Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01016752.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig16785, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2955
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.13, T:0.35
Found at i:116 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 86--135 Score: 57
Period size: 22 Copynumber: 2.3 Consensus size: 22
76 AATAACCACA
86 CTAT-AAAATATCGATAAATTCC
1 CTATGAAAAT-TCGATAAATTCC
* * *
108 TTATGAAAATTTGATAACTTCC
1 CTATGAAAATTCGATAAATTCC
130 CTATGA
1 CTATGA
136 TCCAACTCAT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 4, Indels: 2
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
22 18 0.78
23 5 0.22
ACGTcount: A:0.40, C:0.16, G:0.08, T:0.36
Consensus pattern (22 bp):
CTATGAAAATTCGATAAATTCC
Found at i:264 original size:143 final size:143
Alignment explanation
Indices: 2--273 Score: 472
Period size: 143 Copynumber: 1.9 Consensus size: 143
1 C
* * *
2 TGTTTAAGCTGGAATAATCCGCTTACCACTTGATTCAACCTCTCGTTGGTTGATAAACTCCCTAT
1 TGTTTAAGCTGGAACAATCCGCTTACCACTTGATCCAACCCCTCGTTGGTTGATAAACTCCCTAT
*
67 GAAAATTGTAATAACCACACTATAAAATATCGATAAATTCCTTATGAAAATTTGATAACTTCCCT
66 GAAAATTGTAACAACCACACTATAAAATATCGATAAATTCCTTATGAAAATTTGATAACTTCCCT
132 ATGATCCAACTCA
131 ATGATCCAACTCA
* *
145 TGTTTAAGCTGGAACAATCCGCTTACCACTTGCTCCAACCCCTCGTTGGTTGATAACCTCCCTAT
1 TGTTTAAGCTGGAACAATCCGCTTACCACTTGATCCAACCCCTCGTTGGTTGATAAACTCCCTAT
* *
210 GAAAATTGTAACAACCACACTATGAAATATCGATAAATTCCTTATGAAATTTTGATAACTTCCC
66 GAAAATTGTAACAACCACACTATAAAATATCGATAAATTCCTTATGAAAATTTGATAACTTCCC
274 AAAGACAATT
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 8, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
143 121 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.24, G:0.12, T:0.32
Consensus pattern (143 bp):
TGTTTAAGCTGGAACAATCCGCTTACCACTTGATCCAACCCCTCGTTGGTTGATAAACTCCCTAT
GAAAATTGTAACAACCACACTATAAAATATCGATAAATTCCTTATGAAAATTTGATAACTTCCCT
ATGATCCAACTCA
Found at i:272 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 194--950 Score: 421
Period size: 22 Copynumber: 34.9 Consensus size: 21
184 CCCTCGTTGG
194 TTGATAACCTCCCTATGAAAATT
1 TTGATAACCT-CCTATG-AAATT
* * * * *
217 GTAACAACCACACTATGAAATA
1 TTGATAACCTC-CTATGAAATT
* **
239 TCGATAAATTCCTTATGAAATT
1 TTGATAACCTCC-TATGAAATT
* * *
261 TTGATAACTTCCCAAAGACAA-T
1 TTGATAACCT-CCTATGA-AATT
*
283 TTGATAACCACACTATGAAATT
1 TTGATAACCTC-CTATGAAATT
*
305 TTGATAACCACACTAT-ACAATT
1 TTGATAACCTC-CTATGA-AATT
327 TTGATAAACCTTCCTATGAAATT
1 TTGAT-AACC-TCCTATGAAATT
* * * *
350 TCGGTAACCACACTATGGAATT
1 TTGATAACCTC-CTATGAAATT
372 TTGATAACCTTCCTATGAAATT
1 TTGATAACC-TCCTATGAAATT
* * *
394 TCGGTAACCACACTAAT-AAATT
1 TTGATAACCTC-CT-ATGAAATT
*
416 TCGATAACCTCCCTATGAAA-T
1 TTGATAACCT-CCTATGAAATT
437 TTGATAACCTCTCTATGAAATT
1 TTGATAACCTC-CTATGAAATT
* ** *
459 TTAATAACCAAACTATAAAATT
1 TTGATAACC-TCCTATGAAATT
*
481 TT-AGTAA---CATATGAAATT
1 TTGA-TAACCTCCTATGAAATT
* *
499 TTGTTAACCT-CTATGAATTT
1 TTGATAACCTCCTATGAAATT
* * *
519 TTGGTAATCACACTAT-AAATT
1 TTGATAACCTC-CTATGAAATT
*
540 TT-AGTAACCTTCATATGAAATT
1 TTGA-TAACC-TCCTATGAAATT
* *
562 TTGATAACCACACTGTGAAATT
1 TTGATAACCTC-CTATGAAATT
* * *
584 TTGATAATCTCACTATAAAATC
1 TTGATAACCTC-CTATGAAATT
*
606 TTGATAACCTTCATATGAAATT
1 TTGATAACC-TCCTATGAAATT
*
628 TTGGTAACCTTCCTATGAAATT
1 TTGATAACC-TCCTATGAAATT
*
650 TTGGTAACCTTCCTATGAAATT
1 TTGATAACC-TCCTATGAAATT
672 TTGATAACCTCCTTATGAAATT
1 TTGATAACCTCC-TATGAAATT
** *
694 CAGATAACCACACTATGAAATT
1 TTGATAACCTC-CTATGAAATT
** *
716 CAGATAACCACACTATGAAATT
1 TTGATAACCTC-CTATGAAATT
**
738 CGGATAACCTTCCTATGAAATT
1 TTGATAACC-TCCTATGAAATT
** *
760 CAGATAACCACACTATGAAATT
1 TTGATAACCTC-CTATGAAATT
* *
782 TTAATAACC-CCTATGAATTT
1 TTGATAACCTCCTATGAAATT
*
802 TTG-TAACC-AC-ACTGAAATT
1 TTGATAACCTCCTA-TGAAATT
* **
821 TTGATAACTTTTTTATGAAATT
1 TTGATAAC-CTCCTATGAAATT
*
843 TTTATAACCTCCCTATGAAATTT
1 TTGATAACCT-CCTATGAAA-TT
**
866 TTG-TAACCATAATATGAAATT
1 TTGATAACC-TCCTATGAAATT
* * *
887 TTGGTAACCACACTATGAAGTT
1 TTGATAACCTC-CTATGAAATT
* ** *
909 GTGATAATTTCCTTATGGAATT
1 TTGATAACCTCC-TATGAAATT
**
931 CGGATAACCTCGCTATGAAA
1 TTGATAACCTC-CTATGAAA
951 CCATATATAC
Statistics
Matches: 577, Mismatches: 109, Indels: 97
0.74 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
18 14 0.02
19 15 0.03
20 31 0.05
21 54 0.09
22 415 0.72
23 46 0.08
24 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.18, G:0.10, T:0.35
Consensus pattern (21 bp):
TTGATAACCTCCTATGAAATT
Found at i:330 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 194--915 Score: 501
Period size: 44 Copynumber: 16.7 Consensus size: 44
184 CCCTCGTTGG
* * * * *
194 TTGATAACCTCCCTATGAAAATTGTAACAACCACACTATGAAATA
1 TTGATAACCTCACTATG-AAATTTTGATAACCACACTATGAAATT
* ** ** * * *
239 TCGATAAATTC-CTTATGAAATTTTGATAACTTCCCAAAGACAA-T
1 TTGATAACCTCAC-TATGAAATTTTGATAACCACACTATGA-AATT
*
283 TTGATAACCACACTATGAAATTTTGATAACCACACTAT-ACAATT
1 TTGATAACCTCACTATGAAATTTTGATAACCACACTATGA-AATT
* * *
327 TTGATAAACCTTC-CTATGAAATTTCGGTAACCACACTATGGAATT
1 TTGAT-AACC-TCACTATGAAATTTTGATAACCACACTATGAAATT
* *
372 TTGATAACCTTC-CTATGAAATTTCGGTAACCACACTAAT-AAATT
1 TTGATAACC-TCACTATGAAATTTTGATAACCACACT-ATGAAATT
* * * *
416 TCGATAACCTCCCTATGAAA-TTTGATAACCTCTCTATGAAATT
1 TTGATAACCTCACTATGAAATTTTGATAACCACACTATGAAATT
* ** *
459 TTAATAACCAAACTATAAAATTTT-AGT-A--ACA-TATGAAATT
1 TTGATAACCTCACTATGAAATTTTGA-TAACCACACTATGAAATT
* * * *
499 TTGTTAACCT--CTATGAATTTTTGGTAATCACACTAT-AAATT
1 TTGATAACCTCACTATGAAATTTTGATAACCACACTATGAAATT
*
540 TT-AGTAACCTTCA-TATGAAATTTTGATAACCACACTGTGAAATT
1 TTGA-TAACC-TCACTATGAAATTTTGATAACCACACTATGAAATT
* * * *
584 TTGATAATCTCACTATAAAATCTTGATAACCTTCA-TATGAAATT
1 TTGATAACCTCACTATGAAATTTTGATAACC-ACACTATGAAATT
* * *
628 TTGGTAACCTTC-CTATGAAATTTTGGTAACCTTC-CTATGAAATT
1 TTGATAACC-TCACTATGAAATTTTGATAACC-ACACTATGAAATT
**
672 TTGATAACCTC-CTTATGAAATTCAGATAACCACACTATGAAATT
1 TTGATAACCTCAC-TATGAAATTTTGATAACCACACTATGAAATT
** * ** *
716 CAGATAACCACACTATGAAATTCGGATAACCTTC-CTATGAAATT
1 TTGATAACCTCACTATGAAATTTTGATAACC-ACACTATGAAATT
** * * *
760 CAGATAACCACACTATGAAATTTTAATAACC-C-CTATGAATTT
1 TTGATAACCTCACTATGAAATTTTGATAACCACACTATGAAATT
* *****
802 TTG-TAACCACAC--TGAAATTTTGATAACTTTTTTATGAAATT
1 TTGATAACCTCACTATGAAATTTTGATAACCACACTATGAAATT
* * * *
843 TTTATAACCTCCCTATGAAATTTTTG-TAACCATAATATGAAATT
1 TTGATAACCTCACTATGAAA-TTTTGATAACCACACTATGAAATT
* * * *
887 TTGGTAACCACACTATGAAGTTGTGATAA
1 TTGATAACCTCACTATGAAATTTTGATAA
916 TTTCCTTATG
Statistics
Matches: 545, Mismatches: 94, Indels: 77
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
38 11 0.02
39 15 0.03
40 16 0.03
41 35 0.06
42 24 0.04
43 70 0.13
44 307 0.56
45 66 0.12
46 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.18, G:0.10, T:0.35
Consensus pattern (44 bp):
TTGATAACCTCACTATGAAATTTTGATAACCACACTATGAAATT
Done.