Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01016383.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig16416, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Indices: 621--717 Score: 160
Period size: 51 Copynumber: 1.9 Consensus size: 51
611 CTGGCATTAG
*
621 TTATGCTTTGTAAATACATCCTT-TTGTGTGATTATGATATGATAATCAGTA
1 TTATGCTTTGTAAATACAT-CTTATTGTGTGATTATCATATGATAATCAGTA
*
672 TTATGCTTTGTAAATACATCTTATTTTGTGATTATCATATGATAAT
1 TTATGCTTTGTAAATACATCTTATTGTGTGATTATCATATGATAAT
718 TTATGGGACA
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 2, Indels: 2
0.91 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
50 3 0.07
51 40 0.93
ACGTcount: A:0.30, C:0.09, G:0.13, T:0.47
Consensus pattern (51 bp):
TTATGCTTTGTAAATACATCTTATTGTGTGATTATCATATGATAATCAGTA
Found at i:2071 original size:267 final size:267
Alignment explanation
Indices: 1583--2109 Score: 779
Period size: 268 Copynumber: 2.0 Consensus size: 267
1573 TACATCTTTT
* * * * *
1583 TTATGTGTTTATCCCATGATATATCAATTTTAGCTTTGTTTCTTTGTGGATGTACTTAAAATCGG
1 TTATGTGTTTATCACATAATACATCAATTTTAACTTTGTTTCTTTGTGGATGTACTTAAAATCAG
*
1648 GGTAGACAGGGGCCCACCTAAATCCTCTAATTCCTCCTTATTTTACGTGTTACTTTTTGGATGGT
66 GGTAGACAGGGGCCCACCTAAATCCTATAATTCCTCCTTATTTTACGTGTTACTTTTTGGATGGT
* * *
1713 GCCCACCCTCCATAAATCATATGTACTCAGATTTGAGATACAACATTCTAACAGTGTGATTGAGT
131 GCCCACCCTCCATAAATCAAATGTACTCAGATGTGAGATACAACATTCTAACAGTGTGATTGAAT
* ** * *
1778 GATCGAAAGGTTTGTATATTTGAACTTTAAACTTGTTCTAAAGTAAATTAATGGGTGATTTAAGT
196 GATCGAAAGGTTTGTATATTTGAACTTCAAA-TTACTCTAAAGTAAATTAATGAGTGATTAAAGT
1843 TGCCCCTA
260 TGCCCCTA
*
1851 TTATGTGTTTATCACATAATACATCAATTTTAACTTTGTTTCTTTGT-GATTGTACTTAAAATTA
1 TTATGTGTTTATCACATAATACATCAATTTTAACTTTGTTTCTTTGTGGA-TGTACTTAAAATCA
* ** * * *
1915 GGGTGGACAGGGGCCCACCTCGATCCTATAATTCCTCTTTATTTTAGGTGTTA-TTTTTGGATTG
65 GGGTAGACAGGGGCCCACCTAAATCCTATAATTCCTCCTTATTTTACGTGTTACTTTTTGGATGG
* ** *
1979 TGTCCACCCTCCATAAATCAAATGTGGTTAGATGTGAGATACAACATTCTAACAGTGTGATTGAA
130 TGCCCACCCTCCATAAATCAAATGTACTCAGATGTGAGATACAACATTCTAACAGTGTGATTGAA
* *
2044 TGATCGAGAGGTTTGTATGTTTGAACTTCAAATTACTCTAAAGTAAATTAATGAGTGATTAAAGT
195 TGATCGAAAGGTTTGTATATTTGAACTTCAAATTACTCTAAAGTAAATTAATGAGTGATTAAAGT
2109 T
260 T
2110 TATTTTTGTC
Statistics
Matches: 231, Mismatches: 27, Indels: 4
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
266 30 0.13
267 99 0.43
268 102 0.44
ACGTcount: A:0.28, C:0.16, G:0.18, T:0.39
Consensus pattern (267 bp):
TTATGTGTTTATCACATAATACATCAATTTTAACTTTGTTTCTTTGTGGATGTACTTAAAATCAG
GGTAGACAGGGGCCCACCTAAATCCTATAATTCCTCCTTATTTTACGTGTTACTTTTTGGATGGT
GCCCACCCTCCATAAATCAAATGTACTCAGATGTGAGATACAACATTCTAACAGTGTGATTGAAT
GATCGAAAGGTTTGTATATTTGAACTTCAAATTACTCTAAAGTAAATTAATGAGTGATTAAAGTT
GCCCCTA
Found at i:2312 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 2292--2321 Score: 60
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
2282 GATGGCCCAC
2292 CCTCCATAAATCAAA
1 CCTCCATAAATCAAA
2307 CCTCCATAAATCAAA
1 CCTCCATAAATCAAA
2322 TGTGGTTAAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 15 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.33, G:0.00, T:0.20
Consensus pattern (15 bp):
CCTCCATAAATCAAA
Found at i:2740 original size:310 final size:309
Alignment explanation
Indices: 1851--2742 Score: 1191
Period size: 322 Copynumber: 2.8 Consensus size: 309
1841 GTTGCCCCTA
* * * * *
1851 TTATGTGTTTATCACATAATACATCAATTTTAACTTTGTTTCTTTGT-GATTGTACTTAAAATTA
1 TTATGTGATTATCACATGATACATCAATTTTAGCCTTGTTTCTTTGTGGA-TGTACTTAAAATTG
* * *
1915 GGGTGGACAGGGGCCCACCTCGATCCTATAATTCCTCTTTATTTTAGGTGTTATTTTTGGATTGT
65 GGGTGGACAGGGGCCCACCTCAATCCTCTAATTCCTCCTTATTTTAGGTGTTATTTTTGGA-TGT
* ** * * *
1980 GTCCACCCTCCATAAATCAAATGTGGTTAGATGTGAGATACAACATTCTAACAGTGTGATTGAAT
129 GCCCACCCTCCATAAATCAAATGTAATCAGATTTGAGATACAACATTCTAACAGTGTGATTGAGT
* *
2045 GATCGAGAGGTTTGTATGTTTGAACTTCAAA-TTACTCTAAAGTAAATTAATGAGTGATTAAAGT
194 GATCGAGAGGTTTGTATGTTTGGACTTCAAACTTATTCTAAAGTAAATTAATGAGTGATTAAAGT
* * *
2109 TTATTTTTGTCTTTTAATCTATCTGCAATATGTTTTGTTAATACACTCTTT
259 TGATTTCTGTCTTTTAATCTATCTGCAATATGTTTTGTTAATACACCCTTT
** * * *
2160 TTATGAAATTATCACATGATACATCAATTTTAGCCTTGTTTTTTTG-GGATTTACTTGAAATTGG
1 TTATGTGATTATCACATGATACATCAATTTTAGCCTTGTTTCTTTGTGGATGTACTTAAAATTGG
* *
2224 GGTGTACAGGGGCCCACCTCAATCCTCTAATTCCTCCCTATTTTAGGTGTTATTTTTGGATG-GC
66 GGTGGACAGGGGCCCACCTCAATCCTCTAATTCCTCCTTATTTTAGGTGTTATTTTTGGATGTGC
*
2288 CCACCCTCCATAAATCAAACCTCCATAAATCAAATGTGGTTAAATTTGAGATACAACATTCTAAC
131 CCACCCTCCATAAATCAAA--T--GT-AATC--A----G----ATTTGAGATACAACATTCTAAC
* *
2353 AATGTGATTG-GATGATTGAGAGGTTTGTATGTTTGGACTTCAAACTTATTCTAAAGTAAATTAA
181 AGTGTGATTGAG-TGATCGAGAGGTTTGTATGTTTGGACTTCAAACTTATTCTAAAGTAAATTAA
* *
2417 TGTGTGATTAAAGTTGGTTTCTGTCTTTTAATCTATCTGCAATATGTTTTGTTAATACACCCTTT
245 TGAGTGATTAAAGTTGATTTCTGTCTTTTAATCTATCTGCAATATGTTTTGTTAATACACCCTTT
*
2482 TTATGTGATTATCACATGATACATCAATTTTAGCCTTGTTTGTTTGTGGATGTACTTAAAATTGG
1 TTATGTGATTATCACATGATACATCAATTTTAGCCTTGTTTCTTTGTGGATGTACTTAAAATTGG
* * * **
2547 GGTGGACAAGGGCCCACCTCAATCCTCTAATTCCTCCTTATTTTACGTATTATTTTTTTATGGTG
66 GGTGGACAGGGGCCCACCTCAATCCTCTAATTCCTCCTTATTTTAGGTGTTATTTTTGGAT-GTG
* * *
2612 CCCACCCTCCATAAATCATATGTACTCAGATTTGAGATACAACATTCTAACGGTGTGATTGAGTG
130 CCCACCCTCCATAAATCAAATGTAATCAGATTTGAGATACAACATTCTAACAGTGTGATTGAGTG
* * *
2677 ATCGAGAGGTTTGTATATTTGGACTTTAAACTTATTCTAAAGTAAATTAATGGGTGATTAAAGTT
195 ATCGAGAGGTTTGTATGTTTGGACTTCAAACTTATTCTAAAGTAAATTAATGAGTGATTAAAGTT
2742 G
260 G
2743 CCCCTTTTTA
Statistics
Matches: 509, Mismatches: 52, Indels: 43
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
306 20 0.04
307 2 0.00
308 68 0.13
309 41 0.08
310 95 0.19
311 2 0.00
313 1 0.00
314 1 0.00
317 1 0.00
318 1 0.00
320 3 0.01
321 61 0.12
322 121 0.24
323 71 0.14
324 1 0.00
325 20 0.04
ACGTcount: A:0.28, C:0.15, G:0.17, T:0.40
Consensus pattern (309 bp):
TTATGTGATTATCACATGATACATCAATTTTAGCCTTGTTTCTTTGTGGATGTACTTAAAATTGG
GGTGGACAGGGGCCCACCTCAATCCTCTAATTCCTCCTTATTTTAGGTGTTATTTTTGGATGTGC
CCACCCTCCATAAATCAAATGTAATCAGATTTGAGATACAACATTCTAACAGTGTGATTGAGTGA
TCGAGAGGTTTGTATGTTTGGACTTCAAACTTATTCTAAAGTAAATTAATGAGTGATTAAAGTTG
ATTTCTGTCTTTTAATCTATCTGCAATATGTTTTGTTAATACACCCTTT
Found at i:2953 original size:268 final size:267
Alignment explanation
Indices: 2476--3009 Score: 818
Period size: 268 Copynumber: 2.0 Consensus size: 267
2466 TGTTAATACA
* * * *
2476 CCCTTTTTATGTGATTATCACATGATACATCAATTTTAGCCTTGTTTGTTTGTGGATGTACTTAA
1 CCCTTTTTATGTGATTATCACATAATACATCAATTTTAACCTTGTTTATTTGTGGATATACTTAA
* * * **
2541 AATTGGGGTGGACAAGGGCCCACCTCAATCCTCTAATTCCTCCTTATTTTACGTATTATTTTTTT
66 AATTGGGGTGGACAAGGGCCCACCTCAATCCTATAATTCCTCCTTATTTTAAGTATCATTTTTGG
* * * *
2606 ATGGTGCCCACCCTCCATAAATCATATGTACTCAGATTTGAGATACAACATTCTAACGGTGTGAT
131 ATGGTGCCCACCCTCCAAAAATCAAATGTACTCAGATGTGAGATACAACATTCTAACAGTGTGAT
* * * *
2671 TGAGTGATCGAGAGGTTTGTATATTTGGACTTTAAACTTATTCTAAAGTAAATTAATGGGTGATT
196 TGAATGATCGAGAGGTTTGTATATTTGAACTTCAAAC-TACTCTAAAGTAAATTAATGGGTGATT
2736 AAAGTTGC
260 AAAGTTGC
* *
2744 CCCTTTTTATGTGTTTATCACATAATACATCAATTTTAACCTTGTTTATTTGTGGATATACTTTA
1 CCCTTTTTATGTGATTATCACATAATACATCAATTTTAACCTTGTTTATTTGTGGATATACTTAA
* *
2809 AATTGGGGTGGACAGGGGCCCACCTCAATCCTATAATTCCT-CTCTATTTTAAGTGTCATTTTTG
66 AATTGGGGTGGACAAGGGCCCACCTCAATCCTATAATTCCTCCT-TATTTTAAGTATCATTTTTG
** *
2873 GATGGTGCCCACCCTCCAAAAATCAAATGTGGTTAGATGTGAGATACAACATTCTAACAGTGTGA
130 GATGGTGCCCACCCTCCAAAAATCAAATGTACTCAGATGTGAGATACAACATTCTAACAGTGTGA
*
2938 TTGAATGATCGAGAGGTTTGTATGTTTGAACTTCAAACTACTCTAAAGTAAATTAATGGGTGATT
195 TTGAATGATCGAGAGGTTTGTATATTTGAACTTCAAACTACTCTAAAGTAAATTAATGGGTGATT
3003 AAAGTTG
260 AAAGTTG
3010 GTTTTTGTCT
Statistics
Matches: 240, Mismatches: 25, Indels: 3
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
267 35 0.15
268 205 0.85
ACGTcount: A:0.28, C:0.16, G:0.18, T:0.37
Consensus pattern (267 bp):
CCCTTTTTATGTGATTATCACATAATACATCAATTTTAACCTTGTTTATTTGTGGATATACTTAA
AATTGGGGTGGACAAGGGCCCACCTCAATCCTATAATTCCTCCTTATTTTAAGTATCATTTTTGG
ATGGTGCCCACCCTCCAAAAATCAAATGTACTCAGATGTGAGATACAACATTCTAACAGTGTGAT
TGAATGATCGAGAGGTTTGTATATTTGAACTTCAAACTACTCTAAAGTAAATTAATGGGTGATTA
AAGTTGC
Found at i:3052 original size:577 final size:582
Alignment explanation
Indices: 2167--3791 Score: 1871
Period size: 577 Copynumber: 2.8 Consensus size: 582
2157 TTTTTATGAA
* * * * *
2167 ATTATCACATGATACATCAATTTTAGCCTTGTTTTTTTG-GGATTTACTTGAAATTGGGGTGTAC
1 ATTATCACATGATACATCAATTTTAACCTTGTTTATTTGTGGATATACTTAAAATTGGGGTGGAC
**
2231 AGGGGCCCACCTCAATCCTCTAATTCCTCCCTATTTTAGGTGTTATTTTTGGATGGCCCACCCTC
66 AGGGGCCCACCTCAATCCTCTAATTCCTCCCTATTTTAGGTGTTATTTTTGGATGG----TGC-C
*
2296 CATAAATCAAACCTCCATAAATCAAATGTGGTTAAATTTGAGATACAACATTCTAACAATGTGAT
126 C----A-C---CCTCCATAAATCAAATGTGGTT-AATGTGAGATACAACATTCTAAC-ATGTGAT
* * *
2361 TGGATGATTGAGAGGTTTGTATGTTTGGACTTCAAACTTATTCTAAAGTAAATTAATGTGTGATT
181 T-GATGATCGAGAGGTTTGTATGTTTGAACTTCAAACTTATTCTAAAGTAAATTAATGGGTGATT
*
2426 AAAGTTGGTTTCTGTCTTTTAATCTATCTGCAATATGTTTTGTTAATACACCCTTTTTATGTGAT
245 AAAGTTGGTTTATGTCTTTTAATCTATCTGCAATATGTTTTGTTAATACACCCTTTTTATGTGAT
*
2491 TATCACATGATACATCAATTTTAGCCTTGTTTGTTTGTGGATGTACTTAAAATTGGGGTGGACAA
310 TATCACATGATACATCAATTTTAGCCTTGTTTCTTTGTGGATGTACTTAAAATTGGGGTGGACAA
* **
2556 GGGCCCACCTCAATCCTCTAATTCCTCCTTATTTTACGTATTATTTTTTTATGGTGCCCACCCTC
375 GGGCCCACCTCAATCCTCTAATTCCTCC-TATTTTAAGTA-TATTTTTGGATGGTGCCCACCCTC
* *
2621 CATAAATCATATGTACTCAGATTTGAGATACAACATTCTAACGGTGTGATTGAGTGATCGAGAGG
438 CATAAATCATATGTACTCAGATATGAGATACAACATTCTAACAGTGTGATTGAGTGAT----AGG
* *
2686 TTTGTATATTTGGACTTTAAACTTATTCTAAAGTAAATTAATGGGTGATTAAA-G-T-TG-C-C-
499 TTTGTATATTTGGAC-TCAAACTTATTCTAAAGTAAATTAATCGGTGATTAAAGGTTCTGTCACT
2745 C-C-TT-TT-T-A-TG-TGT
563 CGCTTTGTTATCATTGATGT
* *
2758 -TTATCACATAATACATCAATTTTAACCTTGTTTATTTGTGGATATACTTTAAATTGGGGTGGAC
1 ATTATCACATGATACATCAATTTTAACCTTGTTTATTTGTGGATATACTTAAAATTGGGGTGGAC
* * * *
2822 AGGGGCCCACCTCAATCCTATAATTCCTCTCTATTTTAAGTGTCATTTTTGGATGGTGCCCACCC
66 AGGGGCCCACCTCAATCCTCTAATTCCTCCCTATTTTAGGTGTTATTTTTGGATGGTGCCCACCC
*
2887 TCCAAAAATCAAATGTGGTTAGATGTGAGATACAACATTCTAACAGTGTGATTGAATGATCGAGA
131 TCCATAAATCAAATGTGGTTA-ATGTGAGATACAACATTCTAACA-TGTGATTG-ATGATCGAGA
* *
2952 GGTTTGTATGTTTGAACTTCAAAC-TACTCTAAAGTAAATTAATGGGTGATTAAAGTTGGTTTTT
193 GGTTTGTATGTTTGAACTTCAAACTTATTCTAAAGTAAATTAATGGGTGATTAAAGTTGGTTTAT
* *
3016 GTCTTTTAATCTATCTGCAATATGTTTTGTTAATACACTCTTTTTATGAGATTATCACATGATAC
258 GTCTTTTAATCTATCTGCAATATGTTTTGTTAATACACCCTTTTTATGTGATTATCACATGATAC
* *
3081 ATCAATTTTAGCCTTGTTTCTTTGGGGATTTACTTAAAATTGGGGTGGACAAGGGCCCACCTCAA
323 ATCAATTTTAGCCTTGTTTCTTTGTGGATGTACTTAAAATTGGGGTGGACAAGGGCCCACCTCAA
* *
3146 TCCTCTAATTCCTTCCTAGTTTAGGTGATATTTTTGGATGGTGCCCACCCTCCATAAATCATATG
388 TCCTCTAATTCC-TCCTATTTTAAGT-ATATTTTTGGATGGTGCCCACCCTCCATAAATCATATG
** * *
3211 TGGTCAGATATGAGATACAACATTCTAACAGTGTGATTGAGTGATATGTTTGTATGTTTGGACTC
451 TACTCAGATATGAGATACAACATTCTAACAGTGTGATTGAGTGATAGGTTTGTATATTTGGACTC
*
3276 AAACTTATTCTAAAGTGAATTAATCGGTGATTAAAGTTGGTTTCTGTCAATCTATCTGCAATATG
516 AAACTTATTCTAAAGTAAATTAATCGGTGATTAAA---GG-TTCTGTC-A-C--TC-GC------
*
3341 TTTTGTTAATACACCATTTTTATGT
566 -TTTGTT-AT----CA--TTGATGT
** *
3366 GATTATCACATGATACATCAATTTTAACCTTGTTTCGTTGTGGATGTACTTAAAATTGGGGTGGA
1 -ATTATCACATGATACATCAATTTTAACCTTGTTTATTTGTGGATATACTTAAAATTGGGGTGGA
* * * *
3431 CAAGGGCCCACCTCAATCCTCTAATTCATCCCTATTTTAGGTGTTATTTTTAGATGGTGCCCACT
65 CAGGGGCCCACCTCAATCCTCTAATTCCTCCCTATTTTAGGTGTTATTTTTGGATGGTGCCCACC
* *
3496 CTGCATAAATC--A------T-ATGTG-GAT---AC---C--AC-----A-T-ATGATCAAGAGG
130 CTCCATAAATCAAATGTGGTTAATGTGAGATACAACATTCTAACATGTGATTGATGATCGAGAGG
3536 TTTGTATGTTTGGAA-TTCAAACTTATTCTAAAGTAAATTAATGGGTGATTAAAGTTGGTTTATG
195 TTTGTATGTTT-GAACTTCAAACTTATTCTAAAGTAAATTAATGGGTGATTAAAGTTGGTTTATG
* * *
3600 TGTTTTAATCTATCTACAATATGTTTTATTAATACACCCTTTTTATGTGATTATCACATGATACA
259 TCTTTTAATCTATCTGCAATATGTTTTGTTAATACACCCTTTTTATGTGATTATCACATGATACA
** * * *
3665 TCAATTTTAAACTTGTTTCTTTGTGGATGTATTTAAAATTGTGTTGGAC-AGGAGCCCACCTCAA
324 TCAATTTTAGCCTTGTTTCTTTGTGGATGTACTTAAAATTGGGGTGGACAAGG-GCCCACCTCAA
* * **
3729 TCCT-TAAATTCCTCAATATTTTAAGTGCTATTTTTGGATGGTATCCACCCTCCATAAATCATA
388 TCCTCT-AATTCCTC-CTATTTTAAGT-ATATTTTTGGATGGTGCCCACCCTCCATAAATCATA
3792 CGGCTACCCT
Statistics
Matches: 911, Mismatches: 74, Indels: 106
0.84 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
572 34 0.04
573 16 0.02
576 1 0.00
577 261 0.29
578 86 0.09
579 2 0.00
580 1 0.00
581 1 0.00
582 36 0.04
583 208 0.23
584 1 0.00
585 1 0.00
586 3 0.00
587 1 0.00
588 1 0.00
590 35 0.04
591 76 0.08
593 1 0.00
596 4 0.00
597 2 0.00
599 4 0.00
600 5 0.01
602 1 0.00
604 1 0.00
607 1 0.00
608 4 0.00
610 124 0.14
ACGTcount: A:0.28, C:0.16, G:0.17, T:0.39
Consensus pattern (582 bp):
ATTATCACATGATACATCAATTTTAACCTTGTTTATTTGTGGATATACTTAAAATTGGGGTGGAC
AGGGGCCCACCTCAATCCTCTAATTCCTCCCTATTTTAGGTGTTATTTTTGGATGGTGCCCACCC
TCCATAAATCAAATGTGGTTAATGTGAGATACAACATTCTAACATGTGATTGATGATCGAGAGGT
TTGTATGTTTGAACTTCAAACTTATTCTAAAGTAAATTAATGGGTGATTAAAGTTGGTTTATGTC
TTTTAATCTATCTGCAATATGTTTTGTTAATACACCCTTTTTATGTGATTATCACATGATACATC
AATTTTAGCCTTGTTTCTTTGTGGATGTACTTAAAATTGGGGTGGACAAGGGCCCACCTCAATCC
TCTAATTCCTCCTATTTTAAGTATATTTTTGGATGGTGCCCACCCTCCATAAATCATATGTACTC
AGATATGAGATACAACATTCTAACAGTGTGATTGAGTGATAGGTTTGTATATTTGGACTCAAACT
TATTCTAAAGTAAATTAATCGGTGATTAAAGGTTCTGTCACTCGCTTTGTTATCATTGATGT
Found at i:3439 original size:301 final size:305
Alignment explanation
Indices: 2746--3514 Score: 1131
Period size: 301 Copynumber: 2.5 Consensus size: 305
2736 AAAGTTGCCC
* * * *
2746 CTTTTTATGTGTTTATCACATAATACATCAATTTTAACCTTGTTTATTTGTGGATATACTTTAAA
1 CTTTTTATGTGATTATCACATGATACATCAATTTTAACCTTGTTTCTTTGTGGATATACTTAAAA
* * *
2811 TTGGGGTGGACAGGGGCCCACCTCAATCCTATAATTCC-TCTCTATTTTAAGTGTCATTTTTGGA
66 TTGGGGTGGACAAGGGCCCACCTCAATCCTCTAATTCCTTC-CTATTTTAGGTGT-ATTTTTGGA
* * * *
2875 TGGTGCCCACCCTCCAAAAATCAAATGTGGTTAGATGTGAGATACAACATTCTAACAGTGTGATT
129 TGGTGCCCACCCTCCATAAATCATATGTGGTCAGATATGAGATACAACATTCTAACAGTGTGATT
*
2940 GAATGATCGAGAGGTTTGTATGTTTGAACTTCAAACTACTCTAAAGTAAATTAATGGGTGATTAA
194 GAATGATCGAGAGGTTTGTATGTTTGAACTTCAAACTACTCTAAAGTAAATTAATCGGTGATTAA
*
3005 AGTTGGTTTTTGTCTTTTAATCTATCTGCAATATGTTTTGTTAATACACT
259 AGTTGGTTTCTGTC---TAATCTATCTGCAATATGTTTTGTTAATACACT
* * * *
3055 CTTTTTATGAGATTATCACATGATACATCAATTTTAGCCTTGTTTCTTTGGGGATTTACTTAAAA
1 CTTTTTATGTGATTATCACATGATACATCAATTTTAACCTTGTTTCTTTGTGGATATACTTAAAA
*
3120 TTGGGGTGGACAAGGGCCCACCTCAATCCTCTAATTCCTTCCTAGTTTAGGTGATATTTTTGGAT
66 TTGGGGTGGACAAGGGCCCACCTCAATCCTCTAATTCCTTCCTATTTTAGGTG-TATTTTTGGAT
3185 GGTGCCCACCCTCCATAAATCATATGTGGTCAGATATGAGATACAACATTCTAACAGTGTGATTG
130 GGTGCCCACCCTCCATAAATCATATGTGGTCAGATATGAGATACAACATTCTAACAGTGTGATTG
* * * * *
3250 -A-G-T-GATATGTTTGTATGTTTGGAC-TCAAACTTATTCTAAAGTGAATTAATCGGTGATTAA
195 AATGATCGAGAGGTTTGTATGTTTGAACTTCAAAC-TACTCTAAAGTAAATTAATCGGTGATTAA
3310 AGTTGGTTTCTGTC-AATCTATCTGCAATATGTTTTGTTAATACAC-
259 AGTTGGTTTCTGTCTAATCTATCTGCAATATGTTTTGTTAATACACT
* *
3355 CATTTTTATGTGATTATCACATGATACATCAATTTTAACCTTGTTTCGTTGTGGATGTACTTAAA
1 C-TTTTTATGTGATTATCACATGATACATCAATTTTAACCTTGTTTCTTTGTGGATATACTTAAA
* * *
3420 ATTGGGGTGGACAAGGGCCCACCTCAATCCTCTAATTCATCCCTATTTTAGGTGTTATTTTTAGA
65 ATTGGGGTGGACAAGGGCCCACCTCAATCCTCTAATTCCTTCCTATTTTAGGTG-TATTTTTGGA
* *
3485 TGGTGCCCACTCTGCATAAATCATATGTGG
129 TGGTGCCCACCCTCCATAAATCATATGTGG
3515 ATACCACATA
Statistics
Matches: 421, Mismatches: 35, Indels: 16
0.89 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
300 1 0.00
301 177 0.42
304 6 0.01
305 57 0.14
306 1 0.00
307 1 0.00
308 1 0.00
309 174 0.41
310 3 0.01
ACGTcount: A:0.27, C:0.16, G:0.18, T:0.38
Consensus pattern (305 bp):
CTTTTTATGTGATTATCACATGATACATCAATTTTAACCTTGTTTCTTTGTGGATATACTTAAAA
TTGGGGTGGACAAGGGCCCACCTCAATCCTCTAATTCCTTCCTATTTTAGGTGTATTTTTGGATG
GTGCCCACCCTCCATAAATCATATGTGGTCAGATATGAGATACAACATTCTAACAGTGTGATTGA
ATGATCGAGAGGTTTGTATGTTTGAACTTCAAACTACTCTAAAGTAAATTAATCGGTGATTAAAG
TTGGTTTCTGTCTAATCTATCTGCAATATGTTTTGTTAATACACT
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3990 TTATAATTGT
4000 AATATTTGTAGTGGTATTTCAAACAAAAA
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4029 AATATTTGTAGTGGTATTTCAAACAAAAA
1 AATATTTGTAGTGGTATTTCAAACAAAAA
* *
4058 AATGTTTTTAGTGGTATTT
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4077 TTTTAAAAAT
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AATATTTGTAGTGGTATTTCAAACAAAAA
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14349 TCCTTTTGTC
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*
14372 TTTTTTTTTTCTT
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1 TTTT
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TTTTCTTTTTCTT
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15155 TTGACACTGT
15165 TTAGCAACTGTACAGATGAGA
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* *
15186 TTA-CACTGTACATATTAGA
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*
15205 TTAGGTACTGTACAGATGAGA
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1 TTA
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TTAGCACTGTACAGATGAGA
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27143 TATGAGTGTG
27153 TGTG-TGATTGTTTGGTTTGGTAGA
1 TGTGATGATTGTTTGGTTTGGTAGA
27177 TGTGATGATTGTTTGGTTTGGTAGATGA
1 TGTGATGATTGTTTGGTTTGGT--A-GA
*
27205 GTGTGTGTGTGATTGTTTGGTTTGGTAGA
1 ---TGTG-ATGATTGTTTGGTTTGGTAGA
27234 TGTGATGATTGTTTGGTTTGGTAGA
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27275 TAGAGACCGA
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TGTGATGATTGTTTGGTTTGGTAGA
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27134 GATGGTCCTT
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ATGAGTGTGTGTGTGATTGTTTGGTTTGGTAGATGTGATGATTGTTTGGTTTGGTAG
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27265 GATTGGTTTG
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1 TAGAGACCGAGCGAGAGTGCTCAAA
27325 ATTGTTTGGG
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TAGAGACCGAGCGAGAGTGCTCAAA
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29277 ATTTCTTGTT
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1 TTATGAAATGTC
29312 GTTTTTTTCA
Statistics
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1.00 0.00 0.00
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TTATGAAATGTCC
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Indices: 33894--34008 Score: 142
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33884 TGTTAGGGTT
* * * * **
33894 CTATTTGACCAAATTAAAAGCATGAATTCTAAATTGAACATTTTTGCTTATGTTAAAGCC
1 CTATTTAACCAAATTAAAAACATGAAATCTAAATTGAACATTTCTGAATATGTTAAAGCC
* *
33954 CTATTTAACCAAATTAAAAATAT-AAGATCTAAATTGAGCATTTCTGAATATGTTA
1 CTATTTAACCAAATTAAAAACATGAA-ATCTAAATTGAACATTTCTGAATATGTTA
34009 GGACCCTATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
59 2 0.04
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CTATTTAACCAAATTAAAAACATGAAATCTAAATTGAACATTTCTGAATATGTTAAAGCC
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34637 ATAACTATTC
*
34647 TTTTTAG-TGATTTAACATT
1 TTTTTAGATGATTCAAC-TT
34666 TTTTTAGATGATTCAACTT
1 TTTTTAGATGATTCAACTT
34685 TTTT
1 TTTT
34689 ATTAATTCTG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
19 13 0.62
20 8 0.38
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Consensus pattern (19 bp):
TTTTTAGATGATTCAACTT
Found at i:36005 original size:331 final size:329
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Indices: 35222--36160 Score: 1022
Period size: 331 Copynumber: 2.8 Consensus size: 329
35212 TTTTTACGAT
* * * *
35222 TTAGAAAAAATAAGTAATACAATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTCCAATCTTTTTGGCGTTGAAT
1 TTAGAAAAAATAAGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTCCAATCTTTTTGGCGTTAAAT
* * *
35287 TATATATTTTTATGAGTATTTTAGCATAAAATTGAGGAGAAATATTTT-GTGTCAATTTTTGCAA
66 TATATATTTTTATGAGTATTTTACCA-AAAATTGAGGAAAAAT-TTTTCGGGTCAATTTTTGCAA
* * *
35351 AATTTTA-ACTGAAATCTTGTAATATAACTAACTAAT-ACAGTGTTTT-GCTAAAAACACGTTAC
129 AATTTTAGAC-GAAATCATGT-A-ATAAC---C--ATCACAAT-TTTTGGCTAAAAACACGTTTC
* * * * *
35413 AGCGACCC--ACCTCAATTTTGCATGATTTTTGAC-TCCGAGACTACTTGAAATATTTATATTCA
185 AG-GGCCCTGA-CTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGT-CAAGACTCCTTGAAATATTCATATTCA
* * *
35475 TCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCCGTATCTTGTTTC
247 TCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTATTTTTAAGAGCATCCGAATCTTGTTTC
* *
35540 GATTTAATTAGAAACTAA
312 AATTTAATTAAAAACTAA
* * * * *
35558 TTTGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAA-CGTCAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAA
1 TTAGAAAAAATAAGAAAAACGATATTA-AAAGCGTGAAAAGCCCTCCAATCTTTTTGGCGTT-AA
* * *
35622 A-TATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAATATCTTTCGGGTCAATTTTTAC
64 ATTATATA-TTTTTATGAGTATTTTA-CCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAATTTTTGC
* *
35686 AAAATTTTAGTCGAAATCATGTAATAACCATCACAATTTTTGGCTAACAAA-GCGTTTC-GGGCC
127 AAAATTTTAGACGAAATCATGTAATAACCATCACAATTTTTGGCTAA-AAACACGTTTCAGGGCC
* * * *
35749 CTGTCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCCTTGAGATATTCATATTCATATAATCAA
191 CTGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCCTTGAAATATTCATATTCATCTAATCAA
* * ** *
35814 ATCTCAGCTACGTTGGATTTAAGGATTTATTTTTAAGAGCATTTGAATTTTGTTTCAATTTAATT
256 ATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTATTTTTAAGAGCATCCGAATCTTGTTTCAATTTAATT
*
35879 AAAAATTAA
321 AAAAACTAA
* * * *
35888 TTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGTGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGTGTTAAA
1 TT-AGAAAAAATAAGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTCCAATCTTTTTGGCGTTAAA
* *
35953 TTATTTATATTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCACTTTTTGCA
65 TTATATAT-TTTTATGAGTATTTTA-CCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAATTTTTGCA
* * * ** * * * * *
36018 AAATTTTAGCCAAAATCATGTATTAACCATCACGGTTTTTTGGCTAAAAATATGTGTCGGGGCCT
128 AAATTTTAGACGAAATCATGTAATAACCATCAC-AATTTTTGGCTAAAAACACGTTTCAGGGCCC
* * *
36083 TGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCGATG-CTCCTTGAAATA-TCTATATTCATCTAATAA
192 TGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTC-AAGACTCCTTGAAATATTC-ATATTCATCTAATCA
*
36146 AATCTTAGCCACATT
255 AATCTCAGCCACATT
36161 ACATTTAATA
Statistics
Matches: 509, Mismatches: 73, Indels: 45
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
329 4 0.01
330 131 0.26
331 151 0.30
332 21 0.04
333 67 0.13
334 2 0.00
335 5 0.01
336 59 0.12
337 66 0.13
338 3 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (329 bp):
TTAGAAAAAATAAGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTCCAATCTTTTTGGCGTTAAAT
TATATATTTTTATGAGTATTTTACCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAA
TTTTAGACGAAATCATGTAATAACCATCACAATTTTTGGCTAAAAACACGTTTCAGGGCCCTGAC
TCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCCTTGAAATATTCATATTCATCTAATCAAATCTC
AGCCACATTGGATTTAAGGATTTATTTTTAAGAGCATCCGAATCTTGTTTCAATTTAATTAAAAA
CTAA
Found at i:37385 original size:331 final size:330
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Indices: 36913--37807 Score: 1070
Period size: 320 Copynumber: 2.7 Consensus size: 330
36903 TTTCTGGGCC
* * * * * *
36913 AAGACTCCTTGAGATATCAATATTCATATAATC-AAATCTCAGCTACATTGGATTTAACGATTTG
1 AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAA-CAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTA
*
36977 TTTTTACGAGCACCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTC-GAAAAAAATGGAAAAA
65 TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCAG-AAAAAATGGAAAAA
* *
37041 CGATATTAGAAGCGTGAAAAGTCCTTCAATTTTTTTGGCATTGAATTACATATTTTTTCTGAGTA
129 CAATATTAGAAGCGTGAAAAG-CCTTCAATTTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTA
*
37106 TTGTGGAAAAAAATTGAGGAAAAACTTTCCGGGTAAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATG
193 TTGTGGAAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTAAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATG
* * * * *
37171 TACTAACCATCACAGTTTTTAGCTGAAAATGCGT-TCCGGAGTCCCGGCTCAATTTTGCAAGATT
258 TACTAACCATCACAGTTTTTAGCTAAAAACGCGTGT-CGGAGCCCCGACTCAATTTTACAAGATT
*
37235 TTTGGTACA
322 TTTGGCACA
* * ** * *
37244 AAGACTTCTTGAAATATCTATATTCATCGAAGGAAATCTCAACCACATTGGATATAAGGATTTAT
1 AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTAT
* * * * * *
37309 TTTTATGAGGATCTAAATATTGTTTCGATTTAATTAGAAATCAATTCAGAAAAAATGGAAAAGCA
66 TTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAATGGAAAAACA
* *
37374 ATATTAGAAGCGTG-AAAGCCTGTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAATATT
131 ATATTAGAAGCGTGAAAAGCCT-TCAATTTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATT
* * * * * * *
37438 TTGCAAAACAATTGAGAAAAAACTTTTTGGGTCAG----T------TTTTAGCCGAAATCGTGTA
195 GTGGAAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTAAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTA
* * * * * * * *
37493 CTAATCATCACGGTTTTTGGTTAAAAACGCGTGTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTATATGATTTTT
260 CTAACCATCACAGTTTTTAGCTAAAAACGCGTGTCGGAGCCCCGACTCAATTTTACAAGATTTTT
*
37558 GGCAGA
325 GGCACA
* * * *
37564 AAGACACCTTGAAATATCTATATAT-ATCTAACAAAATCTCAGCCACAATGGATTTGAGGATTTC
1 AAGACTCCTTGAAATATCTATAT-TCATCTAACAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTA
*
37628 TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTAAATTCAGAAAAAATGGAAAAAC
65 TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAATGGAAAAAC
* ** *
37693 AATATTA-AA-AGTGAAAAGCCCTTCAATTTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTCTAAGTAT
130 AATATTAGAAGCGTGAAAAG-CCTTCAATTTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTAT
* * **
37756 TGTGGCAAAGAATTGAGGAAAAA-TTTTCGAATAAGTTTTTGCAAAATTTTAG
194 TGTGGAAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTAAGTTTTTGCAAAATTTTAG
37808 GCAAAATCTA
Statistics
Matches: 470, Mismatches: 77, Indels: 37
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
318 11 0.02
319 60 0.13
320 192 0.41
321 2 0.00
322 1 0.00
326 1 0.00
328 6 0.01
329 3 0.01
330 71 0.15
331 122 0.26
332 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (330 bp):
AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTAT
TTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAATGGAAAAACA
ATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTCAATTTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTG
TGGAAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTAAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTAC
TAACCATCACAGTTTTTAGCTAAAAACGCGTGTCGGAGCCCCGACTCAATTTTACAAGATTTTTG
GCACA
Found at i:38221 original size:618 final size:624
Alignment explanation
Indices: 36913--40712 Score: 2735
Period size: 618 Copynumber: 5.9 Consensus size: 624
36903 TTTCTGGGCC
* * * * * * *
36913 AAGACTCCTTGAGATATCAATATTCATATAATCAAATCTCAGCTACATTGGATTTAACGATTTGT
1 AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGT
*
36978 TTTTACGAGCACCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTC-GAAAAAAATGGAAAAAC
66 TTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCAG-AAAAAATGGAAAAAC
* * * *
37042 GATATTAGAAGCGTGAAAAGTCCTTCAATTTTTTTGGCATTGAATTACATATTTTTTCTGAGTAT
130 AATATTAGAAGCGTGAAAA-CCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTAT
* * *
37107 TGTGGAAAAAAATTGAGGAAAAACTTTCCGGGTAAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGT
194 TGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAA-TTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC--GT
* *** * * * *
37172 ACTAACCATCA-CAGTTTTTAGCTGAAAATGCGTTCCGGAGTCCCGGCTCAATTTTGCAAGATTT
256 A-T-A-CTTCATC-G-AACTAACT---AA--CATT----A-TTCC-GATCAA---TGCAA-A---
* * ** * *
37236 TTGGTA-CAAAGACTTCTTGAAATATCTATATTCATCGAAGGAAATCTCAACCACATTGGATATA
298 -TGGCAGC-AAGAC--ATTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTA
* * * * * * * *
37300 AGGATTTATTTTTATGAGGATCTAAATATTGTTTCGATTTAATTAGAAATCAA-TTCAGAAAAAA
359 ACGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTTCGGAAAAAA
* * * *
37364 TGGAAAAGCAATATTAGAAGCGTG--AAAGCCTGTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTT
424 TGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCT-TCAATCTTTTTGGC-GTGAATTATATA-TTT
* *
37427 TTCTGAA-TATT-TTGCAAAACAATTGAGAAAAAACTTTTTGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGT
486 TTCT-AAGTATTGTGGCAAAA-AATTGAGAAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGT
* * * * **
37490 GTACTAATC--ATCACGGTTTTTGGTTAAAAACGCGTGTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTATATGA
549 GTACTAATCATATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCTCGTCTCAGTTTTGCATGA
*
37553 TTTTTGGCAGA
614 TTTTTGGCATA
* * * *
37564 AAGACACCTTGAAATATCTATATAT-ATCTAACAAAATCTCAGCCACAATGGATTTGAGGATTTC
1 AAGACTCCTTGAAATATCTATAT-TCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTG
*
37628 TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTAAATTCAGAAAAAATGGAAAAAC
65 TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAATGGAAAAAC
* * *
37693 AATATTA-AA-AGTGAAAAGCCCTTCAATTTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTCTAAGTAT
130 AATATTAGAAGCGTGAAAA-CCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTAT
* ** * * *
37756 TGTGGCAAAGAATTGAGGAAAAATTTTCGAATAAGTTTTTGCAAAATTTTAGGCAAAATC-TATA
194 TGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTATA
* * ** *
37820 -TTCATCGAACCAACTAACA-TATT-C-ATCAAAGCAAATCCCAGC-A-ACATTGTAATATCTAT
259 CTTCATCGAACTAACTAACATTATTCCGATCAATGCAAATGGCAGCAAGACATTGAAATATCTAT
* * *
37879 ATTCATCGAACCAAATCCCAGCCACATTGGTTTTAACGATTTGTTTTTACGAGCAGCTGAATCTT
324 ATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAACGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTT
* * * * *
37944 GTTTCGATTTAATTGGAAATAAATTTGGGAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAATCGTTAAAAAC
389 GTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTTCGGAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAAC
* * *
38009 CCTTCAATTTTTTTTGGCGTCACATTATATATTTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAATCT-AGGAA
454 CCTTCAA-TCTTTTTGGCGTGA-ATTATATATTTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAAT-TGAGAAA
*
38073 AAAGTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATCATATCACGGTTTTTGGCTAAAAA
516 AAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATCATATCACGGTTTTTGGCTAAAAA
* * *
38138 CGCGTTTCGGGGTCTCGTCTCAGTTTTGCATGGTTTTTAGCATA
581 CGCGTTTCGGGGCCTCGTCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCATA
* * *
38182 AAGTCTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGC
1 AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGT
*
38247 TTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTC-GGAAAAATGGAAAAACA
66 TTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAATGGAAAAACA
* * * * *
38311 ATATTAGAAGCGTGAAAATCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTTTATATTTTTTTATGTGTAT
131 ATATTAGAAGCGTGAAAA-CCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATA-TTTTTTCTGAGTAT
* * * * * *** *
38376 TGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATTTCGGGTCATTTTTTAGCCGAAATCGTGTA-CATTATTAC
194 TGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTT-G-CAAAAT--TTTAGCCGAAAT-C
** * ** * *** ***** **
38440 AGT-TTTTTGGCTAAAAATGGGGCCTAATCT--CAGTT-TTGC-ATGGTTTTTTTTGGCATAAAG
254 -GTATACTT--C-----AT-CGAACTAA-CTAACA-TTATTCCGATCAATGCAAATGGCAGCAAG
* * * * *
38500 ACTGCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTAAGTCACAATGGA-TTAACGGATTTGTTT
308 AC--ATTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAC-GATTTGTTT
* * *
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* * * *
38627 GATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATATTTTTGGCGTTGAATTATATATCCTTTCTGAA-TA
433 GATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCG-TGAATTATATAT-TTTTCT-AAGTA
* * * **
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495 TTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATCAT
* * * * * *
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560 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCTC-GTCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAT
38799 A
624 A
* * * *
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* * * * * * * * **
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* *
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* * * *
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* *** * * * *
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* * *
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298 --TGGCAGCAAGACA-T--T-GAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGGATT
* * * * * *
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**
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420 AAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTG--AAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCG-TGAATTATAT
* * * *
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482 ATTTTTCTA--AGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAA
*
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*
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* *
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* * * * *
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** * * *
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* * * *
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* * *** * *
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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* ** * *
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*
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* * * **
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*
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* * * *
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* * * * * * *
40351 ATATATGTATTAACCATC-ACAGTTTTTGGTTAA-AAACACGTTCCGGAGTCCCTGCTCAATTTT
254 GTATA---CTT---CATCGA-A--------CTAACTAACA--TT----A-TTCC-GATCAA--TG
** * * * * * *
40414 C-AATGCTTTTTGGTGCAAAGACTTCTGGGAATGTCTGTATTCATCGAATCAAATCTCAACCACA
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* * *
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* *
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** * * *
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* * * *
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* * * *
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* * ** *
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323 TG
* * * *
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*
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* *
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* *
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* *
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* ** *
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* * * *
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* * * *
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324 G
* * * * *
72301 AACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTGAATCTTGTTTAGAG
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* * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * *
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** * ** *
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* * * * * * *
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** * *
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* * * * * * * *
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* *
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* *
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* * * * * *
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**
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* * * *
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* ***
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * ** *
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* * *
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* **
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* * * *
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* *
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* *
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74048 TTTTATTGGGGTTGAATTATATATTTTTTCCGAGTATCATGGAAAAAAATTGAG--AAAATTTTT
131 TTTTATTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCCGAGTATTATGGAAAAAAATTGAGAAAAAATTTTT
* * * *
74111 CGAGTCAGATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACGATCAC-GATTTTTGGGTAAAAACGCATTTCG
196 CGAGTCAGATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACAGTTTTTTTGCTAAAAACGCATTTCG
* * * * * *
74175 GCGTCCGGGCTCATTTTTGCATGATTTTTGGCAAAAAGACTCCTTGAAATAACTATATTCATAG
261 GCGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATTG
*
74239 AACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGAATTTGTGTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTAAAG
1 AACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGAATTTGTGTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTACAG
* * *
74304 TTAAATAAAAATAAATTCGGGAAAGAAAATGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCA
66 TTAAATAGAAATAAATTCGGGAAA-AAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCA
* *
74369 ATTTTATTGGCGTTGAATTATATATATTTTCCGAGTATTATGGAAAAAAATTGAGAAAAAATTAT
130 ATTTTATTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCCGAGTATTATGGAAAAAAATTGAGAAAAAATTTT
* * *
74434 TCAAGTCAGATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACAGTTTTTTAGATAAAAACGCATTTC
195 TCGAGTCAGATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACAGTTTTTTTGCTAAAAACGCATTTC
* * * *
74499 GGTGCCCCGGCTCATTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTTATCT
260 GGCGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAT-T
74564 -
324 G
* * * * * *
74564 AACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTGAAA-CTTGATCATA
1 AACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGAATTTGTGTTTACGAGCATCT-AAATCTTGTTTACA
* * * *
74628 GTTATATAGAAATAAATTTGGGGAAAAAATGGAAAAGCGATATTAGAAGCGTG-AAAACTCCTTC
65 GTTAAATAGAAATAAATTCGGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAAC-CCTTC
*
74692 AATTTTATTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCCGAGTATTATGGAAAAAAATTGAGAAAAAAATT
129 AATTTTATTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCCGAGTATTATGGAAAAAAATTGAGAAAAAATTT
* * * *
74757 TTCGAGTCGGATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACAATTTTTTTGCTTAAAACGTATTT
194 TTCGAGTCAGATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACAGTTTTTTTGCTAAAAACGCATTT
* *
74822 CGGCGCCCCGTCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATC
259 CGGCGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATT
74887 G
324 G
74888 AACGCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGAATTTGTGTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTACA
1 AAC-CAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGAATTTGTGTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTACA
* *
74953 GTTAAATAGAATTAAATTCGGGAAAAAAATGGAAAAACGATAATAGAAGCGTGAAAAACCCTTCA
65 GTTAAATAGAAATAAATTCGGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCA
* *
75018 ATTTT-TATGGTGTT--A-TATTATATTTTTT-CTATGTATTATGGAAAAAAATTGAG--AAAAT
130 ATTTTAT-TGGCGTTGAATTA-TATATTTTTTCCGA-GTATTATGGAAAAAAATTGAGAAAAAAT
* * * * * * ** * *
75076 TTTTCGATTCAGATTTTGGCTGAAATTGTGTCCTCAGGATCACAG-TTTTTGGGTAAAAACGCAT
192 TTTTCGAGTCAGATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACAGTTTTTTTGCTAAAAACGCAT
* * *
75140 TTCGGCG---C--C-C-G---TGC-TCATTTTTGGTAGAAAGTCTCCTTGAAATATCTATATTCA
257 TTCGGCGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCA
75194 TCT-
322 T-TG
* * * * * *
75197 AACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGAATCTGAATCTTGTTTACAG
1 AACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGAATTTGTGTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTACAG
* *
75262 TTAAATAGAAATAAATACGGCAAAAA
66 TTAAATAGAAATAAATTCGGGAAAAA
75288 TGTAAAAATG
Statistics
Matches: 3221, Mismatches: 358, Indels: 124
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
308 79 0.02
309 41 0.01
310 3 0.00
313 1 0.00
314 1 0.00
315 1 0.00
317 1 0.00
319 158 0.05
320 216 0.07
321 86 0.03
322 420 0.13
323 575 0.18
324 811 0.25
325 555 0.17
326 172 0.05
327 101 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (324 bp):
AACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGAATTTGTGTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTACAG
TTAAATAGAAATAAATTCGGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAA
TTTTATTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCCGAGTATTATGGAAAAAAATTGAGAAAAAATTTTT
CGAGTCAGATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACAGTTTTTTTGCTAAAAACGCATTTCG
GCGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATTG
Found at i:73353 original size:969 final size:965
Alignment explanation
Indices: 71318--75295 Score: 5505
Period size: 969 Copynumber: 4.1 Consensus size: 965
71308 AAAATTTATT
* * * * *
71318 TCTATTTTTATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGAATTTGTGTTTACGAGCATCTAA
1 TCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTGTTTACGAGAATCTGA
** *
71383 ATCTTGTTTACAGTTAAATAGAAATAAATTCTAGAAAAAAATGAAAAAACGATATTAGAAGCGTG
66 ATCTTGTTTACAGTTAAATAGAAATAAATTCGGGAAAAAAATGTAAAAACGATATTAGAAGCGTG
* * * * ** *
71448 AACAACCCTTCAAATTTT-TATGGTGTTAAATTATATTTTTTTTCTAAGTATTATGGAAAAAAGT
131 AAAAACCCTTC-AATTTTAT-TGGCGTTGAATTATATATTTTTTCCGAGTATTATGGAAAAAAAT
* * * * *
71512 TGAGAAAAATTTTTCGAGTTAGATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACGATCACAGTTTTTGGGTA
194 TGAGAAAAATTTTTCAAGTCAGATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACAGTTTTTTGATA
* * * **
71577 AAAACGCATTTCGGCACCTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCAAGAAAATA
259 AAAACGCATTTCGGCGCCCCGGCTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTG-AAATA
* * * * * * *
71642 TCTATATTCGTTGAATCAAATCCCAGCAACAATGGATTTAAGAATTTGTGTTTACGAGCATCTAA
323 TCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGAATCTAA
*
71707 ATCTTGTTTATAGTTAAATAGAAATAAATTCGGGAAGAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGT
388 ATCTTGTTTAGAGTTAAATAGAAATAAATTCGGGAA-AAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGT
*
71772 GAAAACCCCTTCAATTTTATTGGCGTTGAATTATATA-TTTTTCCGAGTATTATGGAAAAAAATT
452 GAAAAACCCTTCAATTTTATTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCCGAGTATTATGGAAAAAAATT
*
71836 GAGAAAAAAATTTTCGAGTCAGATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCAC-GGTTTTTTTGC
517 GAGAAAAAAATTTTCGAGTCAGATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACAAG-TTTTTTGC
*
71900 TAAAAACGTATTTCGGCGCCTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAAT
581 TAAAAACGCATTTCGGCGCCTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAAT
71965 ATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGAATTTGTGTTTACGAGCATCTA
646 ATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGAATTTGTGTTTACGAGCATCTA
72030 AATCTTGTTTACAGTTAAATAGAAATAAATTCGGGAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTG
711 AATCTTGTTTACAGTTAAATAGAAATAAATTCGGGAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTG
* * ** * *
72095 AAAAACCATTCAATTTTTATGGTGTTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATTATGGAAAAAAGTTG
776 AAAAACCCTTCAATTTTTATGGGGTTGAATTATATATTTTTTCCGAGTATCATGGAAAAAAATTG
72160 AGAAAAAATTTTTCGAGTCAGATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACGATCACGG-TTTTTGGGTA
841 AG--AAAATTTTTCGAGTCAGATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACGATCA-GGATTTTTGGGTA
* *
72224 AAAACGCATTTCGGCGCCCCGGCTCATTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGGACTCCTTGAAATA
903 AAAACGCATTTCGGCG-CCCGGCTCATTTTTGCATGATTTTAGGCAAAAGGACTCCTTGAAATA
* * *
72288 TCTATTTTTATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTGA
1 TCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTGTTTACGAGAATCTGA
* *
72353 ATCTTGTTTAGAGTTAAACAGAAATAAATTCGGGAAAAAAATGTAAAAACGATATTAGAAGCGTG
66 ATCTTGTTTACAGTTAAATAGAAATAAATTCGGGAAAAAAATGTAAAAACGATATTAGAAGCGTG
* * *
72418 AAAACCCCTTCAATTTTATTGGCGTTGAATTATAAATTTTTTCCGAGTATTATCGAAAAAAATTG
131 AAAAACCCTTCAATTTTATTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCCGAGTATTATGGAAAAAAATTG
* * * * *
72483 AGAAAAAACTTTTCGAGTCAGATTTTAGGCGAAATCGTGTATTAACTATCAC-GATTTTTTGCTA
196 AG-AAAAATTTTTCAAGTCAGATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACAG-TTTTTTGATA
* * * * *
72547 AAAACGTATTTCGGCGCCCCGACTCAGTTTTGTATAATTTTTGGCAAAAATACTCCTTGAAATAT
259 AAAACGCATTTCGGCGCCCCGGCTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATAT
* * *
72612 CTATATTCATCGAACTAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGAATTT-TTGTCTACGAGCATCTAA
324 CTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGAATTTGTT-TTTACGAGAATCTAA
* * *
72676 ATCTTGTTTAGAG-TAAATCGAAATAAATTCGGGAAAAAAATGGAAAATCAATATTAGAAGCGTG
388 ATCTTGTTTAGAGTTAAATAGAAATAAATTCGGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTG
** * **
72740 AAAAACCCTTCAATTTT-TACAGTGTTGAATTATATATTTTTTCAAAGTATTATGGAAAAAAATT
453 AAAAACCCTTCAATTTTAT-TGGCGTTGAATTATATATTTTTTCCGAGTATTATGGAAAAAAATT
* * * * * * * * *
72804 -A-AGAAAATTTTTCGATTCAGATTTTGGCCGAAATCGTGTATTAACAATCAC-GGTTTTTGGGT
517 GAGAAAAAAATTTTCGAGTCAGATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACAAGTTTTTTGCT
* *
72866 AAAAACGCATTTCGGCGCCTGGGCTCATTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATA
582 AAAAACGCATTTCGGCGCCTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATA
* * * * * * * * *
72931 TCTGTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATATAAGGATTTATTTTTATGAGAATCTGA
647 TCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGAATTTGTGTTTACGAGCATCTAA
* * *
72996 ATCTTGTTTAGAGTTAAATAGAAATAAATTTGGGAAAAAAAAATGCAAAAATGATATTAGAAGCG
712 ATCTTGTTTACAGTTAAATAGAAATAAATTCGGG---AAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCG
73061 TGAAAAACCCTTCAA-TTTTATTGGGGTTGAATTATATATTTTTTCCGAGTATCATGGAAAAAAA
774 TGAAAAACCCTTCAATTTTTA-TGGGGTTGAATTATATATTTTTTCCGAGTATCATGG-AAAAAA
* *
73125 ATTGAGAAAAAATTTTTCGAGTCAGATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCAGGATTTTTTT
837 ATTGAG--AAAATTTTTCGAGTCAGATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACGATCAGGA-TTTTTG
* * * * * * *
73190 GCTAAAAACGAATTTCGGCACCTCGGCTTAGTTTTG-TTAGATTTTAGGCAAAAGGACTTCTTGA
899 GGTAAAAACGCATTTCGGCGCC-CGGCTCATTTTTGCAT-GATTTTAGGCAAAAGGACTCCTTGA
73254 AATA
962 AATA
*
73258 TCTATATTCATCCAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTG-GTTTACGAGAAT-TCG
1 TCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTGTTTACGAGAATCT-G
* * *
73321 AATCTTGTTTAGAGTTAAATACAAATAAATTCGGGAAAAAAATGTAAAAATGATATTAGAAGCGT
65 AATCTTGTTTACAGTTAAATAGAAATAAATTCGGGAAAAAAATGTAAAAACGATATTAGAAGCGT
* *
73386 GAAAAATCCTTCAATTTTATTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCCGACTATTATGGAAAAAAATT
130 GAAAAACCCTTCAATTTTATTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCCGAGTATTATGGAAAAAAATT
*** *
73451 GAGAATTTTTTTTCAAAGTCAGATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACTGTTTTTCTGAT
195 GAGAAAAATTTTTC-AAGTCAGATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACAGTTTTT-TGAT
* * * *
73516 AAAAACGTAATTCGGCGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGGCAGAAAGAATCCTTGAAAT
258 AAAAACGCATTTCGGCGCCCCGGCTCAGTTTTGCAT-AATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAAT
* * * * * *
73581 ATCTATTTTTATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTTAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTG
322 ATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGAATCTA
* * ** * **
73646 AATCTTGTTTAGAGTTAAATCGAAATAAATTCGGG-AAAAATTTTAAAAACGATATTAAAATTGT
387 AATCTTGTTTAGAGTTAAATAGAAATAAATTCGGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGT
* * *
73710 GAAAACCCCTTCAATTTTATTGGCATTGAATTATATATTTTTTCCGAGTATTATCGAAAAAAAAT
452 GAAAAACCCTTCAATTTTATTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCCGAGTATTAT-GGAAAAAAAT
* *
73775 TGAGAAAAAAATTTTCGAGTCAGATTTTAGCCGGAAATCGTGTACTAACTATGACAAATTTTTTG
516 TGAGAAAAAAATTTTCGAGTCAGATTTTAGCC-GAAATCGTGTACTAACTATCACAAGTTTTTTG
* *
73840 CTAAAAACGCATTTCGGCGCCTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCAGAAAGTCTCCTTGAAA
580 CTAAAAACGCATTTCGGCGCCTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAA
* *
73905 TATCTATATTCATCGAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGAATTTGTGTTTATGAGCATCT
645 TATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGAATTTGTGTTTACGAGCATCT
*
73970 AAATCTTGTTTACAGTTATATAGAAATAAATTCGGG-AAAAATGG-AAAATCGATATTAGAAGCG
710 AAATCTTGTTTACAGTTAAATAGAAATAAATTCGGGAAAAAATGGAAAAAT-GATATTAGAAGCG
74033 TGAAAAACCCTTCAA-TTTTATTGGGGTTGAATTATATATTTTTTCCGAGTATCATGGAAAAAAA
774 TGAAAAACCCTTCAATTTTTA-TGGGGTTGAATTATATATTTTTTCCGAGTATCATGGAAAAAAA
*
74097 TTGAGAAAATTTTTCGAGTCAGATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACGATCACGATTTTTGGGTA
838 TTGAGAAAATTTTTCGAGTCAGATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACGATCAGGATTTTTGGGTA
* * *
74162 AAAACGCATTTCGGCGTCCGGGCTCATTTTTGCATGATTTTTGGCAAAAAGACTCCTTGAAATA
903 AAAACGCATTTCGGCG-CCCGGCTCATTTTTGCATGATTTTAGGCAAAAGGACTCCTTGAAATA
* ** * * *
74226 ACTATATTCATAGAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGAATTTGTGTTTACGAGCATCTAA
1 TCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTGTTTACGAGAATCTGA
* * * *
74291 ATCTTGTTTAAAGTTAAATAAAAATAAATTCGGGAAAGAAAATGGAAAATCGATATTAGAAGCGT
66 ATCTTGTTTACAGTTAAATAGAAATAAATTCGGGAAA-AAAATGTAAAAACGATATTAGAAGCGT
* *
74356 GAAAAATCCTTCAATTTTATTGGCGTTGAATTATATATATTTTCCGAGTATTATGGAAAAAAATT
130 GAAAAACCCTTCAATTTTATTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCCGAGTATTATGGAAAAAAATT
*
74421 GAGAAAAAATTATTCAAGTCAGATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACAGTTTTTTAGAT
195 GAG-AAAAATTTTTCAAGTCAGATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACAGTTTTTT-GAT
* * *
74486 AAAAACGCATTTCGGTGCCCCGGCTCATTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATA
258 AAAAACGCATTTCGGCGCCCCGGCTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATA
* * * *
74551 TCTATTTTTATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATCTGA
323 TCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGAATCT-A
* * * * * * *
74616 AA-CTTGATCATAGTTATATAGAAATAAATTTGGGGAAAAAATGGAAAAGCGATATTAGAAGCGT
387 AATCTTGTTTAGAGTTAAATAGAAATAAATTCGGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGT
74680 G-AAAACTCCTTCAATTTTATTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCCGAGTATTATGGAAAAAAAT
452 GAAAAAC-CCTTCAATTTTATTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCCGAGTATTATGGAAAAAAAT
* *
74744 TGAGAAAAAAATTTTCGAGTCGGATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACAATTTTTTTGC
516 TGAGAAAAAAATTTTCGAGTCAGATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACAAGTTTTTTGC
* * * *
74809 TTAAAACGTATTTCGGCGCCCCGTCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAAT
581 TAAAAACGCATTTCGGCGCCTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAAT
74874 ATCTATATTCATCGAACGCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGAATTTGTGTTTACGAGCATCT
646 ATCTATATTCATCGAAC-CAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGAATTTGTGTTTACGAGCATCT
* * *
74939 AAATCTTGTTTACAGTTAAATAGAATTAAATTCGGGAAAAAAATGGAAAAACGATAATAGAAGCG
710 AAATCTTGTTTACAGTTAAATAGAAATAAATTCGGG-AAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCG
* * *
75004 TGAAAAACCCTTCAATTTTTATGGTGTT--A-TATTATATTTTTT-CTATGTATTATGGAAAAAA
774 TGAAAAACCCTTCAATTTTTATGGGGTTGAATTA-TATATTTTTTCCGA-GTATCATGGAAAAAA
* * * * * * * *
75065 ATTGAGAAAATTTTTCGATTCAGATTTTGGCTGAAATTGTGTCCTCAGGATCA-CAGTTTTTGGG
837 ATTGAGAAAATTTTTCGAGTCAGATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACGATCAGGA-TTTTTGGG
*
75129 TAAAAACGCATTTCGGCGCCCGTGCTCATTTTTG---G----TA-G--AAA-GTCTCCTTGAAAT
901 TAAAAACGCATTTCGGCGCCCG-GCTCATTTTTGCATGATTTTAGGCAAAAGGACTCCTTGAAAT
75183 A
965 A
* * *
75184 TCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGAATCTGA
1 TCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTGTTTACGAGAATCTGA
* *
75249 ATCTTGTTTACAGTTAAATAGAAATAAATAC-GG-CAAAAATGTAAAAA
66 ATCTTGTTTACAGTTAAATAGAAATAAATTCGGGAAAAAAATGTAAAAA
75296 TGATGCTAAA
Statistics
Matches: 2686, Mismatches: 274, Indels: 111
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
955 10 0.00
956 1 0.00
957 2 0.00
958 97 0.04
959 3 0.00
961 1 0.00
962 1 0.00
965 157 0.06
966 48 0.02
967 63 0.02
968 347 0.13
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970 614 0.23
971 222 0.08
972 119 0.04
973 1 0.00
974 24 0.01
975 19 0.01
976 155 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (965 bp):
TCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTGTTTACGAGAATCTGA
ATCTTGTTTACAGTTAAATAGAAATAAATTCGGGAAAAAAATGTAAAAACGATATTAGAAGCGTG
AAAAACCCTTCAATTTTATTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCCGAGTATTATGGAAAAAAATTG
AGAAAAATTTTTCAAGTCAGATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACAGTTTTTTGATAAA
AACGCATTTCGGCGCCCCGGCTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCT
ATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGAATCTAAATC
TTGTTTAGAGTTAAATAGAAATAAATTCGGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAA
AACCCTTCAATTTTATTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCCGAGTATTATGGAAAAAAATTGAGA
AAAAAATTTTCGAGTCAGATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACAAGTTTTTTGCTAAAA
ACGCATTTCGGCGCCTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTA
TATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGAATTTGTGTTTACGAGCATCTAAATCT
TGTTTACAGTTAAATAGAAATAAATTCGGGAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAA
CCCTTCAATTTTTATGGGGTTGAATTATATATTTTTTCCGAGTATCATGGAAAAAAATTGAGAAA
ATTTTTCGAGTCAGATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACGATCAGGATTTTTGGGTAAAAACGCA
TTTCGGCGCCCGGCTCATTTTTGCATGATTTTAGGCAAAAGGACTCCTTGAAATA
Found at i:76041 original size:326 final size:323
Alignment explanation
Indices: 75298--76600 Score: 1718
Period size: 323 Copynumber: 4.1 Consensus size: 323
75288 TGTAAAAATG
* * *
75298 ATGCTAAAATCGTATTTCGGGGCCCTGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCAAAAAGACTCCTTG
1 ATGCTAAAAACGTATTTCGGCGCCCTGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC-AAAAGACTCCTTG
* * *
75363 AAATATCTATATCCATCGAACCAAATCTCAGCCACAATGGACTTAAGAATTTTTGTTTACGAGCA
65 AAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGAATTTGTGTTTACGAGCA
* *
75428 TCTAAATCTTGTTTAAAGTTAAATAAAAATAAATTCGGGAAAAAAATGGAAAATCGATATTAGAA
130 TCTAAATCTTGTTTAAAGTTAAATAGAAATAAATTCGGGAAAAAAATGGAAAATGGATATTAGAA
* *
75493 GCGTGAAAAATCCTTCAATTTTATTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCCGAATATTATGGAAAAA
195 GCGTGAAAAACCCTTCAATTTTATTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCCGAGTATTATGGAAAAA
*
75558 AATTGAGAAAAAATTTTTCAAGTCAGATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACCG-TTTTT
260 AATTGAGAAAAAATTTTTCGAGTCAGATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCA-CGATTTTT
* *
75622 A-G-TATAAAACGTATATCGGCG-CCTCGGCTCAGTTTTACATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCT
1 ATGCTA-AAAACGTATTTCGGCGCCCT-GGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCA-AAAGACTCCT
75684 TGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGAATTTGTGTTTACGAG
63 TGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGAATTTGTGTTTACGAG
* * * * *
75749 CATCTAAATCTTGTTTATAGTTTATATATAAATAAATTCGGGAGAAAAATGGAAAATGGAAATTA
128 CATCTAAATCTTGTTTAAAG-TTAAATAGAAATAAATTCGGGAAAAAAATGGAAAATGGATATTA
* *
75814 GAAAG-GTGAAAAACCCTTCAATTTTATTGGGGTTGAATTATATATTTTTTCCGAGTATCATGGT
192 G-AAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTATTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCCGAGTATTATGG-
**
75878 AAAAAAATTGAGAAAAAATTTTTTTAGTCAGATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACGAT
255 AAAAAAATTGAGAAAAAATTTTTCGAGTCAGATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACGAT
75943 TTTT
320 TTTT
75947 ATGCTAAAAACGTATTTCGGCGCCCTGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAAAATGACTCCTTG
1 ATGCTAAAAACGTATTTCGGCGCCCTGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAAAA-GACTCCTTG
* *
76012 AAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACAATGAATTTAAGAATTTGTGTTTA-G-G-G
65 AAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGAATTTGTGTTTACGAGCA
*** * *
76074 T-T---TAGGGTTTACAGTTATATAGAAATAAATTCGGGAAAAAAATGGAAAA-GCGATATTAGA
130 TCTAAATCTTGTTTAAAGTTAAATAGAAATAAATTCGGGAAAAAAATGGAAAATG-GATATTAGA
* * * ***
76134 AGCGTGAAAAACCTTTCAGTTTT-TATGGTGTTGAATTATATATTTTTTGAAAGTATTATGGAAA
194 AGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTAT-TGGCGTTGAATTATATATTTTTTCCGAGTATTATGGAAA
* * * * * * ** * *
76198 AAAATTGAG--AAAAGTTTTCGATTCTGATTTTGGCTGAAATCGTGTATTCGCGATCACGGTTTT
258 AAAATTGAGAAAAAATTTTTCGAGTCAGATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACGATTTT
76261 T
323 T
* * * * * ** *
76262 -GGGTAAAAACGCATTTCGGTGCCC-GTGCTCATTTTTGCATGACATTTGGCAGAAGGACTCCTT
1 ATGCTAAAAACGTATTTCGGCGCCCTG-GCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCA-AAAGACTCCTT
* * * * *
76325 GAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAACCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGA
64 GAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGAATTTGTGTTTACGAGC
* * * *
76390 ATCTGAATCTTGTTTAGAGTTAAATAGAAATAAATACGGG--AAAAATGTAAAAAT-GATATTAG
129 ATCTAAATCTTGTTTAAAGTTAAATAGAAATAAATTCGGGAAAAAAATG-GAAAATGGATATTAG
* *
76452 AAGCGTTAAAAATCCTTCAATTTTATTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCCGAGTATTATGG-AA
193 AAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTATTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCCGAGTATTATGGAAA
* *
76516 AAAATTGAGAAAATATTTTTCGAGTCAGATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACAATCACGATTTT
258 AAAATTGAGAAAAAATTTTTCGAGTCAGATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACGATTTT
76581 T
323 T
76582 -TGCT-AAAACGTATTTCGGC
1 ATGCTAAAAACGTATTTCGGC
Statistics
Matches: 857, Mismatches: 94, Indels: 61
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
313 1 0.00
314 106 0.12
315 45 0.05
316 1 0.00
317 18 0.02
318 101 0.12
319 88 0.10
320 51 0.06
321 27 0.03
322 7 0.01
323 129 0.15
324 98 0.11
325 72 0.08
326 108 0.13
327 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (323 bp):
ATGCTAAAAACGTATTTCGGCGCCCTGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAAAAGACTCCTTGA
AATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGAATTTGTGTTTACGAGCAT
CTAAATCTTGTTTAAAGTTAAATAGAAATAAATTCGGGAAAAAAATGGAAAATGGATATTAGAAG
CGTGAAAAACCCTTCAATTTTATTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCCGAGTATTATGGAAAAAA
ATTGAGAAAAAATTTTTCGAGTCAGATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACGATTTTT
Done.