Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01016753.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig16786, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 2363
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37


Found at i:861 original size:69 final size:69

Alignment explanation


    Indices: 730--938  Score: 292
    Period size: 61  Copynumber: 3.1  Consensus size: 69

        720 TATATATTAA

                                    *                    *                   
        730 ATTGATTGATTGATTTGAATATATTTTGATCCAATTAGAATCAATCAGTACTAAAATGATATTAA
          1 ATTGATTGATTGATTTG-A-ATATCTTGATCCAATTAGAATCAATTAGTACT--AATGATATTAA

                    
        795 ATTGATTG
         62 ATTGATTG

                                                                             
        803 ATTGATTGATTGATTTGAATATCTTGATCCAATTAGAATCAATTAGTACTAATGATATT--A---
          1 ATTGATTGATTGATTTGAATATCTTGATCCAATTAGAATCAATTAGTACTAATGATATTAAATTG

                
        863 A---
         66 ATTG

                                       *                                     
        864 ATTGATTGATTGATTTGAATATCTTGACCCAATTAGAATCAATTAGTACTAATGATA-TAAATTG
          1 ATTGATTGATTGATTTGAATATCTTGATCCAATTAGAATCAATTAGTACTAATGATATTAAATTG

                
        928 ATTG
         66 ATTG

                   
        932 ATTGATT
          1 ATTGATT

        939 TGAATATTGA


Statistics
Matches: 125,  Mismatches: 3, Indels: 21
        0.84            0.02        0.14

Matches are distributed among these distances:
  60    1  0.01
  61   56  0.45
  62    1  0.01
  64    1  0.01
  65    1  0.01
  67    1  0.01
  68    7  0.06
  69    9  0.07
  71   30  0.24
  72    1  0.01
  73   17  0.14

ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.14, T:0.41


Consensus pattern (69 bp):   
ATTGATTGATTGATTTGAATATCTTGATCCAATTAGAATCAATTAGTACTAATGATATTAAATTG
ATTG

Found at i:874 original size:61 final size:60

Alignment explanation


    Indices: 803--966  Score: 278
    Period size: 61  Copynumber: 2.8  Consensus size: 60

        793 AAATTGATTG

                                                                         
        803 ATTGATTGATTGATTTGAATATCTTGATCCAATTAGAATCAATTAGTACTAATGATATTAA
          1 ATTGATTGATTGATTTGAATATCTTGATCCAATTAGAATCAATTAGTACTAATGATA-TAA

                                       *                                
        864 ATTGATTGATTGATTTGAATATCTTGACCCAATTAGAATCAATTAGTACTAATGATATAA
          1 ATTGATTGATTGATTTGAATATCTTGATCCAATTAGAATCAATTAGTACTAATGATATAA

                                         *     *         
        924 ATTGATTGATTGATTTGAATA--TTGATCAAATTAAAATCAATTA
          1 ATTGATTGATTGATTTGAATATCTTGATCCAATTAGAATCAATTA

        967 AAATTAATGT


Statistics
Matches: 99,  Mismatches: 4, Indels: 3
        0.93            0.04        0.03

Matches are distributed among these distances:
  58   19  0.19
  60   24  0.24
  61   56  0.57

ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.13, T:0.40


Consensus pattern (60 bp):   
ATTGATTGATTGATTTGAATATCTTGATCCAATTAGAATCAATTAGTACTAATGATATAA
Done.