Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01016453.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig16486, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2905
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.17, T:0.36
Found at i:2077 original size:332 final size:327
Alignment explanation
Indices: 1107--2127 Score: 1152
Period size: 332 Copynumber: 3.1 Consensus size: 327
1097 ATTATGTTTC
* *
1107 AATTGAGGATAAATTTTTCGGGATAG-TTTTGCAAAATTTTGGCCGAAATCGTGTACTAACCATC
1 AATTGAGGAAAAATTTTTCGGGACAGTTTTTGCAAAATTTTGGCCGAAATCGTGTACTAACCATC
* * *
1171 ACT-GTTTTTGG-TAAAAACGCGCGTTCTAGGGCCCCGACTCAGTTTTGCTTGATTTTTGACAAC
66 A-TAGTTTTTGGCTAAAAA--CGCGTTCTA-GGCCCCGACACAGTTTTGCTT-ATTTTTGGCAGC
* * * *
1234 AAGACTCCTTAAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCCCAATGGATTTAAGAATAATT
126 AAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAG-CACAATGGATTTAAGGATAATG
* *
1299 TTTTACGAGCATCTCAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GAAAAATAGGAAAAATG
190 TTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG-AAAATA-GAAAAACG
* * * * * * *
1363 ATATTAGAAACATGAAAA-GCTCTTAAAT-TTTATTTGCGTTGAGTTATATAT-TTTCTATGAGT
253 ATATTAGAAGCGTCAAAAGGC-CTTCAATCTTT-TTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGT
1425 ATTGTGGCTAAA
316 ATTGTGGCTAAA
* * * * **
1437 AATTGAGGAAAATTTTTTCCGGACACTTTTTGCAAAATTTTGGCCGAAATCATGTACTAATTATC
1 AATTGAGGAAAAATTTTTCGGGACAGTTTTTGCAAAATTTTGGCCGAAATCGTGTACTAACCATC
* * * * * *
1502 ATAGTTTTTGACTGAAAATGCGTTCTTGTGCGCCGACACAGTTTTGCATGATTTTTGGC-GCCAA
66 ATAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTAG-GCCCCGACACAGTTTTGC-TTATTTTTGGCAG-CAA
** ** ** * * * *
1566 GTGTTATTGTAATATCTATATTCTTCTAACCAACTCTCAGCTACATTGGATTTAAGGAT-TTGTT
128 GACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGC-ACAATGGATTTAAGGATAATG-T
* *
1630 TTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGATATTAATTCGAAAAAAATTAGAAAAACG
191 TTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC--AGAAAA-TAGAAAAACG
* * * * ** * *
1695 AAAATT-GAAGCGTCTAAAGCCCTTCAGTCTTTTTGGATTTGAATTATATAT-TTTTCATGAGTG
253 -ATATTAGAAGCGTCAAAAGGCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGTA
1758 TTGTGGCTAAA
317 TTGTGGCTAAA
*
1769 AATTGAGGAAAAATTTTTCGGGACAGTTTTTGCAAGATTTTGGCCGAAATCGTGTACTAACCATC
1 AATTGAGGAAAAATTTTTCGGGACAGTTTTTGCAAAATTTTGGCCGAAATCGTGTACTAACCATC
*
1834 ATAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTAGGCTCCGACACAGTTTTGGCTTATTTTTGGCAGCAAG
66 ATAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT-CTAGGCCCCGACACAGTTTT-GCTTATTTTTGGCAGCAAG
* * *
1899 ACTCCTTAAAATATCTATTTTCATCTAATCAAATCCCAGACACAATGGATTTAAGGATAATGTTT
129 ACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAG-CACAATGGATTTAAGGATAATGTTT
1964 TACGAGCATCTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAATACGAAAAACGATAT
193 TACGAGCATCTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAATA-GAAAAACGATAT
* * * *
2029 TATAAGCGTCAAAAGGCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATATTTTTTGAATATT-T
257 TAGAAGCGTCAAAAGGCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATAT-TTTTATGAGTATTGT
* *
2093 TGCAAAA
321 GGCTAAA
* * *
2100 AATTGA-GAAATACTTTT-GGGTCAGTTTT
1 AATTGAGGAAAAATTTTTCGGGACAGTTTT
2128 CAGCCGAAAT
Statistics
Matches: 572, Mismatches: 95, Indels: 49
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
329 19 0.03
330 206 0.36
331 57 0.10
332 271 0.47
333 19 0.03
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.17, T:0.37
Consensus pattern (327 bp):
AATTGAGGAAAAATTTTTCGGGACAGTTTTTGCAAAATTTTGGCCGAAATCGTGTACTAACCATC
ATAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTAGGCCCCGACACAGTTTTGCTTATTTTTGGCAGCAAGAC
TCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCACAATGGATTTAAGGATAATGTTTTAC
GAGCATCTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAATAGAAAAACGATATTAGA
AGCGTCAAAAGGCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGTATTGTGGCTA
AA
Found at i:2890 original size:331 final size:328
Alignment explanation
Indices: 2244--2905 Score: 784
Period size: 331 Copynumber: 2.0 Consensus size: 328
2234 TTATGTTTCG
* * *
2244 ATTGAGGATAAATTTTTCGGGATAGTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAT
1 ATTGAGGATAAATTTTTCCGGACAGTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCAT
** * ** *
2309 TGTTTTTGGTAAAAACGCGCGTTCTAGGGCCCCGACTTAGTTTTGCTTGATTTTTGACAGCAAGA
66 AATTTTTGCTAAAAAC-CGCGTTCTAGGGCCCCGACACAGTTTTGCATGATTTTTGACAGCAAGA
*
2374 CTCCTTAAAATATTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGAATAATTTTTTA
130 CTCATTAAAATATTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGAATAATTTTTTA
* *
2439 CGAGCATCTCAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAATAGGAAAAATGATATTA
195 CGAGCATCTCAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAATAGGAAAAACGAAATTA
* * ** * **
2504 GAAGCCTGAAAAGCTCTTAAATTTTATTTGCGTTGATTTATATATTTTCTATGAGTTTTGTGGCT
260 GAAGCCTCAAAAGCCCTTAAATCATATTTGCGTTGAATTATATATTTTCTATGAGTGATGTGGCT
2569 AAAA
325 AAAA
*
2573 ATTGAGGA-AAATTTTTTCCGGACAGTTTTTGCAAAATTTTGGCCGAAATCATGTACTAACCATC
1 ATTGAGGATAAA-TTTTTCCGGACAG-TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATC
* * *
2637 ATAATTTTTGACTAAAAA-TGCGTTCTTGGGCCCCGACACAGTTTTTGCATGATTTTTGGC-GCC
64 ATAATTTTTG-CTAAAAACCGCGTTCTAGGGCCCCGACACAG-TTTTGCATGATTTTTGACAG-C
** ** * * * * * **
2700 AAGTGTCATTGTAATATCTATATTCTTCTAACCAACTCTCAGCTACATTGGATTTAAG-GTTTTG
126 AAGACTCATTAAAATAT-TATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGAATAAT-
* *
2764 TTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGATATTAATTCGGAAAAATTA-GAAAAA
189 TTTTTACGAGCATCTCAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG-AAAA-TAGGAAAAA
* * * *
2828 CGAAAATT-GAAGCGTCTAAAGCCCTTCAGTCAT-TTTG-GATTTGAATTATATATTTT-TATGA
252 CG-AAATTAGAAGCCTCAAAAGCCCTTAAATCATATTTGCG--TTGAATTATATATTTTCTATGA
2889 GTGATGTGGCTAAAA
314 GTGATGTGGCTAAAA
2904 AT
1 AT
Statistics
Matches: 281, Mismatches: 40, Indels: 22
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
328 3 0.01
329 39 0.14
330 76 0.27
331 114 0.41
332 43 0.15
333 6 0.02
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.17, T:0.37
Consensus pattern (328 bp):
ATTGAGGATAAATTTTTCCGGACAGTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCAT
AATTTTTGCTAAAAACCGCGTTCTAGGGCCCCGACACAGTTTTGCATGATTTTTGACAGCAAGAC
TCATTAAAATATTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGAATAATTTTTTAC
GAGCATCTCAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAATAGGAAAAACGAAATTAG
AAGCCTCAAAAGCCCTTAAATCATATTTGCGTTGAATTATATATTTTCTATGAGTGATGTGGCTA
AAA
Done.