Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01017855.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig17888, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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222 TAACCATGTA
*
232 TTCTTTCT
1 TTCTTTTT
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1 TTCTTTTT
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1 TTCTTTTT
255 TTCTTTTT
1 TTCTTTTT
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1 TTCTT
268 GAAAGACACA
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TTCTTTTT
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2350 CTTAAAGTTA
2360 ATTTTGTTTTTCAAAAAATAGAGTTACATTATTT
1 ATTTTGTTTTT--AAAAA-A-AGTTACATTATTT
* *
2394 ATTTTTTTTTTACAAAAAGTTACATTATTT
1 ATTTTGTTTTTAAAAAAAGTTACATTATTT
2424 ATT
1 ATT
2427 AAATTCTCTT
Statistics
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ATTTTGTTTTTAAAAAAAGTTACATTATTT
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12616 CATGACTCAA
*
12626 GGTGACCAAAATTATCCAAAATTCA-A-AAGCTAACCATCATGATTGAT
1 GGTGACCAAAATTATCCAAAATT-AGATAAGCTAACCATCACGATTGAT
*
12673 GGTGACCAAAAATT-TGCC-AAATTAGATTAGGCTAACCATCACGATTGAT
1 GGTGACC-AAAATTAT-CCAAAATTAGA-TAAGCTAACCATCACGATTGAT
12722 AGTGGCTAAA
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GGTGACCAAAATTATCCAAAATTAGATAAGCTAACCATCACGATTGAT
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Indices: 12886--13047 Score: 252
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12876 AATAATTTCA
* * * *
12886 AGGTTAACCATCACGACTGATGGTGGCCAAAACAAACCATCACGATCAATGGTAACCAAATTCCT
1 AGGTTAACAATCACGCCCGATGGTGGTCAAAACAAACCATCACGATCAATGGTAACCAAATTCCT
* *
12951 AGGTTAACAATCATGCCCGATGGTGGTCAAAACAAACCATCACGATCAATGGTGACCAAATTCCT
1 AGGTTAACAATCACGCCCGATGGTGGTCAAAACAAACCATCACGATCAATGGTAACCAAATTCCT
**
13016 AGACTAACAATCACGCCCGATGGTGGTCAAAA
1 AGGTTAACAATCACGCCCGATGGTGGTCAAAA
13048 TTGGTCAAAA
Statistics
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AGGTTAACAATCACGCCCGATGGTGGTCAAAACAAACCATCACGATCAATGGTAACCAAATTCCT
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13665 TGGTTACCGG
* * *
13675 AATTGGTCAAAATTTCAAGGTTAACCATCACGACCAAAGGTAGCCAA
1 AATTGGCCAAAATTCCAAGGCTAACCATCACGACCAAAGGTA--CAA
13722 AATTGGCCAAAATTCCAAGGCTAACCATCACGACCCATAATGGT-CAA
1 AATTGGCCAAAATTCCAAGGCTAACCATCACGA-CCA-AA-GGTACAA
13769 AA-TGGCCAA
1 AATTGGCCAA
13778 TGCTAACCAT
Statistics
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46 7 0.14
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AATTGGCCAAAATTCCAAGGCTAACCATCACGACCAAAGGTACAA
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13726 GGCCAAAATT
*
13736 CCAAGGCTAACCATCACGACCCATAATGGTCAAAAT-GG
1 CCAATGCTAACCATCACGACCCATAATGGTCAAAATAGG
** ** *
13774 CCAATGCTAACCATCACGACTGATGGTGGTCATAATAGG
1 CCAATGCTAACCATCACGACCCATAATGGTCAAAATAGG
13813 CCAAT
1 CCAAT
13818 ATAGGAAAAA
Statistics
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38 30 0.81
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CCAATGCTAACCATCACGACCCATAATGGTCAAAATAGG
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Period size: 323 Copynumber: 7.6 Consensus size: 325
13973 TGTTCCGGGT
* * * *
13983 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTG-CGTCAAGACTCC-TTCAAATTTCTATATTCATCTAAC
1 CCCGGCTCAGATTTGCATGA-TTTTTGACGCCAAGAC-CCATTGAAATATCTATATTCATCTAAC
* *
14046 CAAATCTCAGCCAC-----A-TTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAAAATCCAGTTTCAATTTA
64 CAAATCTCAACCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAAAATCCAGTTTCGATTTA
* * * *
14105 ATTATAAAATAATTCAGAAAAAAAGAAAAATGATATTAGAAGTATAAAAAACCCTTCAATCTTTT
129 ATTATAAAATAATTCAGAAAAAAAGAAAAATGATATTAAAAGCATGAAATACCCTTCAATC--TT
*
14170 TGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTATGGCAAAAAATTGAGGGAAAATCTTTCGGCTC
192 T-GTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTATGGCAAAAAATTGAGGGAAAATCTTTCGGTTC
* * * * *
14235 AATTTTTACAAAATTTTAACAGAAATTGTATACTAATCATCATAGTTTTAAGCTAAAATGCGTTT
256 AATTTTTACAAAATTTTAACTGAAATCGTGTACTAATAATCATGGTTTTAAGCTAAAATGCGTTT
14300 GGGGCC
321 -GGGCC
14306 CCCGGCTCAGATTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACCCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCA
1 CCCGGCTCAGATTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACCCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCA
* *
14371 AATCTCAACCATATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAAAATTCAGTTTCGATTTAAT
66 AATCTCAACCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAAAATCCAGTTTCGATTTAAT
**
14436 TATAAAATAATTTGGAAAAAAAAGAAAAATGATA-TAAAAGCATGAAATACCCTTCAATC-TT-T
131 TATAAAATAATTCAG-AAAAAAAGAAAAATGATATTAAAAGCATGAAATACCCTTCAATCTTTGT
*
14498 -TTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTATGGCAAAAAATTAAGGGAAAATCTTTCGGTTCAATT
195 GTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTATGGCAAAAAATTGAGGGAAAATCTTTCGGTTCAATT
* *
14562 TTTACAAAATTTTAACTGAAATCGTGTACTAATAATCATGGTTGTAACCTAAAATGCGTTTCGGG
260 TTTACAAAATTTTAACTGAAATCGTGTACTAATAATCATGGTTTTAAGCTAAAATGCGTTT-GGG
14627 CC
324 CC
14629 CCCGGCTCAGATTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACCCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCA
1 CCCGGCTCAGATTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACCCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCA
*
14694 AATCTCAACCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAAAATTCAGTTTCGATTTAAT
66 AATCTCAACCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAAAATCCAGTTTCGATTTAAT
** *
14759 TATAAAATAATTTGGAAAAAAAGAAAAATGATA-TAAAAGCGTGAAATACCCTTCAATC-TT-T-
131 TATAAAATAATTCAGAAAAAAAGAAAAATGATATTAAAAGCATGAAATACCCTTCAATCTTTGTG
* *
14820 TTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTATGGCAAAAAATTGAGGGAAAGTCTTTCGGTTCAGTTT
196 TTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTATGGCAAAAAATTGAGGGAAAATCTTTCGGTTCAATTT
* * * ** * *
14885 TTACAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAATTATCACGGTTTTTTGTTAAAAACGCGTTCTGGG
261 TTACAAAATTTTAACTGAAATCGTGTACTAATAATCATGGTTTTAAGCT-AAAATGCGTT-TGGG
*
14950 -T
324 CC
* * * *
14951 CTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAAACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCA
1 CCCGGCTCAGATTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACCCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCA
* *
15016 AATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGATTTAAT
66 AATCTCAACCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAAAATCCAGTTTCGATTTAAT
* * * *
15081 GATAAAATAATTCAGAAAAAAAGGAAAAATAATATTAGAAGCGTGAAA-AGCCCTTCAATCTTTT
131 TATAAAATAATTCAGAAAAAAA-GAAAAATGATATTAAAAGCATGAAATA-CCCTTCAATC--TT
* * *
15145 TGGTGTTGAATAATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGA-GGAATAATCTTTCGTTT
192 T-GTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTATGGCAAAAAATTGAGGGAA-AATCTTTCGGTT
* * * * *
15209 CAATTTTTACAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATTTCA-GCTTTT-TGC-AAAATTTT
255 CAATTTTTACAAAATTTTAACTGAAATCGTGTACTAA-TA-ATCATGGTTTTAAGCTAAAA---T
* * ** *
15271 AACCAAAATTGTGTACTA
315 --GC---GTT-TGGGC-C
** ** * * ** * * *
15289 AACATCACAGTTTTGTGCTAAAAATGCGTTTTG-GGTCCAACTCAGTTTTCCATGAGTTTTGACA
1 CCCGGCTCAG-ATT-TGC-----ATGATTTTTGACG-CC-A---AG---ACC--CA---TTG---
* * * * *
15353 CTAAGAGTCATTAAAATATCTATATCCTTCTAACCGAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTT
43 --AA-A-T-A-T---CTA--TAT-T-CATCTAACCAAATCTCAACCACATTGAATTTAAGGATTT
* * * * *
15418 GTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGAATTAATGATAAAATAATTCGGAAAAAAAGGAAATA
95 GTTTTTACGAGCATCAAAATCCAGTTTCGATTTAATTATAAAATAATTCAGAAAAAAA-GAAAAA
* * * * *
15483 TAATATTAGAAGCGTGAAA-AGCCATTCAATCTTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTAATGAG
159 TGATATTAAAAGCATGAAATA-CCCTTCAATC---TTT-GTGTTGAATTATATATTTTTTATGAG
* * * * * * * * *
15547 AATTGTGGCAAAAAACTAAGGAAAAATCTTTCGGTTCAGTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC
219 TATTATGGCAAAAAATTGAGGGAAAATCTTTCGGTTCA-ATTTTTACAAAATTTTAACTGAAATC
* ** * *
15612 GTGTACT--T--TCACGGTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCTGGG-T
283 GTGTACTAATAATCATGG-TTTTAAGCT-AAAATGCGTT-TGGGCC
* * * * * * *
15653 CCCGGGTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATCCTTCTAACCG
1 CCCGGCTCAGATTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACCCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCA
* * * ** **
15718 AATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTT-GGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT
66 AATCTCAACCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAAAATCCAGTTTCGATTTAAT
** * * * * * *
15782 TAGT-ACCTAATTCGGAAAAATATATAAAACGATATTAGAAGCGTGAAA-AGCGCCTT-AATCTT
131 TA-TAAAATAATTCAGAAAAAAAGA-AAAATGATATTAAAAGCATGAAATA-C-CCTTCAATC--
* * * ** *
15844 TTTGACGTTGAATTGTATTTATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAATTTTTTC
190 TTTG-TGTTGAA-T-TATATATTTTTTATGAGTATTATGGCAAAAAATTGAGGGAAAA-TCTTTC
* * * * ** * * **
15909 GGTT-AAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCACCAAGGTTTTTTGCTAAAAA
251 GGTTCAA-TTTTTACAAAATTTTAACTGAAATCGTGTACTAATAATCATGGTTTTAAGCT-AAAA
* *
15973 CGTGTTTTGGG--
314 TGCG-TTTGGGCC
***** * * * * *
15984 TTTTTCTCAGTTTTGCATGAATTTTGACGTCAAGACTCACTGAAATATCTATATTCATCTAACCA
1 CCCGGCTCAGATTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACCCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCA
** * * *
16049 AATCTCAGTCAAATTGAATTTAAGGATATGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGATTTAAT
66 AATCTCAACCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAAAATCCAGTTTCGATTTAAT
* ** * * * * *
16114 GATAAAATAATTGGGAAAAAAACAAAAAATGATATTAGATGCGTGAAA-AGCCCTTCAATGTTTT
131 TATAAAATAATTCAGAAAAAAA-GAAAAATGATATTAAAAGCATGAAATA-CCCTTCAA--TCTT
* * * *
16178 TAGTGTTGAATCATATATTTTTTATGAGT-GTAGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGTT
192 T-GTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTA-TGGCAAAAAATTGAGGGAAAATCTTTCGGTT
* * * * ** ** ** *
16242 CAATTTTAACAAAATTTTAGCCGAAATCGTCTACTAACCATCAAAGTTTTGTGCTAAAAACGCGT
255 CAATTTTTACAAAATTTTAACTGAAATCGTGTACTAATAATCATGGTTTTAAGCT-AAAATGCG-
*
16307 TTTGGG-T
318 TTTGGGCC
* * * * ** * * * *
16314 CCTGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCTAAGAGTCATCGAAATATCTATATCCTTCTAACCG
1 CCCGGCTCAGATTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACCCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCA
* * * * * *
16379 AATCCCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTATGAGTATCAAAATCCAGTTTCGATTTAAT
66 AATCTCAACCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAAAATCCAGTTTCGATTTAAT
* * *
16444 GATAAAATAATTCTAGAAAAAAAGGAAAAATAATATTAGAAGCATGGAAAGT--CCTTCAATCTT
131 TATAAAATAATTC-AGAAAAAAA-GAAAAATGATATTAAAAGCAT-GAAA-TACCCTTCAATCTT
16507 T
192 T
16508 TTGATGTTGA
Statistics
Matches: 1867, Mismatches: 230, Indels: 204
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
322 298 0.16
323 349 0.19
324 24 0.01
326 3 0.00
327 14 0.01
328 71 0.04
329 275 0.15
330 272 0.15
331 129 0.07
332 101 0.05
333 11 0.01
334 1 0.00
336 5 0.00
337 1 0.00
338 6 0.00
339 4 0.00
340 5 0.00
344 1 0.00
345 13 0.01
346 1 0.00
348 1 0.00
349 1 0.00
350 1 0.00
352 1 0.00
353 2 0.00
354 1 0.00
356 1 0.00
357 12 0.01
358 1 0.00
362 5 0.00
363 4 0.00
364 5 0.00
365 1 0.00
366 5 0.00
369 6 0.00
370 1 0.00
371 7 0.00
372 4 0.00
373 128 0.07
374 63 0.03
375 33 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (325 bp):
CCCGGCTCAGATTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACCCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCA
AATCTCAACCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAAAATCCAGTTTCGATTTAAT
TATAAAATAATTCAGAAAAAAAGAAAAATGATATTAAAAGCATGAAATACCCTTCAATCTTTGTG
TTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTATGGCAAAAAATTGAGGGAAAATCTTTCGGTTCAATTT
TTACAAAATTTTAACTGAAATCGTGTACTAATAATCATGGTTTTAAGCTAAAATGCGTTTGGGCC
Found at i:16361 original size:330 final size:330
Alignment explanation
Indices: 15256--16517 Score: 1499
Period size: 329 Copynumber: 3.8 Consensus size: 330
15246 CCATTTCAGC
* * * * * *
15256 TTTTTGCAAAATTTTAACCAAAATTGTGTACTAAACATCACAGTTTTGTGCTAAAAATGCGTTTT
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAAAGTTTTGTGCTAAAAACGCGTTTT
*** * * * * **
15321 GGGTCC-AACTCAGTTTTCCATGAGTTTTGACACTAAGAGTCATTAAAATATCTATATCCTTCTA
66 GGGTCCTGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCTAAGACTCATCGAAATATCTATATCCTTCTA
*
15385 ACCGAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGAAT
131 ACCGAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGATT
* * *
15450 TAATGATAAAATAATTCGGAAAAAAAGGAAATATAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCATTCAATCT
196 TAATGATAAAATAATTCGGAAAAAAAGAAAAAATAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATC-
* * * * * *
15515 TTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTAATGAGAATTGTGGCAAAAAACTAAGGAAAAATCTTTCG
260 TTTTTGATGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATATTTCG
*
15580 GTTCAGT
325 GTTCA-A
* ** * *
15587 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT----TTCACGGTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTC
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAAAG-TTTTGTGCTAAAAACGCGTTT
* * * * *
15648 TGGGTCCCGGGTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATCCTTCT
65 TGGGTCCTGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCTAAGACTCATCGAAATATCTATATCCTTCT
* * ** **
15713 AACCGAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTT-GGAGCATCTGAATCTTGTTTCGAT
130 AACCGAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGAT
* ** * * * **
15777 TTAATTAGT-ACCTAATTCGGAAAAATATATAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCGCCTT-AA
195 TTAATGA-TAAAATAATTCGGAAAAAAAGAAAAAATAATATTAGAAGCGTGAAAAGC-CCTTCAA
* * * *
15840 TCTTTTTGACGTTGAATTGTATTTATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAATTT
258 TCTTTTTGATGTTGAA-T-TATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAA-TA
15905 TTTCGGTT-AA
320 TTTCGGTTCAA
* * * * *
15915 GTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCACCAAGGTTTTTTGCTAAAAACGTGTTT
1 -TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAAAGTTTTGTGCTAAAAACGCGTTT
** * * *
15980 TGGGT--TTTTCTCAGTTTTGCATGAATTTTGACG-TCAAGACTCA-CTGAAATATCTATATTCA
65 TGGGTCCTGGT-TCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCT-AAGACTCATC-GAAATATCTATATCCT
* * * * *
16041 TCTAACCAAATCTCAGTCAAATTGAATTTAAGGATATGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTC
127 TCTAACCGAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTC
* * * *
16106 GATTTAATGATAAAATAATTGGGAAAAAAACAAAAAATGATATTAGATGCGTGAAAAGCCCTTCA
192 GATTTAATGATAAAATAATTCGGAAAAAAAGAAAAAATAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCA
* * * *
16171 ATGTTTTT-AGTGTTGAATCATATATTTTTTATGAGTGTAGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATAT
257 ATCTTTTTGA-TGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATAT
16235 TTCGGTTCAA
321 TTCGGTTCAA
** *
16245 TTTTAACAAAATTTTAGCCGAAATCGTCTACTAACCATCAAAGTTTTGTGCTAAAAACGCGTTTT
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAAAGTTTTGTGCTAAAAACGCGTTTT
*
16310 GGGTCCTGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCTAAGAGTCATCGAAATATCTATATCCTTCTA
66 GGGTCCTGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCTAAGACTCATCGAAATATCTATATCCTTCTA
* * *
16375 ACCGAATCCCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTATGAGTATCAAAATCCAGTTTCGATT
131 ACCGAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGATT
* * * * *
16440 TAATGATAAAATAATTCTAGAAAAAAAGGAAAAATAATATTAGAAGCATGGAAAGTCCTTCAATC
196 TAATGATAAAATAATTC-GGAAAAAAAGAAAAAATAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATC
16505 TTTTTGATGTTGA
260 TTTTTGATGTTGA
16518 GAAATCTTCT
Statistics
Matches: 783, Mismatches: 122, Indels: 52
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
327 17 0.02
328 91 0.12
329 230 0.29
330 169 0.22
331 170 0.22
332 102 0.13
333 4 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (330 bp):
TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAAAGTTTTGTGCTAAAAACGCGTTTT
GGGTCCTGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCTAAGACTCATCGAAATATCTATATCCTTCTA
ACCGAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGATT
TAATGATAAAATAATTCGGAAAAAAAGAAAAAATAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCT
TTTTGATGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGG
TTCAA
Found at i:16543 original size:660 final size:659
Alignment explanation
Indices: 15256--16517 Score: 1633
Period size: 660 Copynumber: 1.9 Consensus size: 659
15246 CCATTTCAGC
* *
15256 TTTTTGCAAAATTTTAACCAAAATTGTGTACTAAACATCACAGTTTTGTGCTAAAAATGCGTTTT
1 TTTTTGCAAAATTTTAACCAAAATTGTGTACTAAACACCACAGTTTTGTGCTAAAAACGCGTTTT
* * * *
15321 GGGTCCAACTCAGTTTTCCATGAGTTTTGACACTAAGAGTCATTAAAATATCTATATCCTTCTAA
66 GGGTCCAACTCAGTTTTCCATGAATTTTGACACTAAGACTCACTAAAATATCTATATCCATCTAA
* * * *
15386 CCGAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGAATT
131 CCAAATCTCAGCCAAATTGAATTTAAGGATATGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGAATT
** * *
15451 AATGATAAAATAATTCGGAAAAAAAGGAAATATAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCATTCAATCTT
196 AATGATAAAATAATTCGGAAAAAAACAAAAAATAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCATTCAATCGT
* * * *
15516 TTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTAATGAGAATTGTGGCAAAAAACTAAGGAAAAATCTTTCGG
261 TTTTAGTGTTGAATCATATATTTTTAATGAGAATAGTGGCAAAAAACTAAGGAAAAATATTTCGG
* ** * * ** *
15581 TTCAGTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTTTCACGGTTTTTTTGCTAAAAACGCGT
326 TTCAGATTTTAACAAAATTTTAGCCGAAATCGTCTACTATCAAAGTTTTTGTGCTAAAAACGCGT
* *
15646 TCTGGGTCCCGGGTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATCCTT
391 TCTGGGTCCCGGGTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCATCGAAATATCTATATCCTT
* ** **
15711 CTAACCGAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTGGAGCATCTGAATCTTGTTTCGA
456 CTAACCGAATCCCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTGGAGCATCAAAATCCAGTTTCGA
* ** * * * * *
15776 TTTAATTAGTACCTAATTCGGAAAAATATATAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCGCCTTAAT
521 TTTAATGAGTAAATAATTCAGAAAAAAAGATAAAACAATATTAGAAGCATGAAAAGCGCCTTAAT
** * *
15841 CTTTTTGACGTTGAATTGTATTTATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAATTTT
586 CTTTTTGACGTTGAA-TGTAAATATTCTTTACGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAATTTT
15906 TTCGGTTAAG
650 TTCGGTTAAG
* * * * *
15916 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCACCA-AGGTTTTTTGCTAAAAACGTGTTT
1 TTTTTGCAAAATTTTAACCAAAATTGTGTACTAAACACCACA-GTTTTGTGCTAAAAACGCGTTT
**** * * * *
15980 TGGGTTTTTCTCAGTTTTGCATGAATTTTGAC-GTCAAGACTCACTGAAATATCTATATTCATCT
65 TGGGTCCAACTCAGTTTTCCATGAATTTTGACACT-AAGACTCACTAAAATATCTATATCCATCT
* *
16044 AACCAAATCTCAGTCAAATTGAATTTAAGGATATGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGAT
129 AACCAAATCTCAGCCAAATTGAATTTAAGGATATGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGAA
* * * *
16109 TTAATGATAAAATAATTGGGAAAAAAACAAAAAATGATATTAGATGCGTGAAAAGCCCTTCAAT-
194 TTAATGATAAAATAATTCGGAAAAAAACAAAAAATAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCATTCAATC
* ** * *
16173 GTTTTTAGTGTTGAATCATATATTTTTTATGAGTGTAGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATATTTC
259 GTTTTTAGTGTTGAATCATATATTTTTAATGAGAATAGTGGCAAAAAACTAAGGAAAAATATTTC
16238 GGTTCA-ATTTTAACAAAATTTTAGCCGAAATCGTCTACTAACCATCAAAG-TTTTGTGCTAAAA
324 GGTTCAGATTTTAACAAAATTTTAGCCGAAATCGTCTACT----ATCAAAGTTTTTGTGCTAAAA
* * * * *
16301 ACGCGTTTTGGGTCCTGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCTAAGAGTCATCGAAATATCTAT
385 ACGCGTTCTGGGTCCCGGGTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCATCGAAATATCTAT
*
16366 ATCCTTCTAACCGAATCCCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTAT-GAGTATCAAAATCC
450 ATCCTTCTAACCGAATCCCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTG-TTTT-TGGAGCATCAAAATCC
* *
16430 AGTTTCGATTTAATGA-TAAAATAATTCTAGAAAAAAAGGA-AAAATAATATTAGAAGCATGGAA
513 AGTTTCGATTTAATGAGT-AAATAATTC-AGAAAAAAA-GATAAAACAATATTAGAAGCATGAAA
* *
16493 AG-TCCTTCAATCTTTTTGATGTTGA
575 AGCGCCTT-AATCTTTTTGACGTTGA
16518 GAAATCTTCT
Statistics
Matches: 515, Mismatches: 75, Indels: 21
0.84 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
658 29 0.06
659 63 0.12
660 221 0.43
661 113 0.22
662 43 0.08
663 45 0.09
664 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (659 bp):
TTTTTGCAAAATTTTAACCAAAATTGTGTACTAAACACCACAGTTTTGTGCTAAAAACGCGTTTT
GGGTCCAACTCAGTTTTCCATGAATTTTGACACTAAGACTCACTAAAATATCTATATCCATCTAA
CCAAATCTCAGCCAAATTGAATTTAAGGATATGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGAATT
AATGATAAAATAATTCGGAAAAAAACAAAAAATAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCATTCAATCGT
TTTTAGTGTTGAATCATATATTTTTAATGAGAATAGTGGCAAAAAACTAAGGAAAAATATTTCGG
TTCAGATTTTAACAAAATTTTAGCCGAAATCGTCTACTATCAAAGTTTTTGTGCTAAAAACGCGT
TCTGGGTCCCGGGTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCATCGAAATATCTATATCCTT
CTAACCGAATCCCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTGGAGCATCAAAATCCAGTTTCGA
TTTAATGAGTAAATAATTCAGAAAAAAAGATAAAACAATATTAGAAGCATGAAAAGCGCCTTAAT
CTTTTTGACGTTGAATGTAAATATTCTTTACGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAATTTTT
TCGGTTAAG
Found at i:17190 original size:330 final size:326
Alignment explanation
Indices: 16573--18811 Score: 2319
Period size: 330 Copynumber: 6.8 Consensus size: 326
16563 AATTAATTCA
* * * * * *
16573 GAAAAATATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCGCTTTAATCTTTTTGACATTGAATTGTA
1 GAAAAA-AGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGC-CCTTAATATTTTTGACGTTGAATTATA
** * * * *
16638 TTTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAATAATAATCTTTCGGTTCAGTTGTTGCAAAATTT
64 TTTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGTTCAATTTTTGCAAAATTT
* *
16703 TAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAAGGTTTTTTTTGCTAAAAACACGTTCTGGGTCCCGGTTC
129 TAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAAGG--TTTTTTGCTAAAAACGCGTTCTGGGTCCCGGCTC
*
16768 AGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCAATGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAG
192 AGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCACTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAG
*
16833 TCAAATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGATTTAATGATAAAAT
257 TCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGATTTAATGATAAAAT
16898 AATCGG
322 AATC-G
** * *
16904 GAAAAAAGGAAAAATGATATTAGATCCGTGAAAAGCCCTTCCATATTTTT-AGTGTTGAATTATA
1 GAAAAAAGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTT-AATATTTTTGA-CGTTGAATTATA
* *
16968 TATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGTTTCAATTTTTTTCAAAAT
64 T-TTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGTTCAA-TTTTTGCAAAAT
*
17033 TTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAAGGTTTTGTGCTAAAAACGCGTTCTGGGTCCCGAG-T
127 TTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAAGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCTGGGTCCCG-GCT
* ** *
17097 CAGTTTTGCATGATTTTTGAAGATAAGATTCACTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCA
191 CAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCACTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCA
*
17162 GTCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGATTTAATGATAGAA
256 GTCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGATTTAATGATAAAA
*
17227 TCATTCG
321 T-AATCG
* * *
17234 AAAAAAAGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTAAAACTTTTTGACGTTGAATTGTAT
1 GAAAAAAGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTAATA-TTTTTGACGTTGAATTATAT
* * *
17299 TTTTTTATGAGTATTGTGGCGAAAAATTTAGGAAAAATTTTTCGGTTCAATTTTTACAAAATTTT
65 TTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGTTCAATTTTTGCAAAATTTT
* * * ** * * * **
17364 AGCCGAAATCATGTACTAGCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAATGCATTCCGGACCCCCGGCTCAG
130 AGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAAGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCTGG-GTCCCGGCTCAG
* * * * * * *
17429 TTTAGCATGATTTTTTACGCCAAGAC-CCCTTAAAATATCTATATTTAT-AAAAACAAATCTCAG
194 TTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCAC-TGAAATATCTATATTCATCTAACA-AAATCTCAG
* * * * *** * ** *
17492 CCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTCTTTCGATTTAATTAGCAATT
257 TCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGATTTAATGATAAAAT
17557 AATTCG
322 AA-TCG
** * * ** * *
17563 GATAATTAGGAAAAACGATATTAGAGGATTGAAAAACCCTTTAATCTTTTTGACGTTG---TATA
1 GA-AAAAAGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCC-TTAATATTTTTGACGTTGAATTATA
* * *
17625 -TTTTTTATGAGTATTGTGG-ACAAAAATTTATGAAAAATATTTCGGTTCAATTTTTTGCAAAAT
64 TTTTTTTATGAGTATTGTGGCA-AAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGTTCAA-TTTTTGCAAAAT
* * * * * *
17688 TTTAGTCGAAATCGTGCACGAACCGTCACA-GTTTTTTGCT-AAATCGCGTTCTAGGTCCCGGCT
127 TTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCA-AGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCTGGGTCCCGGCT
* * * * * * * *
17751 CAGTCTTGGACGATTTTTTGACGCCAAGACTCATTGATATATCTATATGT-ATTTAACCAAATAT
191 CAGTTTTGCATGA-TTTTTGACGCCAAGACTCACTGAAATATCTATAT-TCATCTAACAAAATCT
* * *
17815 AAGACACATTGAATTTAATGATTTGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGATTTAATGATAA
254 CAGTCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGATTTAATGATAA
17880 AATAATTCG
319 AATAA-TCG
* * * * *
17889 AAAAAAAGGAAAAATGATAGTA-AAGCGTTAAAAGCCCTTAAATCTTTTTGACGTTGAA--ATGT
1 GAAAAAAGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTT-AATATTTTTGACGTTGAATTATAT
* * * * * *
17951 TTTTTTATGAGTATTGTGGCTCAAAAA-TGAGTAAAAATATTTCGGTGCACTTTTTGGAAAATTT
65 TTTTTTATGAGTATTGTGGC-AAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGTTCAATTTTTGCAAAATTT
* * * *
18015 TAGCCGAAATCGTTTACTAACCATCACA-GTTTTTTGCTAAAAACACGTTCTGAGTCCCGACTCA
129 TAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCA-AGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCTGGGTCCCGGCTCA
* * * * **
18079 GTTTTGCATGATTTTTTACGCCAAGACTCATTGAAATGTCTATA-TCGTTCTAACTGAATCTCAG
193 GTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCACTGAAATATCTATATTC-ATCTAACAAAATCTCAG
* * * ** ** * *
18143 CCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGT-AAT
257 TCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGATTTAATGA-TAAAA
*
18207 TAATACA
321 TAAT-CG
* ** ** *
18214 GAAAAATATGAAAAACAATATTAGAAGCGTGAAAAGTCATTTAATATTTTTGACGTTGAATTTTA
1 GAAAAA-AGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAG-CCCTTAATATTTTTGACGTTGAATTATA
* * * *
18279 TTTTTTTATGAGTATTGTGGC-----A---A--AAAAATCTTTAGGTTCAGTTTGTGCAAAATTT
64 TTTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGTTCAATTTTTGCAAAATTT
* *
18334 TAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAAGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGTCCTGGCTCAG
129 TAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAAGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCTGGGTCCCGGCTCAG
* *
18399 TTTTGCATGATTTTTGACGTCAAGACTCACTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTC
194 TTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCACTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGTC
* * * *
18464 ACATTGAATTTAAGCATTTGTTTTTATGAGTATCAAAATCAAGTTTCAATTTAATGATAAAATAA
259 ACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGATTTAATGATAAAATAA
*
18529 TTGG
324 -TCG
** * * ** * * * *
18533 GAAAAAACAAAAAATAATATTTGTTGCGTGAAAATCCCTTCAATGTTTTAG-TGTTGAATTATAT
1 GAAAAAAGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTT-AATATTTTTGACGTTGAATTATAT
* * * *
18597 ATTTTTTATGAGTAGTGTGGCAAAAAAATTAAGGAAAAATTTTTTGGTTCAATTTTTACAAAATT
65 -TTTTTTATGAGTATTGTGGC-AAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGTTCAATTTTTGCAAAATT
* * * ** * * *** *
18662 TTAACCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGAGTTTCAGACCCCCGGCTT
128 TTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAAGGTTTTTTGCTAAAAACGCG-TTCTGGGTCCCGGCTC
* *** * * *
18727 AGTTTAGCATGATTTTTTG-CTTTAAGACTCCCTGAAATATCTATATTCAT-AAAAACAAATCTC
192 AGTTTTGCATGA-TTTTTGACGCCAAGACTCACTGAAATATCTATATTCATCTAACA-AAATCTC
* * *
18790 AGCCACATTGGATTTACGGATT
255 AGTCACATTGAATTTAAGGATT
18812 CATCTTTACG
Statistics
Matches: 1583, Mismatches: 267, Indels: 117
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
317 14 0.01
318 51 0.03
319 195 0.12
320 3 0.00
321 1 0.00
323 4 0.00
324 28 0.02
325 182 0.11
326 229 0.14
327 82 0.05
328 68 0.04
329 255 0.16
330 365 0.23
331 65 0.04
332 41 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (326 bp):
GAAAAAAGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTAATATTTTTGACGTTGAATTATATT
TTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGTTCAATTTTTGCAAAATTTTA
GCCGAAATCGTGTACTAACCATCAAGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCTGGGTCCCGGCTCAGTT
TTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCACTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGTCAC
ATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGATTTAATGATAAAATAATC
G
Found at i:19960 original size:466 final size:466
Alignment explanation
Indices: 19079--19962 Score: 1088
Period size: 466 Copynumber: 1.9 Consensus size: 466
19069 TCCATCTAAT
* * * *
19079 CAAATCTCAGCCATATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCAAAATCTAGTTTTGATTTA
1 CAAATCTCAACCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGATTTA
* *
19144 ATGATAAAATAATTCTGAAAAAAAGAGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTAAATCT
66 ATGATAAAATAATTCAGAAAAAAAGAGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTAAATAT
* * * * *
19209 TTTTGATGTTAGATTGTATTTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAATTTGAGTAAAAATCTTGCGGT
131 TTTTGATATTAGATTATATTTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATGGAGTAAAAATCTTGCGGT
* * *** * ** *
19274 TCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTTGAAATCGTGTACACCCATCACGGTTTTTTGTTAAAAACGCGT
196 TCAATTTTTACAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACAACCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGT
* * *
19339 TCTGGGTCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCAT
261 TCTGGGTCCCGACTCAGTTTAGAATGATTTTTGACGCCAAGACCCATTGAAATATCTATATTCAT
** * * * *
19404 CTAATCAAATCTCAGCCACATTGAATATAAGGATTTATTTTTACGAGTCTCAAAATCCAGTTTCG
326 AAAACCAAATCTCAGACACATTGAATATAAAGATTTATTTTTACGAGACTCAAAATCCAGTTTCG
* * **
19469 ATTTAATGAATAATTCGGAAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGT
391 AGTTAATGAACAATTAAGAAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGT
19534 GGTGATTTAAC
456 GGTGATTTAAC
*
19545 CAAATCTCAACCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTAGGAGTATCAAAATCCAGTTTCGATTTA
1 CAAATCTCAACCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGATTTA
* * *
19610 ATGATAAAATAATT-AG-GAAAAA-TGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATAT
66 ATGATAAAATAATTCAGAAAAAAAGAGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTAAATAT
* *
19672 TTTT-ATAATT-GAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAGAAAATGGAG-GAAAATCTTT
131 TTTTGAT-ATTAG-ATTATAT-TTTTTTATGAGTATTGTGGCAA-AAAATGGAGTAAAAATCTTG
* *
19734 CGGTTCAATTTTTACAGAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCATGGTTTTAAGCTAAAAA
192 CGGTTCAATTTTTACAAAATTTTAACCGAAATCGTGTAC-AACCATCACGGTTTTAAGCTAAAAA
* * *
19799 CGTGTT-TCGGG-CCCTTGACTTAGTTTAGAATGATATTTT-ACGCCAAGACCCCTTGAAATATC
256 CGCGTTCT-GGGTCCC--GACTCAGTTTAGAATGAT-TTTTGACGCCAAGACCCATTGAAATATC
* * * * **
19861 TATATTCATAAAACCACATCTCAGACGCATTGGAGT-TAAAGATTTGTTTTTACGA-ACATTTAA
317 TATATTCATAAAACCAAATCTCAGACACATT-GAATATAAAGATTTATTTTTACGAGAC-TCAAA
** * * *
19924 ATCTTGTTTCGAGTTAATTAGCAATTAATTAAAAAAAAT
380 ATCCAGTTTCGAGTTAATGAACAATTAA-GAAAAAAAAT
19963 TGGAAAAACG
Statistics
Matches: 351, Mismatches: 55, Indels: 23
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
462 3 0.01
463 49 0.14
464 71 0.20
465 37 0.11
466 175 0.50
467 16 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (466 bp):
CAAATCTCAACCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGATTTA
ATGATAAAATAATTCAGAAAAAAAGAGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTAAATAT
TTTTGATATTAGATTATATTTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATGGAGTAAAAATCTTGCGGT
TCAATTTTTACAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACAACCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGT
TCTGGGTCCCGACTCAGTTTAGAATGATTTTTGACGCCAAGACCCATTGAAATATCTATATTCAT
AAAACCAAATCTCAGACACATTGAATATAAAGATTTATTTTTACGAGACTCAAAATCCAGTTTCG
AGTTAATGAACAATTAAGAAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGT
GGTGATTTAAC
Found at i:20301 original size:11 final size:12
Alignment explanation
Indices: 20279--20303 Score: 50
Period size: 12 Copynumber: 2.1 Consensus size: 12
20269 AATTAGAATT
20279 TAATTTGAAAAA
1 TAATTTGAAAAA
20291 TAATTTGAAAAA
1 TAATTTGAAAAA
20303 T
1 T
20304 GTTATTAGAA
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 13 1.00
ACGTcount: A:0.56, C:0.00, G:0.08, T:0.36
Consensus pattern (12 bp):
TAATTTGAAAAA
Found at i:21752 original size:330 final size:326
Alignment explanation
Indices: 19542--21824 Score: 1907
Period size: 330 Copynumber: 7.0 Consensus size: 326
19532 GTGGTGATTT
* * * * *
19542 AACCAAATCTCAACCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTAGGAGTATCAAAATCCAGTTTCGAT
1 AACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAAAATACAGTTTCGAT
* * * *
19607 TTAATGATAAAATAATTAGGAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATAT
66 TTAAT-ATAAAATAATTCGAAAAAAAGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAG-CCTTTAATAT
* * * *
19672 TTTTATA-ATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAGAAAATGGAGG-AAAATCTTTC
129 TGTTA-ACGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCA-AAAATTGAGGAAAAATCTTTC
* *
19735 GGTTCAATTTTTACAGAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCATGGTTTTAAGCTAAAAAC
192 GGTTCAATTTTTACAAAATTTTAA-CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTAAGCTAAAAAC
* * * * * * *
19800 GTGTTTCGGGCCCTTGACTTAGTTTAGAATGATATTTT-ACGCCAAGACCCCTTGAAATATCTAT
256 GCGTTTCGGGCCC-CGGCTCAGTTTTGCATGAT-TTTTGACGCCAAGACTCCTTGAAATATCTAT
19864 ATTCATAA
319 ATTCATAA
* * * * * * ** *
19872 AACCACATCTCAGACGCATTGGAGTTAAAGATTTGTTTTTACGAACATTTAAAT-CTTGTTTCGA
1 AACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAAAATAC-AGTTTCGA
* * * * * *
19936 GTTAAT-TAGCAATTAATT-AAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGGAAAGCCCTTTA
65 TTTAATATA--AAATAATTCGAAAAAAA--GGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAG-CCTTTA
* * * * * * * *
19999 ATCTTTTTTACGTTGAATTGTATATTTTTTATGAGTATTGTGGTCAAAAATTGAGTAAAAGTATT
125 ATATTGTTAACGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATCTT
* * ** *
20064 TCGGTTCAGTTTTTTGA-AAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGTTAA
190 TCGGTTCA-ATTTTT-ACAAAATTTTA-ACGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTAAGCTAA
** * * * * * * *
20128 AAACATGTTTTGGGTCCTGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACACCAAGACTCATTGGAATATCT
252 AAACGCGTTTCGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCCTTGAAATATCT
* * * **
20193 ATCTCCTTCT
317 ATATTCATAA
* * * * *
20203 AA-CGAATCTCAGCTACATTGGATTGAA-AATTT-TATGTTTACGAGCACCAAAA-ATCAGTTTT
1 AACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGT-T-TTTACGAGCATCAAAATA-CAG-TTT
* * * * * *
20264 C-ATATAAT-TAGAATTTAATTTGAAAAATAATTTGAAAAATGTTATTAGAAGCGTGATAAG-C-
62 CGATTTAATATA-AA-ATAATTCGAAAAA-AA--GGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCT
* * * * * * *
20325 ------TT-TT--C----AA-T-CAT-TTTTTTGTGAGCACTGTAGTCAAAAATTGAGGAATAAT
122 TTAATATTGTTAACGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAAT
* * * *
20374 CTTTCGGTTCAATTTTTACAAAATTTTAACTGAAATCATGTACTAATCATCACAGTTTT-CGACT
187 CTTTCGGTTCAATTTTTACAAAATTTTAAC-GAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTAAG-CT
* * * * * ** *
20438 AAAAATGCGTTCCAGGCCCC-TCGTCAGTTTTGCATGATTTTTCG-TGCCATTACTCCTTTAAAT
250 AAAAACGCGTTTCGGGCCCCGGC-TCAGTTTTGCATGATTTTT-GACGCCAAGACTCCTTGAAAT
* **
20501 ATCTATATTTATCT
313 ATCTATATTCATAA
* * *
20515 AACCAAATCTCATCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGAT
1 AACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAAAATACAGTTTCGAT
* *
20580 TTAATGATAAAATAATTCGAAAAAAAGAAAGAAAAATGATATGAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAA
66 TTAAT-ATAAAATAATTCGAAAAAAAG---GAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAG-CCTTTAA
* *** *
20645 TCTTGTTGGTGTTG-A--AT-T-TTTTTTATGAGTATTGTGG-AAAAAATTGAGGAAAAATCTTT
126 TATTGTTAACGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATCTTT
* * *
20704 CGGTTCAATTCTTACAAAATTATTAACTGAAATCGTGTATTAACCATCATGGTTTTAAGCTAAAA
191 CGGTTCAATTTTTACAAAATT-TTAAC-GAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTAAGCTAAAA
* * * * * * *
20769 ACGCGTTTTGTGCCCCCGGCTCAGATTTGCATGATTTTTGACGTCAAGGCTACTTAAAATATCTA
254 ACGCGTTTCG-GGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCCTTGAAATATCTA
*
20834 TATTCATCA
318 TATTCATAA
* * ** **
20843 AACCAAATCACAAG-CACACTGGATTTAAGGATTTGTTTTT-CGAGCATCTGAATATTGTTTCGA
1 AACCAAATCTC-AGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAAAATACAGTTTCGA
* * *
20906 TTT-ATTTAGCAATTAATTCGGAAAAATAGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTAAT
65 TTTAATATA--AAATAATTC-GAAAAAAAGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTAAT
* * * * * * * *
20970 CTTTTTGACGGTGAATTTTATAACTTTTTATGAGTCA-TGTGGCCGAAAATCT-AGTAAAAATCC
127 ATTGTTAACGTTGAATTATAT-ATTTTTTATGAGT-ATTGTGGCCAAAAAT-TGAGGAAAAAT-C
* * * * * ** *
21033 TTT-GGTT-AAGTTTCTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACAGTTTTTTGCTG
188 TTTCGGTTCAA-TTTTTACAAAATTTTA-ACGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTAAGCTA
* * * * * *
21096 AAAACGCG-TTCTGTGTCCCGG-TACAGTTTTACATGAGTTTTGACGCCAAAACTCGTTGAAATA
251 AAAACGCGTTTC-GGGCCCCGGCT-CAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCCTTGAAATA
*
21159 TCTATATTAATAA
314 TCTATATTCATAA
* * *
21172 TCTAACCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTG-TTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTC
1 ---AACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAAAATACAGTTTC
* *
21236 GATTTAATGATAAAATAATTATGAAAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGTCTTT
63 GATTTAAT-ATAAAATAATT-CG-AAAAAAA-GGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTT
** * *
21301 CAATATTGTTAGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAAATGGAGGAAAAAT
124 -AATATTGTTAACGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGC-CAAAAATTGAGGAAAAAT
*
21366 CTTTCGGTTCAATTTTTACAAAATTTTTACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTAAGCTA
187 CTTTCGGTTCAATTTTTACAAAA-TTTTAACGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTAAGCTA
* * * *
21431 AAAACGTGTTTCGGGCCCCTGGCTCAGTTTTGAATGATTTTTTACGCCAAGAGTCCTTGAAATAT
251 AAAACGCGTTTCGGGCCCC-GGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCCTTGAAATAT
21496 CTATATTCATAA
315 CTATATTCATAA
* * * * * * **
21508 AATCACATCTCAGCCAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGAGCATCTATATATTGTTTCGAT
1 AACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAAAATACAGTTTCGAT
* * * *
21573 TTAAT-TAGAATTAATTCGTAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAGCCCTTTAATA
66 TTAATATA-AAATAATTCG-AAAAAAAGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAG-CCTTTAATA
* * * *
21637 TTTTTAACGTTGAACTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGTAAAAATCCTTCG
128 TTGTTAACGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCG
** * * ** *
21702 GTTCAATTTTTGTAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCAACACGGTTTTTTGCTAAAAACA
193 GTTCAATTTTTACAAAATTTTA-ACGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACG
* * *
21767 TG-TTCTGGGTCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCATTGAAATAT
257 CGTTTC-GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCCTTGAAATAT
21825 TGATTGAGCC
Statistics
Matches: 1564, Mismatches: 290, Indels: 199
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
311 4 0.00
312 101 0.06
313 120 0.08
314 9 0.01
315 5 0.00
316 2 0.00
320 1 0.00
322 4 0.00
323 4 0.00
324 16 0.01
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327 87 0.06
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329 113 0.07
330 258 0.16
331 237 0.15
332 160 0.10
333 48 0.03
334 83 0.05
335 86 0.05
336 57 0.04
337 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (326 bp):
AACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAAAATACAGTTTCGAT
TTAATATAAAATAATTCGAAAAAAAGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTAATATTG
TTAACGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGTT
CAATTTTTACAAAATTTTAACGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTT
TCGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATA
A
Found at i:21822 original size:665 final size:657
Alignment explanation
Indices: 20356--21824 Score: 1917
Period size: 665 Copynumber: 2.2 Consensus size: 657
20346 GCACTGTAGT
* * * * *
20356 CAAAAATTGAGGAATAATCTTTCGGTTCAATTTTTACAAAATTTTA-ACTGAAATCATGTACTAA
1 CAAAAATTGAGTAAAAATCCTTCGGTTCAATTTTTGCAAAATTTTAGAC-GAAATCGTGTACTAA
* * * ** **
20420 TCATCACAG-TTTTCGACTAAAAATGCGTTCCAGG-CCCCTCGTCAGTTTTGCATGATTTTTCG-
65 CCATCACAGTTTTTTG-CTAAAAACGCGTTCTGGGTCCCGGC-TCAGTTTTGCATGATTTTT-GA
* ** * * * *
20482 TGCCATTACTCCTTTAAATATCTATATTTATCTAACCAAATCTCATCCACATTGGATTTAAGGAT
127 CGCCAAAACTCATTGAAATATCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGAT
20547 TTGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGATTTAATGATAAAATAATTCGAAAAAAAGAAAGA
192 TTGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGATTTAATGATAAAATAATTCGAAAAAAAGAAAGA
* *
20612 AAAATGATATGAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTGTTGGTGTTGAATTTTTTTTATGAGTAT
257 AAAATGATATGAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATATTGTTAGTGTTGAATTTTTTTTATGAGTAT
* *
20677 TGTGGAAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGTTCAATTCTTACAAAATTATTAACTGAAATCGTGT
322 TGTGGAAAAAATGGAGGAAAAATCTTTCGGTTCAATTCTTACAAAATTATTAACCGAAATCGTGT
* * * * *
20742 ATTAACCATCATGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTTGTGCCCCCGGCTCAGATTTGCATGATTTT
387 ACTAACCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGGGCCCCCGGCTCAGATTTGAATGATTTT
* * *
20807 TGACGTCAAGGCTACTTAAAATATCTATATTCATCAAACCAAATCACAAGCACACTGGATTTAAG
452 TGACGCCAAGGCTACTTAAAATATCTATATTCATAAAACCAAATCACAAGCAAACTGGATTTAAG
*
20872 GATTTGTTTTTCGAGCATCTGAATATTGTTTCGATTTATTTAGCAATTAATTCGGAAAAATAGGA
517 GATTTGTTTTTCGAGCATCTGAATATTGTTTCGATTTAATTAGCAATTAATTCGGAAAAATAGGA
* * * * *
20937 AAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTAATCTTTTTGACGGTGAATTTTATAACTTTTTATG
582 AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTAATATTTTTAACGGTGAACTATATAACTTTTTATG
21002 AGTCATGTGGC
647 AGTCATGTGGC
* * * * *
21013 CGAAAATCT-AGTAAAAATCCTTTGGTT-AAGTTTCTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTA
1 CAAAAAT-TGAGTAAAAATCCTTCGGTTCAA-TTTTTGCAAAATTTTAGACGAAATCGTGTACTA
* * * *
21076 ACCATCACAGTTTTTTGCTGAAAACGCGTTCTGTGTCCCGG-TACAGTTTTACATGAGTTTTGAC
64 ACCATCACAGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCTGGGTCCCGGCT-CAGTTTTGCATGATTTTTGAC
*
21140 GCCAAAACTCGTTGAAATATCTATATTAATAATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGG
128 GCCAAAACTCATTGAAATATCTATATT--T-ATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGG
* *
21205 ATTTG-TTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGATTTAATGATAAAATAATTATGAAAAAAA-AT
190 ATTTGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGATTTAATGATAAAATAATT-CGAAAAAAAGAA
* * * *
21268 GGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGTCTTTCAATATTGTTAGTGTTGAATTATATATTTTTT
254 AGAAAAATGATATGAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATATTGTTAGTGTTG-A--AT-T-TTTTTT
* *
21333 ATGAGTATTGTGGCAAAAAAATGGAGGAAAAATCTTTCGGTTCAATTTTTACAAAATT-TTTACC
314 ATGAGTATTGTGG--AAAAAATGGAGGAAAAATCTTTCGGTTCAATTCTTACAAAATTATTAACC
* * *
21397 GAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGTGTTTCGGGCCCCTGGCTCAGTTTT
377 GAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGGGCCCCCGGCTCAGATTT
* * * * * *
21462 GAATGATTTTTTACGCCAAGAG-TCCTTGAAATATCTATATTCATAAAATCACATCTC-AGCCAA
442 GAATGATTTTTGACGCCAAG-GCTACTTAAAATATCTATATTCATAAAACCAAATCACAAG-CAA
* *
21525 ATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGAGCATCT-ATATATTGTTTCGATTTAATTAG-AATTAAT
505 ACTGGATTTAAGGATTTGTTTTT-CGAGCATCTGA-ATATTGTTTCGATTTAATTAGCAATTAAT
* * *
21588 TCGTAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAGCCCTTTAATATTTTTAACGTTGAACT
568 TCGGAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAG-CCTTTAATATTTTTAACGGTGAACT
*
21653 ATAT-ATTTTTTATGAGT-ATTGTGGC
632 ATATAACTTTTTATGAGTCA-TGTGGC
* *
21678 CAAAAATTGAGTAAAAATCCTTCGGTTCAATTTTTGTAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAAC
1 CAAAAATTGAGTAAAAATCCTTCGGTTCAATTTTTGCAAAATTTTAGACGAAATCGTGTACTAAC
* * **
21743 CAACACGGTTTTTTGCTAAAAACATGTTCTGGGTCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCC
66 CATCACAGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCTGGGTCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCC
*
21808 AAGACTCATTGAAATAT
131 AAAACTCATTGAAATAT
21825 TGATTGAGCC
Statistics
Matches: 700, Mismatches: 85, Indels: 46
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
656 4 0.01
657 107 0.15
658 10 0.01
659 92 0.13
660 46 0.07
662 2 0.00
663 1 0.00
664 23 0.03
665 318 0.45
666 97 0.14
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (657 bp):
CAAAAATTGAGTAAAAATCCTTCGGTTCAATTTTTGCAAAATTTTAGACGAAATCGTGTACTAAC
CATCACAGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCTGGGTCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCC
AAAACTCATTGAAATATCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGGATTTGT
TTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGATTTAATGATAAAATAATTCGAAAAAAAGAAAGAAAAA
TGATATGAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATATTGTTAGTGTTGAATTTTTTTTATGAGTATTGTG
GAAAAAATGGAGGAAAAATCTTTCGGTTCAATTCTTACAAAATTATTAACCGAAATCGTGTACTA
ACCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGGGCCCCCGGCTCAGATTTGAATGATTTTTGAC
GCCAAGGCTACTTAAAATATCTATATTCATAAAACCAAATCACAAGCAAACTGGATTTAAGGATT
TGTTTTTCGAGCATCTGAATATTGTTTCGATTTAATTAGCAATTAATTCGGAAAAATAGGAAAAA
CGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTAATATTTTTAACGGTGAACTATATAACTTTTTATGAGTC
ATGTGGC
Found at i:23495 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 23465--23519 Score: 92
Period size: 15 Copynumber: 3.6 Consensus size: 15
23455 TTACTTTGCT
23465 TTGTTTTCTAGTTTAA
1 TTGTTTTCT-GTTTAA
23481 TTGTTTTCTGTTTAA
1 TTGTTTTCTGTTTAA
23496 TTGTTTTCTGTTTAA
1 TTGTTTTCTGTTTAA
*
23511 TTGCTTTCT
1 TTGTTTTCT
23520 TTCAACCTCT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 1, Indels: 1
0.95 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
15 29 0.76
16 9 0.24
ACGTcount: A:0.13, C:0.09, G:0.13, T:0.65
Consensus pattern (15 bp):
TTGTTTTCTGTTTAA
Found at i:26102 original size:333 final size:330
Alignment explanation
Indices: 23980--27309 Score: 2967
Period size: 333 Copynumber: 10.2 Consensus size: 330
23970 AAGGATTTGT
* ** * * *
23980 AAAATCCAGTTTCGATTTAATGATAAAATAATTCGGAAAAATAAAGGAAAAATGATAATAGAAGC
1 AAAATCCAGTTTCGATTTAATTAGCAATTAATTCGGAAAAA-ATAGGAAAAATGATATTAGAAGC
* * * * *
24045 GTGAAAAGTCCTTTAGTATTTTTGACTTTGAA-T-TGTATTTTTTATGAGTATTGTGGCAGAAAA
65 GTGAAAAGCCCTTTAATCTTTTTGACGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCA-AAAA
** * *
24108 TTGACTAAAAATCTTTCGGTT-AAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCA
129 TTGAGGAAAAATCTTTCGGTTCAA-TTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCA
* * * * * *** *
24172 CGGTTTTTTGTTGAAAACGCATTCTGGGTGTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGATGCCAAGAC
193 CGGTTTTATGCTAAAAACGCGTTTTGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGAC
* * * * *
24237 TCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCA-ACCCCATTGAATATAAGGATTTGTTTTA
258 TCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGA-CACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTT
*
24301 ACGAGTATC
322 ACGAGCATC
* * ** * *
24310 ACAATCCAGTTTCGATTTAATGATAAAATAGTTCGG-AAAAA-AGGAAAAATGATATTAGAAGCG
1 AAAATCCAGTTTCGATTTAATTAGCAATTAATTCGGAAAAAATAGGAAAAATGATATTAGAAGCG
* ** *
24373 TGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAATATTGTGGCAAAAAAT
66 TGAAAAGCCCTTTAATCTTTTTGACGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGC-AAAAAT
* *
24438 TGAGGAAAAATCTTTCGGTTCAACTTTTACAAAATTTTATCCGAAATCGTGTACTAACCATCACG
130 TGAGGAAAAATCTTTCGGTTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACG
* * * * * * * * *
24503 GTTTTAAGCTCAAAACGCGTTTCGGACCCC-CCTCTTAGTTTAGCATGATTTTTTACGTCTAGAC
195 GTTTTATGCTAAAAACGCGTTTTGGGCCCCGGCTC--AGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGAC
* * ** ** * *
24567 TCCCTGAAATATCCATATTCATAAAAATAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGG-TTTAGTTTTT
258 TCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGACACATTGGATTTAAGGATTT-GTTTTT
24631 ACGAGCATC
322 ACGAGCATC
* ** * * *
24640 TAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGCAATTAATTC--AAAAAATAGAAAAAACGATATTAGAAGCT
1 AAAATCCAGTTTCGATTTAATTAGCAATTAATTCGGAAAAAATAGGAAAAATGATATTAGAAGCG
* * * *
24703 TGAAAAGCCCCTTAATCTTTTTGAAGTT-AACTAGTATATTTTTTATGAGTATTGTGGACAAAAT
66 TGAAAAGCCCTTTAATCTTTTTGACGTTGAATTA-TATATTTTTTATGAGTATTGTGG-CAAAAA
* * * * *
24767 TTGAGTAAAAATCTTTCGGTTCAGTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGATATCGTGTACTAATCATCA
129 TTGAGGAAAAATCTTTCGGTTCA-ATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCA
* * * * ** * *
24832 CGGTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCTGCGTCCCGAATCAGTTTTGCATGATTTTTGACACCAAAA
193 CGG-TTTTATGCTAAAAACGCGTTTTGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGA
* * ** ** * * *
24897 CTCATTGAAATATTTATATTCATCTAATGAAATCTCACCCATATTGAATTTAAGAATTTGTTTTT
257 CTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGACACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTT
24962 AC-ATGTC-TC
322 ACGA-G-CATC
*
24971 AAAATCCAGTTTCGATTTAA-T-G-AA-TAATTC-G--AAAA-A--AAAAATGATATTAAAAGCG
1 AAAATCCAGTTTCGATTTAATTAGCAATTAATTCGGAAAAAATAGGAAAAATGATATTAGAAGCG
* *** * * *
25026 TGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGTATTGAATTATATATTTCTGATGAGTATTGCGGCAAAAAAT
66 TGAAAAGCCCTTTAATCTTTTTGACGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGC-AAAAAT
* * *
25091 TGAGGAAAAATCTTTCGGTTCAATTTTAACAAAATTTTA-ACGAAATCGTGTATTAACCATCACG
130 TGAGGAAAAATCTTTCGGTTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACG
* * * * * * **
25155 GTTTTAGGCTAAAATCTCGTTTCTTGCCCCCGGCTTAAATTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACT
195 GTTTTATGCTAAAAACGCGTTT-TGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACT
* * ** * *
25220 CCTTGAAATATCTATATTAATCAAACCAAATCTCAGGTACACTGGATTTAAGGATTTGCTTTTAC
259 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGACACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
25285 GAGCATC
324 GAGCATC
** ** * * * *
25292 TGAATCTTGTTTCGATTTAATT-GACAATTAATTCGGAAAAAATGGGGAAGACGATATTAGAAGC
1 AAAATCCAGTTTCGATTTAATTAG-CAATTAATTCGGAAAAAATAGGAAAAATGATATTAGAAGC
* * *
25356 GTTG-AAAGCCCTTTAATCTTTTTGATGTTGAATTATAAACTTTTATATGAGTATTGTGGCGAAA
65 G-TGAAAAGCCCTTTAATCTTTTTGACGTTGAATTATATA-TTTTTTATGAGTATTGTGGC-AAA
* * * * *
25420 AATTGAGTAAAAATCCTTCGGTTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACT-A--ATC
127 AATTGAGGAAAAATCTTTCGGTTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATC
* * * *
25482 ACGGCTTTT-TGCTAAAAACGCGTTATGGGTCCCGGCTCAATTTTGCATGAGTTTTGACGCCAAG
192 ACGG-TTTTATGCTAAAAACGCGTTTTGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAG
* * *
25546 ACTCATTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATCTCA-ACCACATTGAATTTAAGGATTTGTTT
256 ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGA-CACATTGGATTTAAGGATTTGTTT
*
25610 TTACGAGTATC
320 TTACGAGCATC
* ** * *
25621 AAAATCCAGTTTCGATTTAATGATAAAATAATTAGGAAAAAAT-GGAAAAATGATATTAGAAGCG
1 AAAATCCAGTTTCGATTTAATTAGCAATTAATTCGGAAAAAATAGGAAAAATGATATTAGAAGCG
* * *
25685 TAAAAAGCCCTTCAATCTTTTT-ATAGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAA
66 TGAAAAGCCCTTTAATCTTTTTGA-CGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGC--AAAA
* * *
25749 ATGGAGGAAAAATCTTTCGGTTCAATTTTTACAAAATTTTTAACCGAAATCGTGTACTAATCATC
128 ATTGAGGAAAAATCTTTCGGTTCAATTTTTACAAAA-TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATC
* * ** * * * * *
25814 ACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTTGGGCCCTTGATTTAGTTTTGAATGATTTTTTACGCTAGG
192 ACGGTTTTATGCTAAAAACGCGTTTTGGGCCC-CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAG
* * ** * * *
25879 ACCCCTTGAAATATCTATACTCATAAAACCACATCTCAGACAAATTGGAGTTAAGGATTTGTTTT
256 ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGACACATTGGATTTAAGGATTTGTTTT
*
25944 TACAAGCATC
321 TACGAGCATC
* ** * * * **
25954 TAAATCTTGTTTCGAGTTAATTAGCAATTAATTCGGAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGTT
1 AAAATCCAGTTTCGATTTAATTAGCAATTAATTCGGAAAAAATAGGAAAAATGATATTAGAAGCG
* *
26019 TGAAAATG-CCTTTAATCTTTTTGACGTTGAATTGTATATTTTTTATGAGTATTTTGGTCAAAAA
66 TGAAAA-GCCCTTTAATCTTTTTGACGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGG-CAAAAA
* * * * * * *
26083 TAGAGTAAAAGTATTTCGGTTCAGTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATAGTGTACTAACCATCA
129 TTGAGGAAAAATCTTTCGGTTCA-ATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCA
* * * * * * *
26148 CGGTTTTTTGCTAAAAACACGTTCTGGGTCCAGACTCAGTTTTGCATGACTTTTTTACGCCAAGA
193 CGGTTTTATGCTAAAAACGCGTTTTGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTTGACGCCAAGA
* * * * * * * * *
26213 CTCGTTGGAATATCTATCTCCTTCTAACCGAATCTCA-ACCACATTGGATTGAA-AATTTTATTT
257 CTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGA-CACATTGGATTTAAGGA-TTTGTTT
26276 TTACGAGCATC
320 TTACGAGCATC
* * * * *
26287 AAAAAT-CGGTTTTC-ATATAATTAG-AATTTAATTCGGAAAAAAAATTGAAAAATGTTATTAGA
1 -AAAATCCAG-TTTCGATTTAATTAGCAA-TTAATTCGGAAAAAATA-GGAAAAATGATATTAGA
* * * * *
26349 AGCGTG---A------TAAGC----T--C-TTGAA-T-CAT-TTTTTTATGAGCACTGTAGTCAA
62 AGCGTGAAAAGCCCTTTAATCTTTTTGACGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGT-GGCAA
* * *
26395 AAATTGAGGAAAAATCTTTCGGTTCAATTTTTACAAAATTTTAACTGAAATCATGTACTAACCAT
126 AAATTGAGGAAAAATCTTTCGGTTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCAT
** * * ** * ** * *
26460 CATAGTTTT-CGACTAAAAATGCGTTACGGGCCTCTCCTTAGTTTTGCATGATTTTTCG-GGCCA
191 CACGGTTTTATG-CTAAAAACGCGTTTTGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTT-GACGCCA
* * * * ** *
26523 TGACTCTTTTTAAATATCTATATTCATCTAACCAAATATCATCCACATTAGATTTAAGGATTTGT
254 AGACTC-CTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGACACATTGGATTTAAGGATTTGT
*
26588 TTTTACGAGTATC
318 TTTTACGAGCATC
* ** * * * *
26601 AAAATCCAGTTTCGATTTAATGATTAAATAATTCGAAAAAAACAAGAAAGGAAAATGATATTAGA
1 AAAATCCAGTTTCGATTTAATTAGCAATTAATTCGGAAAAAA-TAG---GAAAAATGATATTAGA
* * * * *
26666 AGCGTGAAAAGCCCTTCAATATTTTT-AGTGTTGAA-T-TATATTTTTTCTGAGTATTGTGGAAA
62 AGCGTGAAAAGCCCTTTAATCTTTTTGA-CGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAA
*
26728 AAATTGAGGAAAAATCTTTCGGTTCAATTTTTAC-AAATTTATAACCGAAATCGTGTACTAACCA
126 AAATTGAGGAAAAATCTTTCGGTTCAATTTTTACAAAATTT-TAGCCGAAATCGTGTACTAACCA
* ** * * *
26792 TCACGGTTTTAAGCTAAAAACATGTTTCGGGCCCCTGGCTCAGTTTTGAATGATTTTTTACGCCA
190 TCACGGTTTTATGCTAAAAACGCGTTTTGGGCCCC-GGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCA
* ** * * *
26857 AGACTCCGTGAAATATCTATATTCATAAAACCACATCTCAGCCAAATTGGATTTAAGGATTTGTT
254 AGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGACACATTGGATTTAAGGATTTGTT
26922 TTTACGAGCATC
319 TTTACGAGCATC
* ** * * * ** *
26934 AATATCTTGTTTCGATTTGATTATCAATTAATTCGTAAAAAATAGG-AAAACCATATTAGAAGCT
1 AAAATCCAGTTTCGATTTAATTAGCAATTAATTCGGAAAAAATAGGAAAAATGATATTAGAAGCG
** * *
26998 TGAAAAGCCCTTTAAAATTTTTGACGTTGAATTGTATA-TTTTAATGAGTATTGTGGCCAAAAAT
66 TGAAAAGCCCTTTAATCTTTTTGACGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGG-CAAAAAT
* * * * * *
27062 TGAGTAAAAATCCTTCGGTTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACGT-----TAAC
130 TGAGGAAAAATCTTTCGGTTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC-TAACCATCAC
* ** * * * *
27122 GGTTTTTTGCTAAAAACATGTTCTAGGTCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACT
194 GGTTTTATGCTAAAAACGCGTTTTGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACT
* * * ** * **
27187 CATTGAAATATCTATA-TCTTCTAACCGAATCTCATCCACATTGGATTGAACTATTTGTTTTTAC
259 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGACACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
*
27251 AAG-AGTC
324 GAGCA-TC
*** * * *
27258 AGAAATCGTTTTTC-ATATAATTAGAAATTAATTCAG-AAAAATGAGGAAAAAT
1 A-AAATCCAGTTTCGATTTAATTAGCAATTAATTCGGAAAAAAT-AGGAAAAAT
27310 CATTCGGTTC
Statistics
Matches: 2427, Mismatches: 467, Indels: 217
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
313 24 0.01
314 145 0.06
315 44 0.02
316 3 0.00
317 21 0.01
318 5 0.00
319 1 0.00
320 18 0.01
321 124 0.05
322 18 0.01
323 92 0.04
324 68 0.03
325 69 0.03
326 35 0.01
327 72 0.03
328 135 0.06
329 289 0.12
330 304 0.13
331 192 0.08
332 137 0.06
333 483 0.20
334 145 0.06
335 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (330 bp):
AAAATCCAGTTTCGATTTAATTAGCAATTAATTCGGAAAAAATAGGAAAAATGATATTAGAAGCG
TGAAAAGCCCTTTAATCTTTTTGACGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAATT
GAGGAAAAATCTTTCGGTTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG
TTTTATGCTAAAAACGCGTTTTGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCC
TTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGACACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGA
GCATC
Found at i:26775 original size:980 final size:966
Alignment explanation
Indices: 25417--27298 Score: 2635
Period size: 980 Copynumber: 1.9 Consensus size: 966
25407 TATTGTGGCG
* * * * *
25417 AAAAATTGAGTAAAAATCCTTCGGTTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAATC
1 AAAAATTGAGGAAAAATCCTTCGGTTCAATTTTTACAAAATTTTACTCGAAATCATGTACTAATC
* * * *
25482 ACGGCTTTTTGCTAAAAACGCGTTATGGGTCCCGGCTCAATTTTGCATGAGTTTTGACGCCAAGA
66 ACAGCTTTTCGCTAAAAACGCGTTACGGGTCCCGCCTCAATTTTGCATGAGTTTTGACGCCAAGA
*
25547 CTCATTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATCTCAACCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTT
131 CTCATTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATATCAACCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTT
* *
25612 ACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGATTTAATGATAAAATAATTAGGAAAAAATGGAAAAATGATAT
196 ACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGATTTAATGATAAAATAATTAGAAAAAAAAGGAAAAATGATAT
*
25677 TAGAAGCGTAAAAAGCCCTTCAATCTTTTTATAGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGG
261 TAGAAGCGTAAAAAGCCCTTCAATATTTTTATAGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGG
*
25742 CAAAAAAATGGAGGAAAAATCTTTCGGTTCAATTTTTACAAAATTTTTAACCGAAATCGTGTACT
326 -AAAAAAATGGAGGAAAAATCTTTCGGTTCAATTTTTACAAAATTTATAACCGAAATCGTGTACT
* * * * * *
25807 AATCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTTGGGCCCTTGATTTAGTTTTGAATGATTTTTTA
390 AACCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACACGTTTCGGGCCCCTGACTCAGTTTTGAATGATTTTTTA
* * *
25872 CGCTAGGACCCCTTGAAATATCTATACTCATAAAACCACATCTCAGACAAATTGGAGTTAAGGAT
455 CGCCAAGACCCCGTGAAATATCTATACTCATAAAACCACATCTCAGACAAATTGGAGTTAAGGAT
*
25937 TTGTTTTTACAAGCATCTAA-ATCTTGTTTCGAGTTAATTAGCAATTAATTCGGAAAAAATTGGA
520 TTGTTTTTACAAGCATC-AATATCTTGTTTCGAGTTAATTAGCAATTAATTCGGAAAAAATAGG-
* * ** *
26001 AAAACGATATTAGAAGTTTGAAAATG-CCTTTAATCTTTTTGACGTTGAATTGTATATTTTTTAT
583 AAAACCATATTAGAAGCTTGAAAA-GCCCTTTAAAATTTTTGACGTTGAATTGTATA-TTTTAAT
* * * *
26065 GAGTATTTTGGTCAAAAATAGAGTAAAAGTATTTCGGTTCAGTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAA
646 GAGTATTGTGGCCAAAAATAGAGTAAAAATACTTCGGTTCAG-TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAA
* *
26130 ATAGTGTAC-TAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACACGTTCTGGGT-CCAGACTCAGTTTTGC
710 ATAGTGTACGT-----TAACGGTTTTTTGCTAAAAACACGTTCTAGGTCCCAG-CTCAGTTTTGC
* * * *
26193 ATGACTTTTTTACGCCAAGACTCGTTGGAATATCTATCTCCTTCTAACCGAATCTCAACCACATT
769 ATGA-TTTTTGACGCCAAGACTCATTGAAATATCTATAT-CTTCTAACCGAATCTCAACCACATT
* *
26258 GGATTGAAA-ATTTTATTTTTACGAGCA-TCAAAAATCGGTTTTCATATAATTAGAATTTAATTC
832 GGATTGAAATA-TTTATTTTTACAAG-AGTCAAAAATCGGTTTTCATATAATTAGAAATTAATTC
*
26321 GGAAAAAAAATTGAAAAATGTTATTAGAAGCGTGATAAGCTCTTGAATCATTTTTTTATGAGCAC
895 AGAAAAAAAATTGAAAAATGTTATTAGAAGCGTGATAAGCTCTTGAATCATTTTTTTATGAGCAC
26386 TGTAGTC
960 TGTAGTC
*
26393 AAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGTTCAATTTTTACAAAATTTTAACT-GAAATCATGTACTAAC
1 AAAAATTGAGGAAAAATCCTTCGGTTCAATTTTTACAAAATTTT-ACTCGAAATCATGTACT-A-
* * * * * * *
26457 CATCATAG-TTTTCGACTAAAAATGCGTTACGGG-CCTCTCCTTAGTTTTGCATGATTTTTCG-G
63 -ATCACAGCTTTTCG-CTAAAAACGCGTTACGGGTCC-CGCCTCAATTTTGCATGAGTTTT-GAC
* * * * *
26519 GCCATGACTCTTTTTAAATATCTATATTCATCTAACCAAATATCATCCACATT-AGATTTAAGGA
124 GCCAAGACTC-ATTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATATCAACCACATTGA-ATTTAAGGA
* *
26583 TTTGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGATTTAATGATTAAATAATTCGAAAAAAACAAGA
187 TTTGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGATTTAATGATAAAATAATTAG-AAAAAA-AAG-
* *
26648 AAGGAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATATTTTTAGT-GTTGAA-T-TATATTTT
249 --GAAAAATGATATTAGAAGCGTAAAAAGCCCTTCAATATTTTTA-TAGTTGAATTATATATTTT
* *
26710 TTCTGAGTATTGTGG-AAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGTTCAATTTTTAC-AAATTTATAAC
311 TTATGAGTATTGTGGAAAAAAATGGAGGAAAAATCTTTCGGTTCAATTTTTACAAAATTTATAAC
* *
26773 CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACATGTTTCGGGCCCCTGGCTCAGTTT
376 CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACACGTTTCGGGCCCCTGACTCAGTTT
* * *
26838 TGAATGATTTTTTACGCCAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCATAAAACCACATCTCAGCCAAA
441 TGAATGATTTTTTACGCCAAGACCCCGTGAAATATCTATACTCATAAAACCACATCTCAGACAAA
* * * * *
26903 TTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAATATCTTGTTTCGATTTGATTATCAATTAATTC
506 TTGGAGTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCAATATCTTGTTTCGAGTTAATTAGCAATTAATTC
*
26968 GTAAAAAATAGGAAAACCATATTAGAAGCTTGAAAAGCCCTTTAAAATTTTTGACGTTGAATTGT
571 GGAAAAAATAGGAAAACCATATTAGAAGCTTGAAAAGCCCTTTAAAATTTTTGACGTTGAATTGT
* *
27033 ATATTTTAATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGTAAAAATCCTTCGGTTCAGTTTTTGCAAAATT
636 ATATTTTAATGAGTATTGTGGCCAAAAATAGAGTAAAAATACTTCGGTTCAGTTTTTGCAAAATT
* * *
27098 TTAGTCGAAATCGTGTACGTTAACGGTTTTTTGCTAAAAACATGTTCTAGGTCCCAGCTCAGTTT
701 TTAGCCGAAATAGTGTACGTTAACGGTTTTTTGCTAAAAACACGTTCTAGGTCCCAGCTCAGTTT
*
27163 TGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATCTTCTAACCGAATCTCATCCACAT
766 TGCATGATTTTTGACGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATCTTCTAACCGAATCTCAACCACAT
* * * *
27228 TGGATTGAACTATTTGTTTTTACAAGAGTCAGAAATCGTTTTTCATATAATTAGAAATTAATTCA
831 TGGATTGAAATATTTATTTTTACAAGAGTCAAAAATCGGTTTTCATATAATTAGAAATTAATTCA
27293 GAAAAA
896 GAAAAA
27299 TGAGGAAAAA
Statistics
Matches: 803, Mismatches: 82, Indels: 47
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
970 1 0.00
971 83 0.10
972 31 0.04
973 44 0.05
974 4 0.00
976 52 0.06
977 32 0.04
978 51 0.06
979 101 0.13
980 291 0.36
981 41 0.05
982 2 0.00
983 22 0.03
984 1 0.00
985 46 0.06
986 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (966 bp):
AAAAATTGAGGAAAAATCCTTCGGTTCAATTTTTACAAAATTTTACTCGAAATCATGTACTAATC
ACAGCTTTTCGCTAAAAACGCGTTACGGGTCCCGCCTCAATTTTGCATGAGTTTTGACGCCAAGA
CTCATTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATATCAACCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTT
ACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGATTTAATGATAAAATAATTAGAAAAAAAAGGAAAAATGATAT
TAGAAGCGTAAAAAGCCCTTCAATATTTTTATAGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGG
AAAAAAATGGAGGAAAAATCTTTCGGTTCAATTTTTACAAAATTTATAACCGAAATCGTGTACTA
ACCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACACGTTTCGGGCCCCTGACTCAGTTTTGAATGATTTTTTAC
GCCAAGACCCCGTGAAATATCTATACTCATAAAACCACATCTCAGACAAATTGGAGTTAAGGATT
TGTTTTTACAAGCATCAATATCTTGTTTCGAGTTAATTAGCAATTAATTCGGAAAAAATAGGAAA
ACCATATTAGAAGCTTGAAAAGCCCTTTAAAATTTTTGACGTTGAATTGTATATTTTAATGAGTA
TTGTGGCCAAAAATAGAGTAAAAATACTTCGGTTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATAGTG
TACGTTAACGGTTTTTTGCTAAAAACACGTTCTAGGTCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGAC
GCCAAGACTCATTGAAATATCTATATCTTCTAACCGAATCTCAACCACATTGGATTGAAATATTT
ATTTTTACAAGAGTCAAAAATCGGTTTTCATATAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAAATTGAAA
AATGTTATTAGAAGCGTGATAAGCTCTTGAATCATTTTTTTATGAGCACTGTAGTC
Found at i:28254 original size:322 final size:323
Alignment explanation
Indices: 27691--28789 Score: 1130
Period size: 322 Copynumber: 3.4 Consensus size: 323
27681 TTAGTTTTGA
* * * ** * *
27691 ATGATTTTTTACGCCAGGACCCTTTGAAATATCTATATTCATAAAACCACATCTCAGACACATTG
1 ATGATTTTTTACGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTG
* * *
27756 GAGTTA-AGGAT-TTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGAGTTAATTAGCAATTAATTCA
66 GA-TTATAGGATATTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTTGTAATTAATTC-
* * *
27819 GAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGGAAAGCCCTTTAATCTTTTTTACGTTGACTTGT
129 GAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCATGAAAAGCCCTTTAATCTTTTTAACGTTGACTTGT
* * * *
27884 ATACTTTTTATGAGTATTGTGGTCAAAAATTGAGTAAAAGTATTTCGGTTCGGTTTTTTGAAAAA
194 ATA-TTTTTATGAGTATTGTGGT-AAAAATTGAGTAAAAATCTTTCGGTTCAGTTTTTTGCAAAA
* *
27949 TTTTAGCCGAAATCGTG-TCAC-GATTTTTTGCTAAAAACACGTTTTGGGTCCCGGCTCAGTTTT
257 TTTTAGCCGAAATCGTGATCACGGATTTTTTGCTAAAAACACGTTCTAGGTCCCGGCTCAGTTTT
28012 CC
322 CC
* ** * * *
28014 CTGATTTTTTACGCCAAGACTCATTGAAATATCTATACCCTTCTAACCAAATCTCTGCCTCATTG
1 ATGATTTTTTACGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTG
*
28079 GATTTATAGGATATT-TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTTGTAATTAATT-G
66 GA-TTATAGGATATTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTTGTAATTAATTCG
*
28142 AAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCATGAAAAGCCCTTTAATCTTTTTGACGTTGACTTGTA
130 AAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCATGAAAAGCCCTTTAATCTTTTTAACGTTGACTTGTA
*
28207 TATTTCTTATGAGTATTGTGGATAAAAATTGGGTAAAAATCTTTCGGTTCAGTTTTTTGCAAAAT
195 TATTT-TTATGAGTATTGTGG-TAAAAATTGAGTAAAAATCTTTCGGTTCAGTTTTTTGCAAAAT
* * *
28272 TTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACGGTTTTTTTGCTCAAAACGCGTTCTAGGTCCCGGCT
258 TTTAGCCGAAATCGTG--------ATCACGGATTTTTTGCTAAAAACACGTTCTAGGTCCCGGCT
*
28337 CAGTTTTGC
315 CAGTTTTCC
* * *
28346 ATGATTTTGTACGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATATCAGCCACATT-
1 ATGATTTTTTACGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTG
* * * * ** *
28410 GAATGTAGGA-ATTTGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGATTTAA--TGATAAAATAATT
66 GATTATAGGATA-TTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTTG-T-AATTAATT
* ** * ** * * * *
28472 CCAAAAAAAAGAAGAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAAAGCCCTTAAATCTTTTTAAGGTTAAAT
128 CGAAAAAATTG--GAAAAACGATATTAGAAGCATGAAAAGCCCTTTAATCTTTTTAACGTTGACT
* * * * *
28537 TGTTTTTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGTAAAAACCTTTCGTTTCAG-TTTTTGCAA
191 TGTATATTTTTATGAGTATTGTGG-TAAAAATTGAGTAAAAATCTTTCGGTTCAGTTTTTTGCAA
* * * *
28601 AATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGG-TTTTTTGATAAAAACGCGTTCTAGATCCCG
255 AATTTTAGCCGAAATC--G---T---GATCACGGATTTTTTGCTAAAAACACGTTCTAGGTCCCG
* *
28665 GCTCAATTTTGC
312 GCTCAGTTTTCC
* * * * * * *
28677 AT-ATTTTTTAAGCCAACACTCATTGAAATATTTATATTCATCTAACTAAATTTCAG-CAAATTT
1 ATGATTTTTTACGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTG
* * * * ** *
28740 GAATATAAAGAT-TTGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGGTTTAAT
66 GATTAT-AGGATATTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAAT
28790 GATAAAATAA
Statistics
Matches: 660, Mismatches: 83, Indels: 58
0.82 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
321 3 0.00
322 133 0.20
323 58 0.09
324 48 0.07
325 2 0.00
329 8 0.01
330 97 0.15
331 85 0.13
332 132 0.20
333 41 0.06
334 52 0.08
337 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (323 bp):
ATGATTTTTTACGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTG
GATTATAGGATATTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTTGTAATTAATTCGA
AAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCATGAAAAGCCCTTTAATCTTTTTAACGTTGACTTGTAT
ATTTTTATGAGTATTGTGGTAAAAATTGAGTAAAAATCTTTCGGTTCAGTTTTTTGCAAAATTTT
AGCCGAAATCGTGATCACGGATTTTTTGCTAAAAACACGTTCTAGGTCCCGGCTCAGTTTTCC
Found at i:28598 original size:332 final size:329
Alignment explanation
Indices: 27608--28819 Score: 1285
Period size: 332 Copynumber: 3.7 Consensus size: 329
27598 TTTATGAGTG
* ** * *
27608 TTGCAAAATTTTATCCGAAATCGTGTACTAACAATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGTGTT-TCGG
1 TTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAC-ATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCTAGG
* * * * * * * **
27672 GCCCTTGACTTAGTTTTGAATGATTTTTTACGCCAGGACCCTTTGAAATATCTATATTCATAAAA
65 TCCC--GGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAA
* * * * ** *
27737 CCACATCTCAGACACATTGGAGT-TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGAGT
128 CCAAATCTCAGCCACATT-GAATAT-AGGATTTGTTTTTACGAGCATCAAAATCCAGTTTCGATT
* ** * * *** *
27801 TAATTAGCAATTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGGAAAGCCCTTTAATC
191 TAATGATAAAATAATTCAAAAAAAAGAAGAAAAACGATATTAGAAG-TTGAAAAGCCCTTTAATC
* * * * *
27866 TTTTTTACGTTGACTTGTATACTTTTTATGAGTATTGTGGTCAAAAATTGAGTAAAAGTATTTCG
255 TTTTTAACGTTGACTTGTATATTTTTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAGTAAAAATCTTTCG
*
27931 GTTCGGTTTT
320 GTTCAGTTTT
* * * * *
27941 TTGAAAAATTTTAGCCGAAATCGTG--------TCACGATTTTTTGCTAAAAACACGTTTTGGGT
1 TTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCTAGGT
* * ** *
27998 CCCGGCTCAGTTTTCCCTGATTTTTTACGCCAAGACTCATTGAAATATCTATACCCTTCTAACCA
66 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCA
* * * ** **
28063 AATCTCTGCCTCATTGGATTTATAGGATATT-TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTA
131 AATCTCAGCCACATT-GA-ATATAGGAT-TTGTTTTTACGAGCATCAAAATCCAGTTTCGATTTA
* * ** *
28127 ATTTG-T-AATTAATTGAAAAAATTG--GAAAAACGATATTAGAAGCATGAAAAGCCCTTTAATC
193 A--TGATAAAATAATTCAAAAAAAAGAAGAAAAACGATATTAGAAG-TTGAAAAGCCCTTTAATC
* * * *
28188 TTTTTGACGTTGACTTGTATATTTCTTATGAGTATTGTGGATAAAAATTGGGTAAAAATCTTTCG
255 TTTTTAACGTTGACTTGTATATTTTTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAGTAAAAATCTTTCG
28253 GTTCAGTTTT
320 GTTCAGTTTT
*
28263 TTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACGGTTTTTTTGCTCAAAACGCGTTCTAG
1 TTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAC-ATCACGG-TTTTTTGCTAAAAACGCGTTCTAG
* *
28328 GTCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTGTACGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAAT
64 GTCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAAC
* * *
28393 CAAATATCAGCCACATTGAATGTAGGAATTTGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGATTTA
129 CAAATCTCAGCCACATTGAATATAGG-ATTTGTTTTTACGAGCATCAAAATCCAGTTTCGATTTA
* *
28458 ATGATAAAATAATTCCAAAAAAAAGAAGAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAAAGCCCTTAAATCT
193 ATGATAAAATAATT-CAAAAAAAAGAAGAAAAACGATATTAGAAGT-TGAAAAGCCCTTTAATCT
* * * * * * *
28523 TTTTAAGGTTAAATTGT-TTTTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGTAAAAACCTTTCGT
256 TTTTAACGTTGACTTGTATATTTTTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAGTAAAAATCTTTCGG
28587 TTCAG-TTT
321 TTCAGTTTT
* * *
28595 TTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTTGATAAAAACGCGTTCTAGA
1 TTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAA-CATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCTAGG
* * * * *
28660 TCCCGGCTCAATTTTGCAT-ATTTTTTAAGCCAACACTCATTGAAATATTTATATTCATCTAACT
65 TCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACC
* * * * *
28724 AAATTTCAG-CAAATTTGAATATAAAGATTTGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGTTTCGGTTTA
130 AAATCTCAGCCACA-TTGAATAT-AGGATTTGTTTTTACGAGCATCAAAATCCAGTTTCGATTTA
28788 ATGATAAAATAATTCGAAAAAAAA-AAGAAAAA
193 ATGATAAAATAATTC-AAAAAAAAGAAGAAAAA
28820 GAAAAATGAT
Statistics
Matches: 747, Mismatches: 104, Indels: 60
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
322 125 0.17
323 63 0.08
324 72 0.10
325 9 0.01
326 1 0.00
329 14 0.02
330 121 0.16
331 87 0.12
332 139 0.19
333 69 0.09
334 47 0.06
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (329 bp):
TTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCTAGGT
CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCA
AATCTCAGCCACATTGAATATAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAAAATCCAGTTTCGATTTAATG
ATAAAATAATTCAAAAAAAAGAAGAAAAACGATATTAGAAGTTGAAAAGCCCTTTAATCTTTTTA
ACGTTGACTTGTATATTTTTTATGAGTATTGTGGACAAAAATTGAGTAAAAATCTTTCGGTTCAG
TTTT
Done.