Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01017486.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig17519, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4323
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.17, T:0.37
Found at i:1112 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 1103--1371 Score: 118
Period size: 4 Copynumber: 68.8 Consensus size: 4
1093 TACTTATTCT
* ** * *
1103 TTTA TTTA TTAA TTTA ACTA -TTA TCTA TTTA TTTA -CTA TTTA TCTT-
1 TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA T-TTA
* * * *
1149 TTTA TTTA TTAA TTTA ATTA -TTA TCTA TTTA TTTA -CTA TTCT- TTTA
1 TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TT-TA TTTA
* * *
1195 TTTA TTAA TTTGA CTATTA TCTA TTTA TTTA -CTA TTTA TCTT- TTTA
1 TTTA TTTA TTT-A -T-TTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA T-TTA TTTA
* * *
1241 TTTA TTAA TTTA ATTA -TTA TCTA TTTA TTTA CTATT- TTT- TTTA TTTA
1 TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA -T-TTA TTTA TTTA TTTA
* ** ** *
1288 TTAA TTTA GCTA -TTA TTTA TTTA TTTA -TT- TTTA TTTA CCTC TTTA
1 TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA
* * * **
1333 TCTA ATTA TTTA TATA CCTA TTTA TCTT- TTTA TTTA TTT
1 TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA T-TTA TTTA TTTA TTT
1372 TCTTAAACTT
Statistics
Matches: 195, Mismatches: 47, Indels: 46
0.68 0.16 0.16
Matches are distributed among these distances:
3 32 0.16
4 147 0.75
5 10 0.05
6 4 0.02
7 2 0.01
ACGTcount: A:0.27, C:0.08, G:0.01, T:0.65
Consensus pattern (4 bp):
TTTA
Found at i:1126 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 1104--1230 Score: 58
Period size: 19 Copynumber: 6.1 Consensus size: 19
1094 ACTTATTCTT
1104 TTATTTATTAATTTAACTATTA
1 TTATTTATTAATTTAAC---TA
* *
1126 TCTATTTATTTACTATTTATCTTT
1 T-TATTTA-TTA--ATTTAAC-TA
*
1150 TTATTTATTAATTTAATTA
1 TTATTTATTAATTTAACTA
* * *
1169 TTATCTATTTATTTACTATTCTT
1 TTATTTATTAATTTA--A--CTA
*
1192 TTATTTATTAATTTGACTA
1 TTATTTATTAATTTAACTA
* *
1211 TTATCTATTTATTT-ACTA
1 TTATTTATTAATTTAACTA
1229 TT
1 TT
1231 TATCTTTTTA
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 15, Indels: 20
0.70 0.13 0.17
Matches are distributed among these distances:
18 6 0.07
19 28 0.34
20 5 0.06
21 2 0.02
22 4 0.05
23 25 0.30
24 6 0.07
26 6 0.07
ACGTcount: A:0.28, C:0.08, G:0.01, T:0.63
Consensus pattern (19 bp):
TTATTTATTAATTTAACTA
Found at i:1133 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 1059--1314 Score: 327
Period size: 46 Copynumber: 5.8 Consensus size: 46
1049 TATTTATCAA
* * *
1059 TTTATTTATT--TTTAACTATCATCCATTTATTTGCTACTTATTCT
1 TTTATTTATTAATTTAACTATTATCTATTTATTTACTACTTATTCT
*
1103 TTTATTTATTAATTTAACTATTATCTATTTATTTACTATTTA-TCTT
1 TTTATTTATTAATTTAACTATTATCTATTTATTTACTACTTATTC-T
*
1149 TTTATTTATTAATTTAATTATTATCTATTTA-TT--TAC-TATTCT
1 TTTATTTATTAATTTAACTATTATCTATTTATTTACTACTTATTCT
* *
1191 TTTATTTATTAATTTGACTATTATCTATTTATTTACTATTTA-TCTT
1 TTTATTTATTAATTTAACTATTATCTATTTATTTACTACTTATTC-T
*
1237 TTTATTTATTAATTTAATTATTATCTATTTATTTACTA-TT-TT-T
1 TTTATTTATTAATTTAACTATTATCTATTTATTTACTACTTATTCT
* *
1280 TTTATTTATTAATTTAGCTATTATTTATTTATTTA
1 TTTATTTATTAATTTAACTATTATCTATTTATTTA
1315 TTTTTATTTA
Statistics
Matches: 188, Mismatches: 14, Indels: 21
0.84 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
42 32 0.17
43 39 0.21
44 10 0.05
45 11 0.06
46 96 0.51
ACGTcount: A:0.27, C:0.08, G:0.01, T:0.64
Consensus pattern (46 bp):
TTTATTTATTAATTTAACTATTATCTATTTATTTACTACTTATTCT
Found at i:1284 original size:39 final size:40
Alignment explanation
Indices: 1227--1324 Score: 105
Period size: 39 Copynumber: 2.5 Consensus size: 40
1217 ATTTATTTAC
* *
1227 TATTTATCT-TTTTATTTATTAATTTAA-TTA-TTATCTATT
1 TATTTATCTATTTTTTTTATTAA-TTAATTTAGCTAT-TATT
*
1266 TATTTA-CTATTTTTTTTATTTATTAATTTAGCTATTATT
1 TATTTATCTATTTTTTTTATTAATTAATTTAGCTATTATT
*
1305 TATTTATTTATTTTTATTTA
1 TATTTATCTATTTTT-TTTA
1325 CCTCTTTATC
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 4, Indels: 8
0.81 0.06 0.13
Matches are distributed among these distances:
38 6 0.12
39 30 0.60
40 10 0.20
41 4 0.08
ACGTcount: A:0.27, C:0.04, G:0.01, T:0.68
Consensus pattern (40 bp):
TATTTATCTATTTTTTTTATTAATTAATTTAGCTATTATT
Found at i:1333 original size:88 final size:89
Alignment explanation
Indices: 1038--1314 Score: 400
Period size: 88 Copynumber: 3.1 Consensus size: 89
1028 TTTTTTTTTT
* ** * * * *
1038 TATTTATTCACTATTTATCAATTTATTTATT--TTTAACTATCATCCATTTATTTGCTACTTATT
1 TATTTATTTACTATTTATCTTTTTATTTATTAATTTAATTATTATCTATTTATTTACTA-TT-TT
*
1101 CTTTTATTTATTAATTTAACTATTATC
64 -TTTTATTTATTAATTTAGCTATTATC
*
1128 TATTTATTTACTATTTATCTTTTTATTTATTAATTTAATTATTATCTATTTATTTACTA-TTCTT
1 TATTTATTTACTATTTATCTTTTTATTTATTAATTTAATTATTATCTATTTATTTACTATTTTTT
1192 TTATTTATTAATTT-GACTATTATC
66 TTATTTATTAATTTAG-CTATTATC
1216 TATTTATTTACTATTTATCTTTTTATTTATTAATTTAATTATTATCTATTTATTTACTATTTTTT
1 TATTTATTTACTATTTATCTTTTTATTTATTAATTTAATTATTATCTATTTATTTACTATTTTTT
*
1281 TTATTTATTAATTTAGCTATTATT
66 TTATTTATTAATTTAGCTATTATC
1305 TATTTATTTA
1 TATTTATTTA
1315 TTTTTATTTA
Statistics
Matches: 171, Mismatches: 11, Indels: 11
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
88 83 0.49
89 36 0.21
90 30 0.18
92 22 0.13
ACGTcount: A:0.27, C:0.09, G:0.01, T:0.63
Consensus pattern (89 bp):
TATTTATTTACTATTTATCTTTTTATTTATTAATTTAATTATTATCTATTTATTTACTATTTTTT
TTATTTATTAATTTAGCTATTATC
Done.