Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01016479.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig16512, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 84313
ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.19, T:0.31
Found at i:7621 original size:41 final size:43
Alignment explanation
Indices: 7564--7649 Score: 131
Period size: 41 Copynumber: 2.0 Consensus size: 43
7554 TTAGATATAT
7564 AGCACCCAAAATACACTATAC-A-ACACTAATTAATAATTGAA
1 AGCACCCAAAATACACTATACAATACACTAATTAATAATTGAA
*
7605 AGCACCCAAATTACACTATACATAATACACTAATTAATAATTGAA
1 AGCACCCAAAATACACTATAC--AATACACTAATTAATAATTGAA
7650 GGCTTTCTTT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 1, Indels: 4
0.89 0.02 0.09
Matches are distributed among these distances:
41 20 0.50
44 1 0.03
45 19 0.47
ACGTcount: A:0.50, C:0.21, G:0.05, T:0.24
Consensus pattern (43 bp):
AGCACCCAAAATACACTATACAATACACTAATTAATAATTGAA
Found at i:9817 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 9799--9823 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
9789 TTTTTTTTTT
9799 TTCAAAATTGAAG
1 TTCAAAATTGAAG
9812 TTCAAAATTGAA
1 TTCAAAATTGAA
9824 ATGCAAACGG
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.08, G:0.12, T:0.32
Consensus pattern (13 bp):
TTCAAAATTGAAG
Found at i:12899 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 12879--12908 Score: 60
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
12869 GGATCCTGTC
12879 TTGTGAATGGAATGA
1 TTGTGAATGGAATGA
12894 TTGTGAATGGAATGA
1 TTGTGAATGGAATGA
12909 GAGTTCGAGT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 15 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.33, T:0.33
Consensus pattern (15 bp):
TTGTGAATGGAATGA
Found at i:12958 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 12925--12982 Score: 116
Period size: 29 Copynumber: 2.0 Consensus size: 29
12915 GAGTCTTATA
12925 AATGAAAGTAAATGAAATGTGAAATGTGG
1 AATGAAAGTAAATGAAATGTGAAATGTGG
12954 AATGAAAGTAAATGAAATGTGAAATGTGG
1 AATGAAAGTAAATGAAATGTGAAATGTGG
12983 CACTTGTTAT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
29 29 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.28, T:0.24
Consensus pattern (29 bp):
AATGAAAGTAAATGAAATGTGAAATGTGG
Found at i:18173 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 18153--18187 Score: 54
Period size: 15 Copynumber: 2.4 Consensus size: 15
18143 TTCTTTTATC
*
18153 TAACTTATCGGATAA
1 TAACTTATCCGATAA
18168 TAACTTATCCGATAA
1 TAACTTATCCGATAA
18183 -AACTT
1 TAACTT
18188 TTATGTTAAA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
14 5 0.26
15 14 0.74
ACGTcount: A:0.40, C:0.17, G:0.09, T:0.34
Consensus pattern (15 bp):
TAACTTATCCGATAA
Found at i:20726 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 20717--20747 Score: 62
Period size: 4 Copynumber: 7.8 Consensus size: 4
20707 AAAGTCCAGT
20717 TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTT
1 TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTT
20748 TTTTTAAGCA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
4 27 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.00, G:0.00, T:0.77
Consensus pattern (4 bp):
TTTA
Found at i:33574 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 33563--33587 Score: 50
Period size: 6 Copynumber: 4.2 Consensus size: 6
33553 GTTGTCGGGT
33563 GTGGAG GTGGAG GTGGAG GTGGAG G
1 GTGGAG GTGGAG GTGGAG GTGGAG G
33588 GGTTTAAGGT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 19 1.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.00, G:0.68, T:0.16
Consensus pattern (6 bp):
GTGGAG
Found at i:37633 original size:60 final size:60
Alignment explanation
Indices: 37570--37754 Score: 214
Period size: 60 Copynumber: 3.1 Consensus size: 60
37560 GTATCTAGAT
* * * * *
37570 GGTGGCGTGCGGCCTTGAGTAGGCGGCGAGTATTGCCTGGGTGGTGGATAGCCTTGAGTT
1 GGTGGTGTGAGGCCTTGAGTGGGTGGCGAGTATTGCCTGGGTGGTGGATAGCCTTGAGTG
* * * * *
37630 GGTGGTG-GATGCCTTTGAATGGGTGGTGAATATTGCCTTGGTGGTGGAT-GCCTTTGAGTG
1 GGTGGTGTGAGGCC-TTGAGTGGGTGGCGAGTATTGCCTGGGTGGTGGATAGCC-TTGAGTG
* *
37690 GGTGGTGTGTGGCCTTGAGTGGGTGGCGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGAG-CTTGAGTG
1 GGTGGTGTGAGGCCTTGAGTGGGTGGCGAGTATTGCCTGGGTGGTGGAT-AGCCTTGAGTG
37750 GGTGG
1 GGTGG
37755 AGTGTATGTA
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 17, Indels: 10
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
59 7 0.07
60 90 0.87
61 5 0.05
62 1 0.01
ACGTcount: A:0.11, C:0.12, G:0.47, T:0.30
Consensus pattern (60 bp):
GGTGGTGTGAGGCCTTGAGTGGGTGGCGAGTATTGCCTGGGTGGTGGATAGCCTTGAGTG
Found at i:37635 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 37607--37796 Score: 92
Period size: 21 Copynumber: 9.5 Consensus size: 20
37597 GAGTATTGCC
37607 TGGGTGGTGGATAGCCTTGAG
1 TGGGTGGTGGAT-GCCTTGAG
* *
37628 TTGGTGGTGGATGCCTTTGAA
1 TGGGTGGTGGATGCC-TTGAG
* * **
37649 TGGGTGGTGAAT--ATTGCC
1 TGGGTGGTGGATGCCTTGAG
*
37667 TTGGTGGTGGATGCCTTTGAG
1 TGGGTGGTGGATGCC-TTGAG
37688 TGGGTGGTGTG-TGGCCTTGAG
1 TGGGTGGTG-GAT-GCCTTGAG
* ** **
37709 TGGGTGGCGG--GTATTGCC
1 TGGGTGGTGGATGCCTTGAG
*
37727 TGGGTGGTGGATGAGCTTGAG
1 TGGGTGGTGGATG-CCTTGAG
* *
37748 TGGGTGGAGTGTATG--TAGA-
1 TGGGT-G-GTGGATGCCTTGAG
37767 T-GGTGGTGGATGCCTTTGAG
1 TGGGTGGTGGATGCC-TTGAG
*
37787 TGGGAGGTGG
1 TGGGTGGTGG
37797 GTATTGCCTG
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 28, Indels: 32
0.68 0.15 0.17
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.05
17 1 0.01
18 29 0.23
19 4 0.03
20 9 0.07
21 65 0.52
22 5 0.04
23 6 0.05
ACGTcount: A:0.12, C:0.08, G:0.47, T:0.32
Consensus pattern (20 bp):
TGGGTGGTGGATGCCTTGAG
Found at i:37715 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 37607--37715 Score: 107
Period size: 39 Copynumber: 2.7 Consensus size: 39
37597 GAGTATTGCC
37607 TGGGTGGTG-GATAGCCTTGAGTTGGTGGTGGATGCCTTTGAA
1 TGGGTGGTGTG-TAGCCTTGAG-T-G-GGTGGATGCCTTTGAA
* * *
37649 TGGGTGGTGAATATTGCCTTG-GT-GGTGGATGCCTTTGAG
1 TGGGTGGTG--TGTAGCCTTGAGTGGGTGGATGCCTTTGAA
*
37688 TGGGTGGTGTGTGGCCTTGAGTGGGTGG
1 TGGGTGGTGTGTAGCCTTGAGTGGGTGG
37716 CGGGTATTGC
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 5, Indels: 13
0.76 0.07 0.17
Matches are distributed among these distances:
37 8 0.14
38 2 0.04
39 29 0.51
42 10 0.18
43 1 0.02
44 7 0.12
ACGTcount: A:0.11, C:0.09, G:0.46, T:0.34
Consensus pattern (39 bp):
TGGGTGGTGTGTAGCCTTGAGTGGGTGGATGCCTTTGAA
Found at i:37731 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 37688--37904 Score: 166
Period size: 39 Copynumber: 5.6 Consensus size: 39
37678 TGCCTTTGAG
*
37688 TGGGTGGTGTG-TGGCCTTGAGTGGGTGGCGGGTATTGCC
1 TGGGTGGTG-GATGGCCTTGAGTGGGTGGAGGGTATTGCC
* *
37727 TGGGTGGTGGATGAG-CTTGAGTGGGTGGAGTGTATGTAG-A
1 TGGGTGGTGGATG-GCCTTGAGTGGGTGGAGGGTAT-T-GCC
* *
37767 T-GGTGGTGGAT-GCCTTTGAGTGGGAGGTGGGTATTGCC
1 TGGGTGGTGGATGGCC-TTGAGTGGGTGGAGGGTATTGCC
* * * *
37805 TGGGTGGTGGATGAG-CTTGAGTTGGCGGAGTGTATGTAG-A
1 TGGGTGGTGGATG-GCCTTGAGTGGGTGGAGGGTAT-T-GCC
* *
37845 T-GGTGGTGGAT-GCCTTTGAGTGGGAGGTGGGTATTGCC
1 TGGGTGGTGGATGGCC-TTGAGTGGGTGGAGGGTATTGCC
*
37883 TAGGTGGTGGATGAG-CTTGAGT
1 TGGGTGGTGGATG-GCCTTGAGT
37905 TGGCGGAGTG
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 17, Indels: 36
0.73 0.09 0.18
Matches are distributed among these distances:
37 4 0.03
38 7 0.05
39 121 0.85
40 7 0.05
41 4 0.03
ACGTcount: A:0.13, C:0.08, G:0.48, T:0.31
Consensus pattern (39 bp):
TGGGTGGTGGATGGCCTTGAGTGGGTGGAGGGTATTGCC
Found at i:37786 original size:78 final size:78
Alignment explanation
Indices: 37704--37941 Score: 431
Period size: 78 Copynumber: 3.1 Consensus size: 78
37694 GTGTGTGGCC
* * * *
37704 TTGAGTGGGTGGCGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGAGCTTGAGTGGGTGGAGTGTATGTAGATG
1 TTGAGTGGGAGGTGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGAGCTTGAGTTGGCGGAGTGTATGTAGATG
37769 GTGGTGGATGCCT
66 GTGGTGGATGCCT
37782 TTGAGTGGGAGGTGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGAGCTTGAGTTGGCGGAGTGTATGTAGATG
1 TTGAGTGGGAGGTGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGAGCTTGAGTTGGCGGAGTGTATGTAGATG
37847 GTGGTGGATGCCT
66 GTGGTGGATGCCT
*
37860 TTGAGTGGGAGGTGGGTATTGCCTAGGTGGTGGATGAGCTTGAGTTGGCGGAGTGTATGTAGATG
1 TTGAGTGGGAGGTGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGAGCTTGAGTTGGCGGAGTGTATGTAGATG
37925 GTGGTGGATGCCT
66 GTGGTGGATGCCT
37938 TTGA
1 TTGA
37942 ACGGGTGGTG
Statistics
Matches: 155, Mismatches: 5, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
78 155 1.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.08, G:0.47, T:0.31
Consensus pattern (78 bp):
TTGAGTGGGAGGTGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGAGCTTGAGTTGGCGGAGTGTATGTAGATG
GTGGTGGATGCCT
Found at i:37890 original size:156 final size:156
Alignment explanation
Indices: 37704--38523 Score: 1172
Period size: 156 Copynumber: 5.1 Consensus size: 156
37694 GTGTGTGGCC
* * * *
37704 TTGAGTGGGTGGCGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGAGCTTGAGTGGGTGGAGTGTATGTAGATG
1 TTGAGTGGGAGGTGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGAGCTTGAGTTGGCGGAGTGTATGTAGATG
37769 GTGGTGGATGCCTTTGAGTGGGAGGTGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGAGCTTGAGTTGGCGGA
66 GTGGTGGATGCCTTTGAGTGGGAGGTGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGAGCTTGAGTTGGCGGA
37834 GTGTATGTAGATGGTGGTGGATGCCT
131 GTGTATGTAGATGGTGGTGGATGCCT
*
37860 TTGAGTGGGAGGTGGGTATTGCCTAGGTGGTGGATGAGCTTGAGTTGGCGGAGTGTATGTAGATG
1 TTGAGTGGGAGGTGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGAGCTTGAGTTGGCGGAGTGTATGTAGATG
** * ** **
37925 GTGGTGGATGCCTTTGAACGGGTGGTGTACGGCCTTGAGTGGGTGGTGGGTATTGCCTTGGTGGT
66 GTGGTGGATGCCTTTGAGTGGGAGGTG---GGTATTGCCTGGGTGGT-GG-A------------T
* * *
37990 GGATGACTTTGAGTGGGTGGAGTGTATGCAGATGGTGGTGGATGCCT
114 -GA-G-C-TTGAGTTGGCGGAGTGTATGTAGATGGTGGTGGATGCCT
* * * *
38037 TTGAGTGGGTGGCGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGAGCTTGAGTGGGTGGAGTGTATGTAGATG
1 TTGAGTGGGAGGTGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGAGCTTGAGTTGGCGGAGTGTATGTAGATG
*
38102 GTGGTGGATGCCTTTGAGTTGGAGGTGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGAGCTTGAGTTGGCGGA
66 GTGGTGGATGCCTTTGAGTGGGAGGTGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGAGCTTGAGTTGGCGGA
* *
38167 GTATATGTAGATGGTGGTGGATGCTT
131 GTGTATGTAGATGGTGGTGGATGCCT
*
38193 TTGAGTTGGAGGTGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGAGCTTGAGTTGGCGGAGTGTATGTAGATG
1 TTGAGTGGGAGGTGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGAGCTTGAGTTGGCGGAGTGTATGTAGATG
38258 GTGGTGGATGCCTTTGAGTGGGAGGTGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGAGCTTGAGTTGGCGGA
66 GTGGTGGATGCCTTTGAGTGGGAGGTGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGAGCTTGAGTTGGCGGA
38323 GTGTATGTAGATGGTGGTGGATGCCT
131 GTGTATGTAGATGGTGGTGGATGCCT
* * *
38349 TTGAGTAGGAGGTGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGAGCTTGAGTTGGAGGAGTGTATGTAGAGG
1 TTGAGTGGGAGGTGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGAGCTTGAGTTGGCGGAGTGTATGTAGATG
* *
38414 GTGGTGGATGCCTTTGAGTAGGAGGTGGGTATTGCTTGGGTGGTGGATGAGCTTGAGTTGGCGGA
66 GTGGTGGATGCCTTTGAGTGGGAGGTGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGAGCTTGAGTTGGCGGA
38479 GTGTATGTAGATGGTGGTGGATGCCT
131 GTGTATGTAGATGGTGGTGGATGCCT
* * *
38505 TTGAATGGGTGGTGAGTAT
1 TTGAGTGGGAGGTGGGTAT
38524 GTAGACGGGG
Statistics
Matches: 593, Mismatches: 50, Indels: 42
0.87 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
156 432 0.73
157 1 0.00
158 1 0.00
159 15 0.03
160 3 0.01
161 1 0.00
172 1 0.00
173 3 0.01
174 15 0.03
175 1 0.00
176 1 0.00
177 119 0.20
ACGTcount: A:0.15, C:0.07, G:0.47, T:0.31
Consensus pattern (156 bp):
TTGAGTGGGAGGTGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGAGCTTGAGTTGGCGGAGTGTATGTAGATG
GTGGTGGATGCCTTTGAGTGGGAGGTGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGAGCTTGAGTTGGCGGA
GTGTATGTAGATGGTGGTGGATGCCT
Found at i:37928 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 37729--37934 Score: 199
Period size: 39 Copynumber: 5.3 Consensus size: 39
37719 GTATTGCCTG
*
37729 GGTGGTGGATGAGCTTGAGTGGGTGGAGTGTATGTAGAT
1 GGTGGTGGATGAGCTTGAGTGGGAGGAGTGTATGTAGAT
* * * *
37768 GGTGGTGGATG-CCTTTGAGTGGGAGGTGGGTAT-T-GCCT
1 GGTGGTGGATGAGC-TTGAGTGGGAGGAGTGTATGTAG-AT
* *
37806 GGGTGGTGGATGAGCTTGAGTTGGCGGAGTGTATGTAGAT
1 -GGTGGTGGATGAGCTTGAGTGGGAGGAGTGTATGTAGAT
* * * *
37846 GGTGGTGGATG-CCTTTGAGTGGGAGGTGGGTAT-T-GCCT
1 GGTGGTGGATGAGC-TTGAGTGGGAGGAGTGTATGTAG-AT
* *
37884 AGGTGGTGGATGAGCTTGAGTTGGCGGAGTGTATGTAGAT
1 -GGTGGTGGATGAGCTTGAGTGGGAGGAGTGTATGTAGAT
37924 GGTGGTGGATG
1 GGTGGTGGATG
37935 CCTTTGAACG
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 23, Indels: 24
0.74 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
37 2 0.02
38 6 0.05
39 116 0.88
40 6 0.05
41 2 0.02
ACGTcount: A:0.15, C:0.06, G:0.48, T:0.31
Consensus pattern (39 bp):
GGTGGTGGATGAGCTTGAGTGGGAGGAGTGTATGTAGAT
Found at i:37965 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 37782--38118 Score: 568
Period size: 177 Copynumber: 1.9 Consensus size: 177
37772 GTGGATGCCT
* *
37782 TTGAGTGGGAGGTGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGAGC-TTGAGTTGGCGGAGTGTATGTAGAT
1 TTGAGTGGGAGGTGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGA-CTTTGAGTGGGCGGAGTGTATGCAGAT
* *
37846 GGTGGTGGATGCCTTTGAGTGGGAGGTGGGTATTGCCTAGGTGGTGGATGAGCTTGAGTTGGCGG
65 GGTGGTGGATGCCTTTGAGTGGGAGGCGGGTATTGCCTAGGTGGTGGATGAGCTTGAGTGGGCGG
37911 AGTGTATGTAGATGGTGGTGGATGCCTTTGAACGGGTGGTGTACGGCC
130 AGTGTATGTAGATGGTGGTGGATGCCTTTGAACGGGTGGTGTACGGCC
* * *
37959 TTGAGTGGGTGGTGGGTATTGCCTTGGTGGTGGATGACTTTGAGTGGGTGGAGTGTATGCAGATG
1 TTGAGTGGGAGGTGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGACTTTGAGTGGGCGGAGTGTATGCAGATG
* * *
38024 GTGGTGGATGCCTTTGAGTGGGTGGCGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGAGCTTGAGTGGGTGGA
66 GTGGTGGATGCCTTTGAGTGGGAGGCGGGTATTGCCTAGGTGGTGGATGAGCTTGAGTGGGCGGA
38089 GTGTATGTAGATGGTGGTGGATGCCTTTGA
131 GTGTATGTAGATGGTGGTGGATGCCTTTGA
38119 GTTGGAGGTG
Statistics
Matches: 149, Mismatches: 10, Indels: 2
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
176 1 0.01
177 148 0.99
ACGTcount: A:0.14, C:0.08, G:0.47, T:0.31
Consensus pattern (177 bp):
TTGAGTGGGAGGTGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGACTTTGAGTGGGCGGAGTGTATGCAGATG
GTGGTGGATGCCTTTGAGTGGGAGGCGGGTATTGCCTAGGTGGTGGATGAGCTTGAGTGGGCGGA
GTGTATGTAGATGGTGGTGGATGCCTTTGAACGGGTGGTGTACGGCC
Found at i:37988 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 37945--38471 Score: 229
Period size: 39 Copynumber: 13.5 Consensus size: 39
37935 CCTTTGAACG
* * *
37945 GGTGGTGTACGGCCTTGAGTGGGTGGTGGGTATTGCCTT
1 GGTGGTGGATGGCCTTGAGTGGGTGGAGGGTATTGCCTT
* * * **
37984 GGTGGTGGATGACTTTGAGTGGGTGGAGTGTA-TGCAGAT
1 GGTGGTGGATGGCCTTGAGTGGGTGGAGGGTATTGC-CTT
* *
38023 GGTGGTGGAT-GCCTTTGAGTGGGTGGCGGGTATTGCCTG
1 GGTGGTGGATGGCC-TTGAGTGGGTGGAGGGTATTGCCTT
* *
38062 GGTGGTGGATGAG-CTTGAGTGGGTGGAGTGTATGTAG--AT
1 GGTGGTGGATG-GCCTTGAGTGGGTGGAGGGTAT-T-GCCTT
* * * *
38101 GGTGGTGGAT-GCCTTTGAGTTGGAGGTGGGTATTGCCTG
1 GGTGGTGGATGGCC-TTGAGTGGGTGGAGGGTATTGCCTT
* * ***
38140 GGTGGTGGATGAG-CTTGAGTTGGCGGA--GTATATGTAGAT
1 GGTGGTGGATG-GCCTTGAGTGGGTGGAGGGTAT-TG-CCTT
* * * * *
38179 GGTGGTGGAT-GCTTTTGAGTTGGAGGTGGGTATTGCCTG
1 GGTGGTGGATGGC-CTTGAGTGGGTGGAGGGTATTGCCTT
* * * *
38218 GGTGGTGGATGAG-CTTGAGTTGGCGGAGTGTATGTAG--AT
1 GGTGGTGGATG-GCCTTGAGTGGGTGGAGGGTAT-T-GCCTT
* * *
38257 GGTGGTGGAT-GCCTTTGAGTGGGAGGTGGGTATTGCCTG
1 GGTGGTGGATGGCC-TTGAGTGGGTGGAGGGTATTGCCTT
* * * *
38296 GGTGGTGGATGAG-CTTGAGTTGGCGGAGTGTATGTAG--AT
1 GGTGGTGGATG-GCCTTGAGTGGGTGGAGGGTAT-T-GCCTT
* * * *
38335 GGTGGTGGAT-GCCTTTGAGTAGGAGGTGGGTATTGCCTG
1 GGTGGTGGATGGCC-TTGAGTGGGTGGAGGGTATTGCCTT
* * * **
38374 GGTGGTGGATGAG-CTTGAGTTGGAGGAGTGTATGTAG--AG
1 GGTGGTGGATG-GCCTTGAGTGGGTGGAGGGTAT-T-GCCTT
* * *
38413 GGTGGTGGAT-GCCTTTGAGTAGGAGGTGGGTATTG-CTT
1 GGTGGTGGATGGCC-TTGAGTGGGTGGAGGGTATTGCCTT
38451 GGGTGGTGGATGAG-CTTGAGT
1 -GGTGGTGGATG-GCCTTGAGT
38472 TGGCGGAGTG
Statistics
Matches: 372, Mismatches: 71, Indels: 90
0.70 0.13 0.17
Matches are distributed among these distances:
37 13 0.03
38 14 0.04
39 317 0.85
40 14 0.04
41 14 0.04
ACGTcount: A:0.14, C:0.07, G:0.47, T:0.31
Consensus pattern (39 bp):
GGTGGTGGATGGCCTTGAGTGGGTGGAGGGTATTGCCTT
Found at i:38008 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 37924--38087 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 8.2 Consensus size: 21
37914 GTATGTAGAT
* **
37924 GGTGGTGGATGCCTTTGAACG
1 GGTGGTGGATGACTTTGAGTG
* * * *
37945 GGTGGTGTACGGCCTTGAGTG
1 GGTGGTGGATGACTTTGAGTG
* ** *
37966 GGTGGTGGGT-A--TTGCCTT
1 GGTGGTGGATGACTTTGAGTG
37984 GGTGGTGGATGACTTTGAGTG
1 GGTGGTGGATGACTTTGAGTG
* *
38005 GGTGG-AG-TG--TATGCAGAT-
1 GGTGGTGGATGACTTTG-AG-TG
*
38023 GGTGGTGGATGCCTTTGAGTG
1 GGTGGTGGATGACTTTGAGTG
* * **
38044 GGTGGCGGGT-A--TTGCCTG
1 GGTGGTGGATGACTTTGAGTG
38062 GGTGGTGGATGAGC-TTGAGTG
1 GGTGGTGGATGA-CTTTGAGTG
38083 GGTGG
1 GGTGG
38088 AGTGTATGTA
Statistics
Matches: 100, Mismatches: 30, Indels: 26
0.64 0.19 0.17
Matches are distributed among these distances:
17 3 0.03
18 33 0.33
19 6 0.06
20 4 0.04
21 51 0.51
22 3 0.03
ACGTcount: A:0.12, C:0.10, G:0.48, T:0.30
Consensus pattern (21 bp):
GGTGGTGGATGACTTTGAGTG
Found at i:38048 original size:99 final size:99
Alignment explanation
Indices: 37860--38040 Score: 301
Period size: 99 Copynumber: 1.8 Consensus size: 99
37850 GTGGATGCCT
* *
37860 TTGAGTGGGAGGTGGGTATTGCCTAGGTGGTGGATGAGCTTGAGTTGGCGGAGTGTATGTAGATG
1 TTGAGTGGGAGGTGGGTATTGCCTAGGTGGTGGATGAGCTTGAGTGGGCGGAGTGTATGCAGATG
37925 GTGGTGGATGCCTTTGAACGGGTGGTGTACGGCC
66 GTGGTGGATGCCTTTGAACGGGTGGTGTACGGCC
* * *
37959 TTGAGTGGGTGGTGGGTATTGCCTTGGTGGTGGATGA-CTTTGAGTGGGTGGAGTGTATGCAGAT
1 TTGAGTGGGAGGTGGGTATTGCCTAGGTGGTGGATGAGC-TTGAGTGGGCGGAGTGTATGCAGAT
38023 GGTGGTGGATGCCTTTGA
65 GGTGGTGGATGCCTTTGA
38041 GTGGGTGGCG
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 5, Indels: 2
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
98 1 0.01
99 75 0.99
ACGTcount: A:0.14, C:0.09, G:0.45, T:0.31
Consensus pattern (99 bp):
TTGAGTGGGAGGTGGGTATTGCCTAGGTGGTGGATGAGCTTGAGTGGGCGGAGTGTATGCAGATG
GTGGTGGATGCCTTTGAACGGGTGGTGTACGGCC
Found at i:38556 original size:78 final size:78
Alignment explanation
Indices: 37959--38523 Score: 925
Period size: 78 Copynumber: 7.2 Consensus size: 78
37949 GTGTACGGCC
* * * * *
37959 TTGAGTGGGTGGTGGGTATTGCCTTGGTGGTGGATGA-CTTTGAGTGGGTGGAGTGTATGCAGAT
1 TTGAGTGGGAGGTGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGAGC-TTGAGTTGGCGGAGTGTATGTAGAT
38023 GGTGGTGGATGCCT
65 GGTGGTGGATGCCT
* * * *
38037 TTGAGTGGGTGGCGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGAGCTTGAGTGGGTGGAGTGTATGTAGATG
1 TTGAGTGGGAGGTGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGAGCTTGAGTTGGCGGAGTGTATGTAGATG
38102 GTGGTGGATGCCT
66 GTGGTGGATGCCT
* *
38115 TTGAGTTGGAGGTGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGAGCTTGAGTTGGCGGAGTATATGTAGATG
1 TTGAGTGGGAGGTGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGAGCTTGAGTTGGCGGAGTGTATGTAGATG
*
38180 GTGGTGGATGCTT
66 GTGGTGGATGCCT
*
38193 TTGAGTTGGAGGTGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGAGCTTGAGTTGGCGGAGTGTATGTAGATG
1 TTGAGTGGGAGGTGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGAGCTTGAGTTGGCGGAGTGTATGTAGATG
38258 GTGGTGGATGCCT
66 GTGGTGGATGCCT
38271 TTGAGTGGGAGGTGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGAGCTTGAGTTGGCGGAGTGTATGTAGATG
1 TTGAGTGGGAGGTGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGAGCTTGAGTTGGCGGAGTGTATGTAGATG
38336 GTGGTGGATGCCT
66 GTGGTGGATGCCT
* * *
38349 TTGAGTAGGAGGTGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGAGCTTGAGTTGGAGGAGTGTATGTAGAGG
1 TTGAGTGGGAGGTGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGAGCTTGAGTTGGCGGAGTGTATGTAGATG
38414 GTGGTGGATGCCT
66 GTGGTGGATGCCT
* *
38427 TTGAGTAGGAGGTGGGTATTGCTTGGGTGGTGGATGAGCTTGAGTTGGCGGAGTGTATGTAGATG
1 TTGAGTGGGAGGTGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGAGCTTGAGTTGGCGGAGTGTATGTAGATG
38492 GTGGTGGATGCCT
66 GTGGTGGATGCCT
* * *
38505 TTGAATGGGTGGTGAGTAT
1 TTGAGTGGGAGGTGGGTAT
38524 GTAGACGGGG
Statistics
Matches: 463, Mismatches: 23, Indels: 2
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
78 462 1.00
79 1 0.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.07, G:0.47, T:0.32
Consensus pattern (78 bp):
TTGAGTGGGAGGTGGGTATTGCCTGGGTGGTGGATGAGCTTGAGTTGGCGGAGTGTATGTAGATG
GTGGTGGATGCCT
Found at i:44255 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 44204--44255 Score: 77
Period size: 27 Copynumber: 1.9 Consensus size: 27
44194 GTCATTTAAT
** *
44204 AATTCAATTTTAATACTTTTTTAAGGG
1 AATTCAATTTTAATACTGATATAAGGG
44231 AATTCAATTTTAATACTGATATAAG
1 AATTCAATTTTAATACTGATATAAG
44256 TAATAGAAAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 22 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (27 bp):
AATTCAATTTTAATACTGATATAAGGG
Found at i:44560 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 44534--44573 Score: 62
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
44524 TTGTTTGGCA
* *
44534 ACTGTACAGATTAGATTATGT
1 ACTGTACAAATGAGATTATGT
44555 ACTGTACAAATGAGATTAT
1 ACTGTACAAATGAGATTAT
44574 TAGAGCAACG
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 17 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (21 bp):
ACTGTACAAATGAGATTATGT
Found at i:47085 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 47062--47096 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
47052 AGATCATCAT
47062 CATCACCACCACCACCAC
1 CATCACCACCACCACCAC
* *
47080 CATCACGATCACCACCA
1 CATCACCACCACCACCA
47097 TCATGGCCAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 15 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.54, G:0.03, T:0.09
Consensus pattern (18 bp):
CATCACCACCACCACCAC
Found at i:50262 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 50240--50277 Score: 67
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
50230 CCATTAGGCA
50240 AAAAAAAAAAATTAAAGAAC
1 AAAAAAAAAAATTAAAGAAC
*
50260 AAAGAAAAAAATTAAAGA
1 AAAAAAAAAAATTAAAGA
50278 GATCTGGAAG
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 17 1.00
ACGTcount: A:0.79, C:0.03, G:0.08, T:0.11
Consensus pattern (20 bp):
AAAAAAAAAAATTAAAGAAC
Found at i:52831 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 52793--52852 Score: 93
Period size: 27 Copynumber: 2.2 Consensus size: 27
52783 TAGAGATCAT
*
52793 GTGTGGAGTCGTACGTTTGGAGGTCAC
1 GTGTGGAGTCGTACGTTTGAAGGTCAC
* *
52820 GTGTGGAGTCGTATGTTTGAAGGTCAT
1 GTGTGGAGTCGTACGTTTGAAGGTCAC
52847 GTGTGG
1 GTGTGG
52853 GGTACCAGAT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 30 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.10, G:0.42, T:0.33
Consensus pattern (27 bp):
GTGTGGAGTCGTACGTTTGAAGGTCAC
Found at i:74602 original size:28 final size:29
Alignment explanation
Indices: 74548--74624 Score: 84
Period size: 29 Copynumber: 2.6 Consensus size: 29
74538 TACAAATTGC
*
74548 AAGTTTAGGGGGCAAAACGTCCAAAATTA
1 AAGTTTAGGGGGCAAAACATCCAAAATTA
* *
74577 AAGTTTAGGGGGTAAAACAT-TAAAATCATA
1 AAGTTTAGGGGGCAAAACATCCAAAAT--TA
*
74607 CAAGTTTATGGGGCAAAA
1 -AAGTTTAGGGGGCAAAA
74625 AGGGCATTAA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 5, Indels: 4
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
28 5 0.12
29 18 0.45
30 2 0.05
31 15 0.38
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.23, T:0.23
Consensus pattern (29 bp):
AAGTTTAGGGGGCAAAACATCCAAAATTA
Found at i:84274 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 84267--84308 Score: 84
Period size: 2 Copynumber: 21.0 Consensus size: 2
84257 CAAAACTGAT
84267 GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA
1 GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA
84309 AGTAA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 40 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.50, T:0.00
Consensus pattern (2 bp):
GA
Done.