Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01016386.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig16419, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Found at i:618 original size:332 final size:328
Alignment explanation
Indices: 11--1582 Score: 2103
Period size: 332 Copynumber: 4.8 Consensus size: 328
1 TTTTTGTCCA
* * *
11 AAGACTCATTCATTTATCTATATTCATCATCCCAAATCTCAGCCACCA-TAGATTTAAGGATTTG
1 AAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATCCCAAATCTCAGCCA-CATTGGATTTAAGGATTTG
*
75 ATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCAGG-AATTAATTTAGAAAAATAAAAAAAA
65 ATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATC-GGAAATTAATTCAGAAAAAT---AAAAA
*
139 AATGATATTAGAAGCGTACAAAGCCCTTCAATCATTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACG-G
126 AATGATATTAGAAGCGT-CAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAG
* *
203 CTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATATTTGCAAAACTTTTGCCGAAATC
190 -TATTGCGGTTAAAAATT-TGGAAAAATCTTTCGGGTCAATATTTGCAAAATTTTTGCCGAAATC
* * * * * *
268 GTGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGACTCGGCTCAGTTTTGCATGA
253 GTGTACTAACAATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGCCTCAGTTTTACATGA
* *
333 TTTTAAGCGCC
318 TTTTAGGCCCC
* * * *
344 AAGACTCATTGACTTATCCT-TATTCATCATTCCAAATCTCAGCAACGTTGGATTTAAGGATTTG
1 AAGACTCATTGAATTAT-CTATATTCATCATCCCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTG
* * *
408 ATTTTACGAGCATTTGAATTATGTTTTGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAATTTAAAAAAA
65 ATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCAGAAAAA--TAAAAAAA
* ** * *
473 TGATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATTTTTTTGGTATTGAATTATATAATTTTTACCAGTA
128 TGATATTAGAAGCGT-CAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTA
* *
538 TTGCGGTCAAAAATTTGGTAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTG
192 TTGCGGTTAAAAATTTGG-AAAAATCTTTCGGGTCAATATTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTG
*
603 TACTAACAATCACGATCCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGCCTCAGTTTTACATGATTT
256 TACTAACAATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGCCTCAGTTTTACATGATTT
*
668 TTGGCCCC
321 TAGGCCCC
* * *
676 AAGACTCATTGAATTATCTATATT-ATCATACTCAAATCTTAGCCACCTTGGATTTAAGGATTTG
1 AAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCAT-CCCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTG
* * * *
740 ATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTGATCGGAAATAAATTCGGAAAAATAAAAAAATA
65 ATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCAGAAAAATAAAAAAATG
* * *
805 ATATTAGAAGCCTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTTAATTATATATTCTTTACGAGTATT
130 ATATTAGAAGCGT-CAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATT
*
870 GCGGTTAAAAATTAAGGAAAAATCTTTCGGGTC-A-A----C--AATTTTTGCCGAAATCGTGTA
194 GCGGTTAAAAATT-TGGAAAAATCTTTCGGGTCAATATTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTA
** *
927 CTAACAATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCAAGGCCCCACCTCAGTTTTACATGA-TTTA
258 CTAACAATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGCCTCAGTTTTACATGATTTTA
991 TGGCCCC
323 -GGCCCC
*
998 AAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATCCCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGA
1 AAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATCCCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGA
* * * * *
1063 TTTTACGACCATTTGAATCATATTTCCATTTGATCGGAAATTAATTAAGAAAAATAAAAAAATGA
66 TTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCAGAAAAATAAAAAAATGA
1128 TATTAGAAGCGTCGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTG
131 TATTAGAAGCGTC-AAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTG
** * * * *
1193 CGGTTAAAATATGGGGAAAATTCTTTCAGGTCAGTATTTGCAAAATTTTTACCGAAATCGTGTAC
195 CGGTTAAAA-ATTTGGAAAAATCTTTCGGGTCAATATTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTAC
* * * * * * **
1258 TAACCATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCATTCCGGAGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTT
259 TAACAATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGCCTCAGTTTTACATGATTTTAG
1323 GCCCC
324 GCCCC
*
1328 AAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCAT--C----CTCAGCCACATTGGATTTAAAGATTTGA
1 AAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATCCCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGA
* * *
1387 TCTTACGAGCATTTGAATCATATTTCCATTTAATCGGAAATTAATTC-GAAAAAATAAAAAAAAT
66 TTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCAG-AAAAAT-AAAAAAAT
* *
1451 GATATTAGAAGCGTCGAAAGCCCTTCAAT-ATTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTTACGAGTAT
129 GATATTAGAAGCGTC-AAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTAT
*
1515 TGCGGTTAAAAA-TTGACGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAAATTTTT-CCGAAATCGT
193 TGCGGTTAAAAATTTG--GAAAAATCTTTCGGGTCAATATTTGC-AAAATTTTTGCCGAAATCGT
1578 GTACT
255 GTACT
1583 TACGGCCCCG
Statistics
Matches: 1108, Mismatches: 103, Indels: 65
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
321 4 0.00
322 282 0.25
323 9 0.01
324 158 0.14
325 46 0.04
328 2 0.00
329 1 0.00
330 200 0.18
331 14 0.01
332 287 0.26
333 102 0.09
334 2 0.00
335 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (328 bp):
AAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATCCCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGA
TTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCAGAAAAATAAAAAAATGA
TATTAGAAGCGTCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGC
GGTTAAAAATTTGGAAAAATCTTTCGGGTCAATATTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTA
ACAATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGCCTCAGTTTTACATGATTTTAGGC
CCC
Found at i:1004 original size:322 final size:322
Alignment explanation
Indices: 11--1551 Score: 2005
Period size: 322 Copynumber: 4.7 Consensus size: 322
1 TTTTTGTCCA
* * *
11 AAGACTCATTCATTTATCTATATTCATCATCCCAAATCTCAGCCACCA-TAGATTTAAGGATTTG
1 AAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCAT-CCAAATCTCAGCCA-CATTGGATTTAAGGATTTG
**
75 ATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCAGG-AATTAATTTAGAAAAATAAAAAAAA
64 ATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATC-GGAAATTAATTCGGAAAAAT---AAAAA
*
139 AATGATATTAGAAGCGTACAAAGCCCTTCAATCATTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACG-G
125 AATGATATTAGAAGCGT-CAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAG
*
203 CTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATATTTGCAAAACTTTTGCCGAAATC
189 -TATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTC-A-A--T-C-AAATTTTTGCCGAAATC
* * * * * *
268 GTGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGACTCGGCTCAGTTTTGCATGA
247 GTGTACTAACAATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGCCTCAGTTTTACATGA
** *
333 TTTTAAGCGCC
312 TTTTTGGCCCC
* * *
344 AAGACTCATTGACTTATCCT-TATTCATCATTCCAAATCTCAGCAACGTTGGATTTAAGGATTTG
1 AAGACTCATTGAATTAT-CTATATTCATCA-TCCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTG
* *
408 ATTTTACGAGCATTTGAATTATGTTTTGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAATTTAAAAAAA
64 ATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAA--TAAAAAAA
* ** * *
473 TGATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATTTTTTTGGTATTGAATTATATAATTTTTACCAGTA
127 TGATATTAGAAGCGT-CAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTA
* *
538 TTGCGGTCAAAAATTTG-GTAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGT
191 TTGCGGTTAAAAA-TTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAA----T-C-AAATTTTTGCCGAAATCGT
*
602 GTACTAACAATCACGATCCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGCCTCAGTTTTACATGATT
249 GTACTAACAATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGCCTCAGTTTTACATGATT
667 TTTGGCCCC
314 TTTGGCCCC
* *
676 AAGACTCATTGAATTATCTATATT-ATCATACTCAAATCTTAGCCACCTTGGATTTAAGGATTTG
1 AAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCAT-C-CAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTG
* * *
740 ATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTGATCGGAAATAAATTCGGAAAAATAAAAAAATA
64 ATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAATAAAAAAATG
* * *
805 ATATTAGAAGCCTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTTAATTATATATTCTTTACGAGTATT
129 ATATTAGAAGCGT-CAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATT
*
870 GCGGTTAAAAATTAAGGAAAAATCTTTCGGGTCAA-C-AATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAACA
193 GCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATCAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAACA
** * *
933 ATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCAAGGCCCCACCTCAGTTTTACATGATTTATGGCCCC
258 ATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGCCTCAGTTTTACATGATTTTTGGCCCC
*
998 AAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATCCCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGA
1 AAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCAT-CCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGA
* * * * **
1063 TTTTACGACCATTTGAATCATATTTCCATTTGATCGGAAATTAATTAAGAAAAATAAAAAAATGA
65 TTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAATAAAAAAATGA
1128 TATTAGAAGCGTCGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTG
130 TATTAGAAGCGTC-AAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTG
* * * *
1193 CGGTT-AAAATATGGGGAAAATTCTTTCAGGTCAGTATTTGCAAAATTTTTACCGAAATCGTGTA
194 CGGTTAAAAAT-TGAGGAAAAATCTTTCGGGTCA--A--T-C-AAATTTTTGCCGAAATCGTGTA
* * * * * *
1257 CTAACCATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCATTCCGGAGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTT
252 CTAACAATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGCCTCAGTTTTACATGATTTTT
*
1322 TGCCCC
317 GGCCCC
*
1328 AAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCAT-C----CTCAGCCACATTGGATTTAAAGATTTGAT
1 AAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATCCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGAT
* * * *
1388 CTTACGAGCATTTGAATCATATTTCCATTTAATCGGAAATTAATTCGAAAAAATAAAAAAAATGA
66 TTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAAT-AAAAAAATGA
* *
1453 TATTAGAAGCGTCGAAAGCCCTTCAAT-ATTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTTACGAGTATTG
130 TATTAGAAGCGTC-AAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTG
*
1517 CGGTTAAAAATTGACGAAAAATCTTTCGGGTCAAT
194 CGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAAT
1552 TTTTGCAAAA
Statistics
Matches: 1083, Mismatches: 98, Indels: 67
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
320 1 0.00
321 6 0.01
322 283 0.26
323 6 0.01
324 135 0.12
325 42 0.04
328 2 0.00
329 2 0.00
330 207 0.19
331 8 0.01
332 283 0.26
333 104 0.10
334 3 0.00
335 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (322 bp):
AAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATCCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGAT
TTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAATAAAAAAATGAT
ATTAGAAGCGTCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCG
GTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATCAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAACAATC
ACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGCCTCAGTTTTACATGATTTTTGGCCCC
Found at i:4244 original size:334 final size:328
Alignment explanation
Indices: 2779--4725 Score: 2647
Period size: 334 Copynumber: 5.9 Consensus size: 328
2769 CAGCTCTACT
* * * * * * *
2779 GTGTACTAACCATCATGATTTTTTGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCTCTGGCACTGTTTCGCATGA
1 GTGTACTAA-CATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGC-CCGGCTCAGTTTTGCATGA
* *
2844 TTTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAATTATCCTTATTCATCATTCCAAATCTCAGCCATGTTGGAT
64 -TTTTTGGCGCCAAGAATCATTGAATTATCCTTATTCATCATTCCAAATCTCAGCCATGTTGGAT
* * * * *
2909 TTAAGCATTTGATTTTACGAGCATTTCAATCATGTTTCGTTTTATTCGGAAATTAATTCAGAAAA
128 TTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAA
*
2974 ATTTAAAAAAAGTATGATATTAGAAACGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATAT
193 A-TT-AAAAAA--ATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATAT
* *
3039 ATTTTTTACGAGTATTACGGTTAAAAACTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTT
254 ATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTT
3104 TGCCGAAACC
319 TGCCGAAACC
*
3114 GTGTACTAACAGTCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGA
1 GTGTACTAACA-TCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCC-GGGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGA
* *
3179 TTTTTTGCGCCAAGAATCATTGAATTATCCTTATTTATCATTCCAAATCTCAGCCATGTTGGATT
64 TTTTTGGCGCCAAGAATCATTGAATTATCCTTATTCATCATTCCAAATCTCAGCCATGTTGGATT
*
3244 TAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAGAA
129 TAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAA
* * * *
3309 TTAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGGCCTGCAATATTTTCGGCGTTGAATTATATATTTT
194 TTAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTT
* *
3374 TTACGAGTATTGCAGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGCCAATTTTTGCAAAATTTTTGCC
259 TTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAA-TTTTGCC
*
3439 GAAATC
323 GAAACC
* *
3445 GTG--------TCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGAT
1 GTGTACTAACATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGG-CCCGGCTCAGTTTTGCATGAT
* * * * **
3502 TTTTGGCGCCAAGACTCATTCAAATAT-CTATATTCATCATCCCAAATCTCAGCCACATTGGATT
65 TTTTGGCGCCAAGAATCATTGAATTATCCT-TATTCATCATTCCAAATCTCAGCCATGTTGGATT
* * *
3566 TAAGGATTTGATTTTACAAGCATTTGAATCATGTTTCAATTTATTCGGAAATTAATTC-GAAAAA
129 TAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAA
* * * * **
3630 -TAAAAAAATCATATTAGAAGAGTGCAAAGCCCTTTAATCTTTTTTGGCACTGAATTATATATTT
194 TTAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATC-TTTTTGGCGTTGAATTATATATTT
* *
3694 TTTATGAGTATTGCGGTCAAAAATTGAGGAAAAAAT-TTTC-GGTCAATTTTTGCAAAATTTTTG
258 TTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGG-AAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAA-TTTTG
*
3757 CCGAAATC
321 CCGAAACC
* * * *
3765 GTGTACTAACCATCACGATTCCTGGATGAAAACGCATTCCGGGGCCCTGGCTTAGTTTTGCATGA
1 GTGTACTAA-CATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCC-GGCTCAGTTTTGCATGA
* **
3830 CTTTTGGCGCC-AGCAATCATTGAATTAT-CTATATTCATCA-TCCTAAATCTCAGCCACATTGG
64 TTTTTGGCGCCAAG-AATCATTGAATTATCCT-TATTCATCATTCC-AAATCTCAGCCATGTTGG
* * * *
3892 ATTTAAGGTTTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATATTTCCATTTAATCGGAAATTACTTCGGAA
126 ATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAA
* * *
3957 AAATAAAAAAAAATGATACTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTTAATTATATA
191 AAAT-TAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATA
* **
4022 TTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAGAATCTTTCAAGTCAATTTTTGCAAAATATT
255 TTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAAT-TT
4087 TGCCGAAAACC
319 TGCCG-AAACC
* * * *
4098 GTGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCGAGGCTCCGACACAGTTTTGCATGA
1 GTGTACTAA-CATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGC-CCGGCTCAGTTTTGCATGA
* * * *
4163 CTTTTTTGCGCCACGACTCATTGAATTATTCTTATTCATCATTCCAAATCTCAGCCATGTTGGAT
64 -TTTTTGGCGCCAAGAATCATTGAATTATCCTTATTCATCATTCCAAATCTCAGCCATGTTGGAT
*
4228 TTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTATTCGGAAATTAATTCGGAAAA
128 TTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAA
*
4293 TTTTTTTTAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATA
193 -----ATTAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATA
* * *
4358 TATTTTTTACGAGTATTGCAGTTAAAAACTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATT
253 TATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATT
4423 TTGCCGAAACC
318 TTGCCGAAACC
*
4434 GTGTACTAACAGTCACGATTCTTGGGTGAAAACGCGTTCC-GGGCCCGGCTCAG-TTTGCATGA-
1 GTGTACTAACA-TCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGAT
* *
4496 TTTTGGCGCCAAGAATCATTGAATTATCCTTATTTATCATTCCAAATCTCAGCCATGTTGGATTG
65 TTTTGGCGCCAAGAATCATTGAATTATCCTTATTCATCATTCCAAATCTCAGCCATGTTGGATTT
* * *
4561 AAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAACCATGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGGAAGAAT
130 AAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAAT
* * * * *
4626 TACAAAAATGATATTAGAATCGT-GAAAGGCCTGCAATATTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTT
195 TAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAAT-CTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTT
*
4690 TTACGAGTATTGCGGTTAAAAGTTGAGGAAAAATCT
259 TTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCT
Statistics
Matches: 1435, Mismatches: 139, Indels: 85
0.86 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
320 65 0.05
321 61 0.04
322 161 0.11
325 12 0.01
326 80 0.06
328 7 0.00
329 149 0.10
330 116 0.08
331 186 0.13
332 62 0.04
333 69 0.05
334 242 0.17
335 60 0.04
336 44 0.03
337 7 0.00
338 113 0.08
339 1 0.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.16, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (328 bp):
GTGTACTAACATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATT
TTTGGCGCCAAGAATCATTGAATTATCCTTATTCATCATTCCAAATCTCAGCCATGTTGGATTTA
AGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAATT
AAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTT
ACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTGCCGAA
ACC
Done.