Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01017171.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig17204, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2388
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.16, T:0.36
Found at i:838 original size:327 final size:330
Alignment explanation
Indices: 1--897 Score: 989
Period size: 329 Copynumber: 2.7 Consensus size: 330
* * * * * *
1 TTAATTCAGAAAAATATG-AAAACGATATTAAAAGCGTG-AAAAGTCCTCCAA--TTTTTGGCGT
1 TTAATTCA-AAAAAAATGAAAAACAATATTAAAAGCGTGAAAAAGCCCTTCAATTTTTTTAGCAT
* * * * *
62 TGAACTAGTATATATTTTATGAGTATTTTAGCCGAAAATTGACGG-AATAATTTTTCGGGTCATT
65 CGAATTA-TATAT-TTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGA-GGAAAT-ATCTTTCGGGTCAAT
* * * * * *
126 TTTTACAAAATTTTAGTCGAAATCGAGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCG
126 TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCG
* * *
191 GGTCCCCGTCTTAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGATATATCTATATTCATCTA
191 GGTCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTA
* *
256 ATCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATATGAATCTTGTTTCGATT
256 ACCAAATCTCAGACACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATATGAATCTTGTTTCGATT
*
321 TAATTAGAAA
321 TAATTAAAAA
* * * * * *
331 TTAATTCAAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAAGGCTTTCAATTTTTTTGGCATT
1 TTAATTCAAAAAAAATGAAAAACAATATTAAAAGCGTGAAAAAGCCCTTCAATTTTTTTAGCATC
* * ** * * * * *
396 GAATTATATGTTTTTTATGAGTATTTTTGTTAGAAATCGAGAAAAAATCTTTCGGATCAATTTTT
66 GAATTATAT-ATTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAATATCTTTCGGGTCAATTTTT
* *
461 GCAAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTCTCGGCTAAAAACGCGTTCCGGG-
130 GC-AAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGT
* * *
525 GCCCGGCTCAGTTTTGC-TGATTTTTGGTG-C-A-A-TCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACC
194 CCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACC
*
585 AAATCTCAGACACATT-AGATTTAAGGATTTTGTTTTTACGAA-CATCTGAATCTTGTTTCGATT
259 AAATCTCAGACACATTGA-ATTTAAGGA-TTTGTTTTTAC-AAGCATATGAATCTTGTTTCGATT
648 TAATTAAAAA
321 TAATTAAAAA
* * ** * *
658 TTAATTCGAAAAAAAATTGGAAAAGCAATATTAGAAGC-TTTAAAATCCCTTCAATCTTTTTTAT
1 TTAATTC-AAAAAAAA-T-GAAAAACAATATTAAAAGCGTGAAAAAGCCCTTCAAT-TTTTTTAG
*
722 C-TCGAATTATGTATTTTTCATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAATATCTTTCGGGTCAAT
62 CATCGAATTATATATTTTT-ATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAATATCTTTCGGGTCAAT
* * * *
786 TTTTGCAAAGTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAA-CATCATGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCA
126 TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCG
* * ** * * *
850 GGACCACAACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGAA
191 GGTCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAA
898 TTGTGTACGT
Statistics
Matches: 476, Mismatches: 70, Indels: 39
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
325 1 0.00
326 50 0.11
327 76 0.16
328 53 0.11
329 85 0.18
330 63 0.13
331 42 0.09
332 82 0.17
333 24 0.05
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (330 bp):
TTAATTCAAAAAAAATGAAAAACAATATTAAAAGCGTGAAAAAGCCCTTCAATTTTTTTAGCATC
GAATTATATATTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAATATCTTTCGGGTCAATTTTTG
CAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGTCC
CCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAA
ATCTCAGACACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATT
AAAAA
Found at i:1758 original size:333 final size:330
Alignment explanation
Indices: 993--2361 Score: 1254
Period size: 333 Copynumber: 4.1 Consensus size: 330
983 AGCTTCAATG
* * * * *
993 TTGCATGAGTTTTT-GCGCCGACACTGCTTAAAATATCTACATTCATCTAATCAAATTTCAGCCA
1 TTGCATGA-TTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCA
* *** * *
1057 AATTGGATTTAAGGATTTG-TAAAACAAGCATTTCAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAT
65 AATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAT
* * * *
1121 TCTG-AAAATAATATGAAAAACAATAATAGAAGCTTAGAAGCATGAAAACCCCTTCAATTTTTTT
130 TCAGAAAAAT-AT-TGAAAAAC---AAT---A--TTAAAAGCGTGAAAATCCCTTCAATTTTTTT
* ** * *
1185 GGCGTTGAATTATATA-ATTTTTATGAGTATCGTGGCTAAAAATTGAGGAAATAA-CTTTCGAGA
185 GGC-ATGAATTATATATA-TTTTATGAGTATTTTAGCAAAAAATTGAGG-AATAATCTTTCG-GA
* * * * * *
1248 -CAAATTTTACAAAATTCTAGCCGATCGAAATCGTGTAATAATCATCGCGGTTTTTGGCTAAAAA
246 TCAATTTTTGCAAAATTTTAG-C---CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAA
* * * * *
1312 TGC-ATTCTGGGGCCTGACTAAGTT
307 AGCGTTTC-AGGGCCCGACTCAGTT
* * * * * * * * *
1336 TTGCATGATTTTTGGCGCCAAAACTCTTTGAGATGTCCATATTCATTTAATCAAATTTCAGCTAA
1 TTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCAA
* * * * * *
1401 ATTGGATTAAAGAATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGCTTCGATTTAATTAGAAATTAATT
66 ATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT
* * * *
1466 CAGAAAAATATTG-AATACGATATTAAAAGCGTGAAAATTCCTCCAATTTTTTTGGCGATGAATT
131 CAGAAAAATATTGAAAAACAATATTAAAAGCGTGAAAATCCCTTCAATTTTTTTGGC-ATGAATT
* * *
1530 ATATATATTTTATGAGTATTTTAGCAAAAAATTGACGGAATAATTTTTCGGGTCATTTTTTTGCA
195 ATATATATTTTATGAGTATTTTAGCAAAAAATTGA-GGAATAATCTTTCGGATCA-ATTTTTGCA
* * *
1595 AAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAAGTGTTTCGGGGCCCC
258 AAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAAGCGTTTCAGGG-CCC
* *
1660 GGCTTAGTT
322 GACTCAGTT
* *
1669 TTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGATATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCAC
1 TTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCAA
* *
1734 ATTGAATTTAAGGA-TTGTTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAACTAAT
66 ATTGAATTTAAGGATTTG-TTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAT
* * ** * *
1798 TCA-AAAAATA-TGAAAAACAATATTAAAAGTGAGAAAAAGGCTTTCAATCTTTTTGGCATTGAA
130 TCAGAAAAATATTGAAAAACAATATTAAAAGCGTG-AAAATCCCTTCAATTTTTTTGGCA-TGAA
* * * ** * * * * *
1861 TTATATGTTTTTTATGAGTATTTTTGTTAGAACTCGAGAAAAAAATCTTTCGGATCAATTTTTGC
193 TTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCAAAAAATTGAG-GAATAATCTTTCGGATCAATTTTTGC
* * * * *
1926 AAAAAATTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCTTCACGGTTCTCGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCC
257 -AAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAAGCGTTTCAGGGCC
*
1991 TGACTCAGTT
321 CGACTCAGTT
* * * *
2001 TTGCATGATTTTAGGTG-C-A-A-TCCTTGAAATATCTATATTCATCTGACCAAATCTCAGACC-
1 TTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAG-CCA
* * *
2061 CATT-AGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAA-CATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAAAAATTA
65 AATTGA-ATTTAAGGATTTGTTTTTAC-AAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTA
* * * **
2124 ATTCGAGAAAAA-ATTGGAAAAACAATATTAGAAGCTTTAAAATCCCTTCAATCTTTTTTATC-T
128 ATTC-AGAAAAATATT-GAAAAACAATATTAAAAGCGTGAAAATCCCTTCAAT-TTTTTTGGCAT
* *
2187 CGAATTATGTAT-TTTTCATGAGTATTTTAGCAAAAAATTGAGGAA-ATATCTTTCGTATCAATT
190 -GAATTATATATATTTT-ATGAGTATTTTAGCAAAAAATTGAGGAATA-ATCTTTCGGATCAATT
* ** * * * *
2250 TTTGCGAAGCTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCATGGTTTTTGGCTAAAGACGCGTTTCAG
252 TTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAAGCGTTTCAG
*
2315 GACCAC-AGCTCAGTT
317 GGCC-CGA-CTCAGTT
*
2330 TTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGAA
1 TTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAA
2362 TTGTGTACGT
Statistics
Matches: 849, Mismatches: 143, Indels: 78
0.79 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
327 1 0.00
328 144 0.17
329 58 0.07
330 47 0.06
331 27 0.03
332 101 0.12
333 249 0.29
334 71 0.08
335 10 0.01
336 15 0.02
339 2 0.00
342 9 0.01
343 66 0.08
344 44 0.05
345 5 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (330 bp):
TTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCAA
ATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT
CAGAAAAATATTGAAAAACAATATTAAAAGCGTGAAAATCCCTTCAATTTTTTTGGCATGAATTA
TATATATTTTATGAGTATTTTAGCAAAAAATTGAGGAATAATCTTTCGGATCAATTTTTGCAAAA
TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAAGCGTTTCAGGGCCCGACT
CAGTT
Found at i:2280 original size:661 final size:669
Alignment explanation
Indices: 993--2361 Score: 1524
Period size: 661 Copynumber: 2.0 Consensus size: 669
983 AGCTTCAATG
* * * *
993 TTGCATGAGTTTTT-GCGCCGACACTGCTTAAAATATCTACATTCATCTAATCAAATTTCAGCCA
1 TTGCATGA-TTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTACATTCATCTAATCAAATCTCAGCCA
* * * *
1057 AATTGGATTTAAGGATTTGTAAAACAAGCATTTCAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT
65 AATTGAATTTAAGGATTTGTAAAACAAGCATCTCAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAACTAATT
* *
1122 CTGAAAATAATATGAAAAACAATAATAGAAGCTTAGAAGCATGAAAACCCCTTCAATTTTTTTGG
130 C-GAAAATAATATGAAAAACAATAATAAAAGC-TAGAAGCA-GAAAACCCCTTCAATCTTTTTGG
* * * *
1187 CGTTGAATTATATAATTTTTATGAGTATCGTGGCTAAAAATTGAGGAAATAACTTTCGAGACAAA
192 CATTGAATTATATAATTTTTATGAGTATCGTGGCTAAAAATCGAGAAAAAAACTTTCGAGACAAA
* * * * * *
1252 TTTTACAAAATTCTAGCCGATCGAAATCGTGTAATAATCATCGCGGTTTTTGGCTAAAAATGCAT
257 TTTTAAAAAATTCTAGCC-A-CGAAATCGTGTAATAACCATCACGGTTCTCGGCTAAAAACGCAT
* * * * *
1317 TCTGGGGCCTGACTAAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAAACTCTTTGAGATGTCCATATTCAT
320 TCTAGGGCCTGACTAAGTTTTGCATGATTTTAGGCGCC-AAACTCCTTGAAATATCCATATTCAT
* * * * * *
1382 TTAATCAAATTTCAGCTAAATTGGATTAAAGAATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGCTTCG
384 CTAACCAAATCTCAGCTAAATTAGATTAAAGAATTTGTTTTTACGAACATCTGAATCTTGCTTCG
* * * *
1447 ATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATTGAATACGATATTAAAAGCGTGAAAATTCCTCCAA
449 ATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAATATTGAAAACAATATTAAAAGCGTGAAAATCCCTCCAA
* *
1512 TTTTTTTGGCGATGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCAAAAAATTGACGGAATAATTTT
514 TTTTTTTAGC-ATGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCAAAAAATTGACGGAATAATCTT
* * * * *
1577 TCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAA
578 TCGGATCATATTTTTGCAAAACTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAA
* * * * * *
1642 AAAGTGTTTCGGGGCCCCGGCTTAGTT
643 AAAGCGTTTCAGGACCACAGCTCAGTT
* * *
1669 TTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGATATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCAC
1 TTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTACATTCATCTAATCAAATCTCAGCCAA
* *** *
1734 ATTGAATTTAAGGATTGTTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAACTAATT
66 ATTGAATTTAAGGATT-TGTAAAACAAGCATCTCAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAACTAATT
* ** *
1799 C-AAAA-AATATGAAAAACAATATTAAAAG-T-G-AG-A-AAAAGGCTTTCAATCTTTTTGGCAT
130 CGAAAATAATATGAAAAACAATAATAAAAGCTAGAAGCAGAAAACCCCTTCAATCTTTTTGGCAT
** ** * * * * *
1857 TGAATTATATGTTTTTTATGAGTATTTTTGTTAGAACTCGAGAAAAAAATCTTTCG-GATCAATT
195 TGAATTATATAATTTTTATGAGTATCGTGGCTAAAAATCGAGAAAAAAA-CTTTCGAGA-CAAAT
* * *
1921 TTTGCAAAAAATT-TAG-C-CGAAATCGTGTACTAACCTTCACGGTTCTCGGCTAAAAACGCGTT
258 TTT--AAAAAATTCTAGCCACGAAATCGTGTAATAACCATCACGGTTCTCGGCTAAAAACGCATT
* * *
1983 -TCAGGGCCTGACTCAGTTTTGCATGATTTTAGGTG-C-AA-TCCTTGAAATATCTATATTCATC
321 CT-AGGGCCTGACTAAGTTTTGCATGATTTTAGGCGCCAAACTCCTTGAAATATCCATATTCATC
* ** * * * *
2044 TGACCAAATCTCAGAC-CCATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTTG
385 TAACCAAATCTCAG-CTAAATTAGATTAAAGAATTTGTTTTTACGAACATCTGAATCTTGCTTCG
* * * *
2108 ATTTAATTAAAAATTAATTCGAGAAAAA-ATTGGAAAAACAATATTAGAAGCTTTAAAATCCCTT
449 ATTTAATTAAAAATTAATTC-AGAAAAATATT-G-AAAACAATATTAAAAGCGTGAAAATCCCTC
* *
2172 CAATCTTTTTTATC-TCGAATTATGTAT-TTTTCATGAGTATTTTAGCAAAAAATTGA-GGAA-A
511 CAAT-TTTTTTAGCAT-GAATTATATATATTTT-ATGAGTATTTTAGCAAAAAATTGACGGAATA
* * * *
2233 TATCTTTCGTATCA-ATTTTTGCGAAGCTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCATGGTTTTTG
573 -ATCTTTCGGATCATATTTTTGCAAAACTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTG
* *
2297 GCTAAAGACGCGTTTCAGGACCACAGCTCAGTT
637 GCTAAAAAAGCGTTTCAGGACCACAGCTCAGTT
*
2330 TTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGAA
1 TTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAA
2362 TTGTGTACGT
Statistics
Matches: 582, Mismatches: 96, Indels: 45
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
661 189 0.32
662 30 0.05
663 61 0.10
664 9 0.02
665 66 0.11
667 60 0.10
668 14 0.02
669 4 0.01
670 9 0.02
671 1 0.00
672 1 0.00
674 21 0.04
675 9 0.02
676 67 0.12
677 41 0.07
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (669 bp):
TTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTACATTCATCTAATCAAATCTCAGCCAA
ATTGAATTTAAGGATTTGTAAAACAAGCATCTCAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAACTAATTC
GAAAATAATATGAAAAACAATAATAAAAGCTAGAAGCAGAAAACCCCTTCAATCTTTTTGGCATT
GAATTATATAATTTTTATGAGTATCGTGGCTAAAAATCGAGAAAAAAACTTTCGAGACAAATTTT
AAAAAATTCTAGCCACGAAATCGTGTAATAACCATCACGGTTCTCGGCTAAAAACGCATTCTAGG
GCCTGACTAAGTTTTGCATGATTTTAGGCGCCAAACTCCTTGAAATATCCATATTCATCTAACCA
AATCTCAGCTAAATTAGATTAAAGAATTTGTTTTTACGAACATCTGAATCTTGCTTCGATTTAAT
TAAAAATTAATTCAGAAAAATATTGAAAACAATATTAAAAGCGTGAAAATCCCTCCAATTTTTTT
AGCATGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCAAAAAATTGACGGAATAATCTTTCGGATCA
TATTTTTGCAAAACTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAAGCGTT
TCAGGACCACAGCTCAGTT
Done.