Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01016590.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig16623, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2344
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.16, T:0.33
Found at i:1415 original size:330 final size:328
Alignment explanation
Indices: 1--1553 Score: 1946
Period size: 330 Copynumber: 4.7 Consensus size: 328
* * *
1 TAATTTCTATTTAAATCGAAATAAGATTCAGATACTCGTAAAATTAAATACTTGATTCCAATGTG
1 TAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATACTCGTAAAATCAAATACTTGAATCCAATGTG
* ** * * * * **
66 GATGGGATTTAACTTGATTAATATAGATATTTCAAGGAGTCTGGGTGACAAAAAACTTGCGAAAC
66 GATCGGATTTGGCTGGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTGGGCGACAAAAAACATGTAAAAC
** *
131 TGAGTCGGGGTCCAAGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTA
131 TGAGTCGGGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTA
*
196 AAATTTTGAAAAAAATAGACCCGAATGTTTTTTCCTCATTTTATGGCCTAATACTTATAAAAATT
196 AAATTTTG-AAAAAATTGACCCGAATG-TTTTTCCTCATTTTATGGCCTAATACTTATAAAAATT
261 ATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGTG-CTTTCCACGCTTCTAATATCATTTTTAATATTTT
259 ATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAG-GACTTTCCACGCTTCTAATATCATTTTTAATATTTT
*
325 TAAAAT
323 TTAAAT
*
331 TAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATACTTGTAAAATCAAATACTTGAATCCAATGTG
1 TAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATACTCGTAAAATCAAATACTTGAATCCAATGTG
**
396 GATCGGATTTGGCTGGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTGGGCGACAAAAAACATGCGAAAC
66 GATCGGATTTGGCTGGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTGGGCGACAAAAAACATGTAAAAC
* * *
461 TTAGTCGGGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGAAGGTTAGTACACGATTTCGACTA
131 TGAGTCGGGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTA
* * * * * ** * * **
526 AAACTTTGCAAAAACTGATCTGAAAAATTTTTCCTAAATTTT-TGGCCACAATACACATAAAAAA
196 AAATTTTGAAAAAATTGACCCG-AATGTTTTTCCT-CATTTTATGGCC-TAATACTTAT-AAAAA
* * * * * * * * *
590 ATATAAAATTCAACT-CCAAAACGATGGAAGGATTTTTCACG-TATTTAATATC---GTT-CT-T
257 TTATATAATTCAA-TGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTCCACGCT-TCTAATATCATTTTTAATAT
648 TTTTTAAAT
320 TTTTTAAAT
* ** * * * *
657 TTATTTCTCCTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTTAAAA--AAATACGTAAATCCGATGT
1 TAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATACTCG-TAAAATCAAATACTTGAATCCAATGT
* * ** ** * * * ** * * *
720 GGCT-GCTATTTGATTATATGGATATAGATATTCCAAGAAGTCTTAGCGCCGAAAATCAT-TCAA
65 GGATCG-GATTTGGCTGGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTGGGCGACAAAAAACATGT-AA
* * * *
783 AACTGAGTCGGGGCCCCGGAGCGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAATACCCGATTTCGG
128 AACTGAGTCGGGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGG
* * * * *
848 CTAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAAAGTTTTACCTCAATTTCTGGCCAAATACTTATAAAAAT
193 CTAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAATGTTTTTCCTCATTTTATGGCCTAATACTTATAAAAAT
* * * * * *
913 TATATAAGTCAATGCCAAAAAGGTTGAAGGCCCTTCTACGCTTTTAATATCATTTTTTAAATATT
258 TATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTCCACGCTTCTAATATCA-TTTTT-AATA-T
*
978 TTTTTGAATT
320 TTTTT-AAAT
* *
988 TAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATACTCGAAAAATCACATACTTGAATCCAATGTG
1 TAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATACTCGTAAAATCAAATACTTGAATCCAATGTG
** * * *
1053 GATAAGATTTGGCTGGATAAATAAACATATTTCAAGGAGTCTGGGCGACAAAAAACATGTAAAAC
66 GATCGGATTTGGCTGGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTGGGCGACAAAAAACATGTAAAAC
* * * *
1118 TGAGTCGGGGTCCCAGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGTTTAGTACACGATTTCGACTA
131 TGAGTCGGGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTA
*
1183 AAATTTTGAACAAATTGACCCGAATGTTTTTTCCTCATTTTATGGCCTAATACTTATAAAAATTA
196 AAATTTTGAAAAAATTGACCCGAATG-TTTTTCCTCATTTTATGGCCTAATACTTATAAAAATTA
1248 TATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGTG-CTTTCCACGCTTCTAATATCATTTTTTAATATTTT
260 TATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAG-GACTTTCCACGCTTCTAATATCA-TTTTTAATATTTT
*
1312 TTGAAT
323 TTAAAT
1318 TAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATACTCGTAAAATCAAATACTTGAATCCAATGTG
1 TAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATACTCGTAAAATCAAATACTTGAATCCAATGTG
* **
1383 GATCGGATTTGGCTGGATTAATATAGATATTTCAAGGAGTCTGGAAGACAAAAAACATGTAAAAC
66 GATCGGATTTGGCTGGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTGGGCGACAAAAAACATGTAAAAC
*
1448 TGAGTCGGGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACAGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTA
131 TGAGTCGGGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTA
*
1513 AAATTTTCAAAAAAATTGACCCGAATGTTTTTCCTCATTTT
196 AAATTTT-GAAAAAATTGACCCGAATGTTTTTCCTCATTTT
1554 CAATGCCAAA
Statistics
Matches: 1034, Mismatches: 160, Indels: 58
0.83 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
321 1 0.00
322 42 0.04
323 12 0.01
324 16 0.02
325 138 0.13
326 44 0.04
327 6 0.01
328 3 0.00
329 22 0.02
330 415 0.40
331 104 0.10
332 146 0.14
333 84 0.08
334 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (328 bp):
TAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATACTCGTAAAATCAAATACTTGAATCCAATGTG
GATCGGATTTGGCTGGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTGGGCGACAAAAAACATGTAAAAC
TGAGTCGGGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTA
AAATTTTGAAAAAATTGACCCGAATGTTTTTCCTCATTTTATGGCCTAATACTTATAAAAATTAT
ATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTCCACGCTTCTAATATCATTTTTAATATTTTTTA
AAT
Found at i:2202 original size:331 final size:331
Alignment explanation
Indices: 1552--2342 Score: 1043
Period size: 331 Copynumber: 2.4 Consensus size: 331
1542 TTTCCTCATT
*
1552 TTCAATGCCAAAAAGATTGAAGTGCTTTCCACGCTTCTAATATCA-TTTTTAATA-TTTTTAGAA
1 TTCAATGCCAAAAAGATTGAAGTGCTTTCCACGCTTCTAATATCATTTTTTAATATTTTTTAAAA
1615 TTAATTTCTATTTAAATCGAAAC-AGATTCAGATACTCGTAAAATCAAATACTTGAATCCAATGT
66 TTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATACTCGTAAAATCAAATACTTGAATCCAATGT
* *
1679 GGATGGGATTTGGCTGGATGAATATATATATTTCAAGGAGTCTGGGCGACAAAAAACATGCGAAA
131 GGATGGGATTTGGCTGGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTGGGCGACAAAAAACATGCGAAA
* * *
1744 CTGAGTCGGGGTCCCAGAATGCGTTTTTAGCAAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT
196 CTGAGTCGGGGTCCCAGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTAATGG-TAGTACACGATTTCGGCT
* **** * * *
1809 AAAATTTTGAAAAAATTGAGCCGAATGTTTTTTCCTCATTTTCTGGCCAAATACTTAT-AAAAAT
260 AAAACTTTGAAAAAATTGAGCCGAAAAAATTTTCCTCATTATCTGGCCAAATACTCATAAAAAAA
1873 TATATA-A
325 TATA-ACA
1880 TTCAATGCCAAAAAGATTGAAGTGCTTTCCACGCTTCTAATATCATTTTTTAATATTTTTTAAAA
1 TTCAATGCCAAAAAGATTGAAGTGCTTTCCACGCTTCTAATATCATTTTTTAATATTTTTTAAAA
*
1945 TTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGTTTCAGATACTCGTAAAATCAAATACTTGAATCCAATGT
66 TTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATACTCGTAAAATCAAATACTTGAATCCAATGT
* * *
2010 GGATGGGATTTGGCTGGATAAATATGGATATTTCATGGGGTCTGGGCGACAAAAAACATGCGAAA
131 GGATGGGATTTGGCTGGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTGGGCGACAAAAAACATGCGAAA
*
2075 CTGAGTCGGGGTCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTAATGG-ACGTACACGATTTCGGCT
196 CTGAGTCGGGGTCCCAGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTAATGGTA-GTACACGATTTCGGCT
* * *
2139 AAAACTTTGCAAAAACTT-ATCTGAAAAAATTTTCCTCAATTAT-TGGCCACAATACTCATAAAA
260 AAAACTTTG-AAAAAATTGAGCCGAAAAAATTTTCCTC-ATTATCTGGCCA-AATACTCATAAAA
2202 AAATATAACA
322 AAATATAACA
* * ** * * * * * * *
2212 TTCAACGCCAAAACGATAAAAG-GATTTTTCACG-TATTTTATATCGTTTTTCT--TTTTTTTTC
1 TTCAATGCCAAAAAGATTGAAGTG-CTTTCCACGCT-TCTAATATCATTTTT-TAATATTTTTTA
* * * * *
2273 AAATTTATTTCTCA-TTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTTAAAA-CAATTCCTTAAATCC
63 AAATTAATTTCT-ATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATACTCG-TAAAATCAAATACTTGAATCC
2336 AATGTGG
126 AATGTGG
2343 CT
Statistics
Matches: 410, Mismatches: 39, Indels: 25
0.86 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
328 45 0.11
329 10 0.02
330 74 0.18
331 227 0.55
332 53 0.13
333 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (331 bp):
TTCAATGCCAAAAAGATTGAAGTGCTTTCCACGCTTCTAATATCATTTTTTAATATTTTTTAAAA
TTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATACTCGTAAAATCAAATACTTGAATCCAATGT
GGATGGGATTTGGCTGGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTGGGCGACAAAAAACATGCGAAA
CTGAGTCGGGGTCCCAGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTAATGGTAGTACACGATTTCGGCTA
AAACTTTGAAAAAATTGAGCCGAAAAAATTTTCCTCATTATCTGGCCAAATACTCATAAAAAAAT
ATAACA
Done.