Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01017545.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig17578, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2082
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.18, T:0.36
Found at i:659 original size:331 final size:332
Alignment explanation
Indices: 1--2082 Score: 2842
Period size: 331 Copynumber: 6.4 Consensus size: 332
* *
1 TTTACGATCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAGAAATTAATTCGGGAAAGAATTGAAAAAA
1 TTTACGATCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAAAT-AGAAATTAATTCGGGAAA-AATTGAAAAAA
* *
66 TGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGCA
64 TGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTA
* * * * ** *
131 TTGTGGTTAAAAATTTAGGAAAAATCTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAAGTTTTGATGAAAACGTG
129 CTGAGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTG
* *
196 TACTAATCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGTGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTT
194 TACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGTGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTT
* *
261 TTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATC-TAACCAAATATCAGTCACAATGGAGTTA
259 TTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATCAT-ACCAAATATCAGCCACAATGGATTTA
325 AGGATTTGTT
323 AGGATTTGTT
*
335 TTTACGATCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAAATATAAATTAATTCGGG-AAAATTGAAAAAATG
1 TTTACGATCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAAATAGAAATTAATTCGGGAAAAATTGAAAAAATG
* * *
399 ATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTTAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATT
66 ATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTACT
* *
464 GAGGTTAGAAATTGAGGAAAAATCTTTCAGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTA
131 GAGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTA
* * *
529 ATAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGTGCCCCGGCAT-AGTTTTCCTTGATTTT
196 CTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGTGCCCCGGC-TCAGTTTTGCATGATTTT
* * * * * * *
593 TGGCGCCAAGACTCATTGAAATATGTATATTCATCATCCCAAATCTCAGCTACATTGTATTTAAG
260 TGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATCATACCAAATATCAGCCACAATGGATTTAAG
*
658 GATTTGAT
325 GATTTGTT
* * * *
666 TTTACGATCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAAATAGAAGTTAATTCGGCAAAAA-TGAAAAAATG
1 TTTACGATCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAAATAGAAATTAATTCGGGAAAAATTGAAAAAATG
** * * **
730 ATATTAGAAGCGTGAAAATACCTTCAATCATTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTACGAACACT
66 ATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTACT
* *
795 GCA-GTTAAAAATTGAGGAAAAATATTTC-GG---G----T-C--AATTTTTGCTGAAATCGTG-
131 G-AGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGT
* * *
847 --T-A-CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATAATTTT
195 ACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGTGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTT
** * * *
908 TTACGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATCATCCCAAATTTCAGCCACAAGGGATTTAAG
260 TGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATCATACCAAATATCAGCCACAATGGATTTAAG
* *
973 AATTTATT
325 GATTTGTT
981 TTTACGATCATTTGAATCTTGTTTCGATTT-AATCAAGAAATTAATTCGGGAAAGAATTGAAAAA
1 TTTACGATCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAAAT--AGAAATTAATTCGGGAAA-AATTGAAAAA
* * *
1045 ATGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCTTCAAGCTTTTTGGCGTTGAA-T-TATATTTTTTATGAGT
63 ATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGT
* * *
1108 ACTGCGGTTAAAAATTGAGGGAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGT
128 ACTGAGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGT
* *
1173 G--------ATCACGGTTTTTGGCTAAAGACGCGTTCTGGTGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATT
193 GTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGTGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATT
* * *
1230 TTTGGCACCAAGACTAATTGAAATATCTATATTAATCTTACCAAATATCAGCCACAATGGATTTA
258 TTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATCATACCAAATATCAGCCACAATGGATTTA
1295 AGGATTTGTT
323 AGGATTTGTT
* *
1305 CTTACGATCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAAATAGAAATAAATTCGGGAAAAATTGAAAAAATG
1 TTTACGATCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAAATAGAAATTAATTCGGGAAAAATTGAAAAAATG
* * *
1370 ATATTAGAAGCGTGAAAATCCCTTTAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTACGAGTACT
66 ATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTACT
* *
1435 GCA-GTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATATTTGCCGAAATTGTGT
131 G-AGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGT
*
1499 ACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGG-GCCCCCGGCTCAGTTTAGCATGATTT
195 ACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGTG-CCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTT
*
1563 TTGGCGCCAAGATTCATTGAAATATCTATATTAATC-TAACCAAATATCAGCCACAATGGATTTA
259 TTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATCAT-ACCAAATATCAGCCACAATGGATTTA
1627 AGGATTTGTT
323 AGGATTTGTT
*
1637 TTTACGATCATCTTG-ATCTTGTTTCGATTTAAATAAAAATTAATTCGGGAAAAATTGAAAAAAT
1 TTTACGATCAT-TTGAATCTTGTTTCGATTTAAATAGAAATTAATTCGGGAAAAATTGAAAAAAT
*
1701 GATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACAAGTAC
65 GATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTAC
* * * * *
1766 TGCGGTTAAAAATTCAGGAAAAATCTTTCGGTTCAATTTTTGCAAAATTGTTGCCGAAATCGTGT
130 TGAGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGT
* * ** * *
1831 ACTAACCATCACGGTTTTTGACTAAAGACGCGTTCCAATG-CCCGGCTTAGTTTTGCTTGATTTT
195 ACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGTGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTT
* ** * * * *
1895 TGGCGCCAAGACTCATTGAAATATGTATATTCGTCATCCCAAATCTCAGCTACATTGGATTTAAG
260 TGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATCATACCAAATATCAGCCACAATGGATTTAAG
*
1960 GATTTGAT
325 GATTTGTT
* *
1968 TTTACGAGT-ATCTT-AATCTTGTTTTGATTTAAATAGAAATTAATT-GGGCAAAA-TGAAAAAA
1 TTTACGA-TCAT-TTGAATCTTGTTTCGATTTAAATAGAAATTAATTCGGGAAAAATTGAAAAAA
* * * *
2029 TGACATTAGAAGCGTGAAAAGACCTTCAATCATTTTGGGGTTGAATTATATATT
64 TGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATT
Statistics
Matches: 1562, Mismatches: 145, Indels: 87
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
314 4 0.00
315 141 0.09
316 57 0.04
317 6 0.00
318 49 0.03
320 18 0.01
322 54 0.03
323 19 0.01
324 223 0.14
325 4 0.00
327 19 0.01
329 58 0.04
330 9 0.01
331 510 0.33
332 341 0.22
333 18 0.01
334 32 0.02
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (332 bp):
TTTACGATCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAAATAGAAATTAATTCGGGAAAAATTGAAAAAATG
ATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTACT
GAGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTA
CTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGTGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTT
GGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATCATACCAAATATCAGCCACAATGGATTTAAGG
ATTTGTT
Done.