Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01017778.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig17811, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 15642
ACGTcount: A:0.28, C:0.24, G:0.18, T:0.31
Found at i:520 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 285--905 Score: 970
Period size: 59 Copynumber: 10.6 Consensus size: 59
275 TGAAATATAG
* * * *
285 ACTCTCAAACAGAGACCTCGACCAGGAGTTT-AAAACAAGATAAAATTTTGAATTGAAA
1 ACTCTCTAACAGAGACCTCGAACAGGATTTTAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAA
*
343 ACTCTCTAACAGAGACCTCGAACAGGA--TCAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAA
1 ACTCTCTAACAGAGACCTCGAACAGGATTTTAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAA
400 ACTCTCTAACAGAGACCTCGAACAGGATTTTTAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAA
1 ACTCTCTAACAGAGACCTCGAACAGGA-TTTTAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAA
460 ACTCTCTAACAGAGACCTCGAACAGGATTTTAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAA
1 ACTCTCTAACAGAGACCTCGAACAGGATTTTAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAA
* * * * * **
519 ACTCTGTAACAG-GAACCTCTAACATGATTTT--AAACGAGATGAGATTTTGTTTTGAAA
1 ACTCTCTAACAGAG-ACCTCGAACAGGATTTTAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAA
* * * * *
576 ACTCTCTAACAGAGACCTCGAATAGGATTTTAGAAGCAAGGTTAGATTTTGAATTGAAA
1 ACTCTCTAACAGAGACCTCGAACAGGATTTTAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAA
635 ACTCTCTAACAGAGACCTCGAACAGGATTTT-AAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAA
1 ACTCTCTAACAGAGACCTCGAACAGGATTTTAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAA
693 ACTCTCTAACAGAGACCTCGAACAGGATTTTAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAA
1 ACTCTCTAACAGAGACCTCGAACAGGATTTTAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAA
752 ACTCTCTAACAGAGACCTCGAACAGGATTTTTTAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTG-AA
1 ACTCTCTAACAGAGACCTCGAACAGGA--TTTTAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAA
*
812 ACTCTCTAACAGAAACCTCGAACAGGATTTTTAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAA
1 ACTCTCTAACAGAGACCTCGAACAGGA-TTTTAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAA
*
872 ACTCTCCAACAGAGACCTCGAACAGGATTTTAAA
1 ACTCTCTAACAGAGACCTCGAACAGGATTTTAAA
906 CGAGATGAGA
Statistics
Matches: 521, Mismatches: 30, Indels: 23
0.91 0.05 0.04
Matches are distributed among these distances:
56 1 0.00
57 100 0.19
58 81 0.16
59 199 0.38
60 111 0.21
61 29 0.06
ACGTcount: A:0.42, C:0.16, G:0.16, T:0.26
Consensus pattern (59 bp):
ACTCTCTAACAGAGACCTCGAACAGGATTTTAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAA
Found at i:723 original size:117 final size:117
Alignment explanation
Indices: 285--919 Score: 976
Period size: 117 Copynumber: 5.4 Consensus size: 117
275 TGAAATATAG
* * * *
285 ACTCTCAAACAGAGACCTCGACCAGGAGTTTAAAACAAGATAAAATTTTGAATTGAAAACTCTCT
1 ACTCTCTAACAGAGACCTCGAACAGGATTTTAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAAACTCTCT
*
350 AACAGAGACCTCGAACAGGA--TCAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAA
66 AACAGAGACCTCGAACAGGATTTTAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAA
400 ACTCTCTAACAGAGACCTCGAACAGGATTTTTAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAAACTCT
1 ACTCTCTAACAGAGACCTCGAACAGGA-TTTT-AAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAAACTCT
465 CTAACAGAGACCTCGAACAGGATTTTAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAA
64 CTAACAGAGACCTCGAACAGGATTTTAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAA
* * * * * **
519 ACTCTGTAACAG-GAACCTCTAACATGATTTT-AAACGAGATGAGATTTTGTTTTGAAAACTCTC
1 ACTCTCTAACAGAG-ACCTCGAACAGGATTTTAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAAACTCTC
* * * * *
582 TAACAGAGACCTCGAATAGGATTTTAGAAGCAAGGTTAGATTTTGAATTGAAA
65 TAACAGAGACCTCGAACAGGATTTTAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAA
635 ACTCTCTAACAGAGACCTCGAACAGGATTTTAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAAACTCTCT
1 ACTCTCTAACAGAGACCTCGAACAGGATTTTAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAAACTCTCT
700 AACAGAGACCTCGAACAGGATTTTAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAA
66 AACAGAGACCTCGAACAGGATTTTAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAA
752 ACTCTCTAACAGAGACCTCGAACAGGATTTTTTAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTG-AAACTC
1 ACTCTCTAACAGAGACCTCGAACAGGA--TTTT-AAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAAACTC
*
816 TCTAACAGAAACCTCGAACAGGATTTTTAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAA
63 TCTAACAGAGACCTCGAACAGGA-TTTTAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAA
* * *
872 ACTCTCCAACAGAGACCTCGAACAGGATTTT-AAACGAGATGAGATTTT
1 ACTCTCTAACAGAGACCTCGAACAGGATTTTAAAACAAGATAAGATTTT
920 TGATTTAAAA
Statistics
Matches: 476, Mismatches: 33, Indels: 21
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
115 25 0.05
116 120 0.25
117 157 0.33
118 9 0.02
119 83 0.17
120 82 0.17
ACGTcount: A:0.42, C:0.16, G:0.16, T:0.26
Consensus pattern (117 bp):
ACTCTCTAACAGAGACCTCGAACAGGATTTTAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAAACTCTCT
AACAGAGACCTCGAACAGGATTTTAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAA
Found at i:744 original size:233 final size:235
Alignment explanation
Indices: 285--919 Score: 971
Period size: 233 Copynumber: 2.7 Consensus size: 235
275 TGAAATATAG
* * * *
285 ACTCTCAAACAGAGACCTCGACCAGGA-GTTTAAAACAAGATAAAATTTTGAATTGAAAACTCTC
1 ACTCTCTAACAGAGACCTCGAACAGGATTTTTAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAAACTCTC
*
349 TAACAGAGACCTCGAACAGGA--TCAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAAACTCTCTAACAG
66 TAACAGAGACCTCGAACAGGATTTTAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAAACTCTCTAACAG
412 AGACCTCGAACAGGATTTTTAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAAACTCTCTAACAGAGACC
131 AGACCTCGAACAGGA-TTTT-AAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAAACTCTCTAACAGAGACC
477 TCGAACAGGATTTTAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAA
194 TCGAACAGGATTTTAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAA
* * * * * **
519 ACTCTGTAACAG-GAACCTCTAACATGA-TTTT-AAACGAGATGAGATTTTGTTTTGAAAACTCT
1 ACTCTCTAACAGAG-ACCTCGAACAGGATTTTTAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAAACTCT
* * * * *
581 CTAACAGAGACCTCGAATAGGATTTTAGAAGCAAGGTTAGATTTTGAATTGAAAACTCTCTAACA
65 CTAACAGAGACCTCGAACAGGATTTTAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAAACTCTCTAACA
646 GAGACCTCGAACAGGATTTTAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAAACTCTCTAACAGAGACCT
130 GAGACCTCGAACAGGATTTTAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAAACTCTCTAACAGAGACCT
711 CGAACAGGATTTTAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAA
195 CGAACAGGATTTTAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAA
752 ACTCTCTAACAGAGACCTCGAACAGGATTTTTTAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTG-AAACTC
1 ACTCTCTAACAGAGACCTCGAACAGGA-TTTTT-AAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAAACTC
* *
816 TCTAACAGAAACCTCGAACAGGATTTTTAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAAACTCTCCAA
64 TCTAACAGAGACCTCGAACAGGA-TTTTAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAAACTCTCTAA
* *
881 CAGAGACCTCGAACAGGATTTT-AAACGAGATGAGATTTT
128 CAGAGACCTCGAACAGGATTTTAAAACAAGATAAGATTTT
920 TGATTTAAAA
Statistics
Matches: 359, Mismatches: 33, Indels: 16
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
233 156 0.43
234 28 0.08
235 56 0.16
236 42 0.12
237 77 0.21
ACGTcount: A:0.42, C:0.16, G:0.16, T:0.26
Consensus pattern (235 bp):
ACTCTCTAACAGAGACCTCGAACAGGATTTTTAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAAACTCTC
TAACAGAGACCTCGAACAGGATTTTAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAAACTCTCTAACAG
AGACCTCGAACAGGATTTTAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAAACTCTCTAACAGAGACCTC
GAACAGGATTTTAAAAACAAGATAAGATTTTGAATTGAAA
Done.