Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01016673.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig16706, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 4119
ACGTcount: A:0.29, C:0.20, G:0.20, T:0.32


Found at i:61 original size:40 final size:40

Alignment explanation


    Indices: 1--535  Score: 721
    Period size: 40  Copynumber: 13.4  Consensus size: 40

                        *                           
          1 CCGGAAGGTGTTCTTTAAATTCCCAGTTTGCCCTTCCCCA
          1 CCGGAAGGTGTTGTTTAAATTCCCAGTTTGCCCTTCCCCA

                           *                        
         41 CCGGAAGGTGTTGTTAAAATTCCCAGTTTGCCCTTCCCCA
          1 CCGGAAGGTGTTGTTTAAATTCCCAGTTTGCCCTTCCCCA

                      *           *                 
         81 CCGGAAGGTGCTGTTTAAATTCTCAGTTTGCCCTTCCCCA
          1 CCGGAAGGTGTTGTTTAAATTCCCAGTTTGCCCTTCCCCA

                      *           **               *
        121 CCGGAAGGTGCTGTTTAAATTCTTAGTTTGCCCTTCCCCT
          1 CCGGAAGGTGTTGTTTAAATTCCCAGTTTGCCCTTCCCCA

                      *         **                  
        161 CCGGAAGGTGCTGTTTAAATAACCAGTTTGCCCTTCCCCA
          1 CCGGAAGGTGTTGTTTAAATTCCCAGTTTGCCCTTCCCCA

                                      *          *  
        201 CCGGAAGGTGTTGTTTAAATTCCCAGCTTGCCCTTCCACA
          1 CCGGAAGGTGTTGTTTAAATTCCCAGTTTGCCCTTCCCCA

                          *     *        *          
        241 CCGGAAGGTGTTGTCTAAATACCCAGTTTACCCTTCCCCA
          1 CCGGAAGGTGTTGTTTAAATTCCCAGTTTGCCCTTCCCCA

                     *          *                   
        281 CCGGAAGGTTTTGTTTAAATACCCAGTTTGCCCTTCCCCA
          1 CCGGAAGGTGTTGTTTAAATTCCCAGTTTGCCCTTCCCCA

                          *     *                   
        321 CCGGAAGGTGTTGTCTAAATACCCAGTTTGCCCTTCCCCA
          1 CCGGAAGGTGTTGTTTAAATTCCCAGTTTGCCCTTCCCCA

                                                    
        361 CCGGAAGGTGTTGTTTAAATTCCCAGTTTGCCCTTCCCCA
          1 CCGGAAGGTGTTGTTTAAATTCCCAGTTTGCCCTTCCCCA

                          *                 *     * 
        401 CCGGAAGGTGTTGTCTAAATTCCCAGTTTGCCTTTCCCTA
          1 CCGGAAGGTGTTGTTTAAATTCCCAGTTTGCCCTTCCCCA

               *  *  *    *       *       * *       
        441 CCGAAAAGTTTTGTCTAAATTCTCAGTTTGTCTTTCCCCA
          1 CCGGAAGGTGTTGTTTAAATTCCCAGTTTGCCCTTCCCCA

                  *                *  *           *  
        481 CCGGAAAGTGTT-TTCTAAATTCTCAATTTGCCCTTCCTCA
          1 CCGGAAGGTGTTGTT-TAAATTCCCAGTTTGCCCTTCCCCA

            *   *   *      
        521 TCGGGAGGAGTTGTT
          1 CCGGAAGGTGTTGTT

        536 CCTATTTCCT


Statistics
Matches: 444,  Mismatches: 49, Indels: 3
        0.90            0.10        0.01

Matches are distributed among these distances:
  39    1  0.00
  40  441  0.99
  41    2  0.00

ACGTcount: A:0.19, C:0.29, G:0.19, T:0.33


Consensus pattern (40 bp):   
CCGGAAGGTGTTGTTTAAATTCCCAGTTTGCCCTTCCCCA

Done.