Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01017000.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig17033, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3333
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.13, T:0.38
Found at i:2091 original size:177 final size:178
Alignment explanation
Indices: 1882--2201 Score: 493
Period size: 177 Copynumber: 1.8 Consensus size: 178
1872 GCATGTTCAA
* *
1882 TCAATTTAGTTTTTTTGCATAACGTAATTACTAATTGATTGATTTATTTATGGTAAAATTAAATA
1 TCAATTGAGTTTTTTTGCATAACATAATTACTAATTGATTGATTTATTTATGGTAAAATTAAATA
* * * * *
1947 ATTATGAATCAACTATAATTTTGATTGGCAAAGTTAA-TGAACGACTAACTTGATTGA-TTGATT
66 ATCATCAATCAACTATAACTTTGATTGGCAAAGTTAACT-AACGACTAACTTGATTCATTTG-TC
2010 TATTTAGCATGTTCATTTTTTTTTTGGCATCAATTTATTTAGCACCATCC
129 TATTTAGCATGTTCATTTTTTTTTTGGCATCAATTTATTTAGCACCATCC
* *
2060 TCAATTGATTTTTTTTGC-TTACATAATTACTAATTGATTGATTTATTTATGGTAAAATTAAATA
1 TCAATTGAGTTTTTTTGCATAACATAATTACTAATTGATTGATTTATTTATGGTAAAATTAAATA
** *
2124 ATCATCAATCAGTTATAACTTTGATTGGCAAAGTTAACTAATGACTAACTTGATTCATTTGTCTA
66 ATCATCAATCAACTATAACTTTGATTGGCAAAGTTAACTAACGACTAACTTGATTCATTTGTCTA
2189 TTTAGCATGTTCA
131 TTTAGCATGTTCA
2202 ATAATTAATT
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 12, Indels: 5
0.88 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
177 108 0.84
178 20 0.16
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.12, T:0.45
Consensus pattern (178 bp):
TCAATTGAGTTTTTTTGCATAACATAATTACTAATTGATTGATTTATTTATGGTAAAATTAAATA
ATCATCAATCAACTATAACTTTGATTGGCAAAGTTAACTAACGACTAACTTGATTCATTTGTCTA
TTTAGCATGTTCATTTTTTTTTTGGCATCAATTTATTTAGCACCATCC
Found at i:2340 original size:166 final size:166
Alignment explanation
Indices: 2104--2573 Score: 753
Period size: 166 Copynumber: 2.8 Consensus size: 166
2094 TGATTGATTT
* * * * *
2104 ATTTATGGTAAAATTAAATAATCATCAATCAGTTATAACTTTGATTGGCAAAGTTAACTAATGAC
1 ATTTATCGTAAAATTAAATAATCATCAATCAATTAAAACTTTGATTGGCAAAATTAACTAACGAC
* * * *
2169 TAACTTGATTCATTTGTCTATTTAGCATGTTCAATAATTAATTTTTTTGGTAACATAATCACTAA
66 TAACTTGATTCATTTATTTATTTAGCATGTTCAATAATTTATTTTTTTGGTAACATAATTACTAA
2234 TTGATTTATTTATTTATGGTAATTTTTTTGGTAGCG
131 TTGATTTATTTATTTATGGTAATTTTTTTGGTAGCG
* * **
2270 ATTTATTGTAAAATTAAATAATTATCAATCAATTAAAACTTTGATTCACAAAATTAACTAACGAC
1 ATTTATCGTAAAATTAAATAATCATCAATCAATTAAAACTTTGATTGGCAAAATTAACTAACGAC
*
2335 TAACTTGGATTCATTTATTTATTTACCATGTTCAATAATTTA-TTTTTTGGTAACATAATTACTA
66 TAACTT-GATTCATTTATTTATTTAGCATGTTCAATAATTTATTTTTTTGGTAACATAATTACTA
2399 ATTGATTTATTTATTTATGGTAATTTTTTTGGTAGCG
130 ATTGATTTATTTATTTATGGTAATTTTTTTGGTAGCG
* *
2436 ATTTATCGTAAAATTAAATAATCATCAATCAATTACAACTTTGTTTGGCAAAATTAACTAACGAC
1 ATTTATCGTAAAATTAAATAATCATCAATCAATTAAAACTTTGATTGGCAAAATTAACTAACGAC
*
2501 TAACTTGATTCATTTATTTATTTAGCATGTTCAATCAATTTTATTTTTTTGCTAACATAATTACT
66 TAACTTGATTCATTTATTTATTTAGCATGTTCAAT-AA-TTTATTTTTTTGGTAACATAATTACT
2566 AATTGATT
129 AATTGATT
2574 CGTTTATTCA
Statistics
Matches: 279, Mismatches: 21, Indels: 6
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
165 28 0.10
166 188 0.67
167 35 0.13
168 28 0.10
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (166 bp):
ATTTATCGTAAAATTAAATAATCATCAATCAATTAAAACTTTGATTGGCAAAATTAACTAACGAC
TAACTTGATTCATTTATTTATTTAGCATGTTCAATAATTTATTTTTTTGGTAACATAATTACTAA
TTGATTTATTTATTTATGGTAATTTTTTTGGTAGCG
Found at i:2872 original size:142 final size:142
Alignment explanation
Indices: 2601--2958 Score: 474
Period size: 142 Copynumber: 2.5 Consensus size: 142
2591 ATTATAGGAG
* * * * *
2601 TAACTTTTATTGGCAAAGTTGACTT-AGGACTAACTTGGTTCATTTGTTTATTTAGCATGTTGAA
1 TAACTTTGATTGGCAAAGTT-AATTAAGGACTAACTTGATTCATTTATTTATTTAGCATGTTCAA
* * * **
2665 TCAGTTTA--TTTTTGCTAACATAATTATTAATTGATTCATTTATTTATGGCAAAATTTAATAAT
65 TCAATTTATTTTTTTGCTAACATAATTACTAATTGATTCATTTATTTATAGCAAAATCAAATAAT
* *
2728 CATCAATTAGTTA
130 CATCAATCAATTA
* * *
2741 TAACTTTGATTGGCAAAGTTAATTAACGACTAATTTGATTTATTTATTTATTTA-CTATGTTCAA
1 TAACTTTGATTGGCAAAGTTAATTAAGGACTAACTTGATTCATTTATTTATTTAGC-ATGTTCAA
* * *
2805 TCAATTTATTTTTTTGCTAATATAATTACTAATTGATTCTTTTATTTATAGCAAAATCAAATCAT
65 TCAATTTATTTTTTTGCTAACATAATTACTAATTGATTCATTTATTTATAGCAAAATCAAATAAT
2870 CATCAATCAATTA
130 CATCAATCAATTA
* *
2883 TAACTTTGATTGACAAAGTTGATTAAGGACTAACTTGATTCATTTATTTATTTAGCATGTTCAAT
1 TAACTTTGATTGGCAAAGTTAATTAAGGACTAACTTGATTCATTTATTTATTTAGCATGTTCAAT
*
2948 CAAGTT-TTTTT
66 CAATTTATTTTT
2959 AGTGGCTAAA
Statistics
Matches: 189, Mismatches: 24, Indels: 9
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
139 4 0.02
140 57 0.30
141 5 0.03
142 122 0.65
143 1 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.11, T:0.46
Consensus pattern (142 bp):
TAACTTTGATTGGCAAAGTTAATTAAGGACTAACTTGATTCATTTATTTATTTAGCATGTTCAAT
CAATTTATTTTTTTGCTAACATAATTACTAATTGATTCATTTATTTATAGCAAAATCAAATAATC
ATCAATCAATTA
Found at i:3092 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2803--3120 Score: 485
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 170
2793 TACTATGTTC
* * * * *
2803 AATCAATTTATTTTTTTGCTAATATAATTACTAATTGATTCTTTTATTTATAGCAAAATCAAATC
1 AATCAAGTTATTTTTTTGCTAACATAATTACTAATTGATTCATTTATCTATAGCAAAATCAAATA
* * **
2868 ATCATCAATCAATTATAACTTTGATTGACAAAGTTGATTAAGGACTAACTTGATTCATTTATTTA
66 ATCATCAATCAATTATAACTTTGATTGACAAAGTTAACTAACAACTAACTTGATTCATTTATTTA
2933 TTTAGCATGTTCAATCAAGTTTTTTTAGTGGCTAAAAAAA
131 TTTAGCATGTTCAATCAAGTTTTTTTAGTGGCTAAAAAAA
* * *
2973 AATCAAGTTATTTTTTTGAC-AACATAATTACTAATTGATTGATTTATCTATGGCAAAATTAAAT
1 AATCAAGTTATTTTTTTG-CTAACATAATTACTAATTGATTCATTTATCTATAGCAAAATCAAAT
* *
3037 AATCATCCATCAATTATAACTTTGATTGGCAAAGTTAACTAACAACTAACTTGATTCATTTATTT
65 AATCATCAATCAATTATAACTTTGATTGACAAAGTTAACTAACAACTAACTTGATTCATTTATTT
*
3102 ATTTTGCATGTTCAATCAA
130 ATTTAGCATGTTCAATCAA
3121 TTTATATTTT
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 15, Indels: 2
0.89 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
170 131 0.99
171 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (170 bp):
AATCAAGTTATTTTTTTGCTAACATAATTACTAATTGATTCATTTATCTATAGCAAAATCAAATA
ATCATCAATCAATTATAACTTTGATTGACAAAGTTAACTAACAACTAACTTGATTCATTTATTTA
TTTAGCATGTTCAATCAAGTTTTTTTAGTGGCTAAAAAAA
Done.