Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01016433.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig16466, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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1 C
* * *
2 AATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAACAAATCCTTAATTCCAATCTAGCTGAGATT
1 AATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGAGATT
* * * *
67 TGGTTTGATTAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCCAAAATCATGCAAAATTGTGCCAGG
66 TGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAATTGTGCCGGG
* * * *
132 GCCCCGGAACGCGTTTTTTTGCCAAAAACCGTGAT-G--AGTACGCAATTTCGGTTAAAATTTTG
131 GCCTCGGAACGCG-TTTTTTGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGTTAAAATTTTG
*
194 CAAAAACA-GATCAAAAAAT-TTTTCCTCAATTTTCGGCCACAACACTCATAAAAAAATATATAA
195 CAAAAACATGATCAAAAAATATTTT-CTCAATTTTCGGCCACAACACTCAT-AAAAAGTATATAA
* * * * * * *
257 TTTAACGACAAAAAAATTGAAGAGTTTTTTAGGCTTCGGATATCGTTTTTCTTTTTTTTTCTGAA
258 TTTAACGCCAAAAAAATTGAGGAATTTTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTGAA
322 TTAATTTCT
323 TTAATTTCT
* * *
331 AATTAAATGGAAACA-AGATTCAGATGCTCGCAAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTAAGA
1 AATTAAATCGAAACATA-ATTCAGATGCTCG-TAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGAGA
*** * *
395 TTTGGTTAGCCAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCAGCAAAAATCATGCAAAATTGTGTCG
64 TTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAATTGTGCCG
* * *
460 GGGCCTCGGAACACGTTTTTGTCCCAAAAACCGTGATGGTTATAGTACACTATTTCAGTTAAAAT
129 GGGCCTCGGAACGCGTTTTT-TGCCAAAAACCGTGATGG-T-TAGTACACGATTTCAGTTAAAAT
* * *
525 TCTGCAAAAACAT-ATCAAAAAA-ATTTTCTTCAATTTCCAGCCACAACACTCATAAAAAG-A-A
191 TTTGCAAAAACATGATCAAAAAATATTTTC-TCAATTTTCGGCCACAACACTCATAAAAAGTATA
* * *
586 T-ATATAACGCCAAAAATAA-TGAGG-AGTTTTCACGCTTCGAATATCATTTTTCTTATTTTTTC
255 TAATTTAACGCCAAAAA-AATTGAGGAATTTTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCTTATTTTTTC
648 TGAATTAATTTCT
319 TGAATTAATTTCT
*
661 AATATTTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGAG
1 -A-A-TTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGAG
* * ** *
726 ATTTGGTTAGATGAATATATATATTTCAAGGAGTATTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTT-AGC
63 ATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAA-TTGTGC
* * ** * *
790 CGGGATCC-CGGAACGCGTTTTTAGCCAGCAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
127 CGGG-GCCTCGGAACGCGTTTTTTGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGTTAAAAT
* * * * *
854 TTTGCAAAAA-ATGA-CAAGAAAATATTTTCACAATTTTTGGCCACAATAGTCCTAAAAAGTATA
191 TTTGCAAAAACATGATCAA-AAAATATTTTCTCAATTTTCGGCCACAACACTCATAAAAAGTATA
* *** * **
917 TAATTTAATGCCTGTAAGATTGAGGAATTTTTCACG-TGTCGAATATCGTTTTTAATATTTTTTC
255 TAATTTAACGCCAAAAAAATTGAGGAATTTTTCACGCT-TCGAATATCGTTTTTCTTATTTTTTC
*
981 AGAATTAATATT-T
319 TGAATTAAT-TTCT
*
994 AATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGTTGAGAT
1 AATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGT-AAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGAGAT
* * * * *
1059 TCGGATAGATGAATATAAATATTTCACGGAGTCTTGGCACAAAAAATCATGCAAAATTGTGCCGG
65 TTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAATTGTGCCGG
* * * * *
1124 GGCCTCGGAACGCGTTTTTTGCCAACAACCATGACGGTTAGTACACGATTTAAGTTATAATTTTG
130 GGCCTCGGAACGCGTTTTTTGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGTTAAAATTTTG
* * * * *
1189 CAAAAAACA-GATGAAAAAA-ATTTTCCTCAATTTTCAGCCACAACACTCATAAAAAATTTTTCC
195 C-AAAAACATGATCAAAAAATATTTT-CTCAATTTTCGGCCACAACACTCAT-AAAAA-GTAT-A
* *
1252 TCAATTTTCAGCCACAACACTCATAAAAAGAATATATAACGCCAAAAAATTGATGAGTTTTTCAC
255 T-AA-TTT-------AACGC-C---AAAA-AA-AT-T---G-------A--G--GAATTTTTCAC
*
1317 GCTTCGAATATTGTTTTTCTTATTTTTTCTGAATTAATTTCT
290 GCTTCGAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTGAATTAATTTCT
* * * * *
1359 AATGAAATTGAAACA-AGATTCAGACGCTTGTAAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCAGAGA
1 AATTAAATCGAAACATA-ATTCAGATGCTCGT-AAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGAGA
* * * *
1423 TTTGGGTAGATGAATATAGTTATTTCAACGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAATTGTGTCG
64 TTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAATTGTGCCG
* * * ** * * *
1488 GGACCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAATCGTGATGGTTAGTACATGATTTCAATTAAAATTTT
129 GGGCCTCGGAACGCGTTTTTTGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGTTAAAATTTT
* * * * * **
1553 GCAAAAACAT-ATCAAACACT-TTTTCCTCAATCTTCAGCCACAACGCTCATAAAAAACATATAA
194 GCAAAAACATGATCAAAAAATATTTT-CTCAATTTTCGGCCACAACACTCATAAAAAGTATATAA
** * * * * * * * *
1616 TTTAACGCCATTAAAGTTTAAGAGTTTTTCACGCATT-GGATTTCGTTTTTCTTATCTTTTCTGC
258 TTTAACGCCAAAAAAATTGAGGAATTTTTCACGC-TTCGAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTGA
*
1680 ATCAATTTCT
322 ATTAATTTCT
* *
1690 AATGAAATCGAAAACATAA-TCAGATGCTCCTTAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGAGA
1 AATTAAATCG-AAACATAATTCAGATGCT-CGTAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGAGA
* * * *
1754 TTTGGTTAGATGGATATAGATATTTCAAGGAGTGTTGGCACAAAAAATCATGCAAAATTGTGCCA
64 TTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAATTGTGCCG
* * *
1819 GGGCCCCGGAATGAGTTCTTTTTGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
129 GGGCCTCGGAACGCG-T-TTTTTGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
1874 GGTTTTCACG
Statistics
Matches: 1278, Mismatches: 186, Indels: 154
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
328 5 0.00
329 89 0.07
330 198 0.15
331 341 0.27
332 160 0.13
333 113 0.09
334 10 0.01
335 67 0.05
336 2 0.00
337 3 0.00
344 3 0.00
345 2 0.00
346 1 0.00
347 2 0.00
348 3 0.00
349 1 0.00
350 2 0.00
351 2 0.00
352 4 0.00
354 1 0.00
359 3 0.00
360 2 0.00
361 2 0.00
362 1 0.00
363 6 0.00
364 44 0.03
365 210 0.16
366 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (331 bp):
AATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGAGATT
TGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAATTGTGCCGGG
GCCTCGGAACGCGTTTTTTGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGTTAAAATTTTGC
AAAAACATGATCAAAAAATATTTTCTCAATTTTCGGCCACAACACTCATAAAAAGTATATAATTT
AACGCCAAAAAAATTGAGGAATTTTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTGAATTA
ATTTCT
Found at i:1280 original size:36 final size:37
Alignment explanation
Indices: 1202--1280 Score: 149
Period size: 37 Copynumber: 2.1 Consensus size: 37
1192 AAAACAGATG
1202 AAAAAAATTTTCCTCAATTTTCAGCCACAACACTCAT
1 AAAAAAATTTTCCTCAATTTTCAGCCACAACACTCAT
*
1239 AAAAAATTTTTCCTCAATTTTCAGCCACAACACTCAT
1 AAAAAAATTTTCCTCAATTTTCAGCCACAACACTCAT
1276 AAAAA
1 AAAAA
1281 GAATATATAA
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
37 41 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.25, G:0.03, T:0.29
Consensus pattern (37 bp):
AAAAAAATTTTCCTCAATTTTCAGCCACAACACTCAT
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Alignment explanation
Indices: 2205--2246 Score: 75
Period size: 15 Copynumber: 2.8 Consensus size: 15
2195 AAAAAATAAA
*
2205 GAGTATTGGTTCAAG
1 GAGTTTTGGTTCAAG
2220 GAGTTTTGGTTCAAG
1 GAGTTTTGGTTCAAG
2235 GAGTTTTGGTTC
1 GAGTTTTGGTTC
2247 CAAAAATCAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 26 1.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.07, G:0.33, T:0.40
Consensus pattern (15 bp):
GAGTTTTGGTTCAAG
Found at i:4101 original size:332 final size:330
Alignment explanation
Indices: 2232--4452 Score: 2827
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2222 GTTTTGGTTC
* * * * * *
2232 AAGGAGTTTTGGTTCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTTGGGGGCCTGGAACCCGTTTTTAGCCAG
1 AAGGAGTGTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCA-
* *
2297 CAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCAGAAAATATTTTC
65 AAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCAGAAAATATTTTC
* *
2362 TCAATTTTTGGCCACAATAGTTCTAAAAAGTATATAATTTAATGCTCATAAGATTGAGGAATTTT
130 TCAATTTTTGGCCACAATAGTCCTAAAAAGTATATAATTTAATGCTCATAAGATTGAAGAATTTT
* *
2427 TCACGCTTCGAATATTGTTTTTCCAATTTTTTCAGAATTAATATCTAATTAAATCGAAACATGAT
195 TCACGCTTCGAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCAGAATTAATATCTAATTAAATCGAAACATGAT
* *
2492 TCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGAGATTTTGTTAGATAAATATAGA
260 TCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGA
*
2557 TATTTC
325 TATTTA
* * * * *
2563 AAGGAGTATTGGTGCCAAAAATCTTGGAAAACTGAGTCGGGGTCCCGGAACGTGTTTTTAGCGAA
1 AAGGAGTGTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAA
*
2628 AACCGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCAGAAAATATTTTCT
66 AACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCAGAAAATATTTTCT
* *
2693 CAAATTTTGGCCACAATAGTCCTTAAAAGTATATAATTTAATGCT-AGTAAGATTGAAGAATTTT
131 CAATTTTTGGCCACAATAGTCCTAAAAAGTATATAATTTAATGCTCA-TAAGATTGAAGAATTTT
* *
2757 TCACGATTCGAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCAGAATTAATATCCAATTAAATCGAAACATGAT
195 TCACGCTTCGAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCAGAATTAATATCTAATTAAATCGAAACATGAT
* *
2822 TCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGAAATTTGGTTAGATGAATATAGA
260 TCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGA
*
2887 TATTTC
325 TATTTA
* * * *** * * ** *
2893 AATGACTCTTGACACCAAAAATCATGCAAAATTGTGTCGGGACCCCGGTACGCGTTTTTAGCCAA
1 AAGGAGTGTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAA
* * * *
2958 AATCCGTGATGGTTAGTAGACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACAT-ATCAAAAAAT-TTTT
66 AA-CCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAAC-TGACCAGAAAATATTTT
* * * * * * * * *
3021 CCTCAATTTTCGGCCACAACACTCATAAAAA-AATATAATTTAACGC-CAAAAAATTGAAG-AGT
129 -CTCAATTTTTGGCCACAATAGTCCTAAAAAGTATATAATTTAATGCTCATAAGATTGAAGAATT
* * * * *
3083 TTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATAAG
193 TTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCAGAATTAATATCTAATTAAATCGAAACATG
** ** *
3148 ATTTTGATGCTCACAAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATA
258 ATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATA
*
3213 GATATTTC
323 GATATTTA
* ** * * * * * * * *
3221 AAGGAGTCTTGGCACTAAAAGTCATGCAAAATTGTGCCGGGG-CTTCGAAACGCGTTTTTTGCCA
1 AAGGAGTGTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGTC-CCGGAACGCGTTTTTAGCC-
* ** * * *
3285 AAAACCGTGATGGTAAGTACACGATTTCGATTAAAATTTTGCAAAAACAGATCA-AACAA-ATTT
64 AAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCAGAA-AATATTT
** * * * * ** * * *
3348 TCCTCAATTTTCAGCCACAACACTCATAAAAAATATATATAATTTAACAC-CAAAAAAATTGAAC
128 T-CTCAATTTTTGGCCACAATAGTCCT-AAAAA-GTATATAATTTAATGCTC-ATAAGATTGAAG
* * * * *
3412 AGTTTTTAACGCTTCGAATATCG---TTCTTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA
189 AATTTTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCAGAATTAATATCTAATTAAATCGAAA
* * * * *
3474 CAAGATTCGGATGCTCGCAACAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAA
254 CATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAA
*
3539 TATGGATATTTA
319 TATAGATATTTA
* * ** * *
3551 AAGAAGTGTTTGTGCCAAAAATCATTTAAAACTAAGTCGGGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCGAA
1 AAGGAGTGTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAA
*
3616 AACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTACAAAAACTGACCAGAAAATATTTTCT
66 AACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCAGAAAATATTTTCT
* *
3681 CAATTTTTGGCCACAATAGTCCTTAAAAGTATATAATTTAATGCTCATAAGATTGAGGAATTTTT
131 CAATTTTTGGCCACAATAGTCCTAAAAAGTATATAATTTAATGCTCATAAGATTGAAGAATTTTT
* ** *
3746 CACACTTCGAATATTATTTTTCCTATTTTTTTCAGAATTAATATCCAATTAAATCGAAACATGAT
196 CACGCTTCGAATATCGTTTTTCCTA-TTTTTTCAGAATTAATATCTAATTAAATCGAAACATGAT
* * * *
3811 TTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGTTGAGATTTTGTTAGATGAATATGGA
260 TCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGA
3876 TATTTA
325 TATTTA
* * * * *
3882 AAGAAGTGTTGGTGCCAAAAATCATGTAAAACTAAGTCGGGGTCCCGGAACGTGTTTTTGGCCAG
1 AAGGAGTGTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCA-
* ** * *
3947 AAACCGTGATGGTTTGTACACGATTTCTACTAAAATTTTACAAAAACTGACCGGAACATATTTTC
65 AAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCAGAAAATATTTTC
*
4012 TCAATTTTTGGCCACAATAGTCCTAAAAAGTATATAATTTAATGCTCATAAGATTGAGGAATTTT
130 TCAATTTTTGGCCACAATAGTCCTAAAAAGTATATAATTTAATGCTCATAAGATTGAAGAATTTT
* * * *
4077 TCACGCTTCGAATATTGATTTTCCTATTTTTTTCAAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGA
195 TCACGCTTCGAATATCGTTTTTCCTA-TTTTTTCAGAATTAATATCTAATTAAATCGAAACATGA
*
4142 TTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAG
259 TTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAG
*
4207 ATATTTC
324 ATATTTA
* * * *
4214 AAGGAGTGTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGTCCCAGAATGCG-TTTTAGCCAG
1 AAGGAGTGTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCA-
* * * *
4278 CAACCGTGATGGTTAGTACACGATATCGGCTAAAATTTTTCAAAAACTGACCA-AAAACTATTTC
65 AAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCAGAAAA-TATTTT
* * * *
4342 CTCAATTTTTGGCCACATTTGTCCTAAAAAGTATACAATTTAATGC-CAGTAACATTGAAGAATT
129 CTCAATTTTTGGCCACAATAGTCCTAAAAAGTATATAATTTAATGCTCA-TAAGATTGAAGAATT
*
4406 TTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCCTACTTTTTCAGAATTAATATC
193 TTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCAGAATTAATATC
4453 CAATAAAAAC
Statistics
Matches: 1662, Mismatches: 202, Indels: 53
0.87 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
327 42 0.03
328 256 0.15
329 90 0.05
330 503 0.30
331 444 0.27
332 308 0.19
333 19 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (330 bp):
AAGGAGTGTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAA
AACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAACTGACCAGAAAATATTTTCT
CAATTTTTGGCCACAATAGTCCTAAAAAGTATATAATTTAATGCTCATAAGATTGAAGAATTTTT
CACGCTTCGAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCAGAATTAATATCTAATTAAATCGAAACATGATT
CAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGAT
ATTTA
Found at i:6733 original size:986 final size:986
Alignment explanation
Indices: 4487--7624 Score: 4997
Period size: 986 Copynumber: 3.2 Consensus size: 986
4477 TGATGGTAAT
* *
4487 TATAGATATTTCAAGGAGTCTTGACACCAAAAATCATGCAAAATTGTGCCGGGGCTTCGGAGCGC
1 TATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAATTGTGCCGGGGCTTCGGAACGC
* * *
4552 GTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTAATTACACGATTTCGGTTACAATTTTGCAAAAACAGATCA
66 GTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTAAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAACAGATCA
4617 AAAAATTTTTCCTCAATTTTCGGCCACAACACTCATAAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAAAA
131 AAAAATTTTTCCTCAATTTTCGGCCACAACACTCATAAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAAAA
4682 ATTGAACAGTTTTTAACGCTTCGAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAA
196 ATTGAACAGTTTTTAACGCTTCGAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAA
4747 ATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGCAAAAACAAATCCTTAATTCCATTTTGGCTGAGATTTGGTT
261 ATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGCAAAAACAAATCCTTAATTCCATTTTGGCTGAGATTTGGTT
4812 AGATGAATATGGATATTTAAAGGAGTGTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGTCCC
326 AGATGAATATGGATATTTAAAGGAGTGTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGTCCC
*
4877 GGAACGCGTTTTTAGCTAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTACAAAAA
391 GGAACGCGTTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTACAAAAA
* *
4942 CTTACCAGATTATATTTTCTCAATTTTTGGCCACAATAGTCCTAAAAAGTATATAACTTAATGCT
456 CTAACCAGATTATATTTTCTCAATTTTTGGCCACAATAGTCCTAAAAAGTATATAATTTAATGCT
* *
5007 CATAAGATTGAGGAATTTTTCATGCTTCGAATATTGTTTTTCCTATTTTTTCAGTATTAATATCC
521 CATAGGATTGAGGAATTTTTCATGCTTCGAATATTGTTTTTCCTATTTTTTCAGAATTAATATCC
*
5072 AATTAATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGAGATT
586 AATTAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGAGATT
* *
5137 TGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGACTCTTGACTCCAAAATTCATGTAAAATTGTGTTGGG
651 TGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGACTCTTGACACCAAAATTCATGTAAAATTGTGTCGGG
*
5202 GCCTCGGAACGCGTTTTTTGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTATACGATTTCGATTAAAATATTGC
716 GCCTCGGAACGCG-TTTTTGCCAAAAACCGTGAT-G---GTATACGATTTCGGTTAAAATATTGC
****
5267 ---AACATATCAAAAAAAAATTCTCAATTTTTGGCCTCAACACTTATAAAAAAATATATAATTTA
776 AAAAACATATCAAAAATTTTTTCTCAATTTTTGGCCTCAACACTTATAAAAAAATATATAATTTA
*
5329 ACGCCAAAAAATTGAAAAGTTTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCTTA-TTTTTCTGAATTAATT
841 ACGCCAAAAAATTGAAGAGTTTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTGAATTAATT
*
5393 TCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCACAAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGA
906 TCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGCAAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGA
5458 GATTTGGTTAGATAAA
971 GATTTGGTTAGATAAA
**
5474 TATAGATATTTCAAGTTGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAATT-TAGCCGGGGCTTCGGAACG
1 TATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAATTGT-GCCGGGGCTTCGGAACG
* *
5538 CGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGT-AGTTACACGATTTCGGTTACAATTTTGCAAAAACAGAT
65 CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTAAG-TACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAACAGAT
* * *
5602 CAAAAAAGTTTTCCTCAATTTTCGGCCACAACACTCAGAAAAAAATATATAATTTAACACCAAAA
129 CAAAAAATTTTTCCTCAATTTTCGGCCACAACACTCATAAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAA
**
5667 AAATTGAACAGTTTTTAACGCTTCGAATATTATTTTTCTTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATT
194 AAATTGAACAGTTTTTAACGCTTCGAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATT
** * *
5732 -AATAAAAAAAAGATTCAGATGCTCGCAAAAACAAGTCCTTAATTCCATTTTGGCTGAGATTTGG
259 AAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGCAAAAACAAATCCTTAATTCCATTTTGGCTGAGATTTGG
*
5796 TTAGATGAATATGGATATTTAAAGGAGTATTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGTC
324 TTAGATGAATATGGATATTTAAAGGAGTGTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGTC
* * *
5861 CCGGAACGCGTTTTTAGCCAGAAACCGTGGTGGTTAGTACATGATTTCGACTAGAATTTTACAAA
389 CCGGAACGCGTTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTACAAA
** * * *
5926 AACTAACCAGAAAATATTTCCTCAATTTTTTGCCACAATAGTCCTAAAAAGTATATAATTTAATA
454 AACTAACCAGATTATATTTTCTCAATTTTTGGCCACAATAGTCCTAAAAAGTATATAATTTAATG
* *
5991 C-CAGTAGGATTGAGGAAATTTTCATGCTTCGAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCAGAATTAATA
519 CTCA-TAGGATTGAGGAATTTTTCATGCTTCGAATATTGTTTTTCCTATTTTTTCAGAATTAATA
* *
6055 ACCAATTAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGTG
583 TCCAATTAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGAG
6120 ATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGACTCTTGACACCAAAATTCATGTAAAATTGTGTC
648 ATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGACTCTTGACACCAAAATTCATGTAAAATTGTGTC
*
6185 GGGGCCTCGGAACGCGTTTTTGTCAAAAACCGTGATGGTATACGATTTCGGTTAAAATATTGCAA
713 GGGGCCTCGGAACGCGTTTTTGCCAAAAACCGTGATGGTATACGATTTCGGTTAAAATATTGCAA
*
6250 AAACATATCAAAAATTTTTTTCTCAATTTTCGGCCTCAACACTTAT-AAAAAATATATAATTTAA
778 AAACATATCAAAAA-TTTTTTCTCAATTTTTGGCCTCAACACTTATAAAAAAATATATAATTTAA
*
6314 CGCCAGAAAATTGAAGAGTTTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTGAATTAATTT
842 CGCCAAAAAATTGAAGAGTTTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTGAATTAATTT
*
6379 CTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGTTCGCAAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGAG
907 CTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGCAAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGAG
*
6444 ATTTGATTAGATAAA
972 ATTTGGTTAGATAAA
* * * * *
6459 TATATATATTTCAAGGAGTCCTGGCATCAAAAATCATGCAAAATTGTGTCGGGGCTTCGGAACAC
1 TATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAATTGTGCCGGGGCTTCGGAACGC
* * *
6524 GTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTAAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACAAATCA
66 GTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTAAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAACAGATCA
6589 AAAAATTTTTCCTCAATTTTCGGCCACAACACTCATAAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAAAA
131 AAAAATTTTTCCTCAATTTTCGGCCACAACACTCATAAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAAAA
6654 ATTGAACAGTTTTTAACGCTTCGAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAA
196 ATTGAACAGTTTTTAACGCTTCGAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAA
* *
6719 ATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGCAAAAACAAATCCTTAATTTCAATTTGGCTGAGATTTGGTT
261 ATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGCAAAAACAAATCCTTAATTCCATTTTGGCTGAGATTTGGTT
* * * * *
6784 GGAAGAATATGGATATTTCAAGGAGTGTTGGTGCTAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGGGGTCCC
326 AGATGAATATGGATATTTAAAGGAGTGTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGTCCC
**
6849 GGAACGCGTTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAACACACGATTTCGACTAAAATTTTACAAAAA
391 GGAACGCGTTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTACAAAAA
*
6914 CTGACCAGATTATATTTTCTCAATTTTTGGCCACAATAGTCCTAAAAAGTATATAATTTAATGCT
456 CTAACCAGATTATATTTTCTCAATTTTTGGCCACAATAGTCCTAAAAAGTATATAATTTAATGCT
* * *
6979 CATAGGATCGAGGAATTTTTCACGTTTCGAATATTGTTTTTCCTATTTTTTTCAGAATTAATATC
521 CATAGGATTGAGGAATTTTTCATGCTTCGAATATTGTTTTTCCTA-TTTTTTCAGAATTAATATC
* * * *
7044 TAATTAAATCGAAACATGACTCA-ATTGCTCGTAAAAAGAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAG
585 CAATT-AATCGAAACATGATTCAGA-TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGAG
* * * * * * *
7108 ATTTGGTTAGAAGAATATAGATATTTCAAGAAGTCTTGGCACTAAAAATCATGCAAAATTGTGTC
648 ATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGACTCTTGACACCAAAATTCATGTAAAATTGTGTC
* * * * *
7173 GGAG-CTCCGAAAGCGTTTTCAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAATAA
713 GGGGCCTCGGAACGCGTTTT-TGCCAAAAACCGTGATGG-TA-T--ACGATTTCGGTTAAAATAT
* * * *
7237 TGCAAAAACAGATCAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTAGCCAT-AACACTCATAAAAAAATATATA
773 TGCAAAAACATATC-AAAAATTTTTTCTCAATTTTTGGCC-TCAACACTTATAAAAAAATATATA
* *
7301 ATTT-ACTGCCAAAAAAATTGAAGAGTTTTTCACTCTTCGAATATCATTTTTCTTATTTTTTCTG
836 ATTTAAC-GCC-AAAAAATTGAAGAG-TTTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTG
**
7365 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTTAAAACAAATCCTTAATTCCAAT
898 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGCAAAAACAAATCCTTAATTCCAAT
* *
7430 TTTGCTGAGATTTGGTTAGATGAA
963 TTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAA
* ** *
7454 TATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAATTGTGTCGGGGCCCCAGAACGC
1 TATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAATTGTGCCGGGGCTTCGGAACGC
* * *
7519 GTTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAATAGATCA
66 GTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTAAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAACAGATCA
** * * *
7584 AAAAAAATTTCCTCAATTTTTGGCTACAACATTCATAAAAA
131 AAAAATTTTTCCTCAATTTTCGGCCACAACACTCATAAAAA
7625 TGAATTAATT
Statistics
Matches: 1980, Mismatches: 145, Indels: 44
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (986 bp):
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GTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTAAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAACAGATCA
AAAAATTTTTCCTCAATTTTCGGCCACAACACTCATAAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAAAA
ATTGAACAGTTTTTAACGCTTCGAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAA
ATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGCAAAAACAAATCCTTAATTCCATTTTGGCTGAGATTTGGTT
AGATGAATATGGATATTTAAAGGAGTGTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGTCCC
GGAACGCGTTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTACAAAAA
CTAACCAGATTATATTTTCTCAATTTTTGGCCACAATAGTCCTAAAAAGTATATAATTTAATGCT
CATAGGATTGAGGAATTTTTCATGCTTCGAATATTGTTTTTCCTATTTTTTCAGAATTAATATCC
AATTAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGAGATT
TGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGACTCTTGACACCAAAATTCATGTAAAATTGTGTCGGG
GCCTCGGAACGCGTTTTTGCCAAAAACCGTGATGGTATACGATTTCGGTTAAAATATTGCAAAAA
CATATCAAAAATTTTTTCTCAATTTTTGGCCTCAACACTTATAAAAAAATATATAATTTAACGCC
AAAAAATTGAAGAGTTTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAA
TTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGCAAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGAGATTT
GGTTAGATAAA
Found at i:6746 original size:332 final size:332
Alignment explanation
Indices: 4487--7624 Score: 3887
Period size: 332 Copynumber: 9.5 Consensus size: 332
4477 TGATGGTAAT
* * *
4487 TATAGATATTTCAAGGAGTCTTGACACCAAAAATCATGCAAAATTGTGCCGGGGCTTCGGAGCGC
1 TATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAATTGTGTCGGGGCTTCGGAACGC
* * * *
4552 GTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTAATTACACGATTTCGGTTACAATTTTGCAAAAACAGATCA
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*
4617 AAAAATTTTTCCTCAATTTTCGGCCACAACACTCATAAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAAAA
131 AAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAAAA
* *
4682 ATTGAACAGTTTTTAACGCTTCGAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAA
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*
4747 ATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGCAAAAACAAATCCTTAATTCCATTTTGGCTGAGATTTGGTT
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326 AGATGAA
* * * ** * * *
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* * ** * ** *
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* ** * * * * * * *
4948 AGATTATATTTT-CTCAATTTTTGGCCACAATAGTCCT-AAAAAGTATATAACTTAATGCTC-AT
130 AAAAAAT-TTTTCCTCAATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAAAATATATAATTTAACGC-CAAA
* * * * * * * * * *
5010 AAGATTGAGGAATTTTTCATGCTTCGAATATTGTTTTTCCTATTTTTTCAGTATTAATATCCAAT
193 AAAATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAAT
* * *
5075 T-AATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGAGATTTG
258 TAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGCAAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGAGATTTG
5139 GTTAGATGAA
323 GTTAGATGAA
* * * * * * *
5149 TATAGATATTTCAAGGACTCTTGACTCCAAAATTCATGTAAAATTGTGTTGGGGCCTCGGAACGC
1 TATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAATTGTGTCGGGGCTTCGGAACGC
* * * * *
5214 GTTTTTTGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTATACGATTTCGATTAAAATATTGC---AACATATCA
66 GTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAACAGATCA
*** * *
5276 AAAAAAAATT-CTCAATTTTTGGCCTCAACACTTATAAAAAAATATATAATTTAACGCC-AAAAA
131 AAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAAAA
*
5339 ATTGAAAAG-TTTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCTTA-TTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAA
196 ATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAA
*
5402 ATCGAAACAAGATTCAGATGCTCACAAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGAGATTTGGTT
261 ATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGCAAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGAGATTTGGTT
*
5467 AGATAAA
326 AGATGAA
** *
5474 TATAGATATTTCAAGTTGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAATT-TAGCCGGGGCTTCGGAACG
1 TATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAATTGT-GTCGGGGCTTCGGAACG
* *
5538 CGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGG-TAGTTACACGATTTCGGTTACAATTTTGCAAAAACAGAT
65 CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAG-TACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAACAGAT
* * * *
5602 CAAAAAAGTTTTCCTCAATTTTCGGCCACAACACTCAGAAAAAAATATATAATTTAACACCAAAA
129 CAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAA
* * **
5667 AAATTGAACAGTTTTTAACGCTTCGAATATTATTTTTCTTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATT
194 AAATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATT
** * * *
5732 -AATAAAAAAAAGATTCAGATGCTCGCAAAAACAAGTCCTTAATTCCATTTTGGCTGAGATTTGG
259 AAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGCAAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGAGATTTGG
5796 TTAGATGAA
324 TTAGATGAA
* * * ** * * *
5805 TATGGATATTTAAAGGAGTATTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGG-TCCCGGAACG
1 TATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAATTGTGTCGGGGCT-TCGGAACG
* * * ** * * *
5869 CGTTTTTAGCCAGAAACCGTGGTGGTTAGTACATGATTTCGACTAGAATTTTACAAAAACTA-AC
65 CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAAC-AGAT
* * * * * * * ** **
5933 CAGAAAATATTTCCTCAATTTTTTGCCACAATAGTCCT-AAAAAGTATATAATTTAATACCAGTA
129 CAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAA
** * ** * * * ** *
5997 GGATTGAGGAAATTTTCATGCTTCGAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCAGAATTAATAACCAATT
194 AAATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATT
* * *
6062 -AATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGTGATTTGG
259 AAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGCAAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGAGATTTGG
6126 TTAGATGAA
324 TTAGATGAA
* * * * *
6135 TATAGATATTTCAAGGACTCTTGACACCAAAATTCATGTAAAATTGTGTCGGGGCCTCGGAACGC
1 TATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAATTGTGTCGGGGCTTCGGAACGC
* * *
6200 GTTTTT-GTCAAAAACCGTGATGG-TA-T--ACGATTTCGGTTAAAATATTGCAAAAACATATCA
66 GTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAACAGATCA
* * * * * *
6260 AAAATTTTTTTCTCAATTTTCGGCCTCAACACTTAT-AAAAAATATATAATTTAACGCC-AGAAA
131 AAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAAAA
6323 ATTGAAGAG-TTTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAA
196 ATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAA
* *
6387 ATCGAAACAAGATTCAGATGTTCGCAAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGAGATTTGATT
261 ATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGCAAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGAGATTTGGTT
*
6452 AGATAAA
326 AGATGAA
* * * *
6459 TATATATATTTCAAGGAGTCCTGGCATCAAAAATCATGCAAAATTGTGTCGGGGCTTCGGAACAC
1 TATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAATTGTGTCGGGGCTTCGGAACGC
* * * *
6524 GTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTAAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACAAATCA
66 GTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAACAGATCA
*
6589 AAAAATTTTTCCTCAATTTTCGGCCACAACACTCATAAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAAAA
131 AAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAAAA
* *
6654 ATTGAACAGTTTTTAACGCTTCGAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAA
196 ATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAA
*
6719 ATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGCAAAAACAAATCCTTAATTTCAATTTGGCTGAGATTTGGTT
261 ATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGCAAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGAGATTTGGTT
* *
6784 GGAAGAA
326 AGATGAA
* * ** * * ** *
6791 TATGGATATTTCAAGGAGTGTTGGTGCTAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGGGG-TCCCGGAACG
1 TATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAATTGTGTCGGGGCT-TCGGAACG
* ** ** * * *
6855 CGTTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAACACACGATTTCGACTAAAATTTTACAAAAACTGACC
65 CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAACAGATC
* ** * * * * * *
6920 AGATTATATTTT-CTCAATTTTTGGCCACAATAGTCCT-AAAAAGTATATAATTTAATGCTC-AT
130 AAAAAAT-TTTTCCTCAATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAAAATATATAATTTAACGC-CAAA
** * * * * * * * *
6982 AGGATCGAGGAATTTTTCACGTTTCGAATATTGTTTTTCCTATTTTTTTCAGAATTAATATCTAA
193 AAAATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCTTA-TTTTTTCTGAATTAATTTCTAA
* * * * *
7047 TTAAATCGAAACATGACTCA-ATTGCTCGTAAAAAGAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATT
257 TTAAATCGAAACAAGATTCAGA-TGCTCGCAAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGAGATT
*
7111 TGGTTAGAAGAA
321 TGGTTAGATGAA
* * * * *
7123 TATAGATATTTCAAGAAGTCTTGGCACTAAAAATCATGCAAAATTGTGTCGGAGC-TCCGAAAGC
1 TATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAATTGTGTCGGGGCTTCGGAACGC
* **
7187 GTTTTCAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAATAATGCAAAAACAGATCA
66 GTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAACAGATCA
* *
7252 AAAAATTTTTCCTCAATTTTTAGCCATAACACTCATAAAAAAATATATAATTT-ACTGCCAAAAA
131 AAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAAAATATATAATTTAAC-GCCAAAAA
* *
7316 AATTGAAGAGTTTTTCACTCTTCGAATATCATTTTTCTTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTA
195 AATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTA
** *
7381 AATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTTAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTTGCTGAGATTTGGT
260 AATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGCAAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGAGATTTGGT
7446 TAGATGAA
325 TAGATGAA
** *
7454 TATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAATTGTGTCGGGGCCCCAGAACGC
1 TATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAATTGTGTCGGGGCTTCGGAACGC
* *
7519 GTTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAATAGATCA
66 GTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAACAGATCA
** * *
7584 AAAAAAATTTCCTCAATTTTTGGCTACAACATTCATAAAAA
131 AAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAA
7625 TGAATTAATT
Statistics
Matches: 2363, Mismatches: 401, Indels: 84
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
323 47 0.02
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ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (332 bp):
TATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAATTGTGTCGGGGCTTCGGAACGC
GTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAACAGATCA
AAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAAAA
ATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAA
ATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGCAAAAACAAATCCTTAATTCCAATTTGGCTGAGATTTGGTT
AGATGAA
Found at i:7829 original size:262 final size:262
Alignment explanation
Indices: 7363--7869 Score: 827
Period size: 262 Copynumber: 1.9 Consensus size: 262
7353 TTATTTTTTC
**
7363 TGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTTAAAACAAATCCTTAATTCCA
1 TGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGCAAAAACAAATCCTTAATTCCA
**
7428 ATTTTGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGC
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* * *
7493 AAAATTGTGTCGGGGCCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
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* *
7558 GGTTAAAATTTTGCAAAAA-TAGATCAAAAAAAATTTCCTCAATTTTTGGCTACAACATTCATAA
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7622 AAA
260 AAA
* *
7625 TGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGTTGCTCGCAAAAACAATTCCTTAATTCCA
1 TGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGCAAAAACAAATCCTTAATTCCA
* *
7690 ATTTCACTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTGTTGGCGCCAAAAATCATGC
66 ATTTCACTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGC
* * *
7755 AAAACTGAGTCGGGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAGCAACCATGATGGTTAGTACACGATTTC
131 AAAACTGAGTCGGGGCCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAGAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTC
* **
7820 GGCTAAAATTTTTCAAAAACTGACCAAAAACTATTTCCTCAATTTTTGGC
196 GGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCAAAAAAAATTTCCTCAATTTTTGGC
7870 CACATTAGTC
Statistics
Matches: 225, Mismatches: 19, Indels: 2
0.91 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
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263 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (262 bp):
TGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGCAAAAACAAATCCTTAATTCCA
ATTTCACTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGC
AAAACTGAGTCGGGGCCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAGAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTC
GGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCAAAAAAAATTTCCTCAATTTTTGGCTACAACATTCATAAA
AA
Found at i:8180 original size:591 final size:593
Alignment explanation
Indices: 7033--8214 Score: 1667
Period size: 593 Copynumber: 2.0 Consensus size: 593
7023 ATTTTTTTCA
* * *
7033 GAATTAATATCTAATTAAATCGAAACATGACTCAATTGCTCGTAAAAAGAAATCCTTAAATCCAA
1 GAATTAATATCTAATTAAATCGAAACAAGACTCAATTGCTCGCAAAAACAAATCCTTAAATCCAA
** *
7098 TTTGGCTGAGATTTGGTTAGAAGAATATAGATATTTCAAGAAGTCTTGGCACTAAAAATCATGCA
66 TTTCACTGAGATTTGGTTAGAAGAATATAGATATTTCAAGAAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCA
* * *
7163 AAATTGTGTCGGAGCTCCGAAAGCGTTTTCAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGG
131 AAACTGAGTCGGAGCTCCGAAAGCGTTTTCAGCCAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTCGG
* * * *
7228 TTAAAATAATGCAAAAACAGATCAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTAGCCATAACACTCATAAAAA
196 CTAAAATAATGCAAAAACAGACCAAAAAATATTTCCTCAATTTTTAGCCACAACACTCATAAAAA
* * * * * * *
7293 AATATATAATTTACTGCCAAAAAAATTGAAGAGTTTTTCACTCTTCGAATATCATTTTTCTTATT
261 AACATACAATGTAATGCCAAAAAAATTGAAGAATTTTTCACTCTTCGAATATCAGTTTTCCTATT
* * * * *
7358 TTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTTAAAACAAATCCTTAA
326 TTTTCAGAATTAATATCCAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAA
* *
7423 TTCCAATTTTGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAAT
391 TTCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTACATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAAT
*
7488 CATGCAAAATTGTGTCGGGGCCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTACACG
456 CATGCAAAATTGTGTCGGGGCCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACG
* * *
7553 ATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAATAGATCAAAAAAAATTTCCTCAATTTTTGGCTACAACATTC
521 ATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAACAGATCAAAAAAAATTTCCTCAATTTTTGGCCACAACACTC
7618 ATAAAAAT
586 ATAAAAAT
* * * * *
7626 GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGTTGCTCGCAAAAACAATTCCTTAATTCCAA
1 GAATTAATATCTAATTAAATCGAAACAAGACTCAATTGCTCGCAAAAACAAATCCTTAAATCCAA
* * * *
7691 TTTCACTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTGTTGGCGCCAAAAATCATGCA
66 TTTCACTGAGATTTGGTTAGAAGAATATAGATATTTCAAGAAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCA
* * * **
7756 AAACTGAGTCGG-GGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAGCAACCATGATGGTTAGTACACGATTTC
131 AAACTGAGTCGGAGCT-CC-GAAAGCGTTTTCAGCCAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTC
** * * * * ** * *
7820 GGCTAAAATTTTTCAAAAACTGACCAAAAACTATTTCCTCAATTTTTGGCCACATTAGTCCT-AA
194 GGCTAAAATAATGCAAAAACAGACCAAAAAATATTTCCTCAATTTTTAGCCACAACACTCATAAA
* ** * *
7884 AAAGCATACAATGTAATGCCAGTAAGATTGAAGAATTTTTCA-TGTTTCGAATATC-GTTTTCCT
259 AAAACATACAATGTAATGCCAAAAAAATTGAAGAATTTTTCACT-CTTCGAATATCAGTTTTCCT
*
7947 ATTTTTT-AGAATTAATATCCAATTAAATCGAAACATGATTCAAATTG-TCGTAAAAACAAATCC
323 ATTTTTTCAGAATTAATATCCAATTAAATCGAAACAAGATTCAAA-TGCTCGTAAAAACAAATCC
* * *
8010 TTAATTCCAATTTGGGTGAGATTTGGTTACATTAATATTGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAA
387 TTAATTCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTACATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAA
* *
8075 AAATCATGCAAAATTGTGTTGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTG-TGGTTAGTA
452 AAATCATGCAAAATTGTGTCGGGGCCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTA
* *
8139 CACGATTTCGGTTAAAATTTTGCCAAAACAGATCAAAAAAAATTTCCTCAATTTTTTGCCACAAC
517 CACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAACAGATCAAAAAAAATTTCCTCAATTTTTGGCCACAAC
8204 ACTCATAAAAA
582 ACTCATAAAAA
8215 AATATATAAT
Statistics
Matches: 517, Mismatches: 68, Indels: 11
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
590 80 0.15
591 159 0.31
592 18 0.03
593 172 0.33
594 88 0.17
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (593 bp):
GAATTAATATCTAATTAAATCGAAACAAGACTCAATTGCTCGCAAAAACAAATCCTTAAATCCAA
TTTCACTGAGATTTGGTTAGAAGAATATAGATATTTCAAGAAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCA
AAACTGAGTCGGAGCTCCGAAAGCGTTTTCAGCCAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTCGG
CTAAAATAATGCAAAAACAGACCAAAAAATATTTCCTCAATTTTTAGCCACAACACTCATAAAAA
AACATACAATGTAATGCCAAAAAAATTGAAGAATTTTTCACTCTTCGAATATCAGTTTTCCTATT
TTTTCAGAATTAATATCCAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAA
TTCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTACATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAAT
CATGCAAAATTGTGTCGGGGCCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACG
ATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAACAGATCAAAAAAAATTTCCTCAATTTTTGGCCACAACACTC
ATAAAAAT
Found at i:9267 original size:334 final size:330
Alignment explanation
Indices: 7626--9607 Score: 2117
Period size: 332 Copynumber: 6.0 Consensus size: 330
7616 TCATAAAAAT
** * *
7626 GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGTTGCTCGCAAAAACAATTCCTTAATTCCAA
1 GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAATTCCAA
** * *
7691 TTTCACTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTGTTGGCGCCAAAAATCATGCA
66 TTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCA
* ** *
7756 AAACTGAGTCGGGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAGCAACCATGATGGTTAGTACACGATTTCG
131 AAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
* * ** *
7821 GCTAAAATTTTTCAAAAACTGACCAAAAACTATTTCCTCAATTTTTGGCCACATTAGTCCTAAAA
196 GCTAAAATTTTGCAAAAACAGACCAAAAA-TATTTCCTCAATTTTTGGCCACAACACTCCTAAAA
* * * * * * * *
7886 AGCATACAATGTAATGCCAGTAAGATTGAAGAATTTTTCATGTTTCGAATATCG-TTTTCCTATT
260 AGTATATAATTTAACGCCAGAAAAATTGAAGAATTTTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCCTATT
7950 TTTT-A
325 TTTTCA
* * *
7955 GAATTAATATCCAATTAAATCGAAACATGATTCAAATTG-TCGTAAAAACAAATCCTTAATTCCA
1 GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAA-TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAATTCCA
* * * *
8019 ATTTGGGTGAGATTTGGTTACATTAATATTGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGC
65 ATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGC
* * *
8084 AAAATTGTGTTGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTG-TGGTTAGTACACGATTTC
130 AAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
* * * * * *
8148 GGTTAAAATTTTGCCAAAACAGATCAAAAAAAATTTCCTCAATTTTTTGCCACAACACTCATAAA
195 GGCTAAAATTTTGCAAAAACAGA-CCAAAAATATTTCCTCAATTTTTGGCCACAACACTCCT-AA
* * * * * * *
8213 AAAATATATAATTTGACGCCA-AAAAAATGAAGAGTTTTTCACTCTTCAAATATCGTTTTTCTTA
258 AAAGTATATAATTTAACGCCAGAAAAATTGAAGAATTTTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCCTA
*
8277 TTTTTTCT
323 TTTTTTCA
* *
8285 GAATTATTTTCTAATTAAATCGAAAC---A-T----GGCTCGTAAAAACAAATCCTTAATTCCAA
1 GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAATTCCAA
* * * **
8342 TTTGGCTGAGATTTGGTTACATGAATATAGATCTTTCAAGGAGTGTTGGCGGCAAAAATCATGCA
66 TTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCA
* ** * * **
8407 AAACTGAGCCGGGGTACCGGAACGTGTTTTTTGCCAGCAACCGT-A-----ACGTACACGATTTC
131 AAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTA-GTACACGATTTC
* ** * * * ** *
8466 GGCCAAAATTTAACAAAAACTGACCAGAAAATAATTCCTCAATTCTTGGCCACATTAGTCCTAAA
195 GGCTAAAATTTTGCAAAAACAGACCA-AAAATATTTCCTCAATTTTTGGCCACAACACTCCTAAA
* * * * * * *
8531 AAGTATGTAATTTAATGCTAGTAAGATTGAAGAATTTTTCAGGCTTCGAATATTGTTTTTCCTAT
259 AAGTATATAATTTAACGCCAGAAAAATTGAAGAATTTTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCCTAT
8596 TTTTTCA
324 TTTTTCA
* * * * * * * *
8603 GTATTAATATCCAATTAAATGGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAA
1 GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAATTCCAA
* * * * * *
8668 TTTTGCTGAGATTTGGTTAGAAGAATATAGAAATTTTAAGGAGTCTTGGCACTAAAAATTATGCA
66 TTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCA
* * ** * * *
8733 ACACTGTGTCGAAGCTCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
131 AAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
* *** * ** ** *
8798 GTTAAAATAACGCAAAAACATATTTAAAAAT-TTTACCTCAATTTTCAGCCACAACACTCTTAAA
196 GCTAAAATTTTGCAAAAACAGA-CCAAAAATATTT-CCTCAATTTTTGGCCACAACACTCCT--A
* * * * *
8862 AAAAATATATAATTT-ACTTCCA-AAAAAATGAAGAGTTTTTCACTG-TTCGAATATCATTTTTC
257 AAAAGTATATAATTTAAC-GCCAGAAAAATTGAAGAATTTTTCAC-GCTTCGAATATCGTTTTTC
* *
8924 TTATTTTTTCT
320 CTATTTTTTCA
* * * * *
8935 GAATTATTTTCTAATTAAATCGATACAAAATTCAAATTCTCGTTAAAACAAATCCTTAATTCCAA
1 GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAATTCCAA
* * *
9000 TATT-GCTGAGATTTGGTTAGATGATTATATATATATTGCAAGGAGTCTTGGCACCGAAAATCAT
66 T-TTGGCTGAGATTTGGTTAGATGA--ATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCAT
* * * ** * *
9064 GCAAAATTGTGTCGAGGCCCCATAACGCGTTTTTAGGCAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATT
128 GCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
* ** * * * *
9129 TCGGTTTTAATTTTGCAAAAACAGATCAAAAATTTTTCCTCAATTTTCGGCCACAACACTCATGA
193 TCGGCTAAAATTTTGCAAAAACAGACCAAAAATATTTCCTCAATTTTTGGCCACAACACTCCT-A
* * *
9194 AATAA-TATATAATTTAACGCCA-AAAAATTTGAAGAGTTTTTCACGCTTCAAATATCATTTTTC
257 AA-AAGTATATAATTTAACGCCAGAAAAA-TTGAAGAATTTTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTC
*
9257 TTATTTTTTTCA
320 CTA-TTTTTTCA
* * * *
9269 GAATTAATTTCTAACTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGCAAAAACAAATCCTTAATTCAAA
1 GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAATTCCAA
* *
9334 TTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTGTTGGCGCCAAAAATCATGCA
66 TTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCA
* * * ** *
9399 AAACTGAGTCGGGGTCCCAGAATGCGTTTTTAGCCAGCAACCGTGATGGTTAGTACACGATATCG
131 AAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
* * ****
9464 GCTAAAATTTTTCAAAAACTGACCAAAAACTATTTCCTCAATTTTTGGCCACATTTGTCCTAAAA
196 GCTAAAATTTTGCAAAAACAGACCAAAAA-TATTTCCTCAATTTTTGGCCACAACACTCCTAAAA
* * * *
9529 AGTATACAATTTAATGCCAGTAACATTGAAGAATTTTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCCTATT
260 AGTATATAATTTAACGCCAGAAAAATTGAAGAATTTTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCCTATT
9594 TTTTCA
325 TTTTCA
9600 GAATTAAT
1 GAATTAAT
9608 ATCCAATAAA
Statistics
Matches: 1356, Mismatches: 254, Indels: 84
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
317 21 0.02
318 118 0.09
321 2 0.00
322 119 0.09
326 113 0.08
327 2 0.00
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ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (330 bp):
GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAATTCCAA
TTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCA
AAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
GCTAAAATTTTGCAAAAACAGACCAAAAATATTTCCTCAATTTTTGGCCACAACACTCCTAAAAA
GTATATAATTTAACGCCAGAAAAATTGAAGAATTTTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCCTATTT
TTTCA
Found at i:9666 original size:138 final size:138
Alignment explanation
Indices: 9477--9752 Score: 464
Period size: 138 Copynumber: 2.0 Consensus size: 138
9467 AAAATTTTTC
* *
9477 AAAAACTGACCAAAAACTATTTCCTCAATTTTTGGCCACATTTGTCCTAAAAAGTATACAATTTA
1 AAAAACTGACCAAAAACTAATTCCTCAATTTTTGGCCACATTAGTCCTAAAAAGTATACAATTTA
* *
9542 ATGCCAGTAACATTGAAGAATTTTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCAGAATTAA
66 ATGCCAGTAACATTGAAGAATTTTTCACGATTCGAATATCATTTTTCCTATTTTTTCAGAATTAA
9607 TATCCAAT
131 TATCCAAT
**
9615 AAAAACTGACCATAAAA-TAATTCCTCAATTTTTGGCCACATTAGTCCTAAAAAGTATGTAATTT
1 AAAAACTGACCA-AAAACTAATTCCTCAATTTTTGGCCACATTAGTCCTAAAAAGTATACAATTT
* *
9679 AATGCTAGTAAGATTGAAGAATTTTTCACGATTCGAATATCATTTTTCCTATTTTTTCAGAATTA
65 AATGCCAGTAACATTGAAGAATTTTTCACGATTCGAATATCATTTTTCCTATTTTTTCAGAATTA
9744 ATATCCAAT
130 ATATCCAAT
9753 TAAATCGAAA
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 8, Indels: 2
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
138 125 0.97
139 4 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (138 bp):
AAAAACTGACCAAAAACTAATTCCTCAATTTTTGGCCACATTAGTCCTAAAAAGTATACAATTTA
ATGCCAGTAACATTGAAGAATTTTTCACGATTCGAATATCATTTTTCCTATTTTTTCAGAATTAA
TATCCAAT
Found at i:10309 original size:333 final size:331
Alignment explanation
Indices: 9691--10872 Score: 1643
Period size: 333 Copynumber: 3.6 Consensus size: 331
9681 TGCTAGTAAG
* * * * * * *
9691 ATTGAAGAATTTTTCACGATTCGAATATCATTTTTCCTATTTTTTCAGAATTAATATCCAATTAA
1 ATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAA
* * * *
9756 ATCGAAACATGATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATTTGGGTGAGATTTGGTT
66 ATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTTAAAACAAATCCTTAAATCCAATTTGGATGAGATTTGGTT
* * * *
9821 AGAAGAATATAGATATTTCCAGGAGTCTTGGCACCAAAAATTATGCAAAATTGTGTC-GGAGCTC
131 AGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAATTGTGTCTGG-GCCC
* * * * * * * * *
9885 CGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAACCATGATGGTTAACACAAGATTTCGGTTATAATATTGCAAAA
195 CAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAGCCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGTTAAAATTTTACAAAA
* * * * *
9950 ACATATCACAAAATTTTTCCTCAATTTTCAGCCACAACACTCATAAAAAAATATATAATTT-ACT
260 AC-GATCAAAAAAATTTTCTTCAATTTTCGGCCACAACACTCATAAAAAAATATATAATTTAAC-
10014 GCCAAAAAA
323 GCCAAAAAA
*
10023 ATTGAAGAGTTTTTCACTCTTCGAATATCGTTTTTCTTATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTA
1 ATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCTTA-TTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTA
* * * * *
10088 AATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTTGAAACAAATCCTTTATTCCAATTTTGTTGAGATTTGGT
65 AATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTTAAAACAAATCCTTAAATCCAATTTGGATGAGATTTGGT
10153 TAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAATTGTGTCTGGGCCC
130 TAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAATTGTGTCTGGGCCC
* * *
10218 CAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAGCTGTGATGGTTAGTATACGATTTCGGTTAAAATTTTACAAAA
195 CAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAGCCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGTTAAAATTTTACAAAA
* *
10283 ATCGATCAAAAAAATTTTCTTCAATTTTCGGCCACAACACTCATGAAAAAATATATAATTTAACC
260 A-CGATCAAAAAAATTTTCTTCAATTTTCGGCCACAACACTCATAAAAAAATATATAATTTAACG
*
10348 CCATAAAA
324 CCAAAAAA
*
10356 ATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCTTATTTTTTTTCTAAATTAATTTCTAATT
1 ATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCTTA--TTTTTTCTGAATTAATTTCTAATT
* * * * *
10421 AAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTTAAAACAAATTCTTAATTCCAATTTTGCTGAGATTTGA
64 AAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTTAAAACAAATCCTTAAATCCAATTTGGATGAGATTTGG
* * *
10486 TTAGATGAACATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAATTGTGCCTGTGCC
129 TTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAATTGTGTCTGGGCC
*
10551 CCAAAACGCGTTTTTAGCCAAAAAGCCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGTTAAAATTTTACAA
194 CCAGAACGCGTTTTTAGCC-AAAAGCCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGTTAAAATTTTACAA
* *
10616 AAACCGATTAAAAAAA-TTTCTTCAATTTTCGGCCACAACACTCATTAAAAAATATATAATTTAA
258 AAA-CGATCAAAAAAATTTTCTTCAATTTTCGGCCACAACACTCATAAAAAAATATATAATTTAA
10680 CGCCAAAAAA
322 CGCCAAAAAA
* * * * *
10690 ATTGAATAGTTTTTCACGCTTTGAGTATCGTTTTTCTTATTTTTTCTTAATTAATTTTTAATTAA
1 ATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAA
* * * *
10755 ATCGAAACATGATTCAGATTCTCATTAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGATGAGATTAT-GT
66 ATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTTAAAACAAATCCTTAAATCCAATTTGGATGAGATT-TGGT
** * **
10819 TAGATGAATATAGATATTTCATTGAATCTTGGCGTCAAAAATCATGCAAAATTG
130 TAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAATTG
10873 AGCCGAGTCC
Statistics
Matches: 764, Mismatches: 79, Indels: 14
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
332 159 0.21
333 289 0.38
334 260 0.34
335 56 0.07
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (331 bp):
ATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCTTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAA
ATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTTAAAACAAATCCTTAAATCCAATTTGGATGAGATTTGGTT
AGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAATTGTGTCTGGGCCCC
AGAACGCGTTTTTAGCCAAAAGCCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGTTAAAATTTTACAAAAA
CGATCAAAAAAATTTTCTTCAATTTTCGGCCACAACACTCATAAAAAAATATATAATTTAACGCC
AAAAAA
Found at i:18400 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 18381--18417 Score: 51
Period size: 5 Copynumber: 7.8 Consensus size: 5
18371 AAAACAATGG
*
18381 AAAA- AAAAT ACAAT AAAAT -AAAT AAAAT AAAAT AAAA
1 AAAAT AAAAT AAAAT AAAAT AAAAT AAAAT AAAAT AAAA
18418 GACTTTTAAC
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 3
0.85 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
4 8 0.28
5 21 0.72
ACGTcount: A:0.81, C:0.03, G:0.00, T:0.16
Consensus pattern (5 bp):
AAAAT
Found at i:18921 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 18891--18930 Score: 71
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
18881 ACTCACCCAC
*
18891 CATAATCAGGTGTGCGACGTA
1 CATAACCAGGTGTGCGACGTA
18912 CATAACCAGGTGTGCGACG
1 CATAACCAGGTGTGCGACG
18931 CAGGTTGGAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 18 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.23, G:0.30, T:0.20
Consensus pattern (21 bp):
CATAACCAGGTGTGCGACGTA
Found at i:42641 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 42607--42664 Score: 98
Period size: 30 Copynumber: 1.9 Consensus size: 30
42597 TTATCTTGAC
*
42607 TTTTCTATTATATCCTCAAATTTTAATGAT
1 TTTTCTATTATACCCTCAAATTTTAATGAT
*
42637 TTTTCTCTTATACCCTCAAATTTTAATG
1 TTTTCTATTATACCCTCAAATTTTAATG
42665 GATTATTAAC
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 26 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.17, G:0.03, T:0.52
Consensus pattern (30 bp):
TTTTCTATTATACCCTCAAATTTTAATGAT
Done.