCATGGTTTTTGGCATAAAGAATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCA
1 CGACTAAG--TTTTGCATGATTTTTGGCATAAAGAATCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCA
* * *
31522 AATCTCAGTCACATTGGATTTAAGCG-TATGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAA
64 AATCTCAGCCACATTGGATTTAAG-GATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAA
* * * *
31586 TTAGAAA-TAATTTCGGAAAGAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGATAAATCCTTCAA-ATT
128 TTAGAAATTAACTTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATATT
* * * * * * * *
31649 TTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTCA-AAGTACTGTGGCAAAATATTTAGGAGAAACTTTCGGGT
193 TTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGA-GAAAAATTTTCGGGT
* *
31713 CAGTTTTTGCAAAATTTTTGTCGAAATCGTATACTAACCATCTAGGTTTTTGGCTAAAAACGTGT
257 CAGTTTTT-----A-----GCCGAAATCGTGTACTAACCATC-AGGTTTTTGGCTAAAAACGTGT
*
31778 TTTGGAGGC-
311 TTCGG-GGCT
* * * *
31787 CTGACTCAA-TTTTGCATGATTTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTAATTGAACC
1 C-GACT-AAGTTTTGCATGA-TTTTTGGCATAAAGAATCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACC
*
31851 AAATCTCAACCACATTGGA-TTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAA
63 AAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAA
31915 TT
128 TT
31917 TTTTTGGTAC
Statistics
Matches: 665, Mismatches: 85, Indels: 56
0.83 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
316 33 0.05
317 2 0.00
318 51 0.08
319 154 0.23
320 1 0.00
322 52 0.08
323 50 0.08
324 158 0.24
328 2 0.00
329 52 0.08
330 57 0.09
331 33 0.05
332 6 0.01
333 14 0.02
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.17, T:0.37
Consensus pattern (319 bp):
CGACTAAGTTTTGCATGATTTTTGGCATAAAGAATCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAA
TCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTA
GAAATTAACTTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATATTTTT
GGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAATTTTCGGGTCAGT
TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCGGGGCT
Found at i:33566 original size:320 final size:320
Alignment explanation
Indices: 32099--34175 Score: 1968
Period size: 320 Copynumber: 6.4 Consensus size: 320
32089 CCCTTGTTGT
* * *
32099 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCAT-AAA
1 TTGTTTTGATTTAATTAGAAATAAATTC-AG-AAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAA
* * *
32163 AGAACCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATTTTTTCTTCTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAT
64 A-ACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATA--TATT-TT-TTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAT
* ** *
32228 TGAGGAAAAATTTTTCGGGTTAGTTTTTGCAAAATTTTT-CCCGAAATCGTG---T-AC-A-CAC
124 T-AAGAAAAAAATTTC--G--AG----T-C--AATTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCAC
* * * * * *
32286 GGTTTTTGGCTAAAAACGCATTACGGAGCCCCGTCTCAATTTTGCATGTTTTTTTGGAGTAAAGA
177 GGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATG-ATTTTTGGAGTAAAGA
* *
32351 CTCCTTGAAATATATCTATATTAATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTT
241 CTCCTTG-AA-ATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTT
** * *
32416 TTACGAAAATCTCAATT
304 TTACGAGCATCTGAATC
* * * * * *
32433 TTGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCAGAAAAAA-GAAAAGAAAAACGCTAATAGAAGTGTGA
1 TTGTTTTGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAATG----GAAAAACGATATTAGAAGCGTGA
* * * ** * *
32497 AAAACCCTTCAATCTTTTTGACATTAAATTATATGGTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAATTTGA
62 AAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTAA
* * *
32562 GAAAAAGAATTTCGTGTCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGCCTAAA
127 GAAAAA-AATTTCGAGTCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACGGTTTTTGGCTAAA
* * * * * * * * *
32627 AACGC-ATTCTGGG-CCCGGATCAGTTTTGTATAATTTTT-GACGTAAAGACTCATTGGAATTTT
191 AACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGA-GTAAAGACTCCTTGAAATATC
* * *
32689 TATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTAAAT
255 TATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAAT
32754 C
320 C
* * * *
32755 TTGTTTCGATTTAATCATAAATAAATTCAGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGTGTGAAAA
1 TTGTTTTGATTTAATTAGAAATAAATTCAG-AAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA
* * * * *
32820 ACCCTTCAAT-TTTTTCGACGTTGAACTATGTATTTTTTCTGAGT-TTTTCGGCAAAAAATTGAG
65 ACCCTTCAATCTTTTT-GGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGT-GGCAAAAAATT-AA
*
32883 GAAAAACATTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTT-GCCGAAATCGTGTACGT---TATCACAAT
127 GAAAAAAATTTC--G--AG----T-C--AATTTTTAGCCGAAATCGTGTAC-TAACTATCAC---
** * * * * * * * * *
32944 TTTTTTTTGCTAAGAACGCGTTCCGGAGCCCCGACTCAATTTTGAATGTTTTTTTGGGGTAAAGA
177 GGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATG-ATTTTTGGAGTAAAGA
* * * * *
33009 CTCCTTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATCTTAGGCACATTGGAGTTAAGGATTT-TTTTT
241 CTCCTTGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTT
*
33073 ACGAGCATGTGAATC
306 ACGAGCATCTGAATC
* * * ** *
33088 TTGCTTTGATTTAATTAAAAATTAATTTGGAAAAAAAAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA
1 TTGTTTTGATTTAATTAGAAATAAATTCAG-AAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA
* * * * * * * *
33153 GCCCGTCAATCCTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTGCTGAATATTGTGGCAAATACTTGAGAA
65 ACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTAAGAA
* *
33218 AAAAATTTTCGGGTCAGTTTTT-GCCGAAATCGTGTACTAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAAC
130 AAAAA-TTTCGAGTCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAAC
* * *
33282 GCGTTTCGGGGTCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTAG-AAAGACTCCTTAAAATTTCTAT
194 GCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGG-AGTAAAGACTCCTTGAAATATCTAT
* * * *
33346 ATTCATTAAACCAAATCTCAGCCATATTGGGTTTATGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATC
258 ATTCATCAAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATC
* * *
33409 TT-TTTTGAATTAATTAGAATTAAATTCAGAAAAAATGGAAAAACAATATTAGAAGCGTGAAAAA
1 TTGTTTTGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAA
* * * *
33473 CCTTTCAATCTTTTTAGCGTTGAATTATAAATTTTTTCAT-AGTATTGTAGCAAAAAATTAAGAA
66 CCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTC-TGAGTATTGTGGCAAAAAATTAAGAA
* *
33537 AAAAATTGTCGAGTCAATTTTTAGCCGAAATC--G-------TAT-ACGGTTTTTGGTTAGAAAC
130 AAAAATT-TCGAGTCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAAC
* *** * * *
33592 GCGATTCGTAACACTGGCTCAGTTTTGCAAGATTTTTGGCAG-AAAGACTCCTTGAAATATCTAT
194 GCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGG-AGTAAAGACTCCTTGAAATATCTAT
** * *
33656 ATTCATTTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATTACGAGCATGTAAAT
258 ATTCATCAAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTG--TTT-TTACGAGCATCTGAAT
33721 C
320 C
* * *
33722 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAGAAAAATGGAAACACGATATTGGAAGCGTGAAAA
1 TTGTTTTGATTTAATTAGAAATAAATTCAGA-AAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA
* * * * *
33787 ACCCTTCAAT-TCTTTTGGCATTAAATTATATA-TTTTTCTTAGTATTGTGGCAAAGAATTGACG
65 ACCCTTCAATCT-TTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATT-AAG
* * *
33850 -AAAAAATTATCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGCACTAACCATATCACGGTTTTTGGCTAA
128 AAAAAAATT-TCGAGTCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAA-C-TATCACGGTTTTTGGCTAA
* * ** *
33914 AAACGCGTTCCGGGGTCCCGAATCAGTTTTTCATGATTTTTGGCAG-AAAGACTCCTTGAAATAT
190 AAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGG-AGTAAAGACTCCTTGAAATAT
* * * *
33978 CTATATTCATCAAACCAAATCTCAACCACATTGGATTTATGGATTTGGTTTTACGAGCATCTGTA
254 CTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAA
34043 TC
319 TC
* * *
34045 TTGTTTTGATTTAATTAGAAATAAATTCCGAAAAAATGGGAAAAA--ATATTAGAATCTTG-AAA
1 TTGTTTTGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAAT-GGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA
* * *
34107 ACCCTTCAATTTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAA
65 ACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTAAGAA
34172 AAAA
130 AAAA
34176 TTTTTTTGAT
Statistics
Matches: 1444, Mismatches: 226, Indels: 159
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
310 109 0.08
311 3 0.00
312 3 0.00
313 18 0.01
314 79 0.05
315 57 0.04
316 1 0.00
318 3 0.00
319 108 0.07
320 199 0.14
321 120 0.08
322 120 0.08
323 59 0.04
324 30 0.02
325 20 0.01
326 113 0.08
327 22 0.02
328 6 0.00
329 3 0.00
330 21 0.01
331 51 0.04
332 19 0.01
333 135 0.09
334 96 0.07
335 45 0.03
336 4 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (320 bp):
TTGTTTTGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAA
CCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTAAGAAA
AAAATTTCGAGTCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGC
GTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGAGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATT
CATCAAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATC
Found at i:34019 original size:636 final size:639
Alignment explanation
Indices: 32099--34175 Score: 2228
Period size: 636 Copynumber: 3.2 Consensus size: 639
32089 CCCTTGTTGT
* * * *
32099 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCAT-AAA
1 TTGTTTTGATTTAATTAGAAATAAATTC-AG-AAAAAATGGAAAAACAATATTAGAAGCGTGAAA
* * * *
32163 AGAACCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATTTTTTCTTCTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAT
64 A-ACCCTTCAAT-TTTTTAGCGTTGAATTATA--TATT-TT-TTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAT
* ** * * * **
32228 TGAGGAAAAATTTTTCGGGTTAGTTTTTGCAAAATTTTTCCCGAAATCGTGTACACACGGT-TTT
123 T-AAGAAAAAAATTTC-GG-CAG---TTGC-AAATTTTTGCCGAAATCGTATACGTA---TATTT
* * * * * * * *
32292 TGGCTA-AA-AACGCATTACGGAGCCCCGTCTCAATTTTGCATGTTTTTTTGGAGTAAAGACTCC
178 TGGTTAGAAGAACGCGTTCCGGAACACCGACTCAATTTTGAATGTATTTTTGGAGTAAAGACTCC
*
32355 TTGAAATATATCTATATTAATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTG--TTTTT
243 TTG-AA-ATATCTATATTAATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTTT
** * * * * * *
32418 ACGAAAATCTCAATTTTGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCAGAAAAAAGAAAAGAAAAACGC
306 ACGAGCATGTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG-AAAAA-AAAGGAAAAACGA
* * * *
32483 TAATAGAAGTGTGAAAAACCCTTCAA-TCTTTTTGACATTAAATTATATGGTTTTTCTGAGTATT
369 TATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTC-TTTTGGCATTAAATTATAT-ATTTTTCTGAGTATT
* *
32547 GTGGCAAAAATTTGAGAAAAAGAATTTCGTGTCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACC-ATC
432 GTGGCAAAAA-TTGAGAAAAA-AATTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCTATC
* * * * *
32611 ACGGTTTTTGCCTAAAAACGCATTCTGGG-CCCGGATCAGTTTTGT-ATAATTTTTGAC-GTAAA
495 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCGGGGTCCCGGATCAGTTTT-TCATGATTTTTGGCAG-AAA
* * * * *
32673 GACTCATTGGAATTTTTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTT
558 GACTCCTTGAAATTTCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTATGGATTTGTTT
* *
32738 TTACGAGAATCTAAATC
623 TTACGAGCATCTGAATC
* * * * *
32755 TTGTTTCGATTTAATCATAAATAAATTCAGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGTGTGAAAA
1 TTGTTTTGATTTAATTAGAAATAAATTCAG-AAAAAATGGAAAAACAATATTAGAAGCGTGAAAA
* * * * *
32820 ACCCTTCAATTTTTTCGACGTTGAACTATGTATTTTTTCTGAGT-TTTTCGGCAAAAAATTGAGG
65 ACCCTTCAATTTTTTAG-CGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGT-GGCAAAAAATT-AAG
* * **
32884 AAAAACATTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACGTTATCACAATTTTTT
127 AAAAAAATTTC-GG-CAG---TTGC-AAATTTTTGCCGAAATCGTATACG-TAT----ATTTTGG
* * * * *
32949 TTTGCTAAGAACGCGTTCCGGAGCCCCGACTCAATTTTGAATGTTTTTTTGGGGTAAAGACTCCT
181 TTAG--AAGAACGCGTTCCGGAACACCGACTCAATTTTGAATGTATTTTTGGAGTAAAGACTCCT
* * *
33014 TGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATCTTAGGCACATTGGAGTTAAGGA--T-TTTTTTTACG
244 TGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTTTACG
* * **
33076 AGCATGTGAATCTTGCTTT-GATTTAATTAAAAATTAATTTGGAAAAAAAAGGAAAAACGATATT
309 AGCATGTAAATCTTG-TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAAAGGAAAAACGATATT
* * * * * *
33140 AGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCCTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTGCTGAATATTGTGGC
373 AGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTCTTTTGGCATTAAATTATATATTTTT-CTGAGTATTGTGGC
*
33205 AAATACTTGAGAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTT-GCCGAAATCGTGTACTAA-CTATCACGGT
437 AAA-AATTGAGAAAAAAA-TTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCTATCACGGT
* * *
33268 TTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGTCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTAGAAAGACTCC
500 TTTTGGCTAAAAACGCG-TTCGGGGTCCCGGATCAGTTTTTCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCC
* * * *
33333 TTAAAATTTCTATATTCATTAAACCAAATCTCAGCCATATTGGGTTTATGGATTTGTTTTTACGA
564 TTGAAATTTCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTATGGATTTGTTTTTACGA
33398 GCATCTGAATC
629 GCATCTGAATC
* *
33409 TT-TTTTGAATTAATTAGAATTAAATTCAGAAAAAATGGAAAAACAATATTAGAAGCGTGAAAAA
1 TTGTTTTGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAATGGAAAAACAATATTAGAAGCGTGAAAAA
* * *
33473 CCTTTCAATCTTTTTAGCGTTGAATTATAAATTTTTTCAT-AGTATTGTAGCAAAAAATTAAGAA
66 CCCTTCAAT-TTTTTAGCGTTGAATTATATATTTTTTC-TGAGTATTGTGGCAAAAAATTAAGAA
*
33537 AAAAATTGTC-G-AG-T-C-AATTTTTAGCCGAAATCGTATACG-GT-TTTTGGTTAG-A-AACG
129 AAAAATT-TCGGCAGTTGCAAATTTTT-GCCGAAATCGTATACGTATATTTTGGTTAGAAGAACG
* * * *
33593 CGATT-CGTAACACTGGCTCAGTTTTGCAA-G-ATTTTTGGCAG-AAAGACTCCTTGAAATATCT
192 CG-TTCCGGAACACCGACTCAATTTTG-AATGTATTTTTGG-AGTAAAGACTCCTTGAAATATCT
* *
33654 ATATTCATTTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATTACGAGCATGTAA
254 ATATTAATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTT-TTACGAGCATGTAA
* * * * *
33719 ATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAGAAAAATGGAAACACGATATTGGAAGCGTGA
318 ATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAAAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGA
*
33784 AAAACCCTTCAATTCTTTTGGCATTAAATTATATATTTTTCTTAGTATTGTGGCAAAGAATTGAC
383 AAAACCCTTCAATTCTTTTGGCATTAAATTATATATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAA-AATTGA-
*
33849 G-AAAAAATTATCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGCACTAACCATATCACGGTTTTTGGCTA
446 GAAAAAAATT-TCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACC-TATCACGGTTTTTGGCTA
* *
33913 AAAACGCGTTCCGGGGTCCCGAATCAGTTTTTCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATAT
509 AAAACGCGTT-CGGGGTCCCGGATCAGTTTTTCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATTT
* * *
33978 CTATATTCATCAAACCAAATCTCAACCACATTGGATTTATGGATTTGGTTTTACGAGCATCTGTA
573 CTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTATGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAA
34043 TC
638 TC
* * * *
34045 TTGTTTTGATTTAATTAGAAATAAATTCCGAAAAAATGGGAAAA-AATATTAGAATCTTG-AAAA
1 TTGTTTTGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAATGGAAAAACAATATTAGAAGCGTGAAAAA
* * *
34108 CCCTTCAATTTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAA
66 CCCTTCAA-TTTTTTAGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTAAGAAA
34173 AAA
130 AAA
34176 TTTTTTTGAT
Statistics
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0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
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641 7 0.01
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644 1 0.00
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658 53 0.04
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (639 bp):
TTGTTTTGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAATGGAAAAACAATATTAGAAGCGTGAAAAA
CCCTTCAATTTTTTAGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTAAGAAAA
AAATTTCGGCAGTTGCAAATTTTTGCCGAAATCGTATACGTATATTTTGGTTAGAAGAACGCGTT
CCGGAACACCGACTCAATTTTGAATGTATTTTTGGAGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTAA
TCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTTTACGAGCATGTAAATCTTGTT
TCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAAAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCT
TCAATTCTTTTGGCATTAAATTATATATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAATTGAGAAAAAAATT
TCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCG
GGGTCCCGGATCAGTTTTTCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATTTCTATATTCATCAA
ACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTATGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATC
Found at i:36418 original size:338 final size:338
Alignment explanation
Indices: 35392--40024 Score: 7091
Period size: 337 Copynumber: 13.7 Consensus size: 338
35382 GCCCTACTTG
* * * * * * * * *
35392 TATCTATATTAATCTAACCAAATCTTAGCCACATTGGAGTTAATGATTTGTTTTTACGAGCATCT
1 TATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGTTTTATGAGCATCT
* * * * *
35457 TAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGGAAAAAAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTG
66 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAGGAAAAACAATATTTGAAGTGTG
*** * * * ** * *
35522 AAAAGCCCATCGATCTTTCTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATT
131 AAAAGCATGTCAATCTTT-TTGGCGCTGATTTATATATTTTTTAGGAGTATTTTGGCAAAGAATT
*
35587 GA-GAAAATAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACG
195 GAGGAAAA-AATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACG
* * * *
35651 GTTTTTGCCTTATAAA-TAAAAATGCGTTCCGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCTTTATATTTGGCA
259 GTTTTTGGCTTA-AAAGTAAAAATGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCA
*
35715 AAAAGACTCCTTGAAA
323 GAAAGACTCCTTGAAA
*
35731 TATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGTTTTATGAACATCT
1 TATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGTTTTATGAGCATCT
*
35796 GAATCTTGATTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG-AAAAAAGGAAAAACAATATTTGAAGTGTG
66 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAGGAAAAACAATATTTGAAGTGTG
35860 AAAAGCATGTCAATCTTTTTGGCGCTGATTTATATATTTTTTAGGAGTATTTTGGCAAAGAATTG
131 AAAAGCATGTCAATCTTTTTGGCGCTGATTTATATATTTTTTAGGAGTATTTTGGCAAAGAATTG
* *
35925 AGGAATAAATTTTCATGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACA
196 AGGAAAAAATTTTC--GGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACG
* * * * * * * * *
35990 GTTTGTCGCTTAAATGTAGAAATGTGTTCCGGGGCCTCGGCTCAGTTTTCCTTCATTTTTTGCAG
259 GTTTTTGGCTTAAAAGTAAAAATGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCAG
*
36055 AAAGACTCCATGAAA
324 AAAGACTCCTTGAAA
* *
36070 TATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGCGTCCTTAGATTTAAGGATTTGGTTTTATGAGCATCT
1 TATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGTTTTATGAGCATCT
* * * * * *
36135 AAATCTTATTTCGATCTAATTTGAGATTAATTCGGAAAAAAAGGAAAAACAATACTTGAAGTGTG
66 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAGGAAAAACAATATTTGAAGTGTG
*
36200 AAAAGCATGTCAATCTTTTTGGCGCAGATTTATATATTTTTTAGGAGTATTTTGGCAAAGAATTG
131 AAAAGCATGTCAATCTTTTTGGCGCTGATTTATATATTTTTTAGGAGTATTTTGGCAAAGAATTG
*
36265 AGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTGTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGT
196 AGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGT
* *
36330 TTTTGGCTTCAAAGTAGAAATGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCAGAA
261 TTTTGGCTTAAAAGTAAAAATGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCAGAA
*
36395 AGACACCTTGAAA
326 AGACTCCTTGAAA
36408 TATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGTTTTATGAGCATCT
1 TATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGTTTTATGAGCATCT
36473 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAGGAAAAACAATATTTGAAGTGTG
66 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAGGAAAAACAATATTTGAAGTGTG
* * * *
36538 AAAAGCATGTCAAGCTTTTTGGCGCTGATTTATAAATTTTTTAGGAGTATTTTGACAAAGATTTG
131 AAAAGCATGTCAATCTTTTTGGCGCTGATTTATATATTTTTTAGGAGTATTTTGGCAAAGAATTG
* ** * *
36603 AGGAGAAAATTTTCATGTCAGTTTTTGCAATATTTTAACCGAAATC--GT--T-----T-ACGGT
196 AGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGT
* * *
36658 TTTTGGCTTAAAGGTAGAAATGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCTGTTTTGCTTGATTTTTGGCAGAA
261 TTTTGGCTTAAAAGTAAAAATGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCAGAA
*
36723 AAACTCCTTGAAA
326 AGACTCCTTGAAA
* *
36736 TATCTATATTCATCTAACCAAATCGCAGCCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGTTTTATTAGCATCT
1 TATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGTTTTATGAGCATCT
* *
36801 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATCAATTCGGAAAAAAAGGAAAAATAATATTTGAAGTGTG
66 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAGGAAAAACAATATTTGAAGTGTG
* * * * *
36866 AAAAACATGTCAATCTTTTTGGCGCTGGTATATATATTTTTTATGAGTATTTCGGCAAAGAATTG
131 AAAAGCATGTCAATCTTTTTGGCGCTGATTTATATATTTTTTAGGAGTATTTTGGCAAAGAATTG
*
36931 AGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGGT
196 AGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGT
* * *
36996 TTTTGGCTTAAATGTAAAAATGCATTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCAGAA
261 TTTTGGCTTAAAAGTAAAAATGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCAGAA
*
37061 AGATTCCTTGAAA
326 AGACTCCTTGAAA
*
37074 TATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCC-CTCTTAAATTTAAGGATTTGGTTTTATGAGCATC
1 TATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTC-CTTAGATTTAAGGATTTGGTTTTATGAGCATC
* *
37138 TAAATGTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC--AAAAAAAGGAAAAACAATATTTGAAGTGT
65 TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAGGAAAAACAATATTTGAAGTGT
*
37201 GAAAAGCATGTCAATCTTTTTGGCGCTGATTTATATATTTTTTAGGAGTATTTCGGCAAAGAATT
130 GAAAAGCATGTCAATCTTTTTGGCGCTGATTTATATATTTTTTAGGAGTATTTTGGCAAAGAATT
* * *
37266 GAGTAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGTCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATAACG
195 GAGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTG-CAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACG
* *
37331 GTTTTTGGCTTAAAAGTAAAAATGTGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCAG
259 GTTTTTGGCTTAAAAGTAAAAATGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCAG
37396 AAAGACTCCTTGAAA
324 AAAGACTCCTTGAAA
37411 TATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGTTTTATGAGCATCT
1 TATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGTTTTATGAGCATCT
37476 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAGGAAAAACAATATTTGAAGTGTG
66 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAGGAAAAACAATATTTGAAGTGTG
37541 AAAAGCATGTCAATCTTTTTGGCGCTGATTTATATATTTTTTAGGAGTATTTTGGCAAAGAATTG
131 AAAAGCATGTCAATCTTTTTGGCGCTGATTTATATATTTTTTAGGAGTATTTTGGCAAAGAATTG
*
37606 AGGAAAAAA-TTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGT
196 AGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGT
* * * *
37670 TTTTGGCTTAAAAGTATAAATGTGTTCCGGGGCCCCGGCTCATTTTTGCTCGATTTTTGGCAGAA
261 TTTTGGCTTAAAAGTAAAAATGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCAGAA
* *
37735 AGGCTCCATGAAA
326 AGACTCCTTGAAA
* *
37748 TATCTATATTCAGTC-AACAAAATCTCAGCCTCTTTAGATTTAAGGATTTGGTTTTATGAGCATC
1 TATCTATATTCA-TCTAACCAAATCTCAGCCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGTTTTATGAGCATC
* *
37812 TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAGATTAATTCGGAGAAAAAAAGGAAAAACAATACTTGAAGT
65 TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-G-GAAAAAAAGGAAAAACAATATTTGAAGT
** *
37877 GTGAAAAGCATGTCAATCTTTCAGGCGCTGGTTTATATATTTTTTAGGAGTATTTTGGCAAAGAA
128 GTGAAAAGCATGTCAATCTTTTTGGCGCTGATTTATATATTTTTTAGGAGTATTTTGGCAAAGAA
37942 TTGAGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACGT-----T-A
193 TTGAGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC-TAACCATCA
* * * *
38001 CGGTTTTTGTCTTAAACGTAGAAATGCGTTCCGGGGCCCCGGCACAGTTTTGCTTGATTTTTGGC
257 CGGTTTTTGGCTTAAAAGTAAAAATGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGC
38066 AGAAAGACTCCTTGAAA
322 AGAAAGACTCCTTGAAA
38083 TATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGTTTTATGAGCATCT
1 TATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGTTTTATGAGCATCT
* * *
38148 GAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAAGAAAAACAATACTTGAAGTGTG
66 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAGGAAAAACAATATTTGAAGTGTG
* * * * *
38213 AAAAGCATGACAATCTTTTTGGTGCTGATTTGTATACTTTTTAGCAGTATTTTGGCAAAGAATTG
131 AAAAGCATGTCAATCTTTTTGGCGCTGATTTATATATTTTTTAGGAGTATTTTGGCAAAGAATTG
38278 AGGAAAAAA-TTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGT
196 AGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGT
*
38342 TTTTGGCTTAAAAGTAAAAATGTGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCAGAA
261 TTTTGGCTTAAAAGTAAAAATGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCAGAA
38407 AGACTCCTTGAAA
326 AGACTCCTTGAAA
*
38420 TATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGTTTTATGAGCATCT
1 TATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGTTTTATGAGCATCT
38485 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAGGAAAAACAATATTTGAAGTGTG
66 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAGGAAAAACAATATTTGAAGTGTG
* * *
38550 AAAAGCATGTCAATCGTTTTGGCGCTGATTTATATATTTATTAGGAGTATTTCGGCAAAGAATTG
131 AAAAGCATGTCAATCTTTTTGGCGCTGATTTATATATTTTTTAGGAGTATTTTGGCAAAGAATTG
38615 AGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGT
196 AGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGT
38680 TTTTGGCTTAAAAGTAAAAATGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCAGAA
261 TTTTGGCTTAAAAGTAAAAATGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCAGAA
38745 AGACTCCTTGAAA
326 AGACTCCTTGAAA
38758 TATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGTTTTATGAGCATCT
1 TATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGTTTTATGAGCATCT
38823 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAGG-AAAACAATATTTGAAGTGTG
66 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAGGAAAAACAATATTTGAAGTGTG
*
38887 AAAAGCATGTCAATCTTTTTGGCGCTGATTTATATATTTTTTAGGAGTATTTCGGCAAAGAATTG
131 AAAAGCATGTCAATCTTTTTGGCGCTGATTTATATATTTTTTAGGAGTATTTTGGCAAAGAATTG
* * *
38952 AGGAAAAAATTTTCCGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACTGT
196 AGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGT
* *
39017 TTTTGTCTTAAAAGTAAAAATGCATTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCAGAA
261 TTTTGGCTTAAAAGTAAAAATGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCAGAA
*
39082 AGATTCCTTGAAA
326 AGACTCCTTGAAA
39095 TATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGTTTTATGAGCATCT
1 TATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGTTTTATGAGCATCT
39160 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGACAAAAAAAAAGGAAAAACAATATTTGAAG
66 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG----AAAAAAAGGAAAAACAATATTTGAAG
* *
39225 TGTGAAAAGTATGTCAATCTTTTTTGGCGCTGGTTTATATATTTTTTAGGAGTATTTTGGCAAAG
127 TGTGAAAAGCATGTCAATC-TTTTTGGCGCTGATTTATATATTTTTTAGGAGTATTTTGGCAAAG
* * * * *
39290 AATTGAGGACAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAGTCGTGTACGAATCATC
191 AATTGAGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATC
* ***
39355 ACGGTTTTTGGCTTAAAAGTAAAAATGCGTTCCTGGGCCCTTACTCAGTTTTGCTTGATTTTTGG
256 ACGGTTTTTGGCTTAAAAGTAAAAATGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGG
*
39420 CAGAAATACTCCTTGAAA
321 CAGAAAGACTCCTTGAAA
* *
39438 TATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGTTTTATGAGAATCT
1 TATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGTTTTATGAGCATCT
* * * *
39503 GAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAGATTAATTCGAAAAAAAAAAGGAAAAACAATACTTGAAGTG
66 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCG--GAAAAAAAGGAAAAACAATATTTGAAGTG
* * * ** **
39568 TGAAAAGCATGTCAATCTTTTTAGAGTTGATTTATATGCTTTTTAGGAGTATTTCAGCAAAGAAT
129 TGAAAAGCATGTCAATCTTTTTGGCGCTGATTTATATATTTTTTAGGAGTATTTTGGCAAAGAAT
*
39633 TGAGGAAAAAATTTCCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACG
194 TGAGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACG
* * *
39698 GTTTTTGGCGTAAAAGTAAAAATGCGTTCCGGGGGCCCTGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCAG
259 GTTTTTGGCTTAAAAGTAAAAATGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCAG
*
39763 AATGACTCCTTGAAA
324 AAAGACTCCTTGAAA
* ** * * *
39778 TATCTATATTCATCTAACCAATTCTCAGTAAT-ATTGGATTTAAGGATTT-GATTTATGAGCATC
1 TATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAG-CCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGTTTTATGAGCATC
* ** * * * * ** * * *
39841 TGAATCATGTTTAAATTTTATTAGAGATTTATTCAGAAAAAATCTGAAAAACGATATTAGAAGCG
65 TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAA-AGGAAAAACAATATTTGAAGTG
* * ** * * * ** * *
39906 TGAAAAGCCCT-TTAATCTTTTTGGCTTTGAGTTATATATTTCTTATGAAAACTGTGGCCAAA-A
129 TGAAAAG-CATGTCAATCTTTTTGGCGCTGATTTATATATTTTTTAGGAGTATTTTGG-CAAAGA
* * *
39969 TTTGA-GAAAAAACCTTTC-GG-CAGTTTTTGCAAACTTTTAGCCGAAATCGTGTACTA
192 ATTGAGGAAAAAA-TTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTA
40025 TCCACCACAT
Statistics
Matches: 3955, Mismatches: 293, Indels: 95
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
328 300 0.08
329 1 0.00
330 2 0.00
331 1 0.00
332 43 0.01
333 96 0.02
334 4 0.00
335 165 0.04
336 155 0.04
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342 34 0.01
343 272 0.07
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.19, T:0.36
Consensus pattern (338 bp):
TATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGTTTTATGAGCATCT
GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAGGAAAAACAATATTTGAAGTGTG
AAAAGCATGTCAATCTTTTTGGCGCTGATTTATATATTTTTTAGGAGTATTTTGGCAAAGAATTG
AGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGT
TTTTGGCTTAAAAGTAAAAATGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCAGAA
AGACTCCTTGAAA
Found at i:37581 original size:675 final size:675
Alignment explanation
Indices: 35392--40024 Score: 7053
Period size: 675 Copynumber: 6.9 Consensus size: 675
35382 GCCCTACTTG
* * * * * * * * *
35392 TATCTATATTAATCTAACCAAATCTTAGCCACATTGGAGTTAATGATTTGTTTTTACGAGCATCT
1 TATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGTTTTATGAGCATCT
* * * * *
35457 TAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGGAAAAAAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTG
66 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAGGAAAAACAATATTTGAAGTGTG
*** * * * ** *
35522 AAAAGCCCATCGATCTTTCTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGT-GGCAAAAAAT
131 AAAAGCATGTCAATCTTT-TTGGCGCTGATTTATATATTTTTTAGGAGTATT-TCGGCAAAGAAT
*
35586 TGA-GAAAATAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCAC
194 TGAGGAAAA-AATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAC
* * * *
35650 GGTTTTTGCCTTATAAA-TAAAAATGCGTTCCGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCTTTATATTTGGC
258 GGTTTTTGGCTTA-AAAGTAAAAATGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGC
*
35714 AAAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCCTTAGATTTAAGGATT
322 AGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCCTTAGATTTAAGGATT
* * *
35779 TGGTTTTATGAACATCTGAATCTTGATTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAGGAAAAA
387 TGGTTTTATGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAAGGAAAAA
35844 CAATATTTGAAGTGTGAAAAGCATGTCAATCTTTTTGGCGCTGATTTATATATTTTTTAGGAGTA
452 CAATATTTGAAGTGTGAAAAGCATGTCAATCTTTTTGGCGCTGATTTATATATTTTTTAGGAGTA
*
35909 TTTTGGCAAAGAATTGAGGAATAAATTTTCATGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCG
517 TTTTGGCAAAGAATTGAGGAAAAAATTTTC--GGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCG
* * * * * * *
35974 TGTACTAACCATCACAGTTTGTCGCTTAAATGTAGAAATGTGTTCCGGGGCCTCGGCTCAGTTTT
580 TGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTTAAAAGTAAAAATGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTT
* * * *
36039 CCTTCATTTTTTGCAGAAAGACTCCATGAAA
645 GCTTGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAA
* *
36070 TATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGCGTCCTTAGATTTAAGGATTTGGTTTTATGAGCATCT
1 TATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGTTTTATGAGCATCT
* * * * * *
36135 AAATCTTATTTCGATCTAATTTGAGATTAATTCGGAAAAAAAGGAAAAACAATACTTGAAGTGTG
66 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAGGAAAAACAATATTTGAAGTGTG
* *
36200 AAAAGCATGTCAATCTTTTTGGCGCAGATTTATATATTTTTTAGGAGTATTTTGGCAAAGAATTG
131 AAAAGCATGTCAATCTTTTTGGCGCTGATTTATATATTTTTTAGGAGTATTTCGGCAAAGAATTG
*
36265 AGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTGTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGT
196 AGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGT
* *
36330 TTTTGGCTTCAAAGTAGAAATGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCAGAA
261 TTTTGGCTTAAAAGTAAAAATGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCAGAA
*
36395 AGACACCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGT
326 AGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGT
36460 TTTATGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAGGAAAAACAA
391 TTTATGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GAAAAAAAGGAAAAACAA
* *
36525 TATTTGAAGTGTGAAAAGCATGTCAAGCTTTTTGGCGCTGATTTATAAATTTTTTAGGAGTATTT
455 TATTTGAAGTGTGAAAAGCATGTCAATCTTTTTGGCGCTGATTTATATATTTTTTAGGAGTATTT
* * * ** * *
36590 TGACAAAGATTTGAGGAGAAAATTTTCATGTCAGTTTTTGCAATATTTTAACCGAAATC--GT--
520 TGGCAAAGAATTGAGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC
* * *
36651 T-----T-ACGGTTTTTGGCTTAAAGGTAGAAATGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCTGTTTTGCTTG
585 TAACCATCACGGTTTTTGGCTTAAAAGTAAAAATGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTG
*
36710 ATTTTTGGCAGAAAAACTCCTTGAAA
650 ATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAA
* *
36736 TATCTATATTCATCTAACCAAATCGCAGCCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGTTTTATTAGCATCT
1 TATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGTTTTATGAGCATCT
* *
36801 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATCAATTCGGAAAAAAAGGAAAAATAATATTTGAAGTGTG
66 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAGGAAAAACAATATTTGAAGTGTG
* * * *
36866 AAAAACATGTCAATCTTTTTGGCGCTGGTATATATATTTTTTATGAGTATTTCGGCAAAGAATTG
131 AAAAGCATGTCAATCTTTTTGGCGCTGATTTATATATTTTTTAGGAGTATTTCGGCAAAGAATTG
*
36931 AGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGGT
196 AGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGT
* * *
36996 TTTTGGCTTAAATGTAAAAATGCATTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCAGAA
261 TTTTGGCTTAAAAGTAAAAATGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCAGAA
* *
37061 AGATTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCC-CTCTTAAATTTAAGGATTTGG
326 AGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTC-CTTAGATTTAAGGATTTGG
* *
37125 TTTTATGAGCATCTAAATGTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-AAAAAAAGGAAAAACAA
390 TTTTATGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAAGGAAAAACAA
37189 TATTTGAAGTGTGAAAAGCATGTCAATCTTTTTGGCGCTGATTTATATATTTTTTAGGAGTATTT
455 TATTTGAAGTGTGAAAAGCATGTCAATCTTTTTGGCGCTGATTTATATATTTTTTAGGAGTATTT
* * *
37254 CGGCAAAGAATTGAGTAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGTCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTA
520 TGGCAAAGAATTGAGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTG-CAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
* * *
37319 CTAACCATAACGGTTTTTGGCTTAAAAGTAAAAATGTGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGCTT
584 CTAACCATCACGGTTTTTGGCTTAAAAGTAAAAATGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTT
37384 GATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAA
649 GATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAA
37411 TATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGTTTTATGAGCATCT
1 TATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGTTTTATGAGCATCT
37476 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAGGAAAAACAATATTTGAAGTGTG
66 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAGGAAAAACAATATTTGAAGTGTG
*
37541 AAAAGCATGTCAATCTTTTTGGCGCTGATTTATATATTTTTTAGGAGTATTTTGGCAAAGAATTG
131 AAAAGCATGTCAATCTTTTTGGCGCTGATTTATATATTTTTTAGGAGTATTTCGGCAAAGAATTG
*
37606 AGGAAAAAA-TTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGT
196 AGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGT
* * * *
37670 TTTTGGCTTAAAAGTATAAATGTGTTCCGGGGCCCCGGCTCATTTTTGCTCGATTTTTGGCAGAA
261 TTTTGGCTTAAAAGTAAAAATGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCAGAA
* * * *
37735 AGGCTCCATGAAATATCTATATTCAGTC-AACAAAATCTCAGCCTCTTTAGATTTAAGGATTTGG
326 AGACTCCTTGAAATATCTATATTCA-TCTAACCAAATCTCAGCCTCCTTAGATTTAAGGATTTGG
*
37799 TTTTATGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAGATTAATTCGGAGAAAAAAAGGAAAAA
390 TTTTATGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC---GAAAAAAAGGAAAAA
* ** *
37864 CAATACTTGAAGTGTGAAAAGCATGTCAATCTTTCAGGCGCTGGTTTATATATTTTTTAGGAGTA
452 CAATATTTGAAGTGTGAAAAGCATGTCAATCTTTTTGGCGCTGATTTATATATTTTTTAGGAGTA
37929 TTTTGGCAAAGAATTGAGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTG
517 TTTTGGCAAAGAATTGAGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTG
* * * *
37994 TACGT-----T-ACGGTTTTTGTCTTAAACGTAGAAATGCGTTCCGGGGCCCCGGCACAGTTTTG
582 TAC-TAACCATCACGGTTTTTGGCTTAAAAGTAAAAATGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTG
38053 CTTGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAA
646 CTTGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAA
38083 TATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGTTTTATGAGCATCT
1 TATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGTTTTATGAGCATCT
* * *
38148 GAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAAGAAAAACAATACTTGAAGTGTG
66 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAGGAAAAACAATATTTGAAGTGTG
* * * * * *
38213 AAAAGCATGACAATCTTTTTGGTGCTGATTTGTATACTTTTTAGCAGTATTTTGGCAAAGAATTG
131 AAAAGCATGTCAATCTTTTTGGCGCTGATTTATATATTTTTTAGGAGTATTTCGGCAAAGAATTG
38278 AGGAAAAAA-TTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGT
196 AGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGT
*
38342 TTTTGGCTTAAAAGTAAAAATGTGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCAGAA
261 TTTTGGCTTAAAAGTAAAAATGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCAGAA
*
38407 AGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGT
326 AGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGT
38472 TTTATGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAGGAAAAACAA
391 TTTATGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GAAAAAAAGGAAAAACAA
* *
38537 TATTTGAAGTGTGAAAAGCATGTCAATCGTTTTGGCGCTGATTTATATATTTATTAGGAGTATTT
455 TATTTGAAGTGTGAAAAGCATGTCAATCTTTTTGGCGCTGATTTATATATTTTTTAGGAGTATTT
*
38602 CGGCAAAGAATTGAGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC
520 TGGCAAAGAATTGAGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC
38667 TAACCATCACGGTTTTTGGCTTAAAAGTAAAAATGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTG
585 TAACCATCACGGTTTTTGGCTTAAAAGTAAAAATGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTG
38732 ATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAA
650 ATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAA
38758 TATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGTTTTATGAGCATCT
1 TATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGTTTTATGAGCATCT
38823 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAGG-AAAACAATATTTGAAGTGTG
66 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAGGAAAAACAATATTTGAAGTGTG
38887 AAAAGCATGTCAATCTTTTTGGCGCTGATTTATATATTTTTTAGGAGTATTTCGGCAAAGAATTG
131 AAAAGCATGTCAATCTTTTTGGCGCTGATTTATATATTTTTTAGGAGTATTTCGGCAAAGAATTG
* * *
38952 AGGAAAAAATTTTCCGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACTGT
196 AGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGT
* *
39017 TTTTGTCTTAAAAGTAAAAATGCATTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCAGAA
261 TTTTGGCTTAAAAGTAAAAATGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCAGAA
*
39082 AGATTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGT
326 AGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGT
39147 TTTATGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGACAAAAAAAAAGGAAAA
391 TTTATGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-G----AAAAAAAGGAAAA
* *
39212 ACAATATTTGAAGTGTGAAAAGTATGTCAATCTTTTTTGGCGCTGGTTTATATATTTTTTAGGAG
451 ACAATATTTGAAGTGTGAAAAGCATGTCAATC-TTTTTGGCGCTGATTTATATATTTTTTAGGAG
* * *
39277 TATTTTGGCAAAGAATTGAGGACAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAGTCG
515 TATTTTGGCAAAGAATTGAGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCG
* * * ***
39342 TGTACGAATCATCACGGTTTTTGGCTTAAAAGTAAAAATGCGTTCCTGGGCCCTTACTCAGTTTT
580 TGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTTAAAAGTAAAAATGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTT
*
39407 GCTTGATTTTTGGCAGAAATACTCCTTGAAA
645 GCTTGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAA
* *
39438 TATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGTTTTATGAGAATCT
1 TATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGTTTTATGAGCATCT
* * * *
39503 GAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAGATTAATTCGAAAAAAAAAAGGAAAAACAATACTTGAAGTG
66 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCG--GAAAAAAAGGAAAAACAATATTTGAAGTG
* * * ** *
39568 TGAAAAGCATGTCAATCTTTTTAGAGTTGATTTATATGCTTTTTAGGAGTATTTCAGCAAAGAAT
129 TGAAAAGCATGTCAATCTTTTTGGCGCTGATTTATATATTTTTTAGGAGTATTTCGGCAAAGAAT
*
39633 TGAGGAAAAAATTTCCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACG
194 TGAGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACG
* * *
39698 GTTTTTGGCGTAAAAGTAAAAATGCGTTCCGGGGGCCCTGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCAG
259 GTTTTTGGCTTAAAAGTAAAAATGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCAG
* * ** * *
39763 AATGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAATTCTCAGTAAT-ATTGGATTTAAGGATTT
324 AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAG-CCTCCTTAGATTTAAGGATTT
* * ** * * * **
39827 -GATTTATGAGCATCTGAATCATGTTTAAATTTTATTAGAGATTTATTCAGAAAAAATCTGAAAA
388 GGTTTTATGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GAAAAAA-AGGAAAA
* * * * * ** * * * *
39891 ACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCT-TTAATCTTTTTGGCTTTGAGTTATATATTTCTTATGAA
451 ACAATATTTGAAGTGTGAAAAG-CATGTCAATCTTTTTGGCGCTGATTTATATATTTTTTAGGAG
* * * * * *
39955 AACTGTGGCCAAA-ATTTGA-GAAAAAACCTTTC-GG-CAGTTTTTGCAAACTTTTAGCCGAAAT
515 TATTTTGG-CAAAGAATTGAGGAAAAAA-TTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAAT
40016 CGTGTACTA
578 CGTGTACTA
40025 TCCACCACAT
Statistics
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0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
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669 2 0.00
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671 2 0.00
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684 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.19, T:0.36
Consensus pattern (675 bp):
TATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGTTTTATGAGCATCT
GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAGGAAAAACAATATTTGAAGTGTG
AAAAGCATGTCAATCTTTTTGGCGCTGATTTATATATTTTTTAGGAGTATTTCGGCAAAGAATTG
AGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGT
TTTTGGCTTAAAAGTAAAAATGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCAGAA
AGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCTCCTTAGATTTAAGGATTTGGT
TTTATGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAAGGAAAAACAAT
ATTTGAAGTGTGAAAAGCATGTCAATCTTTTTGGCGCTGATTTATATATTTTTTAGGAGTATTTT
GGCAAAGAATTGAGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT
AACCATCACGGTTTTTGGCTTAAAAGTAAAAATGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGA
TTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAA
Found at i:40695 original size:334 final size:331
Alignment explanation
Indices: 40077--41431 Score: 1274
Period size: 334 Copynumber: 4.1 Consensus size: 331
40067 CTGTGTTTTG
* * * * * * *
40077 AGGATTTGTTTTTACTAGCATCTGAATCATGTTTAAATTTAATTAGAAATTAATTC-AGAAAAAT
1 AGGATTTTTTTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCAAAAAAAAA
* * * * * *
40141 AGGAAAAACGATATTAGAAGCGTTAGAAGACCTTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTT
66 AGGAAAAACAATATTAAAAGTGTGAAAAG-CCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTT
* * * *
40206 ATATGAATGTTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAAAAACCTTTC-CGTTCAAATTTTGCAAAATTTTA
130 TTATGAATATTGTGGCCAAAATTTGAGAAAAAAAA--TTTCGCG-TCAAGTTTTGCAAAATTTTA
* * * * * * * * * *
40270 GCCGAAATCGTTTATTATCCATCAC-AGGTTTTGCCCAAAAACACATTTCGGGCCACGTCTCAGT
192 ACCGAAATCGTGTACTATCCATCACGA-GTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGCCCCGGCTCAGT
* *
40334 TTTGCATGATTTTTGGCACCCAAACTCGTTAAAATATCTATATTCATATAACCAAATCTCAGCCA
256 TTTGCATGATTTTTGGCGCCAAAACTCGTTAAAATATCTATATTCATATAACCAAATCTCAGCCA
40399 CATTGGATTGA
321 CATTGGATTGA
* * * *
40410 AGGATTTTTTTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTTATTAGATATTATTTCGGAAAAAAA
1 AGGATTTTTTTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTC--AAAAAAA
* *
40475 AAAGGAAAAACAATATTAAAAGTGTGAAAAGCCCTTCAAT-TTTTTAGCATTGAATTATAAATTT
64 AAAGGAAAAACAATATTAAAAGTGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTT
* * * * * *
40539 TTTACGAGTACTGTGGCCGAAAA-TTGACACAAAAAAATTTCGCGTCAAGTTTTACAAAATCTTA
129 TTTATGAATATTGTGGCC-AAAATTTGAGA-AAAAAAATTTCGCGTCAAGTTTTGCAAAATTTTA
* * **
40603 ACCGAAATCGTGTAACTATCCATCACGAATTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGCCCCGGCTGTGT
192 ACCGAAATCGTGT-ACTATCCATCACGAGTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGCCCCGGCTCAGT
* * * * * *
40668 TTTGCATGATTTTTGGTGCCAAAACTCGTTAAAGTATTTATATTCATCTAACGAAATCTCAGACA
256 TTTGCATGATTTTTGGCGCCAAAACTCGTTAAAATATCTATATTCATATAACCAAATCTCAGCCA
*
40733 CATTGGATTTA
321 CATTGGATTGA
* * * * * * *
40744 AGGAATTTTTCTTACGAGCATCCGAATCATGTCATGTGTCAATTTAATCAAAAATTAATTCAGAA
1 AGGATTTTTTTTTACGAGCATCAGAATC---T--TGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCAAAA
* ** * * *
40809 AAAATAGG-AAAATGATATTAGAA-TCGTGAAACGCCATTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATAT
61 AAAAAAGGAAAAACAATATTAAAAGT-GTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATAT
* * * * * ** * * *
40872 ATTTCTTATGAGTTTTGTGGCCAAAATTTTAGGAAAAACCTTTAAG-GACAATTTTTGCAAAATT
125 ATTTTTTATGAATATTGTGGCCAAAATTTGAGAAAAAAAATTT-CGCGTCAAGTTTTGCAAAATT
* * * * * *
40936 TTAGA-TGAAATCATGTACTATCCATCATGAGTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGTCCGGGCTC
189 TTA-ACCGAAATCGTGTACTATCCATCACGAGTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGCCCCGGCTC
* * * *
41000 AGTTTTGAACT-ATTTTTGGCGCCCAAACTCGTTAAAATATCTCTATTCATTTAACCAAATCTCA
253 AGTTTTGCA-TGATTTTTGGCGCCAAAACTCGTTAAAATATCTATATTCATATAACCAAATCTCA
* *
41064 GCCATAATGGATTTG-
317 GCCACATTGGA-TTGA
* * * ** * * * *
41079 AGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGATTCTTATTTGGATTTTATTATAAATTAATTCGAAAATAAT
1 AGGATTTTTTTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTC-AAAAAAAA
* * *
41144 AA-GAAGAACAATATTAAAAGTGTTAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCACTGAATTATATATTTT
65 AAGGAAAAACAATATTAAAAGTGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTT
* * ** *
41208 TGATGAAAATTGTGG-CAAAATTTTGAGAAAAAACCTTTCGGGGT--AGTTTTTGCAAAATTTTA
130 TTATGAATATTGTGGCCAAAA-TTTGAGAAAAAAAATTTC-GCGTCAAG-TTTTGCAAAATTTTA
** * ** *
41270 GTCGAAATCGTGTACTATCCATCACG-GTTTTTGGCTAAAAATGCGTTTTGGGGCCCCGGGTCAG
192 ACCGAAATCGTGTACTATCCATCACGAG-TTTTGGCTAAAAACGCG-TTCCGGGCCCCGGCTCAG
* *
41334 TTTTGCATGATTTTTGGCAG--AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCA-AACCAAATCTCA
255 TTTTGCATGATTTTTGGC-GCCAAA-ACTCGTTAAAATATCTATATTCAT-ATAACCAAATCTCA
*
41396 GCCACATTGGATTTA
317 GCCACATTGGATTGA
* *
41411 TGGA-TTTTTTTTACAAGCATC
1 AGGATTTTTTTTTACGAGCATC
41432 TGTATCTAAT
Statistics
Matches: 825, Mismatches: 162, Indels: 72
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
330 28 0.03
331 154 0.19
332 76 0.09
333 80 0.10
334 171 0.21
335 146 0.18
336 98 0.12
337 52 0.06
339 20 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (331 bp):
AGGATTTTTTTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCAAAAAAAAA
AGGAAAAACAATATTAAAAGTGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTT
TATGAATATTGTGGCCAAAATTTGAGAAAAAAAATTTCGCGTCAAGTTTTGCAAAATTTTAACCG
AAATCGTGTACTATCCATCACGAGTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGCCCCGGCTCAGTTTTGC
ATGATTTTTGGCGCCAAAACTCGTTAAAATATCTATATTCATATAACCAAATCTCAGCCACATTG
GATTGA
Found at i:44591 original size:322 final size:318
Alignment explanation
Indices: 42775--45667 Score: 2851
Period size: 322 Copynumber: 8.9 Consensus size: 318
42765 AATCGTGTAC
* * * * *
42775 TGGCTAAAAACGCGTTTTGGGGCCTTCAGA-TTAGTTTTGCATGATTTTTGGCATAAAGACTCCT
1 TGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCC--CCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCT
* * * * *
42839 CGAAATATCTATATTCATCGAACTAAATCGCAGCCACATTGGATTTAAGGATCTGTTTTTACGAG
64 TGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAG
* ** *
42904 AATCTCCATCTTGTTTCGATTTAATTAGGAATTAATTC-GAAAAA--AAAAACGATATTAGAAGC
129 CATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGC
* * * * *
42966 GTGAAAAACCCTTCAACCTTTTTGGCGTTTAATTATATGTTTTTTTTTTAGTATTGTGGCAAAAA
194 GTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATAT-ATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAA
* *
43031 ATTGAG-AAAAAAATTTCCAGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTG---TACAATCGTTACGGTTTT
258 ATTGAGAAAAAAAATTT-CGGGTCAGCTTTTAGCCGAAATCGTGTATTACAATC---ACGGTTTT
** * * * * * *
43092 TGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCTTCGACTCAGTTTTGCATGGTTTATGTCATAAAGAATCCTTG
1 TGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTG
*
43157 AAATATCTACATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCA
66 AAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCA
* * * * *
43222 TCTCAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAAAATAGAAAAACAATATTATAA
131 TCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-G--GAAAAAT-GAAAAACGATATTAGAA
* * * * *
43287 GCAT-AAAAATCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAAATATATATTTTTTCTAAGTATTGTGGCAAA
192 GCGTGAAAAA-CCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAA
* * * *
43351 AAAATGACG-AAAAACATTTCGAGTCACTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACGTT--A
256 AAATTGA-GAAAAAAAATTTCGGGTCA------GC----TTTTAGCCGAAATCGTGTA--TTACA
*
43413 ATCACAGTTTTT
308 ATCAC-GGTTTT
* * ** * * *
43425 TGGCTATAAACACGTTTCGTAGCCCCGTCTCAATTTTGCATGATTTTTGG-TGTAAAGATTCCTT
1 TGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAG-AAAGACTCCTT
* * * *
43489 GAAATATCTATATTCATCGAACTAAATCTCAG-CA-ATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGA
65 GAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGC
* * *
43552 ATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATCGAAAAGCAATATTAGAAG
130 ATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG-AAAAAT-GAAAAACGATATTAGAAG
** * * * * * * * *
43617 CGTGAAAAATTCGTCAATCCTTTTGGCATTGAATTATATATTTATTCTGACTATTGTTGCGAAAA
193 CGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAA
* * * * *
43682 ATTGAGAAAAAAAAACTTTCGGGTCAGCTTTTATCCGAAATCATTTACTAACAATTACGGTTTT
258 ATTGAG-AAAAAAAA-TTTCGGGTCAGCTTTTAGCCGAAATCGTGTA-TTACAATCACGGTTTT
* * ** **
43746 TTGCTAAAAACGCGTTTCGGGACCCC-AGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGTTGAAACCCTCCTT
1 TGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGA-CTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTT
* * * *
43810 GAAATATCTATATTCATCTAACTAAATCTCAACCACATTGGATTTATGGATTTGTTTTTACGACC
65 GAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGC
* * * *
43875 ATCTAAATCTTGTTTTGATTTAATTAAAAATAAATTCGGAAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAG
130 ATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG----AAAAAT-GAAAAACGATATTAG
* * * * *
43940 AAACGTGAAAAATCCTGCAAT-TTTTTCTGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTTTTGTGGCA
190 AAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTT-GGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGC-
* * * * *
44004 AAAAAATTGAG-GAAAAACTTTCGGATCAGTTTTTAAAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTATAATC
253 AAAAAATTGAGAAAAAAAATTTCGGGTCAGCTTTT-----A-----GCCGAAATCGTGTATTA-C
44068 -ATCACGGTTTTT
307 AATCACGG-TTTT
* * ** ** * * *
44080 TTGCTAAAAACGCGTTCCGAAGTGCCGGCTCAATTTTTACATGTTTTTTGTG--GTAAAGACTCC
1 TGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAA-TTTTGCATGATTTTTG-GCAG-AAAGACTCC
* * * * *
44143 TTGAAATATCTATATTAATCTACCCAAATCTCAGCCACAATGAAGTTAA-GA-TT-TTTTTACGA
63 TTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGA
* * * * *
44205 GTATCTGAATCTTGGTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAATAATAGGAAAAATGATATTA
128 GCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCG-GAAA-AAT--GAAAAACGATATTA
* * * ** *
44270 GAAGCGTGAAAAACCCCGTCAATCTTTTTGGTGTTGAA-TATATGTTTTTGCTGAATATTGTGGC
189 GAAGCGTGAAAAA-CCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGC
*
44334 AAAAAATTGAGAAAAAAAAATTTCGGGTCAGCTTTTAGCCGAAAACGTGTATTACCATATCACGG
253 AAAAAATTGAG-AAAAAAAATTTCGGGTCAGCTTTTAGCCGAAATCGTGTATTA-CA-ATCACGG
44399 TTTT
315 TTTT
* * *
44403 TGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAATTTTGAATGATTTTTGGCAGAAATACTCCTTG
1 TGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTG
* * *
44468 AAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTAAGCCACATTGGATTTATGGATTTATTTTTACGAGCA
66 AAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCA
* * * *
44533 TCT-AAGTATTGTTTTGATTTAATTAGAAATAAACTCGGAAAAATGTAAAAACGATATTAGAAGC
131 TCTGAA-TCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAATG-AAAAACGATATTAGAAGC
* * *
44597 GTGAAAAATCCTTCAATCTTTTTGGTGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAA
194 GTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAA
* * * *
44662 TTGAGAAAAAAATTTTCAGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACACCATCACGGTTTT
259 TTGAGAAAAAAAATTTCGGGTCAGCTTTTAGCCGAAATCGTGTA-TTACA--ATCACGGTTTT
* * ** * * *
44725 TAGCTAAAAACGTGTTTCGGGGCTTCGACT-AAGTTTTGCATGATTTTTGGTATAAATACTCCTT
1 TGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAA-TTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTT
*
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*
44854 ATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCGGGAAAAAAATTGAAAAAACGATATTAG
130 ATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GG--AAAAA-TG-AAAAACGATATTAG
* *
44919 AAGCGTGAAAAAACCCTTCAATTTTTTTAGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGC-
190 AAGCGTG-AAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCA
* **
44983 AAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTA-AG
254 AAAAATTGAGAAAAAAAATTTCGGGTCA------GC----TTTTAGCCGAAATCGTGTATTACA-
45047 CATCACGGTTTT
308 -ATCACGGTTTT
* * * *
45059 TGGTTAAAAACGTGTTCCGGAGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGC-GTAAAGACTCCTT
1 TGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAG-AAAGACTCCTT
* *
45123 GAAATATGTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAATAAGGATTTGTTTTTACG
65 GAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGA-TT--TAAGGATTTGTTTTTACG
* * *
45188 ACCTTCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTATAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAAAACGATAT
127 AGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG--AAAAAT-G--AAAAACGATAT
* * * *
45253 TAAAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAAATTATATATTTTTTATAAGTATTGTG
187 TAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTG-AATTATATATTTTTTATGAGTATTGTG
* * ** * * * ** *
45318 GCAAAAAATTTAGAAAATATTTTTCGGATCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCGTCACAG
251 GCAAAAAATTGAGAAAAAAAATTTCGGGTCAGCTTTTAGCCGAAATCGTGTA-TTACAATCACGG
45383 TTTT
315 TTTT
* * * * * * * * *
45387 TGGCTAAAAACGCATTTTGGGGCCTCGACTTAGTTTTGCTTGGTTTTTGTCATAAAGACTCCTTG
1 TGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTG
* *
45452 AAATATCTATATTCATCTAACTAAATCTCAGCCGCATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCA
66 AAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCA
* * *
45517 TCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGTAATAAATTCGAAAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGA
131 TCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCG----GAAAAAT-GAAAAACGATATTAGA
* **
45582 AGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCA-GAGTATTGTGATAA
191 AGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTT-ATGAGTATTGTGGCAA
* *
45646 AAATTTGGGAAAAAAACATTTC
255 AAAATTGAGAAAAAAA-ATTTC
45668 AAATCAGTTT
Statistics
Matches: 2152, Mismatches: 311, Indels: 218
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
315 2 0.00
316 122 0.06
317 22 0.01
320 6 0.00
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Consensus pattern (318 bp):
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AAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCA
TCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGT
GAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATT
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Found at i:44809 original size:979 final size:973
Alignment explanation
Indices: 41532--45679 Score: 4101
Period size: 979 Copynumber: 4.3 Consensus size: 973
41522 TATGCTTTTT
* * * * * * * ** * *
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* * ** *
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* * * **
41662 ATTAATTCGGAAAAAATTGGAAAAAAGATATTACAAGCGTG-AAAAGCCCGCATATCTTTTTGGC
130 ATTAATTCGGAAAAAA-T-GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCA-ATCTTTTTGGC
* * * * * *
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192 GTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAATTTCAGG-TCAGT
* * *
41789 TTTTAG-C-----C--G-AAATCACGGATTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCAGGTCAGT
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* * * * * *
41845 TTTGCATGATTTTAGGCAGAAAGAATCCTTGAAATATCTACATTCATCTAACCAAATCTTAGCTA
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* * *
41910 CATTGGATTTAAGGGTTTGTTTTTACGAGCATCCCAATCTTGTTTCGACTTAATTAGAAATAAAT
385 CATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAAT
* * * * * * *
41975 TC-AGAAAGAAATAGAAAAACAATATTAGAAGCAT-AAAAATCCCTTCAATTTTTTTGGTGTTGA
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* * * * * * * *
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514 ATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACATTTCGGA-TCAGTTTTTG
* * *
42102 CAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGTTC
578 CAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGAG-TC
* * * *
42167 CCGGCTCAGTTTTGA-ATGATTTTTGGCCG-AAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACC
642 CCGACTCAATTTTTACATGATTTTTGG-CGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACC
* * * ** *
42230 AAATCTCAGCCAC-AT-TAGATTGAAGCATTTGTTTTTATGAGCATCTGAATCTCATTTGGATTT
706 AAATCTCAGCCACAATGAAG-TT-AAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTT
* * * * *
42293 AATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAAAAATTGAAAAACTATATTAGAAGCTTGAAAAACCCC-AC
769 AATTAGAAATTAATTCGG-AAAAAAAATA-GGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCCGTC
* * *
42357 AAT-TTTCTTGGCGTT-AAATTATATATTTTTTCTTAGTATTATGGCAAAAAATTGAGGAAAAAC
832 AATCTTT-TTGGCGTTGAAATTATATATTTTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAC
* * * ** ** ** * * *
42420 CTTTCGGTTCAG-TTTTTGCAAAATTATAGCAGAAATTGTGTATC-ATCATAATTTTTGGCTAAA
896 ATTTCGGGTCAGCTTTTAGCCGAA--A-A-C-G-TGTACT-TACCAATCACAGTTTTTGGCTAAA
* * * *
42483 AATGTGTTCCGGAGCCCTGG
954 AACGCGTTTCGGAGCCCCGG
* * *
42503 CTCAATTTTGCATGATTTTTGGTG-AA-A-TCATTG-GAT-T-TAATATTCATCGAACCAAATCT
1 CTCAATTTTGCATGATTTTTGGAGAAAGACTCCTTGAAATATCT-ATATTCATCGAACCAAATCT
* *
42562 CAGCCACATTGGATTTAAGTATTTGTTTTTACGAGAATCTCAATCTT-TTTTCGATATAATTAGA
65 CAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTCAATCTTGTTTT-GATTTAATTAGA
* * *
42626 AATTAATTTGGAAAAAAAATGAAAACCCGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATCTTTTCGG
129 AATTAATTCGG--AAAAAATGAAAA-ACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATCTTTTTGG
* * *
42691 -GTTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTATGGC-AAAAATTTAGAAAAAAAATTTCGGGTCAG
191 CG-TTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAATTTCAGGTCAG
* * * * * * *
42754 TTTTTATCTGAAATCGTG----T-AC-----TGGCTAAAAACGCGTTTTGGGGCCTTCAGATTAG
255 TTTTTAGCCGAAATCGTGTAAATCACGGTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCC-CCAGCTAAG
* * * *
42809 TTTTGCATGATTTTTGGCATAAAGACTCCTCGAAATATCTATATTCATCGAACTAAATCGCAGCC
319 TTTTGCATGATTTTTGGCATAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCC
* * * * *
42874 ACATTGGATTTAAGGATCTGTTTTTACGAGAATCTCCATCTTGTTTCGATTTAATTAGGAATTAA
384 ACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAA
** * *
42939 TTCG----AAAAA---AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAACCTTTTTGGCGTTTA
449 TTCGAAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTAGCGTTGA
* * * * *
42997 ATTATATGTTTTTTTTTTAGTATTGTGGCAAAAAATTGA-GAAAAAAATTTC----CAG---GT-
514 ATTATAT-ATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACATTTCGGATCAGTTTTTG
** * * * * *
43053 C-AGTTTTTAGCCGAAATCGTGTAC-AATCGTTACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCT
578 CAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGAGTC-
* * * * * * * * *
43116 TCGACTC-AGTTTTGCATGGTTTATGTCATAAAGAATCCTTGAAATATCTACATTCATCTAACCA
642 CCGACTCAATTTTTACATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCA
* * * *
43180 AATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGATTTAAT
707 AATCTCAGCCACAATGAAGTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT
* * * * * * * *
43245 TAGAAATAAATTCAGAAAAAAAATA-GAAAAACAATATTATAAGCAT-AAAAATCCCTTCAATTT
772 TAGAAATTAATTCGGAAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCCGTCAATCT
*
43308 TTTTGGCGTTGAAA-TATATATTTTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAAATGACG-AAAAACATTTC
837 TTTTGGCGTTGAAATTATATATTTTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAATTGA-GAAAAAACATTTC
* * * *
43371 GAGTCACTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACGTT---AATCACAGTTTTTTGGCTATA
901 GGGTCA------GC----TTTTAGCCGAAAACGTGTAC-TTACCAATCACAG-TTTTTGGCTAAA
* * *
43433 AACACGTTTCGTAGCCCCGT
954 AACGCGTTTCGGAGCCCCGG
* * *
43453 CTCAATTTTGCATGATTTTTGGTGTAAAGATTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACTAAATCT
1 CTCAATTTTGCATGATTTTTGGAG-AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCT
* *
43518 CAG-CA-ATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAA
65 CAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTCAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAA
* * * * * *
43581 ATTAATTCGGAAAAAATCGAAAAGCAATATTAGAAGCGTGAAAAATTCGTCAATCCTTTTGGCAT
130 ATTAATTCGGAAAAAAT-GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATCTTTTTGGCGT
* * * * * *
43646 TGAATTATATATTTATTCTGACTATTGTTGCGAAAAATTGAGAAAAAAAAACTTTCGGGTCAGCT
194 TGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG-AAAAAAAA-TTTCAGGTCAGTT
* * * * *
43711 TTTATCCGAAATCATTTACTAACAATTACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGACCCCAGCT
257 TTTAGCCGAAATC--GT-GT-A-AATCACGG-TTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCAGCT
* ** *
43776 CAA-TTTTGCATGATTTTTGG-TTGAAACCCTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACTAAATCT
316 -AAGTTTTGCATGATTTTTGGCAT-AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
* * * * * *
43839 CAACCACATTGGATTTATGGATTTGTTTTTACGACCATCTAAATCTTGTTTTGATTTAATTAAAA
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* * *
43904 ATAAATTCGGAAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAACGTGAAAAATCCTGCAATTTTTTCT-
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*
43968 GCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTTTTGTGGCAAAAAAATTGAGGAAAAAC-TTTCGGATCA
507 GCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGC-AAAAAATTGAGGAAAAACATTTCGGATCA
** * *
44032 GTTTTTAAAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTA-TAATCATCACGGTTTTTTTGCTAAAAACGCGTT
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* * * *
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* * *
44160 ATCTACCCAAATCTCAGCCACAATGAAGTTAA-GA-TT-TTTTTACGAGTATCTGAATCTTGGTT
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* * *
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* * *
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* *
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891 AAAACATTTCGGGTCAGCTTTTAGCCGAAAACGTGTACTTACCA-ATCACAGTTTTTGGCTAAAA
*
44412 ACGCGTTTCGGGGCCCCGG
955 ACGCGTTTCGGAGCCCCGG
* * *
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1 CTCAATTTTGCATGATTTTTGG-AGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCT
* * * * *
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* * *
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129 AATTAATTCGGAAAAAATG-AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATCTTTTTGGCG
* * *
44624 TTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCAGGTCAGTTT
193 TTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAATTTCAGGTCAGTTT
* **
44689 TTAGCCGAAATCGTGTACTAACACCATCACGGTTTTTAGCTAAAAACGTGTTTCGGGGCTTC-GA
258 TTAGCCGAAATCGTG---T-A-A--ATCACGGTTTTT-GCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCAG-
* *
44753 CTAAGTTTTGCATGATTTTTGGTATAAATACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
314 CTAAGTTTTGCATGATTTTTGGCATAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
* * *
44818 CAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAA
379 CAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAA
* * * *
44883 ATTAATTCGGGAAAAAAATTGAAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAAACCCTTCAATTTTTTTA
444 ATAAATTC-GAAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTG-AAAAACCCTTCAATTTTTTTA
* *
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* * * *
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* * *
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* * ** * *
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* *
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* ** * * * * *
45333 AATATTTTTCGGATCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACC-GTCACAGTTTTTGGCTAAAAA
891 AAAACATTTCGGGTCAGCTTTTAGCCGAAAACGTGTACTTACCAATCACAGTTTTTGGCTAAAAA
* * * * *
45397 CGCATTTTGGGGCCTCGA
956 CGCGTTTCGGAGCCCCGG
* * * * * * * *
45415 CTTAGTTTTGCTTGGTTTTTGTCATAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACTAAATCT
1 CTCAATTTTGCATGATTTTTG-GAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCT
* * * * *
45480 CAGCCGCATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGTA
65 CAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTCAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAA
* * * *
45545 ATAAATTCGAAAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGG
130 ATTAATTCG---GAAAAAAT-GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATCTTTTTGG
* ** * * **
45610 CGTTGAATTATATATTTTTTCAGAGTATTGTGATAAAAATTTGGGAAAAAAACATTTCAAATCAG
191 CGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAA-ATTTCAGGTCAG
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255 TTTTT
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Consensus pattern (973 bp):
CTCAATTTTGCATGATTTTTGGAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTC
AGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTCAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAA
TTAATTCGGAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATCTTTTTGGCGTTG
AATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAATTTCAGGTCAGTTTTTA
GCCGAAATCGTGTAAATCACGGTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCAGCTAAGTTTTGCA
TGATTTTTGGCATAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGG
ATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGAAA
AAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTAGCGTTGAATTATAT
ATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACATTTCGGATCAGTTTTTGCAAAATTT
TAGCCGAAATCGTGTACTAATCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGAGTCCCGACTCAA
TTTTTACATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGC
CACAATGAAGTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTA
ATTCGGAAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCCGTCAATCTTTTTGGCGT
TGAAATTATATATTTTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACATTTCGGGTCAGCTT
TTAGCCGAAAACGTGTACTTACCAATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCGG
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58928 CTGAAGCATT
58938 GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA
1 GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA
58980 GA
1 GA
58982 CCTCCTAAGC
Statistics
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GA
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64328 TTTTTACCAT
* * * *
64338 GTTTATGATTGTTTTAGTTTAATTTCCCGCGTAATTATCATTTAAATTATACTAACTGTCATCTG
1 GTTTATAATTGTTTTAGTTTAATTTCCCGCGTAATTATCATTTAAATTATACTAACCGTTATCCG
* *
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* *
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* *
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1 G-TT-TA-TAATTGTTTTAGTTTAATTTCCCGCGTAATTATCATTTAAATTATACTAACCGTTAT
*
64543 CCGTACAAACAGACACTGACAAATA-TGGATCGTCGTTAACGATCTGTGATCCGATGATTAAAAG
63 CCGTACAAACAGACA-TGACAAATACT-GATCATCGTTAACGATCTGTGATCCGATGATTAAAAG
64607 TATGACACGTGTTGAAA
126 TATGACACGTGTTGAAA
*
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1 GTTTATAATTGTTTTAGTTTAATTTCCCGCGTAATTATCATTTAAATTATACTAACCGTTATCCG
* * *
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66 TACAAACAGACA-TGACAAATACTGATCATCGTTAACGATCTGTGATCCGATGATTAAAAGTATG
64754 ACACGTGTTGAAA
130 ACACGTGTTGAAA
* * *
64767 GTTTAT-ATTGTTTTGGTTTAATTTCCCGCGTAATTATCATTTAAATTATATTAACCGTTATTCG
1 GTTTATAATTGTTTTAGTTTAATTTCCCGCGTAATTATCATTTAAATTATACTAACCGTTATCCG
* * * * **
64831 TACAAACAGATAAGACAAATA---A-CACCGTTAACGATCTGTAATCTAATGATTAAAAGTATGA
66 TACAAACAGACATGACAAATACTGATCATCGTTAACGATCTGTGATCCGATGATTAAAAGTATGA
64892 CACGTGTT
131 CACGTGTT
64900 AACAGTATGA
Statistics
Matches: 386, Mismatches: 25, Indels: 25
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Matches are distributed among these distances:
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GTTTATAATTGTTTTAGTTTAATTTCCCGCGTAATTATCATTTAAATTATACTAACCGTTATCCG
TACAAACAGACATGACAAATACTGATCATCGTTAACGATCTGTGATCCGATGATTAAAAGTATGA
CACGTGTTGAAA
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Alignment explanation
Indices: 65004--65180 Score: 205
Period size: 68 Copynumber: 2.6 Consensus size: 68
64994 CTCTGATACG
* * * * * * ** *
65004 TATTAACTGACACAAAA-ATACTGATCATTATTTACGATTTGCGATTTTAGGATTAAAAGTATGA
1 TATTAACTGACACAAAAGATATTGATCATCATTTACGATCTGAGATCTGACCACTAAAAGTATGA
65068 CAC
66 CAC
* *
65071 ATATTAACTGACACAAAAGATATTGATCATCATTTACGATCTGAGATCTGACCACTAGAATTATG
1 -TATTAACTGACACAAAAGATATTGATCATCATTTACGATCTGAGATCTGACCACTAAAAGTATG
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65 ACAC
* *
65140 T-TTGAACAGACACAAAAGATATTGATCATCATTTAAGATCT
1 TATT-AACTGACACAAAAGATATTGATCATCATTTACGATCT
65181 ACAATCTAAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TATTAACTGACACAAAAGATATTGATCATCATTTACGATCTGAGATCTGACCACTAAAAGTATGA
CAC
Found at i:67459 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 67439--67487 Score: 53
Period size: 17 Copynumber: 2.9 Consensus size: 16
67429 ACAACGTAAT
67439 AAAAAAAAAACAAAAC
1 AAAAAAAAAACAAAAC
** *
67455 GAAAACGAAAACGAAAC
1 -AAAAAAAAAACAAAAC
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1 AAAAA-AAAAACAAAA
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Statistics
Matches: 25, Mismatches: 6, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (16 bp):
AAAAAAAAAACAAAAC
Found at i:67488 original size:7 final size:6
Alignment explanation
Indices: 67439--67495 Score: 57
Period size: 6 Copynumber: 9.8 Consensus size: 6
67429 ACAACGTAAT
* * *
67439 AAAAA- AAAAAC -AAAAC GAAAAC GAAAAC -GAAAC AAAAAC AAAAAC
1 AAAAAC AAAAAC AAAAAC AAAAAC AAAAAC AAAAAC AAAAAC AAAAAC
67484 AAAAAC AGAAAA
1 AAAAAC A-AAAA
67496 ACGAAAACTA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 2, Indels: 6
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AAAAAC
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Indices: 67445--67503 Score: 59
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67435 TAATAAAAAA
* * *
67445 AAAAC- AAAACG AAAACG AAAACG -AAACA AAAACA AAAACA AAAACAG
1 AAAACG AAAACG AAAACG AAAACG AAAACG AAAACG AAAACG AAAAC-G
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1 -AAAACG AAAAC
67504 TATGCTAAAT
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 2, Indels: 7
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AAAACG
Found at i:71511 original size:30 final size:30
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Indices: 71475--71595 Score: 163
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71465 TTGACAGCTA
*
71475 ATGCACCTGCTTCAACTGTCCAATCTTCTC
1 ATGCACCTGCATCAACTGTCCAATCTTCTC
* *
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1 ATGCACCTGCATCAACTGTCCAATCTTCTC
* *
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1 ATGCACCTGCATCAACTGTCCAATCTTCTC
* *
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1 ATGCACCTGCATCAACTG-TCCAATCTTCTC
71595 A
1 A
71596 ACCGGTAGTA
Statistics
Matches: 80, Mismatches: 10, Indels: 2
0.87 0.11 0.02
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ATGCACCTGCATCAACTGTCCAATCTTCTC
Done.