Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01017572.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig17605, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Found at i:1223 original size:648 final size:636
Alignment explanation
Indices: 1--4158 Score: 2557
Period size: 663 Copynumber: 6.4 Consensus size: 636
* * * * * *
1 TTTTTGCCTAAAAACACGTTTTGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAATGATTC
1 TTTTTGCCTCAAAACACGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAAAAAGACTA
* ** * * * * **
66 CTTGAAATATCTATGTTCATCTAAACAAAACACTCAGTTTTGCATGATT-TTTTGTAGAAGGATT
66 CTTGAAATATCTTTAATCATCT-AACTAAA-TCTCAG----CCA-CATTGGATT-T--AAGGATT
* * *
130 TATTTTTATGAGCATTTGAATCTTATTTCGATTTAATTAG-AATAAAATTCAGAAGAAAAGGAAA
121 TGTTTTTACGAGCA-TTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAAT-AAATTCGGAA-AAAAGGAAA
* * ** * *
194 AACAATATTAGAAGCGTGAAAAACACTTCAATTTTTTTGGCGCTGAATTAAATA-TTTTTATGAG
183 AACAATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTACGAG
* * * *
258 TATTGTGGCAAAGAATTGAGGGAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAAATTTTAGTCGAAATC
248 TATTGTGGTAAA-AATTGAGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTG-TAAAATTTTAGCCGAAATC
* * * * *
323 GTGT-C--AC-T----GTTTTTGGCTAAAAAAGCATTCTGGAGCCACGACTCAATTATGCATGAT
311 GTGTACTAACATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCTCGACTCAATTTTGCATGAT
* * * *
380 TTTTGGCGAAAAGACTCCTAGAAATATCTATATTCATC-G-AATT-G---GATTTA-AT---GAT
376 TTTTGGCGCAAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCAGTAATTAGCCACATTTATATAAGGAT
* * * *
435 TTGTTTTTACGAGCATAC-GAATCTTATTTC-ATTTAAATAGAAATTAATTTGGAAAAAAGTGGA
441 TTG-TTTTACGAGCAT-CTGAATCGTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGA
* * *
498 AAAATGATATTAGAAGCATGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTCTG
504 AAAACGATATTAGAAGCATGAAAATCCCATCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTG
*** *
563 AGTATTGTGGCAAAAAATTTTTAAAAAAATTTTCAGATCAGTTTCTAG-TCGAAATCGTGTACGT
569 AGTATTGTGGCAAAAAATTAAAAAAAAAATTTTCAGGTCAGTTT-TAGCT-GAAATCGTGTACGT
*
627 TACGG
632 CACGG
*
632 TTTTTTTGCCTCAAAACACGTTTCGGGGCCCCGACTCTA-TTTTGCATGATTTTTGGCATAAAGA
1 --TTTTTGCCTCAAAACACGTTTCGGGGCCCCGACTC-AGTTTTGCATGATTTTTGGCAAAAAGA
* * * *
696 CTTCTTGAAATATCTATAATCATCTAACTAAATTTCAGCCACATTGGACTTAAGGATTTGTTTTT
63 CTACTTGAAATATCTTTAATCATCTAACTAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTT
* * * * *
761 ACGAGTATCTGAATCTTGTTTCTATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAGGGAAAACGATATT
128 ACGAGCAT-TGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAGGAAAAACAATATT
* * * * * *
826 AGAAGCTTGAAAAACCCTTAAACCTTTTTGGCATTCATTTATATATTTTTT-CAGAGTATTATGG
192 AGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTAC-GAGTATTGTGG
* * *
890 -AAAACATTGAGGAAAAAATATTCAGGTCAGTTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATAGTGTACTAA
256 TAAAA-ATTGAGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAA
*
954 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGTCTCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCG
320 -CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCTCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCG
* *
1019 CAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAAGTAAATTTCAGCCACATTTGATATAAGCATTT
384 CAAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATC--AGT-AA-TT-AGCCACATTT-ATATAAGGATTT
* * * *
1084 GCTTTTACGTGCATCTGAATCGTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAATGTAAAA
443 G-TTTTACGAGCATCTGAATCGTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAA
*
1149 ACGATATTAGAAGCAAGAAAATCCCATCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGT
507 ACGATATTAGAAGCATGAAAATCCCATCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGT
* * * * *
1214 ATCGTGGCAAAAAGTTGAGAAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACCATCA
572 ATTGTGGCAAAAAATT-AAAAAAAAAATTTTCAGGTCAG-TTTTAGCTGAAATCGTGTA-CGTCA
*
1279 AGG
634 CGG
* * * * * * *
1282 TTTTTACC-CAAAAACGCGTTTTGGGACACC-AGCTCAGTCTTGCATGGTTTTTGGCAAAAAGAC
1 TTTTTGCCTC-AAAACACGTTTCGGGGCCCCGA-CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAAAAAGAC
* * *
1345 TCCTTGAAATATATTTAATCATCTAACTAAATCTCAGCAACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTA
64 TACTTGAAATATCTTTAATCATCTAACTAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTA
* *** * *
1410 CGAGCATATGAATCTTACTAATATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATGGAAAAACAATATT
129 CGAGCAT-TGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAA-GGAAAAACAATATT
* * * * * *
1475 CGAAGCGTGAAAATCCCGTCAATATTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTT-CAGAGTATTGTAA
192 AGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTAC-GAGTATTGT-G
* * * * *
1539 CTAAAAATTGAGTAAAAAGTTTTCGGGTC-----------AATTTCCAGCCCAAATCGTGTACTA
255 GTAAAAATTGAGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGTAAAATTT-TAGCCGAAATCGTGTACTA
* * * * * * * * **
1593 ACCATCACGATTTTTTTGCTAAAAACGTGTTTC-AAGGTCTTGACTCAGTTTTGCATGGCTTTTG
319 A-CATCACG-GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGA-GCCTCGACTCAATTTTGCATGATTTTTG
*** * *
1657 GTATAAAGACTCATTGAAATATCTATAATT-AT-A-T-A--A-CCA-A---ATCTCAAGGAATTG
381 GCGCAAAGACTCATTGAAATATCTAT-ATTCATCAGTAATTAGCCACATTTATAT-AAGGATTTG
* * *
1711 TTTCTACGAGCATCTGAAT-GTTATTTCTATTTAATTAG-AATTGAATTCGGAAAAATATGGGAA
444 TTT-TACGAGCATCTGAATCG-TATTTCGATTTAATTAGAAATT-AATTCGGAAAAAAATGGAAA
* * * ** * *
1774 AACGATATTAGAAGCGTGAAAAAT-CCTTCAATTTTTTTGGTTTTGAATTATATATTTTTTTTAA
506 AACGATATTAGAAGCATG-AAAATCCCATCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGA
* * * * * * *
1838 GTATTGTGGCAAAAAATTGAGATAAAACTTGTCAGGTCGGTTTTAGCTGAAATCATGTACGCATC
570 GTATTGTGGCAAAAAATTAAAAAAAAAATTTTCAGGTCAGTTTTAGCTGAAATCGTGTACG--TC
**
1903 ACAA
633 ACGG
* * * * ***
1907 ATTTTGGCTGAAAACGA-GTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACT
1 TTTTTGCCTCAAAAC-ACGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAAAAAGACT
* * * * * * *
1971 AATTGAATTATCTTTATTCATC-ATTCCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTGATTTTA
65 ACTTGAAATATCTTTAATCATCTA-ACTAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTA
* * ** * ** ** *
2035 CGAGCATTGGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAATAAAAAAAATGATATA
129 CGAGCATT-GAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAA-AGGAAAAACAATATT
* * * *
2100 AGAAGAGTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGT
192 AGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGTGG-
* * * *
2165 TAAAAATTGA-GTAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTGT
256 TAAAAATTGAGGAAAAAAT-TTTCGGGTCAGTTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC--T
* * * * * * *
2229 TACATCACGATTTGTGGTTGAAAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTT
318 AACATCACGGTTTTTGGCT---AAAAACGCGTTCCGGAGCCTCGACTCAATTTTGCATGATTTTT
* * * * * * *
2294 GGCGCCAAGACTCATTGAATTATCCT-TATTTATCATTCTAAATCTTAGCCACGTTGGATTTAAG
380 GGCGCAAAGACTCATTGAAATAT-CTATATTCATCA--GT-AA--TTAGCCACATT-TATATAAG
** * * * * ** * **
2358 GATACGATTTTACGACCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAAATCGGAAAAAGTTT
438 GATTTG-TTTTACGAGCATCTGAATCGTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAA-AAT
** * * * *
2423 AAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAA-CCCTTCAATCTTTTTGGCGCTGAATTATATATATT
501 -GGAAAAACGATATTAGAAGCAT-GAAAATCCCATCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATAT-TT
** * * ** ** * *
2487 TGAC-GAGTATTGCGGTCAAAAATTTAGAAAAAATCATTCGTGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGC
563 TTTCTGAGTATTGTGG-CAAAAAATTA-AAAAAAAAATT--T-TC-A--GGT-C--AGTTTTAGC
* * * * *
2551 CGATATCGTATACCATCACGA
617 TGAAATCGTGTA-CGTCACGG
** * * * ***
2572 TTTTTGGTTGAAAACGA-GTTCCGGGGCTCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACT
1 TTTTTGCCTCAAAAC-ACGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAAAAAGACT
* * * * * * * * *
2636 -CATTGAAATATCTATATTTATC-ATCCCAAATCCCAGCCACCTTGGATTAAAGGATTTGATTTT
65 AC-TTGAAATATCTTTAATCATCTA-ACTAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTT
* * * * * ** **
2699 AGGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAA-TCGAAAATTAATTCGGAAAAATAAAAAAAATGATA
128 ACGAGCA-TTGAATCTTATTTCGATTTAATTAG-AAATAAATTCGGAAAAA-AGGAAAAACAATA
* * * * * * ** *
2763 TAAGAAGCGTGCAAAGCACTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTATGGACGAGTATTGCG
190 TTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGTG
* * *
2828 GTCAAAAATTGAGG-ATAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTA-CCGAAATCGTGTAC
255 GT-AAAAATTGAGGAAAAAAT-TTTCGGGTCAGTTTTTGTAAAA-TTTTAGCCGAAATCGTGTAC
* * * * * * * *
2891 TAATCATCACGATTTTTTGCTGAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTCG
317 TAA-CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCTCGACTCAATTTTGCATGATTTTTG
* * * * * * * *
2956 GAGCCAAGACTCATTGAATTATCCT-TATTCATCATTCCAAATCACAGCCACGTTGGATTTAAGG
381 GCGCAAAGACTCATTGAAATAT-CTATATTCATCAGT---AAT--TAGCCACATT-TATATAAGG
* * * *
3020 ATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAA-TCGAAAATTAATTCGGAAAAAAAAT
439 ATTTG-TTTTACGAGCATCTGAATCGTATTTCGATTTAATTAG-AAATTAATTCGG-AAAAAAAT
** * * * * * * * *
3084 TAAAATAATGATATTTGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAGTCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTT
501 GGAAA-AACGATATTAGAAGCATGAAAATCCCATCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTT
* * * * ** * *
3149 TAC-GAGTATTGCAGTC-AATAATT-GAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTATTGCAAAATTTTTG
565 T-CTGAGTATTG-TGGCAAAAAATTAAAAAAAAAAT-TTTCAGGTC----A--G-----TTTTAG
* * *
3211 CCGAAATCGTGTACTAACCATCACGA
616 CTGAAATCGTG---T-A-CGTCACGG
* * * * * *
3237 TTCTTAG-CT-GAAA-ACGTGTTCTGGGGCTCCGACTCGGTTTTGCATGATATTTGGC--CAAGA
1 TT-TTTGCCTCAAAACACGT-TTC-GGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAAAAAGA
* * * * * * * *
3297 CT-CATTCAATTATCTATATTCATC-ATCCAAAATCCCAGCCACCTTGGATTTAAGGATTT-TAT
63 CTAC-TTGAAATATCTTTAATCATCTA-ACTAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGT-T
* * ** * * **
3359 TTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAATA-AAAAAATTT
125 TTTACGAGCA-TTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAA-AGGAAAAA-CA
* * **
3423 ATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATT
187 ATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTACGAGTATT
* * * * * *
3488 GCGGTTAAAAATTGAGG-AAAAATCTTTCGGGTCAATTTTGGCAAAATTTTTGCCGAATTCGTGT
252 GTGG-TAAAAATTGAGGAAAAAAT-TTTCGGGTCAGTTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGT
* * * * * *
3552 AATAACCATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGACTCAATTTTACATGATTGT
315 ACTAA-CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCTCGACTCAATTTTGCATGATTTT
* * * * * *
3617 TGGCGCCAAGACTCATTGAATTATCCT-TAATCATCATTCCAAATCTCAGCCACGTTGGAT-TCA
379 TGGCGCAAAGACTCATTGAAATAT-CTATATTCATCAGT---AAT-T-AGCCACATT-TATAT-A
* * * * * **
3680 AGGATTTGATTTCACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATCTAATCGGAAATTAATTCGG--AAAAA
436 AGGATTTG-TTTTACGAGCATCTGAATCGTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAA
** * * * * * ** *
3743 TTAAAAAATGATATTAGCAGCATGGATAGCCTTTCAATCTTTTTGGCGTTGTATTATATATTTTT
500 TGGAAAAACGATATTAGAAGCATGAAAATCCCATCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTT
** * ** * * *
3808 TAC-GAGTATTGTGGTTAAAAATT-GAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTGCC
565 T-CTGAGTATTGTGGCAAAAAATTAAAAAAAAAAT-TTTCAGGTC-AGTTTT-----A----GCT
*
3871 GAAATCGTGTA--TCACGA
618 GAAATCGTGTACGTCACGG
* * * * * ***
3888 TTTTTGGCTGAAAAAACGCGTTCCAGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGAC
1 TTTTTGCCT--CAAAACACGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAAAAAGAC
* * * * * *
3953 T-CATTGAATTATCTTTATTCATC-ATTCCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTGATTT
64 TAC-TTGAAATATCTTTAATCATCTA-ACTAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTT
* * ** * *
4016 TACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAATA--AAAAAAAATG
127 TACGAGCA-TTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAA-AGGAAAAACAAT-
* * *
4079 ATATAAGAAGAGTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTACGAGTATT
189 AT-T-AGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTACGAGTATT
*
4144 GCGGTTAAAAATTGA
252 GTGG-TAAAAATTGA
Statistics
Matches: 2914, Mismatches: 428, Indels: 343
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
622 21 0.01
623 85 0.03
624 89 0.03
625 248 0.09
626 126 0.04
627 9 0.00
629 1 0.00
630 3 0.00
631 84 0.03
632 6 0.00
633 77 0.03
634 2 0.00
635 21 0.01
636 14 0.00
637 8 0.00
638 55 0.02
639 9 0.00
640 26 0.01
641 67 0.02
642 8 0.00
643 1 0.00
644 3 0.00
646 1 0.00
647 29 0.01
648 259 0.09
649 101 0.03
650 31 0.01
651 14 0.00
652 1 0.00
653 75 0.03
654 26 0.01
655 177 0.06
656 86 0.03
657 7 0.00
658 18 0.01
659 91 0.03
660 30 0.01
661 214 0.07
662 18 0.01
663 391 0.13
664 26 0.01
665 331 0.11
666 24 0.01
667 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (636 bp):
TTTTTGCCTCAAAACACGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAAAAAGACTA
CTTGAAATATCTTTAATCATCTAACTAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACG
AGCATTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAGGAAAAACAATATTAGAA
GCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGTGGTAAAA
ATTGAGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACATCAC
GGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCTCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAGAC
TCATTGAAATATCTATATTCATCAGTAATTAGCCACATTTATATAAGGATTTGTTTTACGAGCAT
CTGAATCGTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGC
ATGAAAATCCCATCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAA
TTAAAAAAAAAATTTTCAGGTCAGTTTTAGCTGAAATCGTGTACGTCACGG
Found at i:3038 original size:331 final size:331
Alignment explanation
Indices: 1899--4158 Score: 3298
Period size: 331 Copynumber: 6.8 Consensus size: 331
1889 ATCATGTACG
* * *
1899 CATCACAAATTTTGGCTGAAAACGAGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGC
1 CATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGC
* *
1964 CAAGACTAATTGAATTATCTTTATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTG
66 CAAGACTCATTGAATTATCCTTATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTG
*
2029 ATTTTACGAGCATTGGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAATAAAAAAAAT
131 ATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAATAAAAAAAAT
* * * *
2094 GATATAAGAAGAGTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTACGAGTAT
196 GATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTAT
*
2159 TGCGGTTAAAAATTGAGTAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGT
261 TGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGT
*
2224 ACTGTTA-
326 AC--TAAC
* *
2231 CATCACGATTTGTGGTTGAAAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
1 CATCACGATTTTTGGCTG---AAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
* * *
2296 CGCCAAGACTCATTGAATTATCCTTATTTATCATTCTAAATCTTAGCCACGTTGGATTTAAGGAT
63 CGCCAAGACTCATTGAATTATCCTTATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGAT
** * *
2361 ACGATTTTACGACCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAAATCGGAAAAAGTTTAAA
128 TTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAA---TAAA
* * * *
2426 AAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGCTGAATTATATATATTTGAC
190 AAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTAC
* * * * * *
2491 GAGTATTGCGGTCAAAAATTTAGAAAAAATCATTCGTGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGATA
255 GAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAA
2556 TC--GTA-T-AC
320 TCGTGTACTAAC
* * *
2564 CATCACGATTTTTGGTTGAAAACGAGTTCCGGGGCTCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGC
1 CATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGC
* * * * * *
2629 CAAGACTCATTGAAATAT-CTATATTTATCATCCCAAATCCCAGCCACCTTGGATTAAAGGATTT
66 CAAGACTCATTGAATTATCCT-TATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTT
* *
2693 GATTTTAGGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGAAAATTAATTCGGAAAAATAAAAAAAA
130 GATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAATAAAAAAAA
* * * * **
2758 TGATATAAGAAGCGTGCAAAGCACTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTATGGACGAGTA
195 TGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTA
* * *
2823 TTGCGGTCAAAAATTGAGGATAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTACCGAAATCGTG
260 TTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTG
*
2888 TACTAAT
325 TACTAAC
* * * *
2895 CATCACGATTTTTTGCTGAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTCGGAGC
1 CATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGC
*
2960 CAAGACTCATTGAATTATCCTTATTCATCATTCCAAATCACAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTG
66 CAAGACTCATTGAATTATCCTTATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTG
* *
3025 ATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGAAAATTAATTCGGAAAAAAAATTAAAAT
131 ATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAATAA--AAAA-
* * *
3090 AATGATATTTGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAGTCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTACGAG
193 AATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAG
* * * *
3155 TATTGCAGTCAATAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTATTGCAAAATTTTTGCCGAAATCG
258 TATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCG
3220 TGTACTAAC
323 TGTACTAAC
* * * * * * *
3229 CATCACGATTCTTAGCTGAAAACGTGTTCTGGGGCTCCGACTCGGTTTTGCATGATATTT-G-GC
1 CATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGC
* * *
3292 CAAGACTCATTCAATTAT-CTATATTCATCA-TCCAAAATCCCAGCCACCTTGGATTTAAGGATT
66 CAAGACTCATTGAATTATCCT-TATTCATCATTCC-AAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATT
*
3355 TTATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAATAAAAAAA
129 TGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAATAAAAAAA
* * *
3420 TTTATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTACGAGT
194 ATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGT
* *
3485 ATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTGGCAAAATTTTTGCCGAATTCGT
259 ATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGT
*
3550 GTAATAAC
324 GTACTAAC
* * * *
3558 CATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGACTCAATTTTACATGATTGTTGGCGC
1 CATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGC
* *
3623 CAAGACTCATTGAATTATCCTTAATCATCATTCCAAATCTCAGCCACGTTGGATTCAAGGATTTG
66 CAAGACTCATTGAATTATCCTTATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTG
* * *
3688 ATTTCACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATCTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAAT-TAAAAAAT
131 ATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAATAAAAAAAAT
* * * * *
3752 GATATTAGCAGCATGGATAGCCTTTCAATCTTTTTGGCGTTGTATTATATATTTTTTACGAGTAT
196 GATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTAT
*
3817 TGTGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAA-TTTTGCCGAAATCGTG-
261 TGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGT
3880 --T---
326 ACTAAC
*
3881 -ATCACGATTTTTGGCTGAAAAAACGCGTTCCAGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
1 CATCACGATTTTTGGCTG--AAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
*
3945 GCCAAGACTCATTGAATTATCTTTATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATT
64 GCCAAGACTCATTGAATTATCCTTATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATT
4010 TGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAATAAAAAAA
129 TGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAAT-AAAAAA
* * * *
4075 AATGATATAAGAAGAGTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTACGAG
193 AATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAG
4140 TATTGCGGTTAAAAATTGA
258 TATTGCGGTTAAAAATTGA
Statistics
Matches: 1731, Mismatches: 171, Indels: 58
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
322 17 0.01
324 158 0.09
326 79 0.05
327 121 0.07
329 195 0.11
330 264 0.15
331 284 0.16
332 134 0.08
333 23 0.01
334 175 0.10
335 156 0.09
336 3 0.00
338 122 0.07
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (331 bp):
CATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGC
CAAGACTCATTGAATTATCCTTATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTG
ATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAATAAAAAAAAT
GATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTAT
TGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGT
ACTAAC
Found at i:3233 original size:665 final size:659
Alignment explanation
Indices: 655--4158 Score: 3466
Period size: 663 Copynumber: 5.4 Consensus size: 659
645 AAACACGTTT
*** * *
655 CGGGGCCCCGACTCTA-TTTTGCATGATTTTTGGCATAAAGACTTC-TTGAAATATCTATAATCA
1 CGGGGCCCCGACTC-AGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGAC-TCATTGAATTATCTATATTCA
* * ** * * * * * *
718 TC-TAACTAAATTTCAGCCACATTGGACTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTT
64 TCAT-CCCAAATCCCAGCCACCTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTT
* ** * *** * * ** * * *
782 CTATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAA-AGGGAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTA
128 CGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAATAAAAAAAATGATATAAGAAGAGTGCAAAGCCCTTC
* * * **
846 AACCTTTTTGGCATTCATTTATATATTTTTT-CAGAGTATTATGG--AAAACATTGAGGAAAAAA
193 AATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTAC-GAGTATTGCGGTTAAAA-ATTGAGG-AAAAA
* * * * * * * * *
908 T-ATTCAGGTCAGTTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATAGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCT
255 TCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAATCATCACGATTTTTTGCT
* * * * * * * *
972 AAAAACGCGTTCCGGAGTCTCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATA
320 GAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGA-TTTTGGCGCCAAGACTCATTGAATTA
* * * * * * * * *
1037 T-CTATATTCATCGAAGT--AAATTTCAGCCACATTTGATATAAGCATTTGCTTTTACGTGCATC
384 TCCT-TATTCATC--ATTCCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATT
* ** * *
1099 TGAATCGTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAATGT-AAAAACGATATTAGAAGC
446 TGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAAAAT-TAAAAAATGATATTAGAAGC
** * * * * *
1163 AAGAAAATCCCATCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTT-CTGAGTATCGTGG-CAAAA
510 GTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTG-ATTATATATTTTTTAC-GAGTATTGCGGTCAAAA
* * *
1226 AGTTGAGAAAAAAAAT-TTTCGGGTCAGTTTTT-----A-----GCTGAAATCGTG--TACCATC
573 A-TTGAG--GAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTATACCATC
* * ** ** * *
1278 AAGGTTTTTACCCAAAAACGCGTTT
635 ACGATTTTTGGCTGAAAACGAGTTC
* * * * * *** * * * * *
1303 TGGGACACC-AGCTCAGTCTTGCATGGTTTTTGGCAAAAAGACTCCTTGAAATATATTTAATCAT
1 CGGGGCCCCGA-CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAATTATCTATATTCAT
* * * * * * * * ** **
1367 C-TAACTAAATCTCAGCAACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATGAATCTTACTAA
65 CAT-CCCAAATCCCAGCCACCTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTC
* ** * * * * * * *
1431 TATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATGGAAAAACAAT-AT-T-CGAAGCGTGAAAATCCCG
129 GATTTAATCGGAAATTAATTCG-GAAAAAT--AAAAAAAATGATATAAGAAGAGTGCAAAGCCCT
* * **** *
1493 TCAATATTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTT-CAGAGTATTGTAACTAAAAATTGAGTAAAAA
191 TCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTAC-GAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAA
* * *
1557 GT-TTTCGGGTCAA--TTT-C--CA-----GCCCAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTTTTG
255 -TCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAATCATCACGA-TTTTTTG
* * * ** * ** * **** *
1611 CTAAAAACGTGTTTCAAGGTCTTGACTCAGTTTTGCATGGCTTTTGGTATAAAGACTCATTGAAA
318 CTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCAT-GATTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAT
*
1676 TAT-CTATAATT-AT-ATAACCAAATCTCA---A----GG-----A--A-TTG-TTTCTACGAGC
382 TATCCT-T-ATTCATCAT-TCCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTGATTT-TACGAGC
* ** * * ** * *** *
1722 ATCTGAATGTTATTTCTATTTAATTAG-AATTGAATTCGGAAAAATATGGGAAAACGATATTAGA
443 ATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATT-AATTCGGAAAAAAATTAAAAAATGATATTAGA
* ** * ** *** *
1786 AGCGTGAAAAATCCTTCAATTTTTTTGGTTTTGAATTATATATTTTTTTTAAGTATTGTGG-CAA
507 AGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTG-ATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTC-A
* * * * *
1850 AAAATTGA-GATAAAA-CTTGTCAGGTC-------G----GTTTTAGCTGAAATCATG--TACGC
570 AAAATTGAGGA-AAAATCTT-TCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTATAC-C
* *
1900 ATCACAAATTTTGGCTGAAAACGAGTTC
632 ATCACGATTTTTGGCTGAAAACGAGTTC
* *
1928 CGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTAATTGAATTATCTTTATTCATC
1 CGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAATTATCTATATTCATC
* * * *
1993 ATTCCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTGGAATCATGTTTCGA
66 ATCCCAAATCCCAGCCACCTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGA
2058 TTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAATAAAAAAAATGATATAAGAAGAGTGCAAAGCCCTTCAAT
131 TTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAATAAAAAAAATGATATAAGAAGAGTGCAAAGCCCTTCAAT
*
2123 CTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGTAAAAATCTTTC
196 CTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTC
** ***
2188 GGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTGTTACATCACGATTTGTGGTTGAAAA
261 GGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAAT-CATCACGATTT-T--TTGCTGA
2253 AAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAATTATC
322 AAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGA-TTTTGGCGCCAAGACTCATTGAATTATC
* * * ** *
2318 CTTATTTATCATTCTAAATCTTAGCCACGTTGGATTTAAGGATACGATTTTACGACCATTTGAAT
386 CTTATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAAT
* **
2383 CATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAAATCGGAAAAAGTTTAAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGG
451 CATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAAAATT--AAAAAATGATATTAGAAGCGTGG
* * * * *
2448 AAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGCTGAATTATATATATTTGACGAGTATTGCGGTCAAAAATTTA
514 AAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTG-ATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTCAAAAATTGA
* * * *
2513 GAAAAAATCATTCGTGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGATATC--GTATACCATCACGATTTT
578 GGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTATACCATCACGATTTT
*
2576 TGGTTGAAAACGAGTTC
643 TGGCTGAAAACGAGTTC
* * *
2593 CGGGGCTCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTTATC
1 CGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAATTATCTATATTCATC
* *
2658 ATCCCAAATCCCAGCCACCTTGGATTAAAGGATTTGATTTTAGGAGCATTTGAATCATGTTTCGA
66 ATCCCAAATCCCAGCCACCTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGA
* * *
2723 TTTAATCGAAAATTAATTCGGAAAAATAAAAAAAATGATATAAGAAGCGTGCAAAGCACTTCAAT
131 TTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAATAAAAAAAATGATATAAGAAGAGTGCAAAGCCCTTCAAT
* * ** * *
2788 CTTTTTGGCGTTGAATTATATATTATGGACGAGTATTGCGGTCAAAAATTGAGGATAAATCTTTC
196 CTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTC
*
2853 GGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTACCGAAATCGTGTACTAATCATCACGATTTTTTGCTGAAAAC
261 GGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAATCATCACGATTTTTTGCTGAAAAC
* *
2918 GCGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTCGGAGCCAAGACTCATTGAATTATCCTTA
326 GCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTT-GGCGCCAAGACTCATTGAATTATCCTTA
*
2983 TTCATCATTCCAAATCACAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATG
390 TTCATCATTCCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATG
* *
3048 TTTCGATTTAATCGAAAATTAATTCGGAAAAAAAATTAAAATAATGATATTTGAAGCGTGGAAAG
455 TTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGG-AAAAAAATTAAAA-AATGATATTAGAAGCGTGGAAAG
* * *
3113 CCCTTCAGTCTTTTTGGCGTTGAGTTATATATTTTTTACGAGTATTGCAGTCAATAATTGAGGAA
518 CCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGA-TTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTCAAAAATTGAGGAA
* * *
3178 AAATCTTTCGGGTCAATTATTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGATTCTTA
582 AAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTA-T-ACCATCACGATTTTTG
*
3243 GCTGAAAACGTGTTC
645 GCTGAAAACGAGTTC
* * * * *
3258 TGGGGCTCCGACTCGGTTTTGCATGATATTT-G-GCCAAGACTCATTCAATTATCTATATTCATC
1 CGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAATTATCTATATTCATC
* *
3321 ATCCAAAATCCCAGCCACCTTGGATTTAAGGATTTTATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGA
66 ATCCCAAATCCCAGCCACCTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGA
* * * * *
3386 TTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAATAAAAAAATTTATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAAT
131 TTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAATAAAAAAAATGATATAAGAAGAGTGCAAAGCCCTTCAAT
**
3451 CTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTC
196 CTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTC
* * * * *
3516 GGGTCAATTTTGGCAAAATTTTTGCCGAATTCGTGTAATAACCATCACGATTTTTGGCTGAAAAC
261 GGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAATCATCACGATTTTTTGCTGAAAAC
* * *
3581 GCGTTCCGGAGCCCCGACTCAATTTTACATGATTGTTGGCGCCAAGACTCATTGAATTATCCTTA
326 GCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATT-TTGGCGCCAAGACTCATTGAATTATCCTTA
* * *
3646 ATCATCATTCCAAATCTCAGCCACGTTGGATTCAAGGATTTGATTTCACGAGCATTTGAATCATG
390 TTCATCATTCCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATG
* * * *
3711 TTTCGATCTAATCGGAAATTAATTCGG--AAAAATTAAAAAATGATATTAGCAGCATGGATAGCC
455 TTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAAAATTAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCC
* * *
3774 TTTCAATCTTTTTGGCGTTGTATTATATATTTTTTACGAGTATTGTGGTTAAAAATTGAGGAAAA
520 CTTCAATCTTTTTGGCGTTG-ATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTCAAAAATTGAGGAAAA
3839 ATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAA-TTTTGCCGAAATCGTG--T---ATCACGATTTTTGGCTG
584 ATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTATACCATCACGATTTTTGGCTG
*
3898 AAAAAACGCGTTC
649 --AAAACGAGTTC
* *
3911 CAGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAATTATCTTTATTCATC
1 CGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAATTATCTATATTCATC
* * *
3976 ATTCCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGA
66 ATCCCAAATCCCAGCCACCTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGA
4041 TTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAATAAAAAAAAATGATATAAGAAGAGTGCAAAGCCCTTCAA
131 TTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAAT-AAAAAAAATGATATAAGAAGAGTGCAAAGCCCTTCAA
4106 TCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGA
195 TCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGA
Statistics
Matches: 2418, Mismatches: 332, Indels: 204
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
622 8 0.00
623 3 0.00
624 28 0.01
625 230 0.10
626 116 0.05
627 9 0.00
628 1 0.00
629 1 0.00
630 1 0.00
634 1 0.00
635 18 0.01
636 9 0.00
637 4 0.00
638 67 0.03
639 4 0.00
640 24 0.01
641 74 0.03
642 4 0.00
645 3 0.00
647 4 0.00
648 128 0.05
649 61 0.03
650 17 0.01
651 21 0.01
652 5 0.00
653 75 0.03
654 8 0.00
655 196 0.08
656 87 0.04
658 16 0.01
659 102 0.04
660 21 0.01
661 262 0.11
662 8 0.00
663 413 0.17
664 16 0.01
665 359 0.15
666 14 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (659 bp):
CGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAATTATCTATATTCATC
ATCCCAAATCCCAGCCACCTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGA
TTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAATAAAAAAAATGATATAAGAAGAGTGCAAAGCCCTTCAAT
CTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTC
GGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAATCATCACGATTTTTTGCTGAAAAC
GCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTGGCGCCAAGACTCATTGAATTATCCTTAT
TCATCATTCCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGT
TTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAAAATTAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCC
TTCAATCTTTTTGGCGTTGATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTCAAAAATTGAGGAAAAAT
CTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTATACCATCACGATTTTTGGCTGAA
AACGAGTTC
Done.