Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01016474.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig16507, whole genome shotgun sequence
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62 CAAATCACCT
* * *
72 CCACATTTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAAT
1 CCACATTTGAATTTAAGGATTTCTTTATACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAAT
*
137 TAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCACGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGCGTTA
66 TAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCACGAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGCGTTA
*
202 AATTATATATATTTCATGAGTATTTTAGCCAAGAATTGAAGAAAAAATTTTCGGGGCATTTTTTG
131 AATTATATATATTTCATGAGTATTTTAGCCAAGAATTGAAGAAAAAATTTTCGGGGCATTTTATG
267 CAAAATTCCTTTAAATATCTATAATCATATAATCAAATCTCAG
196 CAAAATTCCTTTAAATATCTATAATCATATAATCAAATCTCAG
* * *
310 CCACA-TTGCATTTAAGGATTTCTTTATACGATCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAAT
1 CCACATTTGAATTTAAGGATTTCTTTATACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAAT
* * ** *
374 TAATTCATAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGGCGTT
66 TAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCACGAAAAGTCCTCCAA-CCTTTTTGGCGTT
* * * * * *
439 AAATTATATATATTTTATGGGTATTTTAGCCAA-AACTTGAGGAGAAATTTTTCGGGTCATTTTA
130 AAATTATATATATTTCATGAGTATTTTAGCCAAGAA-TTGAAGAAAAAATTTTCGGGGCATTTTA
503 TGCAAAATT
194 TGCAAAATT
512 TAAGCTTGAA
Statistics
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0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
237 101 0.56
238 80 0.44
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CCACATTTGAATTTAAGGATTTCTTTATACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAAT
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AATTATATATATTTCATGAGTATTTTAGCCAAGAATTGAAGAAAAAATTTTCGGGGCATTTTATG
CAAAATTCCTTTAAATATCTATAATCATATAATCAAATCTCAG
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261 TTTTTGCAAA
* * * * *
271 ATTCCTTTAAATATCTATAATCATATAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTCTTTA
1 ATTCCTTGAAATATCTATATTCATCTTATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTA
* *
336 TACGATCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCATAAAAATATGAAAAACGATA
66 TACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATA
401 TTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTT
131 TTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTT
* * * *
466 AGCCAAAACTTGAGGAGAAATTTTTCGGGTCATTTTATGCAAAATTTAAGCTTG-AATCGTGTAC
196 AGCCAAAAATT-A-AAGAAATTTTTCGGGTCATTTTCTGCAAAATTTAA-CCTGAAATCGTGTAC
* * * * *
530 TGACAATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCG-TTTCGGGGCTCAGGCTTAGTTTTGAATGATTTTT
258 TAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTTC-GGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTT
* * * * ** *
594 TGCGCCAAGACTCCTCGAAATATCTATATTTATCTAATCAAATCACCTCCACATTTAAATTTAAG
322 GGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAATCAAATCTCAGCCACA-TTGAA-TTAAG
*
659 GATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATG
385 GATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATG
724 AAAAACGATATGAAAAGCACGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCAT
450 AAAAACGATATGAAAAGCACGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCAT
* * * * *
789 GAGTATTTTAGCCAAGAATTGAAGAAAAAGTTTTCGGGGCATTTTTTGCAAAATTTTACCCGAGA
515 GAGTATTTTAGCCAAAAATTGAAGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAA
* * * *
854 TCTTGTACTAACCATCACGTTTTTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTAGGTGCTACGGCTCAGTTTT
580 TCGTGTACTAACTATCACG---GTTTTTT-GCTAAAAACGCGTTTCGG-GCTACGGCTCAGTTTT
* *
919 GCATGATTTTTGGC-ATCGAG
640 GCATGATTTTTGGCGACCAAG
* * * **
939 ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTTATCAAATCTCAGTCAGATTGCATTTAATTATTTGTTTA
1 ATTCCTTGAAATATCTATATTCATCTTATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTA
* * * ** * *
1004 TATGAGCATCAGAATCTTTTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAATTTGAATAACGATA
66 TACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATA
* * *
1069 TTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGGCATTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTT
131 TTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTT
* * * *
1134 AGCCATAAAA-TAAAGAAAAAAATTTT-GGGTCATTTTTTGCAAAATTTTACCCGAAATCGTGTA
196 AGCCA-AAAATTAAAG---AAATTTTTCGGGTCATTTTCTGCAAAATTTAACCTGAAATCGTGTA
* * * * *** *
1197 CTAACTATAACGGTTTTTTTGCTAAAAATGCGTTTTTGGGATTCGGCTTAATTTTGCATGATTTT
257 CTAACTATCACGG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTTTCGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTT
** * * * *
1262 TGGCGTTGAGATTCCTTTAAATATCTATAATCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCAATTAAG
321 TGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAATCAAATCTCAGCCACATTG-AATTAAG
* * * * *
1327 GATTTCTTTATACGATCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCTGAAAAATATG
385 GATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATG
* ** * * * * *
1392 AAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGGTGTTAAATGATATATATTTTA
450 AAAAACGATATGAAAAGCACGAAAAGTCCTTCAA-CCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCA
* * * * * * * ** *
1457 TGGGTATTTTAGCCAAAAATTTAGGAGAAGATTTTTCGCGTCATTTTCTGCAAAATTTAAGATGG
514 TGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAAGA-AAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGA
* * * ** *
1522 AATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGAGGTTTCGGGCCCCGTCAT-AGTTTTG
578 AATCGTGTACTAACTATCACGGTTTTTTGCTAAAAACG-CGTTTCGGGCTACGGC-TCAGTTTTG
*
1586 AATGATTTTTGGCG-CCAAG
641 CATGATTTTTGGCGACCAAG
* * * * * * *
1605 ACTCCTCGAAATATCTATATTTATCTAATCAAATCCCCGCCACATTTGAATTTAAGGATTTGTTT
1 ATTCCTTGAAATATCTATATTCATCTTATCAAATCTCAGCCACA-TTGCATTTAAGGATTTGTTT
* * * *
1670 TTACAAGCATCTGAATCTTATTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGAT
65 ATACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGAT
* ** * * * **
1735 ATGAAAAGCACGAAAAGTCCTTCAA-CCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCATAAGTATTT
130 ATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTT
* * * * * *
1799 TAGCCATAAATTAAAGAAATTTTTTTGGGGTCATTTTTTTTGCAACATTTTA-GTCGAAATCGTG
195 TAGCCAAAAATTAAAGAAA--TTTTTCGGGTCA--TTTTCTGCAAAATTTAACCT-GAAATCGTG
* * * *** *
1863 TAATAACTATCACAGATTTTT-GCTAAAAACGTGTTTT-GGGGATCGGCTCAGTTTTGCATGATT
255 TACTAACTATCAC-GGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTTCGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATT
* ** * * * * *
1926 TTTGGGGTTGAGATTCCTTGAAATATCTATAATCAACTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTA
319 TTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAATCAAATCTCAGCCACATTG-AATTA
* * *
1991 AGGATTCGTTTATACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAGTTCAGAAAAATA
383 AGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATA
*
2056 TGAAAAACGATATGAAAAGCACGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTAC
448 TGAAAAACGATATGAAAAGCACGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTC
* * * * *
2121 ATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAATAAAAATATTTCGAGTCA-TTTTTGGAAAATTTTACCCGA
513 ATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAAGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGA
* * *
2185 AATCGTTTACTAACTATCACTGTTTTTCTTTTTTTTGCTAAAAACGAGTTTCGGGGCTACGGCTC
578 AATCGTGTACTAACTATCAC-G-------GTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTC-GGGCTACGGCTC
* *
2250 AGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAA-
634 AGTTTTGCATGATTTTTGGCGACCAAG
*
2276 ATTCCTTGAAATATCTATATTCATCTTATCGAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTA
1 ATTCCTTGAAATATCTATATTCATCTTATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTA
* * * *
2341 CACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCTGAAAAATATGAAGAACGATA
66 TACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATA
* *
2406 TTAAAAGTGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTATTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTT
131 TTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTT
* * * * * * *
2471 AGCCAAAAATTGAGGAGAAAGTTTTCGTGTCATTTTCTACAAAATTTAAGCTTG-AATCGTTTAA
196 AGCCAAAAATT-A-AAGAAATTTTTCGGGTCATTTTCTGCAAAATTTAA-CCTGAAATCGTGTAC
* * * *
2535 T-AC-ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCCGGGCCCTGACTTAGTTTTGCATTATTTTTT
258 TAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTTCGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGA-TTTTT
* * *
2598 GCGCCGAAACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAATCAAATATCAGCTACATTTGAAT
322 G-G-CG---CCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAATCAAATCTCAGCCACA-TTGAA-
** * * *
2663 TTAATAATTTGTTTTTACGAGTC-TTTGAATCTTGTTTTGATTCAATTAGAAATTAATTCAAAAA
380 TTAAGGATTTGTTTTTACGAG-CATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTC-AGAA
* * * *
2727 AAATATAAAAAACGATATGAATAGCACGAAAAGTCTTTCAACCCTTTTGGCGTTAAATTATATAT
443 AAATATGAAAAACGATATGAAAAGCACGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGCGTTAAATTATATAT
* * * * *
2792 ATTTCATGATTATTTTAGCCATAAATTAAAGAATAATTTTTTGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTA
508 ATTTCATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAAGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTA
* *
2857 GCCGAAATCGTGTACTAACTATCACGGTTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTTGCGGCTCCGGCTCA
573 GCCGAAATCGTGTACTAACTATCACGG--TTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCG-GGCTACGGCTCA
***
2922 GTTTTGCATGATTTTTGGCG-TTGAG
635 GTTTTGCATGATTTTTGGCGACCAAG
* *
2947 ATTCCTTGAAATATCTATAATT-TTCTTATCAAATCTCAGCCACATTCCATTTAAGGATTT-TTT
1 ATTCCTTGAAATATCTAT-ATTCATCTTATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTT
* * * ** *
3010 ATACGATCATTTTAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAAACAATTCAGAAAAAAATGAAAAACGAT
65 ATACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGAT
* *
3075 ATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTTGGCGTTAAATTATACATATTTTATGGGTATTT
130 ATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTT
* * * * * *
3140 TAGCAAAAAAATTGAGGAGAAATTTTTCGCGTCATTTTCTGCAAAATTTAAGCTGGAATCGTATA
195 TAGC-CAAAAATT-A-AAGAAATTTTTCGGGTCATTTTCTGCAAAATTTAACCTGAAATCGTGTA
* * * *
3205 CTAACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGCTTTCGGGCCCCGGCTTAGTTTTGAATGATTTTT
257 CTAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTTCGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTT
* * * * * *
3270 GGTGCCAAGACTCCTCGAAATATCTATATTTATCTAATCAAATCCCCGCCACATTTGAATTTAGG
322 GGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAATCAAATCTCAGCCACA-TTGAA-TTAAG
*
3335 GATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATG
385 GATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATG
*
3400 AAAAACGATATGAAAAGCACGAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCAT
450 AAAAACGATATGAAAAGCACGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCAT
* * * *
3465 GAGTATTTTAACCAAAAATTGAAGAAAAATATTTCGGGTCATTTTTTGAAAAATTTTACCCGAAA
515 GAGTATTTTAGCCAAAAATTGAAGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAA
* * * * *
3530 TCGTGTACTAACTATCATTGTTTTTTTTTTTTTTGCTAAAAACGAGTTTCGGGGCTACGACTCAA
580 TCGTGTACTAACTATCA-CG-------GTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTC-GGGCTACGGCTCAG
* *
3595 TTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAA-
636 TTTTGCATGATTTTTGGCGACCAAG
* * * *
3619 ATTCCTTGTAGTATCTATATTCATCTTATCAAATCTCAGCCACATTGCGTTTAGGGATTTGTTTA
1 ATTCCTTGAAATATCTATATTCATCTTATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTA
* *
3684 CACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAGAACGATA
66 TACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATA
3749 TTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTT
131 TTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTT
* * * * * * * *
3814 AGCTAAAAATTGAAGAGAAATTTTTCGTGTCATTTTCTAC-AAATCTAAGCTGGAATCGTTTAGT
196 AGCCAAAAATT-AA-AGAAATTTTTCGGGTCATTTTCTGCAAAATTTAACCTGAAATCGTGTACT
* * * *
3878 -A-TATCACGGTTTTTGGATAAAAACGCGTTTCCGGGCCCCGACTTAGTTTTGCATTATTTTTTG
259 AACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTTCGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGA-TTTTTG
* * * *
3941 CACCGACACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAATCAAATCTCAACTACATTTGAATT
323 ----G-CGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAATCAAATCTCAGCCACA-TTGAA-T
* * *
4006 TAAAGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTTGATTCAATTAGAAATTAATTCA-AAAAA
381 TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAA
* *
4070 GTATAAAAAACGATATGAAAAGCACGAAAAGTCCTTCAACCATTTTGGCGTTAAATTATATATAT
446 -TATGAAAAACGATATGAAAAGCACGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGCGTTAAATTATATATAT
* * * * * *
4135 TTCATAAGTATTTTATCCATAAACTAAAGAAAAAATTTTT-GAGTCATTTTTTGCAAAATTTTAG
510 TTCATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAAG-AAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAG
* *
4199 CCGAAATCGTGTACTAACTATCACGGTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTTGCGGCTCCGGCTCAGT
574 CCGAAATCGTGTACTAACTATCACGG-TTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCG-GGCTACGGCTCAGT
***
4264 TTTGCATGATTTTTGGCG-TTGAG
637 TTTGCATGATTTTTGGCGACCAAG
* * * *
4287 ATTCCTTGAAATATCTATAATCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTCGTATA
1 ATTCCTTGAAATATCTATATTCATCTTATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTA
* * *
4352 TACGATCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACAATA
66 TACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATA
4417 TTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTT
131 TTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTT
* * * * * *
4482 AGCCAAAACTTTAGGAGAAATTTTTTGGGTCATTTTCTGCAAAATCTAAGCTGGAATCGTG---T
196 AGCCAAAA-ATTA-AAGAAATTTTTCGGGTCATTTTCTGCAAAATTTAACCTGAAATCGTGTACT
* * * * ** * *
4544 -AC-GT-ACGGTTTTTGGCTAAATACGTGTTTCCGGGCCCCAACTTAGTTTTGTATTATTTTCT-
259 AACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTTCGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTT-TG
* * *
4605 GCGCCGAGACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAATTAAATCTCAGCTACATTTGATT
323 GCGCC--G----AGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAATCAAATCTCAGCCACA-TTGA-A
* * *
4670 TTAAAGATTTGTTTTTACAAGCATTTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAG-AATATAATTCAGAAA
380 TTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAAT-TAATTCAGAAA
4734 AATATGAAAAACGATATGAAAAGCACGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGCGTTAAATTATATATA
444 AATATGAAAAACGATATGAAAAGCACGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGCGTTAAATTATATATA
* * *
4799 TTTCATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAAGAAAAATATTTCGGGTCATTTTTTGAAAAATTTTAC
509 TTTCATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAAGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAG
* * *
4864 CCGAAATCGTTTACCAACTATCACGGTTTTTTTTGCTAAAAACGAGTTTCGGGGCTACGGCTCAG
574 CCGAAATCGTGTACTAACTATCACGG--TTTTTTGCTAAAAACGCGTTTC-GGGCTACGGCTCAG
* *
4929 TTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAA-
636 TTTTGCATGATTTTTGGCGACCAAG
*
4953 ATTCCTTGAAATAACTATATTCATCTTATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTA
1 ATTCCTTGAAATATCTATATTCATCTTATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTA
* *
5018 CACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATG-AAAA-G---
66 TACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATA
* * * * * *
5078 ----CA-C--GAAAAGTCCTTCAA-CCTTTTTGGCGTTAAATTATATTTATTTCATGAGTATTTT
131 TTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTT
* * * * * * *
5135 AGCCAAAAATTGAAGAAAAATATTTCAGGTCATTTT-TGGAAAATTTTACCCGAAATCGTTTACT
196 AGCCAAAAATT-AA-AGAAATTTTTCGGGTCATTTTCTGCAAAATTTAACCTGAAATCGTGTACT
* **** * * ** *
5199 ATCACTGT-TTTTTTTTTTGCTAAAAACGAG-TTTCGGGGCTACGGCTCAGTTTTGCATGATTTT
259 A--ACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTTC-GGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTT
* * * * * * * *
5262 TGGTGTCGAAATTCCTTGAAATATCTATATTCATCTTATCGAATCTCAGCCACATTGCATTTAAG
321 TGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAATCAAATCTCAGCCACATTG-AATTAAG
** *
5327 GATTTGTTTACACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATG
385 GATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATG
* * ** * * *
5392 AAGAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTATTGGCGTTAAATTATATATATTTTA
450 AAAAACGATATGAAAAGCACGAAAAGTCCTTCAACCTTT-TTGGCGTTAAATTATATATATTTCA
* * ** * ** * * *
5457 TGGGTATTTTAGCCAAAAATTG-AG--AAAGTTTTCGCATCATTTTCTAAAAAATTTAAGCTGGA
514 TGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAAGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAA
* * * * ** * *
5519 ATCGTTTAGT-AC-ATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCCGGGCCCCGACTTAGTTTTGCA
579 ATCGTGTACTAACTATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTT-CGGGCTACGGCTCAGTTTTGCA
* *
5582 TTATTTTTTGCGCCGAAACCACG
643 TGA-TTTTTG-G-CG--ACCAAG
* * * * * *
5605 ACTCCTTGAAATATCTATATTTAT-TTAATCAAACCTCAGCTACAATTGAATTTAATGATTTGTT
1 ATTCCTTGAAATATCTATATTCATCTT-ATCAAATCTCAGCCAC-ATTGCATTTAAGGATTTGTT
* * * ** * * *
5669 TTTACGAGCCTTTGAATCTTGTTTTAATTCAATTAGAAATTAATTCAAAAAAATATAAAAAACGA
64 TATACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGA
* ** * * *
5734 TATGAAAAGCACGAAAAGTCCTTCAA-CCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCATGGGTATT
129 TATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATT
* * * * *
5798 TTAACCAAAAATTAAAGAAAAATATTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTACCCGAAATCGTGT
194 TTAGCCAAAAATTAAAG--AAATTTTTCGGGTCA-TTTTCTGCAAAATTTAACCTGAAATCGTGT
* * * ** * *
5863 ACTATA-TATCAAGGTTTTTTTTTTTTGCTAAAAACGAG-TTTCGGGACTACGGCTAAGTTTTGT
256 ACTA-ACTATCACGG------TTTTTGGCTAAAAACGCGTTTTCGGG-CCCCGGCTTAGTTTTGC
* ** * * * *
5926 ATGATTTTTAGCATCGAGACTCGTTGAAATATCTATATTCATCTTATCAAATCTCAGCCACTTTG
313 ATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAATCAAATCTCAGCCACATTG
* * * * * * *
5991 CATTTAAAGATTTCTTTATACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAATCA-A
378 -AATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGA
* * **
6055 AAAATAATGAAAAACAATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCT
442 AAAAT-ATGAAAAACGATATGAAAAGCACGAAAAGTCCT
6094 CCAATATTTT
Statistics
Matches: 4416, Mismatches: 588, Indels: 298
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
646 38 0.01
647 7 0.00
648 7 0.00
649 4 0.00
650 36 0.01
651 4 0.00
652 153 0.03
653 217 0.05
654 17 0.00
655 2 0.00
656 1 0.00
657 2 0.00
658 6 0.00
659 44 0.01
660 1 0.00
662 1 0.00
663 37 0.01
664 32 0.01
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Consensus pattern (660 bp):
ATTCCTTGAAATATCTATATTCATCTTATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTA
TACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATA
TTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTT
AGCCAAAAATTAAAGAAATTTTTCGGGTCATTTTCTGCAAAATTTAACCTGAAATCGTGTACTAA
CTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTTCGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCG
CCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGAATTAAGGATTTG
TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAAC
GATATGAAAAGCACGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTAT
TTTAGCCAAAAATTGAAGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGT
ACTAACTATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGCTACGGCTCAGTTTTGCATGATTTTT
GGCGACCAAG
Found at i:2074 original size:332 final size:330
Alignment explanation
Indices: 273--6124 Score: 6146
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263 TTTGCAAAAT
* * * *
273 TCCTTTAAATATCTATAATCATATAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTCTTTATA
1 TCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTATA
* * * *
338 CGATCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCATAAAAATATGAAAAACGATATT
66 CGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATG
** * * *
403 AAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTTAG
131 AAAAGCACGAAAAGTCCTCCAA-CCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTTAG
* * * * * * * *
468 CCAAAACTTGAGGAGAAATTTTTCGGGTCATTTTATGCAAAATTTAAGCTTG-AATCGTGTACTG
195 CCAAAAATTAAAGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGC-CGAAATCGTGTACTA
* * * * * *
532 ACAATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCTCAGGCTTAGTTTTGAATGATTTTTTGC
259 ACTATCACGTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCTC-GGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
* *
597 GCCAAGAC
323 GTCGAGAC
* * * ** ** *
605 TCCTCGAAATATCTATATTTATCTAATCAAATCACCTCCACATTTAAATTTAAGGATTTGTTTTT
1 TCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACA-TTGCATTTAAGGATTTGTTTAT
*
670 ACAAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATAT
65 ACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATAT
*
735 GAAAAGCACGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTTAG
130 GAAAAGCACGAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTTAG
* * * * * * *
800 CCAAGAATTGAAGAAAAAGTTTTCGGGGCATTTTTTGCAAAATTTTACCCGAGATCTTGTACTAA
195 CCAAAAATTAAAGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAA
* * *
865 CCATCACGTTTTTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTAGGTGCTACGGCTCAGTTTTGCATGATTTTT
260 CTATCACG---TTTTTTT-GCTAAAAACGCGTTTCGGGGCT-CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTT
*
930 GGCATCGAGAC
320 GGCGTCGAGAC
* * * **
941 TCCTTGAAATATCTATATTCATCTTATCAAATCTCAGTCAGATTGCATTTAATTATTTGTTTATA
1 TCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTATA
* * ** * *
1006 TGAGCATCAGAATCTT-TTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAATTTGAATAACGATAT
66 CGAGCATCTGAATCTTGTTTT-GATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATAT
* ** * *
1070 TAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGGCATTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTTA
130 GAAAAGCACGAAAAGTCCTCCAA-CCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTTA
* *
1135 GCCATAAAA-TAAAGAAAAAAATTTT-GGGTCATTTTTTGCAAAATTTTACCCGAAATCGTGTAC
194 GCCA-AAAATTAAAG-AAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC
* * * ** * *
1198 TAACTATAACGGTTTTTTTGCTAAAAATGCGTTTTTGGGATTCGGCTTAATTTTGCATGATTTTT
257 TAACTATCAC-GTTTTTTTGCTAAAAACGCG-TTTCGGGGCTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTT
* *
1263 GGCGTTGAGAT
320 GGCGTCGAGAC
* * * *
1274 TCCTTTAAATATCTATAATCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCAATTAAGGATTTCTTTATA
1 TCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTATA
* * * *
1339 CGATCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCTGAAAAATATGAAAAACGATATT
66 CGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATG
** * * * * *
1404 AAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGGTGTTAAATGATATATATTTTATGGGTATTTTAG
131 AAAAGCACGAAAAGTCCTCCAA-CCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTTAG
* * * * * * ** *
1469 CCAAAAATTTAGGAGAAGATTTTTCGCGTCATTTTCTGCAAAATTTAAGATGGAATCGTGTACTA
195 CCAAAAATTAAAGA-AAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTA
* * * * * * * *
1534 ACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGAGGTTTCGGGCCCCGTCAT-AGTTTTGAATGATTTTTGG
259 ACTATCACGTTTTTTTGCTAAAAACG-CGTTTCGGGGCTCGGC-TCAGTTTTGCATGATTTTTGG
* *
1598 CGCCAAGAC
322 CGTCGAGAC
* * * * * *
1607 TCCTCGAAATATCTATATTTATCTAATCAAATCCCCGCCACATTTGAATTTAAGGATTTGTTTTT
1 TCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACA-TTGCATTTAAGGATTTGTTTAT
* *
1672 ACAAGCATCTGAATCTTATTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATAT
65 ACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATAT
* *
1737 GAAAAGCACGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCATAAGTATTTTAG
130 GAAAAGCACGAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTTAG
* ** * * * *
1802 CCATAAATTAAAGAAATTTTTTTGGGGTCATTTTTTTTGCAACATTTTAGTCGAAATCGTGTAAT
195 CCAAAAATTAAAGAAAAATTTTTCGGGTCA--TTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT
* * * *
1867 AACTATCACAG-ATTTTTGCTAAAAACGTGTTTTGGGGATCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
258 AACTATCAC-GTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
* * *
1931 GGTTGAGAT
322 CGTCGAGAC
* * *
1940 TCCTTGAAATATCTATAATCAACTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTCGTTTATA
1 TCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTATA
*
2005 CGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAGTTCAGAAAAATATGAAAAACGATATG
66 CGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATG
* *
2070 AAAAGCACGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTACATGAGTATTTTAGC
131 AAAAGCACGAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTTAGC
* * * * * * *
2135 CAAAAATTGAATAAAAATATTTCGAGTCA-TTTTTGGAAAATTTTACCCGAAATCGTTTACTAAC
196 CAAAAATTAAAGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAC
*
2199 TATCACTGTTTTTCTTTTTTTTGCTAAAAACGAGTTTCGGGGCTACGGCTCAGTTTTGCATGATT
261 TATCAC-G-------TTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCT-CGGCTCAGTTTTGCATGATT
* *
2264 TTTGGCGTCGAAAT
317 TTTGGCGTCGAGAC
* * *
2278 TCCTTGAAATATCTATATTCATCTTATCGAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTACA
1 TCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTATA
* * * * *
2343 CGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTAAATTAGAAATTAATTCTGAAAAATATGAAGAACGATATT
66 CGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATG
*** * * *
2408 AAAAGTGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTATTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTTAG
131 AAAAGCACGAAAAGTCCTCCAACCTTT-TTGGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTTAG
* * * * * * * * * * *
2473 CCAAAAATTGAGGAGAAAGTTTTCGTGTCATTTTCTACAAAATTTAAGCTTG-AATCGTTTAAT-
195 CCAAAAATTAAAGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGC-CGAAATCGTGTACTA
* * * * * * *
2536 AC-ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCCGGGCCCTGACTTAGTTTTGCATTATTTTTTGC
259 ACTATCACGTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCTC-GGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTTG-
* *
2600 GCCGAAACCAAGAC
321 G-CG---TCGAGAC
* * * * ** *
2614 TCCTTGAAATATCTATATTTATCTAATCAAATATCAGCTACATTTGAATTTAATAATTTGTTTTT
1 TCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACA-TTGCATTTAAGGATTTGTTTAT
* * * *
2679 ACGAGTC-TTTGAATCTTGTTTTGATTCAATTAGAAATTAATTCAAAAAAAATATAAAAAACGAT
65 ACGAG-CATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTC-AGAAAAATATGAAAAACGAT
* * * * *
2743 ATGAATAGCACGAAAAGTCTTTCAACCCTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCATGATTATTTT
128 ATGAAAAGCACGAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTT
* * *
2808 AGCCATAAATTAAAGAATAATTTTTTGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT
193 AGCCAAAAATTAAAGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT
* *
2873 AACTATCACGGTTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTTGCGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTT
258 AACTATCAC-G-TTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCT-CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTT
* *
2938 GGCGTTGAGAT
320 GGCGTCGAGAC
* * *
2949 TCCTTGAAATATCTATAATT-TTCTTATCAAATCTCAGCCACATTCCATTTAAGGATTT-TTTAT
1 TCCTTGAAATATCTAT-ATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTAT
* * * * ** *
3012 ACGATCATTTTAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAAACAATTCAGAAAAAAATGAAAAACGATAT
65 ACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATAT
* ** ** * * *
3077 TAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTTGGCGTTAAATTATACATATTTTATGGGTATTTTA
130 GAAAAGCACGAAAAGTCCTCCAA-CCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTTA
* * * * * * * * * *
3142 GCAAAAAAATTGAGGAGAAATTTTTCGCGTCATTTTCTGCAAAATTTAAGCTGGAATCGTATACT
194 GC-CAAAAATTAAAGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT
* * ** * * * *
3207 AACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAACGCGCTTTCGGGCCCCGGCTTAGTTTTGAATGATTTTTGG
258 AACTATCACGTTTTTTTGCTAAAAACGCG-TTTCGGGGCTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
* * *
3272 TGCCAAGAC
322 CGTCGAGAC
* * * * * * *
3281 TCCTCGAAATATCTATATTTATCTAATCAAATCCCCGCCACATTTGAATTTAGGGATTTGTTTTT
1 TCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACA-TTGCATTTAAGGATTTGTTTAT
*
3346 ACAAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATAT
65 ACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATAT
*
3411 GAAAAGCACGAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTTAA
130 GAAAAGCACGAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTTAG
* * * *
3476 CCAAAAATTGAAGAAAAATATTTCGGGTCATTTTTTGAAAAATTTTACCCGAAATCGTGTACTAA
195 CCAAAAATTAAAGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAA
* * * *
3541 CTATCATTGTTTTTTTTTTTTTTGCTAAAAACGAGTTTCGGGGCTACGACTCAATTTTGCATGAT
260 CTATCA-CG-------TTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCT-CGGCTCAGTTTTGCATGAT
* *
3606 TTTTGGCGTCGAAAT
316 TTTTGGCGTCGAGAC
* * * * * *
3621 TCCTTGTAGTATCTATATTCATCTTATCAAATCTCAGCCACATTGCGTTTAGGGATTTGTTTACA
1 TCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTATA
* * *
3686 CGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAGAACGATATT
66 CGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATG
** * * *
3751 AAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTTAG
131 AAAAGCACGAAAAGTCCTCCAA-CCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTTAG
* * * * * * * * * * * *
3816 CTAAAAATTGAAGAGAAATTTTTCGTGTCATTTTCTAC-AAATCTAAGCTGGAATCGTTTAGT-A
195 CCAAAAATTAAAGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAA
* * * * * * * *
3879 -TATCACGGTTTTTGGATAAAAACGCGTTTCCGGGCCCCGACTTAGTTTTGCATTATTTTTTGCA
260 CTATCACGTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTT-CGGGGCTCGGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTTG--
** *
3943 CCGACACCAAGAC
321 --G-CGTCGAGAC
* * * * * *
3956 TCCTTGAAATATCTATATTTATCTAATCAAATCTCAACTACATTTGAATTTAAAGATTTGTTTTT
1 TCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACA-TTGCATTTAAGGATTTGTTTAT
* * *
4021 ACGAGCATTTGAATCTTGTTTTGATTCAATTAGAAATTAATTCA-AAAAAGTATAAAAAACGATA
65 ACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAA-TATGAAAAACGATA
* * *
4085 TGAAAAGCACGAAAAGTCCTTCAACCATTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCATAAGTATTTTA
129 TGAAAAGCACGAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTTA
* * * *
4150 TCCATAAACTAAAGAAAAAATTTTT-GAGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT
194 GCCAAAAATTAAAG-AAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT
* *
4214 AACTATCACGGTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTTGCGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTG
258 AACTATCAC-GTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCT-CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTG
* *
4279 GCGTTGAGAT
321 GCGTCGAGAC
* * *
4289 TCCTTGAAATATCTATAATCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTCGTATATA
1 TCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTATA
* * * * *
4354 CGATCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACAATATT
66 CGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATG
** * * *
4419 AAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTTAG
131 AAAAGCACGAAAAGTCCTCCAA-CCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTTAG
* * * * * * * * * *
4484 CCAAAACTTTAGGAGAAATTTTTTGGGTCATTTTCTGCAAAATCTAAGCTGGAATCGTG---T-A
195 CCAAAAATTAAAGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAA
* * * * * * * ** * * *
4545 C-GT-ACGGTTTTTGGCTAAATACGTGTTTCCGGGCCCCAACTTAGTTTTGTATTATTTTCTGCG
260 CTATCACGTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTT-CGGGGCTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTT-TG-G
* *
4608 CCGAGACAAAGAC
322 -C--GTC-GAGAC
* * * * *
4621 TCCTTGAAATATCTATATTTATCTAATTAAATCTCAGCTACATTTG-ATTTTAAAGATTTGTTTT
1 TCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACA-TTGCA-TTTAAGGATTTGTTTA
* *
4685 TACAAGCATTTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAG-AATATAATTCAGAAAAATATGAAAAACGAT
64 TACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAAT-TAATTCAGAAAAATATGAAAAACGAT
*
4749 ATGAAAAGCACGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTT
128 ATGAAAAGCACGAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTT
* * * * * *
4814 AGCCAAAAATTGAAGAAAAATATTTCGGGTCATTTTTTGAAAAATTTTACCCGAAATCGTTTACC
193 AGCCAAAAATTAAAGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT
*
4879 AACTATCACGGTTTTTTTTGCTAAAAACGAGTTTCGGGGCTACGGCTCAGTTTTGCATGATTTTT
258 AACTATCAC-G-TTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCT-CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTT
* *
4944 GGCGTCGAAAT
320 GGCGTCGAGAC
* * *
4955 TCCTTGAAATAACTATATTCATCTTATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTACA
1 TCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTATA
5020 CGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTC--------A-G-AAAA--ATATG
66 CGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATG
* *
5073 AAAAGCACGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGCGTTAAATTATATTTATTTCATGAGTATTTTAGC
131 AAAAGCACGAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTTAGC
* * * * * *
5138 CAAAAATTGAAGAAAAATATTTCAGGTCA-TTTTTGGAAAATTTTACCCGAAATCGTTTACTATC
196 CAAAAATTAAAGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTA--
* *** * *
5202 ACTGT-TTTTTTTTTTGCTAAAAACGAGTTTCGGGGCTACGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGT
259 ACTATCACGTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCT-CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
* *
5266 GTCGAAAT
323 GTCGAGAC
* * *
5274 TCCTTGAAATATCTATATTCATCTTATCGAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTACA
1 TCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTATA
* * *
5339 CGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAGAACGATATT
66 CGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATG
** * * *
5404 AAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTATTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTTAG
131 AAAAGCACGAAAAGTCCTCCAACCTTT-TTGGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTTAG
* * ** * ** * * * * *
5469 CCAAAAATT---GAGAAAGTTTTCGCATCATTTTCTAAAAAATTTAAGCTGGAATCGTTTAGT-A
195 CCAAAAATTAAAGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAA
* * * * * * *
5530 C-ATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCCGGGCCCCGACTTAGTTTTGCATTATTTTTTGCG
260 CTATCACGTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTT-CGGGGCTCGGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTTG-G
* *
5594 CCGAAACCACGAC
322 -CG--TCGA-GAC
* * * * * * *
5607 TCCTTGAAATATCTATATTTATTTAATCAAACCTCAGCTACAATTGAATTTAATGATTTGTTTTT
1 TCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCAC-ATTGCATTTAAGGATTTGTTTAT
* * * * * *
5672 ACGAGCCTTTGAATCTTGTTTTAATTCAATTAGAAATTAATTCAAAAAAATATAAAAAACGATAT
65 ACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATAT
* * *
5737 GAAAAGCACGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCATGGGTATTTTAA
130 GAAAAGCACGAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTTAG
* *
5802 CCAAAAATTAAAGAAAAATATTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTACCCGAAATCGTGTACTA
195 CCAAAAATTAAAGAAAAATTTTTCGGGTCA-TTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTA
* * * * *
5867 TA-TATCAAGGTTTTTTTTTTTTGCTAAAAACGAGTTTCGGGACTACGGCTAAGTTTTGTATGAT
259 -ACTATC-ACG-----TTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCT-CGGCTCAGTTTTGCATGAT
* *
5931 TTTTAGCATCGAGAC
316 TTTTGGCGTCGAGAC
* * * * *
5946 TCGTTGAAATATCTATATTCATCTTATCAAATCTCAGCCACTTTGCATTTAAAGATTTCTTTATA
1 TCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTATA
* * * *
6011 CGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAATCA-AAAAATAATGAAAAACAATAT
66 CGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAT-ATGAAAAACGATAT
* ** ** ** *
6075 TAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTTTACGTTAAATTGTATATAT
130 GAAAAGCACGAAAAGTCCTCCAA-CCTTTTTGGCGTTAAATTATATATAT
6125 AAATCGATGG
Statistics
Matches: 4566, Mismatches: 804, Indels: 293
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
319 167 0.04
320 31 0.01
321 97 0.02
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336 347 0.08
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343 1 0.00
344 10 0.00
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ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (330 bp):
TCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTATA
CGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATG
AAAAGCACGAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTTAGC
CAAAAATTAAAGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAC
TATCACGTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTC
GAGAC
Found at i:4685 original size:14 final size:16
Alignment explanation
Indices: 4661--4697 Score: 51
Period size: 14 Copynumber: 2.4 Consensus size: 16
4651 ATCTCAGCTA
4661 CATTTGATTTTA-AAG
1 CATTTGATTTTACAAG
*
4676 -ATTTGTTTTTACAAG
1 CATTTGATTTTACAAG
4691 CATTTGA
1 CATTTGA
4698 ATCTTGTTTT
Statistics
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ACGTcount: A:0.30, C:0.08, G:0.14, T:0.49
Consensus pattern (16 bp):
CATTTGATTTTACAAG
Found at i:7485 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 7452--7824 Score: 273
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7442 TACGCAGCGC
** *
7452 ATTCACATAAAACTTTCCCG
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* * **
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1 ATTCACATTGAACTTTCC-CA
* *
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1 ATTCACATTGAACTTTCCCA
* * **
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1 ATTCACATTGAACTTTCC-CA
* *
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1 ATTCACATTGAACTTTCCCA
* * **
7553 ATTGACATTGAACTTGCCTTG
1 ATTCACATTGAACTTTCC-CA
*
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1 ATTCACATTGAACTTTCCCA
* * *
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1 ATTCACATTGAACTTTCC-CA
** *
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1 ATTCACATTGAACTTTCCCA
* * **
7634 ATTGACATTGAACTTGCCTT
1 ATTCACATTGAACTTTCCCA
*
7654 ATTCACATTCAACTTTCCCA
1 ATTCACATTGAACTTTCCCA
* * **
7674 ATTGACATTGAACTTGCCTT
1 ATTCACATTGAACTTTCCCA
*
7694 ATTCACATTCAACTTTCCCA
1 ATTCACATTGAACTTTCCCA
* **
7714 ATTCACATTGAACTTGCCTT
1 ATTCACATTGAACTTTCCCA
*
7734 ATTCACATTCAACTTTCCCA
1 ATTCACATTGAACTTTCCCA
* **
7754 ATTCACATTGAACTTGCCTT
1 ATTCACATTGAACTTTCCCA
*
7774 ATTCACATTCAACTTTCCCA
1 ATTCACATTGAACTTTCCCA
* *
7794 ATTCACATTGAACTTGCCTTA
1 ATTCACATTGAACTTTCC-CA
7815 ATTCACATTG
1 ATTCACATTG
7825 GCCCTCAATG
Statistics
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20 204 0.78
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ACGTcount: A:0.28, C:0.28, G:0.08, T:0.36
Consensus pattern (20 bp):
ATTCACATTGAACTTTCCCA
Found at i:7550 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 7452--7823 Score: 595
Period size: 40 Copynumber: 9.2 Consensus size: 40
7442 TACGCAGCGC
** *
7452 ATTCACATAAAACTTTCCCGATTGACATTGAACTTGCCTT
1 ATTCACATTCAACTTTCCCAATTGACATTGAACTTGCCTT
*
7492 GATTCACATTCAACATTCCCAATTGACATTGAACTTGCCTT
1 -ATTCACATTCAACTTTCCCAATTGACATTGAACTTGCCTT
*
7533 GA-TCACATTCAACATTCCCAATTGACATTGAACTTGCCTT
1 -ATTCACATTCAACTTTCCCAATTGACATTGAACTTGCCTT
7573 GATTCACATTCAACTTTCCCAATTGACATTGAACTTGCCTT
1 -ATTCACATTCAACTTTCCCAATTGACATTGAACTTGCCTT
* *
7614 AATTCACA-TCCACTTTTCCAATTGACATTGAACTTGCCTT
1 -ATTCACATTCAACTTTCCCAATTGACATTGAACTTGCCTT
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*
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*
7734 ATTCACATTCAACTTTCCCAATTCACATTGAACTTGCCTT
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*
7774 ATTCACATTCAACTTTCCCAATTCACATTGAACTTGCCTT
1 ATTCACATTCAACTTTCCCAATTGACATTGAACTTGCCTT
7814 AATTCACATT
1 -ATTCACATT
7824 GGCCCTCAAT
Statistics
Matches: 317, Mismatches: 11, Indels: 6
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
39 7 0.02
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ACGTcount: A:0.28, C:0.28, G:0.08, T:0.36
Consensus pattern (40 bp):
ATTCACATTCAACTTTCCCAATTGACATTGAACTTGCCTT
Done.