Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01016443.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig16476, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3233
ACGTcount: A:0.19, C:0.09, G:0.37, T:0.34
Found at i:45 original size:21 final size:21
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Indices: 3--46 Score: 61
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
1 GG
* *
3 GGTGGGTTCCTAGGAGGTGGA
1 GGTGGGTTCCTAGGACGCGGA
*
24 GGTGGGTTCCTTGGACGCGGA
1 GGTGGGTTCCTAGGACGCGGA
45 GG
1 GG
47 CGGAGGTGGG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 3, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 20 1.00
ACGTcount: A:0.11, C:0.14, G:0.52, T:0.23
Consensus pattern (21 bp):
GGTGGGTTCCTAGGACGCGGA
Found at i:45 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 15--82 Score: 100
Period size: 27 Copynumber: 2.5 Consensus size: 27
5 TGGGTTCCTA
*
15 GGAGGTGGAGGTGGGTTCCTTGGACGC
1 GGAGGCGGAGGTGGGTTCCTTGGACGC
* * *
42 GGAGGCGGAGGTGGGTTTCTTGGAGGT
1 GGAGGCGGAGGTGGGTTCCTTGGACGC
69 GGAGGCGGAGGTGG
1 GGAGGCGGAGGTGG
83 TAGTGGTGTT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 4, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 37 1.00
ACGTcount: A:0.12, C:0.10, G:0.57, T:0.21
Consensus pattern (27 bp):
GGAGGCGGAGGTGGGTTCCTTGGACGC
Found at i:151 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 121--226 Score: 86
Period size: 27 Copynumber: 3.8 Consensus size: 27
111 GGTGGTGGTA
* *
121 GGTTTGTTGCAGGAGGTGGTGGCGGGG
1 GGTTTCTTGGAGGAGGTGGTGGCGGGG
* * *
148 GGTTCCTTGGAGGTGGTGGTGGAGGGG
1 GGTTTCTTGGAGGAGGTGGTGGCGGGG
* * * * *
175 TCGACTCTGTTGGAGGTGGTGGTGGCGGTG
1 --G-GTTTCTTGGAGGAGGTGGTGGCGGGG
*
205 GGTTTCTTGGTGGAGGTGGTGG
1 GGTTTCTTGGAGGAGGTGGTGG
227 TGTAAATTCT
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 16, Indels: 6
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
27 38 0.63
28 1 0.02
29 1 0.02
30 20 0.33
ACGTcount: A:0.07, C:0.08, G:0.56, T:0.29
Consensus pattern (27 bp):
GGTTTCTTGGAGGAGGTGGTGGCGGGG
Found at i:274 original size:57 final size:55
Alignment explanation
Indices: 102--447 Score: 160
Period size: 54 Copynumber: 6.3 Consensus size: 55
92 TGAGTTTGTT
* * * * * *
102 GGAGGTGGAGGTGGT-G-GTAGGTTTGTTGCAGGAGGTGGTGGCGGGGGGTTCCTT
1 GGAGGTGGAGGTGGTGGTGTA-ATTTGTTGGAGGAGGTGCTGGCGGTGGATTCCTA
* * * * * * * * *
156 GGAGGTGGTGGTGGAGGGGTCGACTCTGTTGGAGGTGGTGGTGGCGGTGGGTTTCT-
1 GGAGGTGGAGGTGGTGGTGT--AATTTGTTGGAGGAGGTGCTGGCGGTGGATTCCTA
*
212 --TGGTGGAGGTGGTGGTGTAAATTCTGTTGGAGGAGGTGCTCGG-GGTGGATTCCTA
1 GGAGGTGGAGGTGGTGGTGT-AATT-TGTTGGAGGAGGTGCT-GGCGGTGGATTCCTA
* * * ** * * *
267 GGAGGTGGACGTGGTGTCGAGTTATTTGAAGGCA-GAGGTGGTGGTGGTTGG-TTCCTT
1 GGAGGTGGAGGTGGTG--GTGTAATTTGTTGG-AGGAGGTGCTGGCGG-TGGATTCCTA
* * * * * ** *
324 GGAGGTGGTGGCGATGTTG-AGTTTGTTGGAGTTGGTGGTGGCGGTGAGA-TCCT-
1 GGAGGTGGAGGTGGTGGTGTAATTTGTTGGAGGAGGTGCTGGCGGTG-GATTCCTA
* * *
377 -TA-GTGGAGGTGGTGGTGTTAATTCTGTTGGAGGAGGTGCTCGTGGTGGATTCCTA
1 GGAGGTGGAGGTGGTGGTG-TAATT-TGTTGGAGGAGGTGCTGGCGGTGGATTCCTA
*
432 GGAGGTGGACGTGGTG
1 GGAGGTGGAGGTGGTG
448 TTGAGTTATT
Statistics
Matches: 215, Mismatches: 53, Indels: 45
0.69 0.17 0.14
Matches are distributed among these distances:
51 11 0.05
52 1 0.00
53 10 0.05
54 93 0.43
55 4 0.02
56 5 0.02
57 80 0.37
58 8 0.04
59 3 0.01
ACGTcount: A:0.12, C:0.08, G:0.49, T:0.30
Consensus pattern (55 bp):
GGAGGTGGAGGTGGTGGTGTAATTTGTTGGAGGAGGTGCTGGCGGTGGATTCCTA
Found at i:472 original size:165 final size:167
Alignment explanation
Indices: 132--480 Score: 495
Period size: 165 Copynumber: 2.1 Consensus size: 167
122 GTTTGTTGCA
* * *
132 GGAGGTGGTGGCGGGGGGTTCCTTGGAGGTGGTGGTGGAGGGGTCGACTCTGTTGGAGGTGGTGG
1 GGAGGTGGTGGTGGTGGGTTCCTTGGAGGTGGTGGTCGA-GGGTCGACTCTGTTGGAGGTGGTGG
* * * *
197 TGGCGGTGGGTTTCTTGGTGGAGGTGGTGGTGTAAATTCTGTTGGAGGAGGTGCTCGGGGTGGAT
65 TGGCGGTGAGATCCTTAGTGGAGGTGGTGGTGTAAATTCTGTTGGAGGAGGTGCTCGGGGTGGAT
**
262 TCCTAGGAGGTGGACGTGGTGTCGAGTTATTTGAAGGC
130 TCCTAGGAGGTGGACGTGGTGTCGAGTTATTTGAACCC
* * * * * * *
300 AGAGGTGGTGGTGGTTGGTTCCTTGGAGGTGGTGG-CGA-TGTTGAGTTTGTTGGAGTTGGTGGT
1 GGAGGTGGTGGTGGTGGGTTCCTTGGAGGTGGTGGTCGAGGGTCGACTCTGTTGGAGGTGGTGGT
* *
363 GGCGGTGAGATCCTTAGTGGAGGTGGTGGTGTTAATTCTGTTGGAGGAGGTGCTCGTGGTGGATT
66 GGCGGTGAGATCCTTAGTGGAGGTGGTGGTGTAAATTCTGTTGGAGGAGGTGCTCGGGGTGGATT
*
428 CCTAGGAGGTGGACGTGGTGTTGAGTTATTTGAACCC
131 CCTAGGAGGTGGACGTGGTGTCGAGTTATTTGAACCC
*
465 GGAGGTGGTGATGGTG
1 GGAGGTGGTGGTGGTG
481 TTAAGTCTGT
Statistics
Matches: 159, Mismatches: 22, Indels: 3
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
165 126 0.79
167 2 0.01
168 31 0.19
ACGTcount: A:0.12, C:0.09, G:0.48, T:0.31
Consensus pattern (167 bp):
GGAGGTGGTGGTGGTGGGTTCCTTGGAGGTGGTGGTCGAGGGTCGACTCTGTTGGAGGTGGTGGT
GGCGGTGAGATCCTTAGTGGAGGTGGTGGTGTAAATTCTGTTGGAGGAGGTGCTCGGGGTGGATT
CCTAGGAGGTGGACGTGGTGTCGAGTTATTTGAACCC
Found at i:503 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 471--549 Score: 72
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 24
461 ACCCGGAGGT
* * *
471 GGTGATGGTGTTAAGTCTGTTAGA
1 GGTGGTGGTGTTAACTCTGTTGGA
*
495 GGTGGTGGTGGGTT-CCT-TGTTGGA
1 GGTGGTGGT--GTTAACTCTGTTGGA
*
519 GGTGGTGGTGTTAATTCTGTTGGA
1 GGTGGTGGTGTTAACTCTGTTGGA
*
543 GGAGGTG
1 GGTGGTG
550 CTCGTGGTGG
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 7, Indels: 8
0.75 0.12 0.14
Matches are distributed among these distances:
22 3 0.07
23 1 0.02
24 36 0.82
25 1 0.02
26 3 0.07
ACGTcount: A:0.13, C:0.05, G:0.46, T:0.37
Consensus pattern (24 bp):
GGTGGTGGTGTTAACTCTGTTGGA
Found at i:517 original size:165 final size:164
Alignment explanation
Indices: 182--528 Score: 457
Period size: 165 Copynumber: 2.1 Consensus size: 164
172 GGGTCGACTC
* * * *
182 TGTTGGAGGTGGTGGTGGCGGTGGGTTTCTTGGTGGAGGTGGTGGTGTAAATTCTGTTGGAGGAG
1 TGTTGGAGGTGGTGGTGGCGGTGAGATCCTTAGTGGAGGTGGTGGTGTAAATTCTGTTGGAGGAG
** *
247 GTGCTCGGGGTGGATTCCTAGGAGGTGGACGTGGTGTCGAGTTATTTGAAGGCAGAGGTGGTGGT
66 GTGCTCGGGGTGGATTCCTAGGAGGTGGACGTGGTGTCGAGTTATTTGAACCCAGAGGTGGTGAT
* * * **
312 GGTTGGTTCCTTGGAGGTGGTGGCGATGTTGAGTT
131 GGTTAGTTCCTTAGAGGTGGTGGCGAGGTT-ACCT
* *
347 TGTTGGAGTTGGTGGTGGCGGTGAGATCCTTAGTGGAGGTGGTGGTGTTAATTCTGTTGGAGGAG
1 TGTTGGAGGTGGTGGTGGCGGTGAGATCCTTAGTGGAGGTGGTGGTGTAAATTCTGTTGGAGGAG
* * *
412 GTGCTCGTGGTGGATTCCTAGGAGGTGGACGTGGTGTTGAGTTATTTGAACCCGGAGGTGGTGAT
66 GTGCTCGGGGTGGATTCCTAGGAGGTGGACGTGGTGTCGAGTTATTTGAACCCAGAGGTGGTGAT
* *
477 GGTGTTAAG-TCTGTTAGAGGTGGTGGTG-GGTT-CCT
131 -G-GTT-AGTTC-CTTAGAGGTGGTGGCGAGGTTACCT
512 TGTTGGAGGTGGTGGTG
1 TGTTGGAGGTGGTGGTG
529 TTAATTCTGT
Statistics
Matches: 158, Mismatches: 20, Indels: 8
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
165 135 0.85
166 1 0.01
167 8 0.05
168 14 0.09
ACGTcount: A:0.13, C:0.08, G:0.46, T:0.33
Consensus pattern (164 bp):
TGTTGGAGGTGGTGGTGGCGGTGAGATCCTTAGTGGAGGTGGTGGTGTAAATTCTGTTGGAGGAG
GTGCTCGGGGTGGATTCCTAGGAGGTGGACGTGGTGTCGAGTTATTTGAACCCAGAGGTGGTGAT
GGTTAGTTCCTTAGAGGTGGTGGCGAGGTTACCT
Found at i:532 original size:135 final size:135
Alignment explanation
Indices: 380--637 Score: 462
Period size: 135 Copynumber: 1.9 Consensus size: 135
370 AGATCCTTAG
380 TGGAGGTGGTGGTGTTAATTCTGTTGGAGGAGGTGCTCGTGGTGGATTCCTAGGAGGTGGACGTG
1 TGGAGGTGGTGGTGTTAATTCTGTTGGAGGAGGTGCTCGTGGTGGATTCCTAGGAGGTGGACGTG
*
445 GTGTTGAGTTATTTGAACCCGGAGGTGGTGATGGTGTTAAGTCTGTTAGAGGTGGTGGTGGGTTC
66 GTGTCGAGTTATTTGAACCCGGAGGTGGTGATGGTGTTAAGTCTGTTAGAGGTGGTGGTGGGTTC
510 CTTGT
131 CTTGT
515 TGGAGGTGGTGGTGTTAATTCTGTTGGAGGAGGTGCTCGTGGTGGATTCCTAGGAGGTGGACGTG
1 TGGAGGTGGTGGTGTTAATTCTGTTGGAGGAGGTGCTCGTGGTGGATTCCTAGGAGGTGGACGTG
** * * *
580 GTGTCGAGTTATTTGAAGGCGGAGGTGGTGGTGGTGTTGAGTCTGTTGGAGGTGGTGG
66 GTGTCGAGTTATTTGAACCCGGAGGTGGTGATGGTGTTAAGTCTGTTAGAGGTGGTGG
638 CGATGGTGAG
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 6, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
135 117 1.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.08, G:0.45, T:0.33
Consensus pattern (135 bp):
TGGAGGTGGTGGTGTTAATTCTGTTGGAGGAGGTGCTCGTGGTGGATTCCTAGGAGGTGGACGTG
GTGTCGAGTTATTTGAACCCGGAGGTGGTGATGGTGTTAAGTCTGTTAGAGGTGGTGGTGGGTTC
CTTGT
Found at i:625 original size:87 final size:87
Alignment explanation
Indices: 519--814 Score: 303
Period size: 87 Copynumber: 3.3 Consensus size: 87
509 CCTTGTTGGA
*
519 GGTGGTGGTGTTAATTCTGTTGGAGGAGGTGCTCGTGGTGGATTCCTAGGAGGTGGACGTGGTGT
1 GGTGGTGGTGTTAAGTCTGTTGGAGGAGGTGCTCGTGGTGGATTCCTAGGAGGTGGACGTGGTGT
584 CGAGTTATTTGAAGGCGGAGGT
66 CGAGTTATTTGAAGGCGGAGGT
* * * * **
606 GGTGGTGGTGTTGAGTCTGTTGGAGGTGGTG-GCGATGGT-GAGTTCCTTGGAGGTGGTGGTGGT
1 GGTGGTGGTGTTAAGTCTGTTGGAGGAGGTGCTCG-TGGTGGA-TTCCTAGGAGGTGGACGTGGT
** * *
669 GGT-GAGTT-TGTTGGTGGTGGTGGGTTCCTTAGT
64 -GTCGAGTTAT-TTGAAGG-CG-GAG-------GT
* *
702 GGAGGTGGTGTTAATTCTGTTGGAGGAGGTGCTCGTGGTGGATTCCTAGGAGGTGGACGTGGTGT
1 GGTGGTGGTGTTAAGTCTGTTGGAGGAGGTGCTCGTGGTGGATTCCTAGGAGGTGGACGTGGTGT
*
767 CGAATTATTTGAAGGCGGAGGT
66 CGAGTTATTTGAAGGCGGAGGT
**
789 GGTGGTGGTGTGGAGTCTGTTGGAGG
1 GGTGGTGGTGTTAAGTCTGTTGGAGG
815 TGGTTGTGGG
Statistics
Matches: 164, Mismatches: 28, Indels: 34
0.73 0.12 0.15
Matches are distributed among these distances:
86 5 0.03
87 84 0.51
88 3 0.02
89 2 0.01
94 2 0.01
95 3 0.02
96 60 0.37
97 5 0.03
ACGTcount: A:0.12, C:0.08, G:0.47, T:0.32
Consensus pattern (87 bp):
GGTGGTGGTGTTAAGTCTGTTGGAGGAGGTGCTCGTGGTGGATTCCTAGGAGGTGGACGTGGTGT
CGAGTTATTTGAAGGCGGAGGT
Found at i:630 original size:27 final size:26
Alignment explanation
Indices: 600--691 Score: 112
Period size: 27 Copynumber: 3.4 Consensus size: 26
590 ATTTGAAGGC
*
600 GGAGGTGGTGGTGGTGTTGAGTCTGTT
1 GGAGGTGGTGGTGGTGGTGAGT-TGTT
* * *
627 GGAGGTGGTGGCGATGGTGAGTTCCTT
1 GGAGGTGGTGGTGGTGGTGAGTT-GTT
654 GGAGGTGGTGGTGGTGGTGAGTTTGTT
1 GGAGGTGGTGGTGGTGGTGAG-TTGTT
*
681 GGTGGTGGTGG
1 GGAGGTGGTGG
692 GTTCCTTAGT
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 8, Indels: 4
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
26 1 0.02
27 52 0.95
28 2 0.04
ACGTcount: A:0.08, C:0.04, G:0.54, T:0.34
Consensus pattern (26 bp):
GGAGGTGGTGGTGGTGGTGAGTTGTT
Found at i:661 original size:135 final size:134
Alignment explanation
Indices: 324--663 Score: 423
Period size: 135 Copynumber: 2.5 Consensus size: 134
314 TTGGTTCCTT
* * * * *
324 GGAGGTGGTGGCGATGTTGAGTTTGTTGGAGTTGGTGGTGGCGGTGAGATCCTTAGTGGAGGTGG
1 GGAGGTGGTGGTGGTGTTGAGTCTGTTGGAGGTGGTGGT-G-GGTGAGTTCC-T--TGGA-G-GG
*
389 TGGTGTTAATTCTGTTGGAGGAGGTGCTCGTGGTGGATTCCTAGGAGGTGGACGTGGTGTTGAGT
59 TGGTGTTAATTCTGTTGGAGGAGGTGCTCGTGGTGGATTCCTAGGAGGTGGACGTGGTGTCGAGT
454 TATTTGAACCC
124 TATTTGAACCC
* * * *** *
465 GGAGGTGGTGATGGTGTTAAGTCTGTTAGAGGTGGTGGTGGGTTCCTT-GTTGGAGGTGGTGGTG
1 GGAGGTGGTGGTGGTGTTGAGTCTGTTGGAGGTGGTGGTGGGTGAGTTCCTTGGA-G-GGTGGTG
529 TTAATTCTGTTGGAGGAGGTGCTCGTGGTGGATTCCTAGGAGGTGGACGTGGTGTCGAGTTATTT
64 TTAATTCTGTTGGAGGAGGTGCTCGTGGTGGATTCCTAGGAGGTGGACGTGGTGTCGAGTTATTT
**
594 GAAGGC
129 GAACCC
*
600 GGAGGTGGTGGTGGTGTTGAGTCTGTTGGAGGTGGTGGCGATGGTGAGTTCCTTGGA-GGTGGTG
1 GGAGGTGGTGGTGGTGTTGAGTCTGTTGGAGGTGGTGGTG--GGTGAGTTCCTTGGAGGGTGGTG
664 GTGGTGGTGA
Statistics
Matches: 173, Mismatches: 23, Indels: 12
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
135 125 0.72
137 6 0.03
138 5 0.03
139 4 0.02
140 1 0.01
141 32 0.18
ACGTcount: A:0.13, C:0.08, G:0.46, T:0.33
Consensus pattern (134 bp):
GGAGGTGGTGGTGGTGTTGAGTCTGTTGGAGGTGGTGGTGGGTGAGTTCCTTGGAGGGTGGTGTT
AATTCTGTTGGAGGAGGTGCTCGTGGTGGATTCCTAGGAGGTGGACGTGGTGTCGAGTTATTTGA
ACCC
Found at i:813 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 783--1110 Score: 92
Period size: 27 Copynumber: 11.7 Consensus size: 27
773 ATTTGAAGGC
783 GGAGGTGGTGGTGGTGTGGAGTCTGTT
1 GGAGGTGGTGGTGGTGTGGAGTCTGTT
* * * *
810 GGAGGTGGTTGTGGGGGTGG-GTTTCTT
1 GGAGGTGGTGGT-GGTGTGGAGTCTGTT
* * ** * *
837 GGTGGAGGTGGTGGTGTTAATTCAGTT
1 GGAGGTGGTGGTGGTGTGGAGTCTGTT
* * * * * *
864 GGAGGAGGTGCTCGTGGTGGATTC-CTA
1 GGAGGTGGTGGTGGT-GTGGAGTCTGTT
** * *
891 GGAGGTGGACGTGGTGTCGAGT-TATTT
1 GGAGGTGGTGGTGGTGTGGAGTCT-GTT
918 GAAGGCGGAGGTGGTGGTGGTGTGGAGTCTGTT
1 ----G--GAGGTGGTGGTGGTGTGGAGTCTGTT
* * *
951 GGAGGTGGTGGTGGGGGTGG-GTTTCTT
1 GGAGGTGGTGGT-GGTGTGGAGTCTGTT
* * ** * *
978 GGTGGAGGTGGTGGTGTTAATTCAGTT
1 GGAGGTGGTGGTGGTGTGGAGTCTGTT
* * * * * *
1005 GGAGGAGGTGCTCGTGGTGGATTC-CTA
1 GGAGGTGGTGGTGGT-GTGGAGTCTGTT
** * *
1032 GGAGGTGGACGTGGTGTCGAGT-TATTT
1 GGAGGTGGTGGTGGTGTGGAGTCT-GTT
1059 GAAGGCGGAGGTGGTGGTGGTGTGGAGTCTGTT
1 ------GGAGGTGGTGGTGGTGTGGAGTCTGTT
*
1092 GGAGGTGGTGGTGGGGTGG
1 GGAGGTGGTGGTGGTGTGG
1111 GTTTCTTGGT
Statistics
Matches: 210, Mismatches: 67, Indels: 48
0.65 0.21 0.15
Matches are distributed among these distances:
26 18 0.09
27 123 0.59
28 24 0.11
29 1 0.00
31 1 0.00
33 41 0.20
34 2 0.01
ACGTcount: A:0.11, C:0.06, G:0.51, T:0.31
Consensus pattern (27 bp):
GGAGGTGGTGGTGGTGTGGAGTCTGTT
Found at i:849 original size:183 final size:184
Alignment explanation
Indices: 495--852 Score: 585
Period size: 183 Copynumber: 1.9 Consensus size: 184
485 GTCTGTTAGA
495 GGTGGTGGTGGGTTCCTTGTTGGAGGTGGTGGTGTTAATTCTGTTGGAGGAGGTGCTCGTGGTGG
1 GGTGGTGGTGGGTTCCTTGTTGGA-G-GGTGGTGTTAATTCTGTTGGAGGAGGTGCTCGTGGTGG
* *
560 ATTCCTAGGAGGTGGACGTGGTGTCGAGTTATTTGAAGGCGGAGGTGGTGGTGGTGTTGAGTCTG
64 ATTCCTAGGAGGTGGACGTGGTGTCGAATTATTTGAAGGCGGAGGTGGTGGTGGTGTGGAGTCTG
* *
625 TTGGAGGTGGTGGCGATGGTGAGTTCCTTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGAGTTTGTT
129 TTGGAGGTGGTGGCGAGGGTGAGTTCCTTGGAGGAGGTGGTGGTGGTGAGTTTGTT
681 GGTGGTGGTGGGTTCCTTAG-TGGA-GGTGGTGTTAATTCTGTTGGAGGAGGTGCTCGTGGTGGA
1 GGTGGTGGTGGGTTCCTT-GTTGGAGGGTGGTGTTAATTCTGTTGGAGGAGGTGCTCGTGGTGGA
744 TTCCTAGGAGGTGGACGTGGTGTCGAATTATTTGAAGGCGGAGGTGGTGGTGGTGTGGAGTCTGT
65 TTCCTAGGAGGTGGACGTGGTGTCGAATTATTTGAAGGCGGAGGTGGTGGTGGTGTGGAGTCTGT
* * * * * *
809 TGGAGGTGGTTGTGGGGGTGGGTTTCTTGGTGGAGGTGGTGGTG
130 TGGAGGTGGTGGCGAGGGTGAGTTCCTTGGAGGAGGTGGTGGTG
853 TTAATTCAGT
Statistics
Matches: 161, Mismatches: 10, Indels: 5
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
183 138 0.86
186 22 0.14
187 1 0.01
ACGTcount: A:0.11, C:0.07, G:0.49, T:0.33
Consensus pattern (184 bp):
GGTGGTGGTGGGTTCCTTGTTGGAGGGTGGTGTTAATTCTGTTGGAGGAGGTGCTCGTGGTGGAT
TCCTAGGAGGTGGACGTGGTGTCGAATTATTTGAAGGCGGAGGTGGTGGTGGTGTGGAGTCTGTT
GGAGGTGGTGGCGAGGGTGAGTTCCTTGGAGGAGGTGGTGGTGGTGAGTTTGTT
Found at i:866 original size:141 final size:141
Alignment explanation
Indices: 680--1956 Score: 978
Period size: 141 Copynumber: 9.0 Consensus size: 141
670 GTGAGTTTGT
* * * *
680 TGGTGGTGGTGGGTTCCTTAGTGGA---GGTGGTGTTAATTCTGTTGGAGGAGGTGCTCGTGGTG
1 TGGTGGGGGTGGGTTTCTTGGTGGAGGTGGTGGTGTTAATTCAGTTGGAGGAGGTGCTCGTGGTG
*
742 GATTCCTAGGAGGTGGACGTGGTGTCGAATTATTTGAAGGCGGAGGTGGTGGTGGTGTGGAGTCT
66 GATTCCTAGGAGGTGGACGTGGTGTCGAGTTATTTGAAGGCGGAGGTGGTGGTGGTGTGGAGTCT
807 GTTGGAGGTGG
131 GTTGGAGGTGG
*
818 TTGTGGGGGTGGGTTTCTTGGTGGAGGTGGTGGTGTTAATTCAGTTGGAGGAGGTGCTCGTGGTG
1 TGGTGGGGGTGGGTTTCTTGGTGGAGGTGGTGGTGTTAATTCAGTTGGAGGAGGTGCTCGTGGTG
883 GATTCCTAGGAGGTGGACGTGGTGTCGAGTTATTTGAAGGCGGAGGTGGTGGTGGTGTGGAGTCT
66 GATTCCTAGGAGGTGGACGTGGTGTCGAGTTATTTGAAGGCGGAGGTGGTGGTGGTGTGGAGTCT
948 GTTGGAGGTGG
131 GTTGGAGGTGG
959 TGGTGGGGGTGGGTTTCTTGGTGGAGGTGGTGGTGTTAATTCAGTTGGAGGAGGTGCTCGTGGTG
1 TGGTGGGGGTGGGTTTCTTGGTGGAGGTGGTGGTGTTAATTCAGTTGGAGGAGGTGCTCGTGGTG
1024 GATTCCTAGGAGGTGGACGTGGTGTCGAGTTATTTGAAGGCGGAGGTGGTGGTGGTGTGGAGTCT
66 GATTCCTAGGAGGTGGACGTGGTGTCGAGTTATTTGAAGGCGGAGGTGGTGGTGGTGTGGAGTCT
1089 GTTGGAGGTGG
131 GTTGGAGGTGG
*
1100 TGGT-GGGGTGGGTTTCTTGGTGGAGGAGGTGGTGTTAATTCAGTTGGAGGAGGTGCTCGTGGTG
1 TGGTGGGGGTGGGTTTCTTGGTGGAGGTGGTGGTGTTAATTCAGTTGGAGGAGGTGCTCGTGGTG
* * ** * *
1164 GATTCCTAGGAGGTGGACGTGGTGTCGAGTTATTTGTAGGCGGAGGTGGT-GTAGAAT-TA-TTT
66 GATTCCTAGGAGGTGGACGTGGTGTCGAGTTATTTGAAGGCGGAGGTGGTGGTGGTGTGGAGTCT
** * *
1226 GAAGGCGGAGG
131 GTTGGAGGTGG
* * * * * * * * * * *
1237 TGGTGGCGGTGTTGAGTCTGTTGGAGGTGGTGGTGGAGGTGGATTTC--TTGGTGGAGGTGGTGG
1 TGGTGG-GG-G-TGGGTTTCTTGGTGGAGGTGGTGG-TGT-TAATTCAGTTGGAGGAGGTGCTCG
** * ** ** * * * * *
1300 T-GTTAATTCAGTTGGAGGAGGTGCTCGTGGTG--GA-TTCCTAGGAGGTGGACGTGGTGTTGAG
61 TGGTGGATTC--CT--AGGAGGTGGACGTGGTGTCGAGTTATTTGAAGGCGGAGGTGGTGGTG-G
* **
1361 T-T--A-TTTGAAGGCGGAGGTGG
121 TGTGGAGTCT---GTTGGAGGTGG
* * * * * * * * *** * *
1381 TGGTGGTGTTGAGTCTGTTGGAGGTGGTGGTGGGGGTGGGTTTC--TTGGTGGAGGTGGT-G-GA
1 TGGTGGGGGTGGGTTTCTTGGTGGAGGTGGT-GGTGT-TAATTCAGTTGGAGGAGGTGCTCGTG-
** * ** * * * *
1442 GTTAATTCTGTAGGAGGAGGTGCTCGTGGTG--GA-TT-TCTAGGAGGTGGACGTGGT-GTCGAG
63 GTGGATTC-CT---AGGAGGTGGACGTGGTGTCGAGTTAT-TTGAAGGCGGAGGTGGTGGT-G-G
* * * ** *
1502 TTATTTGAAGGC-GGAGGTGGTGG
121 ---TGTGGAGTCTGTTGGAGGTGG
* * * * * * * * * *
1525 TGGTGGCGGCGGGTTTCTTGGAGGTGGTGGTGGTGTCAATTCTGTTGGAGGAGGTGGTGGCGATG
1 TGGTGGGGGTGGGTTTCTTGGTGGAGGTGGTGGTGTTAATTCAGTTGGAGGAGGTGCTCGTGGTG
* * * * * * *
1590 GGTTCCTTGGAGGTGGACGT-GTAGTCGAGTTATTTGAAAGTGTAGGTGGTGGTGGTGTTGAATC
66 GATTCCTAGGAGGTGGACGTGGT-GTCGAGTTATTTGAAGGCGGAGGTGGTGGTGGTGTGGAGTC
1654 TGTTGGAGGTGG
130 TGTTGGAGGTGG
* * * * * * * *
1666 CGGTGGCGTTGGGTTCCTTGGTGGGGGTGGTGGTGTTAATTCCGTTGGAGGAGGTGGTGGTGGTG
1 TGGTGGGGGTGGGTTTCTTGGTGGAGGTGGTGGTGTTAATTCAGTTGGAGGAGGTGCTCGTGGTG
* * *
1731 GATTCCTTGGAGGTGGACGTGGTGTAGAGTTACTTGAAGG-GGAAGGTGGTGGTGGTGGTGTTGA
66 GATTCCTAGGAGGTGGACGTGGTGTCGAGTTATTTGAAGGCGG-AGGTGGTGGTGGT-GTG--GA
1795 GTCTGTTGGAGGTGG
127 GTCTGTTGGAGGTGG
** * * * * * ** * * *
1810 TGGTGACGGTGGGTTCCTTGGAGGTGGTGGTGGTGTTGAGTGTGTTGGA-GATGGTGGTGGCGGT
1 TGGTGGGGGTGGGTTTCTTGGTGGAGGTGGTGGTGTTAATTCAGTTGGAGGA-GGTGCTCGTGGT
* * * * * **
1874 GGGTTCCTTGGATGTGGACGTGGTGTCGAGTTATTTGAAGGC-GATAGTGGTGGAGGTGTTAAGT
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1938 CTGTTGGAGGTGG
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GTTGGAGGTGG
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* *
924 GGAGGTGGTGGT-GGTGT-GGAGTC-TGTT
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**
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GGAGGTGGTGGTGGGGGTGGGAGTCTTGGT
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1055 ATTTGAAGGC
* *
1065 GGAGGTGGTGGTGGTGTGGAGTCTGTT
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*
1121 GGAGGAGGTGGTG
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Statistics
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GGAGGTGGTGGTGGGGTGGAGTCTGGT
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1172 GGAGGTGGAC
* * *
1182 GTGGTGTCGAGTTATTTGTAGGCGGAG
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GTGGTGTAGAATTATTTGAAGGCGGAG
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1032 GGAGGTGGAC
* * *
1042 GTGGTGTCGAGTTATTTGAAGGCGGAGGTGGTGGTGGTGTGGAGTCTGTTGGAGGTGGTGGTGGG
1 GTGGTGTAGAATTATTTGAAGGCGGAGGTGGTGGCGGTGTGGAGTCTGTTGGAGGTGGTGGTGGG
*
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*
1172 GGAGGTGGACGTGGTGTCGAGTTATTTGTAGGCGGAG
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*
1209 GTGGTGTAGAATTATTTGAAGGCGGAGGTGGTGGCGGTGTTGAGTCTGTTGGAGGTGGTGGTGGA
1 GTGGTGTAGAATTATTTGAAGGCGGAGGTGGTGGCGGTGTGGAGTCTGTTGGAGGTGGTGGTGG-
*
1274 GGTGGATTTCTTGGTGGAGGTGGTGGTGTTAATTCAGTTGGAGGAGGTGCTCGTGGTGGATTCCT
65 GGTGGATTTCTTGGTGGAGGAGGTGGTGTTAATTCAGTTGGAGGAGGTGCTCGTGGTGGATTCCT
*
1339 AGGAGGTGGACGTGGTGTTGAGTTATTTGAAGGCGGAG
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GGAGGTGGACGTGGTGTCGAGTTATTTGAAGGCGGAG
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1118 GGTGGAGGAG
1128 GTGGTGTTAATTCAGTTGGAGGAGGTGCTCGTGGTGGATTCCTAGGAGGTGGAC
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* * * * * * * * * ** **
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* * * * * * * * * * * * **
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1 GTGGTGTTAATTCAGTTGGAGGAGGTGCTCGTGGTGGATTCCTAGGAGGTGGAC
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Statistics
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GTGGTGTTAATTCAGTTGGAGGAGGTGCTCGTGGTGGATTCCTAGGAGGTGGAC
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1330 TGGATTCCTA
** *
1340 GGAGGTGGACGTGGTGTTGAGTTATTTGAAGGC
1 GGAGGTGGGGGTGGTGTTGAGTTAGTTGAAGGC
* * *
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*
1406 GGTGGTGGGGGTGG
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Statistics
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1363 ATTTGAAGGC
* * *
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* *
1400 GGAGGTGGTGGTGGGGGTGGGTTTCTT
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* *
1427 GGTGGAGGTGGTGG
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1441 AGTTAATTCT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 7, Indels: 0
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GGAGGTGGTGGTGGGGGTGAGTCTCTT
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1055 ATTTGAAGGC
* *
1065 GGAGGTGGTGGT-GGTGTGGAGTCTGTTGGAGGTGGTGGTGG-GGTGGGTTTCTTGGTGGAGGAG
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* *
1193 TTATTTGTAGGCGGAGGTGGTGTAGAATTATTTGAA
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* * *
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* *
1294 TGGTGGTGTTAATTCAGTTGGAGGAGGTGCTCGTGGTGGATTCCTAGGAGGTGGACGTGGTGTTG
63 AGGTGGTGTTAATTCAGTTGGAGGAGGTGCTCGTGGTGGATTCCTAGGAGGTGGACGTGGTGTCG
* ** **
1359 AGTTATTTGAAGGCGGAGGTGGTGGTGGTGTTGAGTCTGTT
128 AGTTATTTGAAGGCGGAGGTGGT-GTAGAATT-A-TCTGAA
* * * *
1400 GGAGGTGGTGGTGGGGGTGGGTTTCTTGGTGGAGGTGGTGGAG
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1443 TTAATTCTGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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165 1 0.01
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TATTTGAAGGCGGAGGTGGTGTAGAATTATCTGAA
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1393 GTCTGTTGGA
* * * *
1403 GGTGGTGGTGGGGGTGGGTTTCTTGGTGGAGGTGGTGGAGTTAATTCTGTAGGAGGAGGTGCTCG
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* * * *
1468 TGGTGGATTTCTAGGAGGTGGACGTGGT-GTCGAGTTATTTGAAGGCGGAGGT
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* * * * *
1520 GGTGGTGGTGGCGGCGGGTTTCTTGGAGGTGGTGGTGGTGTCAATTCTGTTGGAGGAGGTGGTGG
1 GGTGGTGGTGGCGGCGGGTTTCTTGGAGGAGGTGGTGGAGTCAATTCTGTAGGAGGAGGTGCTCG
* * * *
1585 CGATGGGTTCCTTGGAGGTGGACGTGTAGTCGAGTTATTTGAAAGTGTAGGT
66 CGATGGATTCCTAGGAGGTGGACGTGTAGTCGAGTTATTTGAAAGCGGAGGT
1637 GGTGGTGGTG
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1647 TTGAATCTGT
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 17, Indels: 2
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116 2 0.02
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Indices: 1427--1671 Score: 246
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1417 TGGGTTTCTT
* * * *
1427 GGTGGAGGTGGTGGAGTTAATTCTGTAGGAGGAGGTGCTCGTGGTGGATTTCTAGGAGGTGGACG
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* ** *
1492 TGGTGTCGAGTTATTTGAAGGCGGAGGTGGTGGTGGTGGCGGCGGGTTTCTTGGA
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* * * * * *
1547 GGT--GGTGGTGGTGTCAATTCTGTTGGAGGAGGTGGTGGCGATGGGTTCCTTGGAGGTGGACGT
1 GGTGGGGTGGTGGAGTCAATTCTGTAGGAGGAGGTGCTCGCGATGGATTCCTAGGAGGTGGACGT
* * ** *
1610 -GTAGTCGAGTTATTTGAAAGTGTAGGTGGTGGTGGT-GTTGAATCTGTTGGA
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1 GGTGG-GGTGG
1672 CGTTGGGTTC
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 19, Indels: 11
0.77 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
114 12 0.12
116 2 0.02
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GGTGTCGAGTTATTTGAAAGCGGAGGTGGTGGTGGTGGGCGAATCTCTTGGA
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1623 TTGAAAGTGT
* *
1633 AGGTGGTGGTGGTGTT-GAATCTGTTGG
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* * *
1660 AGGTGGCGGTGGCGTTGGGTTCCTTGG
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* * *
1687 TGGGGGTGGTGGTGTT-AATTCCGTTGG
1 AGGTGGTGGTGGTGTTGGATTCC-TTGG
* *
1714 AGGAGGTGGTGGTGGTGGATTCCTTGG
1 AGGTGGTGGTGGTGTTGGATTCCTTGG
** * *
1741 AGGTGGACGTGGTG-TAGAGTTACTTGAAGGGG
1 AGGTGGTGGTGGTGTTGGA-TTCCTT-----GG
* * *
1773 AAGGTGGTGGTGGTGGTGTTGAGTCTGTTGG
1 -AGGTGGTGGTGGT-GT-TGGATTC-CTTGG
** * *
1804 AGGTGGTGGTGACGGTGGGTTCCTTGG
1 AGGTGGTGGTGGTGTTGGATTCCTTGG
*
1831 AGGTGGTGGTGGTGTT-GAGTGT-GTTGG
1 AGGTGGTGGTGGTGTTGGA-T-TCCTTGG
* * * *
1858 AGATGGTGGTGGCGGTGGGTTCCTTGG
1 AGGTGGTGGTGGTGTTGGATTCCTTGG
* **
1885 ATGTGGACGTGGTGT
1 AGGTGGTGGTGGTGT
1900 CGAGTTATTT
Statistics
Matches: 173, Mismatches: 49, Indels: 36
0.67 0.19 0.14
Matches are distributed among these distances:
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32 2 0.01
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AGGTGGTGGTGGTGTTGGATTCCTTGG
Found at i:1713 original size:54 final size:54
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1627 AAGTGTAGGT
* * * *
1637 GGTGGTGGTGTTGAATCTGTTGGAGGTGGCGGTGGCGTTGGGTTCCTTGGTGGG
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* *
1691 GGTGGTGGTGTT-AATTCCGTTGGAGGAGGTGGTGGTGGTGGATTCCTTGG
1 GGTGGTGGTGTTGAA-TCCGTTGGAGGAGGCGGTGGCGGTGGATTCCTTGG
1741 AGGTGGACGT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 6, Indels: 2
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
53 2 0.05
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GGTGGTGGTGTTGAATCCGTTGGAGGAGGCGGTGGCGGTGGATTCCTTGGTGGG
Found at i:1753 original size:54 final size:54
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Indices: 1641--1755 Score: 124
Period size: 54 Copynumber: 2.1 Consensus size: 54
1631 GTAGGTGGTG
* * * * * **
1641 GTGGTGTTGAATCTGTTGGAGGTGGCGGTGGCGTTGGGTTCCTTGGTGGGGGTG
1 GTGGTGTTGAATCCGTTGGAGGAGGCGGTGGCGGTGGATTCCTTGGAGGGGGAC
* * *
1695 GTGGTGTT-AATTCCGTTGGAGGAGGTGGTGGTGGTGGATTCCTTGGAGGTGGAC
1 GTGGTGTTGAA-TCCGTTGGAGGAGGCGGTGGCGGTGGATTCCTTGGAGGGGGAC
1749 GTGGTGT
1 GTGGTGT
1756 AGAGTTACTT
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 10, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
53 2 0.04
54 48 0.96
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GTGGTGTTGAATCCGTTGGAGGAGGCGGTGGCGGTGGATTCCTTGGAGGGGGAC
Found at i:1791 original size:90 final size:90
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Indices: 1685--1850 Score: 233
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1675 TGGGTTCCTT
* **
1685 GGTGGGGGTGGTGGTGTTAATTCCGTTGGAGGAGGTGGTGGTGGTGGATTCCTTGGAGGTGGACG
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66 TGGTGTAGAGTTACTTGAAGGGGAA
* * * * * **
1775 GGTGGTGGTGGTGGTGTTGAGTCTGTTGGAGGTGGTGGTGACGGTGGGTTCCTTGGAGGTGGTGG
1 GGTGGGGGTGGTGGTGTTAAGTCCGTTGGAGGAGGTGGTGACGGTGGATTCCTTGGAGGTGGACG
*
1840 TGGTGTTGAGT
66 TGGTGTAGAGT
1851 GTGTTGGAGA
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 11, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
90 65 1.00
ACGTcount: A:0.11, C:0.06, G:0.51, T:0.31
Consensus pattern (90 bp):
GGTGGGGGTGGTGGTGTTAAGTCCGTTGGAGGAGGTGGTGACGGTGGATTCCTTGGAGGTGGACG
TGGTGTAGAGTTACTTGAAGGGGAA
Found at i:1836 original size:54 final size:54
Alignment explanation
Indices: 1778--2041 Score: 219
Period size: 54 Copynumber: 4.7 Consensus size: 54
1768 AGGGGAAGGT
1778 GGTGGTGGTGGTGTTGAGTCTGTTGGAGGTGGTGGTGACGGTGGGTTCCTTGGA
1 GGTGGTGGTGGTGTTGAGTCTGTTGGAGGTGGTGGTGACGGTGGGTTCCTTGGA
* * *
1832 GGTGGTGGTGGTGTTGAGTGTGTTGGAGATGGTGGTGGCGGTGGGTTCCTTGGA
1 GGTGGTGGTGGTGTTGAGTCTGTTGGAGGTGGTGGTGACGGTGGGTTCCTTGGA
* ** * * * * * *
1886 TGTGGACGTGGTGTCGAGT-TATTTGAAGGCGATAGTGGTGGA-GGT-GTTAAGTCTGTTGGA
1 GGTGGTGGTGGTGTTGAGTCT-GTTGGA-G-G-TGGTGGT-GACGGTGGGT---TC-CTTGGA
* * * *
1946 GGTGGTGGTGGTGTTAATTCTGTTGGAGGAGGTGGTGGCGGTGGGTTCCTTGGTGGA
1 GGTGGTGGTGGTGTTGAGTCTGTTGGAGGTGGTGGTGACGGTGGGTTCC-T--TGGA
* * * *
2003 TGTGGTGGTGGTGTTGAGTCTTTTGGGGGTGGAGGTGAC
1 GGTGGTGGTGGTGTTGAGTCTGTTGGAGGTGGTGGTGAC
2042 ATCGAATTCG
Statistics
Matches: 160, Mismatches: 35, Indels: 27
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
53 1 0.01
54 70 0.44
55 4 0.03
56 3 0.02
57 52 0.32
58 4 0.03
59 3 0.02
60 22 0.14
61 1 0.01
ACGTcount: A:0.10, C:0.06, G:0.50, T:0.34
Consensus pattern (54 bp):
GGTGGTGGTGGTGTTGAGTCTGTTGGAGGTGGTGGTGACGGTGGGTTCCTTGGA
Found at i:1842 original size:258 final size:258
Alignment explanation
Indices: 1282--1814 Score: 701
Period size: 258 Copynumber: 2.1 Consensus size: 258
1272 GAGGTGGATT
* * * ** * * * * *
1282 TCTTGGTGGAGGTGGTGGTGTTAATTCAGTTGGAGGAGGTGCTCGTGGTGGATTCCTAGGAGGTG
1 TCTTGGAGGTGGTGGTGGTGTCAATTCTCTTGGAGGAGGTGGTGGCGATGGGTTCCTAGGAGGTG
* * * *
1347 GACGTGGTGTTGAGTTATTTGAAGGCGGAGGTGGTGGTGGTGTTGAGTCTGTTGGAGGTGGTGGT
66 GACGTGGTGTCGAGTTATTTGAAAGCGGAGGTGGTGGTGGTGTTGAATCTGTTGGAGGTGGCGGT
* * *
1412 GGGGGTGGGTTTCTTGGTGGAGGTGGTGGAGTTAATTCTGTAGGAGGAGGTGCTCGTGGTGGATT
131 GGCGGTGGGTTCCTTGGTGGAGGTGGTGGAGTTAATTCCGTAGGAGGAGGTGCTCGTGGTGGATT
* * * * *
1477 TCTAGGAGGTGGACGTGGTGTCGAGTTATTTGAAGGCGGAGGTGGTGGTGGTGGCGGCGGGTT
196 CCTAGGAGGTGGACGTGGTGTAGAGTTACTTGAAGGCGGAGGTGGTGGTGGTGGCGGCGAGTC
* *
1540 TCTTGGAGGTGGTGGTGGTGTCAATTCTGTTGGAGGAGGTGGTGGCGATGGGTTCCTTGGAGGTG
1 TCTTGGAGGTGGTGGTGGTGTCAATTCTCTTGGAGGAGGTGGTGGCGATGGGTTCCTAGGAGGTG
* *
1605 GACGT-GTAGTCGAGTTATTTGAAAGTGTAGGTGGTGGTGGTGTTGAATCTGTTGGAGGTGGCGG
66 GACGTGGT-GTCGAGTTATTTGAAAGCGGAGGTGGTGGTGGTGTTGAATCTGTTGGAGGTGGCGG
* * * * * *
1669 TGGCGTTGGGTTCCTTGGTGGGGGTGGTGGTGTTAATTCCGTTGGAGGAGGTGGTGGTGGTGGAT
130 TGGCGGTGGGTTCCTTGGTGGAGGTGGTGGAGTTAATTCCGTAGGAGGAGGTGCTCGTGGTGGAT
* * **
1734 TCCTTGGAGGTGGACGTGGTGTAGAGTTACTTGAAGG-GGAAGGTGGTGGTGGTGGTGTTGAGTC
195 TCCTAGGAGGTGGACGTGGTGTAGAGTTACTTGAAGGCGG-AGGTGGTGGTGGTGGCGGCGAGTC
*
1798 TGTTGGAGGTGGTGGTG
1 TCTTGGAGGTGGTGGTG
1815 ACGGTGGGTT
Statistics
Matches: 238, Mismatches: 35, Indels: 4
0.86 0.13 0.01
Matches are distributed among these distances:
257 4 0.02
258 234 0.98
ACGTcount: A:0.13, C:0.07, G:0.48, T:0.32
Consensus pattern (258 bp):
TCTTGGAGGTGGTGGTGGTGTCAATTCTCTTGGAGGAGGTGGTGGCGATGGGTTCCTAGGAGGTG
GACGTGGTGTCGAGTTATTTGAAAGCGGAGGTGGTGGTGGTGTTGAATCTGTTGGAGGTGGCGGT
GGCGGTGGGTTCCTTGGTGGAGGTGGTGGAGTTAATTCCGTAGGAGGAGGTGCTCGTGGTGGATT
CCTAGGAGGTGGACGTGGTGTAGAGTTACTTGAAGGCGGAGGTGGTGGTGGTGGCGGCGAGTC
Found at i:1956 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 1920--1988 Score: 88
Period size: 27 Copynumber: 2.4 Consensus size: 29
1910 GAAGGCGATA
*
1920 GTGGTGGAGGTGTTAAGTCTGTTGGAGGTG
1 GTGGTGG-GGTGTTAAGTCTGTTGGAGGAG
*
1950 GTGGT--GGTGTTAATTCTGTTGGAGGAG
1 GTGGTGGGGTGTTAAGTCTGTTGGAGGAG
1977 GTGGTGGCGGTG
1 GTGGTGG-GGTG
1989 GGTTCCTTGG
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 2, Indels: 6
0.81 0.05 0.14
Matches are distributed among these distances:
27 25 0.74
30 9 0.26
ACGTcount: A:0.12, C:0.04, G:0.51, T:0.33
Consensus pattern (29 bp):
GTGGTGGGGTGTTAAGTCTGTTGGAGGAG
Found at i:1981 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 1922--1983 Score: 97
Period size: 27 Copynumber: 2.3 Consensus size: 27
1912 AGGCGATAGT
* *
1922 GGTGGAGGTGTTAAGTCTGTTGGAGGT
1 GGTGGTGGTGTTAAGTCTGTTGGAGGA
*
1949 GGTGGTGGTGTTAATTCTGTTGGAGGA
1 GGTGGTGGTGTTAAGTCTGTTGGAGGA
1976 GGTGGTGG
1 GGTGGTGG
1984 CGGTGGGTTC
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 32 1.00
ACGTcount: A:0.13, C:0.03, G:0.50, T:0.34
Consensus pattern (27 bp):
GGTGGTGGTGTTAAGTCTGTTGGAGGA
Found at i:2009 original size:144 final size:140
Alignment explanation
Indices: 1577--2013 Score: 413
Period size: 144 Copynumber: 3.1 Consensus size: 140
1567 TGTTGGAGGA
* * *
1577 GGTGGTGGCGATGGGTTCCTTGGAGGTGGACGT-GTAGTCGAGTTATTTGAAAGTG-TAGGTGGT
1 GGTGGTGGCGGTGGGTTCCTTGGAGGTGGACGTGGT-GTCGAGTTATTTGAAGGCGATA-GTGGT
* * * * *
1640 GGTGGTGTTGAA-TCTGTTGGAGGTGGCGGTGGCGTTGGGTTCCTTGGTGGGGGTGGTGGTGTTA
64 GGTGGTGTT-AAGTCTGTTGGAGGTGGTGGTGG-GTT-GGTTCCTTGGAGGAGGTGGTGGGGTGA
* *
1704 ATTCCGTTGGAGGA--
126 GTTCC-TTGGTGGAGT
* * * * * *
1718 GGTGGTGGTGGTGGATTCCTTGGAGGTGGACGTGGTGTAGAGTTACTTGAAGGGGAAGGTGGTGG
1 GGTGGTGGCGGTGGGTTCCTTGGAGGTGGACGTGGTGTCGAGTTATTTGAAGGCG-A--TAGTGG
* * * *
1783 TGGTGGTGTTGAGTCTGTTGGAGGTGGTGGTGACGGTGGGTTCCTTGGAGGTGGTGGTGGTGTTG
63 TGGTGGTGTTAAGTCTGTTGGAGGTGGTGGTG--GGTTGGTTCCTTGGAGGAGGTGGTGG-GGTG
* *
1848 AG-T--GTGTTGGAGAT
125 AGTTCCTTGGTGGAG-T
*
1862 GGTGGTGGCGGTGGGTTCCTTGGATGTGGACGTGGTGTCGAGTTATTTGAAGGCGATAGTGGTGG
1 GGTGGTGGCGGTGGGTTCCTTGGAGGTGGACGTGGTGTCGAGTTATTTGAAGGCGATAGTGGTGG
* ** * *
1927 AGGTGTTAAGTCTGTTGGAGGTGGTGGTGGTGTTAATTCTGTTGGAGGAGGTGGTGGCGGTGGGT
66 TGGTGTTAAGTCTGTTGGAGGTGGTGGTGG-GTTGGTTC-CTTGGAGGAGGTGGTGG-GGTGAGT
1992 TCCTTGGTGGATGT
128 TCCTTGGTGGA-GT
2006 GGTGGTGG
1 GGTGGTGG
2014 TGTTGAGTCT
Statistics
Matches: 239, Mismatches: 39, Indels: 33
0.77 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
139 1 0.00
140 5 0.02
141 104 0.44
142 3 0.01
143 2 0.01
144 117 0.49
145 6 0.03
146 1 0.00
ACGTcount: A:0.12, C:0.07, G:0.49, T:0.32
Consensus pattern (140 bp):
GGTGGTGGCGGTGGGTTCCTTGGAGGTGGACGTGGTGTCGAGTTATTTGAAGGCGATAGTGGTGG
TGGTGTTAAGTCTGTTGGAGGTGGTGGTGGGTTGGTTCCTTGGAGGAGGTGGTGGGGTGAGTTCC
TTGGTGGAGT
Found at i:2100 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 2073--2136 Score: 92
Period size: 24 Copynumber: 2.7 Consensus size: 24
2063 GTTGAGTTTA
* *
2073 TTGGAGGTGGTGGTGGTCGGTTCC
1 TTGGTGGTGGTGGTGGTAGGTTCC
*
2097 TTGGTGGTGGTGGCGGTAGGTTCC
1 TTGGTGGTGGTGGTGGTAGGTTCC
*
2121 TTGGTGGTGGAGGTGG
1 TTGGTGGTGGTGGTGG
2137 ATGTTTATGG
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 5, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 35 1.00
ACGTcount: A:0.05, C:0.09, G:0.53, T:0.33
Consensus pattern (24 bp):
TTGGTGGTGGTGGTGGTAGGTTCC
Found at i:2543 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 2510--2568 Score: 100
Period size: 28 Copynumber: 2.1 Consensus size: 28
2500 ATAAATAGTT
2510 TTTTTTTAGGAAATAATATTTAATATGTA
1 TTTTTTTA-GAAATAATATTTAATATGTA
*
2539 TTTTTTTAGATATAATATTTAATATGTA
1 TTTTTTTAGAAATAATATTTAATATGTA
2567 TT
1 TT
2569 AGTATTCAAA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 1, Indels: 1
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
28 21 0.72
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ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.08, T:0.56
Consensus pattern (28 bp):
TTTTTTTAGAAATAATATTTAATATGTA
Done.