Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01016509.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig16542, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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65 ATTATTAATT
75 ATAATTAATAATAACAATTTAA
1 ATAATTAATAATAACAA-TTAA
*
97 ATTAA-TAATAATTAATAATTAA
1 A-TAATTAATAA-TAACAATTAA
119 ATAATTAATAATAA
1 ATAATTAATAATAA
133 TTAAAAATAA
Statistics
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21 6 0.19
22 18 0.56
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ATAATTAATAATAACAATTAA
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46 TTTTGGTTTT
*
56 TAATTAT
1 TAATTAA
*
63 TAATTAT
1 TAATTAA
70 TAATT-A
1 TAATTAA
76 TAATTAA
1 TAATTAA
83 TAA-TAA
1 TAATTAA
*
89 CAATTTAAA
1 TAA-TT-AA
98 TTAA-TAA
1 -TAATTAA
105 TAATTAA
1 TAATTAA
112 TAATTAAA
1 TAATT-AA
120 TAATTAA
1 TAATTAA
127 TAAT
1 TAAT
131 AATTAAAAAT
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 3, Indels: 14
0.77 0.04 0.19
Matches are distributed among these distances:
6 13 0.22
7 32 0.55
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10 2 0.03
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TAATTAA
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493 CTTCCATATA
503 CACATGATTATAGTCAAACATGAAGCTTATTTAGTGGC
1 CACATGATTATAGTCAAACATGAAGCTTATTTAGTGGC
*
541 CACATGTTTATAGTCAAACATGAAGCTTATTTAGTGG
1 CACATGATTATAGTCAAACATGAAGCTTATTTAGTGG
578 GGGTGGGGTT
Statistics
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0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
38 36 1.00
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CACATGATTATAGTCAAACATGAAGCTTATTTAGTGGC
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Indices: 799--3554 Score: 2807
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789 TAGAAATTAG
* * * *
799 AAATTGAA-GGTTTTTTTACGTTTCTAATATTCCTTTTTCATATTTTTTGAATTCATTTCTAATT
1 AAATTGAAGGGTTATTTTACGATTCTAATA-TCGTTTTTCATATTTTCTGAATTCATTTCTAATT
* * *
863 AAATTGAAACAAAATTCAGATGATTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTAG
65 AAATCGAAACAAAATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGG
* *
928 TTAGATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTCTATGCCAAAAACCATGCAAA-ACTGAGTCGAGAC
130 TTAGATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCAAATA-TGAGTCGAG-G
* * *
992 CCCAAAACGCGTTTTTAGAAAGAAAAAAAAACGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCT-AAAACT
193 CCCGAAACGCGTTTTTAG-AAG-AAAAAAAATGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAAACT
* * * * * * *
1056 TACCC-AAAAAATTTTTCTCAATTTTTTGCCACGATATTGAGAAAAAATATCTAATTCAACCCCA
256 GACCCGAAAAATTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCA
* * ** * * *
1120 AAATGATGGGATTTTCTTGCTTCTAATATCG-TTTTCCTTTTTTTCTGAATTAATATCTAATTAA
321 AAAAGAT-TG-TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAA
* * * * *
1184 ATCAAAACAAGATTTAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAACGTGGCTGAGATTTGGTT
384 ATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGTTGAGATTTGGTT
* * * * *
1249 AGATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATTCATAACTGAGTCGAGG--CC
449 TGATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCAAAATTGAG-CCAGGACCC
* *
1312 -ATGAAACACGTTTTTAGCAAAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCT-AAAACTGACC
513 GA-GAAGCA--TTTTTAGC-AAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACC
* * *
1375 CAAAATTTTTTTTCCTCAATTCTTTGCGACAATACTCAGAAAAAATATATGATTCAACGTCAAAA
574 CAAAATTTTTTTT-CTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGTCAAAA
* * *
1440 AGATTGACGAGATTTTCTTGCTTCTGATATCGTTTTTTCATTTTTTTCCGAATCAATTGCTAATT
638 AGATTGACG-GATTTTCTTGCTTCTAATATCGTTTTTTCATTTTTTTCCAAATTAATT-CTAATT
* * *
1505 AAATCGAAACATGATTTAGAAGCACGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTAAGATTTGG
701 AAATCGAAACAAGATTTAGATGCACGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGG
*
1570 TTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAATTCATGAATAATTGAGCCGGCACT
766 TTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTGCCAAAATTCATGAATAATTGAGCCGGCACT
* * * * *
1635 CCGACACACTTTTTTAGC-CAAAAACCGTGAT-GTT-T-G-CA-AAAACTGAACC-GAGAA-GTT
831 CCGAAACACATTTTTAGCAAAAAAACCGTGATGGTTATAGTCACAAAACT-AACCAAAAAATGTT
* *
1692 TTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAA-ATATATAATTCAACGACAAA
895 TTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCAAAAAAATATATATAATTCAACGACAAA
*
1746 AAATTGAAGGGTTATTTTACGATTCTAATATCGTTTTTCCATGTTTTCTGAATTCATTTCTAATT
1 AAATTGAAGGGTTATTTTACGATTCTAATATCGTTTTT-CATATTTTCTGAATTCATTTCTAATT
1811 AAATCGAAACAAAATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGG
65 AAATCGAAACAAAATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGG
* *
1876 TTAAATGATTATAGATATTTCAAGGATTCTTTATGCCAAAAACCATGCAAATATGAGTCGAGGCC
130 TTAGATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCAAATATGAGTCGAGGCC
*
1941 CTGAAACGCGTTTTTAGAAGAAAAAAAATGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGAC
195 C-GAAACGCGTTTTTAGAAGAAAAAAAATGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAAACTGAC
* * *
2006 CCGAAAATTTTTTTTCTCAA-TTTTTGCCACTATACTCAGAAAAAATATATAATTCGACGCCAAA
259 CCGAAAA-ATTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAA
* *
2070 AAGATTG-TTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTCTTCCCAAATTAATTTCTAATTAAAT
323 AAGATTGTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTT-TT-CTAAATTAATTTCTAATTAAAT
* * * * * *
2134 GGAAACAAGACTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTAGTTGAGATTTTGTTTG
386 CGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGTTGAGATTTGGTTTG
* * * * *
2199 ATGAATATAGATATTTCAAGGAGTTTTTGTTCCAAAATTCC-TGCAAAATTGAGCCAGGACTCCG
451 ATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAA-ACCATGCAAAATTGAGCCAGGAC-CCG
* * * * *
2263 GGATGCATTTTCAGCAAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAAACTGACCTGAAA
514 AGAAGCATTTTTAGCAAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACC-CAAA
* * *
2328 A-ATTTTTTCTCAATTTTTTGCCACGATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAC--CCAAAA-A-T
578 ATTTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGTCAAAAAGATT
* ** * *
2388 ----G--TCTCTTGCTTCTAATATCG--TTTTCCGTTTTTTCTAAATTAATATCTAATTAAATCA
643 GACGGATTTTCTTGCTTCTAATATCGTTTTTTCATTTTTTTCCAAATTAAT-TCTAATTAAATCG
* * ** *
2445 AAACAAGATTTAGATG-ATCATAAAAACAAATCCTTAAATATAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGA
707 AAACAAGATTTAGATGCA-CGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGA
* * * * * * * *
2509 TGATTATAGATATTTTAAGGAGTCTTTATGCTAAAAATCATTG-ATAACTGAGTCGAGGC-CT-T
771 TGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTGCCAAAATTCA-TGAATAATTGAG-C-CGGCACTCC
*
2571 GAAACGCATTTTTAGCAAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAACTAACCAAAA
833 GAAACACATTTTTAGCAAAAAAACCGTGATGGTTA-T--A-G---TCA-C-AAAACTAACCAAAA
* *
2636 AATTTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCAAAAAAATATATATAATTCAACGCCAAA
889 AATGTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCAAAAAAATATATATAATTCAACGACAAA
* * * * * * *
2697 AAGATTGACGAG--ATTTT-CTTGCTTCTAAAATCGTTTTTTCATTTTTTTCCGAA-TCAATTGC
1 AA-ATTGAAGGGTTATTTTAC--GATTCTAATATCG-TTTTTCA-TATTTTCTGAATTC-ATTTC
* * * * *
2758 TAATTAAATCGAAACAAGATTCAAAAGCA-CTTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAG
60 TAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATG-ATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAG
* ** ** *
2822 ATTTGGTTCGATGAATATATAG-TAATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAATTCATGAATAAT-TG
124 ATTTGGTTAGATG-AT-TATAGAT-ATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCA-AATATG
* ** * * * * * *
2885 AGCCG-GGACTCCGGGACAC-TTTTT--TAG-CAAAAAATCGTGATGGTTAATACGCGAATGCGG
185 AGTCGAGG-C-CCGAAACGCGTTTTTAGAAGAAAAAAAAT-GTGATGGTTAATACACGATTTCGG
* ** * * * *
2945 CTTAAATTTTGCAAAAACTGAACCGGGAAGTTTTTCCTCAATTTTTTTCCACAATACTCAGATAA
247 C--------T--AAAAACTGACCCGAAAAATTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAA
* * * * * * **
3010 AATATATAATTCAATGACAAAAAAATTGAAGGGTTTTTTACGATTCTAATACCGTTTTTCCAAGT
302 AATATATAATTCAACGCCAAAAAGATT-----G-TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTT
* * * *
3075 TTTCTAAATTCATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGATCGTAAAAATAAATTCTTAAA
361 TTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAA
3140 TCCAATGTGGTTGAGATTTGGTTTGATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACC
426 TCCAATGTGGTTGAGATTTGGTTTGATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACC
* * * * ** *
3205 ATG-AAAATCTGAGTC-GAGACCCTGA-AACGCGTTTTTAGATTAAAAAAATGTGGGGGTTAATA
491 ATGCAAAAT-TGAGCCAG-GACCC-GAGAA-GCATTTTTAG--CAAAAAACTGTGATGGTTAGTA
*
3267 CACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATTTATTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAA
550 CACGATTTCGGCTAAAAACTGACCC-AAAATTTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAA
** *
3332 AAAATATATAATT-AGACGTCAAAAAGATTGACGGGATTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCA
614 AAAATATATAATTCA-ACGTCAAAAAGATTGAC-GGATTTTCTTGCTTCTAATATCGTTTTTTCA
* * * * * ** **
3396 TTTTCTTCCCAAATTAATTTCTAATTAGATGGAAACAAGACTCAGATGCTTGTAAAGTCAAATCC
677 TTTT-TTTCCAAATTAA-TTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCACGTAAAAACAAATCC
* * * * *
3461 TTATATCCAATGTAGTTGAGATTTTGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTTTTTGTTCCAA
740 TTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTGCCAA
*
3526 AATTCATGCAA-CATTGAGCCAGG-ACTCCG
805 AATTCATG-AATAATTGAGCC-GGCACTCCG
3555 GGATGCATTT
Statistics
Matches: 1489, Mismatches: 217, Indels: 170
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
933 1 0.00
934 138 0.09
935 18 0.01
936 23 0.02
938 2 0.00
942 1 0.00
943 1 0.00
944 1 0.00
945 22 0.01
946 45 0.03
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952 93 0.06
953 11 0.01
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955 5 0.00
959 1 0.00
960 10 0.01
961 57 0.04
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967 2 0.00
968 70 0.05
969 46 0.03
971 5 0.00
972 1 0.00
973 1 0.00
978 1 0.00
980 16 0.01
982 14 0.01
983 108 0.07
984 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (949 bp):
AAATTGAAGGGTTATTTTACGATTCTAATATCGTTTTTCATATTTTCTGAATTCATTTCTAATTA
AATCGAAACAAAATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGT
TAGATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCAAATATGAGTCGAGGCCC
GAAACGCGTTTTTAGAAGAAAAAAAATGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCC
GAAAAATTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAG
ATTGTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA
CAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGTTGAGATTTGGTTTGATGAT
TATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCAAAATTGAGCCAGGACCCGAGAAGCA
TTTTTAGCAAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCAAAATTTTTTT
TCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGTCAAAAAGATTGACGGATT
TTCTTGCTTCTAATATCGTTTTTTCATTTTTTTCCAAATTAATTCTAATTAAATCGAAACAAGAT
TTAGATGCACGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATAGA
TATTTCAAGGAGTCTTTGTGCCAAAATTCATGAATAATTGAGCCGGCACTCCGAAACACATTTTT
AGCAAAAAAACCGTGATGGTTATAGTCACAAAACTAACCAAAAAATGTTTTTCCTCAATTCTTTG
CCACAATACTCAAAAAAATATATATAATTCAACGACAAA
Found at i:3383 original size:324 final size:320
Alignment explanation
Indices: 848--3514 Score: 2498
Period size: 319 Copynumber: 8.3 Consensus size: 320
838 ATATTTTTTG
* * * *
848 AATTCATTTCTAATTAAATTGAAACAAAATTCAGATGATTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
* *
913 GTGGCTGAGATTTAGTTAGATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTCTATGCCAAAAACCATGCAA
66 GTGGCTGAGATTTGGTTAGATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATG-AA
* ** * * *
978 AACTGAGTCGAGACCCCAAAACGCGTTTTTAGAAAGAAAAAAAAACGTGATGGTTATTACACGAT
130 AATTGAGTCGAGACCCTGAAACGCATTTTT----AG-AAAAAAAATGTGATGGTTAGTACACGAT
* ** * * *
1043 TTCGGCT-AAAACTTACCC-AAAAAATTTTTCTCAATTTTTTGCCACGATATTGAGAAAAAATAT
190 TTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATAT
* ** * ** * *
1106 CTAATTCAAC--CCCAAA-A-TGATGGGATTTTCTTGCTTCTAATATCG-TTTTCCTTTTTTTCT
255 ATAATTCAACGACAAAAAGATTGACGGGATTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCC
*
1166 G
320 A
* * * * *
1167 AATTAATATCTAATTAAATCAAAACAAGATTTAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAAC
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
* *
1232 GTGGCTGAGATTTGGTTAGATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATTCAT
66 GTGGCTGAGATTTGGTTAGATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCA-TGAA
* * * * * * *
1297 AACTGAGTCGAGGCCATGAAACACGTTTTTAGCAAAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCA
130 AATTGAGTCGAGACCCTGAAACGCATTTTTAG-AAAAAAAATGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
* *
1362 GCT-AAAACTGACCC-AAAATTTTTTTTCCTCAATTCTTTGCGACAATACTCAGAAAAAATATAT
194 GCTAAAAACTGACCCGAAAA-TTTTTTT-CTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATAT
* * * ** * * *
1425 GATTCAACGTCAAAAAGATTGACGAGATTTTCTTGCTTCTGATATCGTTTTTTCATTTTTTTCCG
257 AATTCAACGACAAAAAGATTGACGGGATTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCA-TTTTTTCCA
* * * * * *
1490 AATCAATTGCTAATTAAATCGAAACATGATTTAGAAGCA-CGTAAAAACAAATCCTTATATCCAA
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATG-ATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAA
* * * ** **
1554 TGTGGCTAAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAATTCATGAA
65 TGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGAA
* * * * ** **
1619 TAATTGAGCCG-GCACTCC-GACACACTTTTTTAG-CCAAAAA-CCG-T-G--A-T----G-TTT
130 -AATTGAGTCGAG-AC-CCTGAAACGCATTTTTAGAAAAAAAATGTGATGGTTAGTACACGATTT
* * * *
1670 --GC-AAAAACTGAACCGAGAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATAT
192 CGGCTAAAAACTGACCCGAAAATTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATAT
* * * *
1732 AATTCAACGACAAAAA-ATTGAAGGGTTATTTT-ACGATTCTAATATCGTTTTTCCATGTTTTCT
257 AATTCAACGACAAAAAGATTGACGGG--ATTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCC
*
1795 G
320 A
* *
1796 AATTCATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
* * *
1861 GTGGCTGAGATTTGGTTAAATGATTATAGATATTTCAAGGATTCTTTATGCCAAAAACCATGCAA
66 GTGGCTGAGATTTGGTTAGATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGAAA
* *
1926 ATATGAGTCGAGGCCCTGAAACGCGTTTTTAGAAGAAAAAAAATGTGATGGTTAGTACACGATTT
131 AT-TGAGTCGAGACCCTGAAACGCATTTTT---AGAAAAAAAATGTGATGGTTAGTACACGATTT
*
1991 CGGCTAAAAACTGACCCGAAAATTTTTTTTCTCAA-TTTTTGCCACTATACTCAGAAAAAATATA
192 CGGCTAAAAACTGACCCGAAAA-TTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATA
* * *
2055 TAATTCGACGCCAAAAAGATT-----G--TTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTCTTCC
256 TAATTCAACGACAAAAAGATTGACGGGATTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTT-TT-C
2113 CA
319 CA
* * * *
2115 AATTAATTTCTAATTAAATGGAAACAAGACTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
* * * * * * * * *
2180 GTAGTTGAGATTTTGTTTGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTTTTTGTTCCAAAATTCC-TGCA
66 GTGGCTGAGATTTGGTTAGATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAA-ACCATG-A
* ** * * * *
2244 AAATTGAG-CCAGGACTCC-GGGATGCATTTTCAGCAAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTT
129 AAATTGAGTCGA-GAC-CCTGAAACGCATTTTTAGAAAAAAAATGTGATGGTTAGTACACGATTT
* * * *
2307 TGGCTAAAAACTGACCTGAAAAATTTTTTCTCAATTTTTTGCCACGATACTCAGAAAAAATATAT
192 CGGCTAAAAACTGACCCGAAAATTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATAT
* * * * *
2372 AATTCAAC--CCAAAA-A-TGTC----TCTT---GCTTCTAATATCG-TTTTCCGTTTTTTCTA
257 AATTCAACGACAAAAAGATTGACGGGATTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCCA
* * * * **
2424 AATTAATATCTAATTAAATCAAAACAAGATTTAGATGATCATAAAAACAAATCCTTAAATATAAT
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
* * * *
2489 GTGGCTGAGATTTGGTTAGATGATTATAGATATTTTAAGGAGTCTTTATGCTAAAAATCATTGAT
66 GTGGCTGAGATTTGGTTAGATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCA-TGAA
* * * ** *
2554 AACTGAGTCGAGGCCTTGAAACGCATTTTTAGCAAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCA
130 AATTGAGTCGAGACCCTGAAACGCATTTTTAG-AAAAAAAATGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
* ** * *
2619 GCT-AAAACTAACCAAAAAATTTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCAAAAAAATATATAT
194 GCTAAAAACTGACCCGAAAATTTTTTT-CTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAA-ATATAT
* * ** * * *
2683 AATTCAACGCCAAAAAGATTGACGAGATTTTCTTGCTTCTAAAATCGTTTTTTCATTTTTTTCCG
257 AATTCAACGACAAAAAGATTGACGGGATTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCA-TTTTTTCCA
* * * * * *
2748 AATCAATTGCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAAAGCA-CTTAAAAACAAATCCTTATATCCAA
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATG-ATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAA
* ** **
2812 TGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATATAG-TAATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAATTCAT
65 TGTGGCTGAGATTTGGTTAGATG-AT-TATAGAT-ATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCAT
* * ** * * * * *
2876 GAATAATTGAGCCGGGACTCC-GGGACACTTTTTTAG-CAAAAAATCGTGATGGTTAATACGCGA
127 GAA-AATTGAGTCGAGAC-CCTGAAACGCATTTTTAGAAAAAAAAT-GTGATGGTTAGTACACGA
* * * ** * * *
2939 ATGCGGCTTAAATTTTGCAAAAACTGAACCGGGAAGTTTTTCCTCAATTTTTTTCCACAATACTC
189 TTTCGGC--------T--AAAAACTGACCCGAAAATTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTC
* * * * * * * *
3004 AGATAAAATATATAATTCAATGACAAAAAAATTGAAGGGTTTTTTACGATTCTAATACCGTTTTT
244 AGAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAAGATTGACGGGATTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTT
** *
3069 CCAAGTTTTCTA
309 CCATTTTTTCCA
* * * *
3081 AATTCATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGATCGTAAAAATAAATTCTTAAATCCAAT
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
* *
3146 GTGGTTGAGATTTGGTTTGATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGAAA
66 GTGGCTGAGATTTGGTTAGATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGAAA
* ** *
3211 ATCTGAGTCGAGACCCTGAAACGCGTTTTTAGATTAAAAAAATGTGGGGGTTAATACACGATTTC
131 AT-TGAGTCGAGACCCTGAAACGCATTTTTAGA--AAAAAAATGTGATGGTTAGTACACGATTTC
3276 GGCTAAAAACTGACCCGAAAATTTATTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATAT
193 GGCTAAAAACTGACCCGAAAATTT-TTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATAT
* *
3341 AATT-AGACGTCAAAAAGATTGACGGGATTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTCTTCC
257 AATTCA-ACGACAAAAAGATTGACGGGATTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTT-TT-C
3405 CA
319 CA
* * * * * ** *
3407 AATTAATTTCTAATTAGATGGAAACAAGACTCAGATGCTTGTAAAGTCAAATCCTTATATCCAAT
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
* * * * *
3472 GTAGTTGAGATTTTGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGT
66 GTGGCTGAGATTTGGTTAGATGATTATAGATATTTCAAGGAGT
3515 TTTTGTTCCA
Statistics
Matches: 1907, Mismatches: 339, Indels: 197
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
305 6 0.00
306 140 0.07
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313 7 0.00
314 6 0.00
315 65 0.03
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330 5 0.00
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333 99 0.05
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336 15 0.01
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Consensus pattern (320 bp):
AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
GTGGCTGAGATTTGGTTAGATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGAAA
ATTGAGTCGAGACCCTGAAACGCATTTTTAGAAAAAAAATGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGC
TAAAAACTGACCCGAAAATTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATT
CAACGACAAAAAGATTGACGGGATTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCCA
Found at i:3584 original size:657 final size:640
Alignment explanation
Indices: 848--3600 Score: 3000
Period size: 657 Copynumber: 4.3 Consensus size: 640
838 ATATTTTTTG
* * * * * *
848 AATTCATTTCTAATTAAATTGAAACAAAATTCAGATGATTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
1 AATTAATTTCTAATTAAATGGAAACAAGACTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTATATCCAAT
* * * * * * * * * **
913 GTGGCTGAGATTTAGTTAGATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTCTATGCCAAAAACCATGCAA
66 GTAGTTGAGATTTTGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTTTTTGTTCCAAAATTCATGCAA
* * * *** * * * * * *
978 AACTGAGTC-GAGACCCCAAAACGCGTTTTTAGAAAGAAAAAAAAACGTGATGGTTATTACACGA
131 AATTGAGCCAG-GACTCCGGGATGC-ATTTT---CAG-CAAAAAACCGTGATGGTTAATACACGA
* * * * * * * * * *
1042 TTTCGGCTAAAACTTACCCAAAAAATTTTT-CTCAATTTTTTGCCACGATATTGAGAAAAAATAT
190 TTT-TGCAAAAACTGAACCGAGAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATAT
* * ** * * * *
1106 CTAATTCAA-CCCCAAAA-TGATGGGATTTTCTT--GCTTCTAATATCG-TTTTCCTTTTTTTCT
254 ATAATTCAAGACAAAAAATTGAAGGG-TTTT-TTACGATTCTAATATCGTTTTTCCATGTTTTCT
* * * * * * *
1166 GAATTAATATCTAATTAAATCAAAACAAGATTTAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAA
317 AAATTCATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAA
* *
1231 CGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATTCA
382 TGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCA-TGA
* * * * *
1296 TAA-CTGAGTCGAGGCCATGAAACACGTTTTTAGCAAAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTT
446 AAATCTGAGTCGAGGCCCTGAAACGCGTTTTTAGAAAAAAAAATGTGATGGTTAGTACACGATTT
* * *
1360 CAGCT-AAAACTGACCC-AAAATTTTTTTTCCTCAATTCTTTGCGACAATACTCAGAAAAAATAT
511 CGGCTAAAAACTGACCCGAAAA-TTTTTTT-CTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATAT
* * ** * *
1423 ATGATTCA-ACGTCAAAAAGATTGACGAGATTTTCTTGCTTCTGATATCGTTTTTTCATTTT-TT
574 ATAATT-AGACGCCAAAAAGATTGACG-GATTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTCTT
* *
1486 TCCG
637 CCCA
* * * * * * * **
1490 AATCAATTGCTAATTAAATCGAAACATGATTTAGAAGCACGTAAAAACAAATCCTTATATCCAAT
1 AATTAATTTCTAATTAAATGGAAACAAGACTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTATATCCAAT
* * * * * **
1555 GTGGCTAAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAATTCATG-AA
66 GTAGTTGAGATTTTGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTTTTTGTTCCAAAATTCATGCAA
** ** * * *
1619 TAATTGAGCC-GGCACTCCGACACACTTTTTTAGCCAAAAACC--G-T-G---AT----G--TTT
131 -AATTGAGCCAGG-ACTCCGGGATGCATTTTCAGCAAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTT
1670 GCAAAAACTGAACCGAGAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAAT
194 GCAAAAACTGAACCGAGAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAAT
*
1735 TCAACGACAAAAAATTGAAGGGTTATTTTACGATTCTAATATCGTTTTTCCATGTTTTCTGAATT
259 TCAA-GACAAAAAATTGAAGGGTT-TTTTACGATTCTAATATCGTTTTTCCATGTTTTCTAAATT
1800 CATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGG
322 CATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGG
* * * *
1865 CTGAGATTTGGTTAAATGATTATAGATATTTCAAGGATTCTTTATGCCAAAAACCATGCAAATAT
387 CTGAGATTTGGTTAGATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGAAAATCT
1930 GAGTCGAGGCCCTGAAACGCGTTTTTAGAAGAAAAAAAATGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGC
452 GAGTCGAGGCCCTGAAACGCGTTTTTAG-A-AAAAAAAATGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGC
*
1995 TAAAAACTGACCCGAAAATTTTTTTTCTCAA-TTTTTGCCACTATACTCAGAAAAAATATATAAT
515 TAAAAACTGACCCGAAAA-TTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAAT
*
2059 TCGACGCCAAAAAGATT----G--TTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTCTTCCCA
579 TAGACGCCAAAAAGATTGACGGATTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTCTTCCCA
*
2115 AATTAATTTCTAATTAAATGGAAACAAGACTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAT
1 AATTAATTTCTAATTAAATGGAAACAAGACTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTATATCCAAT
* *
2180 GTAGTTGAGATTTTGTTTGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTTTTTGTTCCAAAATTCCTGCAA
66 GTAGTTGAGATTTTGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTTTTTGTTCCAAAATTCATGCAA
* *
2245 AATTGAGCCAGGACTCCGGGATGCATTTTCAGCAAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTTGG
131 AATTGAGCCAGGACTCCGGGATGCATTTTCAGCAAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTT-G
* * * *
2310 CTAAAAACTG-ACCTGAAAAATTTTTTCTCAATTTTTTGCCACGATACTCAGAAAAAATATATAA
195 C-AAAAACTGAACC-GAGAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAA
* * * * * * * *
2374 TTCAA-CCCAAAAA-T-----GTCTCTT--GCTTCTAATATCG-TTTTCCGTTTTTTCTAAATTA
258 TTCAAGACAAAAAATTGAAGGGTTTTTTACGATTCTAATATCGTTTTTCCATGTTTTCTAAATTC
* * * * * **
2429 ATATCTAATTAAATCAAAACAAGATTTAGATGATCATAAAAACAAATCCTTAAATATAATGTGGC
323 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGC
* * * *
2494 TGAGATTTGGTTAGATGATTATAGATATTTTAAGGAGTCTTTATGCTAAAAATCATTGATAA-CT
388 TGAGATTTGGTTAGATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCA-TGAAAATCT
* * * ** *
2558 GAGTCGAGGCCTTGAAACGCATTTTTAGCAAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCT-
452 GAGTCGAGGCCCTGAAACGCGTTTTTAGAAAAAAAAATGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTA
* ** * *
2622 AAAACTAACCAAAAAATTTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCAAAAAAATATATATAATT
517 AAAACTGACCCGAAAATTTTTTT-CTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAA-ATATATAATT
** * * * *
2687 CA-ACGCCAAAAAGATTGACGAGATTTTCTTGCTTCTAAAATCGTTTTTTCATTTT-TTTCCG
580 -AGACGCCAAAAAGATTGACG-GATTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTCTTCCCA
* * * * * * *
2748 AATCAATTGCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAAAGCACT-TAAAAACAAATCCTTATATCCAA
1 AATTAATTTCTAATTAAATGGAAACAAGACTCAGATGC-TTGTAAAAACAAATCCTTATATCCAA
* * * * * **
2812 TGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATATAGTAATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAATTCATG
65 TGTAGTTGAGATTTTGTTCGATGAATATAGA-T-ATTTCAAGGAGTTTTTGTTCCAAAATTCATG
* ** * * *
2877 -AATAATTGAGCCGGGACTCCGGGACACTTTTTTAGCAAAAAATCGTGATGGTTAATACGCGAAT
128 CAA-AATTGAGCCAGGACTCCGGGATGCATTTTCAGCAAAAAACCGTGATGGTTAATA--C--A-
* *
2941 GCGGCTTAAATTTTGCAAAAACTGAACCGGGAAGTTTTTCCTCAATTTTTTTCCACAATACTCAG
187 -C-G-----ATTTTGCAAAAACTGAACCGAGAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAG
* *
3006 ATAAAATATATAATTCAATGACAAAAAAATTGAAGGGTTTTTTACGATTCTAATACCGTTTTTCC
245 AAAAAATATATAATTCAA-GAC-AAAAAATTGAAGGGTTTTTTACGATTCTAATATCGTTTTTCC
* * *
3071 AAGTTTTCTAAATTCATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGATCGTAAAAATAAATTCT
308 ATGTTTTCTAAATTCATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCT
* *
3136 TAAATCCAATGTGGTTGAGATTTGGTTTGATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAA
373 TAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAA
* * ** *
3201 AACCATGAAAATCTGAGTCGAGACCCTGAAACGCGTTTTTAGATTAAAAAAATGTGGGGGTTAAT
438 AACCATGAAAATCTGAGTCGAGGCCCTGAAACGCGTTTTTAGA-AAAAAAAATGTGATGGTTAGT
3266 ACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATTTATTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGA
502 ACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATTT-TTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGA
*
3331 AAAAATATATAATTAGACGTCAAAAAGATTGACGGGATTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCA
566 AAAAATATATAATTAGACGCCAAAAAGATTGAC-GGATTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCA
3396 TTTTCTTCCCA
630 TTTTCTTCCCA
* **
3407 AATTAATTTCTAATTAGATGGAAACAAGACTCAGATGCTTGTAAAGTCAAATCCTTATATCCAAT
1 AATTAATTTCTAATTAAATGGAAACAAGACTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTATATCCAAT
3472 GTAGTTGAGATTTTGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTTTTTGTTCCAAAATTCATGCAA
66 GTAGTTGAGATTTTGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTTTTTGTTCCAAAATTCATGCAA
* *
3537 CATTGAGCCAGGACTCCGGGATGCATTTTCAGTC-AAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTTG
131 AATTGAGCCAGGACTCCGGGATGCATTTTCAG-CAAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTTG
3601 ATGCACGTAA
Statistics
Matches: 1765, Mismatches: 260, Indels: 169
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
623 19 0.01
624 75 0.04
625 160 0.09
626 68 0.04
627 33 0.02
628 168 0.10
629 174 0.10
630 1 0.00
631 79 0.04
632 20 0.01
633 97 0.05
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637 8 0.00
638 11 0.01
639 6 0.00
640 59 0.03
641 9 0.01
642 123 0.07
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646 5 0.00
647 6 0.00
648 5 0.00
649 1 0.00
650 1 0.00
651 1 0.00
653 1 0.00
654 5 0.00
655 1 0.00
656 16 0.01
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658 89 0.05
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660 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (640 bp):
AATTAATTTCTAATTAAATGGAAACAAGACTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTATATCCAAT
GTAGTTGAGATTTTGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTTTTTGTTCCAAAATTCATGCAA
AATTGAGCCAGGACTCCGGGATGCATTTTCAGCAAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTTGC
AAAAACTGAACCGAGAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
AAGACAAAAAATTGAAGGGTTTTTTACGATTCTAATATCGTTTTTCCATGTTTTCTAAATTCATT
TCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGA
GATTTGGTTAGATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGAAAATCTGAGT
CGAGGCCCTGAAACGCGTTTTTAGAAAAAAAAATGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAA
CTGACCCGAAAATTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTAGACGC
CAAAAAGATTGACGGATTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTCTTCCCA
Found at i:3595 original size:324 final size:320
Alignment explanation
Indices: 1672--3598 Score: 1846
Period size: 324 Copynumber: 6.0 Consensus size: 320
1662 TGATGTTTGC
* * * *
1672 AAAAACTGAACCGAGAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
1 AAAAACTGACCCGAAAATTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
* * * **
1737 AACGACAAAAA-ATTGAAGGGTTATTTT-ACGATTCTAATATCGTTTTTCCATGTTTTCTGAATT
66 AACGACAAAAAGATTGACGGG--ATTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCCAAATT
* *
1800 CATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGG
129 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGG
* * * * *
1865 CTGAGATTTGGTTAAATGATTATAGATATTTCAAGGATTCTTTATGCCAAAAACCATGCAAATAT
194 CTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGAAAAT-T
* * * **
1930 GAGTCGAGG-C-CCTGAAACGCGTTTTTAGAAGAAAAAAAATGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
258 GAG-CCAGGACTCC-GAAACGCATTTTT---AGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
1993 GCT
318 GCT
*
1996 AAAAACTGACCCGAAAATTTTTTTTCTCAA-TTTTTGCCACTATACTCAGAAAAAATATATAATT
1 AAAAACTGACCCGAAAA-TTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATT
* * *
2060 CGACGCCAAAAAGATT-----G--TTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTCTTCCCAAAT
65 CAACGACAAAAAGATTGACGGGATTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTT-TT-CCAAAT
* * * * *
2118 TAATTTCTAATTAAATGGAAACAAGACTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTA
128 TAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTG
* * * * * * * *
2183 GTTGAGATTTTGTTTGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTTTTTGTTCCAAAATTCCTGCAAAAT
193 GCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAATCATG-AAAAT
** * * * *
2248 TGAGCCAGGACTCCGGGATGCATTTTCAGCAAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGCT
257 TGAGCCAGGACTCCGAAACGCATTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT
* * *
2312 AAAAACTGACCTGAAAAATTTTTTCTCAATTTTTTGCCACGATACTCAGAAAAAATATATAATTC
1 AAAAACTGACCCGAAAATTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
* * * * *
2377 AAC--CCAAAA-A-TGTC----TCTT---GCTTCTAATATCG-TTTTCCGTTTTTTCTAAATTAA
66 AACGACAAAAAGATTGACGGGATTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCCAAATTAA
* * * * **
2430 TATCTAATTAAATCAAAACAAGATTTAGATGATCATAAAAACAAATCCTTAAATATAATGTGGCT
131 TTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCT
* * * * *
2495 GAGATTTGGTTAGATGATTATAGATATTTTAAGGAGTCTTTATGCTAAAAATCATTGATAACTGA
196 GAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAATCA-TGAAAATTGA
* * * *
2560 GTCGAGGCCT-TGAAACGCATTTTTAGCAAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCT
260 G-CCAGGACTCCGAAACGCATTTTTAGC-AAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT
* ** * *
2622 -AAAACTAACCAAAAAATTTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCAAAAAAATATATATAAT
1 AAAAACTGACCCGAAAATTTTTTT-CTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAA-ATATATAAT
* * ** * * *
2686 TCAACGCCAAAAAGATTGACGAGATTTTCTTGCTTCTAAAATCGTTTTTTCATTTTTTTCCGAAT
64 TCAACGACAAAAAGATTGACGGGATTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCA-TTTTTTCCAAAT
* * * * * *
2751 CAATTGCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAAAGCA-CTTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGT
128 TAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATG-ATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGT
* * ** *
2815 GGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATATAGTAATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAATTCATGAAT
192 GGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGA-T-ATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGAA-
* ** * * * * * * *
2880 AATTGAGCCGGGACTCCGGGACACTTTTTTAGCAAAAAATCGTGATGGTTAATACGCGAATGCGG
254 AATTGAGCCAGGACTCCGAAACGCATTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGG
2945 CTTAAATTTT
319 C--------T
* ** * * * *
2955 GCAAAAACTGAACCGGGAAGTTTTTCCTCAATTTTTTTCCACAATACTCAGATAAAATATATAAT
1 --AAAAACTGACCCGAAAATTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAAT
* * * * * * * ** *
3020 TCAATGACAAAAAAATTGAAGGGTTTTTTACGATTCTAATACCGTTTTTCCAAGTTTTCTAAATT
64 TCAACGACAAAAAGATTGACGGGATTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCCAAATT
* * * *
3085 CATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGATCGTAAAAATAAATTCTTAAATCCAATGTGG
129 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGG
* * * *
3150 TTGAGATTTGGTTTGATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGAAAATCT
194 CTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGAAAAT-T
* * * ** ** *
3215 GAGTC-GAGAC-CCTGAAACGCGTTTTTAGATTAAAAAAATGTGGGGGTTAATACACGATTTCGG
258 GAGCCAG-GACTCC-GAAACGCATTTTTAG--CAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGG
3278 CT
319 CT
3280 AAAAACTGACCCGAAAATTTATTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATT
1 AAAAACTGACCCGAAAATTT-TTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATT
* *
3345 -AGACGTCAAAAAGATTGACGGGATTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTCTTCCCAAA
65 CA-ACGACAAAAAGATTGACGGGATTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTT-TT-CCAAA
* * * * * ** *
3409 TTAATTTCTAATTAGATGGAAACAAGACTCAGATGCTTGTAAAGTCAAATCCTTATATCCAATGT
127 TTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGT
* * * * * * * * *
3474 AGTTGAGATTTTGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTTTTTGTTCCAAAATTCATGCAACA
192 GGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAATCATG-AAAA
** * *
3539 TTGAGCCAGGACTCCGGGATGCATTTTCAGTC-AAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT
256 TTGAGCCAGGACTCCGAAACGCATTTTTAG-CAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT
3599 TGATGCACGT
Statistics
Matches: 1297, Mismatches: 246, Indels: 120
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
309 143 0.11
310 68 0.05
311 24 0.02
312 14 0.01
313 6 0.00
314 6 0.00
315 16 0.01
316 89 0.07
317 24 0.02
318 6 0.00
319 125 0.10
320 7 0.01
322 12 0.01
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324 250 0.19
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326 168 0.13
327 7 0.01
330 6 0.00
331 48 0.04
332 2 0.00
333 111 0.09
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336 15 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (320 bp):
AAAAACTGACCCGAAAATTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
AACGACAAAAAGATTGACGGGATTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCCAAATTAA
TTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCT
GAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAATCATGAAAATTGAG
CCAGGACTCCGAAACGCATTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT
Found at i:4324 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 4284--4357 Score: 130
Period size: 36 Copynumber: 2.1 Consensus size: 36
4274 AAATCCTTGT
*
4284 ATCCAATATAGTTTAGATTTTGTTCGATGAATATAG
1 ATCCAATATAGTTGAGATTTTGTTCGATGAATATAG
*
4320 ATCCAATGTAGTTGAGATTTTGTTCGATGAATATAG
1 ATCCAATATAGTTGAGATTTTGTTCGATGAATATAG
4356 AT
1 AT
4358 ATTTCATGGA
Statistics
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Consensus pattern (36 bp):
ATCCAATATAGTTGAGATTTTGTTCGATGAATATAG
Found at i:4955 original size:695 final size:684
Alignment explanation
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Period size: 643 Copynumber: 4.8 Consensus size: 684
3615 AAATCCTTAT
* * * ** **
3625 ATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATATATATTTCAAGGAGTCCTTGCGCCAAAATT
1 ATCCAATGTAGTTGAGATTTTGTTCGATGAATATATATATTTCAAGGAGTTTTTGTTCCAAAATT
* ** * * *
3690 -ATTG-AATAATTGAGCCGGGACTCTGGGACACTTTTTTAGCCAAAAATCATGATGTTTAGTATG
66 CA-TGCAA-AATTGAGCCAGGACTCTGGGATGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTAGTA-G
* * * ** *
3753 CGAATTCGGCTTAAATTTTGCAAAAACTGAACCGGG-AAGTTTTTCCTCAATTTTTTTGGTAGAA
128 CGAATTCGGCATAAATTTTGCAAAAACT-AACCGGGAAAATTTTTTCTCAATTTTTTTGCCACAA
3817 TACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAAAATTGAAGGGTTTTTTACGATTCTAATATCG
192 TACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAAAATTGAAGGGTTTTTTACGATTCTAATATCG
* *
3882 TTTTTCCATGTTTTCCGAATTCATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGGTCGTAAAAAC
257 TTTTTCCATGTTTTCTGAATTCATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGATCGTAAAAAC
* *
3947 AAATCCTTAAATCCAATGTGGCTCAGATTTGGTTTGATGATTATAGATATTTCAGGGAGTCTTTA
322 AAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGG-TTGATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTA
* *
4012 TGCCAAAAACCATGCAAATCTGAGTCGAGGCCCTGAAACGCGTTTTTAGAAGAAAAAAAATGTGA
386 TGCCAAAAACCATGCAAATCTGAGTCGAGGCCCTGAAACGCGTTTTTAGCAG-AAAAAACTGTGA
* * * *
4077 TGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAAATTGACCCGAAAATTTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAA
450 TGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGA-CCGAAAATTTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAA
*
4142 TACTCAGAAAAAATATATAATTCGAA-GCCAAAAAGATTGACGGGATTTTCAGGCTTCTAATATC
514 TACTCAGAAAAAATATATAATTC-AACGCCAAAAAGATTGACGAGATTTTCA-GCTTCTAATATC
* *
4206 GTTTTTCCATTTTCTTCCCAAATTAATTTTTAATTAAATGGAAACAATACTCAGATGCTTGTAAA
577 GTTTTTCCATTTTCTTCCCAAATTAATTTCTAATTAAATGGAAACAAGACTCAGATGCTTGTAAA
4271 AACAAATCCTTGTATCCAATATAGTTTAGATTTTGTTCGATGAATATAG
642 AACAAATCCTT-TATCCAAT-T-G--TAGA-TTTGTTCGATGAATATAG
* *
4320 ATCCAATGTAGTTGAGATTTTGTTCGATGAATATAGATATTTCATGGAGTTTTTGTTCCAAAATT
1 ATCCAATGTAGTTGAGATTTTGTTCGATGAATATATATATTTCAAGGAGTTTTTGTTCCAAAATT
* *
4385 CATGCAAAATTGAGCCAGGATTCTGGGTTGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTAGTACGCG
66 CATGCAAAATTGAGCCAGGACTCTGGGATGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTAGTA-GCG
* *
4450 AATTCGGCATAAATTTTGCAAAAACTAAACCGGGAAATTTTTTTCTCAAATTTTTTGCCACAATA
130 AATTCGGCATAAATTTTGCAAAAACT-AACCGGGAAAATTTTTTCTCAATTTTTTTGCCACAATA
* *
4515 CTTAGAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAAAATTGAAGAGTTTTTTACGATTCTAATATCGTT
194 CTCAGAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAAAATTGAAGGGTTTTTTACGATTCTAATATCGTT
* * *
4580 TTTCCATGTTTTCTAAATTCATTTCTAACTAAATCGAAACAAAATTCAGATAATCGTAAAAACAA
259 TTTCCATGTTTTCTGAATTCATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGATCGTAAAAACAA
* *
4645 ATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGATTGATGATTATAGATATTTCAAGGATTTTTTATG
324 ATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGG-TTGATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATG
* *
4710 CCAAAAACCATGCAAATCTGAGTTGAGACCCTGAAACGCGTTTTTAGCAGAAAAAACTGTGATGG
388 CCAAAAACCATGCAAATCTGAGTCGAGGCCCTGAAACGCGTTTTTAGCAGAAAAAACTGTGATGG
* * * * *
4775 TTAATATATGATTTCGGCTAAAAACTGACGCGAAAATTTTTTTCCTCAATTCGTTCCCACAATAC
453 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGAC-CGAAAATTTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATAC
* *
4840 TCAGAAACAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGAGATCTTCAGCCTTCTAATATCGTTT
517 TCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGAGATTTTCAG-CTTCTAATATCGTTT
4905 TTCCATTTTCTTCCCAAATTAATTTCTAATTAAATGGAAACAAGACTCAGATGCTTGTAAAAAC-
581 TTCCATTTTCTTCCCAAATTAATTTCTAATTAAATGGAAACAAGACTCAGATGCTTGTAAAAACA
4969 AA------AT-C---------------C--T---TAT--
646 AATCCTTTATCCAATTGTAGATTTGTTCGATGAATATAG
4979 ATCCAATGTAGTTGAGATTTTGTTCGATGAATATATATATTTCAAGGAGTTTTTGTTCCAAAATT
1 ATCCAATGTAGTTGAGATTTTGTTCGATGAATATATATATTTCAAGGAGTTTTTGTTCCAAAATT
* * *
5044 CATGCAAAATTGAGTCAGGACTCCGGGATGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTA-C--
66 CATGCAAAATTGAGCCAGGACTCTGGGATGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTAGTAGCGA
* * * * *
5106 A--C-G-AT---TTTGGCTAAAAACTGACCCGAAAAATTTTTTCTCAATTTTTTTGCCACGATAC
131 ATTCGGCATAAATTTTGC-AAAAACTAACCGGGAAAATTTTTTCTCAATTTTTTTGCCACAATAC
* ** * *
5164 TGAGAAAAAATATATAATTCAAC--C-CCAAAA-TGACGGGATTTTCTT--GCTTCTAATATCG-
195 TCAGAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAAAATTGAAGGG-TTTT-TTACGATTCTAATATCGT
* * * * * *
5222 TTTTCCTTTTTTTCTGAATTAATATCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGATCGTAAAAACA
258 TTTTCCATGTTTTCTGAATTCATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGATCGTAAAAACA
*
5287 AATCCTTAAATCTAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTAT
323 AATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTT-GATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTAT
* * *
5352 GCCAAAAACCATTCATAA-CTGAGTCGAGGCCATGAAACGCGTTTTTAACA-AAAAAACTGTGAT
387 GCCAAAAACCATGCA-AATCTGAGTCGAGGCCCTGAAACGCGTTTTTAGCAGAAAAAACTGTGAT
* *
5415 GGTTAGTACACGATTTCAGCT-AAAACTGACCCAAAATTTTTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAA
451 GGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCGAAAA--TTTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAA
*
5479 TACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAGATTGACGAGATTTTCTTGCTTCTAATATC
514 TACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCC-AAAAAGATTGACGAGATTTTC-AGCTTCTAATATC
* * * * * * **
5544 GTTTTTCCATATTT-TTTCCGAATCAATTGCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACGTAA
577 GTTTTTCCAT-TTTCTTCCCAAATTAATTTCTAATTAAATGGAAACAAGACTCAGATGCTTGTAA
5608 AAACAAATCCTTATATCCAA-TGT-G----G--C--TG-----AG
641 AAACAAATCCTT-TATCCAATTGTAGATTTGTTCGATGAATATAG
* * **
5638 -----A--T--TT--G-----GTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAATT
1 ATCCAATGTAGTTGAGATTTTGTTCGATGAATATATATATTTCAAGGAGTTTTTGTTCCAAAATT
* * ** * *
5687 CATG-AATAATTGAGCCGGGACTCCGGGACACTTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACGC
66 CATGCAA-AATTGAGCCAGGACTCTGGGATGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTAGTA-GC
* * *
5751 GAATTCGGCTTAAATTTTGCAAAAACTGAACCGGG-AAGTTTTTCCTCAA-TTTTTTGCCACAAT
129 GAATTCGGCATAAATTTTGCAAAAACT-AACCGGGAAAATTTTTTCTCAATTTTTTTGCCACAAT
5814 ACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAAAATTGAAGGGTTTTTTACGATTCTAATATCGT
193 ACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAAAATTGAAGGGTTTTTTACGATTCTAATATCGT
*
5879 TTTTCCATGTTTTCTGAATTCATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGATCGTAAAAATA
258 TTTTCCATGTTTTCTGAATTCATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGATCGTAAAAACA
** * *
5944 AATCCTTAAATCCTGTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTATAG
323 AATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGG-TTGATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTAT
* ** * *
6009 GCCAAAAACCATGCAAATCTGAGTCGAGACCCTGAAACGTATTTTTAGAAGAAAAAAATGTGATG
387 GCCAAAAACCATGCAAATCTGAGTCGAGGCCCTGAAACGCGTTTTTAGCAGAAAAAACTGTGATG
* * *
6074 GTTAATACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGTAAATTTTTTT-CTCAATTTTTTGCCACAATA
452 GTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGA-CCGAAAATTTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATA
* * *
6138 CTCAGAAAAATTATATAATTCGACGCCAAAAAGATTGACGGGATTTTCAGGCTTCTAATATCGTT
516 CTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGAGATTTTCA-GCTTCTAATATCGTT
6203 TTTCCATTTTCTTCCCAAATTAATTTCTAATTAAATGGAAACAAGACTCAGATGCTTGTAAAAAC
580 TTTCCATTTTCTTCCCAAATTAATTTCTAATTAAATGGAAACAAGACTCAGATGCTTGTAAAAAC
6268 -AA------AT-C---------------C--T---TAT--
645 AAATCCTTTATCCAATTGTAGATTTGTTCGATGAATATAG
*
6278 ATCCAATGTAGTTGAGATTTTGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTTTTTGTTCCAAAATT
1 ATCCAATGTAGTTGAGATTTTGTTCGATGAATATATATATTTCAAGGAGTTTTTGTTCCAAAATT
* * *
6343 CATGCAAAATTGAGCCAGGACTCCGGGATGCGTTTTTAGCCAACAACCGTGATGGTTAGTA-C--
66 CATGCAAAATTGAGCCAGGACTCTGGGATGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTAGTAGCGA
* * * *
6405 A--C-G-AT---TTTGGCTAAAAACTGACC-CGAAAATTTTTTCTCAA-TTTTTTGCCACGATAC
131 ATTCGGCATAAATTTTGC-AAAAACTAACCGGGAAAATTTTTTCTCAATTTTTTTGCCACAATAC
* * ** * *
6461 TGAGAAATAATATATAATTCAAC--C-CCAAAA-TGACGGGATTTTCTT--GCTTCTAATATCG-
195 TCAGAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAAAATTGAAGGG-TTTT-TTACGATTCTAATATCGT
* * * * *
6519 TTTTCCATTTTTTCTGAATTAATATCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGATCGTAAAAACA
258 TTTTCCATGTTTTCTGAATTCATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGATCGTAAAAACA
* * *
6584 AATCCTTAAATCTAACGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGATTATAGATATTTCAATGAGTCTTTAT
323 AATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTT-GATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTAT
* * * * *
6649 GCCAAACACCATTCATAA-CTGAGTCGAGGCCATGAAATGCGTTTTTAGCA-AAAAAACCGTGAT
387 GCCAAAAACCATGCA-AATCTGAGTCGAGGCCCTGAAACGCGTTTTTAGCAGAAAAAACTGTGAT
* * * *
6712 GGTTAGTACACGATTTCAGCT-AAAACTGACCAAAAAAATTTTTCCCTCAATTCTTTGCCACAAT
451 GGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACC-GAAAATTTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAAT
6776 ACTCAGGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGAGATTTTC
515 ACTCA-GAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGAGATTTTC
6826 TTGCTTTTCA
Statistics
Matches: 2191, Mismatches: 224, Indels: 237
0.83 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
637 2 0.00
638 16 0.01
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ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (684 bp):
ATCCAATGTAGTTGAGATTTTGTTCGATGAATATATATATTTCAAGGAGTTTTTGTTCCAAAATT
CATGCAAAATTGAGCCAGGACTCTGGGATGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTAGTAGCGA
ATTCGGCATAAATTTTGCAAAAACTAACCGGGAAAATTTTTTCTCAATTTTTTTGCCACAATACT
CAGAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAAAATTGAAGGGTTTTTTACGATTCTAATATCGTTTT
TCCATGTTTTCTGAATTCATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGATCGTAAAAACAAAT
CCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTGATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCA
AAAACCATGCAAATCTGAGTCGAGGCCCTGAAACGCGTTTTTAGCAGAAAAAACTGTGATGGTTA
GTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCGAAAATTTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCAG
AAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGAGATTTTCAGCTTCTAATATCGTTTTTCCA
TTTTCTTCCCAAATTAATTTCTAATTAAATGGAAACAAGACTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCC
TTTATCCAATTGTAGATTTGTTCGATGAATATAG
Found at i:5022 original size:326 final size:320
Alignment explanation
Indices: 4484--6825 Score: 2571
Period size: 326 Copynumber: 7.2 Consensus size: 320
4474 CTAAACCGGG
* * *
4484 AAATTTTTTTCTCAAATTTTTTGCCACAATACTTAGAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAAAA
1 AAATTTTTTTCTC-AATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGA
* * * * * * * *
4549 TTGAAGAGTTTTTTACGATTCTAATATCGTTTTTCCATGTTTTCTAAATTCATTTCTAACTAAAT
65 TTGACGAGATTTTCA-GCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAAT
* *
4614 CGAAACAAAATTCAGATAATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGATT-
129 CGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGG-TTC
* * *
4678 GATGATTATAGATATTTCAAGGATTTTTTATGCCAAAAACCATGCAAATCTGAGTTGAGACCCTG
193 GATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCAAATCTGAGTCGAGACCCTG
* * * *
4743 AAACGCGTTTTTAGCAGAAAAAACTGTGATGGTTAATATATGATTTCGGCTAAAAACTGACGCGA
258 AAACGCGTTTTTAGCA-AAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGAC-CGA
** * *
4808 AAATTTTTTTCCTCAATTCGTTCCCACAATACTCAGAAACAATATATAATTCAACGCCAAAAAGA
1 AAATTTTTTT-CTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGA
* **
4873 TTGACGAGATCTTCAGCCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTCTTCCCAAATTAATTTCTAATTAA
65 TTGACGAGATTTTCAG-CTTCTAATATCGTTTTTCCATTTT-TT-CTGAATTAATTTCTAATTAA
* * * * * * * *
4938 ATGGAAACAAGACTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTAGTTGAGATTTTGTT
127 ATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTT
* * * * * **
5003 CGATGAATATATATATTTCAAGGAGTTTTTGTTCCAAAATTCATGCAAAAT-TGAGTC-AGGACT
192 CGATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGC-AAATCTGAGTCGA-GAC-
** * * *
5066 CC-GGGATGCGTTTTTAGC-CAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAAACTGACC
254 CCTGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGA-C
5129 CGA
318 CGA
* * * *
5132 AAAATTTTTTCTCAATTTTTTTGCCACGATACTGAGAAAAAATATATAATTCAAC-CC-CAAA-A
1 AAATTTTTTTCTCAA-TTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGA
* * * *
5194 -TGACGGGATTTTCTTGCTTCTAATATCG-TTTTCCTTTTTTTCTGAATTAATATCTAATTAAAT
65 TTGACGAGATTTTC-AGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAAT
* * *
5257 CGAAACAAGATTTAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGGCTGAGATTTGGTTAG
129 CGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCG
* * *
5322 ATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATTCATAA-CTGAGTCGAGGCCATG
194 ATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCA-AATCTGAGTCGAGACCCTG
* * * *
5386 AAACGCGTTTTTAACAAAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCT-AAAACTGACCCA
258 AAACGCGTTTTTAGCAAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCGA
*
5448 AAATTTTTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAA
1 AAA--TTTTTTT-CTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCC-AAAA
* * * *
5513 AGATTGACGAGATTTTCTTGCTTCTAATATCGTTTTTCCATATTTTTTCCGAATCAATTGCTAAT
62 AGATTGACGAGATTTTC-AGCTTCTAATATCGTTTTTCC--ATTTTTTCTGAATTAATTTCTAAT
*
5578 TAAATCGAAACAAGATTCAGATGCA-CGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTT
124 TAAATCGAAACAAGATTCAGATG-ATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTT
* ** ** * * *
5642 GGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAATTCATGAATAAT-TGAGCCGGG
188 GGTTCGATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCA-AATCTGAGTCGAG
** * * * * *
5706 ACTCC-GGGACACTTTTTTAGC-CAAAAACCGTGATGGTTAGTACGCGAATTCGGCTTAAATTTT
252 AC-CCTGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGC--------T
*
5769 GCAAAAACTGAACCGG
308 --AAAAACTG-ACCGA
* * * * *
5785 GAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAAAAT
1 AAATTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGAT
* * * * * * *
5850 TGAAGGGTTTTTTACGATTCTAATATCGTTTTTCCATGTTTTCTGAATTCATTTCTAATTAAATC
66 TGACGAGATTTTCA-GCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATC
* * ** *
5915 GAAACAAAATTCAGATGATCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCTGTGTGGCTGAGATTTGGTTTGA
130 GAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGA
* *
5980 TGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTATAGGCCAAAAACCATGCAAATCTGAGTCGAGACCCTGAA
195 TGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCAAATCTGAGTCGAGACCCTGAA
** * ** * *
6045 ACGTATTTTTAGAAGAAAAAAATGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGT
260 ACGCGTTTTTAGCA-AAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGA-CCGA
* *
6108 AAATTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAATTATATAATTCGACGCCAAAAAGAT
1 AAATTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGAT
* **
6173 TGACGGGATTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTCTTCCCAAATTAATTTCTAATTAAA
66 TGACGAGATTTTCA-GCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTT-TT-CTGAATTAATTTCTAATTAAA
* * * * * * * *
6238 TGGAAACAAGACTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTAGTTGAGATTTTGTTC
128 TCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTC
* * * * ** *
6303 GATGAATATAGATATTTCAAGGAGTTTTTGTTCCAAAATTCATGCAAAAT-TGAG-CCAGGACTC
193 GATGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGC-AAATCTGAGTCGA-GAC-C
** * * * *
6366 C-GGGATGCGTTTTTAGC-CAACAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAAACTGACCC
255 CTGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGA-CC
6429 GA
319 GA
* * * *
6431 AAA-TTTTTTCTCAATTTTTTGCCACGATACTGAGAAATAATATATAATTCAAC-CC-CAAA-A-
1 AAATTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGAT
* * *
6491 TGACGGGATTTTCTTGCTTCTAATATCG-TTTTCCATTTTTTCTGAATTAATATCTAATTAAATC
66 TGACGAGATTTTC-AGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATC
* * * *
6555 GAAACAAGATTTAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAACGTGGCTGAGATTTGGTTAGA
130 GAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGA
* * * * *
6620 TGATTATAGATATTTCAATGAGTCTTTATGCCAAACACCATTCATAA-CTGAGTCGAGGCCATGA
195 TGATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCA-AATCTGAGTCGAGACCCTGA
* * *
6684 AATGCGTTTTTAGCAAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCT-AAAACTGACCAAAA
259 AACGCGTTTTTAGCAAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACC--GA
** *
6747 AAATTTTTCCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCAGGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGA
1 AAATTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCA-GAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGA
6812 TTGACGAGATTTTC
65 TTGACGAGATTTTC
6826 TTGCTTTTCA
Statistics
Matches: 1679, Mismatches: 271, Indels: 138
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
314 4 0.00
315 137 0.08
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318 120 0.07
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Consensus pattern (320 bp):
AAATTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGAT
TGACGAGATTTTCAGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCG
AAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGAT
GATTATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGCCAAAAACCATGCAAATCTGAGTCGAGACCCTGAAA
CGCGTTTTTAGCAAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCGA
Found at i:6870 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 6835--6895 Score: 104
Period size: 30 Copynumber: 2.0 Consensus size: 30
6825 CTTGCTTTTC
*
6835 AGCGCCAAATAAATTGAAGGGTTTTTCACG
1 AGCGCCAAATAAATTGAAAGGTTTTTCACG
*
6865 AGCGCCAAATAAATTTAAAGGTTTTTCACG
1 AGCGCCAAATAAATTGAAAGGTTTTTCACG
6895 A
1 A
6896 TTCTAATATC
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 29 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.20, T:0.28
Consensus pattern (30 bp):
AGCGCCAAATAAATTGAAAGGTTTTTCACG
Done.