Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01001765.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig01765, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 834
Length: 1391
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.12, T:0.41
Found at i:50 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 8--49 Score: 61
Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
1 TTTTATA
8 TTTTCTATTTTCAGTTTTTT
1 TTTTCTATTTTCAGTTTTTT
*
28 TTTTCTTTTTTC--TTTTTT
1 TTTTCTATTTTCAGTTTTTT
46 TTTT
1 TTTT
50 TACAAATTTG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
18 10 0.48
20 11 0.52
ACGTcount: A:0.05, C:0.10, G:0.02, T:0.83
Consensus pattern (20 bp):
TTTTCTATTTTCAGTTTTTT
Found at i:742 original size:105 final size:105
Alignment explanation
Indices: 567--858 Score: 363
Period size: 107 Copynumber: 2.8 Consensus size: 105
557 TTTTTCTAAT
* ** * *
567 CCTTAAAATAAAATTTTAATTTTAATTTGGGTTAAACTTAGTG-AATTAGTTATATATTTTATTT
1 CCTTAAAATAAAAATAAAATTTTAATTTGGGATAAACTTAGTGAAATTAGTTTTATATTTTATTT
*
631 CTAAAACCCTATAACAAT-ATTATTAATTATGGAATTTAC
66 CTAAAACCCTATAACAATAATTATTAATTATGAAATTTAC
* *
670 CCTTAAAATAAAAATAAAATTTTAATTTGAGGCTAAACTTAGTGAAATTAGTTTTGTATTTTATT
1 CCTTAAAATAAAAATAAAATTTTAATTTG-GGATAAACTTAGTGAAATTAGTTTTATATTTTATT
*
735 TCTAAAACCCTATAACAATAAATTATTAATTTTGAAATTTAC
65 TCTAAAACCCTATAACAAT-AATTATTAATTATGAAATTTAC
* * ** * * * *
777 CCTTAAATTAAATATAATTTTTTAGTTTGGGGATAATCTGAGTGAAATTAATTTTATATATTTTA
1 CCTTAAAATAAAAATAAAATTTTAATTT-GGGATAAACTTAGTGAAATT-AGTTT-TATATTTTA
*
842 TTTCTAAAACTCTATAA
63 TTTCTAAAACCCTATAA
859 TAAAAAACCT
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 19, Indels: 8
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
103 26 0.16
104 13 0.08
105 37 0.23
107 58 0.36
108 5 0.03
109 24 0.15
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (105 bp):
CCTTAAAATAAAAATAAAATTTTAATTTGGGATAAACTTAGTGAAATTAGTTTTATATTTTATTT
CTAAAACCCTATAACAATAATTATTAATTATGAAATTTAC
Found at i:883 original size:109 final size:107
Alignment explanation
Indices: 567--893 Score: 324
Period size: 107 Copynumber: 3.1 Consensus size: 107
557 TTTTTCTAAT
* ** * * *
567 CCTTAAAATAAAATTTTAATTTTAATTTG-GGTTAAACTTAGTG-AATTAGTTATATATTTTATT
1 CCTTAAAATAAAAATAAAATTTTAATTTGAGGATAAACTGAGTGAAATTAGTTTTATATTTTATT
* * * **
630 TCTAAAACCCTATAAC--AATATTATTAATTATGGAATTTAC
66 TCTAAAACCCTATAACAAAAAACTATTAATTTTCAAATTTAC
* * *
670 CCTTAAAATAAAAATAAAATTTTAATTTGAGGCTAAACTTAGTGAAATTAGTTTTGTATTTTATT
1 CCTTAAAATAAAAATAAAATTTTAATTTGAGGATAAACTGAGTGAAATTAGTTTTATATTTTATT
* * *
735 TCTAAAACCCTATAACAATAAATTATTAATTTTGAAATTTAC
66 TCTAAAACCCTATAACAAAAAACTATTAATTTTCAAATTTAC
* * ** * * * *
777 CCTTAAATTAAATATAATTTTTTAGTTTGGGGATAATCTGAGTGAAATTAATTTTATATATTTTA
1 CCTTAAAATAAAAATAAAATTTTAATTTGAGGATAAACTGAGTGAAATT-AGTTT-TATATTTTA
* *
842 TTTCTAAAACTCTATAATAAAAAACCT-TTAA-TTTCATAATTTAC
64 TTTCTAAAACCCTATAACAAAAAA-CTATTAATTTTCA-AATTTAC
*
886 TCTTAAAA
1 CCTTAAAA
894 GTTAAATTTC
Statistics
Matches: 188, Mismatches: 28, Indels: 10
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
103 26 0.14
104 13 0.07
105 34 0.18
107 60 0.32
108 8 0.04
109 46 0.24
110 1 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.07, T:0.43
Consensus pattern (107 bp):
CCTTAAAATAAAAATAAAATTTTAATTTGAGGATAAACTGAGTGAAATTAGTTTTATATTTTATT
TCTAAAACCCTATAACAAAAAACTATTAATTTTCAAATTTAC
Done.