Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01017544.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig17577, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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* * *
1 TTAATTCGGGAAAATTTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTTAATCTTTTCGGCGT
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*
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66 TGAATTATATAT-TTTTTACGAGTACTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTT
* * *
131 TTGCAAAATTTTTCCCGAAATCGTGTA--C-GCACGGTTTTTGGCAAAAAACGCGTTCCGGGGCC
130 TTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCC
** * * *
193 CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTAACGCCAAGACTCATTGAAATATCCATATTAATCTAACCCA
195 CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATTTAACCAA
* * *
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260 ATATCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTTGAATCTTGTTTCGATTTAAA
322 T-AGAAA
325 TAAGAAA
* * * * *
328 TTATTTCGGGAAAAAAATGAAAAAATGATATTAGAAGTGTAAAAAGCCCTTTAATCTTTTTGGCG
1 TTAATTCGGG-AAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCG
* * * * *
393 TTGAATTATATATTTTTTTACAAGTATTAG-GGTTAAAAGTTGAAGAAAAATCTTTCGGGTCAGT
65 TTGAATTATATA-TTTTTTACGAGTACT-GCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAAT
* * *
457 TTTTGCAAATTTTTTGCCGAAATCGTATACTAACAATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTG
128 TTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACT--C-ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCG
* * * * *
522 GGGCCCCGGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGACGCCAAAACTCATTGAAATATATATATTAA-TCA
190 GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATTTA
* * * * *
586 TCCCAAATTTCAGCCACAATGGATTTAAGTATTTGTTTTTACGATCATC-TGAATCTTCTATCGA
255 -ACCAAATATCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTTGAATCTTGTTTCGA
*
650 TTTAATTAAGAAA
319 TTTAAATAAGAAA
663 TTAATTCGGGAAAGAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCG
1 TTAATTCGGGAAA-AATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCG
* * *
728 TTGAATTATATATTTTTTACGAGTACTGCGGTTAAAAATTCAGGAAAAATCTTTCTGTTCAATTT
65 TTGAATTATATATTTTTTACGAGTACTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTT
** ** * * * *
793 TTAAAAAAAGTTTCCCGAAATCATGTACGTTATCACGGTTTTTAGCTAAAAACGCGTTCCGGGG-
130 TTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTAC-TCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGC
* * *
857 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAA-TCATCCA
194 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATTTAACC-
* *
921 AAATTTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATC-TGAATCTTGTTTCGATTTA
258 AAATATCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTTGAATCTTGTTTCGATTTA
*
985 ATTAAGAAA
323 AATAAGAAA
* * * * * *
994 TTAATTCGAGAAAGATTTGAAAAAATGAAATTAGAAGCGTGAAAAGCACTTTAATATTTTTGGCG
1 TTAATTCGGGAAA-AATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCG
* * * * *
1059 TTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGAGGTTAAAAATTGACG-AAAATCTTTTGGGTCAGTTT
65 TTGAATTATATATTTTTTACGAGTACTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTT
* *
1123 TTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGTGGCC
130 TTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCC
*
1188 CGGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATTTAACCAA
195 CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATTTAACCAA
*
1253 ATATCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTTG-ATCTTGTTTTGATTTAAA
260 ATATCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTTGAATCTTGTTTCGATTTAAA
1317 TAA-AAA
325 TAAGAAA
1323 TTAATTCGGGAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGT
1 TTAATTCGGGAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGT
1388 TGAATTATATATTTTTTACGAGTACTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTT
66 TGAATTATATATTTTTTACGAGTACTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTT
* *
1453 TGCAAAATTTTTTCCGAAATCGTGTACTCATCACGGTTTTTGGGTAAAAACGCGTT-CGGGTGCC
131 TGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGG-GCC
* * * * ** * *
1517 CCGGGTTAGTTTTGCTTGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATGTATATT-CGTCATCCCA
195 CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATTTA-ACCA
* * * * *
1581 AATCTCAGCTACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGT-ATCTT-AATCTTGTTTTGATTTA
259 AATATCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGA-TCATCTTGAATCTTGTTTCGATTTA
1644 AAT-AGAAA
323 AATAAGAAA
* * * *
1652 TTAATTCGGCAAAAA-TGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGACCTTCAATCATTTTGGGGT
1 TTAATTCGGGAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGT
** * *
1716 TGAATTATATATTTTTTACGAACACTGCAGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGTTCAATTTT
66 TGAATTATATATTTTTTACGAGTACTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTT
* * * * *
1781 TGCAAAA-ATTTGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAGACGCGTTTCGGTG
131 TGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACT---CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGG
* * *
1845 CCCCGTCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCG-TAAGGACTCATTGAAATATCTATATTAATTTAAC
193 CCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAA-GACTCATTGAAATATCTATATTAATTTAAC
*
1909 CAAATATCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTTG-ATCTTGTTTTGATTT
257 CAAATATCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTTGAATCTTGTTTCGATTT
1973 AAATAA-AAA
322 AAATAAGAAA
*
1982 TTAATTCGGGAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAACCTTTTTGGCGT
1 TTAATTCGGGAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGT
* *
2047 TGAATTATATATTTTTTACGAGTACTGCGGTTAAAAATTCAGGAAAAATCTTTAGGGTCAATTTT
66 TGAATTATATATTTTTTACGAGTACTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTT
* *
2112 TGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACGTACATCACGGTTTTTGGCTAAAGACGCGTTCCGGTGC
131 TGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTAC-T-CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGC
*
2177 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATCTT-ACC
194 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAAT-TTAACC
*
2241 AAATATCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTCTTACGATCAT-TTGAATCTTGTTTCGATTTA
258 AAATATCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTTGAATCTTGTTTCGATTTA
2305 AAT-AGAAA
323 AATAAGAAA
* * * *
2313 TAAATTCGCGAAAATTTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTTAATCTTTTTGGCGT
1 TTAATTCGGGAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGT
** *
2378 TGAATTATATATTTTTTACGAGTACTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATAATTCGGATCAATTTT
66 TGAATTATATATTTTTTACGAGTACTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTT
* * * *
2443 TGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTAATTACATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCGGTGC
131 TGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGT-ACT-CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGC
*
2508 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG-CAAGGACTCATTGAAATATCTATATT-ATTCTTAC
194 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAA-GACTCATTGAAATATCTATATTAATT-TAAC
* * *
2571 TAAATATCAGCCACAATGGAATAAAGGATTTGTTTTTACGATCAT-TTGAATCTTGTTTCGATTT
257 CAAATATCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTTGAATCTTGTTTCGATTT
*
2635 AAAT-AGTAA
322 AAATAAGAAA
* *
2644 TTAATTCGGGAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTTAGTCTTTTTGGCGT
1 TTAATTCGGGAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGT
* ** * * * *
2709 TGGATTATATATTTTTCCCGAGTATTGAGGTTAAAAATTGAGGAAAACTCTTTCGGGTCAGTTTT
66 TGAATTATATATTTTTTACGAGTACTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTT
* * *
2774 TGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTA--CGTCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCTTTCCGGGACCC
131 TGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCC
*
2837 CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAA
196 CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATTTAACCAAA
2902 TATCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTTG-ATCTTGTTTCGATTTAAAT
261 TATCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTTGAATCTTGTTTCGATTTAAAT
2966 AA-AAA
326 AAGAAA
*
2971 TTAATTCGGGAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAGGCCCTTCAATCTTTTTGGCGT
1 TTAATTCGGGAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGT
* *
3036 TGAATTATATATTTTTTACGAGAACTGCGGTTAAAAACTGAGGAAAAATCTTTCGGG--------
66 TGAATTATATATTTTTTACGAGTACTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTT
*
3093 T-C--AATTTTTGCCGAAATCGTGTACACCATCACGGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGC
131 TGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTAC-TCATCACGG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGC
* * * *
3155 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCATTGAAATATATATATTAA-TCATCCC
194 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATTTA-ACC
* *
3219 AAATTTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATC-TGAATCTTCTTTCGATTTA
258 AAATATCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTTGAATCTTGTTTCGATTTA
* *
3283 ATTAATAAA
323 AATAAGAAA
* * * * * *
3292 TTAATTCGAGAAAGATTTGAAAAAATGAAATTAGAAGTGTGAAAAGCACATT-AATATTTTTGGC
1 TTAATTCGGGAAA-AATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGC-CCTTCAATCTTTTTGGC
* * * * * *
3356 GTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGAGGTCAAAAATTGACG-AAAATCTTTCGGGTTAGTT
64 GTTGAATTATATATTTTTTACGAGTACTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATT
* * *
3420 TTTGCAAATTTTTTGCCGAAATCGTGTACTAAACATCAAGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGG
129 TTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACT---CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGG
**
3485 GGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCACAGAAATATCTATATTAATTTAA
191 GGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATTTAA
*
3550 CCAAATATCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTTG-ATCTTGTTTTGATT
256 CCAAATATCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTTGAATCTTGTTTCGATT
3614 TAAATAA-AAA
321 TAAATAAGAAA
* *
3624 TTAATTCAGG-AAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTTAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGT
1 TTAATTCGGGAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGT
3688 TGAATTATATA-TTTTTACGAGTACTGCGGT
66 TGAATTATATATTTTTTACGAGTACTGCGGT
Statistics
Matches: 3035, Mismatches: 280, Indels: 148
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
316 21 0.01
318 1 0.00
319 11 0.00
320 145 0.05
321 28 0.01
322 79 0.03
323 3 0.00
327 283 0.09
328 347 0.11
329 276 0.09
330 375 0.12
331 942 0.31
332 86 0.03
333 146 0.05
334 218 0.07
335 74 0.02
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (331 bp):
TTAATTCGGGAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGT
TGAATTATATATTTTTTACGAGTACTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTT
TGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCC
CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATTTAACCAAA
TATCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTTGAATCTTGTTTCGATTTAAAT
AAGAAA
Found at i:1539 original size:659 final size:657
Alignment explanation
Indices: 1--3713 Score: 5152
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* * *
1 TTAATTCGGGAAAATTTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTTAATCTTTTCGGCGT
1 TTAATTCGGGAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGT
*
66 TGAATTATATATATTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTT
66 TGAATTATATAT-TTTTTACGAGTACTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTT
* *
131 TTGCAAAATTTTTCCCGAAATCGTGTA--C-GCACGGTTTTTGGCAAAAAACGCGTTCCGGGGCC
130 TTGCAAAATTTTTCCCGAAATCGTGTACTCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCC
** * *
193 CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTAACGCCAAGACTCATTGAAATATCCATATTAATCTAACCCA
195 CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATC-AACCAA
* * * *
258 ATATCAGCCACAAAGGATTTAAGGATTGGTTTTTACGATCGTTTGAATCTTGTTTCGATTTAAAT
259 ATATCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAAT
* * * * * *
323 AGAAATTATTTCGGGAAAAAAATGAAAAAATGATATTAGAAGTGTAAAAAGCCCTTTAATCTTTT
324 AGAAATTAATTC--GAGAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTT
* * * *
388 TGGCGTTGAATTATATATTTTTTTACAAGTA-TTAGGGTTAAAAGTTGAAGAAAAATCTTTCGGG
387 TGGCGTTGAATTATATA-TTTTTTACGAGTACTGA-GGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGG
* *
452 TCAGTTTTTGCAAATTTTTTGCCGAAATCGTATACTAACAATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCG
450 TCAGTTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACT-AC-ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCG
* * * * *
517 TTCTGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGACGCCAAAACTCATTGAAATATATATATTA
513 TTC-CGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTA
* * * * *
582 A-TCATCCCAAATTTCAGCCACAATGGATTTAAGTATTTGTTTTTACGATCATC-TGAATCTTCT
577 ATTTA-ACCAAATATCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTTGAATCTTGT
* *
645 ATCGATTTAATTAAGAAA
641 TTCGATTTAAATAA-AAA
663 TTAATTCGGGAAAGAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCG
1 TTAATTCGGGAAA-AATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCG
* * *
728 TTGAATTATATATTTTTTACGAGTACTGCGGTTAAAAATTCAGGAAAAATCTTTCTGTTCAATTT
65 TTGAATTATATATTTTTTACGAGTACTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTT
** ** * * *
793 TTAAAAAAAGTTTCCCGAAATCATGTACGTTATCACGGTTTTTAGCTAAAAACGCGTTCCGGGG-
130 TTGCAAAATTTTTCCCGAAATCGTGTAC-TCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGC
* *
857 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATCATCCAA
194 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATCAACC-A
* * *
922 AATTTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT
258 AATATCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAA
* * * *
987 TAAGAAATTAATTCGAGAAAGATTTGAAAAAATGAAATTAGAAGCGTGAAAAGCACTTTAATATT
323 T-AGAAATTAATTCGAGAAA-A-TTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTT
* * *
1052 TTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGAGGTTAAAAATTGACG-AAAATCTTTTGGG
385 TTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTACTGAGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGG
*
1116 TCAGTTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACT-CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCATT
450 TCAGTTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTACATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT
*
1180 CCGTGGCCCGGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAAT
515 CCG-GGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAAT
*
1245 TTAACCAAATATCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTTG-ATCTTGTTTT
579 TTAACCAAATATCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTTGAATCTTGTTTC
1309 GATTTAAATAAAAA
644 GATTTAAATAAAAA
1323 TTAATTCGGGAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGT
1 TTAATTCGGGAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGT
1388 TGAATTATATATTTTTTACGAGTACTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTT
66 TGAATTATATATTTTTTACGAGTACTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTT
* *
1453 TGCAAAATTTTTTCCGAAATCGTGTACTCATCACGGTTTTTGGGTAAAAACGCGTT-CGGGTGCC
131 TGCAAAATTTTTCCCGAAATCGTGTACTCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGG-GCC
* * * * ** *
1517 CCGGGTTAGTTTTGCTTGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATGTATATTCGTCATCCCAA
195 CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATCA-ACCAA
* * * * * *
1582 ATCTCAGCTACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGT-ATCTTAATCTTGTTTTGATTTAAA
259 ATATCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGA-TCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAA
* * *
1646 TAGAAATTAATTCG-GCAAAAATGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGACCTTCAATCATTT
323 TAGAAATTAATTCGAG-AAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTT
* ** *
1710 TGGGGTTGAATTATATATTTTTTACGAACACTGCA-GTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGTT
387 TGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTACTG-AGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGT
* * * *
1774 CAATTTTTGCAAAA-ATTTGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAGACGCGT
451 CAGTTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACT-A-CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGT
* * * *
1838 TTCGGTGCCCCGTCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCG-TAAGGACTCATTGAAATATCTATATTA
514 TCCGG-GCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAA-GACTCATTGAAATATCTATATTA
1902 ATTTAACCAAATATCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTTG-ATCTTGTT
577 ATTTAACCAAATATCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTTGAATCTTGTT
*
1966 TTGATTTAAATAAAAA
642 TCGATTTAAATAAAAA
*
1982 TTAATTCGGGAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAACCTTTTTGGCGT
1 TTAATTCGGGAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGT
* *
2047 TGAATTATATATTTTTTACGAGTACTGCGGTTAAAAATTCAGGAAAAATCTTTAGGGTCAATTTT
66 TGAATTATATATTTTTTACGAGTACTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTT
* * *
2112 TGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACGTACATCACGGTTTTTGGCTAAAGACGCGTTCCGGTGC
131 TGCAAAATTTTTCCCGAAATCGTGTAC-T-CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGC
* *
2177 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATCTTACCA
194 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATC-AACCA
* *
2242 AATATCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTCTTACGATCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAAA
258 AATATCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAA
* * *
2307 TAGAAATAAATTCGCGAAAATTTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTTAATCTTTT
323 TAGAAATTAATTCGAGAAAA-TTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTT
* ** *
2372 TGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTACTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATAATTCGGATC
387 TGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTACTGAGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTC
* * * *
2437 AATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTAATTACATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTT
452 AGTTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGT-ACTACATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTC
2502 CGGTGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG-CAAGGACTCATTGAAATATCTATATT-AT
516 CGG-GCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAA-GACTCATTGAAATATCTATATTAAT
* * * *
2565 TCTTACTAAATATCAGCCACAATGGAATAAAGGATTTGTTTTTACGATCAT-TTGAATCTTGTTT
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**
2629 CGATTTAAATAGTAA
643 CGATTTAAATAAAAA
* *
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1 TTAATTCGGGAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGT
* ** * * * *
2709 TGGATTATATATTTTTCCCGAGTATTGAGGTTAAAAATTGAGGAAAACTCTTTCGGGTCAGTTTT
66 TGAATTATATATTTTTTACGAGTACTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTT
* * * *
2774 TGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTA--CGTCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCTTTCCGGGACCC
131 TGCAAAATTTTTCCCGAAATCGTGTACTCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCC
2837 CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAA
196 CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATC-AACCAAA
2902 TATCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTTG-ATCTTGTTTCGATTTAAAT
260 TATCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATC-TGAATCTTGTTTCGATTTAAAT
* * *
2966 AAAAATTAATTCGGGAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAGGCCCTTCAATCTTTTT
324 AGAAATTAATTCGAG-AAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTT
* * *
3031 GGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGAACTGCGGTTAAAAACTGAGGAAAAATCTTTC-GG---
388 GGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTACTGAGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCA
3092 G----T-C--AATTTTTGCCGAAATCGTGTAC-ACCATCACGGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTC
453 GTTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTA-CATCACGG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTC
* *
3149 CGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCATTGAAATATATATATTAA-T
516 C-GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATT
* * * *
3213 CATCCCAAATTTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATC-TGAATCTTCTTTC
580 TA-ACCAAATATCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTTGAATCTTGTTTC
*
3277 GATTTAATTAATAAA
644 GATTTAAATAA-AAA
* * * * * *
3292 TTAATTCGAGAAAGATTTGAAAAAATGAAATTAGAAGTGTGAAAAGCACATT-AATATTTTTGGC
1 TTAATTCGGGAAA-AATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGC-CCTTCAATCTTTTTGGC
* * * * * *
3356 GTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGAGGTCAAAAATTGACG-AAAATCTTTCGGGTTAGTT
64 GTTGAATTATATATTTTTTACGAGTACTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATT
* * * *
3420 TTTGCAAATTTTTTGCCGAAATCGTGTACTAAACATCAAGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGG
129 TTTGCAAAATTTTTCCCGAAATCGTGTACT---CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGG
** *
3485 GGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCACAGAAATATCTATATTAATTTAA
191 GGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAA-TCAA
*
3550 CCAAATATCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTTG-ATCTTGTTTTGATT
255 CCAAATATCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATC-TGAATCTTGTTTCGATT
* *
3614 TAAATAAAAATTAATTC-AGGAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTTAAAAGCCCTTCAATC
319 TAAATAGAAATTAATTCGA-GAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATC
3678 TTTTTGGCGTTGAATTATATA-TTTTTACGAGTACTG
383 TTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTACTG
3714 CGGT
Statistics
Matches: 2762, Mismatches: 233, Indels: 123
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
645 1 0.00
646 9 0.00
647 155 0.06
648 64 0.02
649 81 0.03
650 4 0.00
651 14 0.01
652 63 0.02
653 169 0.06
654 1 0.00
656 97 0.04
657 33 0.01
658 310 0.11
659 565 0.20
660 22 0.01
661 305 0.11
662 497 0.18
663 77 0.03
664 56 0.02
665 142 0.05
666 97 0.04
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (657 bp):
TTAATTCGGGAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGT
TGAATTATATATTTTTTACGAGTACTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTT
TGCAAAATTTTTCCCGAAATCGTGTACTCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCC
CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATCAACCAAAT
ATCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAATAG
AAATTAATTCGAGAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGC
GTTGAATTATATATTTTTTACGAGTACTGAGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAGTT
TTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTACATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGC
CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATTTAACCA
AATATCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTTGAATCTTGTTTCGATTTAA
ATAAAAA
Done.