Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01016473.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig16506, whole genome shotgun sequence
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53 TAAGAATTTT
* * * * *
63 TTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAA-ATTTCTTGAAATATCTATATTCATCTTATCAAAATCTCAG
1 TTTTGCATGATTTTTGGCG-CCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAATC-AAATCTCAG
* * * *
127 CCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTACACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATT
64 CCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTATACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATT
*
192 AATTCAGAAAAATATGAAGAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGGCGTTA
129 AATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGGCGTTA
* * *
257 AATTATATATATTTTATGGGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAGAAATTTTTCGTGTCATTTTCTA
194 AATTATATATATTTTATGGGTATTTTAGCC-AAAATTGAGGAGAAATTTTTCGGGTCATTTTTTG
* * * *
322 CAAAATTTAA-CCTGGAATCGTTTAGT-A-CATCACGGTTTTTTGCTAAAAATGCGTTTCCGGGC
258 CAAAATTTAAGCC-GAAATCGTGTACTGACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTT-CGGGC
*
384 CCCGACTTAG
321 CCCGGCTTAG
* *
394 TTTTGCATCATTTTTTGCGCCGAGGCCAAAACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAATCAAATC
1 TTTTGCATGA-TTTTTG-G-C---GCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAATCAAATC
* * * * *
459 TCAGCTACATTTGAATTTAAAGATTTGTTTTTACGAGCAT-TTGAATCTTGTTTTGATTCAATTA
60 TCAGCCACA-TTGAATTTAAGGATTTGTTTATACGAGCATCTT-AATCTTGTTTCGATTTAATTA
* * * ** * *
523 GAAATTAATTCAAAAAAATATAAAAAACGATATAAAAAGCACGAAAAGTCCTTCAA-CCTTTTTG
123 GAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTG
* * * * * * *
587 GCATTAAATTATATATATTTCATGAGTA-TTTAGTCCATAAATTAAAGAAAAAATTTTTTGGGTC
188 GCGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTTAG-CCA-AAATT-GAGGAGAAATTTTTCGGGTC
*
651 ATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC-GTA--ATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGT
250 ATTTTTTGCAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACTG-ACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCG-
* * * *
713 TTTGGGGCTCCGACTCAG
313 TTTCGGGCCCCGGCTTAG
*** * * *
731 TTTTGCATGATTTTTGGCGTTGAGATTCCTTGAAATATCTATAATAATCTAATCAAATCTCAGCC
1 TTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAATCAAATCTCAGCC
* * * *
796 ACATTGCATTTAAGGATTTGTTTATACGATCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATCAA
66 ACATTGAATTTAAGGATTTGTTTATACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA
*
861 TTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTTGGCGTTAAA
131 TTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGGCGTTAAA
* * *
926 TTATACATATTTTATGGGTATTTTAGCACAAAATTGAGGAGAAATTTTTCGCGTCATTTTCTGCA
196 TTATATATATTTTATGGGTATTTTAGC-CAAAATTGAGGAGAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCA
* *
991 AAATTTAAGCTGGAATCGTGTACTGACCATCACGG-TTTTTGACTAAAAACGCGCTTTCGGGCCC
260 AAATTTAAGCCGAAATCGTGTACTGACCATCACGGTTTTTTG-CTAAAAACGCG-TTTCGGGCCC
1055 CGGCTTAG
323 CGGCTTAG
* * * * *
1063 TTTAGAATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTCGAAATATCTATATTTATCTAATCAAATC-CCGTC
1 TTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAATCAAATCTCAGCC
* * * *
1127 ACATTTGAATTTAAGGATTTATTTTTACAAGCATCTTAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTA
66 ACA-TTGAATTTAAGGATTTGTTTATACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTA
* ** * * *
1192 ATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCACGAAAAGTCATTCAA-CCTTTTTGGCGTTAA
130 ATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGGCGTTAA
* ** * *
1256 ATTATATATATTTCATAAGTATTTTAGCCATAAATT-A--AAAAATTTTTGGGGTCATTTTTTTG
195 ATTATATATATTTTATGGGTATTTTAGCCA-AAATTGAGGAGAAATTTTTCGGGTCA-TTTTTTG
* * * * * * *
1318 CAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACTATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTTGGGGCT
258 CAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACTGACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGCCC
* *
1383 CGACTCAG
323 CGGCTTAG
**** * * *
1391 TTTTGCATGATTTTTGGCATTGAGATTCCTTGAAATATCTATAATCATCTAATCAAATCTCAGCC
1 TTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAATCAAATCTCAGCC
* * * * *
1456 ACATTGCATTCAAGGATTCGTTTATACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGTTTTAATTAGAAATTAA
66 ACATTGAATTTAAGGATTTGTTTATACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA
1521 TTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGGCGTTAAA
131 TTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGGCGTTAAA
* * *
1586 TTATATATATTTTATGGATATTTTAGCCAAAACTTGAGGAGAAATTTTTTGGGTCATTTTCTGCA
196 TTATATATATTTTATGGGTATTTTAGCCAAAA-TTGAGGAGAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCA
* * * * * *
1651 AAATTTAAGGCGGAATCGTGTACTTACCATCACGGTTTTTGGTTAAAAACGCGTTTCCGGGCCGC
260 AAATTTAAGCCGAAATCGTGTACTGACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTT-CGGGCCCC
1716 GGCTTAG
324 GGCTTAG
* * * *
1723 TTTTGTATTATTTTTTGCGCCGAGACAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAATCAAATC
1 TTTTGCATGA-TTTTTG-G-C--G-CCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAATCAAATC
* * * * * * * *
1788 TAAACTACATTTTAATTTAAAGATTTGTTTTTACGAGCAT-TTGAATCTTGTTTTGATTCAATTA
60 TCAGCCACA-TTGAATTTAAGGATTTGTTTATACGAGCATCTT-AATCTTGTTTCGATTTAATTA
* * * ** * * *
1852 GAAATTAATTCAAAAAAATATAAAAAACGATATGAAAAGCACGAAAAGTCATTCAA-CCTTTTTG
123 GAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTG
* * * * *
1916 GCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTTAGCCATAAATTAAAGAAAAATTTTT-GGGTCAT
188 GCGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTTAGCCA-AAATTGAGGAGAAATTTTTCGGGTCAT
* * * *
1980 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGTGTTTT
252 TTTTTGCAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACTGACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCG-TTT
* * *
2045 GGGGCTCCGGCTCAG
316 CGGGCCCCGGCTTAG
**** * * * *
2060 TTTTGCATGATTTTTGGCATTGAGATTCCTTGAAATATCTATAATAATCTAATAAAATCTCAGCC
1 TTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAATCAAATCTCAGCC
* *
2125 ACATTGCATTTAAGGATTTGTTTATACGATCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA
66 ACATTGAATTTAAGGATTTGTTTATACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA
* * *
2190 TTCAGAATAATATGAAAAACGATATTAAAATCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGACGTTAAA
131 TTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGGCGTTAAA
* * * *
2255 TTATACATATTTTATGGGTATTTTAGCACAAAATTGAGGAGAAAATTTTCGCGTCATTTTCTGCA
196 TTATATATATTTTATGGGTATTTTAGC-CAAAATTGAGGAGAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCA
* * * *
2320 AAATTTAAGCTGAAATCGTGTACTCACCATCACGG-TGTTTGACTAAAAACGCGCTCTCGGGCCC
260 AAATTTAAGCCGAAATCGTGTACTGACCATCACGGTTTTTTG-CTAAAAACGCG-TTTCGGGCCC
2384 CGGCTTAG
323 CGGCTTAG
* * * *
2392 TTTTGCATTATTTTTTGCACCGAGACCAAGACTCATTGAATTATCTATATTTATCTAATCAAATC
1 TTTTGCATGA-TTTTTG----GCG-CCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAATCAAATC
* * * * *
2457 TCAGCTACATTTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCAT-TTGAAACTTGTTTTGATTCAATTA
60 TCAGCCACA-TTGAATTTAAGGATTTGTTTATACGAGCATCTT-AATCTTGTTTCGATTTAATTA
* *** *
2521 GAAGTTAATTCAGAAAAATATG-AAAACGATATTAAAAGCACAAAAAGTCCTTCAA-C-TTTTT-
123 GAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTG
* * * * * *
2582 GCTGTTAAATTATATATATTTCATGGGTATTTTAGCCAAAAATTAAAGAAAAATATTTCGGATCA
188 GC-GTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTTAGCC-AAAATTGAGGAGAAATTTTTCGGGTCA
* * ** ** *
2647 TTTTTTGCAAAATTTTACCCGAAATCGTAAACT-ATATATCACGGTTTTTTTTGCTAAAAACGAG
251 TTTTTTGCAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACTGA-CCATCACGG--TTTTTTGCTAAAAACGCG
** *
2711 TTTCGAGGCTACGGCTCAG
313 TTTCG-GGCCCCGGCTTAG
* ** * *
2730 TTTTGTATGATTTTTGGCATCGAGACTCCTTGAAATATCTAT-TTTCATATTAA-CAAATCTCAG
1 TTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTT-AT-CTAATCAAATCTCAG
* * * *
2793 CCACATTGCATTTAAAGATTTCTTTATACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATT
64 CCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTATACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATT
2858 AATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGGCGTTA
129 AATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGGCGTTA
2923 AATTATATATATTTTATGGGTATTTTAGCCAAAACTTGAGGAGAAATTTTTCGGGTCATTTTTTG
194 AATTATATATATTTTATGGGTATTTTAGCCAAAA-TTGAGGAGAAATTTTTCGGGTCATTTTTTG
* * * * * * * ** *
2988 CAAAATCTAAGCTGGAATCGTGTATTGACAATCACGGATTTTGGCTAAAATTGCGTTTCGGGGCT
258 CAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACTGACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTC-GGGCC
*
3053 CAGGCTTAG
322 CCGGCTTAG
* * * * *
3062 TTTTGAATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTCGAAATATCAATATTTATCTAATCAAATCTCCGCC
1 TTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAATCAAATCTCAGCC
* * * *
3127 ACCATTTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTTGA-TTAATTAGAAA
66 A-CA-TTGAATTTAAGGATTTGTTTATACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAA
Statistics
Matches: 2325, Mismatches: 391, Indels: 156
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
328 175 0.08
329 96 0.04
330 239 0.10
331 369 0.16
332 445 0.19
333 39 0.02
334 131 0.06
335 15 0.01
336 158 0.07
337 294 0.13
338 200 0.09
339 164 0.07
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (330 bp):
TTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAATCAAATCTCAGCC
ACATTGAATTTAAGGATTTGTTTATACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA
TTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGGCGTTAAA
TTATATATATTTTATGGGTATTTTAGCCAAAATTGAGGAGAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAA
AATTTAAGCCGAAATCGTGTACTGACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGCCCCGG
CTTAG
Found at i:2228 original size:669 final size:666
Alignment explanation
Indices: 63--3188 Score: 4633
Period size: 669 Copynumber: 4.7 Consensus size: 666
53 TAAGAATTTT
* * * * * * *
63 TTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAAATTTCTTGAAATATCTATATTCATCTTATCAAAATCTCAGC
1 TTTTGCATGATTTTTGGCATTGAGATTCCTTGAAATATCTATAATAATCTAATC-AAATCTCAGC
* *
128 CACATTGCATTTAAGGATTTGTTTACACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTA
65 CACATTGCATTTAAGGATTTGTTTATACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTA
*
193 ATTCAGAAAAATATGAAGAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGGCGTTAA
130 ATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGGCGTTAA
* *
258 ATTATATATATTTTATGGGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAGAAATTTTTCGTGTCATTTTCTAC
195 ATTATATATATTTTATGGGTATTTTAGCC-AAAATTGAGGAGAAATTTTTCGCGTCATTTTCTGC
* * * * *
323 AAAATTTAACCTGGAATCGTTTA-GTA-CATCACGGTTTTTTGCTAAAAATGCGTTTCCGGGCCC
259 AAAATTTAAGCTGGAATCGTGTACTTACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCCGGGCCC
* * * *
386 CGACTTAGTTTTGCATCATTTTTTGCGCCGAGGCCAAAACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTA
324 CGGCTTAGTTTTGAATGATTTTTTGCGCCGA-GCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTA
*
451 ATCAAATCTCAGCTACATTTGAATTTAAAGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTTGAT
388 ATCAAATCTCAGCTACATTTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTTGAT
* *
516 TCAATTAGAAATTAATTCAAAAAAATATAAAAAACGATATAAAAAGCACGAAAAGTCCTTCAACC
453 TCAATTAGAAATTAATTCAAAAAAATATAAAAAACGATATGAAAAGCACGAAAAGTCATTCAACC
*
581 TTTTTGGCATTAAATTATATATATTTCATGAGTA-TTTAGTCCATAAATTAAAGAAAAAATTTTT
518 TTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTTAG-CCATAAATTAAAG-AAAAA-TTTT
645 TGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACGT-A-ATCACGGTTTTTTGCTAAAAA
580 TGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC-TAATATCACGGTTTTTTGCTAAAAA
708 CGCGTTTTGGGGCTCCGACTCAG
644 CGCGTTTTGGGGCTCCGACTCAG
*
731 TTTTGCATGATTTTTGGCGTTGAGATTCCTTGAAATATCTATAATAATCTAATCAAATCTCAGCC
1 TTTTGCATGATTTTTGGCATTGAGATTCCTTGAAATATCTATAATAATCTAATCAAATCTCAGCC
* * * *
796 ACATTGCATTTAAGGATTTGTTTATACGATCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATCAA
66 ACATTGCATTTAAGGATTTGTTTATACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA
*
861 TTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTTGGCGTTAAA
131 TTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGGCGTTAAA
*
926 TTATACATATTTTATGGGTATTTTAGCACAAAATTGAGGAGAAATTTTTCGCGTCATTTTCTGCA
196 TTATATATATTTTATGGGTATTTTAGC-CAAAATTGAGGAGAAATTTTTCGCGTCATTTTCTGCA
* *
991 AAATTTAAGCTGGAATCGTGTACTGACCATCACGGTTTTTGACTAAAAACGCGCTTT-CGGGCCC
260 AAATTTAAGCTGGAATCGTGTACTTACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCG-TTTCCGGGCCC
* *
1055 CGGCTTAGTTTAGAATGA-TTTTTG-G-C--GCCAAGACTCCTCGAAATATCTATATTTATCTAA
324 CGGCTTAGTTTTGAATGATTTTTTGCGCCGAGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAA
* * *
1115 TCAAATC-CCG-TCACATTTGAATTTAAGGATTTATTTTTACAAGCATCTT-AATCTTGTTTTGA
389 TCAAATCTCAGCT-ACATTTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCAT-TTGAATCTTGTTTTGA
* * *
1177 TTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCACGAAAAGTCATTCAAC
452 TTCAATTAGAAATTAATTCAAAAAAATATAAAAAACGATATGAAAAGCACGAAAAGTCATTCAAC
*
1242 CTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCATAAGTATTTTAGCCATAAATT--A-AAAAATTTTTG
517 CTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTTAGCCATAAATTAAAGAAAAATTTTT-
*
1304 GGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACTATCACGGTTTTTTGCTAAAAA
581 GGGTCA-TTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAA-TATCACGGTTTTTTGCTAAAAA
1369 CGCGTTTTGGGGCT-CGACTCAG
644 CGCGTTTTGGGGCTCCGACTCAG
*
1391 TTTTGCATGATTTTTGGCATTGAGATTCCTTGAAATATCTATAATCATCTAATCAAATCTCAGCC
1 TTTTGCATGATTTTTGGCATTGAGATTCCTTGAAATATCTATAATAATCTAATCAAATCTCAGCC
* * *
1456 ACATTGCATTCAAGGATTCGTTTATACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGTTTTAATTAGAAATTAA
66 ACATTGCATTTAAGGATTTGTTTATACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA
1521 TTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGGCGTTAAA
131 TTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGGCGTTAAA
* * *
1586 TTATATATATTTTATGGATATTTTAGCCAAAACTTGAGGAGAAATTTTTTGGGTCATTTTCTGCA
196 TTATATATATTTTATGGGTATTTTAGCCAAAA-TTGAGGAGAAATTTTTCGCGTCATTTTCTGCA
* *
1651 AAATTTAAGGC-GGAATCGTGTACTTACCATCACGGTTTTTGGTTAAAAACGCGTTTCCGGGCCG
260 AAATTTAA-GCTGGAATCGTGTACTTACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCCGGGCCC
* * * *
1715 CGGCTTAGTTTTGTATTATTTTTTGCGCCGAGACAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTA
324 CGGCTTAGTTTTGAATGATTTTTTGCGCCGAG-CCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTA
* * * *
1780 ATCAAATCTAAACTACATTTTAATTTAAAGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTTGAT
388 ATCAAATCTCAGCTACATTTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTTGAT
1845 TCAATTAGAAATTAATTCAAAAAAATATAAAAAACGATATGAAAAGCACGAAAAGTCATTCAACC
453 TCAATTAGAAATTAATTCAAAAAAATATAAAAAACGATATGAAAAGCACGAAAAGTCATTCAACC
1910 TTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTTAGCCATAAATTAAAGAAAAATTTTTGG
518 TTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTTAGCCATAAATTAAAGAAAAATTTTTGG
*
1975 GTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGT
583 GTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAA-TATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGC
*
2040 GTTTTGGGGCTCCGGCTCAG
647 GTTTTGGGGCTCCGACTCAG
*
2060 TTTTGCATGATTTTTGGCATTGAGATTCCTTGAAATATCTATAATAATCTAATAAAATCTCAGCC
1 TTTTGCATGATTTTTGGCATTGAGATTCCTTGAAATATCTATAATAATCTAATCAAATCTCAGCC
* *
2125 ACATTGCATTTAAGGATTTGTTTATACGATCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA
66 ACATTGCATTTAAGGATTTGTTTATACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA
* * *
2190 TTCAGAATAATATGAAAAACGATATTAAAATCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGACGTTAAA
131 TTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGGCGTTAAA
* *
2255 TTATACATATTTTATGGGTATTTTAGCACAAAATTGAGGAGAAAATTTTCGCGTCATTTTCTGCA
196 TTATATATATTTTATGGGTATTTTAGC-CAAAATTGAGGAGAAATTTTTCGCGTCATTTTCTGCA
* * * * *
2320 AAATTTAAGCTGAAATCGTGTACTCACCATCACGGTGTTTGACTAAAAACGCG-CTCTCGGGCCC
260 AAATTTAAGCTGGAATCGTGTACTTACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTC-CGGGCCC
* * * * *
2384 CGGCTTAGTTTTGCATTATTTTTTGCACCGAGACCAAGACTCATTGAATTATCTATATTTATCTA
324 CGGCTTAGTTTTGAATGATTTTTTGCGCCGAG-CCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTA
*
2449 ATCAAATCTCAGCTACATTTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAAACTTGTTTTGAT
388 ATCAAATCTCAGCTACATTTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTTGAT
* * * * * *
2514 TCAATTAGAAGTTAATTCAGAAAAATAT-GAAAACGATATTAAAAGCACAAAAAGTCCTTCAA-C
453 TCAATTAGAAATTAATTCAAAAAAATATAAAAAACGATATGAAAAGCACGAAAAGTCATTCAACC
* * *
2577 TTTTT-GCTGTTAAATTATATATATTTCATGGGTATTTTAGCCAAAAATTAAAGAAAAATATTTC
518 TTTTTGGC-GTTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTTAGCCATAAATTAAAGAAAAAT-TTTT
* * **
2641 GGATCATTTTTTGCAAAATTTTACCCGAAATCGTAAACTATATATCACGGTTTTTTTTGCTAAAA
581 GGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTA-ATATCACGG--TTTTTTGCTAAAA
* * * * *
2706 ACGAGTTTCGAGGCTACGGCTCAG
643 ACGCGTTTTGGGGCTCCGACTCAG
* * * **
2730 TTTTGTATGATTTTTGGCATCGAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATAT-TAA-CAAATCTCAG
1 TTTTGCATGATTTTTGGCATTGAGATTCCTTGAAATATCTATAAT-A-ATCTAATCAAATCTCAG
* * *
2793 CCACATTGCATTTAAAGATTTCTTTATACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATT
64 CCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTATACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATT
2858 AATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGGCGTTA
129 AATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGGCGTTA
* *
2923 AATTATATATATTTTATGGGTATTTTAGCCAAAACTTGAGGAGAAATTTTTCGGGTCATTTTTTG
194 AATTATATATATTTTATGGGTATTTTAGCCAAAA-TTGAGGAGAAATTTTTCGCGTCATTTTCTG
* * * ** *
2988 CAAAATCTAAGCTGGAATCGTGTA-TTGACAATCACGGATTTTGGCTAAAATTGCGTTTCGGGGC
258 CAAAATTTAAGCTGGAATCGTGTACTT-ACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCCGGGC
* * * *
3052 TCAGGCTTAGTTTTGAATGATTTTTT--G-C--GCCAAGACTCCTCGAAATATCAATATTTATCT
322 CCCGGCTTAGTTTTGAATGATTTTTTGCGCCGAGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCT
* * * *
3112 AATCAAATCTCCGCCACCATTTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTTG
387 AATCAAATCTCAGCTA-CATTTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTTG
3177 ATT-AATTAGAAA
451 ATTCAATTAGAAA
Statistics
Matches: 2243, Mismatches: 173, Indels: 88
0.90 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
657 5 0.00
658 12 0.01
659 40 0.02
660 317 0.14
661 44 0.02
662 149 0.07
663 47 0.02
664 49 0.02
665 50 0.02
666 42 0.02
667 424 0.19
668 208 0.09
669 500 0.22
670 348 0.16
671 6 0.00
672 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (666 bp):
TTTTGCATGATTTTTGGCATTGAGATTCCTTGAAATATCTATAATAATCTAATCAAATCTCAGCC
ACATTGCATTTAAGGATTTGTTTATACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA
TTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGGCGTTAAA
TTATATATATTTTATGGGTATTTTAGCCAAAATTGAGGAGAAATTTTTCGCGTCATTTTCTGCAA
AATTTAAGCTGGAATCGTGTACTTACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCCGGGCCCCG
GCTTAGTTTTGAATGATTTTTTGCGCCGAGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAATC
AAATCTCAGCTACATTTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTTGATTCA
ATTAGAAATTAATTCAAAAAAATATAAAAAACGATATGAAAAGCACGAAAAGTCATTCAACCTTT
TTGGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTTAGCCATAAATTAAAGAAAAATTTTTGGGTC
ATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTT
TGGGGCTCCGACTCAG
Done.