Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01016651.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig16684, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1833
ACGTcount: A:0.39, C:0.15, G:0.15, T:0.31
Found at i:1058 original size:332 final size:330
Alignment explanation
Indices: 8--1806 Score: 1808
Period size: 332 Copynumber: 5.3 Consensus size: 330
1 TAAAAGG
* * *
8 AAATCCTTAAATGCAATGTGGCTAAGAATTTTATTAGATGAATATAGGGTATTTCAGGGGAGTGT
1 AAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGAATTTGATTAGATGAATATA-GATATTTCA-GGGAGTGT
* * * *
73 CGGCGACCAAAAATCATGCAAAAATAAGCCGGGGCCCCAAAACTCGTTTTTGGCCAAAAAACCGT
64 CGACG-CCAAAAATCATGCAAAAATAAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTGACC-AAAAACCGT
* *
138 GATGATTAGTACACGATTTTGCCTAAAATTTAGCTAAAAAAATGACCCAAAAATTTTTTGCCCAA
127 GATGGTTAGTACACGATTTTGCCTAAAATTTAGC-AAAAAAATGA-CCGAAAATTTTTTGCCCAA
*
203 TTTTTGGATAAAATACTCATAAAATATGTATAATTTAAAGCCAAAAATATTGGAAGACTTTTTAC
190 TTTTTGGATAAAATACTCATAAAATATGTATAATTTAAAGCCAAAAATATT-GAAGACTTTTCAC
* * *
268 GCTTTTAATATC-ATTTTCATATTTTTCAGAATTAATTTGTAATTAAATTGAAACAAGATTCAGA
254 GCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGA
*
332 TTCTTGTAAAAA
319 TTCTTCTAAAAA
* * * * * * *
344 CAAATCCTTAAATGCAATATGACTGA-AATTTGATTACATGAATATAGATATTTCAAGGTGTCTT
1 -AAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGAATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAGGGAGTGTC
* * * * * *
408 GACGCTAAAAATAATG-AAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAACAAAAAAAAAAAA
65 GACGCCAAAAATCATGCAAAAA-TAAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTGAC--------CAAA
* * * ** * * *
472 CGAACCATGGTGGTTTAGTACACGATTTCGGTTGAAATTTTA-CAAAAAAATAACCAGAAAA-AT
121 --AACCGTGATGG-TTAGTACACGATTTTGCCT-AAAATTTAGCAAAAAAATGACC-GAAAATTT
* * * * * * ** * *
535 TTT-CCTTAATTTTTAG-TCACAATACACATAAAAAATATATAATCCAAGGTC-AAAATGATTGA
181 TTTGCC-CAATTTTTGGAT-AAAATACTCATAAAATATGTATAATTTAAAGCCAAAAAT-ATTGA
* * * *
597 AGGGCTTTTCACG-TTTATAATATCATTTTTCCTATTTTTATCCGAATTAATTTCTAATTAAATC
243 A-GACTTTTCACGCTTT-TAATATCGTTTTTCATA-TTTT-TCAGAATTAATTTCTAATTAAATC
* * * *
661 GAAACATGATTTAGATGC-TCGTAAAAGC
304 GAAACAAGATTCAGATTCTTC-TAAAA-A
* * *
689 AAATCCTTTAATGCAATGTGGCT-AGAATTTTATTAGATGAATATAGGTATTTCAGGGAGTGTCG
1 AAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGAATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAGGGAGTGTCG
* * * **
753 ATGCCAAAAACCATGCAAAAATAAGCCGAGGCCATGAAACGCGTTTTTGACCAAAAACCGTGATG
66 ACGCCAAAAATCATGCAAAAATAAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTGACCAAAAACCGTGATG
* *
818 GTTAATACACGATTTTACCTAAAATTTAGCAAAAAAAATGACCGAAAATTTTTTGCCCAATTTTT
131 GTTAGTACACGATTTTGCCTAAAATTTAGC-AAAAAAATGACCGAAAATTTTTTGCCCAATTTTT
883 GGATAAAATACTCATAAAATATGTATAATTTAAAGCCAAAAATATTGGAAGACTTTTCACGCTTT
195 GGATAAAATACTCATAAAATATGTATAATTTAAAGCCAAAAATATT-GAAGACTTTTCACGCTTT
*
948 TAATATCGTTTTTCATATTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATAGAAACAAGATTCAGATTCTT
259 TAATATCGTTTTTCATATTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATTCTT
1013 CTACAAAA
324 CTA-AAAA
* * * * * **
1021 AAATCCATAAATGCAATATGGCTGA-AATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGTGTCTTT
1 AAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGAATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAGGGAGTGTCG
* * * * **
1085 AC-CACAAAAATAATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAAAAAAAAA
66 ACGC-CAAAAATCATGCAAAAATAAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTT-G--------ACCAAA
* * * ** *
1149 GAACCATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTGAAGTTTTA-C-AAAAAATGACCAGAAAGA-ATT
121 -AACCGTGATGGTTAGTACACGATTTTGCCT-AAAATTTAGCAAAAAAATGACC-GAAA-ATTTT
* * * * ** *
1211 TT-CCTCAATTTTTAG-TCACAATACTCATAAAAAATATATAATCCAAAGCCAAAAAGATTGAAG
182 TTGCC-CAATTTTTGGAT-AAAATACTCATAAAATATGTATAATTTAAAGCCAAAAATATTGAA-
* * * *
1274 GGA-TTTTCAAG-TTTATAATATCATTTTTTCGTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATC
244 -GACTTTTCACGCTTT-TAATATC-GTTTTTC--ATATTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATC
* * * *
1337 GAAACATGATTTAGATGC-TCGTAAAAGG
304 GAAACAAGATTCAGATTCTTC-TAAAA-A
* *
1365 AAATCCTTAAATGCAATGTGGCT-AGAATTTTATTAGATGAATATAGGTATTTCAGGGAGTGTCG
1 AAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGAATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAGGGAGTGTCG
* * * * *
1429 GCGCCAAAAACCATGCAAAAATAAGCCGGGGCCCCAAAACTCGTTTTTGGCCAAAAACCGTGATG
66 ACGCCAAAAATCATGCAAAAATAAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTGACCAAAAACCGTGATG
* *
1494 GTTAGTACACGATTTTGCCTAATATTTAGCAAAAAAATGACCCGAAAATTTTTTGCCAAATTTTT
131 GTTAGTACACGATTTTGCCTAAAATTTAGCAAAAAAATGA-CCGAAAATTTTTTGCCCAATTTTT
1559 GGATAAAATACTCATAAAATATGTATAATTTAAAGCCAAAAATATTAGAAGACTTTTCACGCTTT
195 GGATAAAATACTCATAAAATATGTATAATTTAAAGCCAAAAATATT-GAAGACTTTTCACGCTTT
*
1624 TAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATTCTT
259 TAATATCGTTTTTCATATTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATTCTT
*
1689 GTAAAAA
324 CTAAAAA
* * * * *
1696 CAAATACTTAAATGCAATGTGGCTGA-AATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGCGTCTT
1 -AAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGAATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAGGGAGTGTC
* * * * * *
1760 GACGCCAAAAATAATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCTGGAACGCGTTT
65 GACGCCAAAAATCATGCAAAAATAAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTT
1807 CTAACAAAAA
Statistics
Matches: 1180, Mismatches: 207, Indels: 155
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
331 1 0.00
332 280 0.24
333 73 0.06
334 130 0.11
335 100 0.08
336 32 0.03
337 22 0.02
340 37 0.03
341 129 0.11
342 63 0.05
343 36 0.03
344 271 0.23
345 6 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (330 bp):
AAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGAATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAGGGAGTGTCG
ACGCCAAAAATCATGCAAAAATAAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTGACCAAAAACCGTGATG
GTTAGTACACGATTTTGCCTAAAATTTAGCAAAAAAATGACCGAAAATTTTTTGCCCAATTTTTG
GATAAAATACTCATAAAATATGTATAATTTAAAGCCAAAAATATTGAAGACTTTTCACGCTTTTA
ATATCGTTTTTCATATTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATTCTTCT
AAAAA
Found at i:1420 original size:676 final size:676
Alignment explanation
Indices: 1--1819 Score: 3029
Period size: 676 Copynumber: 2.7 Consensus size: 676
1 TAAAAGGAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTAAGAATTTTATTAGATGAATATAGGGTATTTCAGG
1 TAAAAGGAAATCCTTAAATGCAATGTGGCT-AGAATTTTATTAGATGAATATA-GGTATTTCA-G
*
66 GGAGTGTCGGCGACCAAAAATCATGCAAAAATAAGCCGGGGCCCCAAAACTCGTTTTTGGCCAAA
63 GGAGTGTCGGCG-CCAAAAACCATGCAAAAATAAGCCGGGGCCCCAAAACTCGTTTTTGGCC-AA
* *
131 AAACCGTGATGATTAGTACACGATTTTGCCTAAAATTTAGCTAAAAAAATGACCCAAAAATTTTT
126 AAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTTGCCTAAAATTTAGC-AAAAAAATGACCCGAAAATTTTT
196 TGCCCAATTTTTGGATAAAATACTCATAAAATATGTATAATTTAAAGCCAAAAATATTGGAAGAC
190 TGCCCAATTTTTGGATAAAATACTCATAAAATATGTATAATTTAAAGCCAAAAATATTGGAAGAC
* * * *
261 TTTTTACGCTTTTAATATC-ATTTTCATATTTTTCAGAATTAATTTGTAATTAAATTGAAACAAG
255 TTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATAGAAACAAG
* *
325 ATTCAGATTCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATATGACTGAAATTTGATTACATGAATATA
320 ATTCAGATTCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATATGGCTGAAATTTGATTAGATGAATATA
* *
390 GATATTTCAAGGTGTCTTGACGCTAAAAATAATGAAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTT
385 GATATTTCAAGGTGTCTTGACGCCAAAAATAATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTT
* * *
455 TTAACAAAAAAAAAAAACGAACCATGGTGGTTTAGTACACGATTTCGGTTGAAATTTTACAAAAA
450 TTAACAAAAAAAAAAAAAGAACCATGATGGTTTAGTACACGATTTCGGCTGAAATTTTACAAAAA
* * *
520 AATAACCAGAAAAATTTTCCTTAATTTTTAGTCACAATACACATAAAAAATATATAATCCAAGGT
515 AATAACCAGAAAAATTTTCCTCAATTTTTAGTCACAATACACATAAAAAATATATAATCCAAAGC
* * *
585 CAAAATGATTGAAGGGCTTTTCACGTTTATAATATCATTTTTCCTATTTTTATCCGAATTAATTT
580 CAAAAAGATTGAAGGGATTTTCAAGTTTATAATATCATTTTTCCTATTTTTATCCGAATTAATTT
650 CTAATTAAATCGAAACATGATTTAGATGCTCG
645 CTAATTAAATCGAAACATGATTTAGATGCTCG
* *
682 TAAAAGCAAATCCTTTAATGCAATGTGGCTAGAATTTTATTAGATGAATATAGGTATTTCAGGGA
1 TAAAAGGAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTAGAATTTTATTAGATGAATATAGGTATTTCAGGGA
** * *** * *
747 GTGTCGATGCCAAAAACCATGCAAAAATAAGCCGAGGCCATGAAACGCGTTTTTGACCAAAAACC
66 GTGTCGGCGCCAAAAACCATGCAAAAATAAGCCGGGGCCCCAAAACTCGTTTTTGGCCAAAAACC
* *
812 GTGATGGTTAATACACGATTTTACCTAAAATTTAGCAAAAAAAATGA-CCGAAAATTTTTTGCCC
131 GTGATGGTTAGTACACGATTTTGCCTAAAATTTAGC-AAAAAAATGACCCGAAAATTTTTTGCCC
876 AATTTTTGGATAAAATACTCATAAAATATGTATAATTTAAAGCCAAAAATATTGGAAGACTTTTC
195 AATTTTTGGATAAAATACTCATAAAATATGTATAATTTAAAGCCAAAAATATTGGAAGACTTTTC
941 ACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATAGAAACAAGATTCA
260 ACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATAGAAACAAGATTCA
* *
1006 GATTCTTCTACAAAA-AAATCCATAAATGCAATATGGCTGAAATTTGATTAGATGAATATAGATA
325 GATTCTTGTA-AAAACAAATCCTTAAATGCAATATGGCTGAAATTTGATTAGATGAATATAGATA
*
1070 TTTCAAGGTGTCTTTAC-CACAAAAATAATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTA
389 TTTCAAGGTGTCTTGACGC-CAAAAATAATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTA
* *
1134 GCAAAAAAAAAAAAAGAACCATGATGG-TTAGTACACGATTTCGGCTGAAGTTTTAC-AAAAAAT
453 ACAAAAAAAAAAAAAGAACCATGATGGTTTAGTACACGATTTCGGCTGAAATTTTACAAAAAAAT
* *
1197 GACCAGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTAGTCACAATACTCATAAAAAATATATAATCCAAAGCCA
518 AACCAGAAA-AATTTTCCTCAATTTTTAGTCACAATACACATAAAAAATATATAATCCAAAGCCA
* *
1262 AAAAGATTGAAGGGATTTTCAAGTTTATAATATCATTTTTTCGTATTTTTTTCCGAATTAATTTC
582 AAAAGATTGAAGGGATTTTCAAGTTTATAATATCA-TTTTTCCTATTTTTATCCGAATTAATTTC
1327 TAATTAAATCGAAACATGATTTAGATGCTCG
646 TAATTAAATCGAAACATGATTTAGATGCTCG
1358 TAAAAGGAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTAGAATTTTATTAGATGAATATAGGTATTTCAGGGA
1 TAAAAGGAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTAGAATTTTATTAGATGAATATAGGTATTTCAGGGA
1423 GTGTCGGCGCCAAAAACCATGCAAAAATAAGCCGGGGCCCCAAAACTCGTTTTTGGCCAAAAACC
66 GTGTCGGCGCCAAAAACCATGCAAAAATAAGCCGGGGCCCCAAAACTCGTTTTTGGCCAAAAACC
* *
1488 GTGATGGTTAGTACACGATTTTGCCTAATATTTAGCAAAAAAATGACCCGAAAATTTTTTGCCAA
131 GTGATGGTTAGTACACGATTTTGCCTAAAATTTAGCAAAAAAATGACCCGAAAATTTTTTGCCCA
*
1553 ATTTTTGGATAAAATACTCATAAAATATGTATAATTTAAAGCCAAAAATATTAGAAGACTTTTCA
196 ATTTTTGGATAAAATACTCATAAAATATGTATAATTTAAAGCCAAAAATATTGGAAGACTTTTCA
* *
1618 CGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAG
261 CGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATAGAAACAAGATTCAG
* *
1683 ATTCTTGTAAAAACAAATACTTAAATGCAATGTGGCTGAAATTTGATTAGATGAATATAGATATT
326 ATTCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATATGGCTGAAATTTGATTAGATGAATATAGATATT
* * * *
1748 TCAAGGCGTCTTGACGCCAAAAATAATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCTGGAACGCGTTTCTAACA
391 TCAAGGTGTCTTGACGCCAAAAATAATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAACA
1813 AAAAAAA
456 AAAAAAA
1820 GAACCATGAT
Statistics
Matches: 1061, Mismatches: 69, Indels: 21
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
674 15 0.01
675 219 0.21
676 710 0.67
677 47 0.04
678 11 0.01
679 9 0.01
680 22 0.02
681 28 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.15, G:0.15, T:0.31
Consensus pattern (676 bp):
TAAAAGGAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTAGAATTTTATTAGATGAATATAGGTATTTCAGGGA
GTGTCGGCGCCAAAAACCATGCAAAAATAAGCCGGGGCCCCAAAACTCGTTTTTGGCCAAAAACC
GTGATGGTTAGTACACGATTTTGCCTAAAATTTAGCAAAAAAATGACCCGAAAATTTTTTGCCCA
ATTTTTGGATAAAATACTCATAAAATATGTATAATTTAAAGCCAAAAATATTGGAAGACTTTTCA
CGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATAGAAACAAGATTCAG
ATTCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATATGGCTGAAATTTGATTAGATGAATATAGATATT
TCAAGGTGTCTTGACGCCAAAAATAATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAACA
AAAAAAAAAAAAGAACCATGATGGTTTAGTACACGATTTCGGCTGAAATTTTACAAAAAAATAAC
CAGAAAAATTTTCCTCAATTTTTAGTCACAATACACATAAAAAATATATAATCCAAAGCCAAAAA
GATTGAAGGGATTTTCAAGTTTATAATATCATTTTTCCTATTTTTATCCGAATTAATTTCTAATT
AAATCGAAACATGATTTAGATGCTCG
Done.