Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01017633.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig17666, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8165
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.17, T:0.35
Found at i:291 original size:130 final size:127
Alignment explanation
Indices: 2--260 Score: 374
Period size: 130 Copynumber: 2.0 Consensus size: 127
1 T
* *
2 TACTCAACTAAAAACTCTATTTTTATTTAATTAAATATAATATCCTTATAACTATTTAATTTTTA
1 TACTCAACTAAAAACTCTAGTTTTATTTAATTAAATATAATATCCTTAAAACTATTTAATTTTTA
* * * *
67 CCATTTTACTATTTTAATTAAAAAATTATATATATTAGAATTTTTCAAATATATTTTTATAG
66 CCAATTTACTAATTTAATTAAAAAATTATATATATTAGAATTTTTAAAATATATTTTTAAAG
* * *
129 TTTTACTCAACTAAAAACTCTATTTTTATTTAATTAAATCTAATATCCTTAAAACTATTTTATTT
1 ---TACTCAACTAAAAACTCTAGTTTTATTTAATTAAATATAATATCCTTAAAACTATTTAATTT
*
194 TTATCAATTTACTAATTTAATTAAAAAAACTTATATATATTAGAATTTTTAAAATATATTTCTTA
63 TTACCAATTTACTAATTTAATT-AAAAAA-TTATATATATTAGAATTTTTAAAATATATTT-TTA
259 AA
125 AA
261 CGACATTGTT
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 8, Indels: 3
0.91 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
130 78 0.66
131 6 0.05
132 30 0.25
133 4 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.01, T:0.48
Consensus pattern (127 bp):
TACTCAACTAAAAACTCTAGTTTTATTTAATTAAATATAATATCCTTAAAACTATTTAATTTTTA
CCAATTTACTAATTTAATTAAAAAATTATATATATTAGAATTTTTAAAATATATTTTTAAAG
Found at i:452 original size:20 final size:22
Alignment explanation
Indices: 424--463 Score: 57
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
414 TAATATAAAC
*
424 TAATTTAAAC-AA-AAAAATTA
1 TAATATAAACTAACAAAAATTA
444 TAATATAAACTAACAAAAAT
1 TAATATAAACTAACAAAAAT
464 CTTATTATCA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 2
0.85 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
20 9 0.53
21 2 0.12
22 6 0.35
ACGTcount: A:0.65, C:0.07, G:0.00, T:0.28
Consensus pattern (22 bp):
TAATATAAACTAACAAAAATTA
Found at i:7114 original size:129 final size:132
Alignment explanation
Indices: 6912--7174 Score: 442
Period size: 129 Copynumber: 2.0 Consensus size: 132
6902 TTGTTTAGAC
*
6912 TTTTATAGTTTTACTCAACTAAAAACTCTATTTTTATTTAATTAAATATAATATCCTTATAACTA
1 TTTTATAGTTTTACTCAACTAAAAACTCTATTTTTATTTAATTAAATATAATATCCTTACAACTA
* * *
6977 TTTAATTTTTACCATTTTACTATTTTAATT-AAAAAA-TTATATATATTAGAATTTTTCAAATAT
66 TTTAATTTTTACCAATTTACTAATTTAATTAAAAAAACTTATATATATTAGAATTTTTAAAATAT
7040 AT
131 AT
*
7042 TTTTATAGTTTTACTCAACTAAAAACTCTA-TTTTATTTAATTAAATCTAATATCCTTACAACTA
1 TTTTATAGTTTTACTCAACTAAAAACTCTATTTTTATTTAATTAAATATAATATCCTTACAACTA
* *
7106 TTTTATTTTTATCAATTTACTAATTTAATTAAAAAAACTTATATATATTAGAATTTTTAAAATAT
66 TTTAATTTTTACCAATTTACTAATTTAATTAAAAAAACTTATATATATTAGAATTTTTAAAATAT
7171 AT
131 AT
7173 TT
1 TT
7175 CTTAAACGAC
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 7, Indels: 3
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
129 58 0.47
130 36 0.29
131 30 0.24
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.02, T:0.49
Consensus pattern (132 bp):
TTTTATAGTTTTACTCAACTAAAAACTCTATTTTTATTTAATTAAATATAATATCCTTACAACTA
TTTAATTTTTACCAATTTACTAATTTAATTAAAAAAACTTATATATATTAGAATTTTTAAAATAT
AT
Found at i:7371 original size:20 final size:22
Alignment explanation
Indices: 7343--7382 Score: 57
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
7333 TAATATAAAC
*
7343 TAATTTAAAC-AA-AAAAATTA
1 TAATATAAACTAACAAAAATTA
7363 TAATATAAACTAACAAAAAT
1 TAATATAAACTAACAAAAAT
7383 CTTATTATCA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 2
0.85 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
20 9 0.53
21 2 0.12
22 6 0.35
ACGTcount: A:0.65, C:0.07, G:0.00, T:0.28
Consensus pattern (22 bp):
TAATATAAACTAACAAAAATTA
Found at i:8138 original size:134 final size:123
Alignment explanation
Indices: 7915--8162 Score: 361
Period size: 134 Copynumber: 1.9 Consensus size: 123
7905 TGTTTAAACT
*
7915 TTTTATAGTTTTACTCAACTAAAAACTCTAATTTTATTTAATTAAATCTAATATCTTTATGATTT
1 TTTTACAGTTTTACTCAACTAAAAACTCTAATTTTATTTAATTAAATCTAATATCTTTATGATTT
7980 TTACCATTTTACTATTTTAATTAAAAAACTTATATATATTAGAATTTTTTAAATATAC
66 TTACCATTTTACTATTTTAATTAAAAAACTTATATATATTAGAATTTTTTAAATATAC
*
8038 TTTTACAGTTTTACTCAACTAAAAATCTCTATTTTTAATTTAATTAAATCTAATATCCTTATACC
1 TTTTACAGTTTTACTCAACTAAAAA-CTCTAATTTT-ATTTAATTAAATCTAATAT-C-T-T---
* *
8103 TATTTTATTTTTACCATTTTATCTATTTTATTTAAAAAACTTATATATATTAGAATTTTT
58 TA--TGATTTTTACCATTTTA-CTATTTTAATTAAAAAACTTATATATATTAGAATTTTT
8163 AAA
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 4, Indels: 11
0.88 0.03 0.09
Matches are distributed among these distances:
123 24 0.22
124 9 0.08
125 19 0.17
126 1 0.01
127 1 0.01
128 1 0.01
131 2 0.02
133 16 0.15
134 37 0.34
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.02, T:0.51
Consensus pattern (123 bp):
TTTTACAGTTTTACTCAACTAAAAACTCTAATTTTATTTAATTAAATCTAATATCTTTATGATTT
TTACCATTTTACTATTTTAATTAAAAAACTTATATATATTAGAATTTTTTAAATATAC
Done.