Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01017685.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig17718, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 12102
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.16, T:0.31
Found at i:346 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 304--374 Score: 142
Period size: 33 Copynumber: 2.2 Consensus size: 33
294 CGTTGAAAAA
304 TATTACTAAATCTTTATAATTTGTAGAAAACAT
1 TATTACTAAATCTTTATAATTTGTAGAAAACAT
337 TATTACTAAATCTTTATAATTTGTAGAAAACAT
1 TATTACTAAATCTTTATAATTTGTAGAAAACAT
370 TATTA
1 TATTA
375 TATCTTTTTA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
33 38 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.06, T:0.44
Consensus pattern (33 bp):
TATTACTAAATCTTTATAATTTGTAGAAAACAT
Found at i:750 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 729--759 Score: 53
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
719 TCAAGTTGTA
*
729 TAGTAATCTTATTAAT
1 TAGTAACCTTATTAAT
745 TAGTAACCTTATTAA
1 TAGTAACCTTATTAA
760 CTGAGCTTTT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 14 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.06, T:0.45
Consensus pattern (16 bp):
TAGTAACCTTATTAAT
Found at i:1184 original size:199 final size:199
Alignment explanation
Indices: 768--1878 Score: 1561
Period size: 199 Copynumber: 5.5 Consensus size: 199
758 AACTGAGCTT
* *
768 TTTCATAATTAATTAAATATTAAATATTAACACATATTCCCTAAGGCGACACATGTCAACCCTTA
1 TTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGG-GACACATGTCAACCCTTA
* ** * * * * *
833 CACATCGCCCGTGCAGTCTGCTAAACTCTACTGACGGTGTATTCTATAATTTTTCTTATA-TGAT
65 AACCCCACACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTAACGGTGTATTCTATAATTTTTCTTATAGGGAT
* * *
897 TATTATACAATACATTGTAAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAACGGGTTAA-AAGGTTGACACAT
130 TATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAA-GTTGACACAT
961 A-CCCA
194 ACCCCA
* *
966 TTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGAGACATATGCCAACCCTTA
1 TTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGG-GACACATGTCAACCCTTA
* * *
1031 AACCCCACACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTATATAATCTTTCTTATAGGGAT
65 AACCCCACACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTAACGGTGTATTCTATAATTTTTCTTATAGGGAT
* * *
1096 TATTATGCAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGTGGGTTAAGAGGTTGACACATA
130 TATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACATA
1161 -CCCA
195 CCCCA
*
1165 TTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATTAAGACATATTCGCTAAGGGGACACATGTCAACC
1 TTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAA-T---ACATATTCCCTAA-GGGACACATGTCAACC
* *
1230 CATAAACCCCACACGTGCAGTCTGCTAAGA-TCCACTAACGGTGTATTGTATAATTTTTCTTATA
61 CTTAAACCCCACACGTGCAGTCTGCTAA-ACTCCACTAACGGTGTATTCTATAATTTTTCTTATA
* * *
1294 GGGATTATTATACAATACACTGTCGGTGTAAATTTTGGACTCTATAAGCGGGTT-AGAAAGTTGC
125 GGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAG-AAGTTGA
1358 CACATACCCCA
189 CACATACCCCA
* *
1369 TTTCATAATTAATTAAATATATTTAATATCAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTTAACCCT
1 TTTCATAATTAATT-AA-ATATTTAATATTAATACATATTCCCTAA-GGGACACATGTCAACCCT
* * * * *
1434 TAAACCCCGCACATGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTGTGTATTCTATAATTTTTCTTATA-GT
63 TAAACCCCACACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTAACGGTGTATTCTATAATTTTTCTTATAGGG
*
1498 AATATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACA
128 ATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACA
1563 TACCCCA
193 TACCCCA
* * *
1570 TTTCATAATCAATTCAATATTTGATATTAATACATATTCCCTAATGGGACACATGTCAACCCTTA
1 TTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAA-GGGACACATGTCAACCCTTA
* * *
1635 AACCCCACACGTGCATTCTGCTAAACTCCACTAATGGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGGGAT
65 AACCCCACACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTAACGGTGTATTCTATAATTTTTCTTATAGGGAT
* * ** *
1700 TATTATACAATATACTGTCAGTGTAAAATTTGGACTCCATAAGTTGGTTAAGAAATTGACACATA
130 TATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACATA
1765 CCCCA
195 CCCCA
* * *
1770 TTTCATAATAAATTAGATTATTTAATATTGATACATATTCCCTAATGGGACACATGTCAACCCTT
1 TTTCATAATTAATTA-AATATTTAATATTAATACATATTCCCTAA-GGGACACATGTCAACCCTT
* * *
1835 AAACCTCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTAACTGTGTATT
64 AAACCCCACACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTAACGGTGTATT
1879 GATACATAGA
Statistics
Matches: 820, Mismatches: 77, Indels: 29
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
198 112 0.14
199 192 0.23
200 83 0.10
201 165 0.20
202 88 0.11
203 143 0.17
204 21 0.03
205 3 0.00
206 13 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.20, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (199 bp):
TTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGACACATGTCAACCCTTAA
ACCCCACACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTAACGGTGTATTCTATAATTTTTCTTATAGGGATT
ATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACATAC
CCCA
Found at i:1734 original size:401 final size:400
Alignment explanation
Indices: 768--1878 Score: 1619
Period size: 401 Copynumber: 2.8 Consensus size: 400
758 AACTGAGCTT
* *
768 TTTCATAATTAATTAAATATTAAATATTAACACATATTCCCTAAGGCGACACATGTCAACCCTTA
1 TTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGG-GACACATGTCAACCCTTA
* ** * * * * * *
833 CACATCGCCCGTGCAGTCTGCTAAACTCTACTGACGGTGTATTCTATAATTTTTCTTATA-TGAT
65 AACCCCACACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTAACGGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGGGAT
* * *
897 TATTATACAATACATTGTAAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAACGGGTTA-AAAGGTTGACACAT
130 TATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAGAAA-GTTGACACAT
* * *
961 A-CCCATTTCATAATTAATT-AA-ATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGAGACATATGCC
194 ACCCCATTTCATAATTAATTAAATATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTC
* *
1023 AACCCTTAAACCCCACACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTATATAATCTTTCTT
259 AACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTGTGTATTATATAATCTTTCTT
* * * *
1088 ATAGGGATTATTATGCAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGTGGGTTAAGAGGTT
324 ATAGGGAATATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTT
1153 GACACATACCCA
389 GACACATACCCA
*
1165 TTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATTAAGACATATTCGCTAAGGGGACACATGTCAACC
1 TTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAA-T---ACATATTCCCTAA-GGGACACATGTCAACC
*
1230 CATAAACCCCACACGTGCAGTCTGCTAAGA-TCCACTAACGGTGTATTGTATAATTTTTCTTATA
61 CTTAAACCCCACACGTGCAGTCTGCTAA-ACTCCACTAACGGTGTATTGTATAATTTTTCTTATA
* * *
1294 GGGATTATTATACAATACACTGTCGGTGTAAATTTTGGACTCTATAAGCGGGTTAGAAAGTTGCC
125 GGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAGAAAGTTGAC
*
1359 ACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATATATTTAATATCAATACATATTCCCTAAGGGGACACA
190 ACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACA
* * * *
1424 TGTTAACCCTTAAACCCCGCACATGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTGTGTATTCTATAATTTT
255 TGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTGTGTATTATATAATCTT
*
1489 TCTTATA-GTAATATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGA
320 TCTTATAGGGAATATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGA
1553 AGTTGACACATACCCCA
385 AGTTGACACATA-CCCA
* * *
1570 TTTCATAATCAATTCAATATTTGATATTAATACATATTCCCTAATGGGACACATGTCAACCCTTA
1 TTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAA-GGGACACATGTCAACCCTTA
* *
1635 AACCCCACACGTGCATTCTGCTAAACTCCACTAATGGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGGGAT
65 AACCCCACACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTAACGGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGGGAT
* * **
1700 TATTATACAATATACTGTCAGTGTAAAATTTGGACTCCATAAGTTGGTTAAGAAA-TTGACACAT
130 TATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTT-AGAAAGTTGACACAT
* * * *
1764 ACCCCATTTCATAATAAATTAGAT-TATTTAATATTGATACATATTCCCTAATGGGACACATGTC
194 ACCCCATTTCATAATTAATTAAATATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTC
* *
1828 AACCCTTAAACCTCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTAACTGTGTATT
259 AACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTGTGTATT
1879 GATACATAGA
Statistics
Matches: 642, Mismatches: 58, Indels: 25
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
397 29 0.05
400 85 0.13
401 244 0.38
402 66 0.10
403 21 0.03
404 67 0.10
405 130 0.20
ACGTcount: A:0.33, C:0.20, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (400 bp):
TTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGACACATGTCAACCCTTAA
ACCCCACACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTAACGGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGGGATT
ATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAGAAAGTTGACACATAC
CCCATTTCATAATTAATTAAATATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAA
CCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTGTGTATTATATAATCTTTCTTAT
AGGGAATATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGA
CACATACCCA
Found at i:2046 original size:12 final size:13
Alignment explanation
Indices: 2031--2059 Score: 51
Period size: 12 Copynumber: 2.3 Consensus size: 13
2021 TGAAAACGAA
2031 AGAAGAAGAAG-G
1 AGAAGAAGAAGAG
2043 AGAAGAAGAAGAG
1 AGAAGAAGAAGAG
2056 AGAA
1 AGAA
2060 ACCAAACTTA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
12 11 0.69
13 5 0.31
ACGTcount: A:0.62, C:0.00, G:0.38, T:0.00
Consensus pattern (13 bp):
AGAAGAAGAAGAG
Found at i:5139 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 5104--5171 Score: 127
Period size: 31 Copynumber: 2.2 Consensus size: 31
5094 CGATGGACCC
5104 ATGGACATTGGCTCAATGGGTTAAGTTCATA
1 ATGGACATTGGCTCAATGGGTTAAGTTCATA
*
5135 ATGGACATTGGCTCAATGGGTTAGGTTCATA
1 ATGGACATTGGCTCAATGGGTTAAGTTCATA
5166 ATGGAC
1 ATGGAC
5172 CCATGTCGAA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 36 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.13, G:0.28, T:0.31
Consensus pattern (31 bp):
ATGGACATTGGCTCAATGGGTTAAGTTCATA
Found at i:7174 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 7132--7199 Score: 127
Period size: 33 Copynumber: 2.1 Consensus size: 33
7122 GAGACTGCAA
7132 TTTGGAAGAAAAATAATTGTCATTAGAGAAGTC
1 TTTGGAAGAAAAATAATTGTCATTAGAGAAGTC
*
7165 TTTGGAAGAAGAATAATTGTCATTAGAGAAGTC
1 TTTGGAAGAAAAATAATTGTCATTAGAGAAGTC
7198 TT
1 TT
7200 ATTTACAAAC
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
33 34 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.22, T:0.32
Consensus pattern (33 bp):
TTTGGAAGAAAAATAATTGTCATTAGAGAAGTC
Found at i:10269 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 10252--10287 Score: 63
Period size: 6 Copynumber: 6.0 Consensus size: 6
10242 CTAAATGAGA
*
10252 AATTGG AGTTGG AATTGG AATTGG AATTGG AATTGG
1 AATTGG AATTGG AATTGG AATTGG AATTGG AATTGG
10288 GGTTTTGGAT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 28 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.00, G:0.36, T:0.33
Consensus pattern (6 bp):
AATTGG
Done.