Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01017044.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig17077, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 10171
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.16, T:0.31
Found at i:2024 original size:201 final size:199
Alignment explanation
Indices: 1641--2570 Score: 1316
Period size: 203 Copynumber: 4.6 Consensus size: 199
1631 ATAAGTTTAT
*
1641 TATAAGAAAAATTACACTACAATACATC-GTCAGTGGAGTTTAGCAGACTTCACGTGCGGGGTTT
1 TATAAGAAAAATT--A-TACAATACA-CAGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTT
* * *
1705 AA-GGTTGACATATGTCCCCTTAGGAAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAGTTATGAAAT
62 AAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAAT
*
1769 GGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCTGCTTATGGAGTCCAAAAATTTACACCGACAGTGTATTGCA
127 -GGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCC-AAAATTTACACCGACAGTGTATTGCA
1834 TAATAATCCC
190 TAATAATCCC
1844 TATAAGAAAAATTATACAATACACAGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGG
1 TATAAGAAAAATTATACAATACACAGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGG
1909 GTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATACT-TATTAATATTAAATGTATTTAATTAATTATGAAATG
66 GTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATA-TGTATTAATATTAAA--TATTTAATTAATTATGAAAT-
* * *
1973 GGGTATGTGGCAACTTC-TAACCCGCTTATAGAGTCCAAAATTTACACCGACAGTGTATTGTATA
127 GGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACCGACAGTGTATTGCATA
*
2037 ATAATCGC
192 ATAATCCC
* * * *
2045 TATAAGAAAAATTACACAATACACAGTTAGTGGATTTTAGCAGACTGCACGTGTGGGGTTTAAGG
1 TATAAGAAAAATTATACAATACACAGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGG
2110 GTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTCTTAATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAAT
66 GTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATG---T-ATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAAT
* * *
2175 GGGTATGTGTCAACCTCTTAACCCACTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGCATA
127 GGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACCGACAGTGTATTGCATA
2240 ATAATCCC
192 ATAATCCC
* *
2248 TATAAGAAAAATTATATAATACACCA-TCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGTGGGGTTTAAG
1 TATAAGAAAAATTATACAATACA-CAGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAG
* * *
2312 GGTTGGCATATGTCTCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGG
65 GGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGG
* ** * *
2377 TATGTGTCAACCTT-TTAACCCGTTTATGGAGTCCAAAATTTACACTTACAATGTATTGTATAAT
130 TATGTGTCAA-CTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACCGACAGTGTATTGCATAAT
*
2441 AAT-CA
194 AATCCC
* * * * *** *
2446 TATAAGAAAAATTATAGAATACACCGTCAGTAGAGTTTAGCAGACTGCACGGGCGATCTGTAAGG
1 TATAAGAAAAATTATACAATACACAGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGG
* * * *
2511 ATTGACATGTGTCGCCTTAGGGAATATGTGTTAATATTTAATATTTAATTAATTATGAAA
66 GTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAA
2571 AAGCTCAGTT
Statistics
Matches: 664, Mismatches: 49, Indels: 33
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
197 1 0.00
198 109 0.16
199 94 0.14
200 50 0.08
201 160 0.24
202 33 0.05
203 202 0.30
204 3 0.00
205 12 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.19, T:0.33
Consensus pattern (199 bp):
TATAAGAAAAATTATACAATACACAGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGG
GTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGT
ATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACCGACAGTGTATTGCATAATAA
TCCC
Found at i:2600 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 2579--2609 Score: 53
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
2569 AAAAGCTCAG
*
2579 TTAATAAGCTTACTAA
1 TTAATAAGATTACTAA
2595 TTAATAAGATTACTA
1 TTAATAAGATTACTA
2610 TACAACTTGA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 14 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.10, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (16 bp):
TTAATAAGATTACTAA
Found at i:9562 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 9534--9573 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
9524 TTTCTCTATG
9534 AAAAAGGAAGAAG-AGAAGGC
1 AAAAAGGAA-AAGAAGAAGGC
9554 AAAATAGGAAAAGAAGAAGG
1 AAAA-AGGAAAAGAAGAAGG
9574 AATCGTGAGG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 3
0.86 0.00 0.14
Matches are distributed among these distances:
20 7 0.39
21 11 0.61
ACGTcount: A:0.62, C:0.03, G:0.33, T:0.03
Consensus pattern (20 bp):
AAAAAGGAAAAGAAGAAGGC
Done.