Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01017541.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig17574, whole genome shotgun sequence
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1 CGA
*
4 CGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAATTATCTATAT
1 CGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATAT
* * * * *
69 TTATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTAGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCTTCTCAATCCAGT
66 TCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGGT
* ** * **** * *
134 TTCGAGTTCTTTTGGAATTAATTCG-GGGGA-AAAAACGATATTAGAAGCGTGAGAAGTCCTTCA
131 TTCGATTTAATTTGAAATTAATTCGAAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCCCTTCA
* * *
197 AT-TTTTTGGCATTGTGTTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGG-GAAAATGT
196 ATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAG-AAATGT
** *
260 TTCAGAACAATTTATGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACT-ACCATCACGGTTTTTGACTAAA
260 TTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGACTAAA
* *
324 AACG-GTTTCCAGGG-CCTGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGTCGTCAAGACTCATTGAAATATC
325 AACGCGTTTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATC
*
387 TATATTCATCTCGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAAT
390 TATATTCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAAT
452 CCGGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCGAAAAAAAAAGATAAACGATATTAGATGCGTGAGAA
455 CCGGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCGAAAAAAAAAGA-AAACGATATTAGATGCGTGAGAA
* * * *
517 GCCCTTCAATCTTTTTGTCGTTGAGTCATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGT
519 GCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTCTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGA
* *
582 GAAATGTTTCAGGTCAATTTCTACAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCCATCACGGTTTT
584 GAAATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATG-A-T-A-CCATCACGGTTTT
647 TGACTAAAAACG
645 TGACTAAAAACG
* *
659 CGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGTCAAGACTCATTGAATTATCTATAT
1 CGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATAT
* * * * * *
724 TTATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTAGATTTAAGGATTTCTTTTCACGAGCTTCTCAATCCAGT
66 TCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGGT
** * *** * *
789 TTCGATTTCTTTTGGAATTAATTCG-GGGAA-AAAAACGATATTAGAAGCGTGAGAAGTCCTTCA
131 TTCGATTTAATTTGAAATTAATTCGAAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCCCTTCA
* *
852 ATCTTTTTGGCGTTCAGTTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGG-GAAAATGT
196 ATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAG-AAATGT
* * *
916 TTCAGGACAATTTCTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTATTAACCATCACGGTTTTTGACTAAA
260 TTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGACTAAA
* * *
981 AATG-GTTTCCAGGG-CCCGGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTGTCTTCAAGACTCATTGAAATATC
325 AACGCGTTTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATC
* * *
1043 TATATTCATCTAGCGAAAACTCAGACAAATTGGCTTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTCAAT
390 TATATTCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAAT
* *
1108 CCGGTTTCGATTTAATTTGAAATT-ATGTTGAAAAAAAAATATAAACGATATTAGATGCGTGAGA
455 CCGGTTTCGATTTAATTTGAAATTAAT-TCGAAAAAAAAAGA-AAACGATATTAGATGCGTGAGA
* * *
1172 AGCCCTTCCATCATTTTGGCGTTGAGTTA-ATTATTCTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATCGAG
518 AGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATA-TATTCTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAG
* * *
1236 GAGAAATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGGCAAAATAATG-TACCATCACGGTTTTTG
582 GAGAAATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGATACCATCACGGTTTTTG
1300 ACTAAAAACG
647 ACTAAAAACG
*
1310 CGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATAT
1 CGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATAT
*
1375 TCATCTAGCGAAAGCTCGGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCGT-AATCCGG
66 TCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATC-TCAATCCGG
* **
1439 ATTCGATTTAATTTGAAATTAAGACGAAAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCCCTT
130 TTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCG-AAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCCCTT
* *
1504 CAATCTTTTTGGCGTTGAGTTA-AGTATTCTTTATGATTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAGAAAT
194 CAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATA-TATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAGAAAT
* * *
1568 GTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTATTAACCATTACAGTTTTTGACTA
258 GTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGACTA
* * * *
1633 AAATCGCG-TTCCGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCATCAAGACTCATTGAAATA
323 AAAACGCGTTTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATA
* * * *
1697 TCTATATTTATCTAGCGAAAGCTCAGAGAAATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCTTCTCA
388 TCTATATTCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCA
* * * * * *
1762 ATCCAGTTTCGATTT-GTTATGGAATTAATTCGGGGAAAAAAAAGAAAAACCATATTAGAAGCGT
453 ATCCGGTTTCGATTTAATT-TGAAATTAATTC--GAAAAAAAAAG-AAAACGATATTAGATGCGT
* * * * * *
1826 GAGAAGTCCTTCAATCTTTTTGGTGTTTAGTTATATATT-TTTAATAAATATTTTGGCCAAAAAT
514 GAGAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTCTTT-ATGAGTATTGTGGCCAAAAAT
* *
1890 TGAGG-GAAAATGTTTCAGGACAATTTCTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCAC
578 TGAGGAG-AAATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATG-A-T-ACCATCAC
1954 GGTTTTTGACTAAAAACG
639 GGTTTTTGACTAAAAACG
* * * *
1972 -GTTTCCAGGG-ACCGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGTCAAGACTCATTGAAATATCTATA
1 CG-TTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATA
* * * *
2035 -TCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAAGATATGTTTTTATGAGCATCCCAATCCGG
65 TTCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGG
2099 TTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCGAAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAA-CC
130 TTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCG----AAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCC
2163 CTTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAATATTGAGGAG
191 C-TTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAA-ATTGAGGAG
2228 AAATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACAATCATCACGGTTT
254 AAATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAAC---CATCACGGTTT
* *
2293 TTGACTAAAAACGCGTTT-C-GGCGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGTCAAGACTCA
316 TTGACTAAAAACGCGTTTCCAGG-GCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCA
* * * *
2356 TTAAAATATCTATATTCATCTAGTGAAAGCTCAGA-AGAATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTAGG
380 TTGAAATATCTATATTCATCTAGCGAAAGCTCAGACA-AATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACG
2420 AGCATCTCAATCCGGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCGAAAAAAGATAAAAAGAAAAACGAT
444 AGCATCTCAATCCGGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCG---AAA-A-AAAAAG-AAAACGAT
* * * *
2485 ATTAGATGTGTGAGAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTA-AGTATTCTTTGTGATTAATG
503 ATTAGATGCGTGAGAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATA-TATTCTTTATGAGTATTG
* *
2549 TGGCTAAAAATTGAGGAGAAATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCATGTAC
567 TGGCCAAAAATTGAGGAGAAATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATG-A-
*
2614 TAACCATCATGGTTTTTGACTAAAAACG
630 T-ACCATCACGGTTTTTGACTAAAAACG
* *
2642 CGTTCTGGCGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATAT
1 CGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATAT
* ** * * *
2707 TCATCTAGTGAAAGCAAAGACAAATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTAGGAGCATCTCAATCCAGT
66 TCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGGT
* *
2772 TTCGATTTAAGTTGAAATTAATTCGAAAAAAATAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAC
131 TTCGATTTAATTTGAAATTAATTCG------A-AAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAG
* * *
2837 CCCTTCAATCTTTTTGTCGTTGAGTTATATATTCTTTATGATTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAG
189 CCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAG
*
2902 AAATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACGT---C-TCACAGTTTTT
254 AAATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTAC-TAACCATCACGGTTTTT
* *
2963 GACTAAAAACGCGTTT-C-GGAGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTAATT
318 GACTAAAAACGCGTTTCCAGG-GCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATT
3026 GAAATATCTATATTCGA-CTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAG
382 GAAATATCTATATTC-ATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAG
3090 CATCTCAATCCGGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCG-----AAAA-AAAACGATATTAGATG
446 CATCTCAATCCGGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCGAAAAAAAAAGAAAACGATATTAGATG
* * * *
3149 CGTGAGAAGTCCTTCAATCTTTTTGGAGTTGAGTTATATATTCTTTATGATTATTGTGGCCTAAA
511 CGTGAGAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTCTTTATGAGTATTGTGGCCAAAA
*
3214 ATTGAGGAGAAATGTTTCAGGTCAATTTCTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATG-TACCATCAC-G
576 ATTGAGGAGAAATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGATACCATCACGG
*
3277 TTTTTGACTAAAAACA
641 TTTTTGACTAAAAACG
** *
3293 CGTTCCGGGATCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAATACTCATTGAAATATCTATAT
1 CGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATAT
* * * * * **
3358 TTATCTAGAGAAAGGTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCTTCTCAATCTAGT
66 TCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGGT
* * * *
3423 TTCGATTT-CTTCTGGAATTAATTCAGGTAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAGAAGT
131 TTCGATTTAATT-TGAAATTAATTC--G---AAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGC
*
3487 CCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAATATT-TAGGCCAAAAATTGAGG-G
190 CCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGT-GGCCAAAAATTGAGGAG
* * *
3550 AAAAT-TTTCAGGACAATTTCTGCAAAATTTTAGCCGACATCATG---T-A--ATCACGGTTTTT
254 -AAATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTT
* * *
3608 GACTAAAAACG-GTTTCCAGGG-CCCGACTCAGTTTTGCATTATTTTTGGCGTCAAGACTCATTT
318 GACTAAAAACGCGTTTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTG
*
3671 AAATATCTATATTCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGTTTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCA
383 AAATATCTATATTCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCA
*
3736 TCTCAATCCGGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCTAAAAAAAGAAGAAATACGATATTAGATG
448 TCTCAATCCGGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCGAAAAAAA-AAGAAA-ACGATATTAGATG
* * *
3801 CGTGAGAAGCCCTTCAATCTTTCT--CGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCGAAA
511 CGTGAGAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTCTTTATGAGTATTGTGGCCAAAA
* *
3864 ATTGAGGAGAAATGTTTCAGGTCAATTTTTACAAAA-TTTA---G----C-TGAAACCATCACGG
576 ATTGAGGAGAAATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGATACCATCACGG
3920 TTTTTGACTAAAAACG
641 TTTTTGACTAAAAACG
* * * * *** *
3936 CATTCTGGGGCCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTACACGTCAAGACTCATTGGAATATCTATAT
1 CGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATAT
* * *
4001 TCATCTAGTGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGAATTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTGGT
66 TCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGGT
* *
4066 TTCGATTTAATTTGAAATTAATTCAAAAAAAAAAAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCCCTT
131 TTCGATTTAATTTGAAATTAATTC--GAAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCCCTT
4131 CAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAATATTGAGGAGAAAT
194 CAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAA-ATTGAGGAGAAAT
4196 GTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGACTA
258 GTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGACTA
* *
4261 AAAATGCG-TTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATA
323 AAAACGCGTTTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATA
*
4325 TCTATATTCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGAGCATCTCA
388 TCTATATTCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCA
* *
4390 ATCCGGTTTCGATTTAATTTGAAATTAAGTCGAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAA
453 ATCCGGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCGAAAAAAAAAG-AAAACGATATTAGATGCGTGAG
* *
4455 AAGCCCTTCCATCTTTTTGGCGTTGAGTTA-AGTATTCTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATCGA
517 AAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATA-TATTCTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGA
4519 GGAGAAATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTTACCATCACGGTT
581 GGAGAAATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATG-A--TACCATCACGGTT
4584 TTTGACTAAAAACG
643 TTTGACTAAAAACG
* *
4598 CGTTCAGGCGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATAT
1 CGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATAT
* *
4663 TCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTAGGAGCATCTCAATCCGGT
66 TCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGGT
* * *
4728 TTCGATTTAAGTTGAAATTAAATCGAAAAAAAATAAAAAGAAAAACGAAATTAGATGCGTCGA-A
131 TTCGATTTAATTTGAAATTAATTCG-------A-AAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGT-GAGA
* * * *
4792 ACCCCTTCAATCTTTTTGTCGTTGAGTTATATATTCTTTATGATTATTGTGGCCAAAAATTGAGG
187 AGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGG
* *
4857 AGAAATGTTTCAGGACAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACAGTTTT
252 AGAAATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTT
* *
4922 TAACTAAAAACGCGTTT-CAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGAATCATT
317 TGACTAAAAACGCGTTTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATT
* * *
4986 GAAATATCTATATTCGTCAAGCGAAAGCTCAGACAAATTGTATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGC
382 GAAATATCTATATTCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGC
* * * *
5051 ATCTCAATCCGGTTTCAATTTAATTTAAAATTAATTTG--AAAAAAA-AATA-GATATTAGATGC
447 ATCTCAATCCGGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCGAAAAAAAAAGAAAACGATATTAGATGC
* **
5112 GTGAGAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTTATGAGTATTGTAACCAAAT
512 GTGAGAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATA-TTCTTTATGAGTATTGTGGCCAAA-
* *
5177 TATTGAGAAGAAATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATG-T----TCACG
575 AATTGAGGAGAAATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGATACCATCACG
*
5237 GTTTTTGACTAAAAATG
640 GTTTTTGACTAAAAACG
* * *
5254 CGTTCAGGGGCCTCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATAT
1 CGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATAT
* * * * *
5319 TCGTCTAGCGAAAGCTCAAACAAATTTGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCCCAATCCGGT
66 TCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGGT
* *
5384 TTCGATTTAATTTGAAATTAATTCGAAAAAAACAAGAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGTCCT
131 TTCGATTTAATTTGAAATTAATTCG-AAAAAA-GA-AAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCCCT
* ** *
5449 TCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTCTTTATGAGTATTGTAACCAAAATATTGAGCAGAAA
193 TCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAA-ATTGAGGAGAAA
5514 TGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGACT
257 TGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGACT
* * * *
5579 AAAAATGCG-TTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGTCAAGATTCATTGAAAT
322 AAAAACGCGTTTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAAT
* * * * * * *
5643 TTCTATATTTATATAGCGATAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTCTTTTCAC-AGGCTTCT
387 ATCTATATTCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGA-GCATCT
* ** * * *
5707 CAATCCAGTTTCGATTTCTTTTGGAATTAATTCGGGGAAAAAAACAGGAAAAACGATATTAGAAG
451 CAATCCGGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTC---GAAAAAAA-AAG-AAAACGATATTAGATG
* * * * * * *
5772 CGTGAGAAGTCCTTTAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAATATTTTGGCC-AAA
511 CGTGAGAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTCTTTATGAGTATTGTGGCCAAAA
* * *
5836 ATTGAGG-GAAAATGTTTCAGGACAATTTCTGCAAAATTTTAGCCGACATCATG-TACCATCACG
576 ATTGAGGAG-AAATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGATACCATCACG
5899 GTTTTTGACTAAAAACG
640 GTTTTTGACTAAAAACG
* * *
5916 -GTTTCCAGGG-CCTGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCACTGAAATATCTATA
1 CG-TTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATA
* * * * *
5979 TTCATCTAGTGAAACCTCAAACAAATTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCCCAATCCGG
65 TTCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGG
*
6044 TTTCGATTTAATTTGAAATTAATTGGAAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCC
130 TTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCG----AAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCC
*
6109 CTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAATATTGATGAGA
191 CTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAA-ATTGAGGAGA
*
6174 AATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATTATG---T-A-CATCACGGTTTTTGA
255 AATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGA
* *
6234 CTAAAAATGC-TTTCC-GGGTCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCATGACTCATTGA
320 CTAAAAACGCGTTTCCAGGG-CCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGA
6297 AATATCTATATTCATCT
384 AATATCTATATTCATCT
6314 GAGCATCTCA
Statistics
Matches: 5101, Mismatches: 407, Indels: 292
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
640 83 0.02
641 14 0.00
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648 104 0.02
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664 118 0.02
665 8 0.00
666 3 0.00
667 373 0.07
668 252 0.05
669 7 0.00
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676 3 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.15, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (656 bp):
CGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATAT
TCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGGT
TTCGATTTAATTTGAAATTAATTCGAAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCCCTTCA
ATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAGAAATGTT
TCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGACTAAAA
ACGCGTTTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCT
ATATTCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATC
CGGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCGAAAAAAAAAGAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGC
CCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTCTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAGA
AATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGATACCATCACGGTTTTTGACTA
AAAACG
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1 CGACG
* * *
6 TTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAATTATCTATATTT
1 TTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATATTC
* * * *
71 ATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTAGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCTTCTCAATCCAGTTT
66 ATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGGTTT
* ** * **** * *
136 CGAGTTCTTTTGGAATTAATTCG----GGGGAAAAAACGATATTAGAAGCGTGAGAAGTCCTTCA
131 CGATTTAATTTGAAATTAATTCGAAAAAAAAAAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCCCTTCA
* * *
197 AT-TTTTTGGCATTGTGTTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGG-GAAAATGT
196 ATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAG-AAATGT
** *
260 TTCAGAACAATTTATGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTACCATCACGGTTTTTGACTAAAA
260 TTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATG---TACCATCACGGTTTTTGACTAAAA
* * *
325 ACG-GTTTCCAGGG-CCTGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGTCGTCAAGACTCATTGAAATATCT
322 ACGCG-TTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCT
*
388 ATATTCATCTCGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATC
386 ATATTCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATC
** *
453 CGGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCGAAAAAAAAAGATAAACGATATTAGATGCGTGAGAAG
451 CGGTTTCGATTTAATTTGAAATTAAGACG-AAAAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAG
* * * *
518 CCCTTCAATCTTTTTGTCGTTGAGTCATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGTG
515 CCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTCTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAG
* *
583 AAATGTTTCAGGTCAATTTCTACAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCCATCACGGTTTTT
580 AAATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAA-CCATCACGGTTTTT
*
648 GACTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGTCAAGACTCATTGA
644 GACTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGA
* * * * *
713 ATTATCTATATTTATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTAGATTTAAGGATTTCTTTTCACGAGCTT
709 AATATCTATATTCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCAT
** * *
778 CTCAATCCAGTTTCGATTTCTTTTGGAATTAATTCGGG------GAA-AAAAACGATATTAGAAG
774 CTCAATCCAGTTTCGATTTAGTTTGAAATTAATTCGGGAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAG
* * * * *
836 CGTGAGAAGTCCTTCAATCTTTTTGGCGTTCAGTTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGCCAAAA
839 CGTGAGAAGCCCTTCAATCTTTTT-GTGTTGAGTTATATATTTTTTATGAATATTGTGGCCAAAA
*
901 ATTGAGG-GAAAATGTTTCAGGACAATTTCTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTATTAACCATC
903 ATTGAGGAG-AAATGTTTCAGGACAATTTCTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATC
*
965 ACGGTTTTTGACTAAAAATGGT
967 ACGGTTTTTGACTAAAAACGGT
* *
987 TTCCAGGG-CCCGGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTGTCTTCAAGACTCATTGAAATATCTATATTC
1 TTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATATTC
* * *
1050 ATCTAGCGAAAACTCAGACAAATTGGCTTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTCAATCCGGTTT
66 ATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGGTTT
* *
1115 CGATTTAATTTGAAATT-ATGTTGAAAAAAAAATATAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCCCTT
131 CGATTTAATTTGAAATTAAT-TCGAAAAAAAAA-AAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCCCTT
* * * *
1179 CCATCATTTTGGCGTTGAGTTA-ATTATTCTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATCGAGGAGAAAT
194 CAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATA-TATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAGAAAT
* * *
1243 GTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGGCAAAATAATGTACCATCACGGTTTTTGACTAAAAA
258 GTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACCATCACGGTTTTTGACTAAAAA
*
1308 CGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTAT
323 CGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTAT
*
1373 ATTCATCTAGCGAAAGCTCGGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCGT-AATCC
388 ATTCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATC-TCAATCC
*
1437 GGATTCGATTTAATTTGAAATTAAGACG-AAAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCC
452 GGTTTCGATTTAATTTGAAATTAAGACGAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCC
*
1501 CTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTA-AGTATTCTTTATGATTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAGA
517 CTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATA-TATTCTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAGA
* * *
1565 AATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTATTAACCATTACAGTTTTTGA
581 AATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGA
* * *
1630 CTAAAATCGCGTTCCGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCATCAAGACTCATTGAAA
646 CTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAA
* * *
1695 TATCTATATTTATCTAGCGAAAGCTCAGAGAAATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCTTCT
711 TATCTATATTCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCT
* * *
1760 CAATCCAGTTTCGATTT-GTTATGGAATTAATTCGGGGAAAAAAAAGAAAAACCATATTAGAAGC
776 CAATCCAGTTTCGATTTAGTT-TGAAATTAATTCGGGAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGC
* * * * *
1824 GTGAGAAGTCCTTCAATCTTTTTGGTGTTTAGTTATATATTTTTAATAAATATTTTGGCCAAAAA
840 GTGAGAAGCCCTTCAATCTTTTT-GTGTTGAGTTATATATTTTTTATGAATATTGTGGCCAAAAA
1889 TTGAGG-GAAAATGTTTCAGGACAATTTCTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCA
904 TTGAGGAG-AAATGTTTCAGGACAATTTCTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCA
1953 CGGTTTTTGACTAAAAACGGT
968 CGGTTTTTGACTAAAAACGGT
* * *
1974 TTCCAGGG-ACCGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGTCAAGACTCATTGAAATATCTATA-TC
1 TTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATATTC
* * * *
2037 ATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAAGATATGTTTTTATGAGCATCCCAATCCGGTTT
66 ATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGGTTT
2102 CGATTTAATTTGAAATTAATTCGAAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAA-CCCTT
131 CGATTTAATTTGAAATTAATTCG-AAAAAAAAA-AAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCCC-T
2166 TCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAATATTGAGGAGAAA
193 TCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAA-ATTGAGGAGAAA
2231 TGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACAATCATCACGGTTTTTG
257 TGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATG---T-AC---CATCACGGTTTTTG
* * * * *
2296 ACTAAAAACGCGTTTCGGCGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGTCAAGACTCATTAAA
315 ACTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAA
* * *
2361 ATATCTATATTCATCTAGTGAAAGCTCAGA-AGAATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTAGGAGCAT
380 ATATCTATATTCATCTAGCGAAAGCTCAGACA-AATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCAT
**
2425 CTCAATCCGGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCGAAAAAAGATAAAAAGAAAAACGATATTAG
444 CTCAATCCGGTTTCGATTTAATTTGAAATTAA---G-ACGAA-A-AAAAAGAAAAACGATATTAG
* * * * *
2490 ATGTGTGAGAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTA-AGTATTCTTTGTGATTAATGTGGCT
503 ATGCGTGAGAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATA-TATTCTTTATGAGTATTGTGGCC
*
2554 AAAAATTGAGGAGAAATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCATGTACTAACC
567 AAAAATTGAGGAGAAATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACC
* * *
2619 ATCATGGTTTTTGACTAAAAACGCGTTCTGGCGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTC
632 ATCACGGTTTTTGACTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTC
* ** * *
2684 AAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAGTGAAAGCAAAGACAAATTGGATTTAAGAATTTGT
697 AAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTCT
* **
2749 TTTTAGGAGCATCTCAATCCAGTTTCGATTTAAG-TTGAAATTAATTCGAAAAAAATAAAAAGAA
762 TTTTACGAGCATCTCAATCCAGTTTCGATTT-AGTTTGAAATTAATTCG-GGAAAA-AAAAAGAA
* * *
2813 AAACGATATTAGATGCGTGAGAACCCCTTCAATCTTTTTGTCGTTGAGTTATATATTCTTTATGA
824 AAACGATATTAGAAGCGTGAGAAGCCCTTCAATCTTTTTGT-GTTGAGTTATATATTTTTTATGA
* * *
2878 TTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAGAAATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC
888 ATATTGTGGCCAAAAATTGAGGAGAAATGTTTCAGGACAATTTCTGCAAAATTTTAGCCGAAATC
*
2943 ATGTACGT---C-TCACAGTTTTTGACTAAAAACGCGT
953 ATGTAC-TAACCATCACGGTTTTTGACTAAAAACG-GT
* *
2977 TT-C-GGAGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTAATTGAAATATCTATATT
1 TTCCAGG-GCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATATT
3040 CGA-CTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGGT
65 C-ATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGGT
*
3104 TTCGATTTAATTTGAAATTAATTCG------AAAAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGTCCTT
129 TTCGATTTAATTTGAAATTAATTCGAAAAAAAAAAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCCCTT
* * * *
3163 CAATCTTTTTGGAGTTGAGTTATATATTCTTTATGATTATTGTGGCCTAAAATTGAGGAGAAATG
194 CAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAGAAATG
*
3228 TTTCAGGTCAATTTCTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACCATCAC-GTTTTTGACTAAAAAC
259 TTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACCATCACGGTTTTTGACTAAAAAC
* ** *
3292 ACGTTCCGGGATCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAATACTCATTGAAATATCTATA
324 GCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATA
* * * * * **
3357 TTTATCTAGAGAAAGGTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCTTCTCAATCTAG
389 TTCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGG
* * * * *
3422 TTTCGATTT-CTTCTGGAATTAATTCAGGTAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAGAAG
454 TTTCGATTTAATT-TGAAATTAA--GACG-AAAAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAG
* * *
3486 TCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAATATT-TAGGCCAAAAATTGAGG-
515 CCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTCTTTATGAGTATTGT-GGCCAAAAATTGAGGA
* * *
3549 GAAAAT-TTTCAGGACAATTTCTGCAAAATTTTAGCCGACATCATG---T-A--ATCACGGTTTT
579 G-AAATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTT
* * *
3607 TGACTAAAAACG-GTTTCCAGGG-CCCGACTCAGTTTTGCATTATTTTTGGCGTCAAGACTCATT
643 TGACTAAAAACGCG-TTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATT
* * *
3670 TAAATATCTATATTCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGTTTTAAGGATTTGTTTTTACGAGC
707 GAAATATCTATATTCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGC
* * * *
3735 ATCTCAATCCGGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTC--TAAAAAAAGAAGAAATACGATATTAG
772 ATCTCAATCCAGTTTCGATTTAGTTTGAAATTAATTCGGGAAAAAAA-AAGAAAAACGATATTAG
* * * * *
3798 ATGCGTGAGAAGCCCTTCAATCTTTCT-CGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCGA
836 AAGCGTGAGAAGCCCTTCAATCTTTTTGTGTTGAGTTATATATTTTTTATGAATATTGTGGCCAA
* * *
3862 AAATTGAGGAGAAATGTTTCAGGTCAATTTTTACAAAA-TTTA---G----C-TG-A--AACCAT
901 AAATTGAGGAGAAATGTTTCAGGACAATTTCTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCAT
**
3915 CACGGTTTTTGACTAAAAACGCA
966 CACGGTTTTTGACTAAAAACGGT
** * * *** *
3938 TTCTGGGGCCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTACACGTCAAGACTCATTGGAATATCTATATTC
1 TTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATATTC
* * *
4003 ATCTAGTGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGAATTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTGGTTT
66 ATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGGTTT
*
4068 CGATTTAATTTGAAATTAATTCAAAAAAAAAAAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCCCTTCA
131 CGATTTAATTTGAAATTAATTCGAAAAAAAAAAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCCCTTCA
4133 ATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAATATTGAGGAGAAATGT
196 ATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAA-ATTGAGGAGAAATGT
4198 TTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGACTAAA
260 TTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATG---T-ACCATCACGGTTTTTGACTAAA
*
4263 AATGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCT
321 AACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCT
*
4328 ATATTCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGAGCATCTCAATC
386 ATATTCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATC
* *
4393 CGGTTTCGATTTAATTTGAAATTAAGTCGAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAAAAG
451 CGGTTTCGATTTAATTTGAAATTAAGACG-AAAAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAG
* *
4458 CCCTTCCATCTTTTTGGCGTTGAGTTA-AGTATTCTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATCGAGGA
515 CCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATA-TATTCTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGA
*
4522 GAAATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTTACCATCACGGTTTTT
579 GAAATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTT
* *
4587 GACTAAAAACGCGTTCAGGCGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGA
644 GACTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGA
* * *
4652 AATATCTATATTCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTAGGAGCAT
709 AATATCTATATTCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCAT
* * ** *
4717 CTCAATCCGGTTTCGATTTAAG-TTGAAATTAAATCGAAAAAAAATAAAAAGAAAAACGAAATTA
774 CTCAATCCAGTTTCGATTT-AGTTTGAAATTAATTCG--GGAAAA-AAAAAGAAAAACGATATTA
* * * *
4781 GATGCGTCGA-AACCCCTTCAATCTTTTTGTCGTTGAGTTATATATTCTTTATGATTATTGTGGC
835 GAAGCGT-GAGAAGCCCTTCAATCTTTTTGT-GTTGAGTTATATATTTTTTATGAATATTGTGGC
*
4845 CAAAAATTGAGGAGAAATGTTTCAGGACAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAAC
898 CAAAAATTGAGGAGAAATGTTTCAGGACAATTTCTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAAC
* *
4910 CATCACAGTTTTTAACTAAAAACGCGT
963 CATCACGGTTTTTGACTAAAAACG-GT
*
4937 TT-CAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGAATCATTGAAATATCTATATTC
1 TTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATATTC
* * *
5001 GTCAAGCGAAAGCTCAGACAAATTGTATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGGTTT
66 ATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGGTTT
* * * *
5066 CAATTTAATTTAAAATTAATTTG---AAAAAAAAATA-GATATTAGATGCGTGAGAAGCCCTTCA
131 CGATTTAATTTGAAATTAATTCGAAAAAAAAAAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCCCTTCA
** * *
5127 ATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTTATGAGTATTGTAACCAAATTATTGAGAAGAAATG
196 ATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATA-TTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAA-AATTGAGGAGAAATG
*
5192 TTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGT----TCACGGTTTTTGACTAAAAAT
259 TTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACCATCACGGTTTTTGACTAAAAAC
* * *
5253 GCGTTCAGGGGCCTCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATA
324 GCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATA
* * * * *
5318 TTCGTCTAGCGAAAGCTCAAACAAATTTGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCCCAATCCGG
389 TTCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGG
** *
5383 TTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCGAAAAAAACA-AGAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGTC
454 TTTCGATTTAATTTGAAATTAAGACGAAAAAAA-AGA-AAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCC
** *
5447 CTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTCTTTATGAGTATTGTAACCAAAATATTGAGCAGA
517 CTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTCTTTATGAGTATTGTGGCCAAAA-ATTGAGGAGA
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* * *
5577 CTAAAAATGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGTCAAGATTCATTGAAA
646 CTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAA
* * * * * *
5642 TTTCTATATTTATATAGCGATAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTCTTTTCAC-AGGCTTC
711 TATCTATATTCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGA-GCATC
** * *
5706 TCAATCCAGTTTCGATTTCTTTTGGAATTAATTCGGGGAAAAAAACAGGAAAAACGATATTAGAA
775 TCAATCCAGTTTCGATTTAGTTTGAAATTAATTC-GGGAAAAAAA-AAGAAAAACGATATTAGAA
* * * *
5771 GCGTGAGAAGTCCTTTAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAATATTTTGGCC-AA
838 GCGTGAGAAGCCCTTCAATCTTTTT-GTGTTGAGTTATATATTTTTTATGAATATTGTGGCCAAA
*
5835 AATTGAGG-GAAAATGTTTCAGGACAATTTCTGCAAAATTTTAGCCGACATCATG---T-ACCAT
902 AATTGAGGAG-AAATGTTTCAGGACAATTTCTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCAT
5895 CACGGTTTTTGACTAAAAACGGT
966 CACGGTTTTTGACTAAAAACGGT
* *
5918 TTCCAGGG-CCTGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCACTGAAATATCTATATTC
1 TTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATATTC
* * * * *
5982 ATCTAGTGAAACCTCAAACAAATTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCCCAATCCGGTTT
66 ATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGGTTT
*
6047 CGATTTAATTTGAAATTAATTGGAAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCCCTT
131 CGATTTAATTTGAAATTAATTCG-AAAAAAAAA-AAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCCCTT
*
6112 CAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAATATTGATGAGAAAT
194 CAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAA-ATTGAGGAGAAAT
*
6177 GTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATTATGTA-CATCACGGTTTTTGACTAAAAA
258 GTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACCATCACGGTTTTTGACTAAAAA
* * * *
6241 TGCTTTCCGGGTCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCATGACTCATTGAAATATCTAT
323 CGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTAT
6306 ATTCATCT
388 ATTCATCT
6314 GAGCATCTCA
Statistics
Matches: 4781, Mismatches: 403, Indels: 278
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
961 5 0.00
962 157 0.03
963 3 0.00
967 1 0.00
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990 1 0.00
991 2 0.00
992 3 0.00
993 2 0.00
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1000 1 0.00
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1005 129 0.03
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ATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGGTTT
CGATTTAATTTGAAATTAATTCGAAAAAAAAAAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCCCTTCA
ATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAGAAATGTT
TCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACCATCACGGTTTTTGACTAAAAACGC
GTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATATT
CATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGGTT
TCGATTTAATTTGAAATTAAGACGAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCCCTTC
AATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTCTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAGAAATGT
TTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGACTAAA
AACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCT
ATATTCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTCAATC
CAGTTTCGATTTAGTTTGAAATTAATTCGGGAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAGA
AGCCCTTCAATCTTTTTGTGTTGAGTTATATATTTTTTATGAATATTGTGGCCAAAAATTGAGGA
GAAATGTTTCAGGACAATTTCTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTT
GACTAAAAACGGT
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1 CGA
* *
4 CGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAATTATCTATAT
1 CGTTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATAT
* * * * *
69 TTATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTAGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCTTCTCAATCCAGT
66 TCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGGT
* ** * **** * *
134 TTCGAGTTCTTTTGGAATTAATTCG-----GGGGA-AAAAACGATATTAGAAGCGTGAGAAGTCC
131 TTCGATTTAATTTGAAATTAATTCGAAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCCC
* * *
193 TTCAAT-TTTTTGGCATTGTGTTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGG-GAAA
196 TTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAG-AA
** *
256 ATGTTTCAGAACAATTTATGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACT-ACCATCACGGTTTTTGAC
260 ATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGAC
320 TAAAAACG
325 TAAAAACG
* *
328 -GTTTCCAGGG-CCTGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGTCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATA
1 CG-TTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATA
*
391 TTCATCTCGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGG
65 TTCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGG
*
456 TTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCG-AAAAAAAAAGATAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCC
130 TTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCGAAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCC
* * *
520 CTTCAATCTTTTTGTCGTTGAGTCATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGTGAA
195 CTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAGAA
* *
585 ATGTTTCAGGTCAATTTCTACAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCCATCACGGTTTTTGA
260 ATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAA-CCATCACGGTTTTTGA
650 CTAAAAACG
324 CTAAAAACG
* * *
659 CGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGTCAAGACTCATTGAATTATCTATAT
1 CGTTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATAT
* * * * * *
724 TTATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTAGATTTAAGGATTTCTTTTCACGAGCTTCTCAATCCAGT
66 TCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGGT
** * *** * *
789 TTCGATTTCTTTTGGAATTAATTCG-----GGGAA-AAAAACGATATTAGAAGCGTGAGAAGTCC
131 TTCGATTTAATTTGAAATTAATTCGAAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCCC
* *
848 TTCAATCTTTTTGGCGTTCAGTTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTGAGG-GAAA
196 TTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAG-AA
* * *
912 ATGTTTCAGGACAATTTCTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTATTAACCATCACGGTTTTTGAC
260 ATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGAC
*
977 TAAAAATG
325 TAAAAACG
* *
985 -GTTTCCAGGG-CCCGGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTGTCTTCAAGACTCATTGAAATATCTATA
1 CG-TTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATA
* * *
1047 TTCATCTAGCGAAAACTCAGACAAATTGGCTTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTCAATCCGG
65 TTCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGG
* * *
1112 TTTCGATTTAATTTGAAATT-ATGTTG-AAAAAAAAATATAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGC
130 TTTCGATTTAATTTGAAATTAAT-TCGAAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGC
* * * *
1175 CCTTCCATCATTTTGGCGTTGAGTTA-ATTATTCTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATCGAGGAG
194 CCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATA-TATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAG
* * *
1239 AAATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGGCAAAATAATG---T-ACCATCACGGTTTTTG
258 AAATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTG
1300 ACTAAAAACG
323 ACTAAAAACG
* *
1310 CGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATAT
1 CGTTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATAT
*
1375 TCATCTAGCGAAAGCTCGGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCGT-AATCCGG
66 TCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATC-TCAATCCGG
* **
1439 ATTCGATTTAATTTGAAATTAA---GACGAAAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCC
130 TTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCGAAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCC
* *
1501 CTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTA-AGTATTCTTTATGATTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAGA
195 CTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATA-TATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAGA
* * *
1565 AATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTATTAACCATTACAGTTTTTGA
259 AATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGA
*
1630 CTAAAATCG
324 CTAAAAACG
* * *
1639 CGTTCCGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCATCAAGACTCATTGAAATATCTATAT
1 CGTTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATAT
* * * * *
1704 TTATCTAGCGAAAGCTCAGAGAAATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCTTCTCAATCCAGT
66 TCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGGT
* * ** * * *
1769 TTCGATTT-GTTATGGAATTAATTCGGGGAAAAAAAAGAAAAACCATATTAGAAGCGTGAGAAGT
131 TTCGATTTAATT-TGAAATTAATTC-GAAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGC
* * * * * *
1833 CCTTCAATCTTTTTGGTGTTTAGTTATATATTTTTAATAAATATTTTGGCCAAAAATTGAGG-GA
194 CCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAG-
* *
1897 AAATGTTTCAGGACAATTTCTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTG
258 AAATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTG
1962 ACTAAAAACG
323 ACTAAAAACG
* * *
1972 -GTTTCCAGGG-ACCGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGTCAAGACTCATTGAAATATCTATA
1 CG-TTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATA
* * * *
2035 -TCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAAGATATGTTTTTATGAGCATCCCAATCCGG
65 TTCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGG
2099 TTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCGAAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAA-CC
130 TTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCGAAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCC
2163 CTTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAATATTGAGGAG
195 C-TTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAA-ATTGAGGAG
2228 AAATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACAATCATCACGGTTT
258 AAATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAAC---CATCACGGTTT
2293 TTGACTAAAAACG
320 TTGACTAAAAACG
* * * *
2306 CGTTTC-GGCGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGTCAAGACTCATTAAAATATCTATA
1 CGTTCCAGG-GCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATA
* * *
2370 TTCATCTAGTGAAAGCTCAGA-AGAATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTAGGAGCATCTCAATCCG
65 TTCATCTAGCGAAAGCTCAGACA-AATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCG
*
2434 GTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCGAAAAAAGATAAAAAGAAAAACGATATTAGATGTGTGAG
129 GTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCG--AAAA-A-AAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAG
* * * * *
2499 AAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTA-AGTATTCTTTGTGATTAATGTGGCTAAAAATTGA
190 AAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATA-TATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGA
* *
2563 GGAGAAATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCATGTACTAACCATCATGGTT
254 GGAGAAATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTT
2628 TTTGACTAAAAACG
319 TTTGACTAAAAACG
*
2642 CGTT-CTGGCGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATA
1 CGTTCCAGG-GCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATA
* ** * * *
2706 TTCATCTAGTGAAAGCAAAGACAAATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTAGGAGCATCTCAATCCAG
65 TTCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGG
*
2771 TTTCGATTTAAGTTGAAATTAATTCGAAAAAAATAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAA
130 TTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCG--AAAAA-AAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAA
* * * *
2836 CCCCTTCAATCTTTTTGTCGTTGAGTTATATATTCTTTATGATTATTGTGGCCAAAAATTGAGGA
192 GCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGA
*
2901 GAAATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACGT---C-TCACAGTTTT
257 GAAATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTAC-TAACCATCACGGTTTT
2962 TGACTAAAAACG
321 TGACTAAAAACG
* * *
2974 CGTTTC-GGAGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTAATTGAAATATCTATA
1 CGTTCCAGG-GCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATA
3038 TTCGA-CTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCG
65 TTC-ATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCG
*
3102 GTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCG-------AAA-AAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGT
129 GTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCGAAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGC
* * * *
3159 CCTTCAATCTTTTTGGAGTTGAGTTATATATTCTTTATGATTATTGTGGCCTAAAATTGAGGAGA
194 CCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAGA
*
3224 AATGTTTCAGGTCAATTTCTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATG---T-ACCATCAC-GTTTTTGA
259 AATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGA
*
3284 CTAAAAACA
324 CTAAAAACG
* *
3293 CGTTCC-GGGATCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAATACTCATTGAAATATCTATA
1 CGTTCCAGGG-CCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATA
* * * * * **
3357 TTTATCTAGAGAAAGGTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCTTCTCAATCTAG
65 TTCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGG
* * ** *
3422 TTTCGATTT-CTTCTGGAATTAATTCAGGTAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAGAAG
130 TTTCGATTTAATT-TGAAATTAATTC-GAAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAG
* *
3486 TCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAATATT-TAGGCCAAAAATTGAGG-
193 CCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGT-GGCCAAAAATTGAGGA
* * *
3549 GAAAAT-TTTCAGGACAATTTCTGCAAAATTTTAGCCGACATCATG---T-A--ATCACGGTTTT
257 G-AAATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTT
3607 TGACTAAAAACG
321 TGACTAAAAACG
* * *
3619 -GTTTCCAGGG-CCCGACTCAGTTTTGCATTATTTTTGGCGTCAAGACTCATTTAAATATCTATA
1 CG-TTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATA
*
3682 TTCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGTTTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGG
65 TTCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGG
* * *
3747 TTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCTAAAAAAAGAAGAAATACGATATTAGATGCGTGAGAAGCC
130 TTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCGAAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCC
* *
3812 CTTCAATCTTTCT--CGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCGAAAATTGAGGAGAA
195 CTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAGAA
*
3875 ATGTTTCAGGTCAATTTTTACAAAA-TTTA---G----C-TG-A--AACCATCACGGTTTTTGAC
260 ATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGAC
3928 TAAAAACG
325 TAAAAACG
* ** * * *** *
3936 CATTCTGGGGCCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTACACGTCAAGACTCATTGGAATATCTATAT
1 CGTTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATAT
* * *
4001 TCATCTAGTGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGAATTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTGGT
66 TCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGGT
4066 TTCGATTTAATTTGAAATTAATTC-AAAAAAAAAA-AAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCCC
131 TTCGATTTAATTTGAAATTAATTCGAAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCCC
4129 TTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAATATTGAGGAGAA
196 TTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAA-ATTGAGGAGAA
4194 ATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGAC
260 ATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGAC
*
4259 TAAAAATG
325 TAAAAACG
*
4267 CGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATAT
1 CGTTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATAT
*
4332 TCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGAGCATCTCAATCCGGT
66 TCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGGT
* *
4397 TTCGATTTAATTTGAAATTAAGTCG-AAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAAAAGCCC
131 TTCGATTTAATTTGAAATTAATTCGAAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCCC
* * *
4461 TTCCATCTTTTTGGCGTTGAGTTA-AGTATTCTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATCGAGGAGAA
196 TTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATA-TATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAGAA
*
4525 ATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTTACCATCACGGTTTTTGAC
260 ATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGAC
4590 TAAAAACG
325 TAAAAACG
4598 CGTT-CAGGCGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATA
1 CGTTCCAGG-GCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATA
* *
4662 TTCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTAGGAGCATCTCAATCCGG
65 TTCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGG
* * *
4727 TTTCGATTTAAGTTGAAATTAAATCGAAAAAAAATAAAAAGAAAAACGAAATTAGATGCGTCGA-
130 TTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCG---AAAAA-AAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGT-GAG
* * * *
4791 AACCCCTTCAATCTTTTTGTCGTTGAGTTATATATTCTTTATGATTATTGTGGCCAAAAATTGAG
190 AAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAG
* *
4856 GAGAAATGTTTCAGGACAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACAGTTT
255 GAGAAATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTT
*
4921 TTAACTAAAAACG
320 TTGACTAAAAACG
* *
4934 CGTTTCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGAATCATTGAAATATCTATAT
1 CGTTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATAT
* * *
4999 TCGTCAAGCGAAAGCTCAGACAAATTGTATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGGT
66 TCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGGT
* * * *
5064 TTCAATTTAATTTAAAATTAATTTG----AAAAAA-AAATA-GATATTAGATGCGTGAGAAGCCC
131 TTCGATTTAATTTGAAATTAATTCGAAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCCC
** * *
5123 TTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTTATGAGTATTGTAACCAAATTATTGAGAAGA
196 TTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATA-TTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAA-AATTGAGGAGA
5188 AATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATG---T-----TCACGGTTTTTGA
259 AATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGA
*
5245 CTAAAAATG
324 CTAAAAACG
* *
5254 CGTT-CAGGGGCCTCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATA
1 CGTTCCA-GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATA
* * * * *
5318 TTCGTCTAGCGAAAGCTCAAACAAATTTGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCCCAATCCGG
65 TTCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGG
* *
5383 TTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCGAAAAAAACAAG-AAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGTC
130 TTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCGAAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCC
* ** *
5447 CTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTCTTTATGAGTATTGTAACCAAAATATTGAGCAGA
195 CTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAA-ATTGAGGAGA
5512 AATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGA
259 AATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGA
*
5577 CTAAAAATG
324 CTAAAAACG
* * * *
5586 CGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGTCAAGATTCATTGAAATTTCTATAT
1 CGTTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATAT
* * * * * * *
5651 TTATATAGCGATAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTCTTTTCAC-AGGCTTCTCAATCCAG
66 TCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGA-GCATCTCAATCCGG
** * * * *
5715 TTTCGATTTCTTTTGGAATTAATTCGGGGAAAAAAACAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAGAA
130 TTTCGATTTAATTTGAAATTAATTC---GAAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAA
* * * * * *
5780 GTCCTTTAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAATATTTTGGCC-AAAATTGAGG-
192 GCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGA
* * *
5843 GAAAATGTTTCAGGACAATTTCTGCAAAATTTTAGCCGACATCATG---T-ACCATCACGGTTTT
257 G-AAATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTT
5904 TGACTAAAAACG
321 TGACTAAAAACG
* *
5916 -GTTTCCAGGG-CCTGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCACTGAAATATCTATA
1 CG-TTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATA
* * * * *
5979 TTCATCTAGTGAAACCTCAAACAAATTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCCCAATCCGG
65 TTCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGG
*
6044 TTTCGATTTAATTTGAAATTAATTGGAAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCC
130 TTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCGAAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCC
*
6109 CTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAATATTGATGAGA
195 CTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAA-ATTGAGGAGA
*
6174 AATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATTATG---T-A-CATCACGGTTTTTGA
259 AATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGA
*
6234 CTAAAAATG
324 CTAAAAACG
* *
6243 CTTTCC-GGGTCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCATGACTCATTGAAATATCTATA
1 CGTTCCAGGG-CCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATA
6307 TTCATCT
65 TTCATCT
6314 GAGCATCTCA
Statistics
Matches: 5375, Mismatches: 455, Indels: 308
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
314 2 0.00
315 2 0.00
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TGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGACT
AAAAACG
Found at i:7637 original size:330 final size:329
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* * * *
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*
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*
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* * * *
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*
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322 GAGAAAAA
* *
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1 AAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTT
** * *
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66 TTTATGAGTATTGTGGCCAAA-AATTGAGGAGAAATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAG
* * *
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* * *
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* * **
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* *
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322 -GAGAAAA-A
* * * *
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1 AAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTT
* *
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* * *
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* * * * * *
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192 TGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAA
* * ** ** ** *
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257 TTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATT-
*
7337 GGGGAAAAA
321 GGAGAAAAA
* * *
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1 AAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTT
*
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66 TTTATGAGTATTGTGGCCAAAA-ATTGAGGAGAAATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAG
* * **
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* * * *
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195 ATGATTTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAGCGAAAGCTCAGACAAATTG
* * *
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260 GATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCCGGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTGGAG
7668 -----
325 AAAAA
*
7668 AAAA-AAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCCCTTCAATCCTTTTGGCGTTGAGTTATATATTT
1 AAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTT
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66 TTTATGAGTATTGTGGCCAAAA-ATTGAGGAGAAATGTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAG
*
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*
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**
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321 GGAGAAAAA
* * * * *
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1 AAAAGAAAAACGATATTAGATGCGTGAGAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTT
* * * * *
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* * ** **
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* * *
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*
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* *
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321 GGAGAAA-AA
*
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*
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* *
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* *
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* * * *
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*
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322 GAGAAAAA
*
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAAA
Found at i:9685 original size:11 final size:11
Alignment explanation
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*
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1 TAAAAACAATT
9716 T
1 T
9717 CCTCAACAGT
Statistics
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Indices: 9663--9716 Score: 76
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9713 ATTT
1 ATTT
9717 CCTCAACAGT
Statistics
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*
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Statistics
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TA
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1 AAAAGAAAAAA
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Done.