Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01016399.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig16432, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4357
ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.15, T:0.32
Found at i:1220 original size:327 final size:324
Alignment explanation
Indices: 1--1872 Score: 2536
Period size: 330 Copynumber: 5.8 Consensus size: 324
* * *
1 CGTTTTTAGCTCAAAAAATCGTGATGGTTAGTAAACGATTTCGGCTAAAAACTGACCTGAAAA-A
1 CGTTTTTAGC-CCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCT-AAAATT
* * * * *
65 CTATTTTCTGAATTTTTTGCCACGATACCCAGAAAAAA-TATATAATTGAATGCCAAAAAGATTG
64 TTTTTTTCTGAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATTATATAATTCAATGCCAAAAAGATTG
* * *
129 ACGGGCTTTTCACGCTTCTATTATCATTTTTCCAATTTTTTCCGAATTTATTTATAATTAAATCG
129 ACGGGCTTTTCACGCTTCTATTATCGTTTTTCCAA-TTTTTCTGAATTTATTTCTAATTAAATCG
* * *
194 AAACAAGATTTTGATA-ATCGTAAAACTAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTGGA
193 AAACAAGATTCTGATACA-CGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGA
* * * *
258 TGAATATAGATATT-TCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATAATGCAAAACTCAGTCGGGTCTCCGA
257 TGAATATAGATATTCT-AAGGAGTCTTTCAGCCAAAAATAATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGA
*
322 AAAG
321 AACG
* * * **
326 CGTTTTTAGCCCAAAAATTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACATGAAAGGTT
1 CGTTTTTAGCCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCTAAAATTTT
* * * * *
391 TTTTTC--AAATTTTTGCCACAATACTTAG-AAAAATTATATAATTCAAAGCCAAAAA-ATTTAA
66 TTTTTCTGAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATTATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAC
** * * *
452 ATGTTTTTCACGCTTCTAATATAGTTTTTCCAATTTTT-TACGAATTTATTT-TAATTAAATCGA
131 GGGCTTTTCACGCTTCTATTATCGTTTTTCCAATTTTTCT--GAATTTATTTCTAATTAAATCGA
*
515 AACAAGATTTTGATACACGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATG
194 AACAAGATTCTGATACACGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATG
* * *
580 AATATAGATATTCTAAGGAGTCTTTCAGCCAAAAGTAAAGCAAAACAGAGTCGGGGCCCCGAAAC
259 AATATAGATATTCTAAGGAGTCTTTCAGCCAAAAATAATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGAAAC
*
645 A
324 G
* * * * *
646 CGTTTTTAGCTCAAAAATCGTGATGGTTAGTATACGATTTCGTCTAAAAATTGACCCGAAAA-TT
1 CGTTTTTAGCCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGA-CCTAAAATTT
* * *
710 TTTTTTCTGAATTTTTTGCCACAATACCCATAAAAAA-TATATAATTGAATGCCAAAAAGATTGA
65 TTTTTTCTGAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATTATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGA
* * *
774 CGGGCTTTTCACGCTTCTGTTATCGTTTTTCCAATTTTCCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAA
130 CGGGCTTTTCACGCTTCTATTATCGTTTTTCCAATTTTTCTGAATTTATTTCTAATTAAATCGAA
* * * **
839 ACAAGATTCTGATACTCGTAAAAATAAATGCTTAAATCAAATGTGTATGAGATTTGGTTAGATGA
195 ACAAGATTCTGATACACGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGA
* * *
904 ATATAGATATTCTCAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATAATGTAAAACTGAGTCGGGGCCCCGAAACG
260 ATATAGATATTCTAAGGAGTCTTTCAGCCAAAAATAATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGAAACG
* * *
969 CGTTTTTATCCCAAAAATCGTGATGGTTGGTTCACGATTTCGGCTAAAAACTGACCTAAAATTTT
1 CGTTTTTAGCCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCTAAAA--TT
*
1034 TTCTTTTTCTGAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAAGATT
64 TT-TTTTTCTGAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATTATATAATTCAATGCCAAAAAGATT
* *
1099 GACGGGCTTTTCACGCTTCTTTTATCGGTTTTCCAATTTTTCTGAATTTATTTCTAATTAAATCG
128 GACGGGCTTTTCACGCTTCTATTATCGTTTTTCCAATTTTTCTGAATTTATTTCTAATTAAATCG
* *
1164 AAACAAGATTTTGATACACGTAAAAGTAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGAT
193 AAACAAGATTCTGATACACGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGAT
* * *
1229 GAATATAGATATTCTAAGGAGTCTTTCAGCCAAAAGTAAAGCAAAACAGAGTCGGGGCCCCGAAA
258 GAATATAGATATTCTAAGGAGTCTTTCAGCCAAAAATAATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGAAA
*
1294 CA
323 CG
* *
1296 CGTTTTTAGCTCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATTT
1 CGTTTTTAGCCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGA-CCTAAAA---
* *
1361 TTTCTTTTTTCTGGATTTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAAG
62 TTT-TTTTTTCT-GAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATTATATAATTCAATGCCAAAAAG
* * *
1426 ATTAACGGGCTTTTCACGCTTCTTTTATCGTTTTTCCAATTTTTCTGAATTTATTTCTAATCAAA
125 ATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTATTATCGTTTTTCCAATTTTTCTGAATTTATTTCTAATTAAA
* * * *
1491 TCGAAACAAGATTCAGATACTCGTAAAAATAAATCCTTAAAACCAATGTGGCTGAGATTTCGTTA
190 TCGAAACAAGATTCTGATACACGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTA
* *
1556 GATGAATATAGATATTCTAAGGAGTCTTTCAACCAAAAATAATGCAAAACTGAGTCAGGGCCCCG
255 GATGAATATAGATATTCTAAGGAGTCTTTCAGCCAAAAATAATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCG
1621 AAACG
320 AAACG
*
1626 CGTTTTTAGCCCAAAGATAC-TGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCTGAAAAGT
1 CGTTTTTAGCCCAAAAAT-CGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCT-AAAA-T
* ** * *
1690 TTTTTTTTTTCTATTTTTTGCCACAATAATCAG-AAAAATTATATAATTCAATGCCAAAAAAATT
63 TTTTTTTTCTGAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATTATATAATTCAATGCCAAAAAGATT
* *** * * * *
1754 TAAATG-TTCTTCAAGCTTCTAATATAGTTTTTCCAATTTTGTC-AAATTTATTT-TAATTAAAT
128 GACGGGCTT-TTCACGCTTCTATTATCGTTTTTCCAATTTT-TCTGAATTTATTTCTAATTAAAT
**
1816 CGAAACAAGATTCAAATACACGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGAT
191 CGAAACAAGATTCTGATACACGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGAT
1873 CATTGTTTTT
Statistics
Matches: 1374, Mismatches: 147, Indels: 53
0.87 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
320 190 0.14
321 52 0.04
322 90 0.07
323 220 0.16
324 113 0.08
325 80 0.06
326 55 0.04
327 259 0.19
328 9 0.01
329 14 0.01
330 291 0.21
331 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (324 bp):
CGTTTTTAGCCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCTAAAATTTT
TTTTTCTGAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATTATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAC
GGGCTTTTCACGCTTCTATTATCGTTTTTCCAATTTTTCTGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAA
CAAGATTCTGATACACGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAA
TATAGATATTCTAAGGAGTCTTTCAGCCAAAAATAATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGAAACG
Found at i:3126 original size:332 final size:328
Alignment explanation
Indices: 2493--3281 Score: 861
Period size: 332 Copynumber: 2.4 Consensus size: 328
2483 ATACTTGGAT
* * ** * * *
2493 AAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGACGGGCTTCTCACGCTTCTATTATCGTTTTCCAAT
1 AAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCCAAT
** * * * *
2558 TTTCCCGAATTTATTTGTAATTAAATCGAAACAAGATTCTAATGCTCGTAAATACAAATCCTTAA
66 TTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTAATGCTCGTAAAAACAAATCCATAA
* * * ** * *
2623 TTGCAATGTGGTTAAAAATTGCTTTGATAAATATAGATATTTCAACAAGTCCTGGCGCCAAGAAT
131 ATCCAATGTGGCTAAAAATTGCTCAGATAAATATAGATATTTCAACAAGTCCTGACGCCAAAAAT
* *
2688 TATGCAAAATTGAGTCGGGTTTCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATAGAGTACACGAT
196 TATGCAAAATTGAGTCGGGATCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATAGAGTACACGAT
* * *
2753 TTCAGCTTAAATTTTCCAAATATTAAATCGAAAGGTTTTT-CCTCTATTTTCGGCCACAAAACTT
261 TTCAGCTAAAATTTTCCAAATATTAAATCGAAAGATTTTTCCCTCAATTTTCGG-CACAAAAC-T
2817 ATAAA
324 ATAAA
* *
2822 AAAATATATAATTTAACGCCAAAAAGATTAAAAGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTATCACA
1 AAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTT-TC-CA
* * * *
2887 AGTTTTTTCGAAGTAATTTTTAATTAAATAGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCA
64 A-TTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTAATGCTCGTAAAAACAAATCCA
* * * * *
2952 TAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGCTCAGATGAATATAGATATTTCAACGAGT-CTTACGCCAAA
128 TAAATCCAATGTGGCTAAAAATTGCTCAGATAAATATAGATATTTCAACAAGTCCTGACGCCAAA
* * * * *
3016 AATTATGCGAAATTGTGTCGGGATCCCGGAACGTGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATTGTTAGTGA
193 AATTATGCAAAATTGAGTCGGGATCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATAG--AGT-A
* * * *
3081 -ATGATTTC-GACTAAAATTTTGCCAAA-ATTGAATCGAAA-ATTTTTCCCTCAATTTTTGGCAT
255 CACGATTTCAG-CTAAAATTTT-CCAAATATTAAATCGAAAGATTTTTCCCTCAATTTTCGGCAC
* *
3142 AAATCTCTAAA
318 AAAACTATAAA
** * * * ** * * * * *
3153 AAGGTATATAAATTCAATGCCAATAAGATTGAAAGGCTCTTCACATTTATGATATCCTTTTTTCT
1 AAAATATAT-AATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTCACGCTTCTAATAT-CATTTTCCA
* * *
3218 ATTTTTTCCGAATTAATCTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCTAATGCTCATAAAAACAAATCC
64 ATTTTTT-CGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTAATGCTCGTAAAAACAAATCC
3282 TACTGAATAT
Statistics
Matches: 381, Mismatches: 67, Indels: 22
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
329 50 0.13
330 8 0.02
331 125 0.33
332 147 0.39
333 45 0.12
334 6 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (328 bp):
AAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCCAAT
TTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTAATGCTCGTAAAAACAAATCCATAA
ATCCAATGTGGCTAAAAATTGCTCAGATAAATATAGATATTTCAACAAGTCCTGACGCCAAAAAT
TATGCAAAATTGAGTCGGGATCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATAGAGTACACGAT
TTCAGCTAAAATTTTCCAAATATTAAATCGAAAGATTTTTCCCTCAATTTTCGGCACAAAACTAT
AAA
Found at i:3447 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 3297--4160 Score: 1052
Period size: 27 Copynumber: 31.6 Consensus size: 27
3287 AATATGGCCA
* * **
3297 TACTGAATATGCAGCTATATTATTATGGC
1 TACTGAATATGCAACTATATGA-T-TCCC
* *
3326 TACTGAATATGCAAATATATTATTATGGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGA-T-T--CCC
*
3357 TACGGAATATGCAACTATATGATTATAGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGA-T-T--CCC
*
3388 TACTGAATATGCAACTATAAGATTATGGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGA-T-T--CCC
* *
3419 TACTGAATATGAAACTGTATGATTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
* *
3446 TACTGAATATGCAATTATATG-GTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
* * *
3472 GACTGAATATGCAACTATTTG-TTTCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
3498 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
3525 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
3552 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
* **
3579 TACTAAATATGCAACTATATG-GCCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
3605 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
**
3632 TACTGAATATGCAACTATATG-GCCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
3658 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
* *
3685 TACTGCATATGAAACTATATGATTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
**
3712 TACTGAATATGCAACTATATG-GCCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
*
3738 TACTGAATATGCAAATATATGATTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
**
3765 TACTGAATATGCAACTATATG-GCCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
3791 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
*
3818 TACTGAATATGCAACTATATGA-CCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
*
3844 TACTGAATATGCAACTATATGA-CCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
* *
3870 TACTGAATATGCAACTATATGTTTCTC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
*
3897 TACTGAATATGCAACTACATGATTATGGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGA-T-T--CCC
*
3928 TACTGAATATGTAACTATATGATTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
*
3955 TACTGAATATGCAACTATATG--GCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
3980 TACTGAATATGCAACTATATGATTATGGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGA-T-T--CCC
*
4011 TACTGAATATGCAACTACATGA--CCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
**
4036 TACTGAATATGCAACTATATGACGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
*
4063 TACTGAATATGCAACTATATGATACCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
*
4090 TACTGAATATGCAACTA-AGTGATGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATA-TGATTCCC
* * *
4117 TAGTGAATATGGAACCATATGATTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
4144 TACTGAATATGCAACTA
1 TACTGAATATGCAACTA
4161 CATGGCCCTA
Statistics
Matches: 739, Mismatches: 74, Indels: 46
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
25 48 0.06
26 189 0.26
27 350 0.47
28 2 0.00
29 27 0.04
30 2 0.00
31 121 0.16
ACGTcount: A:0.33, C:0.22, G:0.14, T:0.31
Consensus pattern (27 bp):
TACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
Found at i:3531 original size:53 final size:54
Alignment explanation
Indices: 3297--4160 Score: 1052
Period size: 53 Copynumber: 15.8 Consensus size: 54
3287 AATATGGCCA
* * ** * *
3297 TACTGAATATGCAGCTATATTATTATGGCTACTGAATATGCAAATATATTATTATGGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGA-T-TCCCTACTGAATATGCAACTATATGA-T-T--CCC
* *
3357 TACGGAATATGCAACTATATGATTATAGCCCTACTGAATATGCAACTATAAGATTATGGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGA-T-T--CCCTACTGAATATGCAACTATATGA-T-T--CCC
* * * *
3419 TACTGAATATGAAACTGTATGATTCCCTACTGAATATGCAATTATATG-GTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
* * *
3472 GACTGAATATGCAACTATTTG-TTTCCTACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
3525 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
* **
3579 TACTAAATATGCAACTATATG-GCCCCTACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
**
3632 TACTGAATATGCAACTATATG-GCCCCTACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
* * **
3685 TACTGCATATGAAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATG-GCCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
* **
3738 TACTGAATATGCAAATATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATG-GCCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
*
3791 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGA-CCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
* * *
3844 TACTGAATATGCAACTATATGA-CCCCTACTGAATATGCAACTATATGTTTCTC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
* *
3897 TACTGAATATGCAACTACATGATTATGGCCCTACTGAATATGTAACTATATGATTCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGA-T-T--CCCTACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
*
3955 TACTGAATATGCAACTATATG--GCCCTACTGAATATGCAACTATATGATTATGGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGA-T-T--CCC
* **
4011 TACTGAATATGCAACTACATGA--CCCTACTGAATATGCAACTATATGACGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
* *
4063 TACTGAATATGCAACTATATGATACCCTACTGAATATGCAACTA-AGTGATGCCC
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATA-TGATTCCC
* * *
4117 TAGTGAATATGGAACCATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTA
1 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTA
4161 CATGGCCCTA
Statistics
Matches: 725, Mismatches: 59, Indels: 46
0.87 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
52 96 0.13
53 295 0.41
54 143 0.20
55 1 0.00
56 48 0.07
58 69 0.10
60 24 0.03
61 1 0.00
62 48 0.07
ACGTcount: A:0.33, C:0.22, G:0.14, T:0.31
Consensus pattern (54 bp):
TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGATTCCC
Found at i:3588 original size:133 final size:133
Alignment explanation
Indices: 3354--4160 Score: 1052
Period size: 133 Copynumber: 6.0 Consensus size: 133
3344 ATTATTATGG
* *
3354 CCCTACGGAATATGCAACTATATGATTATAGCCCTACTGAATATGCAACTATAAGATTATGGCCC
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGA-T-T--CCCTACTGAATATGCAACTATATGA-T-T--CCC
* * * * *
3419 TACTGAATATGAAACTGTATGATTCCCTACTGAATATGCAATTATATGGTCCCGACTGAATATGC
58 TACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGGCCCCTACTGAATATGC
*
3484 AACTATTTGTT
123 AACTATATGTT
*
3495 TCCTACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAAT
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAAT
*
3560 ATGCAACTATATGATTCCCTACTAAATATGCAACTATATGGCCCCTACTGAATATGCAACTATAT
66 ATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGGCCCCTACTGAATATGCAACTATAT
3625 GATT
131 G-TT
** *
3629 CCCTACTGAATATGCAACTATATG-GCCCCTACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGCAT
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAAT
* *
3693 ATGAAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGGCCCCTACTGAATATGCAAATATAT
66 ATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGGCCCCTACTGAATATGCAACTATAT
3758 GATT
131 G-TT
**
3762 CCCTACTGAATATGCAACTATATG-GCCCCTACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAAT
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAAT
* *
3826 ATGCAACTATATGA-CCCCTACTGAATATGCAACTATATGACCCCTACTGAATATGCAACTATAT
66 ATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGGCCCCTACTGAATATGCAACTATAT
3890 GTTT
131 G-TT
* * *
3894 CTCTACTGAATATGCAACTACATGATTATGGCCCTACTGAATATGTAACTATATGATTCCCTACT
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGA-T-T--CCCTACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACT
* *
3959 GAATATGCAACTATATG--GCCCTACTGAATATGCAACTATATGATTATGGCCCTACTGAATATG
62 GAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATG-----GCCCCTACTGAATATG
* *
4022 CAACTACATG-A
122 CAACTATATGTT
** *
4033 CCCTACTGAATATGCAACTATATGACGCCCTACTGAATATGCAACTATATGATACCCTACTGAAT
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAAT
* * * * **
4098 ATGCAACTA-AGTGATGCCCTAGTGAATATGGAACCATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTA
66 ATGCAACTATA-TGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATG-GCCCCTACTGAATATGCAACTA
4161 CATGGCCCTA
Statistics
Matches: 607, Mismatches: 45, Indels: 36
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
132 72 0.12
133 269 0.44
134 26 0.04
135 48 0.08
136 25 0.04
137 96 0.16
139 24 0.04
140 1 0.00
141 46 0.08
ACGTcount: A:0.33, C:0.23, G:0.14, T:0.31
Consensus pattern (133 bp):
CCCTACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGATTCCCTACTGAAT
ATGCAACTATATGATTCCCTACTGAATATGCAACTATATGGCCCCTACTGAATATGCAACTATAT
GTT
Done.