Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01017845.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig17878, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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5 CTGAGAGGCA
* * * *
15 TTTTTAGTCAAAAAACCGTGAT-G---GTACACGATTTCGGCTAAAGTTTTACAAAAATTGACCC
1 TTTTTAGCCAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATT-ACCC
* * * * * * *
76 GAAATATTTTTCTCAATTTTTGGCCATAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGTCAAAAAGA
65 AAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAAAGA
* * * * *
141 TTGAAGGGCTTCTCATGC-TTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTTTTTCAAATTAATTTCTAAT
130 TTGAAGGACTTTTCA-GCATTTTAATATCGTTTTTCCTA--TTTTTTCT-GAATTAATTTCTAAT
* * * * * * *
205 CAAATTAAGAACATGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTA
191 TAAATCAA-AACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTT
* * * * * * *
270 GGTTAGATGACTATAGATATTTCAAGGAGTTTTGCCACAAAAAATCATGCAAAACTGA-CCTGGG
255 GATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCC-GGG
*
334 ACCCCGAAACGCG
319 GCCCCGAAACGCG
* *
347 TTTTTAGCCAAAAAATTGTGAT-G---GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATAGACCC
1 TTTTTAGCCAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAT-TACCC
* * * * * * * *
408 GAAATATTTTTCCTCAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACTCCAAATAG
65 -AAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAAAG
* * *
473 ATTGGAGGACTTTTGAGGC-TTTTAATATCG-TTTTCC-ATATTTTTCTGAATTAATTTTTAATT
129 ATTGAAGGACTTTTCA-GCATTTTAATATCGTTTTTCCTAT-TTTTTCTGAATTAATTTCTAATT
* * **
535 AAATCAAAACAAGATTCAGATGCTCGTTAAAACAAATCATTAAATTTAAATGTGGCTGAGATTTG
192 AAATCAAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAA-TGCAATGTGGCTGAGATTTG
* * ***
600 ATTAGAT-AAGTATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGTAAAACTGAATTGGGG
256 ATTAGATGAA-TATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGG
664 CCCCGAAACGCG
320 CCCCGAAACGCG
* *
676 TTTTTAGCC-AAAAATCGTGAT-G-TA--ACACGATTCCAGG-TAAAATTTTGCAGAAAATGATC
1 TTTTTAGCCAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTC-GGCTAAAATTTTGCA-AAAATTA-C
* ** * * *
735 CGAAAATTTTTTTCTTCAATTTTTGGATAAAATACTCATAAAATATATATAATTTAACGCCAAAA
63 CCAAAA-AATTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAA
* * ** * * *
800 ATATTGGAGGGTTTTTCACGCTTTTAATATATATCATTTTT-C-ATATTTTCTGAATTAATTTCT
127 AGATTGAAGGACTTTTCA-GCATTT--TA-ATATCGTTTTTCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCT
* * * *
863 AATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTATAAACAAATCCTTATATGCAATGTGGCTGAGAT
188 AATTAAATCAAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGAT
* *
928 TTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGACGTCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGG
253 TTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGG
* *
993 AGCCCCAAAACGCG
318 GGCCCCGAAACGCG
* *
1007 TTTTTAGCAAAAAAATCATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAGAAAATTACCC
1 TTTTTAGCCAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCA-AAAATTA-CC
* * *
1072 CAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATGAAATATATATAATTTAACACCAAAAAG
64 CAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAAAG
* * *
1137 GTTGAAGGACTTTTCGAGC-TTTTCATATCGTTTTTCGTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTA
129 ATTGAAGGACTTTTC-AGCATTTTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTA
* * *
1201 AATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATATGTCTGAGATTTGAT
193 AATCAAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGAT
* * * * *
1266 TAGATGGATATGGATATCTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGA-CTCGGGGCT
258 TAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGC-CGGGGCC
** ** *
1330 TTGGGACACG
322 CCGAAACGCG
* * * ** * *
1340 TTTTCTTGCCAAAAACT-GTGATGAATATTTTACACGATTTCGGCTAATATTTTCCAAAAATTAA
1 TTTT-TAGCCAAAAAATCGTGATG-GT-TAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATT-A
* * *
1404 CCCGAAAGATATTTT-CTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAA
62 CCC-AAA-AAATTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTTAACGCCAA
* * *
1468 AAACATTGAAGGGAATTTT-A-CATTTCTAATATCGTTTTTCCTACTTTTTTCCGAATTAATTTC
125 AAAGATTGAA-GGACTTTTCAGCATTT-TAATATCGTTTTTCCTA-TTTTTTCTGAATTAATTTC
* * * * * *
1531 TAATTAAATCGAAACAAAATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGCGGCTGAAA
187 TAATTAAATCAAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGA
* * *
1596 TTTGATTAGATGAATA-ATGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATTCAAAACTGACCC
252 TTTGATTAGATGAATATA-GATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCC
* *
1660 GGGGCCCCGGAAGGCG
316 GGGGCCCCGAAACGCG
* * *
1676 TTTTTA-CCAAAAAAAACCATGAT-G---GTACACGATTTCGGCTAATATTTTGCAAAAATTGAC
1 TTTTTAGCC--AAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATT-AC
* * * * * * *
1736 CCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTAGCCACAATATTCATAAAAAA-ATATAATTCAAACGCCAAA
63 CC-AAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATT-TAACGCCAAA
* * *
1800 AAGATTGAAGG-CTTTTCA-CGTTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCGAACTAATTTCTAA
126 AAGATTGAAGGACTTTTCAGCATTT-TAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAA
* * *
1863 TTAAATCAAAACATGATTCAGATGCTTGT---AA-AAA--C---AATG--A-----CTGGGATTT
190 TTAAATCAAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTT
* * * *
1912 GGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGAAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAACC-GGG
255 GATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGG
*
1976 CCCCGGAACGCG
320 CCCCGAAACGCG
* * * * **
1988 TTTTTTG-CAAAAAACCGTGATGATTATTATC-CGATTTCGGCTAAAATTTCACAAAAATTGACC
1 TTTTTAGCCAAAAAATCGTGATGGTTAGTA-CACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATT-ACC
* * * ** *
2051 CGAAAGATATTTCCTCAATTTTTAG-TCCCAATACTCATAAAAAATATATAATTCT-ACACCAAA
64 CAAAAAAT-TTTCCTCAATTTTTGGCT-AAAATACTCATAAAAAATATATAATT-TAACGCCAAA
* * * * *
2114 AAGATTGAAGGGCTTTTCA-CATTTTTGATATTGTTTTTCGTATTCTTTCTGAATTAATTTCTAA
126 AAGATTGAAGGACTTTTCAGCA-TTTTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAA
* * * *
2178 TTAAATCAAAACAAGATTCAGATGCTCATAAAAACAAATCCTTAATTGCAATGCGGCTAAGATTT
190 TTAAATCAAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTT
* * * * * * * *
2243 TATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGACACCAAAAATCAAGCAAAATTGAGTCGTGA
255 GATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGG
2308 CCCCGAAACGCG
320 CCCCGAAACGCG
* * * * *
2320 TTTTTAGCGAAAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTTGCCTAAAATTTTGCAAAAAATTACCC
1 TTTTTAGCCAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC-AAAAATTACCC
* ** * ** * *
2385 GAAAAATTTCTCCTCAATTTTTGGAAAAAATAATCATAAAATTTAAATAATTTAACACCAAAAAG
65 AAAAAATTT-TCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAAAG
* * *
2450 ATCGGAGGACTTTTTACGC-TTTTAATATCGTTTTT--TAATATTTTTCTGAATTAATTTCTAAT
129 ATTGAAGGACTTTTCA-GCATTTTAATATCGTTTTTCCT-AT-TTTTTCTGAATTAATTTCTAAT
* * * * *
2512 TAAATCAAAACAAGATTTAGATGCTTGT-AAAA-AAATTCTTAAAT-CTAATGTAGTTGAGATTT
191 TAAATCAAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGC-AATGTGGCTGAGATTT
* * * * **
2574 GATTAGATGAATATGGATATCTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCAGTT
255 GATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGG
* *
2639 CCCCGGAACGCT
320 CCCCGAAACGCG
* * * * *
2651 TTTTTAGCCAAAAAATGGTGATGGTTATTACACGATTTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAAATGGAG
1 TTTTTAGCCAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGA-TTTCGGCTAAAATTTTG-CAAAAAT-TAC
* * * * * *
2716 CCGAAAGATGTTTCCTCAATTTTCGGCTAAAATACTCATAAAAATTATATATTTTAATGCCAAAA
63 CCAAAAAAT-TTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAA
* * * ** *
2781 AGATTGAAAGGGCTTTTGA-CGTTTCTAATATAATTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAA
127 AGATTG-AAGGACTTTTCAGCATTT-TAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAA
* *
2845 TTAAATCGAAACAAGATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAA
190 TTAAATCAAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAA
2891 ATCATGAAAA
Statistics
Matches: 2125, Mismatches: 322, Indels: 190
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
310 12 0.01
312 20 0.01
313 63 0.03
314 82 0.04
315 77 0.04
316 3 0.00
318 3 0.00
319 3 0.00
320 3 0.00
321 1 0.00
323 1 0.00
324 3 0.00
325 3 0.00
326 3 0.00
328 72 0.03
329 228 0.11
330 47 0.02
331 356 0.17
332 186 0.09
333 462 0.22
334 109 0.05
335 172 0.08
336 211 0.10
337 5 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (331 bp):
TTTTTAGCCAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTACCCA
AAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAAAGAT
TGAAGGACTTTTCAGCATTTTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAAT
CAAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAG
ATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGA
AACGCG
Found at i:3561 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 3543--3572 Score: 53
Period size: 15 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
3533 ATAAATAATA
3543 ATATTATAAT-TAAAT
1 ATATTATAATCTAAAT
3558 ATATTATAATCTAAA
1 ATATTATAATCTAAA
3573 AATAATAATT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 1
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
15 10 0.71
16 4 0.29
ACGTcount: A:0.53, C:0.03, G:0.00, T:0.43
Consensus pattern (16 bp):
ATATTATAATCTAAAT
Found at i:15172 original size:337 final size:329
Alignment explanation
Indices: 13269--16291 Score: 2591
Period size: 337 Copynumber: 9.1 Consensus size: 329
13259 TTTTTAGTAA
* ** *
13269 AAATACTC-TATATATATATATAATTCAAAACCAAAAAGATTAGAGGACTTTTCACGCTTTTAAT
1 AAATACTCATA-AAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAAT
* * * *
13333 ATTGTTTTTCATATTTTTT--GAATTAATTTCTAACTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCGCATC
65 ATCGTTTTTCATATTTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCATA
* * * *
13396 AAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGGCTGAGATTTAATTAGATGAATAAAGATATTTCAAAGAGT
130 AAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGT
* * * ** * * *
13461 TTCGGAGCCAAAAATCATGCAAAACAGAATCGTGG-CCCTATAACGTGTTTTTAGCCAAAAACC-
195 CTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGA-AACGCGTTTTTAGCCAAAAACCG
* * * * **
13524 -G-T-G-AT----GATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAAGATATTTCCTC-AATT
259 TGATGGTATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAATAT-TTTTTTCGAATT
* *
13580 TTTGACT
323 TATGGCT
* * ** * * *
13587 AAAATACTCATAACAA-ATATATAATCCGACATCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTTTAA
1 -AAATACTCATAA-AATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAA
** * * * * *
13651 TATTATTTTTCCTATCTTTTCAAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGT
64 TATCGTTTTTCATATTTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCAT
* * * * * * *
13716 AAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGACTGATATTTGGTTAGATTAATATATACATTTCAAGGAG
129 AAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAG
* * * * * * * *
13781 TTTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGTC-GGGTCTCGGAACGCGTTTTTAGCCGAAAACCG
194 TCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCG
** ** * * *
13845 TGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT-AAATTTTGCAAAACTTGACATGAAAGATTTTTCCTCGAT
259 TGATGG-TA-TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAATATTTTT-TTCGAA
*
13909 TTCTAAT-G-A
321 TT-T-ATGGCT
* * * * * * *
13918 AAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACG--AAAAA-AATGAAAGCATTTTTTACGCTTCTAAT
1 AAATACTCATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTG-GAGGACTTTTCACGCTTTTAAT
* * * * **
13980 ATCGTTTTTCTTATTTTATTTCAAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTTAGAAACTCA
65 ATCGTTTTTCATA-TTT-TTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCA
* * * * * *
14045 TAAAAACAAATCCTTAAATACAATTTGGCTGAGATTTGATTAGATAAAAAAATATATATTTTAAG
128 TAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGAT--GAATATAGATATTTCAAG
* * * * * *
14110 GAGTCTTGCCACCAAAAATCATGCAAAACTGA-CCTAGGTCCCCAAAACGCGTTTTTAGCAAAAA
191 GAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCC-GGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGC-----
* * * * * *
14174 AAAAAAAACACCATGATGG--TACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTGACCC-CAATTT
250 ---CAAAA-ACCGTGATGGTATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAATAT
* * *
14236 TTTTTTCTCAATTTATAGCC
311 TTTTTTC-GAATTTATGGCT
* * * * * * *
14256 ACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACACCAAGAAGACTGAAGGGCTTCTCACGCTTTTAAT
1 A-AATACTCATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAAT
* * * * * * *
14321 ATCGTTTTTCCTATTTTTTTA-ATTTAATTTCTAATTAAATTGAAA-AATGATTCAAATTCTCGT
65 ATCGTTTTTCATATTTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAA-GATTCAGATGCTCAT
* * * *
14384 AAAAACAAATCCTTAAATCCAACGTGGCTAAAATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAG
129 AAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAG
* * * * * * * * *
14449 TGTTGCCACAAAAAATCATGCAAAACTGA-CCTGGGACCCCAAAACGCG-TTTTAGCTAAAAAAT
194 TCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCC-GGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGC-CAAAAAC
* * * * * *
14512 CGTGATGG--TACACAATTTCGGCTAAACTTTTGTAAAAATTGATCCGAAATA-TTTTTCCTGAA
257 CGTGATGGTATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAATATTTTTTTC-GAA
** *
14574 TTT-TAAACC
321 TTTAT-GGCT
* * *
14583 ACAATACTC-TGAGAATATATATATAATTAAACGCC-AAAATATTGGAGGACTCTTCACGCTTTT
1 A-AATACTCAT-A-AA-ATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTT
*
14646 AATATCGTTTTTTCATA-TTTTTCTA-AACTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGC
62 AATATCG-TTTTTCATATTTTTTC-AGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGC
* * *
14709 TCATAAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGAAGAATATAGATGTTTCAA
125 TCATAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAA
* *
14774 GGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGCCGGGGTCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAA
190 GGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAA
***
14839 ACCGTGATGGTCAATACACGATTTCAATTAAAATTTTGCAAAAAAATGACCCGAAATATTTTTTT
255 ACCGTGATGGT--ATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC-AAAAAATGACCCGAAATATTTTTTT
14904 CGGAAATTTATGGCAT
317 C-G-AATTTATGGC-T
* * * * *
14920 AAATACTCATAAAATATATATACTTTATCGCCAAAAAGATCGGAGGACTTTTCACGATTTTAATA
1 AAATACTCATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATA
* * ** *
14985 TCGTTTTTCATATATATTTTTTAGAATTAATTTCTAATTATATTAAAACAAGATTCAGATGCTTA
66 TCGTTTTTC--ATAT-TTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCA
** * * *
15050 TAAAAAC-AATTTTTAAATCCAATGTAGCTGAGATTTGATTAGATGAATAT-GAATATCTCAAAG
128 TAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAG-ATATTTCAAGG
* * * * *
15113 AGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCATAACTTAGCCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAAA
192 AGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCC-AAAAA
* * * * ** **
15178 CCGTGATGATTATTACATGATTTCAGCTAGAATTTTGC-AAAAATGGACTGGAAAGTCA-TTTCC
256 CCGTGATG-GTA-TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAAT-GACCCGAAA-T-ATTTTTT
* *
15241 TC-AATTTTTAGCT
316 TCGAATTTATGGCT
* * * * * *
15254 ACAATAATCATAAATAATATATATAATTCAACGCCGAAAAGATTGAAGGGCTTTTCATGCTTCTA
1 A-AATACTCAT-AA-AATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTA
* * * * * *
15319 ATATCGTTTTTC-TATTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTCAATTGAAACATGATTCGGATGCTT
63 ATATCGTTTTTCATATT-TTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTC
*** * * * *
15383 AT-TTTACAAATCTTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTGGTTAGATTAATATAGATATTTCAAGG
127 ATAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGG
* * * * * * **
15447 AGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAACATTGAACCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTTAGTGAAAAA
192 AGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCG-TTTTTAGCCAAAAA
* * * * * *
15512 TCGTGATTTCGACTAACATACACGATTTCGGCTAATATTTTACAAAAATTGACCAGAAATAGTTT
256 CCGTGA--T-G-GT---ATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAATA-TTT
** * *
15577 TCCTCG-ATTTTTGTCT
313 TTTTCGAATTTATGGCT
** * *
15593 AAAATACTCATAAAATATATATAATTCAACTTCAAAAATATTAGAGGACTTTTCACGCTTTTAAT
1 -AAATACTCATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAAT
* *
15658 ATCGTCTTTCAT-TTTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTA
65 ATCGTTTTTCATATTTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCATA
* * *
15722 AAAATAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATATATATTTCAAGGAGT
130 AAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGT
* * * * * *
15787 CTCGGCGTCAAAACTTATGCAAAACTGAGCCGGAGCCTCGAAACGCGTTTTTAG-CAAAAACC-C
195 CTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGT
* *
15850 G-T-G--TACACGATTTCGGCTAAAATTTTACCAAAAAAT-A-CCGAAA-ATTTTTTTCCTTAAT
260 GATGGTATACACGATTTCGGCTAAAATTTT-GCAAAAAATGACCCGAAATATTTTTTT-C-GAAT
*
15908 TTTTGGCT
322 TTATGGCT
* * * * * * *
15916 AAAATACTCATGAAATATATATAATTTAACACCAAAAAGATTTGAGAATTTTTCACGCTTTTCAT
1 -AAATACTCATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAAT
* *
15981 ATCATTTTTCATA-TTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTA
65 ATCGTTTTTCATATTTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCATA
* * * *
16045 AAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGATATCTCAAGTAGT
130 AAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGT
** * *
16110 CTTAGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGA-CCGGGGACCCTGTAACGCGTTTTTAGCCAAAAAACC
195 CTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGG-CCCCGAAACGCGTTTTTAGCC-AAAAACC
* * * * * **
16174 GTGGTGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCGGAAAAATATTTCCTC-A
258 GTGATG-GTA-TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAATAT-TTTTTTCGA
*
16238 ATTTTTGGCT
320 ATTTATGGCT
* *
16248 AAAATACTCATAAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTG
1 -AAATACTCAT-AAAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTG
16292 AAGGGTTTTT
Statistics
Matches: 2215, Mismatches: 370, Indels: 224
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
319 66 0.03
320 30 0.01
321 124 0.06
322 11 0.00
323 249 0.11
324 9 0.00
325 7 0.00
326 4 0.00
327 70 0.03
328 75 0.03
329 172 0.08
330 142 0.06
331 21 0.01
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333 72 0.03
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339 102 0.05
340 10 0.00
341 35 0.02
342 12 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (329 bp):
AAATACTCATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATA
TCGTTTTTCATATTTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCATAA
AAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTC
TCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTG
ATGGTATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAATATTTTTTTCGAATTTAT
GGCT
Found at i:18499 original size:855 final size:854
Alignment explanation
Indices: 16793--20474 Score: 5459
Period size: 855 Copynumber: 4.3 Consensus size: 854
16783 CTGAGCCGGG
* * *
16793 GGAAAAACGATATTAGAACCGTGAAAATCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATTTTTTTT
1 GGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATA--TATTTT
* *
16858 TTCTAAATATTTCACAAAAAAATTGAGTAAAGACTTTTCGGGTCAATTTTTAGCAGAAATCGTGT
64 TTCTAAATATTTCAC-AAAAAATTGAGTAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCAGAAATCGTGT
*
16923 ACTAACCATCATGGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTTC-GGGCCCCGACTAAGTTTTGCATGATTTT
128 ACTAACCATCATGGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTT
* * * *
16987 TGGCAGAAAGACTTCTTGAAATATCTATAGTCAATTAACCAAATCTAAACCACAATGGATTTAAG
193 TGGCAGAAAGA-TCCTTGAAATATCTATATTCAATTAACTAAATCTAAGCCACAATGGATTTAAG
* *
17052 GATTTG-TTTTACGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTATTTAGAAATAAATTCGGGAAAA
257 GATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAATTAGAAATAAATTCGGGAAAA
* * *
17116 AAAGGAAAAACGATATTAGAAGTGTGGAAAACCCGCCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTT
322 AAAGGAAAAACGATATTAGAAGTGTGAAAAACCCGTCAATTTTTTTGGCGTCGAATTATATATTT
* * * * *
17181 TTTCTGAGTGTTGTGGCAAAGAATTGTGGAAAAATAAATTTTGTGTCAGTTTTTGCAAAA-TTTA
387 TTTCTGAGTATTGTGGCAATGAATTGAGGGAAAA-AAATTTTGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTA
** * * * * * *
17245 GTTGAAATCGTTTACTTATCATGGTTTTCTAAATCTTATTTCTATTTAATTGGAAATAAACTCGG
451 GTCAAAATCGTTTACTCATCATGGTTTTCTGAATCTTATTTCAATTTAATTAGAAATAAATTCGT
** *
17310 GGGGAAAAAAGGAAAAACGATAAT-AGAAGCGTGAAAAACCTTTCAATTTTTTTGGCTTTGAATT
516 GGAAAAAAAAGGAAAAACGATAATAAGAA----GAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCTTTGAATT
* * *
17374 ACATGTTTTTTCTGAGTATTCTGGCAAAAAATTGAGGAAAAAATATTCGGGTC-TTTTTTGCAAA
577 ACATATTTTTTCTGAGTATTCTGGCAAAAAATTGAGGAAAAAATTTTTGGGTCATTTTTTGCAAA
* * * *
17438 ATTTTAGCCGAAAACGTGTACTGACCATCACGAGTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGTGCTGG
642 ATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGTGCCGG
* * *
17503 CTCAATTTTGCAGGATTGTTGGAACAAAGACTCCTTGAAACATCTTTATTTATCGAACCAAATGT
707 CTCAATTTTGCAGGATTGTTGGCACAAAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCGAACCAAATGT
* * *
17568 CAGCCACATTGGATATAAAAATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTATTTTGATTTAATTAGAA
772 CAGCCACATTGGATATAAAAATTTGCTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTTGATTGAATTAGAA
17633 ATTAATTCGGAAACAAAT
837 ATTAATTCGGAAACAAAT
* * * * * *
17651 GGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCTCATCAATCTCTTAGTCATTTAATTATATATTTTTT
1 GGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATA-TTTTT
*
17716 TCTAAATATTTCACAAAAAATTGAGTAAAAACTTTTCGGGTTAGTTTTTAGCAGAAATCGTGTAC
65 TCTAAATATTTCACAAAAAATTGAGTAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCAGAAATCGTGTAC
* * * *
17781 TAACCATTGATGGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGTCCCGACTTAGTTTTGCATAATTTTT
130 TAACCA-TCATGGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTT
17846 GGCAGAAAGATTCCTTGAAATATCTATATTCAATTAACTAAATCTAAGCCACAATGGATTTAAGG
194 GGCAGAAAGA-TCCTTGAAATATCTATATTCAATTAACTAAATCTAAGCCACAATGGATTTAAGG
* * *
17911 ATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAATTAGAAATAAGTTCGGGAAAAA
258 ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAATTAGAAATAAATTCGGGAAAAA
*
17976 AAGGAAAAACAATATTAGAAGTGTGAAAAACCCGTCAATTTTTTTGGCGTCGAATTATATATTTT
323 AAGGAAAAACGATATTAGAAGTGTGAAAAACCCGTCAATTTTTTTGGCGTCGAATTATATATTTT
* * *
18041 TTCTGAGTACTGTGGCAATGAATTGA-GGAAAAAAATTTCGGGTCACTTTTTGCAAAATTTTAGT
388 TTCTGAGTATTGTGGCAATGAATTGAGGGAAAAAAATTTTGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGT
* * * * * *
18105 CGAAATTGTTTACTCATCATGGATTTCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTATAAATAAATTCGTGG
453 CAAAATCGTTTACTCATCATGGTTTTCTGAATCTTATTTCAATTTAATTAGAAATAAATTCGTGG
* *
18170 AAAAAATAAGGAAAAATGATAAT-AG-A-AAAAGCCCTTCAATTTTTTTGGCTTTGAATTACATA
518 AAAAAA-AAGGAAAAACGATAATAAGAAGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCTTTGAATTACATA
* * * *
18232 TTTTTTCTGAGTATTTTGGCAAAAAATTGAGGAAAAAAATTTTTAGGTCTTTTTTTACAAAATTT
582 TTTTTTCTGAGTATTCTGGCAAAAAATTGAGG-AAAAAATTTTTGGGTCATTTTTTGCAAAATTT
* * * *
18297 TAGCCGAAAGCGTGTACTAATCATCACGATTTCTGGCTAAAAACACGTTTCGGAGTGCCGGCTCA
646 TAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGTGCCGGCTCA
* * *
18362 ATTTTGCAGGATTTTTGGCACAAAGACTCCATGAAATATCTTTATTCATCGAATCAAATGTCAGC
711 ATTTTGCAGGATTGTTGGCACAAAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCGAACCAAATGTCAGC
*
18427 CACATTGGATATAAAAATTTGCTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTTGAATGAATTAGAAATTA
776 CACATTGGATATAAAAATTTGCTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTTGATTGAATTAGAAATTA
18492 ATTCGGAAACAAAT
841 ATTCGGAAACAAAT
* *
18506 GGAAAAAGGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTAAATATTTTTT
1 GGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTT
* *
18571 CTAAATATTTCACAAAAAAATTGAGTAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCGGAAATCGTATAC
66 CTAAATATTTCAC-AAAAAATTGAGTAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCAGAAATCGTGTAC
*
18636 TAACCATGACT-GTTTTCGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTT
130 TAACCATCA-TGGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTT
* *
18700 GGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAATTAACCAAATCTAAGCCACAATGGAGTTAAGG
194 GGCAGAAAGA-TCCTTGAAATATCTATATTCAATTAACTAAATCTAAGCCACAATGGATTTAAGG
* **
18765 ATTTGTTTTTACGATCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAATTAGAAATAAATTCGGGGGAAA
258 ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAATTAGAAATAAATTCGGGAAAAA
* * **
18830 AAGGAAAAATGATATTAGAAGTGTGAATAATTCGTCAATTTTTTTGGCGTCGAATTATATATTTT
323 AAGGAAAAACGATATTAGAAGTGTGAAAAACCCGTCAATTTTTTTGGCGTCGAATTATATATTTT
18895 TT-TGAGTATTGTGGCAATGAATTGAGGGAAACAAAATTTTGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAG
388 TTCTGAGTATTGTGGCAATGAATTGAGGGAAA-AAAATTTTGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAG
* *
18959 TCAAAATCGTTTACTCATCATGGTTTTCTGAATCTTATTTCAATTTATTTAGAAATAAATTCTTG
452 TCAAAATCGTTTACTCATCATGGTTTTCTGAATCTTATTTCAATTTAATTAGAAATAAATTCGTG
* * *
19024 GAAAAAAAAGGAAAAACGATAATAGAAGAGGGAAAAACCCTTCAATTTTTTTTGCATTGAATTAC
517 GAAAAAAAAGGAAAAACGATAAT--AAGA-AGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCTTTGAATTAC
*
19089 ATATTTTTTTCTGAGTATTCTGGCAAAAAATTGAGGACAAAATTTTTGGGTCATTTTTTGCAAAA
579 ATA-TTTTTTCTGAGTATTCTGGCAAAAAATTGAGGAAAAAATTTTTGGGTCATTTTTTGCAAAA
* * * *
19154 ATTTAGCCGAAATCGTGTGCTAATCATCACGATTTTTGGCTATAAACGCGTTTCGGAGTGCCGGC
643 TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGTGCCGGC
*
19219 TTAATTTTGCAGGATTGTTGGCACAAAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCGAACCAAATGTC
708 TCAATTTTGCAGGATTGTTGGCACAAAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCGAACCAAATGTC
* * *
19284 AGCCACATTGGAGATAAAAATTTTCTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTTGATTCAATTAGAAA
773 AGCCACATTGGATATAAAAATTTGCTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTTGATTGAATTAGAAA
*
19349 TTAGTTCGGAAACAAAT
838 TTAATTCGGAAACAAAT
* * *
19366 GGAAAACCGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTT
1 GGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTT
*
19431 CTAAATATTTCATAAAAAATTGAGTAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTT---AG----CG-G----
66 CTAAATATTTCACAAAAAATTGAGTAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCAGAAATCGTGTACT
* *
19484 ---CA-C--GGTTTTCGGCTAAAAATGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTCGG
131 AACCATCATGGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
* * * ** *
19543 CAGAAAGACCGCGTGAAATACCTATATTCAATTAACTAAATCTAAGCCACAATTTATTTAAAGAT
196 CAGAAAGATC-CTTGAAATATCTATATTCAATTAACTAAATCTAAGCCACAATGGATTTAAGGAT
***
19608 TTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAATTAGAAATAAATTCCATAAAAAAA
260 TTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAATTAGAAATAAATT-CGGGAAAAAA
*
19673 AGG-AAAACGATATTAGAAGTGTGAAAAACCCGTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTT
324 AGGAAAAACGATATTAGAAGTGTGAAAAACCCGTCAATTTTTTTGGCGTCGAATTATATATTTTT
19737 TCTGAGTATTGTGGCAATGAATTGAGGGAAAAAAA-TTTGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTC
389 TCTGAGTATTGTGGCAATGAATTGAGGGAAAAAAATTTTGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTC
* * *
19801 AAAATTGTTTACTCATCATGGTTTTCTGAATCTTGTTTCAAATTAATTAGAAATAAATTCG-GGA
454 AAAATCGTTTACTCATCATGGTTTTCTGAATCTTATTTCAATTTAATTAGAAATAAATTCGTGGA
* *
19865 AAAAAAAGGAAAAACGATAAT-AGAAGAGTAAAAAACCCTTCAATTTTTATGGCGTTGAATTACA
519 AAAAAAAGGAAAAACGATAATAAG-A-AG--AAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCTTTGAATTACA
* * * *
19929 TATTTTTTCTAAGTATTCTGGCAAAAAAATGAGGAAAAAATTTTCGGATCATTTTTTGCAAAATT
580 TATTTTTTCTGAGTATTCTGGCAAAAAATTGAGGAAAAAATTTTTGGGTCATTTTTTGCAAAATT
** * * * *
19994 TTTTCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAATACGCATTTCGGAGTGCAGGCTT
645 TTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGTGCCGGCTC
*
20059 AATTTTGCAGGATTGTTGGCACAAAAACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCGAACCAAATGTCAG
710 AATTTTGCAGGATTGTTGGCACAAAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCGAACCAAATGTCAG
*
20124 CCACATTGGATATAAAAATTTGCTTTTACTAGCATCTCAATCTTGTTTTGATTGAATTAGAAATT
775 CCACATTGGATATAAAAATTTGCTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTTGATTGAATTAGAAATT
20189 AATTCGGAAACAAAT
840 AATTCGGAAACAAAT
* * *
20204 GGAAAAACGATATTGGAAGCGAGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTT
1 GGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTT
* * *
20269 CTAAATATTTCACAAAAAATTGAGTTAAAACTTTTCGGGTAAGTTTTTAGCGGAAATCGTGTACT
66 CTAAATATTTCACAAAAAATTGAGTAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCAGAAATCGTGTACT
* * * *
20334 AACCATCACGGTTTTAGGCTAAAAATGCGTTTCGGGGCTCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
131 AACCATCATGGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
* * *
20399 CAGAAAGACCGCGTGAAATATCTATATTCAATTAACTAAATCTAAGCCACAATGGATTTAAAGAT
196 CAGAAAGATC-CTTGAAATATCTATATTCAATTAACTAAATCTAAGCCACAATGGATTTAAGGAT
20464 TTGTTTTTACG
260 TTGTTTTTACG
Statistics
Matches: 2567, Mismatches: 213, Indels: 90
0.89 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
836 2 0.00
837 3 0.00
838 359 0.14
839 57 0.02
840 86 0.03
841 223 0.09
842 37 0.01
844 2 0.00
845 2 0.00
846 1 0.00
852 2 0.00
853 88 0.03
854 289 0.11
855 407 0.16
856 182 0.07
857 70 0.03
858 210 0.08
859 189 0.07
860 327 0.13
861 31 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (854 bp):
GGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTT
CTAAATATTTCACAAAAAATTGAGTAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCAGAAATCGTGTACT
AACCATCATGGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
CAGAAAGATCCTTGAAATATCTATATTCAATTAACTAAATCTAAGCCACAATGGATTTAAGGATT
TGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAATTAGAAATAAATTCGGGAAAAAAAG
GAAAAACGATATTAGAAGTGTGAAAAACCCGTCAATTTTTTTGGCGTCGAATTATATATTTTTTC
TGAGTATTGTGGCAATGAATTGAGGGAAAAAAATTTTGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCAA
AATCGTTTACTCATCATGGTTTTCTGAATCTTATTTCAATTTAATTAGAAATAAATTCGTGGAAA
AAAAAGGAAAAACGATAATAAGAAGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCTTTGAATTACATATTTT
TTCTGAGTATTCTGGCAAAAAATTGAGGAAAAAATTTTTGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCC
GAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGTGCCGGCTCAATTTT
GCAGGATTGTTGGCACAAAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCGAACCAAATGTCAGCCACAT
TGGATATAAAAATTTGCTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTTGATTGAATTAGAAATTAATTCG
GAAACAAAT
Found at i:19987 original size:199 final size:200
Alignment explanation
Indices: 19623--19995 Score: 536
Period size: 199 Copynumber: 1.9 Consensus size: 200
19613 TTTACGAGCA
* *
19623 TCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAATTAGAAATAAATTCCATAAAAAAAAGGAAAACGATATTA
1 TCTGAATCTTGTTTCGA--TAATTAATTAGAAATAAATTCCAGAAAAAAAAGGAAAACGATAATA
* * * * * *
19688 GAAGTGTGAAAAACCCGTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCA
64 GAAGAGTAAAAAACCCGTCAATTTTTATGGCGTTGAATTACATATTTTTTCTAAGTATTCTGGCA
** * *
19753 ATGAATTGAGGGAAAAAAATTTGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCAAAATTGTTTACTCATC
129 AAAAAATGAGGGAAAAAAATTTGGATCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCAAAATTGTTTACTCATC
19818 ATGGTTT
194 ATGGTTT
**
19825 TCTGAATCTTGTTTC-A-AATTAATTAGAAATAAATTCGGGAAAAAAAAGGAAAAACGATAATAG
1 TCTGAATCTTGTTTCGATAATTAATTAGAAATAAATTCCAGAAAAAAAAGG-AAAACGATAATAG
*
19888 AAGAGTAAAAAACCCTTCAATTTTTATGGCGTTGAATTACATATTTTTTCTAAGTATTCTGGCAA
65 AAGAGTAAAAAACCCGTCAATTTTTATGGCGTTGAATTACATATTTTTTCTAAGTATTCTGGCAA
* *
19953 AAAAATGA-GGAAAAAATTTTCGGATCATTTTTTGCAAAATTTT
130 AAAAATGAGGGAAAAAAATTT-GGATCAGTTTTTGCAAAATTTT
19996 TTCCGAAATC
Statistics
Matches: 152, Mismatches: 17, Indels: 7
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
198 41 0.27
199 95 0.62
201 1 0.01
202 15 0.10
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (200 bp):
TCTGAATCTTGTTTCGATAATTAATTAGAAATAAATTCCAGAAAAAAAAGGAAAACGATAATAGA
AGAGTAAAAAACCCGTCAATTTTTATGGCGTTGAATTACATATTTTTTCTAAGTATTCTGGCAAA
AAAATGAGGGAAAAAAATTTGGATCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCAAAATTGTTTACTCATCAT
GGTTT
Done.