Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01017782.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig17815, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 12578
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.19, T:0.31
Found at i:1112 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 1079--1114 Score: 54
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
1069 TTGAAATTAT
*
1079 TCTTCAATGGTCTTCAAA
1 TCTTCAATAGTCTTCAAA
1097 TCTTCAAATAGTCTTCAA
1 TCTTC-AATAGTCTTCAA
1115 TAAGTCTTCG
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
18 5 0.31
19 11 0.69
ACGTcount: A:0.31, C:0.22, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (18 bp):
TCTTCAATAGTCTTCAAA
Found at i:7028 original size:110 final size:110
Alignment explanation
Indices: 6881--7207 Score: 489
Period size: 110 Copynumber: 3.0 Consensus size: 110
6871 AGTCAGAAAA
* *
6881 GTAATCAGTAAATTAGCCTAATCAAAGTTAAGTAAGTTAATTAAGATAACAAAATGGTAATCGGT
1 GTAATCAGTAAATTAGCTTAATCAAAGTTGAGTAAGTTAATTAAGATAA-AAAATGGTAATCGGT
6946 AAATTAGCTT-ATCAAAGTTGAGTAAGTTAATTAAGATAAAAAATG
65 AAATTAGCTTAATCAAAGTTGAGTAAGTTAATTAAGATAAAAAATG
* *
6991 GTAATCTGTAAATTAGCTTCATCAAAGTTGAGTAAGTTAATTAAGAT-AAAAATGGTAATCAGG-
1 GTAATCAGTAAATTAGCTTAATCAAAGTTGAGTAAGTTAATTAAGATAAAAAATGGTAATC-GGT
* **
7054 AAATTAGCTTAAACAAAGTTGAGTAAGTTAGCTAAGATAACAAAATG
65 AAATTAGCTTAATCAAAGTTGAGTAAGTTAATTAAGATAA-AAAATG
**
7101 GTAATCAGTAAATTAGCTTAATCAAAGTTGAGTAAGTTAATTAAGATAAAAAAAATGGTAATAAG
1 GTAATCAGTAAATTAGCTTAATCAAAGTTGAGTAAGTTAATTAAGAT--AAAAAATGGTAATCGG
* *
7166 TAAATTAGCTTAATCAAAGTTGAATAAGTTTATTAAGATAAA
64 TAAATTAGCTTAATCAAAGTTGAGTAAGTTAATTAAGATAAA
7208 CCATTAAATT
Statistics
Matches: 194, Mismatches: 16, Indels: 12
0.87 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
108 22 0.11
109 29 0.15
110 94 0.48
112 2 0.01
113 47 0.24
ACGTcount: A:0.46, C:0.07, G:0.17, T:0.30
Consensus pattern (110 bp):
GTAATCAGTAAATTAGCTTAATCAAAGTTGAGTAAGTTAATTAAGATAAAAAATGGTAATCGGTA
AATTAGCTTAATCAAAGTTGAGTAAGTTAATTAAGATAAAAAATG
Found at i:7042 original size:54 final size:55
Alignment explanation
Indices: 6881--7207 Score: 496
Period size: 54 Copynumber: 5.9 Consensus size: 55
6871 AGTCAGAAAA
* *
6881 GTAATCAGTAAATTAGCCTAATCAAAGTTAAGTAAGTTAATTAAGATAACAAAATG
1 GTAATCAGTAAATTAGCTTAATCAAAGTTGAGTAAGTTAATTAAGATAA-AAAATG
*
6937 GTAATCGGTAAATTAGCTT-ATCAAAGTTGAGTAAGTTAATTAAGATAAAAAATG
1 GTAATCAGTAAATTAGCTTAATCAAAGTTGAGTAAGTTAATTAAGATAAAAAATG
* *
6991 GTAATCTGTAAATTAGCTTCATCAAAGTTGAGTAAGTTAATTAAGAT-AAAAATG
1 GTAATCAGTAAATTAGCTTAATCAAAGTTGAGTAAGTTAATTAAGATAAAAAATG
* * **
7045 GTAATCAGGAAATTAGCTTAAACAAAGTTGAGTAAGTTAGCTAAGATAACAAAATG
1 GTAATCAGTAAATTAGCTTAATCAAAGTTGAGTAAGTTAATTAAGATAA-AAAATG
7101 GTAATCAGTAAATTAGCTTAATCAAAGTTGAGTAAGTTAATTAAGATAAAAAAAATG
1 GTAATCAGTAAATTAGCTTAATCAAAGTTGAGTAAGTTAATTAAGAT--AAAAAATG
* * *
7158 GTAATAAGTAAATTAGCTTAATCAAAGTTGAATAAGTTTATTAAGATAAA
1 GTAATCAGTAAATTAGCTTAATCAAAGTTGAGTAAGTTAATTAAGATAAA
7208 CCATTAAATT
Statistics
Matches: 249, Mismatches: 17, Indels: 11
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
54 72 0.29
55 59 0.24
56 66 0.27
57 50 0.20
58 2 0.01
ACGTcount: A:0.46, C:0.07, G:0.17, T:0.30
Consensus pattern (55 bp):
GTAATCAGTAAATTAGCTTAATCAAAGTTGAGTAAGTTAATTAAGATAAAAAATG
Found at i:7219 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 7166--7253 Score: 131
Period size: 46 Copynumber: 1.9 Consensus size: 46
7156 TGGTAATAAG
* * *
7166 TAAATTAGCTTAATCAAAGTTGAATAAGTTTATTAAGATAAACCAT
1 TAAATTAGCTTAAACAAAGTTGAATAAGCTAATTAAGATAAACCAT
* *
7212 TAAATTAGCTTAAACAAAGTTGAGTAAGCTAATTAGGATAAA
1 TAAATTAGCTTAAACAAAGTTGAATAAGCTAATTAAGATAAA
7254 AAATGGTGTG
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 5, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
46 37 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.08, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (46 bp):
TAAATTAGCTTAAACAAAGTTGAATAAGCTAATTAAGATAAACCAT
Found at i:7398 original size:50 final size:53
Alignment explanation
Indices: 7343--7452 Score: 138
Period size: 53 Copynumber: 2.1 Consensus size: 53
7333 AATCAGTAAC
*
7343 AAATTGAACCAGT-AAAAA-A-AATATA-ACAGTAAAATGGCTTAATTCAGGGT
1 AAATTGAACCAGTCAAAAAGATAA-AAAGACAGTAAAATGGCTTAATTCAGGGT
** * *
7393 AAATTGAGTCAGTCAAAAAGATAAAAAGATAGTAAAATGGCTTAATTTAGGGT
1 AAATTGAACCAGTCAAAAAGATAAAAAGACAGTAAAATGGCTTAATTCAGGGT
7446 AAATTGA
1 AAATTGA
7453 GTTAGTAAAA
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 5, Indels: 5
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
50 11 0.22
51 5 0.10
52 3 0.06
53 32 0.63
ACGTcount: A:0.49, C:0.07, G:0.18, T:0.25
Consensus pattern (53 bp):
AAATTGAACCAGTCAAAAAGATAAAAAGACAGTAAAATGGCTTAATTCAGGGT
Done.