Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01016529.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig16562, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7930
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.14, T:0.37
Found at i:1850 original size:329 final size:325
Alignment explanation
Indices: 1092--5521 Score: 1901
Period size: 332 Copynumber: 13.3 Consensus size: 325
1082 ATACTTTACA
* * * * * * *
1092 TCATCTAACCAAATCCCAGCAACATTGGATTTAAGAATTTGTTATTACGAGCATCTGAATCTTAT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAAAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTAT
* * * * * *
1157 TTTGTTTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAAAAAGAAATAAGATATTAAAAGCGTAAAAAGCCCT
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATAGGAAA-AA-ATATTAAAAGCGTCAAAAGCCCT
* * *
1222 TCAATATTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATCTTAGCCAAAAATTGA-GAACAAAT
129 TCAATATTTTTGGCGTTGAATTATATTTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAA-ATAT
*** ** * * *
1286 CTTTCATTTCAATTTTTGCAAAATTTTAG-CTGAATCGTGTACTAACAAACCATCACGGCTTTAG
193 CTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAAC--ATCAT-A--GTTTTTG
* * * ** * * *
1350 GCTAAAAACA-TGTTCTGGGGACCTGGCTCAATTTTGCATGATTTCTAGC-TC-CGACACTACTT
253 GCTAAAAA-AGCGTT-TAGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTT-TGGCGTCAAGACAC-A-TT
1412 GAAATATCTATAT
313 GAAATATCTATAT
* * * * ** * *
1425 TCATCTAGTCAAATCTCACCCACCTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAAAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTAT
**
1490 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAATAGGAAAACAATATTAGAAA-CGTCAAAAGCCCT
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATAGGAAAA-AATATTA-AAAGCGTCAAAAGCCCT
* * * * *
1554 TCAATTTTTTTGGCGTCGAGTTGTATTTTTTTATGAGTGTTTTAGCCAAAAATTGAGGAAATATC
129 TCAATATTTTTGGCGTTGAATTATATTTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAATATC
* * * * *
1619 TGTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAATCATCATAGTTTTTGGATAA
194 TTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAA-CATCATAGTTTTTGGCTAA
* * *
1684 AAAAGCGTCTTAGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTGTTGGCGTCAAGACTCATTGAGATATT
258 AAAAGCGT-TTAGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATT-TTGGCGTCAAGACACATTGAAATATC
*
1749 TATAC
321 TATAT
* * *
1754 TAATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAAAATTTGTTTTTACAAGCATCTAAATCTTGT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAAAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTAT
* * * * * *
1819 TTGGATTTAATTGGAAACTAATACAGAAAAATATGAAAAACGATATTATAAA-CG-CGAAAAGTC
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATAGGAAAAA--ATATTA-AAAGCGTC-AAAAGCC
* * * * * * *
1882 CTCCAATCTTTTTGCCGTTAAATTATATATATTTTATGAGTATTTTATCCAAAAACTGAGGAGAA
127 CTTCAATATTTTTGGCGTTGAATTATAT-TTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGA-AA
* * * * *
1947 -ATTTTTTCGAGTCATTTTTTTGGAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCA-CGATTTT
190 TA-TCTTTCGGGTCA-ATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAA-CATCATAG-TTTT
** * *
2010 TGGCTAAAATCGCGTTTCGGGCCACCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGGCG--AA-ACACCTT
251 TGGCTAAAAAAGCGTTTAGGGCC-CCAGCTCAGTTTTGCATGA--TTTTGGCGTCAAGACACATT
*
2072 GAAATAACTATAT
313 GAAATATCTATAT
* * * * * *
2085 TCATCTAATAAAATCTTAGGCACATTGCATTT-AATATTT-TTTTTACGAGCATC-AGAATCATA
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAAAATTTGTTTTTACGAGCATCTA-AATCTTA
*
2147 TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG------A--AAAAAATATTAAAAGTGTCAAAAGCCCTT
65 TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATAGGAAAAAATATTAAAAGCGTCAAAAGCCCTT
* * * * * *
2204 CAATATTTTTGACGTTGAATTATATATTTTTTTATGAGTATTATGGCTATAAATTGCGGAAATAT
130 CAATATTTTTGGCGTTGAA-T-TATATTTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAATAT
* * * * * *
2269 CTTTCGGGTCAATTTTTGTAAAATTTTAGCCAAAATCTTTTAATAATTATCA-CGATTTTTGGCA
193 CTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAA-CATCATAG-TTTTTGGC-
* *** ** ** * * ** * * *
2333 AAAAAAACGCGTTCCCGAACCCATTTCAGTTTTGAATGATTTTTGACACCGAGACTCCTTGAAAT
255 TAAAAAA-GCGTTTAGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTGGCGTCAAGACACATTGAAAT
*
2398 TTCTATAT
318 ATCTATAT
* * *
2406 TCATCTAACCAAATC-CAAG-C-CATTG----------TTT-TTATT---AGCATCTGAAA-CAT
1 TCATCTAATCAAATCTC-AGCCACATTGAATTTAAAAATTTGTTTTTACGAGCATCT-AAATCTT
* * * * * * * * * * *
2453 ATTTCGTTTTAATAA-GAAATTAATTCA--GAAAAAAATAGGAAAAACGGTATTAGAAGTGTGAA
64 ATTTCG--AT-TTAATTAGA--AATTAATTCAGAAAAATAGGAAAAA--ATATTAAAAGCGTCAA
* * * ** * * * * *
2515 AAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTAAATTATAAAATTTTTATGAGTATTGTGGCTATAAATTGAT
122 AAGCCCTTCAATATTTTTGGCGTTGAATTAT-ATTTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAG
* * * * ** *** * *
2580 GAAAAATATTTCGGGTTATTTTTTGCAAAAGATTAGTTGATATCGTG---TAACATCA-CGATTT
186 GAAATATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACATCATAG-TTT
*** * * * * * * ** * *
2641 TTTTTTCAAAAAA-TGTATTCTGGTACCCCGGATCAGTATCACATGATTTTTTGCGTCAAGACTC
250 TTGGCT-AAAAAAGCGT-TT-AGG-GCCCCAGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTGGCGTCAAGACAC
* *
2705 CTT-AAGCTATCTATAT
310 ATTGAA-ATATCTATAT
* * * * *
2721 TCATCTAATCAAATTTCGGCCACATTGGATTT---AA---GTTTTTACGAGCATCTAAATTTTGT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAAAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTAT
* * * * *
2780 TTCGATTTAATTAGAAATTAATGTGGAAAAAAATACGAAAAACAATATTAGAAA-CGTAAAAAAC
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAAT-T-CAGAAAAATA-GGAAAA-AATATTA-AAAGCGTCAAAAGC
* * * * *
2844 CCTTCAATATTTTTGGTGTAT-AATTATATTTTTTT-TCAAATAATTTAGCAAAAAATTGAGGAA
126 CCTTCAATATTTTTGGCGT-TGAATTATATTTTTTTAT-GAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAA
* * * * **
2907 ATATCTTTCCGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATCACGGTTTTTT
189 ATATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAA-CATCATAG-TTTTT
* * *
2972 GGCTAAACATGCGTTCCAGGGCCCCAG----G---T-CA-G-TTTTGGCG-CTAAGACTAC-TTG
252 GGCTAAAAAAGCGTT-TAGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTGGCGTC-AAGAC-ACATTG
* *
3025 AGATATCCATAT
314 AAATATCTATAT
* * ** *
3037 TCATCTAATCAAATCCCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTAAATCTTAT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAAAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTAT
** * * * * **
3102 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATTTGAAAATCGATATGAAAAGCATGAAAAATCCT
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATAGGAAAA--AATATTAAAAGCGTCAAAAGCCCT
* * * * ** *
3167 CCAATCTTTTT-GCAATTAAATTAAATATATACTTCATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAA
129 TCAATATTTTTGGC-GTTGAATT--ATAT-TTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGG-AA
* * * * * *
3231 AAAT-TTTCTGGTCATTTTTTTGC-AAATTTTATGGCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTT
189 ATATCTTTCGGGTCA-ATTTTTGCAAAATTTTA-GCCAAAATCGTGTACTAA-CATCATAG--TT
* * * * * * * ** * *
3294 TTTTGCTAAAAACGCGTTTTGGGGCCTCGGCTTAATTTTGCATGATTTTTGGCGTTGAGGCACCT
249 TTTGGCTAAAAAAGCG-TTTAGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTGGCGTCAAGACACAT
* *
3359 TGAAAAATACAAATAT
312 TGAAATAT-C-TATAT
* * * * *
3375 TCATCTAATCAAATCCCAACCACATTGCATTTAAAGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTAT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAAAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTAT
* * * *
3440 TTCGATTTAATTAGAAACTAATTCAGAAAAATATGAAAAAATATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCT
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATA-GGAAAAA-ATATTAAAAGCGTCAAAAGCCCT
* * * **
3505 AT-AATATTTTTTGAGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGATAAAAATTGAGGAAA-A
129 -TCAATATTTTTGGCGTTGAATTATAT-TTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAATA
* * ** * * * *
3568 -CTTATTGGCGTTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGT-GCCTAAAAATTGAGGAAATAACTT
192 TCTT-TCGG-G-T-CA--AT-T--TTTGCA--A-AATTTTAGCC--AAAATCG-TG---T-AC--
* * ** * ** *
3631 TCAAGTCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGTGGTCCC-GACAAAGTTTTGCGTGATTT
236 T-AA--CATCATAGTTTTTGGCTAAAAAAGCGTTTAG-GGCCCCAG-CTCAGTTTTGCATGA-TT
* * * *
3695 TTGGCGTCAAGACTCTTTGAGATATCAATAT
295 TTGGCGTCAAGACACATTGAAATATCTATAT
* * * * * * *
3726 TCATCTAACCAAATCTCAGCTACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCAACTGAATCTTGT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAAAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTAT
* * *
3791 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCC
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATA-GGAAAAA--ATATTAAAAGCGTCAAAAGCCC
* * ** * * * * *
3856 TCCAATATTTTGGGTATTAAATTATATATATTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTAACGAAAAA
128 TTCAATATTTTTGGCGTTGAATTATAT-TTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGA-G-GAAA
* * **
3921 AAT-TTTTGGGTC-ATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAAAT-GTGTACACTAACCATCACGGTTTT
190 TATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCC-AAAATCGTGT--ACTAA-CATCATAGTTTT
* * * * * * * * * * *
3983 TGGCTGAAAATGCGTTTCGAGACCCCGGCTTAGTTTTTCTTGATTTTTGGCG-CTGAGACTCCTT
251 TGGCTAAAAAAGCGTTTAG-GGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTGGCGTC-AAGACACATT
*
4047 GGAATATCTATAT
313 GAAATATCTATAT
* ** *
4060 TCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTG-TTTTACGAGCATCTGAATCTTAT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAAAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTAT
* * * * **
4124 TTCGATTTAATTAGAAGTTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAGAGTTCT
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATAGGAAAAA--ATATTAAAAGCGTCAAAAGCCCT
* * * * * * * * * * ** *
4189 ACATTCTTCTTGGCTTTAAATTATATATATTCTATGAGTATTGTGGTTAAAAATTGAGGAAAAAT
129 TCAATATTTTTGGCGTTGAATTATAT-TTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAATAT
* * * * * * ** *
4254 ATTTCAGGCCAATTTTTTCAAAATTTTAGCCGAAAT--TGT-C-ACCATCACGGGTTTTGGCTAA
193 CTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACATCATAGTTTTTGGCTAA
* * * * * * * * * * * *
4315 AAACGCGTTCTGGGGTCTCGGGTCAGTTTTGCATGATTTTTAGTGGCAATACTCCTTGAAATATC
258 AAAAGCGTT-TAGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTGGCGTCAAGACACATTGAAATATC
4380 TATAT
321 TATAT
* * * ***** * *
4385 TCATCTAATTAAATCTTAGCCACATTGGATTTTTTTTTGGAACAAACCCACATATT--G-G-ATT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATT-GA-----ATTT--AA-AAA-TTTGTTTTTACGAGCATC
* * ** ** * *
4446 TAAGAATTTGTTTTTACGAGCATTTGGATCATGTTTCAGTTTAATT-AGAAATTAATTTGAAAAA
56 T-A-AATCT-TATTT-C--G-ATTT--A--A--TTAGAAATTAATTCAGAAA--AA-TAGGAAA-
* * *
4510 AATATATATGAAAAAACGATATTAGAAGCGTAAGAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTAT
104 AA-ATAT-T--AAAAGCG----T-----C--AA-AAGCCCTTCAATATTTTTGGCGTTG----A-
* * * * *
4575 ATATATATATATATATATTATGAGTATTGTGGCTAAAAATTGA-GAAAAATATTTCGGGTCAATT
148 AT-TATAT-T-T-T-T-TTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAATATCTTTCGGGTCAATT
* * * *
4639 TTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC---CATCATGGCTTTATTGGCTAAAAACGCGTTCTG
207 TTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACATCATAG-TTT-TTGGCTAAAAAAGCGTT-TA
* * * * * * * *
4701 GGGCTCTAGGTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGGCAAGACTCTTTAAAATATATACATAT
269 GGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTGGCGTCAAGACACATTGAAATATCT--ATAT
* * * * * *** * * ** * *
4761 ACATTTAACCAAATCTCAGCCATATTGTATTTACGGATTTGTTTGTATGAGTTTATAAATCTTGT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAAAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTAT
* * * *
4826 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTTTGAAATAAAATAGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAAG
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAA--TTCAGA-AAAATAGGAAAAA--ATATTAAAAGCGT-CAAAAG
* * * * * *
4891 GCTTTC-ATTTTTTTGGCGTTTG-ATTATATATTTTTTATGAGTATCTTCG-C---TA-T-AGGA
125 CCCTTCAATATTTTTGGCG-TTGAATTATAT-TTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGA
* * ** *
4948 AAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAA-TTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTC
188 AATATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAA-CATCATAGTTTTT
* * ** * * * * * *
5012 GGCTAAAAACGTGTTCCGAGG-CCCGGCTCAGTTTTGCAT-ATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGG
252 GGCTAAAAAAGCGTTTAG-GGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTGGCGTCAAGACACATTGA
5075 AATATCTATAT
315 AATATCTATAT
* * * ** * *
5086 TCATCTAACCAAACCTCAGCTACATT-ACATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTG
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGA-ATTTAAAAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTA
* * * * *
5150 TTTCGATTTCATTAAAAATTAATTTC-GAAAAAATAGGAAAAACTATATTAGAAGCATTAAAAGC
65 TTTCGATTTAATTAGAAATTAA-TTCAG-AAAAATAGGAAAAA--ATATTAAAAGCGTCAAAAGC
*** * * * *
5214 CCTTCAATATTTTTGATATCGAACTATGTATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAGTTGAGGAAA
126 CCTTCAATATTTTTGGCGTTGAATTATAT-TTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAA
* * * * ** *
5279 TATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAACATTTTAGTCGAAATTGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTG
190 TATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAA-CATCATAGTTTTTGG
* * * * * ** * * *
5344 CTAAAAACGCGTTACAGGGCCACGGCTCTGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGAAA
254 CTAAAAAAGCGTT-TAGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTGGCGTCAAGACACATTGAAA
*
5409 TATCTTTAT
317 TATCTATAT
* ** * *
5418 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTA-CATCTGAATC---
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAAAATTTGTTTTTACG-AGCATCTAAATCTTA
* * *
5479 TTGCGATTTATTTAGAAATTAATTCAGGAAAAAGTATGAAAAA
65 TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCA-GAAAAA-TAGGAAAAA
5522 CGATGTGAAA
Statistics
Matches: 3201, Mismatches: 632, Indels: 531
0.73 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
307 15 0.00
308 2 0.00
309 5 0.00
310 10 0.00
311 5 0.00
312 2 0.00
313 1 0.00
314 21 0.01
315 57 0.02
316 52 0.02
317 15 0.00
318 119 0.04
319 116 0.04
320 75 0.02
321 48 0.01
322 66 0.02
323 102 0.03
324 104 0.03
325 245 0.08
326 16 0.00
327 55 0.02
328 64 0.02
329 262 0.08
330 118 0.04
331 115 0.04
332 296 0.09
333 249 0.08
334 125 0.04
335 17 0.01
336 58 0.02
337 10 0.00
338 136 0.04
339 11 0.00
340 2 0.00
341 2 0.00
342 12 0.00
343 16 0.00
344 16 0.00
345 16 0.00
346 11 0.00
347 11 0.00
348 5 0.00
350 7 0.00
351 104 0.03
352 75 0.02
353 56 0.02
354 10 0.00
355 16 0.00
357 10 0.00
358 9 0.00
359 5 0.00
360 2 0.00
361 5 0.00
362 16 0.00
363 4 0.00
364 1 0.00
366 4 0.00
367 7 0.00
368 13 0.00
369 2 0.00
370 6 0.00
371 41 0.01
372 31 0.01
373 5 0.00
374 64 0.02
375 1 0.00
376 24 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (325 bp):
TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAAAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTAT
TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATAGGAAAAAATATTAAAAGCGTCAAAAGCCCTTC
AATATTTTTGGCGTTGAATTATATTTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAATATCTT
TCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACATCATAGTTTTTGGCTAAAAA
AGCGTTTAGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTGGCGTCAAGACACATTGAAATATCTATAT
Found at i:4218 original size:334 final size:331
Alignment explanation
Indices: 2682--5525 Score: 1517
Period size: 325 Copynumber: 8.5 Consensus size: 331
2672 ATCAGTATCA
* * * * * ** *
2682 CATGATTTTTTGCG-TCAAGACTCCTT-AAGCTATCTATATTCATCTAATCAAATTTCGGCCACA
1 CATGATTTTTGGCGCT-AAGACTCCTTGGAGATATCAATATTCATCTAACCAAATCCCAGCCACA
* * * *
2745 TTGGATTT-A--A---GTTTTTACGAGCATCTAAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATGT
65 TTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAAT-T
* * * * * ** * *
2804 GGAAAAAAATACGAAAAACAATATTAGAAA-CGTAAAAAACCCTTCAATATTTTTGG-TGTATAA
129 -CAGAAAAATATGAAAAACGATATTA-AAAGCGTGAAAAGTCCTACAATA-TTTTGGCTTTA-AA
* * * * * * * **
2867 TTATAT-T-TTTTTTCAAATAATTTAGCAAAAAATTGAG-GAAATATCTTTCCGGTCATTTTTTG
190 TTATATATATTTTAT-GAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGAAAAAAAT-TTTTGGGTCA-TTTTTG
* * * *
2929 CAAAATTTTAGCCG-AAATCGTGTAA-TAATCATCACGGTTTTTTGGCTAAACATGCG-TTCCAG
252 CAAAATTTTAGCCGAAAAT-GTGTAACTAACCATCACGG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGAG
* *
2991 GGCCC--C--AG--GT-
315 GCCCCGGCTTAGTTTTG
* * *
3001 CA-G--TTTTGGCGCTAAGACTACTT-GAGATATCCATATTCATCTAATCAAATCCCAGCCACAT
1 CATGATTTTTGGCGCTAAGACTCCTTGGAGATATCAATATTCATCTAACCAAATCCCAGCCACAT
* *
3062 TGCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTAAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCA
66 TGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCA
* * * * * * * * *
3127 GAAAAATTTGAAAATCGATATGAAAAGCATGAAAAATCCTCCAATCTTTTTGCAATTAAATTAAA
131 GAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTACAATATTTTGGC-TTTAAATT--A
* * *
3192 TATATACTTCATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAAATTTTCT-GGTCATTTTTTTGC-A
193 TATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGAAAAAAATTTT-TGGGTCA--TTTTTGCAA
* * * * *
3255 AATTTTATGGCG-AAATCGTGT-ACTAACCATCACAGTTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTTGGGG
255 AATTTTA-GCCGAAAAT-GTGTAACTAACCATCAC-G-GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGAGG
* *
3318 CCTCGGCTTAATTTTG
316 CCCCGGCTTAGTTTTG
* * * * * * * *
3334 CATGATTTTTGGCGTTGAGGCACCTT-GAAAAATACAAATATTCATCTAATCAAATCCCAACCAC
1 CATGATTTTTGGCGCTAAGACTCCTTGGAGATAT-C-AATATTCATCTAACCAAATCCCAGCCAC
* *
3398 ATTGCATTTAAAGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAACTAATT
64 ATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATT
** * * ** *
3463 CAGAAAAATATGAAAAAATATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTATAATATTTTTTGAGTTGAATTA
129 CAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTACAATA-TTTTGGCTTTAAATTA
** * * * *
3528 TATATATTTTATGAGTATTTTAGATAAAAATTGAG-GAAAACTTATTGGCGTTGAATTATATAAT
193 TATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGAAAAAAATT-TTTG-G--G--TCAT-T--T
** * * * * * *
3592 TTTTATGAGTATTGT-GCCTAAAAATTGAGGAAATAACTTTCAAGTCATCACAGTTTTTGGCTAA
249 TTGCA--A-AATTTTAGCC-GAAAA-TG-TG---TAAC--T-AA-CCATCACGGTTTTTGGCTAA
* * * * **
3656 AAACGCGTTCCGTGGTCCCGACAAAGTTTTG
301 AAACGCGTTTCGAGGCCCCGGCTTAGTTTTG
* * * *
3687 CGTGATTTTTGGCG-TCAAGACT-CTTTGAGATATCAATATTCATCTAACCAAATCTCAGCTACA
1 CATGATTTTTGGCGCT-AAGACTCCTTGGAGATATCAATATTCATCTAACCAAATCCCAGCCACA
* * * *
3750 TTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCAACTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC
65 TTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC
* * *
3815 AGAAAAATATGAAAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTGGGTATTAAATTA
130 AGAAAAATATG-AAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTACAATATTTTGGCT-TTAAATTA
* *
3880 TATATATTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTAACGAAAAAAATTTTTGGGTCATTTTTGCAAAA
193 TATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGA-GAAAAAAATTTTTGGGTCATTTTTGCAAAA
* * *
3945 TTTTAGCCGAAAATGTGTACACTAACCATCACGGTTTTTGGCTGAAAATGCGTTTCGAGACCCCG
257 TTTTAGCCGAAAATGTGTA-ACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCCG
*
4010 GCTTAGTTTTT
321 GCTTAGTTTTG
* * * *
4021 CTTGATTTTTGGCGCTGAGACTCCTTGGA-ATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAT
1 CATGATTTTTGGCGCTAAGACTCCTTGGAGATATCAATATTCATCTAACCAAATCCCAGCCACAT
* *
4085 TGAATTTAAGGATTTG-TTTTACGAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAGTTAATTCA
66 TGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCA
* * * *
4149 GAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAGAGTTCTACATTCTTCTTGGCTTTAAATTATA
131 GAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTACAATATT-TTGGCTTTAAATTATA
* * * ** * ** * *
4214 TATATTCTATGAGTATTGTGGTTAAAAATTGAG-GAAAAATATTTCAGGCCAATTTTTTCAAAAT
195 TATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGAAAAAAAT-TTTTGGGTC-ATTTTTGCAAAAT
* * * *
4278 TTTAGCCG-AAAT-TGT--C--ACCATCACGGGTTTTGGCTAAAAACGCG-TTCTGGGGTCTCGG
258 TTTAGCCGAAAATGTGTAACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTC-GAGGCCCCGG
* *
4336 GTCAGTTTTG
322 CTTAGTTTTG
* * * ** **
4346 CATGATTTTTAGTG-GC-AATACTCCTT-GAAATATCTATATTCATCTAATTAAATCTTAGCCAC
1 CATGATTTTT-G-GCGCTAAGACTCCTTGGAGATATCAATATTCATCTAACCAAATCCCAGCCAC
* *** ***** * * * * *
4408 ATTGGATTT--TTTTTTGGAACAAACCCACATATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATTT
64 ATTGCATTTAAGGATTT-G----TTTTTAC-GA--GCATCT--GAATCT-TATTT-C--G-ATTT
* * *
4471 GGATCATGTTTCAGTTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAAATATATATGAAAAAACGATATTAGA
114 --A--A---TT-AG--AAATT---AATTCA---G----AAA-A-ATATG-AAAAACGATATTAAA
** * *
4536 AGCGT-AAGAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATATATATATATATTATGAGT
156 AGCGTGAA-AAGTCCTACAAT-ATTTTGGC--T---TTA-A-AT-TATATATAT-T-TTATGAGT
* * * * *
4600 ATTGTGGCTAAAAATTGAGAAAAATA-TTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCG-AAATCG
209 ATTTTAGCCAAAAATTGAGAAAAAAATTTTTGGGTC-ATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAAAT-G
* * ** *
4663 TG----T-ACCATCATGGCTTTATTGGCTAAAAACGCG-TTCTGGGGCTCTAGG-TCAGTTTTG
272 TGTAACTAACCATCACGG-TTT-TTGGCTAAAAACGCGTTTC-GAGGC-CCCGGCTTAGTTTTG
** * * * * *
4720 CATGATTTTTGGCGGC-AAGACT-CTTTAAAATATATACATATACATTTAACCAAATCTCAGCCA
1 CATGATTTTTGGC-GCTAAGACTCCTTGGAGATAT-CA-ATATTCATCTAACCAAATCCCAGCCA
* * * * * ** * * *
4783 TATTGTATTTACGGATTTGTTTGTATGAGTTTATAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAT
63 CATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAA-
* * * * * * * * * *
4848 TTTGAAATAAAATAGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAAGGCTTTCATTTTTTTGGCGTTT-
127 -TTCAGA-AAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTG-AAAAGTCCTACAATATTTTGGC-TTTA
* * * * * * *
4912 GATTATATATTTTTTATGAGTATCTTCG-C---TA-T-AG-GAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTT
188 AATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGAAAAAAAT-TTTTGGGTC-ATTTTT
* * *
4970 GCAAAA-TTTAGCCG-AAATCGTGT-ACTAACCATCACGGTTTTCGGCTAAAAACGTGTTCCGAG
251 GCAAAATTTTAGCCGAAAAT-GTGTAACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGAG
*
5032 G-CCCGGCTCAGTTTTG
315 GCCCCGGCTTAGTTTTG
* * * *
5048 CAT-ATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGGA-ATATCTATATTCATCTAACCAAA-CCTCAGCTACA
1 CATGATTTTTGGCGCTAAGACTCCTTGGAGATATCAATATTCATCTAACCAAATCC-CAGCCACA
* * * *
5110 TTACATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTCATTAAAAATTAATTT
65 TTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAA-TT
* * * * * * * * * ** *
5175 C-GAAAAAATAGGAAAAACTATATTAGAAGCATTAAAAGCCCTTCAATATTTTTGATATCGAACT
129 CAG-AAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTACAATATTTTGGCT-TTAAATT
* * * * * *
5239 ATGTATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAGTTGAG-GAAATATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAA
192 ATATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGAAAAAAAT-TTTTGGGTC-ATTTTTGCAA
* * * * * *
5303 CATTTTAGTCGAAATTGTGT-ACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTAC-AGGGCCA
255 AATTTTAGCCGAAAATGTGTAACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGA-GGCCC
5366 CGGCTCT-GTTTTG
319 CGGCT-TAGTTTTG
* ** * ** * *
5379 CATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTT-GAAATATCTTTATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACAT
1 CATGATTTTTGGCGCTAAGACTCCTTGGAGATATCAATATTCATCTAACCAAATCCCAGCCACAT
* * * *
5443 TGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGTA-CATCTGAATC---TTGCGATTTATTTAGAAATTAATTC
66 TGCATTTAAGGATTTGTTTTTACG-AGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC
5504 AGGAAAAAGTATGAAAAACGAT
130 A-GAAAAA-TATGAAAAACGAT
5526 GTGAAAAGTC
Statistics
Matches: 1991, Mismatches: 354, Indels: 349
0.74 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
316 54 0.03
317 2 0.00
318 1 0.00
319 11 0.01
320 36 0.02
321 4 0.00
322 65 0.03
323 88 0.04
324 49 0.02
325 181 0.09
326 15 0.01
327 41 0.02
328 44 0.02
329 73 0.04
330 74 0.04
331 40 0.02
332 171 0.09
333 76 0.04
334 111 0.06
335 26 0.01
336 58 0.03
337 4 0.00
338 134 0.07
339 14 0.01
340 2 0.00
341 5 0.00
342 12 0.01
343 32 0.02
344 14 0.01
345 9 0.00
346 12 0.01
347 5 0.00
348 3 0.00
349 3 0.00
350 4 0.00
351 102 0.05
352 83 0.04
353 62 0.03
354 8 0.00
355 9 0.00
356 2 0.00
359 4 0.00
360 1 0.00
361 8 0.00
362 30 0.02
363 6 0.00
364 2 0.00
366 1 0.00
367 7 0.00
368 5 0.00
369 2 0.00
370 12 0.01
371 33 0.02
372 36 0.02
373 13 0.01
374 55 0.03
375 4 0.00
376 29 0.01
377 1 0.00
378 3 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (331 bp):
CATGATTTTTGGCGCTAAGACTCCTTGGAGATATCAATATTCATCTAACCAAATCCCAGCCACAT
TGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCA
GAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTACAATATTTTGGCTTTAAATTATAT
ATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGAAAAAAATTTTTGGGTCATTTTTGCAAAATTTT
AGCCGAAAATGTGTAACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCCGGCTTA
GTTTTG
Found at i:5092 original size:701 final size:682
Alignment explanation
Indices: 3749--5093 Score: 1465
Period size: 701 Copynumber: 1.9 Consensus size: 682
3739 TCTCAGCTAC
*
3749 ATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCAACTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT
1 ATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCAACTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT
* * * **
3814 CAGAAAAATATGAAAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTGGGTATTAAATT
66 AAAAAAAATATGAAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAACCCTCCAATATTTTGGGTATTAAATT
* * *
3879 ATATATATTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTAACGAAAAAAATTTTTGGGTCATTTTTGCAAA
131 ATATATATTTTATGAGTATTGTAGCCAAAAATTAACGAAAAAAATTTTCGGGTCATTTTTGCAAA
* * *
3944 ATTTTAGCCGAAAATGTGTACACTAACCATCACGGTTTTTGGCTGAAAATGCGTTTCGAGACCCC
196 ATTTTAGCCGAAAATGTG---A-TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGAGACCCA
* * * * ** * *
4009 GGCTTAGTTTTTCTTGATTTTTGGCGCTGAGACTCCTTGGAATATCTATATTCATCTAACCAAAT
257 GGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCTAAGACTCCTTAAAATATATATATACATCTAACCAAAT
* *
4074 CTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTACGAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGA
322 CTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTACGAGCATATAAATCTTATTTCGATTTAATTAGA
* * * *
4139 AGTTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAGAGTTCTACATTCTTCTTGGCT
387 AATTAATTCAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTTCTACATTCTTCTTGGCT
* *
4204 TTAAATTATATATATTCTATGAGTATTGTGGTTAAAAATTGAGGAAAAATATTTCAGGCCAATTT
452 TTAAATTATATATATTCTATGAGTATTGTCGCT---AATTGAGGAAAAATATTTCAGGCCAATTT
* * * *
4269 TTTCAAAATTTTAGCCGAAATTGTCACCATCACGGGTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGGTCTC
514 TTGCAAAATTTTAGCCGAAATTGTCACCATCACGGGTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGAGGTCCC
* * *
4334 GGGTCAGTTTTGCATGATTTTTAGTGGCAATACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATTAAAT
579 GGCTCAGTTTTGCATGATTTTTAGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATTAAAT
4399 CTTAGCCACATTGGATTTTTTTTTGGAACAAACCCACAT
644 CTTAGCCACATTGGATTTTTTTTTGGAACAAACCCACAT
** *
4438 ATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATTTGGATCATGTTTC-AGTTTAATTAGAAATTAAT
1 ATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCAACTGAATCATGTTTCGA-TTTAATTAGAAATTAA-
* * *
4502 TTGAAAAAAATATATATGAAAAAACGATATTAGAAGCGT-AAGAAACCCTTCAATCTTTTTGGCG
64 TT--AAAAAA-A-ATATGAAAAAACGATATTAAAAGCGTGAA-AAACCCTCCAAT-ATTTTGG-G
* * * *
4566 TTGAATTATATATATATATATATATATTATGAGTATTGTGGCTAAAAATTGA-GAAAAATA-TTT
122 -T--ATTA-A-AT-TATATATAT-T-TTATGAGTATTGTAGCCAAAAATTAACGAAAAAAATTTT
*
4629 CGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCG-AAATCGTG-T-ACCATCATGGCTTTATTGGCTAAAA
179 CGGGTC-ATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAAAT-GTGATAACCATCACGG-TTT-TTGGCTAAAA
* * * *
4691 ACGCG-TTCTGGGGCTCTAGG-TCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGGC-AAGACTCTTTAAAATAT
240 ACGCGTTTC-GAGAC-CCAGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC-GCTAAGACTCCTTAAAATAT
* * * * * **
4753 ATACATATACATTTAACCAAATCTCAGCCATATTGTATTTACGGATTTGTTTGTATGAGTTTATA
302 AT--ATATACATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTT-TACGAGCATATA
* * * *
4818 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTTGAAATAAAATAGGAAAAATGATATTAGAAGCG
364 AATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAA--TTCAAA-AAAATAGGAAAAACGATATTAAAAGCG
* * * *
4883 TGAAAAAGGCTT-T-CATT-TTTTTGGCGTTT-GATTATATATTTTTTATGAGTATCT-TCGCT-
426 TG-AAAA-G-TTCTACATTCTTCTTGGC-TTTAAATTATATATATTCTATGAGTAT-TGTCGCTA
* * *
4942 A-T-AGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAA-TTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCA
486 ATTGAGGAAAAATATTTCAGGCCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAAT--TGT-C--ACCATCA
* *
5004 C-GGTTTTCGGCTAAAAACGTGTTCCGAGG-CCCGGCTCAGTTTTGCAT-ATTTTTGGTGCCAAG
546 CGGGTTTT-GGCTAAAAACGCGTTCCGAGGTCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTAGTGCCAAG
*
5066 ACTCCTTGGAATATCTATATTCATCTAA
610 ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAA
5094 CCAAACCTCA
Statistics
Matches: 544, Mismatches: 71, Indels: 70
0.79 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
688 1 0.00
689 57 0.10
690 2 0.00
692 4 0.01
693 3 0.01
694 33 0.06
695 6 0.01
696 1 0.00
697 10 0.02
698 19 0.03
699 81 0.15
700 10 0.02
701 86 0.16
702 77 0.14
703 58 0.11
704 25 0.05
705 56 0.10
706 11 0.02
707 2 0.00
708 2 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.17, T:0.37
Consensus pattern (682 bp):
ATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCAACTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT
AAAAAAAATATGAAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAACCCTCCAATATTTTGGGTATTAAATT
ATATATATTTTATGAGTATTGTAGCCAAAAATTAACGAAAAAAATTTTCGGGTCATTTTTGCAAA
ATTTTAGCCGAAAATGTGATAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGAGACCCAGGCT
CAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCTAAGACTCCTTAAAATATATATATACATCTAACCAAATCTCA
GCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTACGAGCATATAAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATT
AATTCAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTTCTACATTCTTCTTGGCTTTAA
ATTATATATATTCTATGAGTATTGTCGCTAATTGAGGAAAAATATTTCAGGCCAATTTTTGCAAA
ATTTTAGCCGAAATTGTCACCATCACGGGTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGAGGTCCCGGCTCAG
TTTTGCATGATTTTTAGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATTAAATCTTAGCC
ACATTGGATTTTTTTTTGGAACAAACCCACAT
Found at i:7803 original size:39 final size:40
Alignment explanation
Indices: 7747--7827 Score: 137
Period size: 39 Copynumber: 2.0 Consensus size: 40
7737 TTTAATTCCT
7747 ATGTAATATATATAATAACTAAAATACTTACATTAATTAA
1 ATGTAATATATATAATAACTAAAATACTTACATTAATTAA
* *
7787 ATGTAATA-CTATAATAACTGAAATACTTACATTAATTAA
1 ATGTAATATATATAATAACTAAAATACTTACATTAATTAA
7826 AT
1 AT
7828 TCTTAGGTAT
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 2, Indels: 1
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
39 31 0.79
40 8 0.21
ACGTcount: A:0.51, C:0.09, G:0.04, T:0.37
Consensus pattern (40 bp):
ATGTAATATATATAATAACTAAAATACTTACATTAATTAA
Found at i:7854 original size:25 final size:24
Alignment explanation
Indices: 7818--7864 Score: 85
Period size: 25 Copynumber: 1.9 Consensus size: 24
7808 AATACTTACA
7818 TTAATTAAATTCTTAGGTATTTTT
1 TTAATTAAATTCTTAGGTATTTTT
7842 TTAATTCAAATTCTTAGGTATTT
1 TTAATT-AAATTCTTAGGTATTT
7865 GTGCAAACGT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 1
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
24 6 0.27
25 16 0.73
ACGTcount: A:0.30, C:0.06, G:0.09, T:0.55
Consensus pattern (24 bp):
TTAATTAAATTCTTAGGTATTTTT
Done.