Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01016767.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig16800, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2610
ACGTcount: A:0.22, C:0.18, G:0.19, T:0.42
Found at i:301 original size:154 final size:154
Alignment explanation
Indices: 1--2610 Score: 3735
Period size: 154 Copynumber: 17.0 Consensus size: 154
*
1 TTTACTGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCGTTTGG
1 TTTA-TGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGG
** * * ** * *
66 AACACTTGCAATTTTGTGCATATCGAGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATTGTATTCGATTTGGCA
65 AACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCA
131 AACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTG
130 AACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTG
*
156 TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTTGA
1 TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
* ** * **
221 ACACTTGATATTTTGTACCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATGGTCTTCGATTTAAC-A
66 ACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAA
* *
285 ACCTTCGATGCCTTTCTTTCCATTG
131 ACC-TCAATGCTTTTCTTTCCATTG
* * *
310 TTTATGGCCTAATTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGGGAAGTTTTTAGCTCATTTTGA
1 TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
* ** ** * *
375 ACACTTGATATTTTGTACCTATCGAGGCCCATTAGTTCCATTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAA
66 ACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAA
440 ACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTG
131 ACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTG
* * *
464 TGTACGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
1 TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
* *
529 ACACTTGCTATTTTGGGCCTATC-AGGCCCATTAGT-TCAGTTTTGAATCGTCTTCG-TTTGGCA
66 ACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGAC-GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCA
*
591 AACCTCAATGCTTTTGTTTCCATTG
130 AACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTG
616 TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
1 TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
* **
681 ACACTTGTTATTTTGGGCCTATAG-GGAACATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAA
66 ACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAA
*
745 ACCCCAATGCTTTTCTTTCCATTG
131 ACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTG
* *
769 TTTATGGCCTAACTATAAACCTTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGTAAGTTTTTAGCTCATTTGG
1 TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTG-AAGTTTTTAGCTCATTTGG
* *
834 AACACTTGTTATTTTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGT-TCTGTTTTGAATTGTCTTCGATTTG
65 AACACTTGTTA--TTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGAC-GTTTTGAATCGTCTTCGATTTG
898 GCAAACCTCAATGC-TTTCTTTCCATTG
127 GCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTG
* * * *
925 TGTACGGCTTAACTATAATCATTTTGGTGAGA-TATGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCACATTTGG
1 TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTA-GTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGG
* * * *
989 AACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCTCATCAGTGACGTTTTGAATCGTCTTTGATTTGGCA
65 AACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCA
* * *
1054 ATCCTCATTTCTTTTCTTTCCATTG
130 AACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTG
1079 TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
1 TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
* **
1144 ACATTTGTTATTTTGTTCCTATCGAGGTCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCA
66 ACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGG-CCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCA
* *
1209 AACCTCAATTCTTTTTTTTCCATTG
130 AACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTG
1234 TTTATGGCCTAA--ATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
1 TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
* * * *
1297 ACACTTGTTATTTTGTGCCTATCGAGGCCCATTAGT-TCAGTTTTGAATTGTCTTCGGTTTGGCA
66 ACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGAC-GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCA
1361 AACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTG
130 AACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTG
*
1386 TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTTGTCCACTGTGAAGTTTTTTAGCTCATTTGG
1 TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAG-TTTTTAGCTCATTTGG
* * *
1451 ACCACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGC-
65 AACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCA
* * *
1515 AACCTTCGATGCCTTTCTTTTCATTG
130 AACC-TCAATGCTTTTCTTTCCATTG
* * *
1541 TTTATGGCCTAACCATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCACTGTGAAG-TTTT--CTCATATGGA
1 TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
* * * * * *
1603 ACAATTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGT-TCTGTTTTAAATCGTCTTCGATTTGGAA
66 ACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGAC-GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCA
*
1667 AACCCCAATGCTTTTCTTTCCATTG
130 AACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTG
* * * *
1692 TTTATGGCCTAACTATAATCCTTTTGGTGAGATTAGTCAACTGTAAAGTTTTTATCTCATTTGGA
1 TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
* * *
1757 ACACTTGTTATTTTGTGG-CTATCGAGGCCCATTAGT-TCAGTTTTGAATTGTCTTCGGTTTGGC
66 ACACTTGTTATTTTG-GGCCTATCGAGGCCCATTAGTGAC-GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGC
1820 AAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTG
129 AAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTG
* *
1846 TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTTGTCCACTGTGAAGTTTTTTGCTCATTTGGA
1 TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
* * * *
1911 CCACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTTGATTTGGC-A
66 ACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAA
* * *
1975 ACCTTCGATGCCTTTCTTTTCATTG
131 ACC-TCAATGCTTTTCTTTCCATTG
* * *
2000 TTTATGGCCTAACCATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCACTGTGAAG-TTTT--CTCATATGGA
1 TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
* * * * * *
2062 ACAATTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGT-TCTGTTTTAAATCGTCTTCGATTTGGAA
66 ACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGAC-GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCA
*
2126 AACCCCAATGCTTTTCTTTCCATTG
130 AACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTG
* * * *
2151 TTTATGGCCTAACTATAATCCTTTTGGTGAGATTAGTCAACTGTAAAGTTTTTATCTCATTTGGA
1 TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
** *
2216 ACACTTGTTATTTTGTGG-CTATCGAGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCA
66 ACACTTGTTATTTTG-GGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCA
2280 AACCTCAATGCTTTT-TTTCCATTG
130 AACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTG
* *
2304 TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTTGTCCTA-TGTAAAGTTTTTAGCTCATTTGG
1 TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCC-ACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGG
* *
2368 AACACTTGTAATTTTGGGCCTATCGAGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCA
65 AACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCA
2433 AACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTG
130 AACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTG
2458 TTTATGG-CTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTTCATTTGG
1 TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGC-TCATTTGG
* * *
2522 AACACTTGTTATTTTTGGGCCTTATCGGGGACCGATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTAG
65 AACACTTGTTA-TTTTGGGCC-TATCGAGG-CCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTG
*
2587 GCAAACCTCAATTCGTTTTCTTTC
127 GCAAACCTCAATGC-TTTTCTTTC
Statistics
Matches: 2217, Mismatches: 191, Indels: 91
0.89 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
150 2 0.00
151 250 0.11
152 227 0.10
153 432 0.19
154 880 0.40
155 258 0.12
156 72 0.03
157 87 0.04
158 9 0.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.18, G:0.19, T:0.42
Consensus pattern (154 bp):
TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
ACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAA
ACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTG
Found at i:2035 original size:459 final size:461
Alignment explanation
Indices: 1--2610 Score: 3905
Period size: 459 Copynumber: 5.7 Consensus size: 461
* *
1 TTTACTGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCGTTTGG
1 TTTA-TGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTTGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGG
** * * * ** * *
66 AACACTTGCAATTTTGTGCATATCGAGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATTGTATTCGATTTGGCA
65 AACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCA
131 AACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCA
130 AACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCA
* * ** * *
196 CTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTTGAACACTTGATATTTTGTACCTATCGAGGCCCATTAGTGACG
195 CTGTGAAGTTTTTA-CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACG
* * * * *
261 TTTTGAATGGTCTTCGATTT--AACAACCTTCGATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAATT
259 TTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAA-AACC-CCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACT
* ** * *
324 ATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGGGAAGTTTTTAGCTCATTTTGAACACTTGATATTTT
322 ATAATCCTTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTAAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTT
**
389 GTACCTATCGAGGCCCATTAGTTCCA-TTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTT
387 GTGGCTATCGAGGCCCATTAGTT-CAGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTT
453 TCTTTCCATTG
451 TCTTTCCATTG
* * * *
464 TGTACGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
1 TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTTGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
* * *
529 ACACTTGCTATTTTGGGCCTATC-AGGCCCATTAGT-TCAGTTTTGAATCGTCTTCG-TTTGGCA
66 ACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGACCATTAGTGAC-GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCA
*
591 AACCTCAATGCTTTTGTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCA
130 AACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCA
* *
656 CTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT-AGGGAACATTAGTGACG
195 CTGTGAAGTTTTTA-CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACG
*
720 TTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCCCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTAT
259 TTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAAACCCCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTAT
* * *
785 AAACCTTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGTAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTT
324 AATCCTTTTGGTGAGATTAGTCCACTGT-AAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
*
850 TGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTTCTGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGC-TT
388 T-GG-CTATCGAGGCCCATTAGTTCAGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTT
914 TCTTTCCATTG
451 TCTTTCCATTG
* * * * *
925 TGTACGGCTTAACTATAATCATTTTGGTGAGATATGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCACATTTGGA
1 TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTTGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
* * *
990 ACACTTGTTATTTTGGGCCTATCG-GGGCTCATCAGTGACGTTTTGAATCGTCTTTGATTTGGCA
66 ACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGAC-CATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCA
* * *
1054 ATCCTCATTTCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCA
130 AACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCA
* ** **
1119 CTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACATTTGTTATTTTGTTCCTATCGAGGTCCCATTAGTGAC
195 CTGTGAAGTTTTTA-CTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCG-GGGACCATTAGTGAC
* * * *
1184 GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATTCTTTTTTTTCCATTGTTTATGGCCTAA--A
258 GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAAACCCCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
* *
1247 TAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
323 TAATCCTTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTAAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
* *
1312 TGCCTATCGAGGCCCATTAGTTCAGTTTTGAATTGTCTTCGGTTTGGCAAACCTCAATGCTTTTC
388 TGGCTATCGAGGCCCATTAGTTCAGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTC
1377 TTTCCATTG
453 TTTCCATTG
1386 TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTTGTCCACTGTGAAGTTTTTTAGCTCATTTGG
1 TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTTGTCCACTGTGAAG-TTTTTAGCTCATTTGG
* *
1451 ACCACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGC-
65 AACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCA
* * * * *
1515 AACCTTCGATGCCTTTCTTTTCATTGTTTATGGCCTAACCATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCC
130 AACC-TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCC
* * *
1580 ACTGTGAAG-TTTT-CTCATATGGAACAATTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGT-TCT
194 ACTGTGAAGTTTTTACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGAC-
*
1642 GTTTTAAATCGTCTTCGATTTGGAAAACCCCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
258 GTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAAACCCCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA
* *
1707 TAATCCTTTTGGTGAGATTAGTCAACTGTAAAGTTTTTATCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
323 TAATCCTTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTAAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTG
*
1772 TGGCTATCGAGGCCCATTAGTTCAGTTTTGAATTGTCTTCGGTTTGGCAAACCTCAATGCTTTTC
388 TGGCTATCGAGGCCCATTAGTTCAGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTC
1837 TTTCCATTG
453 TTTCCATTG
*
1846 TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTTGTCCACTGTGAAGTTTTTTGCTCATTTGGA
1 TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTTGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
* * *
1911 CCACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTTGATTTGGC-A
66 ACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAA
* * * * *
1975 ACCTTCGATGCCTTTCTTTTCATTGTTTATGGCCTAACCATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCA
131 ACC-TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCA
* * *
2040 CTGTGAAG-TTTT-CTCATATGGAACAATTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGT-TCTG
195 CTGTGAAGTTTTTACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGAC-G
*
2102 TTTTAAATCGTCTTCGATTTGGAAAACCCCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTAT
259 TTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAAACCCCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTAT
* *
2167 AATCCTTTTGGTGAGATTAGTCAACTGTAAAGTTTTTATCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGT
324 AATCCTTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTAAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGT
*
2232 GGCTATCGAGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTT-T
389 GGCTATCGAGGCCCATTAGTTCAGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCT
2296 TTCCATTG
454 TTCCATTG
*
2304 TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTTGTCCTA-TGTAAAGTTTTTAGCTCATTTGG
1 TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTTGTCC-ACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGG
*
2368 AACACTTGTAATTTTGGGCCTATCGAGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCA
65 AACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCA
2433 AACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGG-CTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCA
130 AACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCA
2497 CTGTGAAGTTTTTAGCTTCATTTGGAACACTTGTTATTTTTGGGCCTTATCGGGGACCGATTAGT
195 CTGTGAAGTTTTTA-C-TCATTTGGAACACTTGTTA-TTTTGGGCC-TATCGGGGACC-ATTAGT
* * * *
2562 GACGTTTTGAATCGTCTTCGATTAGGCAAACCTCAATTCGTTTTCTTTC
255 GACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAAACCCCAATGC-TTTTCTTTC
Statistics
Matches: 1993, Mismatches: 123, Indels: 60
0.92 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
457 39 0.02
458 225 0.11
459 522 0.26
460 391 0.20
461 209 0.10
462 331 0.17
463 158 0.08
464 37 0.02
465 81 0.04
ACGTcount: A:0.22, C:0.18, G:0.19, T:0.42
Consensus pattern (461 bp):
TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTTGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
ACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAA
ACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCAC
TGTGAAGTTTTTACTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTT
TTGAATCGTCTTCGATTTGGAAAACCCCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAA
TCCTTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTAAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGTGG
CTATCGAGGCCCATTAGTTCAGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTT
CCATTG
Done.