Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01001706.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig01706, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 1755
ACGTcount: A:0.30, C:0.20, G:0.15, T:0.35


Found at i:57 original size:40 final size:40

Alignment explanation


    Indices: 2--474  Score: 660
    Period size: 40  Copynumber: 11.9  Consensus size: 40

          1 T

                                                    
          2 TTTATCAAATTAATTTCAAAACCCTGCTCAGGATCATTGC
          1 TTTATCAAATTAATTTCAAAACCCTGCTCAGGATCATTGC

                              *  *                  *
         42 TTTATCAAATTAATTTCAGAATCCTGCTCAGGATCATCT-T
          1 TTTATCAAATTAATTTCAAAACCCTGCTCAGGATCAT-TGC

                                                     
         82 TTTATCAAATTAATTTCAAAACCCCTGCTCAGGATCATTGC
          1 TTTATCAAATTAATTTCAAAA-CCCTGCTCAGGATCATTGC

                               * *                  
        123 TTTATCAAATTAATTTC-AGATCCTGCTCAGGATCA-T-C
          1 TTTATCAAATTAATTTCAAAACCCTGCTCAGGATCATTGC

                                                    
        160 TTTATC-AATTAA-TTCAAAACCCTGCTCAGGATCATTGC
          1 TTTATCAAATTAATTTCAAAACCCTGCTCAGGATCATTGC

                                 *                  
        198 TTTATCAAATTAATTTCAAAATCCTGCTCAGGATCA-T-C
          1 TTTATCAAATTAATTTCAAAACCCTGCTCAGGATCATTGC

                               *  *                  *
        236 TTTTATCAAATTAATTTCAGAATCCTGCTCAGGATCATCT-T
          1 -TTTATCAAATTAATTTCAAAACCCTGCTCAGGATCAT-TGC

                     *                              
        277 TTTATCAAACTAATTTCAAAACCCTGCTCAGGATCATTGC
          1 TTTATCAAATTAATTTCAAAACCCTGCTCAGGATCATTGC

                            *                       
        317 TTTATCAAATTAATTTTAAAACCCTGCTCAGGATCATTGC
          1 TTTATCAAATTAATTTCAAAACCCTGCTCAGGATCATTGC

                                 *                  
        357 TTTATCAAATTAATTTCAAAATCCTGCTCAGGATCATTGC
          1 TTTATCAAATTAATTTCAAAACCCTGCTCAGGATCATTGC

                                 *   *    *         
        397 TTTATCAAATTAATTTCAAAATCCTACTCAAGATCATTGC
          1 TTTATCAAATTAATTTCAAAACCCTGCTCAGGATCATTGC

                    * *          *     *           
        437 TTTATCAAGTGAATTTCAGAATCCC-GTTCAGGATCATT
          1 TTTATCAAATTAATTTCA-AAACCCTGCTCAGGATCATT

        475 TTTGTTATCA


Statistics
Matches: 390,  Mismatches: 30, Indels: 26
        0.87            0.07        0.06

Matches are distributed among these distances:
  35    3  0.01
  36   22  0.06
  37    8  0.02
  38    9  0.02
  39   57  0.15
  40  253  0.65
  41   38  0.10

ACGTcount: A:0.32, C:0.21, G:0.10, T:0.37


Consensus pattern (40 bp):   
TTTATCAAATTAATTTCAAAACCCTGCTCAGGATCATTGC

Found at i:492 original size:40 final size:39

Alignment explanation


    Indices: 29--533  Score: 203
    Period size: 40  Copynumber: 12.8  Consensus size: 39

         19 AAAACCCTGC

                                 * *             ***
         29 TCAGGATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCAGAATCCTGC
          1 TCAGGATCATTGCTTTATC-AGTCAATTTCAGAATCCCAT

                         *        * *          *   * 
         69 TCAGGATCATCT-TTTTATCAAATTAATTTCA-AAACCCCT
          1 TCAGGATCAT-TGCTTTATC-AGTCAATTTCAGAATCCCAT

                                   * *             ***
        108 GCTCAGGATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCAG-ATCCTGC
          1 --TCAGGATCATTGCTTTATC-AGTCAATTTCAGAATCCCAT

                                * *          *     
        149 TCAGGATCA-T-CTTTATCAATTAA-TTCA-AAACCC-T
          1 TCAGGATCATTGCTTTATCAGTCAATTTCAGAATCCCAT

                                   * *       *     ***
        183 GCTCAGGATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCAAAATCCTGC
          1 --TCAGGATCATTGCTTTATC-AGTCAATTTCAGAATCCCAT

                                  * *             ***
        225 TCAGGATCA-T-CTTTTATCAAATTAATTTCAGAATCCTGC
          1 TCAGGATCATTGC-TTTATC-AGTCAATTTCAGAATCCCAT

                         *       **            *     
        264 TCAGGATCATCT-TTTTATCAAACTAATTTCA-AAACCC-T
          1 TCAGGATCAT-TGCTTTATCAGTC-AATTTCAGAATCCCAT

                                   * *     *    *     
        302 GCTCAGGATCATTGCTTTATCAAATTAATTTTA-AAACCC-T
          1 --TCAGGATCATTGCTTTATC-AGTCAATTTCAGAATCCCAT

                                   * *       *     ***
        342 GCTCAGGATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCAAAATCCTGC
          1 --TCAGGATCATTGCTTTATC-AGTCAATTTCAGAATCCCAT

                                 * *       *     * *
        384 TCAGGATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCAAAATCCTAC
          1 TCAGGATCATTGCTTTATC-AGTCAATTTCAGAATCCCAT

               *                   *              * 
        424 TCAAGATCATTGCTTTATCAAGTGAATTTCAGAATCCCGT
          1 TCAGGATCATTGCTTTATC-AGTCAATTTCAGAATCCCAT

                       **                        *  
        464 TCAGGATCATTTTTGTTATCAGTCAATTTCAGAATCCTAT
          1 TCAGGATCATTGCT-TTATCAGTCAATTTCAGAATCCCAT

                    *        *            
        504 TCAGGATCCTTGCTTTAACAGTCAATTTCA
          1 TCAGGATCATTGCTTTATCAGTCAATTTCA

        534 AAAAACCCTA


Statistics
Matches: 391,  Mismatches: 49, Indels: 51
        0.80            0.10        0.10

Matches are distributed among these distances:
  35    7  0.02
  36   15  0.04
  37    8  0.02
  38    9  0.02
  39   77  0.20
  40  227  0.58
  41   48  0.12

ACGTcount: A:0.31, C:0.21, G:0.10, T:0.37


Consensus pattern (39 bp):   
TCAGGATCATTGCTTTATCAGTCAATTTCAGAATCCCAT
Done.