Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01016381.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig16414, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Indices: 5621--5664 Score: 54
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
5611 AAGAATTTTG
* *
5621 TTAAACCATCTTTAATATTAGC
1 TTAAACAATCTTTAATAGTAGC
5643 TTAAACAATCTTTACA-AGTAGC
1 TTAAACAATCTTTA-ATAGTAGC
5665 ATTAGGCATG
Statistics
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0.83 0.09 0.09
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22 18 0.95
23 1 0.05
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TTAAACAATCTTTAATAGTAGC
Found at i:15070 original size:41 final size:41
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Indices: 15013--15093 Score: 162
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15003 TTAAATATTC
15013 CTTGTTCTCCTCACCGCTCTTATCGCCTTCTTTCGTAATTT
1 CTTGTTCTCCTCACCGCTCTTATCGCCTTCTTTCGTAATTT
15054 CTTGTTCTCCTCACCGCTCTTATCGCCTTCTTTCGTAATT
1 CTTGTTCTCCTCACCGCTCTTATCGCCTTCTTTCGTAATT
15094 CCGGCGCAAA
Statistics
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1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
41 40 1.00
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CTTGTTCTCCTCACCGCTCTTATCGCCTTCTTTCGTAATTT
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Indices: 15890--15966 Score: 138
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15880 ATTCCTATGT
15890 AATATATATAATAACTAAAATACTTACATTAATTAAATGC
1 AATATATATAATAACTAAAATACTTACATTAATTAAATGC
*
15930 AATAT-TATAATAACTGAAATACTTACATTAATTAAAT
1 AATATATATAATAACTAAAATACTTACATTAATTAAAT
15967 TCTTAGGTAT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 1, Indels: 1
0.95 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
39 31 0.86
40 5 0.14
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AATATATATAATAACTAAAATACTTACATTAATTAAATGC
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Indices: 16072--16479 Score: 684
Period size: 199 Copynumber: 2.0 Consensus size: 204
16062 TTCCTTAATA
* *
16072 ATAAATAAATCGGATCTTAATATCTTTTATAATTTTGAACTTTTTTTTTGACATTGATCTAATTT
1 ATAAATAAATCGGATCTTAATATCTTTTATAATTTTGAACATTTTGTTTGACATTGATCTAATTT
*
16137 AATTTAATAAATCAACCACTAATGTTCAACTAATTTTTTTTGGTATAGTTCTATATATATAATAG
66 AATTTAATAAATCAACCACTAATGTTCAACTAATTTTTTTTGGTATAGTTCTATATATATAATAA
*
16202 TAATGTGTTGTATCTTATTCACTACAACTTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAATAT
131 TAATGTGTTGTATCTTATTCACTACAACTTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAACAT
* *
16267 TCACCTTTG
196 TCAACATTG
*
16276 ATAAATTAATCGGATCTTTAATATCTTTTATAATTTTGAA-ATTTTGTTTGACATTGATCTAATT
1 ATAAATAAATCGGATC-TTAATATCTTTTATAATTTTGAACATTTTGTTTGACATTGATCTAATT
*
16340 TAATTTAATAAATCAA-C-C-AATGTTCAACTACTTTTTTTTGGTATAGTT-T-TATATATAATA
65 TAATTTAATAAATCAACCACTAATGTTCAACTAATTTTTTTTGGTATAGTTCTATATATATAATA
*
16400 ATAATGTGTTGTATCTTATTCACTACAACTTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAAAATTTAATAACA
130 ATAATGTGTTGTATCTTATTCACTACAACTTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAACA
16465 TTCAACATTG
195 TTCAACATTG
16475 ATAAA
1 ATAAA
16480 GTTATTAAGC
Statistics
Matches: 194, Mismatches: 9, Indels: 7
0.92 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
199 86 0.44
200 1 0.01
201 29 0.15
202 1 0.01
203 1 0.01
204 53 0.27
205 23 0.12
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ATAAATAAATCGGATCTTAATATCTTTTATAATTTTGAACATTTTGTTTGACATTGATCTAATTT
AATTTAATAAATCAACCACTAATGTTCAACTAATTTTTTTTGGTATAGTTCTATATATATAATAA
TAATGTGTTGTATCTTATTCACTACAACTTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAACAT
TCAACATTG
Found at i:17040 original size:36 final size:36
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Indices: 16993--17062 Score: 113
Period size: 36 Copynumber: 1.9 Consensus size: 36
16983 GAGATTTTGG
* *
16993 AGAAATATGATAATCAAAATTACAAAAAATGTAATA
1 AGAAATATGATAACCAAAATCACAAAAAATGTAATA
*
17029 AGAAATATGATAACCAAAATCACAAAAGATGTAA
1 AGAAATATGATAACCAAAATCACAAAAAATGTAA
17063 GGTTATTGAA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 3, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
36 31 1.00
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Consensus pattern (36 bp):
AGAAATATGATAACCAAAATCACAAAAAATGTAATA
Found at i:18647 original size:295 final size:295
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Indices: 18073--18655 Score: 1132
Period size: 295 Copynumber: 2.0 Consensus size: 295
18063 GTAAAATACC
18073 TTTTTGGAATTTGGATAACCAATACAAGTTTTTTAGTAATTTTAGGTAAGAGAATTGATAACTAT
1 TTTTTGGAATTTGGATAACCAATACAAGTTTTTTAGTAATTTTAGGTAAGAGAATTGATAACTAT
*
18138 CTTATTACCTAAGTTACGAAGGATTTAATGTTACTTAATTTTTATTGATAGCATCGTAGCCTTTT
66 CTTATTACCTAAGTTACGAAGGATTTAAGGTTACTTAATTTTTATTGATAGCATCGTAGCCTTTT
18203 TAATAACCTCTAAAGGTTTTTTTTGGTTACTTATGTAAGAAAATCGGTATTAATTACTTACTAAA
131 TAATAACCTCTAAAGGTTTTTTTTGGTTACTTATGTAAGAAAATCGGTATTAATTACTTACTAAA
18268 TATGTAAGATATCAATTAAGAATATAATTAAGGTTGTTAAATTTGTTAATAGCATCATGCCTCGG
196 TATGTAAGATATCAATTAAGAATATAATTAAGGTTGTTAAATTTGTTAATAGCATCATGCCTCGG
*
18333 TCCTAAAACGTCTTTTTTAGGCATCTAAAATGTCT
261 TCCTAAAACGTCTTTTTTAGACATCTAAAATGTCT
18368 TTTTTGGAATTTGGATAACCAATACAAGTTTTTTAGTAATTTTAGGTAAGAGAATTGATAACTAT
1 TTTTTGGAATTTGGATAACCAATACAAGTTTTTTAGTAATTTTAGGTAAGAGAATTGATAACTAT
18433 CTTATTACCTAAGTTACGAAGGATTTAAGGTTACTTAATTTTTATTGATAGCATCGTAGCCTTTT
66 CTTATTACCTAAGTTACGAAGGATTTAAGGTTACTTAATTTTTATTGATAGCATCGTAGCCTTTT
18498 TAATAACCTCTAAAGGTTTTTTTTTGGTTACTTATGTAAGAAAATCGGTATTAATTACTTACTAA
131 TAATAACCTCTAAAGG-TTTTTTTTGGTTACTTATGTAAGAAAATCGGTATTAATTACTTACTAA
18563 ATATGTAAGATATCAATTAAGAATATAATTAAGGTTGTTAAATTTGTTAATAGCATCATGCCTCG
195 ATATGTAAGATATCAATTAAGAATATAATTAAGGTTGTTAAATTTGTTAATAGCATCATGCCTCG
18628 GTCCTAAAACGTC-TTTTTAGACATCTAA
260 GTCCTAAAACGTCTTTTTTAGACATCTAA
18656 TAAAAAAAAC
Statistics
Matches: 285, Mismatches: 2, Indels: 2
0.99 0.01 0.01
Matches are distributed among these distances:
295 159 0.56
296 126 0.44
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.15, T:0.41
Consensus pattern (295 bp):
TTTTTGGAATTTGGATAACCAATACAAGTTTTTTAGTAATTTTAGGTAAGAGAATTGATAACTAT
CTTATTACCTAAGTTACGAAGGATTTAAGGTTACTTAATTTTTATTGATAGCATCGTAGCCTTTT
TAATAACCTCTAAAGGTTTTTTTTGGTTACTTATGTAAGAAAATCGGTATTAATTACTTACTAAA
TATGTAAGATATCAATTAAGAATATAATTAAGGTTGTTAAATTTGTTAATAGCATCATGCCTCGG
TCCTAAAACGTCTTTTTTAGACATCTAAAATGTCT
Found at i:26460 original size:46 final size:46
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Indices: 26393--26484 Score: 184
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26383 CACTATTTTA
26393 CCCTTCATAAATAGATAGCACTTCAATGAACTCGTTAACAAATTTC
1 CCCTTCATAAATAGATAGCACTTCAATGAACTCGTTAACAAATTTC
26439 CCCTTCATAAATAGATAGCACTTCAATGAACTCGTTAACAAATTTC
1 CCCTTCATAAATAGATAGCACTTCAATGAACTCGTTAACAAATTTC
26485 ACTTGAAACA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
46 46 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.24, G:0.09, T:0.30
Consensus pattern (46 bp):
CCCTTCATAAATAGATAGCACTTCAATGAACTCGTTAACAAATTTC
Found at i:30409 original size:19 final size:21
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Indices: 30379--30442 Score: 78
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30369 TTGACACTGT
* *
30379 TTAGCAACTGTATAGATGAGA
1 TTAGCTACTGTACAGATGAGA
*
30400 TTA-C-ACTGTACAGATTAGA
1 TTAGCTACTGTACAGATGAGA
*
30419 TTAGCTATTGTACAGATGAGA
1 TTAGCTACTGTACAGATGAGA
30440 TTA
1 TTA
30443 TTAGAGCAGG
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 4, Indels: 4
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
19 16 0.43
20 2 0.05
21 19 0.51
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.20, T:0.33
Consensus pattern (21 bp):
TTAGCTACTGTACAGATGAGA
Found at i:33339 original size:322 final size:322
Alignment explanation
Indices: 31362--33729 Score: 2372
Period size: 322 Copynumber: 7.3 Consensus size: 322
31352 TCACAGTTTT
* * * * * *
31362 TTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCAAGG-TCTCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCAGAAAGACT
1 TTTTAGGCTAAAAACGCGTTTC-GGGTTCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAAACT
** * * * *
31426 CCTTGAAATATCTATATCCATATAACCAAGTCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTATTTTTAC
65 CCTTGAAATATCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
* * * * * * *
31491 TAGCATCTGAATCTTGATTCTATTTAATTAGAAAATAATTAGGGAAAAAA-GGAAAAATGATATT
130 GAGCATCTAAATCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTAATT-CGGAAAAAATGGAAAAACGATATT
* * *
31555 AGAAGCGTGAAAACCCCGTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATATTTTCTTAGTATTGTGGG
194 AGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTTTAGTATTGT-GG
* * * * * *
31620 AAAAAAATTCCGGAAAAAAAAAATTTCTGGATCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCA
258 -CAAAAATTTCGG-GAAAAAAATTTTC-GGGTCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCA
31685 CGG
320 CGG
* * *
31688 TTTTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGG-GCCTCGGCTCAGGTTTGCATGATTTTTGGCAG-AA
1 ----TTTTAGGCTAAAAACGCGTTTCGGGTTCC-CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAA
* * * * * *
31751 AACTACTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCGCATTGGATATAAGGATTTGGTT
61 AACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTT
* *
31816 TTACGAGCACCTAAATCTTGTTTCCATTTAAATAGAAATTAATTCGGGAAAAAAATGGAAAAACG
126 TTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTAATTC-GG-AAAAAATGGAAAAACG
* * *
31881 ATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGGCGTTGAATTATATAT-TCTTTCTGAGCA
189 ATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTT-GGCGTTGAATTATATATAT-TTTTTTAGTA
* * ** * *
31945 TTATGGCAAAAA-ATCCAGAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCA
252 TTGTGGCAAAAATTTCGGGAAAAAAATTTTCGGGTCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCA
* **
32009 CCACAA
317 TCACGG
* * *
32015 TTTTCGGGCTAAAAACGCGTTTCGGGTACCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGGCAGAAAGAC
1 TTTT-AGGCTAAAAACGCGTTTCGGGTTCCCGGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTTGGCAGAAAAAC
* ** ** *
32080 TCCTTCAAATATCTCGATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGAGATAAAGATTTGTTTTTA
64 TCCTTGAAATATCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTA
*
32145 CGAGCATCTAAATCTTGTTTCCATTTAATTATAAATTAATTCGGAAAAAACTGGAAAAACGATAT
129 CGAGCATCTAAATCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAA-TGGAAAAACGATAT
* * * *
32210 TAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGCGTTGAAATATATATA-GTTTTTAGTATTGTGG
193 TAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTTTAGTATTGTGG
* *
32274 -AAAAAGTTTCGGGAAAAAATTTTTCGGGT-AAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACGT---TATCA
258 CAAAAA-TTTCGGGAAAAAAATTTTCGGGTCAA-TTTTTAGCCGAAATCGTGTAC-TAACCATCA
32334 CGG
320 CGG
* * * * *
32337 TTTTAGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCTT--CGACTCAGTTTTGCATGGTTTTTTGCATAAAAAA
1 TTTTAGGCTAAAAACGCGTTTC-GGG-TTCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAAAC
* ** * *
32400 TCCTTCAAATATCTATATTTATCTAATTAAATCTCAGCCACAGTGGATTTAAGGATTTGTTTCTA
64 TCCTTGAAATATCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTA
** * *
32465 CGAGCATCTAAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAA-TAAGTTCAGCAAAAAA-GGAAAAACAATA
129 CGAGCATCTAAATCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTAA-TTC-GGAAAAAATGGAAAAACGATA
* * * * *
32528 TTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATAT-TTTTTTTTCTCAGCATTG
192 TTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTT-T-AGTATTG
* * * *
32592 TGGCAAAAAATT-GAGG-AAAAACTTTTCGGCTAAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATTGTGT
255 TGGCAAAAATTTCG-GGAAAAAAATTTTCGG----G----T-C-AATTTTTAGCCGAAATCGTGT
* * *
32655 ACCAAACATTACGG
309 ACTAACCATCACGG
* * * * *
32669 TTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGAG-TCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGC-GTAAAAAC
1 TTTTAGGCTAAAAACGCGTTTCGG-GTTCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAG-AAAAAC
* ** * * * * * *
32732 TCCATGAAATATCTATATCCATATAACTAAATTTCAGCCACATTAGATTTAAGGAGTTATTTTTA
64 TCCTTGAAATATCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTA
* * * * * *
32797 AGAGAATCTAAAACTTATTACTATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAATTGGAAAAACGAT
129 CGAGCATCTAAATCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTAATTCGG--AAAAAA-TGGAAAAACGAT
* * *
32862 ATTACAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCGTGGAATTATATAT-TTTTTCTGAGTATTG
191 ATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTT-TTAGTATTG
* * * *
32926 TGGCAAAAAATTC-AGAAAAAAATTTTCGGGT-AAGTTTTTA-ACGAAAATCGTGTACTAACCAC
255 TGGCAAAAATTTCGGGAAAAAAATTTTCGGGTCAA-TTTTTAGCCG-AAATCGTGTACTAACCAT
* *
32988 CAATGT
318 C-ACGG
* * * *
32994 TTTTGGGCTAAAAAGGTGTTTCGGGTTCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAATACTC
1 TTTTAGGCTAAAAACGCGTTTCGGGTTCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAAACTC
* * * ** * *
33059 CTTAAAATATCTCTATTTATCTAACCAAATCTCAACCACATTGGAGATAAAGATTTGTTTTTATG
66 CTTGAAATATCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACG
*
33124 AGCATCTGAATCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACGATATTAG
131 AGCATCTAAATCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACGATATTAG
33189 AAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATATTTTTTAGTATTGTGGCA
196 AAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATAT-TTTTTTAGTATTGTGGCA
* * * *
33254 AAAATTTCGGGAAATAATTTTTCAGGTCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTACTACCCATCACGG
260 AAAATTTCGGGAAAAAAATTTTCGGGTCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG
* * * * * * *
33317 TTTTAGGC-CAAAACGCGTTTCGGAGTT-TCGACTAAGTTTTGCATGATTTTTTGCATAAAAAAT
1 TTTTAGGCTAAAAACGCGTTTCGG-GTTCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAAACT
* ** * *
33380 CCTTGAAATATCTATATTTATCAAATTAAATCTCAGCCACAGTGGATTTAAGGATTTGCTTTTAC
65 CCTTGAAATATCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
* * * *
33445 GAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGCAAAAATGGAAAAACGATATTA
130 GAGCATCTAAATCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACGATATTA
* * * *
33510 GAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTAAATTATATA-ATTTTTTCTCAGTATTGTGG
195 GAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTT-T-AGTATTGTGG
* ** * * *
33574 CAAAAAATT-GAGGAAAAACTTTTTGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTATACTA
258 CAAAAATTTCG-GGAAAAAAATTTTCGG---G----T-C-AATTTTTAGCCGAAATCGTGTACTA
33638 ACCATCACCGG
313 ACCATCA-CGG
*** * * **
33649 TTTTTTACTAAAAACGCGTTCCGAAG-TCCTAGCTCAAG-TTTGCATGATTTTT-G-ATGCAAAA
1 TTTTAGGCTAAAAACGCGTTTCG-GGTTCCCGGCTC-AGTTTTGCATGATTTTTGGCA-G-AAAA
33710 ACTCCTTGAAATATCTATAT
62 ACTCCTTGAAATATCTATAT
33730 CCATATAACC
Statistics
Matches: 1701, Mismatches: 255, Indels: 161
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
318 1 0.00
319 59 0.03
320 122 0.07
321 57 0.03
322 306 0.18
323 60 0.04
324 159 0.09
325 203 0.12
326 100 0.06
327 35 0.02
328 12 0.01
329 100 0.06
330 80 0.05
331 79 0.05
332 175 0.10
333 62 0.04
334 32 0.02
335 57 0.03
336 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (322 bp):
TTTTAGGCTAAAAACGCGTTTCGGGTTCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAAACTC
CTTGAAATATCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACG
AGCATCTAAATCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACGATATTAG
AAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTTTAGTATTGTGGCAA
AAATTTCGGGAAAAAAATTTTCGGGTCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG
Found at i:33587 original size:979 final size:974
Alignment explanation
Indices: 31362--33741 Score: 3202
Period size: 979 Copynumber: 2.4 Consensus size: 974
31352 TCACAGTTTT
* * * * * * * * * * *
31362 TTTTTGGCTAAAAACGTGTTTC-AAGGTCTCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCAGAAAGACT
1 TTTTAGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCT-TCGACTAAGTTTTGCATGATTTTTTGCATAAAAAAT
** ** * * * *
31426 CCTTGAAATATCTATATCCAT-ATAACCAAGTCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTATTTTTA
65 CCTTGAAATATCTATATTTATCA-AATTAAATCTCAGCCACAGTGGATTTAAGGATTT-GTTTTA
* * * * * *
31490 CTAGCATCTGAATCTTGATTCTATTTAATTAGAAA-ATAATTAGGGAAAAAAGGAAAAATGATAT
128 CGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATA-AATTCGGCAAAAAAGGAAAAACGATAT
* * * * * *
31554 TAGAAGCGTGAAAACCCCGTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATATTTTCTTAGTATTGTGG
192 TAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTCAGTATTGT-G
* ** * * * * **
31619 GAAAAAAATTCCGGAAAAA-------AAAAATTTCTGGATCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACT
256 GCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTGGATAAGTTTTTGCA--AAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT
* * * *
31677 AACCATCACGGTTTTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGG-GGCCTCGGCTCAGGTTTGCATGATT
319 AACCATCACGG----TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGTCC-CGACTCAAGTTTGCATGATT
* * * * *
31741 TTTGGC-AGAAAACTACTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCGCATTGGATATA
379 TTTGGCGA-AAAACTCCTTGAAATATCTATATCCATATAACCAAATCTCAACCACATTAGATATA
* * * * * * * *
31805 AGGATTTGGTTTTACGAGCACCTAAATCTTGTTTCCATTTAAATAGAAATTAATTCGGGAAAAAA
443 AGGAGTTAGTTTTAAGAGAACCTAAAACTTATTACCATTTAAATAGAAATTAATTCGGAAAAAAA
* *
31870 ATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGGCGTTGAATTATATATTC
508 ATGGAAAAACGATATTACAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGGCGTGGAATTATATATTC
* *
31935 TTTCTGAGCATTATGGCAAAAAATCCAGAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCAAAATCGTG
573 TTTCTGAGCATTATGGCAAAAAATCCAGAAAAAAATTTTCGGGTAAGTTTTTAACCAAAATCGTG
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638 TACTAACCACCACAATTTTCGGGCTAAAAACGCGTTTCGGGTACCCGGCTCAGTTTTGCATGATT
* *
32065 TTTTGGCAGAAAGACTCCTTCAAATATCTCGATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGAGAT
703 TTTTGGCAGAAAGACTCCTTAAAATATCTCGATTTATCTAACCAAATCTCAACCACATTGGAGAT
*
32130 AAAGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCCATTTAATTATAAATTAATTCGGAAAAAA
768 AAAGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAA
32195 CTGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGCGTTGAAATATATATAGT
833 CTGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGCGTTGAAATATATATAGT
*
32260 TTTTAGTATTGTGGAAAAAGTTTCGGGAAAAAATTTTTCGGGTAAGTTTTTAGCCGAAATCGTGT
898 TTTTAGTATTGTGGAAAAAGTTTCGGGAAAAAATTTTTCAGGTAAGTTTTTAGCCGAAATCGTGT
*
32325 ACGTTATCACGG
963 ACGTCATCACGG
* * *
32337 TTTTAGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCTTCGACTCAGTTTTGCATGGTTTTTTGCATAAAAAATC
1 TTTTAGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCTTCGACTAAGTTTTGCATGATTTTTTGCATAAAAAATC
* *
32402 CTTCAAATATCTATATTTATCTAATTAAATCTCAGCCACAGTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACG
66 CTTGAAATATCTATATTTATCAAATTAAATCTCAGCCACAGTGGATTTAAGGATTTGTTT-TACG
* * * * *
32467 AGCATCTAAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATAAGTTCAGCAAAAAAGGAAAAACAATATTAG
130 AGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGCAAAAAAGGAAAAACGATATTAG
* *
32532 AAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATTTTTTTTTCTCAGCATTGTGGCA
195 AAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATA-TATTTTTTCTCAGTATTGTGGCA
* * * *
32597 AAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGCTAAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATTGTGTACCAAAC
259 AAAAATTGAGGAAAAACTTTT-GGATAAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACC
* * *
32662 ATTACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGAGTCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTA
323 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGTCCCGACTCAAGTTTGCATGATTTTTGGCG-A
* * * * * *
32727 AAAACTCCATGAAATATCTATATCCATATAACTAAATTTCAGCCACATTAGATTTAAGGAGTTAT
387 AAAACTCCTTGAAATATCTATATCCATATAACCAAATCTCAACCACATTAGATATAAGGAGTTAG
* * *
32792 TTTTAAGAGAATCTAAAACTTATTACTATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAATTGGAAAA
452 TTTTAAGAGAACCTAAAACTTATTACCATTTAAATAGAAATTAATTCGGAAAAAAAA-TGGAAAA
*
32857 ACGATATTACAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTT-GGCGTGGAATTATATATTTTTTCTGAG
516 ACGATATTACAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGGCGTGGAATTATATATTCTTTCTGAG
* * * *
32921 TATTGTGGCAAAAAATTCAGAAAAAAATTTTCGGGTAAGTTTTTAACGAAAATCGTGTACTAACC
581 CATTATGGCAAAAAATCCAGAAAAAAATTTTCGGGTAAGTTTTTAACCAAAATCGTGTACTAACC
* * * * *
32986 ACCA-ATGTTTTTGGGCTAAAAAGGTGTTTCGGGTTCCCGGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTTGGC
646 ACCACA-ATTTTCGGGCTAAAAACGCGTTTCGGGTACCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGGC
* *
33049 AGAAATACTCCTTAAAATATCTCTATTTATCTAACCAAATCTCAACCACATTGGAGATAAAGATT
710 AGAAAGACTCCTTAAAATATCTCGATTTATCTAACCAAATCTCAACCACATTGGAGATAAAGATT
* *
33114 TGTTTTTATGAGCATCTGAATCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAA-TGGAAA
775 TGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAACTGGAAA
* * *
33178 AACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATATTTTTTA
840 AACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGCGTTGAA--ATATATATAGTTTTTA
*
33243 GTATTGTGGCAAAAA-TTTCGGGAAATAATTTTTCAGGTCAA-TTTTTAGCCGAAATCGTGTAC-
903 GTATTGTGG-AAAAAGTTTCGGGAAAAAATTTTTCAGGT-AAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACG
33305 TACCCATCACGG
966 T---CATCACGG
* *
33317 TTTTAGGC-CAAAACGCGTTTCGGAGTTTCGACTAAGTTTTGCATGATTTTTTGCATAAAAAATC
1 TTTTAGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCTTCGACTAAGTTTTGCATGATTTTTTGCATAAAAAATC
33381 CTTGAAATATCTATATTTATCAAATTAAATCTCAGCCACAGTGGATTTAAGGATTTGCTTTTACG
66 CTTGAAATATCTATATTTATCAAATTAAATCTCAGCCACAGTGGATTTAAGGATTTG-TTTTACG
*
33446 AGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGCAAAAATGGAAAAACGATATTAG
130 AGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGCAAAAAAGGAAAAACGATATTAG
*
33511 AAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTAAATTATATAATTTTTTCTCAGTATTGTGGCA
195 AAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATAT-ATTTTTTCTCAGTATTGTGGCA
* * *
33576 AAAAATTGAGGAAAAACTTTTTGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTATACTAACC
259 AAAAATTGAGGAAAAAC-TTTTGGATAAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACC
** * *
33641 ATCACCGGTTTTTTACTAAAAACGCGTTCCGAAGT-CCTAGCTCAAGTTTGCATGATTTTTGATG
323 ATCA-CGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGTCCCGA-CTCAAGTTTGCATGATTTTTG--G
33705 C-AAAAACTCCTTGAAATATCTATATCCATATAACCAA
384 CGAAAAACTCCTTGAAATATCTATATCCATATAACCAA
33742 TGTGTATGAG
Statistics
Matches: 1232, Mismatches: 141, Indels: 59
0.86 0.10 0.04
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974 3 0.00
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Consensus pattern (974 bp):
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CTTGAAATATCTATATTTATCAAATTAAATCTCAGCCACAGTGGATTTAAGGATTTGTTTTACGA
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AGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTCAGTATTGTGGCAAA
AAATTGAGGAAAAACTTTTGGATAAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATC
ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGTCCCGACTCAAGTTTGCATGATTTTTGGCGAAAAA
CTCCTTGAAATATCTATATCCATATAACCAAATCTCAACCACATTAGATATAAGGAGTTAGTTTT
AAGAGAACCTAAAACTTATTACCATTTAAATAGAAATTAATTCGGAAAAAAAATGGAAAAACGAT
ATTACAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGGCGTGGAATTATATATTCTTTCTGAGCATTA
TGGCAAAAAATCCAGAAAAAAATTTTCGGGTAAGTTTTTAACCAAAATCGTGTACTAACCACCAC
AATTTTCGGGCTAAAAACGCGTTTCGGGTACCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGGCAGAAAG
ACTCCTTAAAATATCTCGATTTATCTAACCAAATCTCAACCACATTGGAGATAAAGATTTGTTTT
TACGAGCATCTAAATCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAACTGGAAAAACGAT
ATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATAAATCTTTTTGGCGTTGAAATATATATAGTTTTTAGTATTGTG
GAAAAAGTTTCGGGAAAAAATTTTTCAGGTAAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACGTCATCACGG
Found at i:34983 original size:331 final size:322
Alignment explanation
Indices: 33914--39334 Score: 4144
Period size: 331 Copynumber: 16.7 Consensus size: 322
33904 AATTTTTTAC
* * * * * *
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* * * ** **
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* * * * * * *
34043 TGCTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTATAAATAAATTTGGCAAAAATGGAAAG
130 TGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAA
* * *
34108 ACGATACTAGAAGTGTGAAAAACCCTTCAAT-TTTTCTGGCGTTGAATTATATA-TTTTTTCTCA
195 ACGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCTTCAATCTTTT-TGGCGTTGAATTATATATTTTTTTCTCA
* * * *
34171 GTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAGACTTTTCGGGTTAGTTTTTTCAAAATTTTAGCCGAAATC
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*
34236 GTATACTAA
314 GTGTACTAA
* * * * * *
34245 CCATCACCGGTTTTTTTGCATAAAAACGCGTTCCGGAG-TCCTAGCTCAAGTTTGCATGATTTTT
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** * *
34309 GGCGCAAAAACTCCTTGAAATATCTATATCCTTA--TAACCAAATCTCAGCTACATTAGATTTAA
62 GGCATAAAAACTCCTTGAAATATCTATAT--TTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAA
* * * *
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125 GGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATG
* * *
34437 G-AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGTCGTTGAATTATATA-TTTTTT
190 GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTT
* *
34500 -T-AGTATTGTGGCAAAAATTTCGGGAAAAAATTTTTCGGGTCAGT-TTTTAGCCAAAATCGTGT
255 CTCAGTATTGTGGCAAAAATTT-AGG-AAAAATTTTTCGGGTCAGTCTTTTAGCCGAAATCGTGT
34562 ACTTAA
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* * ** * * *
34568 CCTTCACGGTTTTAT-GTTAAAAAAAC-TATTCGGGGCTTCGACTCAGTTTTGCATGGTTTTTTG
1 CCATCACGGTTTT-TGGCTAAAAACGCGT-TTCGGGGCTTCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGG
* * * * * *
34631 CATAAAAAATTCTTGAAATATCTATATTTATCTAATTC-AATCTCGGCCATAGTGGATTTAAGGA
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* * * * *
34695 TTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAAATAGAAATAAATTCGGCAAAAATGGAA
128 TTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAA
* * * *
34760 AAACGACATTAGAAGCGTGAAAATCCCTTTAATTTTTTTGGCGTTGAATTATTTATTTTTTTCTC
193 AAACGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTTCTC
* *
34825 AGTTTTGTGGCAAAAATTTATGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAAT
258 AGTATTGTGGCAAAAATTTA-GGAAAAATTTTTCGGGTCAG----T-C----TTTTAGCCGAAAT
*
34890 CGTGTATTAA
313 CGTGTACTAA
* * * *
34900 CCATCACGGTTTTAGGCTAAAAATGC-TTTCGGGGCTTTGACAT-AATTTTGCATG-TTTTATTG
1 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCTTCGAC-TCAATTTTGCATGATTTT-TGG
* ** * * *
34962 CATAAAAAATCCTTGAAATATCTATATTTATCTAATTAAATCTCAGCTACAGTGGATTTAAGAAT
64 CATAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGAT
* ** * * * * *
35027 TTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTCATTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCGGCAAATATGG-AA
129 TTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAA
* *
35091 AACGATATTAGAAGCGTGAAAAAT-CCTTCAATTTTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTTCT
194 AACGATATTAGAAGCGTG-AAAATCCCTTCAA-TCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTTCT
*
35155 --GTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTT-GGGTCAGCTTTTGCAAAATTTTAGCCGAA
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*
35217 ATCGTGTAATAA
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* * * * *
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** * * * *
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64 CATAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGAT
* * *
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129 TTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAA
* * * * * * *
35422 AACGATATTAGAAACGTGAAAAACCCGTCAATCTTTTTCGCATTTAATTATATA-TTTTTTCTGA
194 AACGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTTCTCA
* * ** * * *
35486 GCATTGTGACAAAAAATCAAGAAAAAATATTTCGGGTCAGT-TTTTAGCCAAAATCGTGTACTAA
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* ** * * **** * *
35550 CCACCACAATTTTTGGACGAAAAACGTGTTTCGGGTAACCGGCTCAGTTTTTGCATGATTTTTGG
1 CCATCACGGTTTTTGG-CTAAAAACGCGTTTCGGGGCTTCGACTCA-ATTTTGCATGATTTTTGG
* * * ** *
35615 CAGAAAGACTCCTTTAAATATC-ACTATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGAGATATA-C
64 CATAAAAACTCCTTGAAATATCTA-TATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTA-AGG
*
35678 ATCTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGA
127 ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGA
* ** * *
35743 AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCAGTCAATCTTTTTGGCGCTGAATTATATATTTTTCTTT
192 AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTT-TTC
* * *
35808 TTAGTATTGTGGCAAAAATTTCGGAGAAAACTTTTTTGGGTCAGTC-TTTAGCCGAAATCGTGTA
256 TCAGTATTGTGGCAAAAATTTAGGA-AAAA-TTTTTCGGGTCAGTCTTTTAGCCGAAATCGTGTA
35872 CTAA
319 CTAA
** * * *
35876 CCATCATTGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCTTCGACTCAGTTTTGCAAGGTTATTT-GC
1 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCTTCGACTCAATTTTGCATGATT-TTTGGC
** ** * *
35940 ATAAAAAAACCTTGAAATATCTATATTTATCT-ATTAAAACTCAGCCACAGTGGATTTAAGGATT
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* * * * *
36004 TGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAAATAGAAATAAATTCGGCAAAAATGGAAAA
130 TGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAA
* * * * ** *
36069 ACGACATTAGAAGCATGAAAATCCCTTTAATTTTTTTGGCGTTGAACAATTTATTTTTTTCTCAG
195 ACGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTTCTCAG
* * * *
36134 T-TTCGTGGGAAAAGTTTATGGAAAAACATTTT-GGGCCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAAT
260 TATT-GTGGCAAAAATTTA-GGAAAAA-TTTTTCGGGTCAG----T-C----TTTTAGCCGAAAT
36197 CGTGTACTAA
313 CGTGTACTAA
* * * * * *
36207 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAATCGCGTTCCGGAG-TCCTAACTCAAGTTTGCATGATTTTTGGC
1 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCTTC-GACTCAATTTTGCATGATTTTTGGC
** ** * *
36271 GCAAAAACTCCTTGAAATATCTATATCCATATAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATT
65 ATAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATT
* * * *
36336 TATTTTTACGAGCATTTGAATCTTGATTCCATTTAATTAGAAATTAATTCAGAACAAAATGGAAA
130 TGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTAATTCGGAA-AAAATGGAAA
* * * *
36401 AACGATATTACAAGCGTG-AAATGCCTGCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATA-TTTTTTCTG
194 AACGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCT-TCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTTCTC
* * * ** * *
36464 AGTATTGTGGCAAAAAATTCGAAAAAAAATTTCGGGTCAGT-TTTTAGCCAAAATCGTATACTAA
258 AGTATTGTGGCAAAAATTTAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTCTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAA
* ** * * *
36528 CCA-CAACAGTTTTTGGGCTAAAAACGCGTTTCGCGTAC-CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTG
1 CCATC-ACGGTTTTT-GGCTAAAAACGCGTTTCG-GGGCTTCGACTCAATTTTGCATGATTTTTG
** * * * * * ** **
36591 GCGGAAAGACTCCTATAAAATATCTATATTTATCTTACCAAATCTTAGCCACATTAGAGATAAAC
63 GCATAAAAACTCCT-TGAAATATCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGG
*
36656 ATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTCCATTTAA-TATGAATATTAATTCGGAAAAAAAA
127 ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCCATTTAATTA-GAA-ATTAATTCGG--AAAAAA
* * *
36720 TCGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTT-AATCTTTTTGGCGTTGAATTATATA-CTT
188 TGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAATCCC-TTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTT
* * *
36783 TTT-TCAGTATTGTGGCAAAAATTTCGGGAAAAATTTTTTTGGGTCAGT-TTTTAGCAGAAATCG
252 TTTCTCAGTATTGTGGCAAAAATTT-AGGAAAAA-TTTTTCGGGTCAGTCTTTTAGCCGAAATCG
36846 TGTACTAA
315 TGTACTAA
* * * * *
36854 CCATCACGGTTTTAGGATAAAAACGCGTTTCGGGGCTTCGACACAGTTTTGCAAG-TTTCATT-G
1 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCTTCGACTCAATTTTGCATGATTT--TTGG
* * * * ** * * * * *
36917 CATAAAAAATCCTTGAAATATCTGTATTAATTTAATTAATTATCAGCCACAGTGGATTTATGGAA
64 CATAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGAT
* * * * *
36982 TTGTTTTTACGATCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGCAAATATGGAAA
129 TTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAA
*
37047 AACGATATTAGAAGCGTGAAAAAT-CCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATAT-TTTTTTTCTC
194 AACGATATTAGAAGCGTG-AAAATCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTTCTC
* * * *
37110 AGTACTT-TGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGTTCAGGTTTTACAAAATTTTATCCGAAA
258 AGTA-TTGTGGC-AAAAATTTAGGAAAAATTTTTCGGGTCA-G---T-C----TTTTAGCCGAAA
*
37174 TCGAGTACTAA
312 TCGTGTACTAA
* * * *
37185 CCCTCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAG-TCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGC
1 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCT-TCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGC
*** * * * * *
37249 GCGAAAACTCCTTCAAATATCTATATCTATATAACCAAATCTCAGTCACATTAGATTTAAGGATT
65 ATAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATT
* * * *
37314 TATTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTAATTAAGAAAAAAAAGGAAA
130 TGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTAATT-CGGAAAAAATGGAAA
* * ** ** *
37379 AACGATATTTGAAGCGTGAAAAGCCCGACAATCTTTTTCACGTTGAATTAT-T-TGTTTTTTCTG
194 AACGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATAT-TTTTTTCTC
* * ** * * * * *
37442 AGCATTGTGACAAAAAATCAAGAAAAAATATTTCGGGTCA-TCTTTTATCCAAAATCGTGTATTA
258 AGTATTGTGGC-AAAAATTTAGGAAAAATTTTTCGGGTCAGTCTTTTAGCCGAAATCGTGTACTA
37506 A
322 A
* **** * * * * * **
37507 --ATC-GGGTAACCGGCT-----C-AGTTT---TGCAT-GA-T---TTCTGGCAGAAAGACTCCT
1 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCTTCGACTCAATT-TTGC---ATGA-TTTT
* * ** * ** * * * * ** **
37555 T--CA-AATATCT-C-T-ATTTATCTAACCAAATCTCT-GCCACAT-TGGAGATAAACATTTGTT
61 TGGCATAAAAACTCCTTGAAATATCT-A-TATTTATCTAACCAAATCT-CAG--CCACA-TTGGA
* * * * * * * * *
37612 TTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTC---CAT-TTAAT-TAG----AAATTAATTCGGAAA-AAAT
120 TTTA--AGGATTTG--T-TT-TTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCCATTTAATT-AGAAATTAAT
** * * * * * * * *
37667 T-GGAAAAACGGTAATAGAAGCG-TGA--A-AAGCCCGTCAATATTTTTGGCGTTGAAT-TATAT
178 TCGGAAAAAATGGAA-A-AA-CGAT-ATTAGAAG--CGTGAA-A---AT-CCCTTCAATCTTTTT
* * * * ** * ** ** * *
37726 ---ATT--TTTTTAGTA-TTGTGGC-AAAAATTTCGGGAAATAATTT-T----------TCGGGT
232 GGCGTTGAATTATA-TATTTTTTTCTCAGTATTGTGGCAAA-AATTTAGGAAAAATTTTTCGGGT
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* * * ** *
37863 CATAAAAAATCCAT-AAATTATCTATATTTATCAAATTAAATCTCAGCCACAGT-GATTTAAGGA
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* * ** * * * *
37926 TTTGCTTTTACGAGCATCTGAATCTTTTTTTGATTTAATTAGAAATAAATTTGGCAAAAATGAAA
128 TTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATG-GA
* * * *
37991 AAAACGATACTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTAT-T-TTTTTCTCT
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* *
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38130 CCATCACCGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAG-TCCTAACTCAAGTTTGCATGATTTTTGG
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** * ** **
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* *
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* * * * **
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* *
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* * * * * * *
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* * ** *
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** * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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*
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* * * * *
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** ** * * * **
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*
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* * *
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* * *
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* ** * *
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* * ** * *
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* * * * *
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* * *
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*
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** * * * **** *
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* * * * * * * * * * *
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** * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* *
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* * * * *
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* * *
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* ** * *
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*
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* *
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* * *
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*
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* * * * *
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* *
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*
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*
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* * *
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* *
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** *
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*
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* *
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* * * ** *
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* * * *
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* * *
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* *
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* *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * *
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*
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* *
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* *
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* * *
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* * * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * *
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* *
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*
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*
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* ** * *
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191 AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATT-T-TTT
* * * * *
39041 T-TTAGTATTGTTGC-AAAAATTTAGGGAAAAAATTTTTC-GG---G----T-C-AATTTTTAGC
254 TCTCAGTATTGTGGCAAAAAATTGA-GG-AAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGC
* * * * * *
39094 CGAAATCGTGTACTTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCTTCGA-CTC-TG
317 CGAAATCGTGTAC-TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAG-TCCCAGCTCAAG
* * ** * * * **
39157 TTTTGCATGGTTTTTTGCATAAAAAATCCTTGAAATATCTATA-CTTATCTAATTAAATCTCAGC
380 -TTTGCATGATTTTTGGCGCAAAAACTCCTTCAAATATCTATATC-TATATAACCAAATCTCAGC
* * * * * *
39221 CACAGTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTGA-TAGAAATAA
443 CACATTAGATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTA
* * * *
39285 ATTCGGCAAAAATGGAAAAACGACATTAGAAGCTTGAAAA--CC--C---C---TT--C----AA
508 ATTCAGAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTCGCGTTGAA
* * **
39334 -T-T-TA-----TC--AGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACT-TTTCGGGTCAGTTTTTGC
573 TTATATATTTTTTCTGAGCATTGTGACAAAAAATCAAGAAAAAA-TATTTCGGGTCAG---TT--
* * * * *
39388 AAGAATTTAGCCGAAAATCGTGTACGT------CACGGTTTTT-GTCTAAAAACGCGTTCCGGAG
632 -----TTTAGCC-AAAATCGTGTAC-TAACCACCACAGTTTTTGGACAAAAAACGTGTTTCGG-G
* * * * ** *
39446 T--CCTAGCTCAAG-TTTGCATAATTTTTGGC-GCAAAAACTCCTTGAAATATCTATATCCATAT
689 TAACC-GGCTC-AGTTTTGCATGATTTTTGGCAG-AAAGACTCCTTAAAATATCTATATTTATCT
* ** * * *
39507 AACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTATTTTTAAGAGCATCTGAATCTTGTTTCCAT
751 AACCAAATCTCAGCCACATTGGAGATAA-CATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCCAT
* * ** * * *
39572 TTAATTAGAAATTAATTCGGAACAAAATGGAAAAACGATATTACAAGCGTGTAATGCCCATCAAA
815 TTAA-TAGAAATTAATTCGGAA-AAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCGTTAAT
* * * * * * *
39637 CTTTTTGGCGTTGAATTATATA-TTTTTTCTGAGCATTGTGGCAAAAAATTCTGAAAAAAAAAAT
878 CTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTTTTCAGTATTGTGGCAAAAATTTC-G--GAGAAAATT
* * * *
39701 TTCT-GGTCAGTTTTTAGCCA-AAATCGTATACAAA
940 TTTTGGGTCAGTCTTTAG-CAGAAATCGTGTACTAA
* * ** * * ** * *
39735 CCA-CAACAGTTTTTGGGCTAAAAACGCGTTTCGTGTAC-ACGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTT
1 CCATC-AC-GGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTTCG-GGGCTTCGACTCAGTTTTGCAAGGTTATTT
** * * ** * * ** * * * * ** **
39798 GCGGAAAGACTCCTAAAAAATATCCATATTTATCTTACCAAATCTTAGCCACATTAGAGATAAAC
63 GCATAAAAAATCCT-TGAAATATCTATATTTATCTAATTAAAACTCAGCCACAGTGGATTTAAGG
* * *
39863 ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTAATTCGGTAAAAAAAAT
127 ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGG---CAAAAAT
** * *
39928 GGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATA-TTTTT
189 GGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTT
** * * * * * *
39992 TCTTGGCATTGTGGCAAAAAATTCAGAAAAAAAATTATCAGGTCAG----T------TTTTAGCC
254 TCTCAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG-GAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCC
* * * * * ** * * * * *
40047 AAAATCGTGTATTAATCACCACACGTTTGGGGTTAAAAACGCGTTTCGG-GTACTCGGCT-TAGT
318 GAAATCGTGTACTAACCATCAC-GGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGT-CCCAGCTCAAG-
* * * * *
40110 TTTGCATGATTTTTGGCAG-AAAGACTCCTTCTAATATCTCTATTTATCTAACCAAATCTCAGCC
380 TTTGCATGATTTTTGGC-GCAAAAACTCCTTCAAATATCTATATCTATATAACCAAATCTCAGCC
* ** ** * *
40174 ACATTGGAGATAAACATTT-TTTTTATGAGCATTTGAATCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTAA
444 ACATTAGATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTAA
* * * * * *
40238 TTCGGAAAAAATTGGAAAAACGATAATAGAAGTGTGAAAA-ACCGATCAATCCTTTTGGCGTTGA
509 TTCAGAAAAAA-TGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCG-TCAATCTTTTTCGCGTTGA
* * * *** * *
40302 ATTATATATTTTTT-T-AGTATTGTGGCAAAAATTTGGGGAAATAATTTTTCGGGTCAGTTTTTA
572 ATTATATATTTTTTCTGAGCATTGTGACAAAAA-ATCAAGAAAAAATATTTCGGGTCAGTTTTTA
* * * *
40365 GCCGAAATCGTGTACTACCCATCACGGTTTT
636 GCCAAAATCGTGTACTAACCACCACAGTTTT
40396 AGGCTAATAT
Statistics
Matches: 4685, Mismatches: 583, Indels: 470
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
944 2 0.00
945 217 0.05
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962 9 0.00
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971 1 0.00
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989 16 0.00
990 14 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (974 bp):
CCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCTTCGACTCAGTTTTGCAAGGTTATTTGCA
TAAAAAATCCTTGAAATATCTATATTTATCTAATTAAAACTCAGCCACAGTGGATTTAAGGATTT
GTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGCAAAAATGGAAAAA
CGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTTCTCAGT
ATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGT
GTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGTCCCAGCTCAAGTTTGCATGATT
TTTGGCGCAAAAACTCCTTCAAATATCTATATCTATATAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTA
AGGATTTATTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAT
GGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTCGCGTTGAATTATATATTTTTT
CTGAGCATTGTGACAAAAAATCAAGAAAAAATATTTCGGGTCAGTTTTTAGCCAAAATCGTGTAC
TAACCACCACAGTTTTTGGACAAAAAACGTGTTTCGGGTAACCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTT
GGCAGAAAGACTCCTTAAAATATCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGAGATAACA
TTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCCATTTAATAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAA
AACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCGTTAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTTTTCA
GTATTGTGGCAAAAATTTCGGAGAAAATTTTTTGGGTCAGTCTTTAGCAGAAATCGTGTACTAA
Found at i:38968 original size:655 final size:653
Alignment explanation
Indices: 37605--39336 Score: 2918
Period size: 655 Copynumber: 2.6 Consensus size: 653
37595 GGAGATAAAC
*
37605 ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATTGG
1 ATTTATTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATTGG
*
37670 AAAAACGGTAATAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATATTTTTGGCGTTGAATTATATAT-T-TTTT
66 AAAAACGGTAATAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATATTTT
*
37733 TAGTATTGTGGCAAAAATTTCGGGAAATAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACT
131 TAGTATTGTGGCAAAAATTTCGGGAAATAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACA
* *
37798 ACCGATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCTTAACTCAGTTTTGCATGGTTTTTTG
196 ACCCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCTCAACTCAGTTTTGCATGGTTTTTTG
*
37863 CATAAAAAATCCATAAATTATCTATATTTATCAAATTAAATCTCAGCCACAGTGATTTAAGGATT
261 CATAAAAAATCCTTAAATTATCTATATTTATCAAATTAAATCTCAGCCACAGTGATTTAAGGATT
*
37928 TGCTTTTACGAGCATCTGAATCTTTTTTTGATTTAATTAGAAATAAATTTGGCAAAAATGAAAAA
326 TGCTTTTACGAGCATCTGAATCTTTTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTTGGCAAAAATG-AAAA
37993 AACGATACTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATTTTTTTCTCTCAGT
390 AACGATACTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATTTTTTTCTCTCAGT
* *
38058 ATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCTGTTTTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCGT
455 ATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTACAGGTCTGTTTTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCGT
38123 ATACTAACCATCACCGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGTCCTAACTCAAGTTTGCATGAT
520 ATACTAACCATCACCGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGTCCTAACTCAAGTTTGCATGAT
* *
38188 TTTTGGCGCAAAAACTCCTTGAAATATCTATATACTTATAACCAAATCTCGGATACATTACATTT
585 TTTTGGCGCAAAAACTCCTTGAAATATCTATATACATATAACCAAATCTCAGATACATTACATTT
38253 AAGG
650 AAGG
38257 ATTTATTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTAATTCGG-AAAAATTGG
1 ATTTATTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATTGG
* * *
38321 AAAAACGGTAATAGAAGCGTTAAAAGCCTGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATAGTTT
66 AAAAACGGTAATAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATATTTT
*
38386 TGGTATTGTGGCAAAAATTTCGGGAAATAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACA
131 TAGTATTGTGGCAAAAATTTCGGGAAATAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACA
*
38451 ACCCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCTCAACTCAGTTTTGCGTGGTTTTTTG
196 ACCCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCTCAACTCAGTTTTGCATGGTTTTTTG
38516 CATAAAAAATCCTTAAATTATCTATATTTATCAAATTAAATCTCAGCCACAGTGGATTTAAGGAT
261 CATAAAAAATCCTTAAATTATCTATATTTATCAAATTAAATCTCAGCCACAGT-GATTTAAGGAT
*
38581 TTGCGTTTACGAGCATCTGAATCTTTTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTTGGCAAAAATGAAAA
325 TTGCTTTTACGAGCATCTGAATCTTTTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTTGGCAAAAATGAAAA
*
38646 AACAATACTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATTTTTTTTTCTCTCA
390 AACGATACTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTA--TTTTTTTCTCTCA
38711 GTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTACAGGTCTGTTTTTTCAAAATTTTAGCCGAAATC
453 GTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTACAGGTCTGTTTTTTCAAAATTTTAGCCGAAATC
* * *
38776 GTATACTAACCATCACCGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGAGTTCTAGCTCAAGTTTGCATG
518 GTATACTAACCATCACCGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGTCCTAACTCAAGTTTGCATG
* *
38841 ATTTTTGGCGCAAAAACTCCTTGAAATATCTATATACATATAACGAAATCTCAGCTACATTACAT
583 ATTTTTGGCGCAAAAACTCCTTGAAATATCTATATACATATAACCAAATCTCAGATACATTACAT
38906 TTAAGG
648 TTAAGG
*
38912 ATTTATTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAACTGG
1 ATTTATTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATTGG
** * *
38977 AAAAACAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATTTATATTTT
66 AAAAACGGTAATAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATA-TTT
* * * *
39042 TTAGTATTGTTGCAAAAATTTAGGGAAAAAATTTTTCGGGTCAATTTTTAGCCGAAATCGTGTAC
130 TTAGTATTGTGGCAAAAATTTCGGGAAATAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTAC
* * *
39107 TTAA-CCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCTTCGACTCTGTTTTGCATGGTTTT
195 --AACCCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCTCAACTCAGTTTTGCATGGTTTT
* *
39171 TTGCATAAAAAATCCTTGAAA-TATCTATACTTATCTAATTAAATCTCAGCCACAGTAGATTTAA
258 TTGCATAAAAAATCCTT-AAATTATCTATATTTATCAAATTAAATCTCAGCCACAGT-GATTTAA
* * * * *
39235 GGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTGA-TAGAAATAAATTCGGCAAAAATG
321 GGATTTGCTTTTACGAGCATCTGAATCTTTTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTTGGCAAAAATG
* * * * *
39299 GAAAAACGACATTAGAAGCTTGAAAACCCCTTCAATTT
386 AAAAAACGATACTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTT
39337 ATCAGTATTG
Statistics
Matches: 1015, Mismatches: 55, Indels: 15
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
651 64 0.06
652 55 0.05
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654 70 0.07
655 260 0.26
656 63 0.06
657 116 0.11
658 149 0.15
659 5 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (653 bp):
ATTTATTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATTGG
AAAAACGGTAATAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATATTTT
TAGTATTGTGGCAAAAATTTCGGGAAATAATTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACA
ACCCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCTCAACTCAGTTTTGCATGGTTTTTTG
CATAAAAAATCCTTAAATTATCTATATTTATCAAATTAAATCTCAGCCACAGTGATTTAAGGATT
TGCTTTTACGAGCATCTGAATCTTTTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTTGGCAAAAATGAAAAA
ACGATACTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATTTTTTTCTCTCAGTA
TTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTACAGGTCTGTTTTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCGTA
TACTAACCATCACCGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGTCCTAACTCAAGTTTGCATGATT
TTTGGCGCAAAAACTCCTTGAAATATCTATATACATATAACCAAATCTCAGATACATTACATTTA
AGG
Found at i:42583 original size:655 final size:633
Alignment explanation
Indices: 40782--42944 Score: 2096
Period size: 655 Copynumber: 3.3 Consensus size: 633
40772 CGAATCTCAC
* * * * * *
40782 GTACCGGCTGAGTTTTGCAAGATTTTTGGCGGAAAGACTCCTAAAAAATATCTATATTTATCTTA
1 GTACCGGCTCAATTTTGCATGATTTTT-GCGCAAAAACTCCT-TAAAATATCTATATTTATC-TA
* * ** ** *
40847 CCAAATCTTAGCCACATTAGAGATAAACATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCCATTT
63 CTAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCCATTT
* * * *
40912 AATTAGAAATTAATTCGGTAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCATGAAAAGCCCGTCAATC
128 AATTAGAAATTAATTCAG-AAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAACCCGTCAATC
* * *
40977 TTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTTATAGAATTGTGGCAAAAATTTCAGGAAAAAATTTTTT
192 TTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTTCTAGAATTGTGGCAAAAATTT-AGG-AAAAACTTTTC
* *
41042 GGGTTAGTTTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTAGGCTAAAAACGC-TTTCGGG
255 GGGTTAGTTTTTAGCCAAAATCGTGTAC---CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGG
* * * * *
41106 GCTTCGACAT-AATTTTGCATG-TTTTATTGCATAAAAAATCCTTGAAATATCTATATTTATCTA
317 TCCTAG-C-TCAAGTTTGCATGATTTT-TTGC-TAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTA
** * *
41169 ATTAAATCTCAGCCACAGTAGATTTAAGAATTTGTTTTT-CCGAGAATCTGAATCTTGTTTCGAT
378 ACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGAATTTGTTTTTACC-AGAATCTGAATCTTGTTTCCAT
* * *
41233 TTAATTA-AAA-TATATTCG-GCAAATATGGAAAAACGATATTAGATGCGTGAAAAATCCTTCAA
442 TTAATTAGAAATTA-ATTCGAACAAA-ATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAA-CCGTCAA
* * * **
41295 TTTTTTTTGGCATTGAATTATAT-TTTTTTTCTCT-GTATTGTGGCAAAAAAATTGAGGAAAAAC
504 -TCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTT-TTTAGTATTGTGGC--AAAAATTTCGGAAAAAC
* *
41358 TTTTCGGGTCAGCTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTAATAACCATCACGGTTTTTGGCTA
565 TTTTCGGGTCAG----T------TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTA
* *
41423 AAATCGCGTTCCGG
620 AAAACGCGTTTCGG
* * * * * *
41437 AGTGCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAAACTCATTCAAATATCGATATCTATATAA
1 -GTACCGGCTCAATTTTGCATGATTTTT-GCGCAAAAACTCCTTAAAATATCTATATTTATCT-A
* * *
41502 CTAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTATTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCCATTT
63 CTAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCCATTT
* *
41567 AATTAAAAATTAATTCAGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAACGTGAAAAACCCGTCAATCT
128 AATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAACCCGTCAATCT
** * * * * * * *
41632 TTTTCACATTGAATTATATA-TTTTTTCTGAGCATTGTGACAAAAAATCAAGAAAAAGTATTTCG
193 TTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTTCT-AGAATTGTGGCAAAAATTTAGGAAAAACT-TTTCG
* *
41696 GGTCAGTTTTTAGCCAAAATCGTGT-----TCA--GTTTTTGGACGAAAAACGCGTTTCGGGTAA
256 GGTTAGTTTTTAGCCAAAATCGTGTACCCATCACGGTTTTTGG-CTAAAAACGCGTTTCGGGT--
* * *
41754 CC-GGCTC-AGTTTTGCATGATTTTTGGC-AGAAAGACTCCTTCAAATATC-ACTATTTATCTAA
318 CCTAGCTCAAG-TTTGCATGATTTTTTGCTA-AAA-ACTCCTTGAAATATCTA-TATTTATCTAA
* * * * *
41815 CCAAATCTCAGCCACATTGGAGATAT-A-CATCTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCCAT
379 CCAAATCTCAGCCACATT--AGATTTAAGAATTTGTTTTTACCAGAATCTGAATCTTGTTTCCAT
41878 TTAATTAGAAATTAATTCGGGAA-AAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCAGTCAA
442 TTAATTAGAAATTAATTC--GAACAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACC-GTCAA
*
41942 TCTTTTTGGCGCTGAATTATATATTTTTCTTTTTAGTATTGTGGCAAAAATTTCGGAGAAAACTT
504 TCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTT-TTTTTAGTATTGTGGCAAAAATTTCGGA-AAAAC-T
* * *
42007 TTTTGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTTCTAACCATCATGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTT
566 TTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTT
42072 CAGG
631 C-GG
* * * * ** ** * *
42076 GCT-TCGACTCAGTTTTGCATGGTTATTTGCATAAAAAAACCTTGAAATATCTATATTTATCTAT
1 G-TACCGGCTCAATTTTGCATGATT-TTTGCGCAAAAACTCCTTAAAATATCTATATTTATCTAC
* * * *
42140 TAAAACTCAGCCACAGTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTA
64 TAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCCATTTA
* * ** * * * * * * *
42205 AATAGAAATAAATTC-GGCAAAAATGGAAAAATGACATTAGAAGCGTGAAAATCCCTTTAATTTT
129 ATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAACCCGTCAATCTT
** * **
42269 TTTGGCGTTGAACAATTTATTTTTCTTCTCAGTTTTGTGGCAAAAATTTATGGAAAAACTTTTCG
194 TTTGGCGTTGAATTATATATTTTT-TTCT-AGAATTGTGGCAAAAATTTA-GGAAAAACTTTTCG
* *
42334 GGTTAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACCCATCACGGTTTTTGGCTAAAATCGCGT
256 GGTTAG----T------TTTTAGCCAAAATCGTGTACCCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGT
* **
42399 TCCGGAGTCCTAGCTCAAGTTTGCATGATTTTTTGCTCAAAAACTCCTTGAAATATCTATATCCA
311 TTCGG-GTCCTAGCTCAAGTTTGCATGATTTTTTGCT-AAAAACTCCTTGAAATATCTATATTTA
* * * * *
42464 TATAACCAAATTTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTATTTTTACACATAATCTGAATCTTGTTT
374 TCTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGAATTTGTTTTTAC-CAGAATCTGAATCTTGTTT
* ** *
42529 CCATTTAATTAGAAATTAATTCAGAACAAAATGGAAAAACGATATTACAAGCGTGAAATGCCCGC
438 CCATTTAATTAGAAATTAATTC-GAACAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAA-AACCGT
* * * * *
42594 CAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATA-TTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTCAGAAAAAAA
501 CAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTTTTTAGTATTGTGGCAAAAATTTC-GGAAAAAC
* * *
42658 TTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCAAAATCGTATACTAACCA-CAACAGTTTTTGGGCTAAAAACGCG
565 TTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATC-ACGGTTTTT-GGCTAAAAACGCG
*
42722 TTTCGC
628 TTTCGG
* *
42728 GTACCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTTGCGGAAATACTCCTATAAAATATCTATATTTATCTT
1 GTA-CCGGCTCAATTTTGCATGA-TTTTTGCGCAAAAACTCCT-TAAAATATCTATATTTATC-T
* * ** ** *
42793 ACCAAATCTTAGCCACATTAGAGATAAACATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCTATT
62 ACTAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCCATT
* * * *
42858 TAACTAGAAATTAATTCAGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCTGTCAAAC
127 TAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAACCCGTCAATC
* * * *
42923 CTTTTGGCTTTGTACTATATAT
192 TTTTTGGCGTTGAATTATATAT
42945 ATATATATAT
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Consensus pattern (633 bp):
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AATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCCATTTAAT
TAGAAATTAATTCAGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAACCCGTCAATCTTTT
TGGCGTTGAATTATATATTTTTTTCTAGAATTGTGGCAAAAATTTAGGAAAAACTTTTCGGGTTA
GTTTTTAGCCAAAATCGTGTACCCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGTCCTAGCTC
AAGTTTGCATGATTTTTTGCTAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGC
CACATTAGATTTAAGAATTTGTTTTTACCAGAATCTGAATCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTA
ATTCGAACAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAAT
TATATATTTTTTTTTTAGTATTGTGGCAAAAATTTCGGAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCC
GAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGG
Found at i:42665 original size:968 final size:967
Alignment explanation
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* * *
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* *
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131 TTAGAAATTAATTCGG-AAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCAGTCAATCTT
*
40979 TTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTTATAGAATTGTGGCAAAAATTTCAGGAAAAAATTTTTTGG
195 TTTGGCGCTGAATTATATATTTTTTTATAGAATTGTGGCAAAAATTTCAGGAAAAAATTTTTTGG
* *
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* *
41109 TCGACATAATTTTGCATGTTTTATTGCATAAAAAATCCTTGAAATATCTATATTTATCTAATTAA
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* * * *
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* * * *
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* *
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*
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* * *
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* *
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*
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*
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* *
41694 CGGGTCAGTTTTTAGCCAAAATCGTGT-T-CAGTTTTTGGACGAAAAACGCGTTTCGGGTA
907 CGGGTCAGTTTTTAGCCAAAATCGTATATACAGTTTTTGGACGAAAAACGCGTTTCGCGTA
* * *
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* * * *
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65 CAAATCTTAGCCACATTAGAGATAAACATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCCATTTA
* *
41881 ATTAGAAATTAATTCGGGAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCAGTCAATCTT
130 ATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCAGTCAATCTT
* * *
41946 TTTGGCGCTGAATTATATATTTTTCTTTTTAGTATTGTGGCAAAAATTTC-GGAGAAAACTTTTT
195 TTTGGCGCTGAATTATATA-TTTT-TTTATAGAATTGTGGCAAAAATTTCAGGA-AAAAATTTTT
* * * * *
42010 TGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTTCTAACCATCATGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCAG
257 TGGGTCAGTTTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTAGGCTAAAAACGC-TTTCAG
*
42075 GGCTTCGAC-TCAGTTTTGCATGGTTAT-TTGCATAAAAAAACCTTGAAATATCTATATTTATCT
321 GGCTTCGACAT-AATTTTGCAT-GTTATATTGCATAAAAAAACCTTGAAATATCTATATTTATCT
* * *
42138 -ATTAAAACTCAGCCACAGTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGAT
384 AATTAAAACTCAGCCACAGTAGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGAATCTAAATCTTGTTTCGAT
* *
42202 TTAAATAGAAATAAATTCGGCAAAAATGGAAAAATGACATTAGAAGCGTG-AAAATCCCTTTAA-
449 TTAAATA-AAATAAATTCGGCAAAAATGGAAAAACGACATTAGAAGCGTGAAAAAT-CCTTCAAT
* * *
42265 TTTTTTTGGCGTTGAACAATT-TATTTTTCTTCTCAGTTTTGTGGC-AAAAATTTATGGAAAAAC
512 TTTTTTTGGCATTG---AATTATATTTTTCTTCTCAGTATTGTGGCAAAAAATTGA-GGAAAAAC
* * *
42328 TTTTCGGGTTAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTG-TACCCATCACGGTTTTTGGCTAAA
573 TTTTCGGGTCAGCTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGATAACCATCACGGTTTTTGGCTAAA
* * * *
42392 ATCGCGTTCCGGAGT-CCTAGCTCAAGTTTGCATGATTTTTTGCTCAAAAACTCCTTGAAATATC
638 ATCGCGTTCCGGAGTGCC-AGCTCAAGTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAAACTCATTCAAATATC
* * *
42456 TATATCCATATAACCAAATTTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTATTTTTACACATAATCTGAA
702 GATATCCATATAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTATTTTTACA-AGAATCTGAA
* * * *
42521 TCTTGTTTCCATTTAATTAGAAATTAATTCAGAACAAAATGGAAAAACGATATTACAAGCGTGAA
766 TCTTGTTTCCATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAACGTGAA
** ** * * *
42586 ATGCCCGCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTC-A
831 AAACCCGCCAATCTTTTTCACATTGAATTATATATTTTTTCTGAGCATTGTGACAAAAAA-TCAA
* *
42650 GAAAAAA-ATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCAAAATCGTATACTAACCACAACAGTTTTTGGGCTA
895 GAAAAAATA-TTTCGGGTCAGTTTTTAGCCAAAATCGTATA-T-------ACAGTTTTTGGACGA
42714 AAAACGCGTTTCGCGTA
951 AAAACGCGTTTCGCGTA
* * * *
42731 CCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTTGCGGAAATACTCCTATAAAATATCTATATTTATCTTACC
1 ACCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGGAAAGACTCCTATAAAATATCTATATTTATCTTACC
* *
42796 AAATCTTAGCCACATTAGAGATAAACATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCTATTTAA
66 AAATCTTAGCCACATTAGAGATAAACATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCCATTTAA
* * * * * *
42861 CTAGAAATTAATTCAGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCTGTCAAACCTT
131 TTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCAGTCAATCTTT
42926 TTGGC
196 TTGGC
42931 TTTGTACTAT
Statistics
Matches: 1049, Mismatches: 100, Indels: 48
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
966 2 0.00
967 192 0.18
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969 214 0.20
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ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (967 bp):
ACCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGGAAAGACTCCTATAAAATATCTATATTTATCTTACC
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TTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCAGTCAATCTTT
TTGGCGCTGAATTATATATTTTTTTATAGAATTGTGGCAAAAATTTCAGGAAAAAATTTTTTGGG
TCAGTTTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTAGGCTAAAAACGCTTTCAGGGCTT
CGACATAATTTTGCATGTTATATTGCATAAAAAAACCTTGAAATATCTATATTTATCTAATTAAA
ACTCAGCCACAGTAGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGAATCTAAATCTTGTTTCGATTTAAATA
AAATAAATTCGGCAAAAATGGAAAAACGACATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATTTTTTTTGG
CATTGAATTATATTTTTCTTCTCAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAGC
TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGATAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAATCGCGTTCCGGA
GTGCCAGCTCAAGTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAAACTCATTCAAATATCGATATCCATATAAC
CAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTATTTTTACAAGAATCTGAATCTTGTTTCCATTTA
ATTAAAAATTAATTCAGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAACGTGAAAAACCCGCCAATCTT
TTTCACATTGAATTATATATTTTTTCTGAGCATTGTGACAAAAAATCAAGAAAAAATATTTCGGG
TCAGTTTTTAGCCAAAATCGTATATACAGTTTTTGGACGAAAAACGCGTTTCGCGTA
Found at i:42945 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 42938--42970 Score: 66
Period size: 2 Copynumber: 16.5 Consensus size: 2
42928 GGCTTTGTAC
42938 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
42971 G
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
2 31 1.00
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Consensus pattern (2 bp):
TA
Done.