Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01016649.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig16682, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 41172
ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.17, T:0.31
Found at i:6915 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 6897--6921 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
6887 TTTTTACCAC
6897 CTTAAAATTATTG
1 CTTAAAATTATTG
6910 CTTAAAATTATT
1 CTTAAAATTATT
6922 CTTTGGCAAA
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
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Consensus pattern (13 bp):
CTTAAAATTATTG
Found at i:33014 original size:31 final size:32
Alignment explanation
Indices: 32960--33037 Score: 149
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32950 TTGGGTAGCT
32960 AGGTTTCAGAAAGGGTTTTGGCCAAAAAAAAA
1 AGGTTTCAGAAAGGGTTTTGGCCAAAAAAAAA
32992 AGGTTTCAGAAAGGG-TTTGGCCAAAAAAAAA
1 AGGTTTCAGAAAGGGTTTTGGCCAAAAAAAAA
33023 AGGTTTCAGAAAGGG
1 AGGTTTCAGAAAGGG
33038 GAAAAAATGC
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 0, Indels: 1
0.98 0.00 0.02
Matches are distributed among these distances:
31 31 0.67
32 15 0.33
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.28, T:0.21
Consensus pattern (32 bp):
AGGTTTCAGAAAGGGTTTTGGCCAAAAAAAAA
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Alignment explanation
Indices: 33211--35512 Score: 4187
Period size: 766 Copynumber: 3.0 Consensus size: 766
33201 AATTTTATAA
* *
33211 GCAAAACCCTTATTGAGTGTCACATGGCGTTTTATTTCTTTAACAAGTGTCCATGATGAATTTTC
1 GCAAAACTCTTATTGAGTGACACATGGCGTTTTATTTCTTTAACAAGTGTCCATGATGAATTTTC
*
33276 TAATGTTTGTTAATTTGTTTTTTGTTCTTTAATATTTTGGCAATAAATAAATGCTTGTAATTTGT
66 TAATGTTTGTTAATTTGTTTTTTGTTCTTTAATATTTTGGCAATAAATAAATGTTTGTAATTTGT
* *
33341 TTTTTTGAAAGAATATTTTGACAATAAATAAATATTTGTTAATTTGTGAAGTGTGCCGTTTTAGT
131 TTTTTTGAAAAAATATTTTGGCAATAAATAAATATTTGTTAATTTGTGAAGTGTGCCGTTTTAGT
33406 TATACAGGTTTTGCTTGGCTTAAAAAAAAACAACAATTTTCTCAGGCTTTCTTCTTCGCCCCTTT
196 TATACAGGTTTTGCTTGGCTT-AAAAAAAA-AACAATTTTCTCAGGCTTTCTTCTTCGCCCCTTT
* *
33471 TCACACTATTTTTCGCATTTGCTTGGTTTTTCCCCTTCTCCTCTACTTTCATCTCCCCTGACCCT
259 TCACACTATTTTTCGCATTTGCTTGGCTTTTCCCCTTCTCCTCTACTTGCATCTCCCCTGACCCT
* *
33536 CTTTCAGTTTTGTAGCATGGGGCTATGTTTGTATTCACCTGGGTGTTCGGGCTTCTCATTAATTA
324 CTTTCAGTTTTGTAGCATGGGGCTGTGTTTGTATTCACCTGGGTGTTCGGGCTTCTCATTAATTG
*
33601 CGGTTTTATTGAGGAATTGTACCAATACATTTGCTGAATTCGGAAGGAAGAATTGGCATCTTTTC
389 TGGTTTTATTGAGGAATTGTACCAATACATTTGCTGAATTCGGAAGGAAGAATTGGCATCTTTTC
33666 TTGATTTCTCGCAAAATCATATTCATTCAAACTAAGTTTTGGGTTTTTAGCCTTCATCTGTTTGT
454 TTGATTTCTCGCAAAATCATATTCATTCAAACTAAGTTTTGGGTTTTTAGCCTTCATCTGTTTGT
33731 GTCATTTGTTTGTTCTTGGAACCCCGCTAAGGTATGTGTGTGTGATTTTTTATATGATTTTCGAT
519 GTCATTTGTTTGTTCTTGGAACCCCGCTAAGGTATGTGTGTGTGATTTTTTATATGATTTTCGAT
33796 TAAGTGTTTGTTGTATTGCGAGTTTTTTTTTTCTCCTTCAATCGGGTTACAATTTTTGGTCAGTT
584 TAAGTGTTTGTTGTATTGCGAG-TTTTTTTTTCTCCTTCAATCGGGTTACAATTTTTGGTCAGTT
*
33861 TTTGCTATTTCCATATTTGTTTGTGCTATGAATTGATAGTCTATACAAGATATTGGAACACATTA
648 TTTGCTATTTCCATATTTGTCTGTGCTATGAATTGATAGTCTATACAAGATATTGGAACACATTA
33926 GGATAATTGTAATTTAAAGAAGCGGTTTATGGCTGATGTTGAATTGGAAGATAG
713 GGATAATTGTAATTTAAAGAAGCGGTTTATGGCTGATGTTGAATTGGAAGATAG
33980 GCAAAACTCTTATTGAGTGACACATGGCGTTTTATTTCTTTAACAAGTGTCCATGATGAATTTTC
1 GCAAAACTCTTATTGAGTGACACATGGCGTTTTATTTCTTTAACAAGTGTCCATGATGAATTTTC
*
34045 TAATGTTTGTTAATTTGTTTTTTGTTCTTTAATATTTTGGCAATAATATAAATTTTTGTAATTTG
66 TAATGTTTGTTAATTTGTTTTTTGTTCTTTAATATTTTGGCAATAA-ATAAATGTTTGTAATTTG
34110 TTTTTTTGAAAAAATATTTTGGCAATAAATAAATATTTGTTAATTTGTGAAGTGTGCCGTTTTAG
130 TTTTTTTGAAAAAATATTTTGGCAATAAATAAATATTTGTTAATTTGTGAAGTGTGCCGTTTTAG
34175 TTATACAGGTTTTGCTTGGCTT--AAAAAAAACAATTTTCTCAGGCTTTCTTCTTCGCCCCTTTT
195 TTATACAGGTTTTGCTTGGCTTAAAAAAAAAACAATTTTCTCAGGCTTTCTTCTTCGCCCCTTTT
*
34238 CACACTATTTTTCGCATTTGCTTGGCTTTTCCTCTTCTCCTCTACTTGCATCTCCCCTGACCCTC
260 CACACTATTTTTCGCATTTGCTTGGCTTTTCCCCTTCTCCTCTACTTGCATCTCCCCTGACCCTC
* *
34303 TTTCAGTTTTGTAGCATGGGGCTGTGTTTGTATTCACCTGGGTGTTCGAGCTTTTCATTAATTGT
325 TTTCAGTTTTGTAGCATGGGGCTGTGTTTGTATTCACCTGGGTGTTCGGGCTTCTCATTAATTGT
* * *
34368 GGTTTTATTGAGGAATTGTACTAGTACATTTGCTGAATTCGGAAAGAAGAATTGGCATCTTTTCT
390 GGTTTTATTGAGGAATTGTACCAATACATTTGCTGAATTCGGAAGGAAGAATTGGCATCTTTTCT
* *
34433 TGATTTCTCGCAAAATCAGATTCATTCAAACTAAGTTTTGGGTTTTTAGCCTTAATCTGTTTGTG
455 TGATTTCTCGCAAAATCATATTCATTCAAACTAAGTTTTGGGTTTTTAGCCTTCATCTGTTTGTG
* * *
34498 TTATTTGTTTGTTCTTGGAACCCCGCTAAGGTATGTGTGTATGATTTTTTCTATGATTTTCGATT
520 TCATTTGTTTGTTCTTGGAACCCCGCTAAGGTATGTGTGTGTGATTTTTTATATGATTTTCGATT
* **
34563 AAGTGTTTGTTGTATTGCGAGTTATTTTTTCTCCTTCAATCCTGTTACAATTTTTGGTCAGTTTT
585 AAGTGTTTGTTGTATTGCGAGTTTTTTTTTCTCCTTCAATCGGGTTACAATTTTTGGTCAGTTTT
*
34628 TGCTATTTCCATATTTGTCTATGCTATGAATTGATAGTCTATACAAGATATTGGAACACATTAGG
650 TGCTATTTCCATATTTGTCTGTGCTATGAATTGATAGTCTATACAAGATATTGGAACACATTAGG
34693 ATAATTGTAATTTAAAGAAGCGGTTTATGGCTGATGTTGAATTGGAAGATAG
715 ATAATTGTAATTTAAAGAAGCGGTTTATGGCTGATGTTGAATTGGAAGATAG
* * *
34745 GCAAAGCTCTTATTGAGTGCCACATGGCGTTTTATTTCTTTGACAAGTGTCCATGATGAATTTTC
1 GCAAAACTCTTATTGAGTGACACATGGCGTTTTATTTCTTTAACAAGTGTCCATGATGAATTTTC
34810 TAATGTTTGTTAATTTGTTTTTTGTTCTTTAATATTTTGGCAATAAATAAATGTTTGTAATTTG-
66 TAATGTTTGTTAATTTGTTTTTTGTTCTTTAATATTTTGGCAATAAATAAATGTTTGTAATTTGT
*
34874 TTTTTTGAAAAAAATATTTTGGCAATAAATAAATATTTGTTAATTTGTGAAGTGTGCCATTTTAG
131 TTTTTTG-AAAAAATATTTTGGCAATAAATAAATATTTGTTAATTTGTGAAGTGTGCCGTTTTAG
* *
34939 TTATACAGGTTTTGCTTGGCTTAAAAAAAAAGCAATTTTCTCAGGCATTCTTCTTCGCCCCTTTT
195 TTATACAGGTTTTGCTTGGCTTAAAAAAAAAACAATTTTCTCAGGCTTTCTTCTTCGCCCCTTTT
* * *
35004 CACACTATTTTTTGCATTTGTTTGGCTTTTCCCCTTCTCCTCTACTTGCATCTCCCCTAACCCTC
260 CACACTATTTTTCGCATTTGCTTGGCTTTTCCCCTTCTCCTCTACTTGCATCTCCCCTGACCCTC
*
35069 TTTCAGTTTTGTAGCATGGGGCTGTGTTTGTATTCACCTCGGTGTTCGGGCTTCTCATTAATTGT
325 TTTCAGTTTTGTAGCATGGGGCTGTGTTTGTATTCACCTGGGTGTTCGGGCTTCTCATTAATTGT
35134 GGTTTTATTGAGGAATTGTACCAATACATTTGCTGAATTCGGAAGGAAGAATTGGCATCTTTTCT
390 GGTTTTATTGAGGAATTGTACCAATACATTTGCTGAATTCGGAAGGAAGAATTGGCATCTTTTCT
35199 TGATTTCTCGCAAAATCATATTCATTCAAACTAAGTTTTGGGTTTTTAGCCTTCATCTGTTTGTG
455 TGATTTCTCGCAAAATCATATTCATTCAAACTAAGTTTTGGGTTTTTAGCCTTCATCTGTTTGTG
35264 TCATTTGTTTGTTCTTGGAACCCCGCTAAGGTATGTGTGTGTGATTTTTTATATGATTTTTCGAT
520 TCATTTGTTTGTTCTTGGAACCCCGCTAAGGTATGTGTGTGTGATTTTTTATATGA-TTTTCGAT
35329 TAAGTGTTTGTTGTATTGCGAGTTTTTTTTTCTCCTTCAATCGGGTTACAATTTTTGGTCAGTTT
584 TAAGTGTTTGTTGTATTGCGAGTTTTTTTTTCTCCTTCAATCGGGTTACAATTTTTGGTCAGTTT
*
35394 TTGCTATTTCCATATTTGTGTGTGCTATGAATTGATAGTCTATACAAGATATTGGAACACATTAG
649 TTGCTATTTCCATATTTGTCTGTGCTATGAATTGATAGTCTATACAAGATATTGGAACACATTAG
35459 GATAATTGTAATTTAAAGAAGCGGTTTATGGCTGATGTTGAATTGGAAGATAG
714 GATAATTGTAATTTAAAGAAGCGGTTTATGGCTGATGTTGAATTGGAAGATAG
35512 G
1 G
35513 AGTAGAGAGG
Statistics
Matches: 1474, Mismatches: 54, Indels: 12
0.96 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
763 7 0.00
764 95 0.06
765 264 0.18
766 705 0.48
767 193 0.13
769 109 0.07
770 101 0.07
ACGTcount: A:0.23, C:0.15, G:0.18, T:0.44
Consensus pattern (766 bp):
GCAAAACTCTTATTGAGTGACACATGGCGTTTTATTTCTTTAACAAGTGTCCATGATGAATTTTC
TAATGTTTGTTAATTTGTTTTTTGTTCTTTAATATTTTGGCAATAAATAAATGTTTGTAATTTGT
TTTTTTGAAAAAATATTTTGGCAATAAATAAATATTTGTTAATTTGTGAAGTGTGCCGTTTTAGT
TATACAGGTTTTGCTTGGCTTAAAAAAAAAACAATTTTCTCAGGCTTTCTTCTTCGCCCCTTTTC
ACACTATTTTTCGCATTTGCTTGGCTTTTCCCCTTCTCCTCTACTTGCATCTCCCCTGACCCTCT
TTCAGTTTTGTAGCATGGGGCTGTGTTTGTATTCACCTGGGTGTTCGGGCTTCTCATTAATTGTG
GTTTTATTGAGGAATTGTACCAATACATTTGCTGAATTCGGAAGGAAGAATTGGCATCTTTTCTT
GATTTCTCGCAAAATCATATTCATTCAAACTAAGTTTTGGGTTTTTAGCCTTCATCTGTTTGTGT
CATTTGTTTGTTCTTGGAACCCCGCTAAGGTATGTGTGTGTGATTTTTTATATGATTTTCGATTA
AGTGTTTGTTGTATTGCGAGTTTTTTTTTCTCCTTCAATCGGGTTACAATTTTTGGTCAGTTTTT
GCTATTTCCATATTTGTCTGTGCTATGAATTGATAGTCTATACAAGATATTGGAACACATTAGGA
TAATTGTAATTTAAAGAAGCGGTTTATGGCTGATGTTGAATTGGAAGATAG
Found at i:40081 original size:111 final size:110
Alignment explanation
Indices: 39888--40106 Score: 411
Period size: 111 Copynumber: 2.0 Consensus size: 110
39878 TTCTACGTGC
*
39888 TCTGTTTGAATTCATCAAGCTTATTCGGATTAGAAAAAAATCACCAAATACCCCCAAAACTCAAC
1 TCTGTTTGAATTCATCAAGCTTATTCGGATTAGAAAAAAATCACCAAATACCCCAAAAACTCAAC
*
39953 AAAATTAGTATTTAGTAAGCAATTACAACTACAACTCTGACATGT
66 AAAATTAGTATTTAGTAAGCAATTAAAACTACAACTCTGACATGT
39998 TCTGTTTGAATTCATCAAGCTTATTCGGATTAGAAAAAAAATCACCAAATACCCCAAAAACTCAA
1 TCTGTTTGAATTCATCAAGCTTATTCGGATTAG-AAAAAAATCACCAAATACCCCAAAAACTCAA
40063 CAAAATTAGTATTTAGTAAGCAATTAAAACTACAACTCTGACAT
65 CAAAATTAGTATTTAGTAAGCAATTAAAACTACAACTCTGACAT
40107 CTAATGTTAA
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 2, Indels: 1
0.97 0.02 0.01
Matches are distributed among these distances:
110 33 0.31
111 73 0.69
ACGTcount: A:0.42, C:0.20, G:0.10, T:0.28
Consensus pattern (110 bp):
TCTGTTTGAATTCATCAAGCTTATTCGGATTAGAAAAAAATCACCAAATACCCCAAAAACTCAAC
AAAATTAGTATTTAGTAAGCAATTAAAACTACAACTCTGACATGT
Done.