Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01016423.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig16456, whole genome shotgun sequence
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* ** *
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*
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*
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*
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* * * * *
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** *
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* *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* *
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*
1415 TTTAGCCGCAATCG
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* *
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* * * * *
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* * *
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* * *
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193 TATGAGAAAATCGATATTAGATGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATT
* * * * * *
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258 TTTTATTAGTATTTTGGCCATAAATTGAGGAA-AAACCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTA
*
1752 GTCGAAATCG
322 GCCGAAATCG
* *
1762 TGTACTAACCATCACGGTATTTGGCTAAAATCGCGTTCTGGGGCCCCGGCTCAGTTATGCATGAT
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* * * * * *
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65 TTTTGGCGCCAAGACTC-TTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCTGCCACATTAGATTT
** * *
1891 AAGGATTTGTTTTTACGAACATCAGAAACCGGTTTCGATTTAATAAGAAATTAATTCGGAGAAAT
129 AAGGATTTGTTTTTACGAACATCAGAAACTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAT
* * *
1956 ATGAGAAAATCGATATTAGATACGTGAAAAGACCTTCAATCTTTTTGGCATTGTATTATATATTT
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** * * * * * * *
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259 TTTATTAGTATTTTGGCCATAAATTGAGGA-AAAACCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAG
*
2086 CCAAAATCG
323 CCGAAATCG
* * ** * *
2095 TGTACTAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAATCGCGTTCTGGGGCTTCGACTCAGTTTTGCATCAT
1 TGTACTAACCATCACGG-TTTTGGCTAAAATCGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGAT
* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* *
2352 GTTTTTTATTAGTGTTTTGGCCA-AAGATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTGTTGCAAAATT
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*
2416 TTAGCCGCAATCG
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*
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* * *
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** *
2558 AAGGATTTGTTTTTACGAACATCAGAAACCGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAGAAAT
129 AAGGATTTGTTTTTACGAACATCAGAAACTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAT
* * *
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194 ATGAGAAAATCGATATTAGATGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTT
* * * * *
2687 TTTATGATTATTTTGGCCATAAATTGAAGACAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTCG
259 TTTATTAGTATTTTGGCCATAAATTGAGGA-AAAACCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAG
2752 CCGAAATCG
323 CCGAAATCG
* *
2761 TGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAATCGCGTTCCGGGG-CCCGACTCCGTTTTGCATGAT
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* * * * * * *
2825 TTTTGCCACCGAGACT-TCTAGAAATTTCTATATTCACCTAACCAAATGT-TATCCACATTAGAT
65 TTTTGGCGCCAAGACTCT-TA-AAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCT-GCCACATTAGAT
* * * *
2888 TTAAGGATTTGTATTTACAAACATCTA-AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAA
127 TTAAGGATTTGTTTTTACGAACATC-AGAAACTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAA
* *
2952 AA-AT-AGTAAAAAT-TATATTAGAAGCGTGTAAAA-CCCTTCAATCTTTATTGTG--TTGAATT
191 AATATGAG--AAAATCGATATTAGATGCGTG-AAAAGCCCTTCAATCTTT-TTG-GCATTGAATT
* * * *
3011 ATACATTTTTTATTACTGTTTTGGCCA-AAGATTGAGGAAAAACCTTTCGGCTCAATTTTTGCAA
251 ATATATTTTTTATTAGTATTTTGGCCATAA-ATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTTTGCAA
*
3075 AATTTTAGCCGCAATCG
315 AATTTTAGCCGAAATCG
* * *
3092 TG--------GT-A----TTTGGCTAAAATTGCGTTCCGAGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATT
1 TGTACTAACCATCACGGTTTTGGCTAAAATCGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATT
* * * * * * * * * *
3144 TTTTGCGCCGAGACTCCTAGAAATTTATGTATTCATCTACCCAAATCTCAGCCACATTGGATTTG
66 TTTGGCGCCAAGACTCTTA-AAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCTGCCACATTAGATTTA
* ** *
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130 AGGATTTGTTTTTACGAACATCAGAAACTTGTTTC-GATTTAATTAGAAATTAATTC--GGAAAA
** * * *
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192 ATATGAGAAAATCGATATTAGATGCGTGAAAAGCCCTTCAATC-TTT-TTGGCATTGAATTATAT
* * *
3335 ATTTTTTATTAGTGTTTTGACCA-AAGATTGAGGAAAAACATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATT
255 ATTTTTTATTAGTATTTTGGCCATAA-ATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATT
** * *
3399 TTAGAGGTAATCA
319 TTAGCCGAAATCG
* * * * *
3412 TG---T----ATCACGGTTTATGGCTAAAA-AGCGTTCCGAGGTCCCGTCTCAATTTTGCATGAT
1 TGTACTAACCATCACGGTTT-TGGCTAAAATCGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGAT
* * * * * *
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65 TTTTGGCGCCAAGACTC-TTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCTGCCACATTAGATTT
* ** * * *
3534 AAGGATTTGTTTTTATGGGCATCAGATAC-TGATTTCGAATTAATTAGAAATTAATTCGGATAAA
129 AAGGATTTGTTTTTACGAACATCAGAAACTTG-TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAA
* *
3598 TATGAGAAAATTGAT-TTA-AT---T-AGAAA-----T-AA-----AT---A-TGAATTATATAT
193 TATGAGAAAATCGATATTAGATGCGTGA-AAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATAT
* * * **
3642 TTTTTATTAGTGTTTTGCCCA-ATGATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTTTTAAAAATTTT
257 TTTTTATTAGTATTTTGGCCATA-AATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTT
* *
3706 AACCGTAATCG
321 AGCCGAAATCG
* * *
3717 TGTATTAACCATCACGGTATTTGGCT-AAATCGCGTGT-CGGGGCCACC-ACACAGTTTTGCATG
1 TGTACTAACCATCACGGT-TTTGGCTAAAATCGCGT-TCCGGGGCC-CCGGCTCAGTTTTGCATG
* * * * * *
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63 ATTTTTGGCGCCAAGACTCTTA-AAATATC--TA-TATTCATCTAACCAAATCTCTGCCACATTA
* * * *
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124 GATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCAGAAACTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GG
* * * * *
3909 AAAAA-ATGGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTTAATATTTTTGGCATTGAATTAT
188 AAAAATATGAGAAAATCGATATTAGATGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTAT
* * * * *
3973 TTA-TTTTTATTAGTGTTTTAGCCA-AAGAATGAGGAAAAACCTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAA
253 ATATTTTTTATTAGTATTTTGGCCATAA-ATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAA
*
4036 TTTTAGCCGTAATCG
317 TTTTAGCCGAAATCG
* * * * * * * *
4051 TGTATTAATCATCACGGTTTATGGCTAAAA-AGCGTTCTGAGGCACCGTCTCAATTTTGCATGAT
1 TGTACTAACCATCACGGTTT-TGGCTAAAATCGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGAT
** * *
4115 TTTCAGTGCCAAGACTCATTAAAATATCTATATTCATCTAACTAAATCTCTGCCACA-TAG----
65 TTTTGGCGCCAAGACTC-TTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCTGCCACATTAGATTT
* * ** * *
4175 -A--ATTTGTTTTTACGAGCATCAAAAACCGGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAGAAAT
129 AAGGATTTGTTTTTACGAACATCAGAAACTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAT
* * * * *
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194 ATGAGAAAATCGATATTAGATGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTT
* ** *
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259 TTTATTAGTATTTTGGCCATAAATTG-AGGA-AAAACCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTA
*
4366 GCCGAAATCA
322 GCCGAAATCG
** * * * * * *
4376 TGTTTTGACCATCAAGGTTTTTGGCTAAAATCACGTACCGCGGCCCTGGCTCAGTTTTGCATGAT
1 TGTACTAACCATCACGG-TTTTGGCTAAAATCGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGAT
* * ** * * * *
4441 TTTTGACACGGAGACTCCTAGAAATTTCTATATTCAT-TAACCAAATGTCAGCCACATTAGATTT
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* * * * *
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129 AAGGATTTGTTTTTACGAACATCAGAAACTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAT
** * * * * *
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194 ATGA-GAAAATCGATATTAGATGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATT
* * * ** *
4634 TTTTATTAATGTTTTGGCCA-AATATTGAGGAAAAACCTTCCGAATCAATTTTCGCAAAATTTTA
258 TTTTATTAGTATTTTGGCCATAA-ATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTA
* *
4698 GCCGTAATCA
322 GCCGAAATCG
* * * * * ** * *
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* * * * *
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* * * ** *
4838 AAGAATTTG-TTTTACGAGA-ATCGGAAACATGTTTCGATTTAAAAAG-AATTAATTCGTAAAAA
129 AAGGATTTGTTTTTACGA-ACATCAGAAACTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAA
* * * * * * *
4900 TAT-AGGAAAATTGATATTAGATGCCTGACAAGCCCTTCAAAAT-TTTTTGG-GTTGTAGTAGAT
193 TATGA-GAAAATCGATATTAGATGCGTGAAAAGCCCTTC--AATCTTTTTGGCATTGAATTATAT
* * *
4962 ATTTTTATATT--TATTTTGGCCATAAAATGAGGAAAATCTCTTTCGGGTCAATTTTTGTAAAAT
255 ATTTTT-TATTAGTATTTTGGCCATAAATTGAGGAAAAAC-CTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAAT
5025 TTTAGCCGAAATCG
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* * *
5039 TG------CGAT-----TTTTGGCTAAAATCGC-TTCCGGGGGGCCCGACTCAGTTTTGCATGAT
1 TGTACTAACCATCACGGTTTTGGCTAAAATCGCGTTCC-GGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGAT
** * * * * *
5092 TTTTGGCGCCGGGACTCCTAGAAATTTCTGAT-TTCATCTAACCAAATCTCCGCCACATTGGATA
65 TTTTGGCGCCAAGACTCTTA-AAATATCT-ATATTCATCTAACCAAATCTCTGCCACATTAGATT
* * *
5156 TAAGGTTTTGTTTTTACGAACAT-ATAAATCTTGTTTCGATTTGATTAGAAATTAATTCAAGGGG
128 TAAGGATTTGTTTTTACGAACATCAGAAA-CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC----GG
* ** * * * *
5220 AAAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCATGACAAGCCCTTCAAT-TTTTATGGCGTTGAATT
188 -AAAAATATGAGAAAATCGATATTAGATGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTT-TGGCATTGAATT
* * * *
5284 ATATATTTTTTATTAGTTTTTTGGCCAAAAATTAAGGAAAAACCTTTCAGGTCAATTTTTGC--A
251 ATATATTTTTTATTAGTATTTTGGCCATAAATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAA
* * *
5347 ATTTTAGCTGTAATTG
316 ATTTTAGCCGAAATCG
* * * * **** * * * * * *
5363 TATACTAACCATCACGATTTATGCCAAACAAAAATGTTCTGAGGCCCTGTCTCAATCTTGCAT-A
1 TGTACTAACCATCACGGTTT-TGGCTAA-AATCGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGA
* * * *
5427 TTTTTGGCTCCAAGTCTCATTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCTGTCACATTGGATT
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* ** *
5492 TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAACCGGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAA
128 TAAGGATTTGTTTTTACGAACATCAGAAACTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAA
* * * * *
5557 -AGGAGGAAATCGATATTAGATGCGTGAAAAGCCCTTCATTCTTTTTCGCATTGTATTATATATT
193 TATGAGAAAATCGATATTAGATGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATT
* * *
5621 TTTT-TT--TATTTTGGCCATAAATTAAGGAAAATATCTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTA
258 TTTTATTAGTATTTTGGCCATAAATTGAGGAAAA-ACCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTA
5683 GCCGAAATCG
322 GCCGAAATCG
* * * * *
5693 TGTAATAACCATCCCTGTTTTTGGCTAAAATCGCATTCCGGGGTCCCGGCTCAGTTTTGCATGAT
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**** * * * *
5758 TTTTGGCATGGAGACTCCTAGTAATATCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTT
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* ** * * * *
5823 GAGGATTTGTTTTTACGAACATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAACTAATTCGGAAAAAA
129 AAGGATTTGTTTTTACGAACATCAGAAACTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAT
* * * * * *
5888 AT-AGGAAAAACAACATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTATGGCGTTGAATTATATATT
194 ATGA-GAAAATCGATATTAGATGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATT
* * * *
5952 TTTTGTTAGTGTTTTGGCCA-AATATTGAGGAAAAACCTTCCGGGTCAATTTTTGTAAAATTTTA
258 TTTTATTAGTATTTTGGCCATAA-ATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTA
*
6016 GCCGTAATCG
322 GCCGAAATCG
* ** * * **
6026 TGTAATAACCATCATAGTTTATGGCTAAAAACGCGTTCCGAGGCCCCAACTCAGTTTTGCATGAT
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* * * * *
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* * * * * * *
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192 ATATGAGAAAATCGATATTAGATGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTA-TATA
* * * * *
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256 TTTTTTATTAGTATTTTGGCCATAAATTGAGGAAAAA-CCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTT
*
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320 TAGCCGAAATCG
* * * * *
6360 TGTACTAATCATCACGGTTTTTGGCTAAAATCGTGTTCTGGGGCCTCAGCTCAGTTTTGCATGAT
1 TGTACTAACCATCACGG-TTTTGGCTAAAATCGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGAT
** * * * * *** ** * *
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* * ** * * * *
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** * * * *
6555 ATAAAAAAGGAAAAAT-GATATTAGAAGCGTTAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTAAATTAT
192 AT--ATGA-G-AAAATCGATATTAGATGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTAT
* * *
6619 ATATTTTTTATTAGTATTTGGGCCA-ATGATGGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAA
253 ATATTTTTTATTAGTATTTTGGCCATA-AATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAA
* *
6683 TTTTAGTCGTAATCG
317 TTTTAGCCGAAATCG
* * * *
6698 TG---T---CA--A-----------AAAAT-GCGTTTCGAGGCCCCGCCTCAGTTTTTCATGATT
1 TGTACTAACCATCACGGTTTTGGCTAAAATCGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATT
* * * * * * * ** *
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66 TTTGGCGCCAAGACTCTTA-AAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCTGCCACATTAGATTTA
* * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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257 TTTTTATTAGTATTTTGGCCATAAATTGAGG-AAAAACCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTT
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321 AGCCGAAATCG
* * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * *
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192 ATATGA-GAAAATCGATATTAGATGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATA
* * * *
7265 TTTTTTATTAGTGTTTTGGCCA-AAGATTGAGTAAAAACCTTTCGGTTCAATTTTTGCAAGATTT
256 TTTTTTATTAGTATTTTGGCCATAA-ATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTT
* *
7329 TAGCCGTAATCA
320 TAGCCGAAATCG
* * * * * *
7341 TGTACT--CTATCACGGTTTATGGCCAAAAAT-GCGTTACGGGTCCTCGTCTCAGTTTTGCATGA
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* * * * *
7403 TTTTTGGCACCAAAACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCTGCCATATTGGATT
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** * *
7468 TAAGGATTTG----T-----CATCAGAAACCGGTTTCGATTTACTTAGAAATTAATTCAG-AAAA
128 TAAGGATTTGTTTTTACGAACATCAGAAACTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAA
* * * * *
7523 TATTG-GAAAATCGAAATTAG-TAGCATGAAAAGCCCTTTAATCTTTTTGGCGTTGAAATATATA
193 TA-TGAGAAAATCGATATTAGAT-GCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATA
* * * *
7586 TTTTTTATTAGTGTTTTGGCCA-AAGATTGAGGGGAAAAAAACTTTTGGTTCAATTTTTGCAAAA
256 TTTTTTATTAGTATTTTGGCCATAA-ATTGA--GG-AAAAACCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAA
* *
7650 TTTTAGTCGTAATCG
317 TTTTAGCCGAAATCG
* * * * ** ** * * *
7665 TTTACTAACCATCACGGTTTATGGCTAAAAACGTGTTTCTTGGCCCTAGCCCAATTTTGCAAGAT
1 TGTACTAACCATCACGGTTT-TGGCTAAAATCGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGAT
* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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*
7921 ATATATTTTTTATGAGTATTTTGGCCA
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7948 GAGATTGACG
Statistics
Matches: 5879, Mismatches: 1011, Indels: 582
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GGATTTGTTTTTACGAACATCAGAAACTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAATAT
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TATTAGTATTTTGGCCATAAATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCG
AAATCG
Found at i:2478 original size:666 final size:665
Alignment explanation
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420 CCGATGATGT
* * * * *
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* * * * * *
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* *
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* *
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* * *
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* * * *
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* *
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* *
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* * * *
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* *
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* * *
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* * * * * *
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* *
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* *
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*
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* * * *
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* * * * *
1483 TTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTA-AAATATATATATTAATCTAGCCAAATCTCTGT
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* *
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* * * *
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* * *
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* *
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* * *
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* * * * * * * * * *
1827 TTTTGACGCCAAAACTCATTA-AAATATCTATATTAATCTAGCCAAATCTCTG-CATATTGGATT
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* ** * *
1890 TAAGGATTTGTTTTTACGAACATCAGAAACCGGTTTCGATTTAATAAGAAATTAATTCGGAGAAA
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* * * * *
1955 TAT-GAGAAAATCGATATTAGATA-CGTGAAAAGACCTTCAATCTTTTTGGCATTGTATTATATA
194 AATAG-GAAAAACGATATTAGA-AGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATA
** * * * * * * *
2018 TTTTTTAAGAATATTTTGGCCATCA-ATTGAAGACAAAATCTTTCAGGTCAATTTTTGCTAAATT
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* ** * * * **
2082 TTCGCCAAAATCGTGTACTAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAATCGCGTTCTGGGGCTTCGACTC
320 TTAGCCGTAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTATGGCTAAAATCGCGTTCCGGGGCCCCGACTC
* * * * * * * *
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385 AGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATAGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTC-T
* * * **
2212 -CCACATTAGATTTAAGGATTTGTATTTGCGAACATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAAT
449 GCCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCGAAATCCGGTTTCGATTTAATTAGAAAT
* * * * * * * *
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514 TAATTCGGAAAAATATGAGAAAATCGATATTAGATGCGTG-AAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCA
* * * * *
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578 TTGTATTATATA-TTTTTTATTATTATTTTGGCCATAA-ATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAAT
* *
2404 TGTTGCAAAATTTTAGCCGCAATCG
641 TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCG
* *
2429 TGTATTAACCATCACGGTATTTGGCTAAAATCGCGTTCCGGGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATT
1 TGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAATCGCGTTCCGGGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATT
* * * * * * *
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66 TTTGGCGCCGAGACTC-CTAGAAATTTCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTT
* ** * *
2558 AAGGATTTGTTTTTACGAACATCAGAAACCGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAGAAAT
130 AAGGATTTGTTTTTACGAACATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAA
* * * * * *
2623 AT-GAGAAAATCGATATTAGATGTGTGAAAAGACCTTCAATCTTTTTGGCATTGTATTATATA-T
195 ATAG-GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATT
* * * * *
2686 TTTTATGATTATTTTGGCCATAA-ATTGAAGACAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTT
259 TTTTATTAGTGTTTTGGCCA-AAGATTGAGGA-AAAACCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTT
* * * *
2750 CGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAATCGCGTTCCGGGG-CCCGACTCCG
322 AGCCGTAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTATGGCTAAAATCGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAG
* * * * * *
2814 TTTTGCATGATTTTTGCCACCGAGACTTC-TAGAAATTTCTATATTCACCTAACCAAATGT-TAT
387 TTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGAC-TCATAGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCT-G
* * * **
2877 CCACATTAGATTTAAGGATTTGTATTTACAAACATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATT
450 CCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCGAAATCCGGTTTCGATTTAATTAGAAATT
* * *
2942 AATTCAGAAAAA-AT-AGTAAAAAT-TATATTAGAAGCGTGTAAAA-CCCTTCAATCTTTATTGT
515 AATTCGGAAAAATATGAG--AAAATCGATATTAGATGCGTG-AAAAGCCCTTCAATCTTT-TTG-
* * * * * *
3003 G--TTGAATTATACATTTTTTATTACTGTTTTGGCCA-AAGATTGAGGAAAAACCTTTCGGCTCA
575 GCATTGTATTATATATTTTTTATTATTATTTTGGCCATAA-ATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCA
*
3065 ATTTTTGCAAAATTTTAGCCGCAATC-
639 ATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCG
* * *
3091 -G---------T---GGTATTTGGCTAAAATTGCGTTCCGAGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGAT
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* * * * *
3143 TTTTTGCGCCGAGACTCCTAGAAATTTATGTATTCATCTACCCAAATCTCAGCCACATTGGATTT
65 TTTTGGCGCCGAGACTCCTAGAAATTTCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTAGATTT
* * **
3208 GAGGATGTGTTTTTACGAACATTTGAATCTTGTTTCTG-TTTAATTAGAAATTAATTCGAGGAAA
130 AAGGATTTGTTTTTACGAACATCAGAATCTTGTTTC-GATTTAATTAGAAATTAATTC--GGAAA
* * *
3272 AAAA-AAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTATTG-GTTGAGTTATAT
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* *
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256 ATTTTTTATTAGTGTTTTGGCCAAAGATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTT
** * * * * *
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* * * ** * *
3457 ATTTTGCATGATTTATGGCGCCAAGACTCATTCAAATATCTATATTAATCTAGCCAAATCTCTGC
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* * * ** * * * *
3522 CATATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGGGCATC-AGATACTGATTTCGAATTAATTAGAAATT
451 CACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCGAAAT-CCGGTTTCGATTTAATTAGAAATT
* * *
3586 AATTCGGATAAATATGAGAAAATTGAT-TTA-AT---T-AGAAA-----T-AA-----AT---A-
515 AATTCGGAAAAATATGAGAAAATCGATATTAGATGCGTGA-AAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCAT
* * * * * *
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** * *
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* * ** *
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* *
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* * * *
3845 ATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTCCGATTTGATTAGAAATTAATTCGGGA
126 ATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAA
* * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* ** ** *
4103 ATTTTGCATGATTTTCAGTGCCAAGACTCATTA-AAATATCTATATTCATCTAACTAAATCTCTG
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* * * *
4167 CCACA-TAG-----A--ATTTGTTTTTACGAGCATCAAAAACCGGTTTTGATTTAATTAGAAATT
450 CCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCGAAATCCGGTTTCGATTTAATTAGAAATT
* * * * *
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515 AATTCGGAAAAATATGAGAAAATCGATATTAGATGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATT
*
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* *
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** * * * * *
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* * * * * * **
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* * ** * *
4763 TTTGCATTATTTTTTGCGGCAAAACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCTGCCA
388 TTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATAGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCTGCCA
* * ** **
4828 CATTATATTTAAGAATTTG-TTTTACGAGA-ATCGGAAA-CATGTTTCGATTTAAAAAG-AATTA
453 CATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGA-ACATC-GAAATCCGGTTTCGATTTAATTAGAAATTA
* * * * *
4889 ATTCGTAAAAATAT-AGGAAAATTGATATTAGATGCCTGACAAGCCCTTCAAAAT-TTTTTGG-G
516 ATTCGGAAAAATATGA-GAAAATCGATATTAGATGCGTGAAAAGCCCTTC--AATCTTTTTGGCA
* * * *
4951 TTGTAGTAGATA-TTTTTA-TATTTATTTTGGCCATAAAATGAGGAAAATCTCTTTCGGGTCAAT
578 TTGTATTATATATTTTTTATTA-TTATTTTGGCCATAAATTGAGGAAAA-ATCTTTCGGGTCAAT
*
5014 TTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCG
641 TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCG
* *
5039 TG------------CGATTTTTGGCTAAAATCGC-TTCCGGGGGGCCCGACTCAGTTTTGCATGA
1 TGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAATCGCGTTCC--GGGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGA
* * *
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* * * *
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128 TTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCA-GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC----G
* * * * *
5219 GAAAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCATGACAAGCCCTTCAAT-TTTTATGGCGTTGAAT
188 G-AAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTT-TGGCGTTGAAT
* * * *
5283 TATATATTTTTTATTAGTTTTTTGGCCAAAAATTAAGGAAAAACCTTTCAGGTCAATTTTTGC--
251 TATATATTTTTTATTAGTGTTTTGGCCAAAGATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTTTGCAA
* * * * * * **** * * *
5346 AATTTTAGCTGTAATTGTATACTAACCATCACGATTTATGCCAAACAAAAATGTTCTGAGGCCCT
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* * * * *
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380 GACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCA-TAGAAATATCTATATTCATCTAACCAAA
* * * *
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* * *
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* * *
5602 TCGCATTGTATTATATA-TTTTT-TT-TTATTTTGGCCATAAATTAAGGAAAATATCTTTCGAGT
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* * * *
5693 TGTAATAACCATCCCTGTTTTTGGCTAAAATCGCATTCCGGGGTCCCGGCTCAGTTTTGCATGAT
1 TGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAATCGCGTTCCGGGG-CCCGGCTCAGTTTTGCATGAT
*** * * *
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* ** * *
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130 AAGGATTTGTTTTTACGAACATCAGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAA
* * *
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* * * *
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* ** * * *
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* * * * * *
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* * * ** * **
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* * * * * * *
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* * *
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*
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* * * *
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* * * *** * * *
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* * ** * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * * *
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* * * *
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* *
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*
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* * * * *
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*
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* *
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* * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * *
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453 CATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCGAAATCCGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAT
* * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * * ** * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * ** * * * *
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* * *
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Done.