Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01016428.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig16461, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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1 T
* * * *
2 TTTTTCCTGAATTTTTGTTCAAAAGACTCATAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGGTTGAAG
1 TTTTTCCTCAATTTTTGGTCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGGTTGAAG
* * * * *
67 GGATTTTCACGCTTTTAATATCGCTTTTCTTATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCAAAA
66 GGGTGTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA
* * *
132 CAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATTC-TTAAATCCAATGTTGCTGAGTTTTGATCAGATGA
131 CAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAA-TCGTTAAATTCAATGTTGCTAAGATTTGATCAGATGA
* * * * * *
196 ATATAGATATTTCATGGAGTGTCGGCACT-AAAAATGATGCAAAACTGAGGCAGGGCCCCGGAAT
195 ATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGC-GTAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCAGGGCCCCGGAAC
* * *
260 ATGTTTTTAGCAAAAAAACCGTGATGGATAGTACTA-GATTTCGTCTAAACTTTTGCAAAAATTG
259 ACGTTTTTAGC-CAAAAACCGTGATGGATAGTAC-ACGATTTCGTCTAAAATTTTGCAAAAATTG
* * *
324 ACCGGAAAGATTTTCCTCAAGTTTTGGGCACAATACTCATAAAATAATATATAATTCAATGTCAA
322 ACCAGAAAGATTTTCCTCAAGTTTTGGGCACAATACTCATAAAATAATATATAATTCAACGCCAA
* *
389 AAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCTTTTTCCTATTTTTT-TAATTAATTTTTAATT
387 AAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCTATTTTTTATAATTAATTTCTAATT
* * * *
453 AAATTGAAACCAATTTTTGATGGTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAGTGTGGCTGAGATTTAA
452 AAATTGAAACCAGTTTTCGATGGTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTCAGTGTGGCTGAGATTTAA
* * * * *
518 TTATATGAATATAGATATTTCAATGAGACTTGGCGCTAAAAATTATGCAAAATTGAGATGGCACC
517 TTATGTGAATATAGATATTTCAATGAGATTTGGCGCTAAAAATTATGCAAAACTGAGACGGGACC
* *
583 CCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTATACGATTTCTACTAAAATTTCGCAAA
582 CCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTCGCAAA
648 AATTGACCAGTAAG-
647 AATTGACCAGTAAGA
* * * *
662 TTTTTCCTTAATTTTTGTTCAGAATACTCATAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAAGGTTGAAG
1 TTTTTCCTCAATTTTTGGTCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGGTTGAAG
* * *
727 GTGTGTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTAAATTAATTTTTAATGAAATCGAAA
66 GGGTGTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA
* *
792 CAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATTGTTAAATTCAATGTTGCTAAGATTTGATCATATGAA
131 CAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCGTTAAATTCAATGTTGCTAAGATTTGATCAGATGAA
* *
857 TATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCATAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCAGGGCCTCGGAACAC
196 TATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGTAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCAGGGCCCCGGAACAC
922 GTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGATAGTACACGATTTCGTCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCA
261 GTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGATAGTACACGATTTCGTCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCA
987 GAAAGATTTTCCTCAAGTTTTGGGCACAATACTCATAAAATAATATATAATTCAACGCCAAAAAG
326 GAAAGATTTTCCTCAAGTTTTGGGCACAATACTCATAAAATAATATATAATTCAACGCCAAAAAG
* * *
1052 ATTGAAGGGCTTTTCGCGTTTCCAATATCGTTTTCCTATTTTTT-TAATTAATTTCTAATTAAAT
391 ATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCTATTTTTTATAATTAATTTCTAATTAAAT
*
1116 TGAAACCAGTTTTCGATGGTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTTAGTGTGGCTGAGATTTAATTAT
456 TGAAACCAGTTTTCGATGGTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTCAGTGTGGCTGAGATTTAATTAT
* *
1181 GTGAATATAGATATTTCAATGAGATTTGGCGCTAAAATTTATGCAAAACTGAGACGGGACCCCGT
521 GTGAATATAGATATTTCAATGAGATTTGGCGCTAAAAATTATGCAAAACTGAGACGGGACCCCGG
* *
1246 AACGCGTTTTTAGCCAATAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTCGCAAAAATT
586 AACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTCGCAAAAATT
* *
1311 GACCAATAAAA
651 GACCAGTAAGA
* * * * *
1322 TTTTTCCTCAATTTTTGGTTAAAATACTCATAAAAATATACAATTCAACGCGAACAAGTTTGAAG
1 TTTTTCCTCAATTTTTGGTCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGGTTGAAG
* * *
1387 GGGTGTTCAGGCTTCTAATATCATTTTTCTTATTTTTTCTAAATTAATTTTTAATTAAATCGAAA
66 GGGTGTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA
1452 CAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCGTTAAATTCAATGTTGCTAAGATTTGATCAGATGAA
131 CAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCGTTAAATTCAATGTTGCTAAGATTTGATCAGATGAA
* * *
1517 TATAGATATTTCATGGAGTCTCGGCGTAAAAAATCATGCAAAACTGAATCAGGGCCCCGGAACAT
196 TATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGTAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCAGGGCCCCGGAACAC
* * * * *
1582 GTTTTTAGCCAAAAACAGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCC
261 GTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGATAGTACACGATTTCGTCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCA
* * * ** * * ** *
1647 GTAAGTTTTTTCCTCAATTTTTGTTCAAAATACTAAT-AAA-AATATATAATTTGATGCCAAAAA
326 GAAAG-ATTTTCCTCAAGTTTTGGGCACAATACTCATAAAATAATATATAATTCAACGCCAAAAA
* * * * * *
1710 GGTTGAAGGGATTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTAAATTAGTTTCTAATTA
390 GATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCG-TTTTCCTATTTTTTAT-AATTAATTTCTAATTA
* * * * * * ** * *
1775 AATCGAAACAAG-ATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCGTTAAATTCAATGTTACTAAGATTTGA
453 AATTGAAACCAGTTTTC-GATGGTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTCAGTGTGGCTGAGATTTAA
** * *
1839 CCA-GATG-A-AT--ATATTTC-ATG-GAGTGTCGGCG-TAAAAAATTATG-AAATACTGAGCCA
517 TTATG-TGAATATAGATATTTCAATGAGA-T-TTGGCGCT-AAAAATTATGCAAA-ACTGAGAC-
* *
1895 GGG-CCCCGGAACACGTTTTTAGCC-AAAACTCGTGAT-GTATAGTACAAGATTTC-ATCTAAAA
576 GGGACCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAC-CGTGATAGT-TAGTACACGATTTCGA-CTAAAA
* * * *
1956 TTTTGCAAAATTTGACCGGAAAGA
638 TTTCGCAAAAATTGACCAGTAAGA
* * * *
1980 -TTTTCCTCAAGTTTTGGACACAATACTCATAAAATTATATATAATTCAACGCCAAAAAAGATTG
1 TTTTTCCTCAATTTTTGGTCAAAATACTCATAAAA--ATATATAATTCAACGCC-AAAAAGGTTG
* * * * *
2044 AAGGGCTTTTCGCGCTTCTAATATCGTTTTTCCTTATATTTT-TAAATTAATTTCTAATTAAATT
63 AAGGGGTGTTCACGCTTCTAATATCGTTTTT-CTTATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATC
* * ** * * * * * * * * *
2108 GAAACTAA-TTTCTGATGGGC-TTAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTTAGATTTAATTAT
127 GAAAC-AAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCGTTAAATTCAATGTTGCTAAGATTTGATCAG
* * * * * *
2171 TTGAATATAGATATTTCAATGAGACTTGGCG-ATAAAAATTATGCAAAA-TAGAGAC-GGGACCC
191 ATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGTA-AAAAATCATGCAAAACT-GAGTCAGGG-CCC
*
2233 CGGAACACGTTTTTAGCC-AAAACCATGATGGATAGTACACGATTTCGTCTAAAATTTTTGCAAA
253 CGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGATAGTACACGATTTCGTCTAAAA-TTTTGCAAA
* *
2297 ATTTGACCGGAAAGATTTTCCTCAAGTTTTGGGCACAATACTCATAAAATAATATATAATTCAAC
317 AATTGACCAGAAAGATTTTCCTCAAGTTTTGGGCACAATACTCATAAAATAATATATAATTCAAC
* * * * * *
2362 GCCAAAAAAAGATTG-ACGGCTTCTCGCGCTTCTAATATTGTTTT-TTATTTTTTAAAATTAATT
382 GCC--AAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCTATTTTTTATAATTAATT
* *
2425 TCTAATTAAATTGAAACCAGTTTTCGATGGTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTTAGTGTGGTTGA
445 TCTAATTAAATTGAAACCAGTTTTCGATGGTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTCAGTGTGGCTGA
* * * * *
2490 GATTCAATTATATGAATATAGTTATTTCAATGAGATTTGGCGCTAAAATTTATGCAAAACTAAGA
510 GATTTAATTATGTGAATATAGATATTTCAATGAGATTTGGCGCTAAAAATTATGCAAAACTGAGA
* *
2555 CGGGACCCCGGAACGCATTTTTAGCCAATAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATT
575 CGGGACCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATT
* *
2620 TTGCAAAAATTGATCC-GTAAGT
640 TCGCAAAAATTGA-CCAGTAAGA
* * *
2642 TTTTTCTTCCATTTTTGGTCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGGTTTAAG
1 TTTTTCCTCAATTTTTGGTCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGGTTGAAG
* *
2707 GTGTGTTCACGCTTCTAATATCG------TT-TTTTTTCTAAATTAATTTTTAATTAAATCGAAA
66 GGGTGTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA
* * *
2765 CAAGATTCAGATAATCGTAAAAACAAATCGTTAATTTCAATGTTGCTAAGATTTGATCATATGAA
131 CAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCGTTAAATTCAATGTTGCTAAGATTTGATCAGATGAA
* * * * *
2830 TATAAATATTTCAAGGAGTCTCTGCGTAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCAGGGTCCCGGAACAC
196 TATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGTAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCAGGGCCCCGGAACAC
* * * *
2895 GTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGATATTACACGATTTCGTCTAAAATTTCGCAAAAATTGATCA
261 GTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGATAGTACACGATTTCGTCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCA
* * *
2960 GAAAGATTTTCCTCAAGTTTTGGTCAAAATACTCAT-AAA-AATATATGATTCAACGCCAAAAAG
326 GAAAGATTTTCCTCAAGTTTTGGGCACAATACTCATAAAATAATATATAATTCAACGCCAAAAAG
* * * * *
3023 GTTGAAGGGGTGTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCTATTTTTTAAAATTAATTTTTAATTAAAT
391 ATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCTATTTTTTATAATTAATTTCTAATTAAAT
* * * * * * * * * *
3088 CGAAACAAG-ATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCGTTAAATTCAATGTTGCTAAGATTTGATCA
456 TGAAACCAGTTTTC-GATGGTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTCAGTGTGGCTGAGATTTAATTA
* * * * * *
3152 -GATGAATATAGGTATTTCAAGGAG-TATCGGCG-TAAAAAATCATGCAAAATTGAGGCAGGG-C
520 TG-TGAATATAGATATTTCAATGAGAT-TTGGCGCT-AAAAATTATGCAAAACTGAGAC-GGGAC
* * * *
3213 CCCGGAACACGTTTTTGGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTATACGATTTCGGCTAAAATTTCGCAA
581 CCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTCGCAA
* *
3278 AAACTT-ACCCGTAAGT
646 AAA-TTGACCAGTAAGA
* * *
3294 TTTTTCCTCAATTTTTGCTCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAGTTGAAG
1 TTTTTCCTCAATTTTTGGTCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGGTTGAAG
** * *
3359 GAATTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA
66 GGGTGTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA
** * ** *
3424 CAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATTTTTAAA-TCAAATGTTACCGAGATTTGATTAGATGA
131 CAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCGTTAAATTC-AATGTTGCTAAGATTTGATCAGATGA
* * * *
3488 ATATAGATATTTCAAGGAGTGTCGGTGTAAAAAATTATGCAAAACTAAGTCAGGGCCCCGGAACA
195 ATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGTAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCAGGGCCCCGGAACA
* * * * *
3553 CGGTTTTAACCAAAAACCGTGATGAATAGTACACCATTTCGTCTAAAATTTTGTAAAAATTGA
260 CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGATAGTACACGATTTCGTCTAAAATTTTGCAAAAATTGA
3616 TCAAAAATAT
Statistics
Matches: 2546, Mismatches: 337, Indels: 143
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
650 9 0.00
651 30 0.01
652 288 0.11
653 42 0.02
654 145 0.06
655 40 0.02
656 2 0.00
657 44 0.02
658 221 0.09
659 753 0.30
660 679 0.27
661 81 0.03
662 164 0.06
663 46 0.02
664 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (661 bp):
TTTTTCCTCAATTTTTGGTCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGGTTGAAG
GGGTGTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA
CAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCGTTAAATTCAATGTTGCTAAGATTTGATCAGATGAA
TATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGTAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCAGGGCCCCGGAACAC
GTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGATAGTACACGATTTCGTCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCA
GAAAGATTTTCCTCAAGTTTTGGGCACAATACTCATAAAATAATATATAATTCAACGCCAAAAAG
ATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCTATTTTTTATAATTAATTTCTAATTAAAT
TGAAACCAGTTTTCGATGGTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTCAGTGTGGCTGAGATTTAATTAT
GTGAATATAGATATTTCAATGAGATTTGGCGCTAAAAATTATGCAAAACTGAGACGGGACCCCGG
AACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTCGCAAAAATT
GACCAGTAAGA
Found at i:1562 original size:331 final size:329
Alignment explanation
Indices: 2--3621 Score: 3917
Period size: 331 Copynumber: 11.0 Consensus size: 329
1 T
* * * * *
2 TTTTTCCTGAATTTTTGTTCAAAAGACTCATAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGGTTGAAG
1 TTTTTCCTCAATTTTTGGTCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAG
* * * *
67 GGATTTTCACGCTTTTAATATCGCTTTTCTTATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCAAAA
66 GGCTTTTCACGCTTCTAATATC-TTTTTCTTATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA
* * *
132 CAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATTC-TTAAATCCAATGTTGCTGAGTTTTGATCAGATGA
130 CAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAA-TCGTTAAATTCAATGTTGCTAAGATTTGATCAGATGA
* * * * *
196 ATATAGATATTTCATGGAGTGTCGGCACT-AAAAATGATGCAAAACTGAGGCAGGGCCCCGGAAT
194 ATATAGATATTTCATGGAGTCTCGGC-GTAAAAAATTATGCAAAACTGAGACAGGGCCCCGGAAC
* * * * *
260 ATGTTTTTAGCAAAAAAACCGTGATGGATAGTACTA-GATTTCGTCTAAACTTTTGCAAAAATTG
258 ACGTTTTTAGC-CAAAAACCGTGATAGTTAGTAC-ACGATTTCGTCTAAAATTTTGCAAAAATTG
*
324 ACCGGAAAGA
321 ACC-AAAAGA
* * * * *
334 -TTTTCCTCAAGTTTTGGGCACAATACTCATAAAATAATATATAATTCAATGTCAAAAAGATTGA
1 TTTTTCCTCAATTTTTGGTCAAAATACTCAT-AAA-AATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGA
* * *
398 AGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCTTTTTCCTATTTTTT-T-AATTAATTTTTAATTAAATTGAA
64 AGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCTTTTTCTTATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAA
* ** * * * * * * * * * *
461 ACCAA-TTTTTGATGGTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAGTGTGGCTGAGATTTAATTATATG
129 A-CAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCGTTAAATTCAATGTTGCTAAGATTTGATCAGATG
* * * * *
525 AATATAGATATTTCAAT-GAGACTTGGCGCT-AAAAATTATGCAAAATTGAGA-TGGCACCCCGG
193 AATATAGATATTTC-ATGGAGTCTCGGCG-TAAAAAATTATGCAAAACTGAGACAGG-GCCCCGG
* * *
587 AACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTATACGATTTC-TACTAAAATTTCGCAAAAAT
255 AACACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGT-CTAAAATTTTGCAAAAAT
*
651 TGACCAGTAAG-
319 TGACCA-AAAGA
* * * * *
662 TTTTTCCTTAATTTTTGTTCAGAATACTCATAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAAGGTTGAAG
1 TTTTTCCTCAATTTTTGGTCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAG
* * *
727 GTG-TGTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTAAATTAATTTTTAATGAAATCGAA
66 G-GCTTTTCACGCTTCTAATATC-TTTTTCTTATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAA
* *
791 ACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATTGTTAAATTCAATGTTGCTAAGATTTGATCATATGA
129 ACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCGTTAAATTCAATGTTGCTAAGATTTGATCAGATGA
* * * * *
856 ATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCATAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCAGGGCCTCGGAACA
194 ATATAGATATTTCATGGAGTCTCGGCGTAAAAAATTATGCAAAACTGAGACAGGGCCCCGGAACA
* *
921 CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGATAGTACACGATTTCGTCTAAAATTTTGCAAAAATTGACC
259 CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGTCTAAAATTTTGCAAAAATTGACC
986 AGAAAGA
324 A-AAAGA
* * *
993 -TTTTCCTCAAGTTTTGGGCACAATACTCATAAAATAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGA
1 TTTTTCCTCAATTTTTGGTCAAAATACTCAT-AAA-AATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGA
* * * * * *
1057 AGGGCTTTTCGCGTTTCCAATATCGTTTTCCTATTTTTT-T-AATTAATTTCTAATTAAATTGAA
64 AGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCTTTTTCTTATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAA
* * * * * * * * * *
1120 ACCAGTTTTC-GATGGTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTTAGTGTGGCTGAGATTTAATTATG-T
129 ACAAG-ATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCGTTAAATTCAATGTTGCTAAGATTTGATCA-GAT
* *
1183 GAATATAGATATTTCAAT-GAGAT-TTGGCGCT-AAAATTTATGCAAAACTGAGAC-GGGACCCC
192 GAATATAGATATTTC-ATGGAG-TCTCGGCG-TAAAAAATTATGCAAAACTGAGACAGGG-CCCC
* * * * *
1244 GTAACGCGTTTTTAGCCAATAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTCGCAAAAA
253 GGAACACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGTCTAAAATTTTGCAAAAA
*
1309 TTGACCAATAAAA
318 TTGACCAA-AAGA
* * * * *
1322 TTTTTCCTCAATTTTTGGTTAAAATACTCATAAAAATATACAATTCAACGCGAACAAGTTTGAAG
1 TTTTTCCTCAATTTTTGGTCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAG
* * * *
1387 GGGTGTTCAGGCTTCTAATATCATTTTTCTTATTTTTTCTAAATTAATTTTTAATTAAATCGAAA
66 GGCTTTTCACGCTTCTAATATC-TTTTTCTTATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA
1452 CAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCGTTAAATTCAATGTTGCTAAGATTTGATCAGATGAA
130 CAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCGTTAAATTCAATGTTGCTAAGATTTGATCAGATGAA
*
1517 TATAGATATTTCATGGAGTCTCGGCGTAAAAAATCATGCAAAACTGA-ATCAGGGCCCCGGAACA
195 TATAGATATTTCATGGAGTCTCGGCGTAAAAAATTATGCAAAACTGAGA-CAGGGCCCCGGAACA
* * *
1581 TGTTTTTAGCCAAAAACAGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACC
259 CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGTCTAAAATTTTGCAAAAATTGA-C
** *
1646 CGTAAGT
323 CAAAAGA
* * ** * *
1653 TTTTTCCTCAATTTTTGTTCAAAATACTAATAAAAATATATAATTTGATGCCAAAAAGGTTGAAG
1 TTTTTCCTCAATTTTTGGTCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAG
* * *
1718 GGATTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTAAATTAGTTTCTAATTAAATCGAAA
66 GGCTTTTCACGCTTCTAATATC-TTTTTCTTATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA
* *
1783 CAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCGTTAAATTCAATGTTACTAAGATTTGACCAGATG-A
130 CAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCGTTAAATTCAATGTTGCTAAGATTTGATCAGATGAA
* *
1847 -AT--ATATTTCATGGAGTGTCGGCGTAAAAAATTATG-AAATACTGAGCCAGGGCCCCGGAACA
195 TATAGATATTTCATGGAGTCTCGGCGTAAAAAATTATGCAAA-ACTGAGACAGGGCCCCGGAACA
* * *
1908 CGTTTTTAGCC-AAAACTCGTGAT-GTATAGTACAAGATTTCATCTAAAATTTTGCAAAATTTGA
259 CGTTTTTAGCCAAAAAC-CGTGATAGT-TAGTACACGATTTCGTCTAAAATTTTGCAAAAATTGA
*
1971 CCGGAAAGA
322 CC-AAAAGA
* * *
1980 -TTTTCCTCAAGTTTTGGACACAATACTCATAAAATTATATATAATTCAACGCCAAAAAAGATTG
1 TTTTTCCTCAATTTTTGGTCAAAATACTCATAAAA--ATATATAATTCAACGCC-AAAAAGATTG
* * *
2044 AAGGGCTTTTCGCGCTTCTAATATCGTTTTTCCTTATATTTT-TAAATTAATTTCTAATTAAATT
63 AAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATC-TTTTT-CTTATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATC
* * ** * * * * * * * * *
2108 GAAACTAA-TTTCTGATGGGC-TTAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTTAGATTTAATTAT
126 GAAAC-AAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCGTTAAATTCAATGTTGCTAAGATTTGATCAG
* * *
2171 TTGAATATAGATATTTCAAT-GAGACTTGGCG-ATAAAAATTATGCAAAA-TAGAGAC-GGGACC
190 ATGAATATAGATATTTC-ATGGAGTCTCGGCGTA-AAAAATTATGCAAAACT-GAGACAGGG-CC
* * *
2232 CCGGAACACGTTTTTAGCC-AAAACCATGATGGATAGTACACGATTTCGTCTAAAATTTTTGCAA
251 CCGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGTCTAAAA-TTTTGCAA
* *
2296 AATTTGACCGGAAAGA
315 AAATTGACC-AAAAGA
* * *
2312 -TTTTCCTCAAGTTTTGGGCACAATACTCATAAAATAATATATAATTCAACGCCAAAAAAAGATT
1 TTTTTCCTCAATTTTTGGTCAAAATACTCAT-AAA-AATATATAATTCAACGCC--AAAAAGATT
* * * * *
2376 G-ACGGCTTCTCGCGCTTCTAATAT-TGTTTT-TTATTTTTT-AAAATTAATTTCTAATTAAATT
62 GAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCT-TTTTCTTATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATC
* * * * * * * * * ** * *
2437 GAAACCAGTTTTC-GATGGTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTTAGTGTGGTTGAGATTCAATTAT
126 GAAACAAG-ATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCGTTAAATTCAATGTTGCTAAGATTTGATCAG
* * * *
2501 ATGAATATAGTTATTTCAAT-GAGAT-TTGGCGCT-AAAATTTATGCAAAACTAAGAC-GGGACC
190 ATGAATATAGATATTTC-ATGGAG-TCTCGGCG-TAAAAAATTATGCAAAACTGAGACAGGG-CC
* * * *
2562 CCGGAACGCATTTTTAGCCAATAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAA
251 CCGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGTCTAAAATTTTGCAAA
** *
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* * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * * *
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195 TATAGATATTTCATGGAGTCTCGGCGTAAAAAATTATGCAAAACTGAGACAGGGCCCCGGAACAC
* * * * * *
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* * *
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1 TTTTTCCTCAATTTTTGGTCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAG
* * * * * *
3030 GGGTGTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCTATTTTTT-AAAATTAATTTTTAATTAAATCGAAAC
66 GGCTTTTCACGCTTCTAATATCTTTTTCTTATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAC
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* * * * * *
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* * * *
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** *
3288 GTAAGT
324 AAAAGA
* *
3294 TTTTTCCTCAATTTTTGCTCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAA-AGTTGAA
1 TTTTTCCTCAATTTTTGGTCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGA-TTGAA
** *
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** * ** *
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129 ACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCGTTAAATTC-AATGTTGCTAAGATTTGATCAGATG
* * * * *
3487 AATATAGATATTTCAAGGAGTGTCGGTGTAAAAAATTATGCAAAACTAAGTCAGGGCCCCGGAAC
193 AATATAGATATTTCATGGAGTCTCGGCGTAAAAAATTATGCAAAACTGAGACAGGGCCCCGGAAC
* * * * *
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*
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AAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCGTTAAATTCAATGTTGCTAAGATTTGATCAGATGAAT
ATAGATATTTCATGGAGTCTCGGCGTAAAAAATTATGCAAAACTGAGACAGGGCCCCGGAACACG
TTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGTCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCAA
AAGA
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*
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1 TGA
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TGACCTGCTTCAATGATGTTAT
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11922 AAATGGAGTA
* * *
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**
12017 TTAAGTGTAATTTCCATTTCAATCGCTGCTCTAATAATCTCATCTATACAGTACATTGATCTGTA
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* **
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TAATAACTAAAATACTTACAT
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*
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TAAAATACTTACATTAAT
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*
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1 AT
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ATGTAATATATATAATAACTAAAATACTTACATTAATTAA
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* *
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CCAAACCATTGTGATTTATAAAAATAATTC
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* ** *
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1 A
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*
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* *
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1 TGG
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* *
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Done.