Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01016387.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig16420, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Alignment explanation
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1 CA
* * * *
3 TTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTCAAAAATTGATGAAAAATATTT-TGGTCAATTT
1 TTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTT
* * *
67 TTGCAAAATTTTTGCCGAAATTC-TGTACTAACCATCACGATTCCTGGATGAAAACGCATTCCGG
66 TTGCAAAATTTTTGCCGAAA-TCGTG-AC--A--ATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGG
* * * * *
131 GGCCCTGGCTTAGTTTTGCATGACTTTTGGCGCCAGGAATCATTGAATTATCTATATTCATCATA
125 GGCCC-GGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATT
* * * *
196 CCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGAATTTGATTGTACGAGCATTTGAATCATATTTCAATTT
189 CCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTT
* * *
261 AATCGGAAATTAATTCGGAAAAATTAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGCAAAACCTTTCAATCTT
254 AATCGGAAATTAATTCGG--AAA--AAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTT
326 TTTGGCG
315 TTTGGCG
* * * **
333 TTTAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAGTTGAGGAAGAATCTTTCATGTCAATTT
1 TTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTT
* * *
398 TTGCAAAATATTTGCCGAAAACCGTGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTGAAAAACGCGTTCCG
66 TTGCAAAATTTTTGCCG-AAATCGTG-AC--A--ATCACGATTCTTGGCTG-AAAACGCGTTCCG
* * * * *
463 GGGCTCCGGCACAGTTTTCCATGATTTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAATTATCCT-TGTTAATC
124 GGGC-CCGGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAATTAT-CTATATTCATC
*
527 ATTCCAAATCTCAGCCATGTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGA
186 ATTCCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGA
*
592 TTTATTCGGAAATTAATTCGGAAAAAATTTTTAAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCT
251 TTTAATCGGAAATTAATTCGG----AA-----AAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCT
657 TCAATCTTTTTGGCG
307 TCAATCTTTTTGGCG
*
672 TTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAACTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTT
1 TTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTT
737 TTGCAAAA-TTTTGCCGAAA-CTGTGTACTAACAGTCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGG
66 TTGCAAAATTTTTGCCGAAATC-GTG-AC--A-A-TCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGG
* *
800 GGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGAATCATTGAATTATCCT-TATTTATCAT
125 GG-CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAATTAT-CTATATTCATCAT
* * * *
864 TCCAAATCTCATCCATGTTGGATTTAAGGATTTAATTTTACGAGTATTTGAATCATGTTTCGATT
188 TCCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATT
* * *
929 TAATCGGAAATTAATTCGGAAGAATTAAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGGCCTGCAATA
253 TAATCGGAAATTAATTC-G--GAA--AAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATC
994 TTTTTGGCG
313 TTTTTGGCG
* *
1003 TTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCTGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGCCAATTT
1 TTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTT
* * * *
1068 TTGAAAAATTTTTGCCGAAACCGTGTACTAACAATCACGATTCCTGGCTGAAAACGCGTTTCGGG
66 TTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTG-----ACAATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGG
* * * * * *
1133 GCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTCAAATATCTATATTCATCATCC
126 G-CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATTC
* *
1198 CAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCAATTTA
190 CAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTA
* * * * *
1263 TTCGTAAATTAATT---AAAAATAATAATCATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTTT
255 ATCGGAAATTAATTCGGAAAAA-AAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATC-TTTTT
*
1325 GGCA
318 GGCG
* * *
1329 TTGAATTATATATTTTTTACAAGTATTGCGGTCAAAAATTGAGGAAAAATATTTC-GG-------
1 TTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTT
* * * *
1386 -T-C--AATTTTTGCCGAAATCGTGTC-ATCACGATTCCTGGATGAAAACGCATTCCGGGGCCCC
66 TTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGACAATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGG-CCC
* * * *
1446 GGCTTAGTTTTGCATGACTTTTGGCGCCAGGAATCATTGAATTATCTATATTCATCA-TCCTAAA
130 GGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATTCC-AAA
* * *
1510 TCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATATTTCCATTTAATCG
194 TCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCG
* *
1575 GAAATTAATTCGG-AAAAGAAAATGATACTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCG
259 GAAATTAATTCGGAAAAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCG
* * *
1637 TTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTGAAAATTGAGTAAAAAAAT-TTTTGGGTCAAT
1 TTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAG--GAAAAATCTTTCGGGTCAAT
* *
1701 TTTTGCAAAATTCTTGCCGAAATCGTG-CAATCACGATTCTTAGCTGAAAACGCGTTCCGGGGAC
64 TTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGACAATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGG-C
* * * * *
1765 CCGGCTCAGTTTGGCATTATTTTTGGCCCCGAAGACTCATTGATTTATCTATATTCATCATACCA
128 CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCC-AAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATTCCA
* * * *
1830 AATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGAATTTGATTGTACGAGCATTTGAATCATATTTCAATTTAAT
192 AATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAAT
* *
1895 CGGAAATTAATTCGGAACAATTAAAAAATGATATTAGAAGCGTGCAAAGCCTTTCAATCTTTTTG
257 CGGAAATTAATTCGGAA-AA--AAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTTG
1960 GCG
319 GCG
* * **
1963 TTTAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAATAATCTTTCATGTCAATTT
1 TTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTT
** * * *
2028 TTGCACTATATTTGCCGAAAACCGTGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTGAAAGACGCGTTCCG
66 TTGCAAAATTTTTGCCG-AAATCGTG-AC--A--ATCACGATTCTTGGCTGAAA-ACGCGTTCCG
* *
2093 GGGCTCCGGCACAGTTTTGCATGATTTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAATTATCCT-TATTCATC
124 GGGC-CCGGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAATTAT-CTATATTCATC
*
2157 ATTCCAAATCTCAGCCATGTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGA
186 ATTCCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGA
* **** *
2222 TTTATTCGGAAA--AATAT---TTTTAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCTCTTCAATCTT
251 TTTAATCGGAAATTAAT-TCGGAAAAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTT
*
2282 TTTGGCA
315 TTTGGCG
*
2289 TAGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTT
1 TTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTT
* * *
2354 TTGCAAAATTTTTGCCGAAATCATGTATTAACCATCATGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCAGG
66 TTGCAAAATTTTTGCCGAAATC--G---TGACAATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCC-GG
* * * * * *
2419 GCCCCTGCTTAGTTTTACAT-ATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATT-TCTATATTCATCATC
125 GGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTG-AATTATCTATATTCATCATT
* * *
2482 CCAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGATTTTATTTTAGGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTT
189 CCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTT
* * * *
2547 AATCGGAAATTAATTCAGAAAATTAAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGCAAAGTCCTTGAATCTT
254 AATCGGAAATTAATTC-G-GAA--AAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTT
2612 TTTGGCG
315 TTTGGCG
** * * *
2619 TTGAATTATATATTTTTTAATAATATTGTGGTTAAAAGTTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTT
1 TTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTT
* * *
2684 TTGCAAAATTTTTGCCGAAACCGTGTATTAACCATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGG
66 TTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTG-----ACAATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGG
* * *
2749 GCCTTGGCTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAATTATTTATATTCATCA-TC
126 GCC-CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATTC
* * * * * *
2813 CGAAATCTCAACCACCTTGGATTTAAGGATTTGATTTTAGGAGCATCTGAGTTATGTTTCGATTT
190 C-AAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTT
* * * * ***
2878 ATTCGGAAATTAATTCGAAAAAAACTGAAAAGAAATGATATTAGACGCGTGAAAAGTTTTTCAAT
254 AATCGGAAATTAATTCG---GAAA---AAAA-AAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAAT
* *
2943 CATTTTGGTG
312 CTTTTTGGCG
* * * ** * *
2953 CTGAATTATATAATTTTTTATGAGTATTGTGCCTAAAAATTAAGGTAAAATCTTTCGGGTCAATT
1 TTGAATTATAT-ATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATT
* ** * * *
3018 TTTGGCGAAA-TCATGTAC-AAA-C----C-ATCACGATT-TTGTGCTAAAAACGCGTTCCGGGA
65 TTT-GCAAAATTTTTG-CCGAAATCGTGACAATCACGATTCTTG-GCTGAAAACGCGTTCCGGGG
* * * * * * ** * *
3074 TCCGGCTCAGTGTT-CTTTAATTTTTGGCGCCAAGACACCTTTTA-TATCTATATTAATC-TAAC
127 CCCGGCTCAGTTTTGC-ATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCAT-TC
* * ** * * * *
3136 CAAGTATCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTGAATCTTGTTTCGATTTA
190 CAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTA
* ** * * * * *
3201 CTTAGTAATTAATTCGGGAAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAATCTTGAAAAGCCCTTCAATAT
255 ATCGGAAATTAATTC-GG--AAAA---AAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCT
*
3266 TTTTGGCA
314 TTTTGGCG
* * *
3274 TTGAATTATATA-TTTCTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAATTCTTTCGAGTCAATTT
1 TTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTT
* * * * *
3338 TTACAAAATTTTTGCCGAAATC--CATC-ACCACGATTCTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCTC
66 TTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGA-CAATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGC-C
* * * *
3400 CGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCATTTCAAA
129 CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATTCCAAA
*
3465 TCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCG
194 TCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCG
3530 GAAATTAATTCGGAAAAAATTTTAAAAATAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTT
259 GAAATTAATTCGG---AAA----AAAAA-AATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTT
* *
3595 TTAGCA
316 TTGGCG
*
3601 TTGGA-TATATATTTTTTACGAGTA
1 TTGAATTATATATTTTTTACGAGTA
3625 ACCATCACTA
Statistics
Matches: 2817, Mismatches: 345, Indels: 263
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
307 2 0.00
308 204 0.07
309 35 0.01
310 12 0.00
314 18 0.01
317 1 0.00
318 6 0.00
319 53 0.02
320 3 0.00
321 118 0.04
322 288 0.10
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324 100 0.04
325 172 0.06
326 278 0.10
327 53 0.02
328 2 0.00
329 8 0.00
330 220 0.08
331 253 0.09
332 219 0.08
333 159 0.06
334 172 0.06
335 171 0.06
336 49 0.02
337 28 0.01
338 8 0.00
339 111 0.04
341 1 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (321 bp):
TTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTT
TTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGACAATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCG
GCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATTCCAAATC
TCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGA
AATTAATTCGGAAAAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCG
Found at i:2728 original size:655 final size:651
Alignment explanation
Indices: 3--3624 Score: 4084
Period size: 655 Copynumber: 5.5 Consensus size: 651
1 CA
* * * *
3 TTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTCAAAAATTGATGAAAAATATTT-TGGTCAATTT
1 TTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTT
* * * *
67 TTGCAAAATTTTTGCCGAAATTC-TGTACTAACCATCACGATTCCTGGATGAAAACGCATTCCGG
66 TTGCAAAATTTTTGCCGAAA-CCGTGTACTAA-CATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGG
* * * *
131 GGCCCTGGCTTAGTTTTGCATGACTTTTGGCGCCAGGAATCATTGAATTATCTATATTCATCATA
129 GGCCC-GGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGAATCATTGAATTATCTATATTCATCATT
* * * *
196 CCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGAATTTGATTGTACGAGCATTTGAATCATATTTCAATTT
193 CCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTT
* * *
261 AATCGGAAATTAATTCGGAAAAATTAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGCAAAACCTTTCAATCTT
258 AATCGGAAA-TAATT----AAATTTAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCC-TTCAATCTT
* * * **
326 TTTGGCGTTTAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAGTTGAGGAAGAATCTTTCATG
317 TTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGG
* * * *
391 TCAATTTTTGCAAAATATTTGCCGAAAACCGTGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTGAAAAACG
382 TCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCG-AAATCATGTACTAACCATCACGATTCTTGGCTG-AAAACG
* * * *
456 CGTTCCGGGGCTCCGGCACAGTTTTCCATGATTTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAATTATCCT-T
445 CGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAATT-T-CTAT
* * * **
520 GTTAATCATTCCAAATCTCAGCCATGTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCAT
507 ATTCATCATACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCAT
* *
585 GTTTCGATTTATTCGGAAATTAATTCGGAAAAAATTTTTAAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGA
572 GTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTC--AAAAAA---TT--AAAAAATGATATTAGAAGCGTGCA
650 AAGCCCTTCAATCTTTTTGGCG
630 AAGCCCTTCAATCTTTTTGGCG
*
672 TTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAACTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTT
1 TTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTT
*
737 TTGCAAAA-TTTTGCCGAAACTGTGTACTAACAGTCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGG
66 TTGCAAAATTTTTGCCGAAACCGTGTACTAACA-TCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGG
*
801 GCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGAATCATTGAATTATCCT-TATTTATCATT
130 G-CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGAATCATTGAATTAT-CTATATTCATCATT
* * * *
865 CCAAATCTCATCCATGTTGGATTTAAGGATTTAATTTTACGAGTATTTGAATCATGTTTCGATTT
193 CCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTT
* * *
930 AATCGGAAATTAATTCGGAAGAATTAAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGGCCTGCAATAT
258 AATCGGAAA-TAATT----A-AATTTAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAA-GCCTTCAATCT
*
995 TTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCTGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGG
316 TTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGG
* * * * * *
1060 GCCAATTTTTGAAAAATTTTTGCCGAAACCGTGTACTAACAATCACGATTCCTGGCTGAAAACGC
381 GTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGATTCTTGGCTGAAAACGC
* * * * * *
1125 GTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTCAAATATCTATATT
446 GTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATT-GAATTTCTATATT
*
1190 CATCATCCCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTT
510 CATCATACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTT
* * * * *
1255 TCAATTTATTCGTAAATTAATT--AAAAA-T-AATAATCATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCA
575 TCGATTTAATCGGAAATTAATTCAAAAAATTAAAAAATGATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCA
*
1316 ATCTTTTTTGGCA
640 ATC-TTTTTGGCG
* * *
1329 TTGAATTATATATTTTTTACAAGTATTGCGGTCAAAAATTGAGGAAAAATATTTC-GG-------
1 TTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTT
* * * *
1386 -T-C--AATTTTTGCCGAAATCGTG---T--CATCACGATTCCTGGATGAAAACGCATTCCGGGG
66 TTGCAAAATTTTTGCCGAAACCGTGTACTAACATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGG
* * *
1442 CCCCGGCTTAGTTTTGCATGACTTTTGGCGCCAGGAATCATTGAATTATCTATATTCATCA-TCC
131 -CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGAATCATTGAATTATCTATATTCATCATTCC
* * *
1506 TAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATATTTCCATTTA
195 -AAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTA
* * *
1571 ATCGGAAATTAATTCGGAA---AAGAAAATGATACTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTT
259 ATCGGAAA-TAATT--AAATTTAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAG-CCTTCAATCTTTTT
* * *
1633 GGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTGAAAATTGAGTAAAAAAAT-TTTTGGGT
320 GGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAG--GAAAAATCTTTCGGGT
* * *
1697 CAATTTTTGCAAAATTCTTGCCGAAATC--GTGC--A--ATCACGATTCTTAGCTGAAAACGCGT
383 CAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGT
* * * * *
1756 TCCGGGGACCCGGCTCAGTTTGGCATTATTTTTGGCCCCGAAGACTCATTGATTTATCTATATTC
448 TCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCC-AAGACTCATTGAATT-TCTATATTC
* * * *
1821 ATCATACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGAATTTGATTGTACGAGCATTTGAATCATATTT
511 ATCATACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTT
* * * *
1886 CAATTTAATCGGAAATTAATTCGGAACAATTAAAAAATGATATTAGAAGCGTGCAAAGCCTTTCA
576 CGATTTAATCGGAAATTAATTC-AAAAAATTAAAAAATGATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCA
1951 ATCTTTTTGGCG
640 ATCTTTTTGGCG
* * **
1963 TTTAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAATAATCTTTCATGTCAATTT
1 TTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTT
** * *
2028 TTGCACTATATTTGCCGAAAACCGTGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTGAAAGACGCGTTCCG
66 TTGCAAAATTTTTGCCG-AAACCGTGTACTAA-CATCACGATTCTTGGCTGAAA-ACGCGTTCCG
* * *
2093 GGGCTCCGGCACAGTTTTGCATGATTTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAATTATCCT-TATTCATC
128 GGGC-CCGGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTTGGCGCCAAGAATCATTGAATTAT-CTATATTCATC
*
2157 ATTCCAAATCTCAGCCATGTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGA
190 ATTCCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGA
* * *
2222 TTTATTCGGAAA-AA-T-ATTTTTAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCTCTTCAATCTTTT
255 TTTAATCGGAAATAATTAAATTTAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGC-CTTCAATCTTTT
* *
2284 TGGCATAGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTC
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* *
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384 AATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTT
* * * * *
2414 CCAGGGCCCCTGCTTAGTTTTACAT-ATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATTTCTATATTCAT
449 CCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTG-AATTTCTATATTCAT
* * * *
2478 CATCCCAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGATTTTATTTTAGGAGCATTTGAATCATGTTTCG
513 CATACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCG
* * *
2543 ATTTAATCGGAAATTAATTCAGAAAATTAAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGCAAAGTCCTTGAA
578 ATTTAATCGGAAATTAATTCAAAAAATT--AAAAAATGATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAA
2608 TCTTTTTGGCG
641 TCTTTTTGGCG
** * * *
2619 TTGAATTATATATTTTTTAATAATATTGTGGTTAAAAGTTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTT
1 TTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTT
* *
2684 TTGCAAAATTTTTGCCGAAACCGTGTATTAACCATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGG
66 TTGCAAAATTTTTGCCGAAACCGTGTACTAA-CATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGG
* * * *
2749 GCCTTGGCTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAATTATTTATATTCATCA-TC
130 GCC-CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGAATCATTGAATTATCTATATTCATCATTC
* * * * * *
2813 CGAAATCTCAACCACCTTGGATTTAAGGATTTGATTTTAGGAGCATCTGAGTTATGTTTCGATTT
194 C-AAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTT
* * * * * **
2878 ATTCGGAAATTAATTCGAAAAAAACTGAAAAGAAATGATATTAGACGCGTGAAAAGTTTTTCAAT
258 AATCGGAAA-TAATT------AAATTTAAAA-AAATGATATTAGAAGCGTGGAAAG-CCTTCAAT
* * * * * ** * *
2943 CATTTTGGTGCTGAATTATATAATTTTTTATGAGTATTGTGCCTAAAAATTAAGGTAAAATCTTT
314 CTTTTTGGCGTTGAATTATAT-ATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTT
* *
3008 CGGGTCAATTTTTG----------G-CGAAATCATGTACAAACCATCACGATT-TTGTGCTAAAA
378 CGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGATTCTTG-GCTGAAA
** * * * * * ** *
3061 ACGCGTTCC-GGGATCCGGCTCAGTGTT-CTTTAATTTTTGGCGCCAAGACACCTTTTATATCTA
442 ACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGC-ATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAATTTCTA
* * * * * * *
3124 TATTAATC-TAACCAAGTATCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTGAATC
506 TATTCATCAT-ACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATC
* * ** * * * *
3188 TTGTTTCGATTTACTTAGTAATTAATTCGGGAAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAATCTTGAAA
570 ATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTC---AAAAAATT-AAAAAATGATATTAGAAGCGTGCAA
* *
3253 AGCCCTTCAATATTTTTGGCA
631 AGCCCTTCAATCTTTTTGGCG
* * *
3274 TTGAATTATATA-TTTCTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAATTCTTTCGAGTCAATTT
1 TTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTT
* * * *
3338 TTACAAAATTTTTGCCGAAATCC----A-T--CACCACGATTCTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGG
66 TTGCAAAATTTTTGCCGAAA-CCGTGTACTAACATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGG
* * * * *
3396 GCTCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCATTT
130 GC-CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGAATCATTGAATTATCTATATTCATCATTC
*
3461 CAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTA
194 CAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTA
3526 ATCGGAAATTAATTCGGAAAAAATTTTAAAAATAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAAT
259 ATCGGAAA-TAATT------AAA-TTTAAAAA-AATGATATTAGAAGCGTGGAAAG-CCTTCAAT
* * *
3591 CTTTTTAGCATTGGA-TATATATTTTTTACGAGTA
314 CTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTA
3625 ACCATCACTA
Statistics
Matches: 2554, Mismatches: 310, Indels: 201
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
629 58 0.02
630 98 0.04
631 1 0.00
633 8 0.00
634 141 0.06
635 65 0.03
636 6 0.00
637 2 0.00
639 5 0.00
640 154 0.06
641 2 0.00
643 2 0.00
644 1 0.00
645 2 0.00
646 36 0.01
647 176 0.07
648 45 0.02
649 1 0.00
650 8 0.00
651 36 0.01
652 89 0.03
653 222 0.09
654 184 0.07
655 291 0.11
656 174 0.07
657 103 0.04
659 1 0.00
663 10 0.00
664 44 0.02
665 51 0.02
666 2 0.00
667 104 0.04
668 36 0.01
669 256 0.10
670 138 0.05
671 2 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (651 bp):
TTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTT
TTGCAAAATTTTTGCCGAAACCGTGTACTAACATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGG
CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGAATCATTGAATTATCTATATTCATCATTCCA
AATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAAT
CGGAAATAATTAAATTTAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCTTCAATCTTTTTGGCGTT
GAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTT
GCAAAATTTTTGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGC
CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAATTTCTATATTCATCATACCAA
ATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATC
GGAAATTAATTCAAAAAATTAAAAAATGATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGC
G
Done.