Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01017587.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig17620, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3688
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.18, T:0.35
Found at i:685 original size:335 final size:331
Alignment explanation
Indices: 1--2278 Score: 3099
Period size: 335 Copynumber: 6.9 Consensus size: 331
* * * *
1 AAATTTTTGTCGAAATCGTGTACT-AACAATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGACCC
1 AAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAAAC-ATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTTCGGGGCCC
* * *
65 CGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAATTTTCCT-TATTCATCATTCCAA
65 CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC-CAAAGACTCATTGAATTAT-CTATATTCATCATTCCAA
129 ATCTCAACCACGTTGGATAAAGGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATC
128 ATCTCAACCACGTTGGATAAA-GGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATC
**
194 GGAAATTAATTCGG-AAAAATTTTAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTT
192 GGAAATTAATTCGGAAAAAATTAAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTT
*
258 TGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGCGGTTAAAAATTGGGGAAAAA-CATTTCGGGT
257 TGGCATTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGGGGAAAAATC-TTTCGGGT
322 CAATTTTTGCA
321 CAATTTTTGCA
* * * * * *
333 AAATTTTTGCCGAAATCGTGAACTAAACGTCACGATTCTTGGATGAAAACGAGTTTCGGGGCGCT
1 AAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAAACATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTTCGGGGCCCC
* * *
398 GTCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCCAAAAGATTCATTGAATTATCTATATTCATCA-TCACAAT
66 GGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCC-AAAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATTC-CAAA
* * * *
462 TCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTTAATCATGTTTCGATTTAATCG
129 TCTCAACCACGTTGGA-TAAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCG
*
527 GAAATTAATTCGCAAAAAATTAAAAAAACAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTT
193 GAAATTAATTCGGAAAAAATT-AAAAAA-AATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTT
* * * * * *
592 TTGGCGTTGAAATATATATTTTTTACGAATATTGCGATCAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGT
256 TTGGCATTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGGGGAAAAATCTTTCGGGT
657 CAATTTTTGCA
321 CAATTTTTGCA
668 AAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAAACATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTTCGGGGCCCC
1 AAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAAACATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTTCGGGGCCCC
* *
733 GGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCCAAAAGACACATTGAATTATCTATATTCATCA-TCCTAAT
66 GGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCC-AAAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATTCC-AAA
* * * *
797 TCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGACA-CATGTTTTGATTTAATC
129 TCTCAACCACGTTGGA-TAAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGA-ATCATGTTTCGATTTAATC
* *
861 GGAAATTAATTCGCAAAAAATTAAAAAAACAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATATT
192 GGAAATTAATTCGGAAAAAATT-AAAAAA-AATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTT
* * * * *
926 TTTGGCGTTGAATTATATATTTTTCACGAGTATTGCGATCAAAAATTAGGGAAAAATCTTTCGGG
255 TTTGGCATTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGGGGAAAAATCTTTCGGG
*
991 TTAATTTTTGCA
320 TCAATTTTTGCA
* * * *
1003 AAATTTTTGTCGAAATCGTGTACT-AACAATCACGATTTTTGGCTGAAAACGTGTTCCGGGGCCC
1 AAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAAAC-ATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTTCGGGGCCC
* *
1067 CGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAATTATCCT-TATTCATCATTCCAA
65 CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC-CAAAGACTCATTGAATTAT-CTATATTCATCATTCCAA
* *
1131 ATCTCAACCACGTTGGATAAAGGGAATTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTGTCGATTTAATC
128 ATCTCAACCACGTTGGATAAA-GGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATC
* * **
1196 GGAAATTAATTCGGAAAAAATTTAAAAAAATGATATTAGAATCGAAGAAAG-----C---C----
192 GGAAATTAATTCGGAAAAAATTAAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTT
1249 ---C-TTGAATTATATA-TTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGGGGAAAAATCTTTCGGGTC
257 TGGCATTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGGGGAAAAATCTTTCGGGTC
1309 AATTTTTGCA
322 AATTTTTGCA
* * **
1319 AAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAAACATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGTCCTT
1 AAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAAACATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTTCGGGGCCCC
* *
1384 GGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAATTATCCT-TATTCATCATTCCAAA
66 GGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC-CAAAGACTCATTGAATTAT-CTATATTCATCATTCCAAA
*
1448 TCTCAACCACGTTGGATAATAGGATTTTATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCG
129 TCTCAACCACGTTGGATAA-AGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCG
* *
1513 GAAATTAACTCGGAAACAATTAAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTT
193 GAAATTAATTCGGAAAAAATTAAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTT
1578 -GCTATTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGGGGAAAAATCTTTCGGG--
258 GGC-ATTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGGGGAAAAATCTTTCGGGTC
1640 ------T-C-
322 AATTTTTGCA
* * * * *
1642 -AATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAAACACCACGATTCTTGGATGAAAACGCGTTTTGGGACCCT
1 AAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAAACATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTTCGGGGCCCC
* * *
1706 GACTCAGTTTTGCACGATTTTTGGCCCAACGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATTCCAAAT
66 GGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGG-CCAAAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATTCCAAAT
1771 CTCAACCACGTTGGATAAAGGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGG
130 CTCAACCACGTTGGATAAA-GGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGG
*
1836 AATTTAATTCGGAAAAAATT-AAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTTG
194 AAATTAATTCGGAAAAAATTAAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTTG
* *
1900 GCATTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATGGGGGAAAAACCTTTCGGGTCAA
259 GCATTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGGGGAAAAATCTTTCGGGTCAA
1965 TTTTTGCA
324 TTTTTGCA
*
1973 AAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAAACATCACGATTCTTGGATGAAAACGCGTTTCGGGG-CCC
1 AAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAAACATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTTCGGGGCCCC
* ** * *
2037 GGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCCAAAAGGTTCATTGAATTATCTATATTCATCATCCCAATT
66 GGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCC-AAAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATTCCAAAT
* * * * *
2102 CTCAGCCACCTTGGATATAAGGATTTGATTTTACGAGAATTTAAAATCATGTTTCAATTTAATCG
130 CTCAACCACGTTGGATA-AAGGATTTGATTTTACGAGCATTT-GAATCATGTTTCGATTTAATCG
* *** * *
2167 AAAATTAATTCGGAAATTTTTTTTAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTT
193 GAAATTAATTCGGAAA--AAATTAAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTT
* * * * * *
2232 TTGGCGTTGAATTATTTATTATTTACTAGTATTACGGTTAAGAATTG
256 TTGGCATTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTG
2279 CCGAAATCGT
Statistics
Matches: 1754, Mismatches: 135, Indels: 111
0.88 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
316 275 0.16
317 16 0.01
318 1 0.00
321 104 0.06
322 194 0.11
323 1 0.00
324 2 0.00
325 1 0.00
328 1 0.00
329 1 0.00
330 4 0.00
331 97 0.06
332 275 0.16
333 78 0.04
334 19 0.01
335 677 0.39
336 8 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (331 bp):
AAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAAACATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTTCGGGGCCCC
GGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCCAAAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATTCCAAATC
TCAACCACGTTGGATAAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAA
ATTAATTCGGAAAAAATTAAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGC
ATTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGGGGAAAAATCTTTCGGGTCAATT
TTTGCA
Found at i:3326 original size:332 final size:328
Alignment explanation
Indices: 2276--3688 Score: 1981
Period size: 332 Copynumber: 4.3 Consensus size: 328
2266 CGGTTAAGAA
* * *
2276 TTGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTCGTCTGAAAACGCGTTCCGAGGCCCCGACGT-
1 TTGCCGAAATCGTGTACTAAACATCACGATTTTCGTCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGC-TC
*
2340 AGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAATTATCCTTATTCATCATTCTAAATCTCAG
65 AGTTTTGCATGATTTTT---GCCAAGACTCATTGAATTATCCTTATTCATCATTCCAAATCTCAG
*
2405 CCACGTTGGATAAAGGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATT
127 CCACGTTGGATAAAGGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATTTTTCGATTTAATCGGAAATT
* *
2470 AATTCGG--AAAAATT-AAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTACCATCTTTTTGGCATTA
192 AATTCGGAAAAAAATTAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTA
* * *
2532 AATTATATATTTTTTGCGAGTATTGCGGTTAAAATTGGGGAAAAATCTTTCGGG--------T-C
257 AATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGATAAAAATTGGGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGC
2588 --AATTT
322 AAAATTT
*
2593 TTGCCGAAATCGTGTACTAATCATCACGATTTTCGTCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCA
1 TTGCCGAAATCGTGTACTAAACATCACGATTTTCGTCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCA
* *
2658 GGTTTGCATGATTTTTGGTGCCAAGACTCATTGAATTATCCTTATTCATCTTTCCAAATCTCAGC
66 GTTTTGCATGA-TTTT--TGCCAAGACTCATTGAATTATCCTTATTCATCATTCCAAATCTCAGC
2723 CACGTTGGATAAAGGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATTTTTCGATTTAATCGGAAATTA
128 CACGTTGGATAAAGGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATTTTTCGATTTAATCGGAAATTA
*
2788 ATTCGGAAAAAAATTAAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTT
193 ATTCGGAAAAAAATT--AAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATT
* *
2853 GAAA-TATATATTTTTTACGGGTATTGTGATCAAAAATTGGGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTT
256 -AAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGAT-AAAAATTGGGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTT
2917 TGCAAAATTT
319 TGCAAAATTT
* ** * *
2927 TTGCCGAAATCGTGTACTAAACATCACAATTCTT-GGATGAAAACGCGTTTCGGGGCGCCGGCTC
1 TTGCCGAAATCGTGTACTAAACATCACGATT-TTCGTCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTC
* * * *
2991 AGTTTTGCATGATGTTTTGCCAAAAGACTCATTGAACTAT-CTATATTCAACATCCCAATTCTCA
65 AGTTTTGCATGAT-TTTTGCC--AAGACTCATTGAATTATCCT-TATTCATCATTCCAAATCTCA
* * * *
3055 G-CACCCTTGGATTTAA-GGATTTGATTTTACGAGCATTTTAATCATTTTTCGATTTAATCGAAA
126 GCCA-CGTTGGA-TAAAGGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATTTTTCGATTTAATCGGAA
* *
3118 ATTAATTCGG-AAAAAATTAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGATAGCCCTTCAATCTTTTTGGCG
189 ATTAATTCGGAAAAAAATTAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCA
*
3182 TTGAAA-TATATATTTTTTACGGGTATTGCGATCAAAAAGTTGGGGAAAAATCTTTCGGGTCAAT
254 TT-AAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGAT-AAAAA-TTGGGGAAAAATCTTTCGGGTCAAT
*
3246 TTTTACAAAATTT
316 TTTTGCAAAATTT
* *
3259 TTGCCGAAATCGTGTACTAAACATCACGATTCTT-GGCTGAAAACGGGTTCCGGGGCCCCGGCTC
1 TTGCCGAAATCGTGTACTAAACATCACGATT-TTCGTCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTC
*
3323 AGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCATTGAATTATCCTTATTCATCATTCCAAATCTCAG
65 AGTTTTGCATGA-TTTT--TGCCAAGACTCATTGAATTATCCTTATTCATCATTCCAAATCTCAG
*
3388 CCACGTTGGATAAAGGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCATTTTTCGATTTAATCGGAAATT
127 CCACGTTGGATAAAGGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATTTTTCGATTTAATCGGAAATT
*
3453 AATTCGGAAAAAAATTTAAAAATTGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATT
192 AATTCGGAAAAAAA-TTAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATT
* * * * * * *
3518 AAATTATATATTTTTTGCGAGTATTGCGGTTAAAATTGGGGAAAAAACTTCCGAGTCAATTTTGG
256 AAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGATAAAAATTGGGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTG
3583 CAAAATTT
321 CAAAATTT
*
3591 TTGCCGAAATCGTGTACTAATCATCACGATTTTCGTCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGGCTC
1 TTGCCGAAATCGTGTACTAAACATCACGATTTTCGTCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCC-GGCTC
3656 AGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATT
65 AGTTTTGCATGATTTTT---GCCAAGACTCATT
Statistics
Matches: 987, Mismatches: 65, Indels: 72
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
316 1 0.00
317 184 0.19
318 4 0.00
319 7 0.01
320 1 0.00
322 66 0.07
323 27 0.03
330 1 0.00
331 88 0.09
332 300 0.30
333 60 0.06
334 243 0.25
335 5 0.01
ACGTcount: A:0.29, C:0.17, G:0.19, T:0.34
Consensus pattern (328 bp):
TTGCCGAAATCGTGTACTAAACATCACGATTTTCGTCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCA
GTTTTGCATGATTTTTGCCAAGACTCATTGAATTATCCTTATTCATCATTCCAAATCTCAGCCAC
GTTGGATAAAGGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATTTTTCGATTTAATCGGAAATTAATT
CGGAAAAAAATTAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTAAATT
ATATATTTTTTACGAGTATTGCGATAAAAATTGGGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAA
TTT
Done.